4B70A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b70A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b70A02
5KOQA 3NR6A 5OZUA 2F3FA 4RRNA 4HDBA 5EZZA 2O4PA 5P6JA 1KJHA 5P4VA 5P66A 5P8SA 5P44A 5P5HA 5P6EA 1IZDA 4YOBA 5P49A 4QJ9A 1C70A 5P5WA 4Y5GA 4AZYA 5P78A 1OD1A 2J9JB 1G6LA 5ER2E 2P8HA 5DR3A 1FFFC 2I4QA 5P0HA 2G21A 3S2OA 4OD9B 2G1SA 1BWAA 1HPSA 3KF0A 4Y48A 1GVVA 4EP2A 5P3FA 4D85A 2QMGA 5IVSA 4FRSA 1OEXA 2IRZA 3ZKSA 1SIVA 4RRSA 3AUPA 4Y4AA 5P3ZA 4S1GA 1B5FB 5P7XA 5P89A 3BXRA 3EKQA 5HE4A 2XYEA 4DJUA 2HS1A 3S53A 5P00A 5P7RA 5P7MA 2QD6A 2IGXA 3DV1A 5P8IA 3O9HA 3APRE 3BUFA 5P0LA 5P31A 1T7JA 3OHFA 3NLSA 4GB2A 4DQEA 5KR8A 1DIFA 4LP9A 4WY1A 1AZ5A 1YTJA 4FGXA 4MC9A 3OTYA 1K2CA 2G1OA 4DPFA 4Z50A 5P2WA 2OHMA 1XS7D 3ZKQA 4HEGA 1ZAPA 2V12C 4HVPA 3VSXA 4YBFA 2B8VA 3QVCA 5P5JA 1HVCA 3DCRA 5P73A 5P6BA 4D8CA 3PI0A 1DW6C 1YM2A 4PYVA 4TRYA 3UCBA 2OHQA 5AH6A 3N4LA 3GGAA 2IDWA 5P2JA 1M4HA 2VIEA 2J9JA 4IVSA 4Y5KA 1AVFA 4DQGA 3G6ZA 1T7KA 5EZXA 2P3CA 3GW5A 4OD9A 4Y3LA 3S56A 5OZEA 3S7LA 1W6HA 4EJKA 1T3RA 2JJIA 5P2CA 4Y3XA 5I3WA 2PQZA 2ER7E 5P6CA 2AOCA 4AUCA 5OZSA 4DVFA 5P0KA 3SPKA 4Y5MA 5P7PA 5OZQA 3LZUA 2ZHRA 3QS1A 4LAPA 2FXEA 3SFCA 1FQ6A 4Y3NA 4I10A 5E5JA 1JLDA 3CIDA 1HTEA 3SKGA 5FIVA 4Y3MA 2G1NA 3VYEA 4FM7A 3QVIA 1EPRE 3IA9A 3I6OA 3EBZA 5P2BA 4Y3GA 4Y4TA 1KJFA 5P4DA 3VV7A 5P2IA 4CPSA 3BGCA 1FMUA 4GJCA 5DQ4A 5P5RA 1D4LA 5P28A 2Q64A 5P6TA 4R8YA 5I70A 2NR6A 3OU4A 4ZSMA 3UDRA 2FDDA 3KFSA 3EL5A 3QIHA 3GI4A 5DPZA 2V0ZC 1RPIA 5P42A 4Z2ZA 5P6SA 1QDMA 1PPME 4DJYA 4OC6B 4CKUA 5P1EA 3S54A 1FQXA 2NXDA 2APRA 1QBTA 3K1WA 2BKTA 3PLDA 3L38A 3ECGA 2XFJA 4JP9A 1HXWA 3FNUA 3KDBA 5AHCA 1APUE 3PGIA 2RKGA 2AVQA 1ODWA 1TW7A 4EYRA 5P1XA 1MUIA 1D4JA 5P60A 1TSQA 1PFZA 1SGZA 4R91A 2ZJHA 4K4QA 1FG6C 4Y3EA 2QI5A 3T7XA 4QJ6A 1C6YA 4A6CA 2WEBA 5SXNA 4APRE 5P4SA 3JW2A 2QI6A 3VLBA 3EM4A 5P0SA 4FM6A 1LYAB 3ER5E 5P88A 5AGZA 3NWXA 5P2HA 2BPXA 4HZTA 4R5NA 4J0PA 3KMXA 4QLHA 2G22A 2R3TA 5DQ2A 4I8WA 5P30A 2PC0A 5P1JA 5P7EA 4TVHA 5P1AA 5P4LA 4EPJA 3URLA 4ZPFA 1BVGA 3NDUA 4YA8A 5OZ6A 3D20A 4J1EA 4K8SA 4QJ7A 5OYZA 4J1CA 4OC6A 3FX5A 3IGBA 5P01A 3S85A 3KMYA 4YD5A 4K4PA 1ZJ7A 1CZIE 1NPAA 5P4HA 3ZPSA 2HC0A 3SABA 3AIDA 4ACUA 5P57A 4YHQA 3EKYA 3OXCA 5P68A 2R38A 2RENA 1WBMA 4RGHA 5P5GA 5KOSA 5P6YA 3EKVA 4Y4JA 4Y3HA 1WKRA 5P8EA 4Y3SA 5SY2A 1T6EX 5P0YA 5P4YA 2VJ9A 4GIDA 2VS2A 5P54A 2AVVA 4Y5PA 4Y53A 5KR2A 5P5IA 5DQ5A 4EQ0A 3LZSA 1RNEA 4KE1A 5COOA 3H0BA 5P0FA 4TVGA 4I12A 1LYAA 3FNTA 1AXAA 1FGCC 3OQKA 1MTRA 1E82E 2FNSA 2QHYA 1MTBA 1ZSRA 2OAHA 2HIZA 3I8WA 2QI0A 4Y5NA 5P1TA 2QNPA 5P8PA 5AHBA 3K5DA 5P25A 3HD8A 2ER6E 2WL0A 4YCYA 3INHA 2Q15A 2CEJA 3MXEA 4M8YA 5P76A 5P5NA 1MPPA 3VFBA 2ZHUA 4YD7A 4I11A 5P7AA 4F73A 4Y9WA 1IBQA 2Q5KA 5AH7A 4MC2A 2FNTA 1U8GA 1NPVA 5P4KA 1FG8C 2AOIA 3EKPA 8HVPA 3HVGA 5P84A 1HIVA 4MC1A 4Q1NA 1BAIA 2VA6A 5OZJA 5P3QA 3L58A 5P53A 3KT2A 5P50A 5DR8A 5KR0A 4UPJA 2QU2A 5P63A 4Y3PA 2AVMA 4HDFA 5KQFA 2G20A 2IKOA 4FL8A 2F8GA 4B77A 4ACXA 4D88A 1IIQA 1J71A 3Q3TA 5IVQA 5P06A 2MIPA 5P51A 5P5OA 4Y4XA 5DQCA 3UHLA 2O4NA 2Z4OA 2I0DA 3L5DA 2IS0A 4CPWA 1HVIA 1B6JA 1FQ8A 5P7CA 5P26A 4APEA 5P1OA 2EWYA 3FIVA 5IE1A 1BIMA 2J9KA 5P6LA 5B18A 5P1WA 2O4KA 1QBSA 5OZ3A 5P3BA 5P62A 3OWNA 3KYRA 2ZGAA 2WF4A 5P09A 5OZKA 3RTNA 3O9AA 4JOOA 1HSHA 3RU1A 3OOTA 3TPLA 5OYXA 4YE3A 1HOSA 4Y3YA 3UDHA 4RYGA 4MC6A 4GJ5A 1AM5A 5OZ5A 4QJ2A 5P3PA 5P0RA 1UPJA 3HBOA 1BDLA 1UH8A 3TPRA 3CIBA 4DQHA 2QCIA 5P24A 3O99A 1APTE 4QJ8A 3QRMA 5KR1A 3CKTA 5COPA 1HEGE 2ZDZA 3OUDB 5KQYA 2AIDA 3Q4BA 4ZEAA 3NXEA 5OZVA 5P2TA 2WEDA 4OBHA 4Q1XA 3LPJA 1LF4A 1BVEA 1HBVA 5P41A 5P7GA 2I4VA 3VEUA 2AODA 1YTHA 2VJ6A 4Y45A 2FLEA 4LC7A 3R2FA 1RL8A 4ZLSA 3Q5HA 1ZBGA 1QBUA 2AOGA 1EPNE 5P8CA 1EAGA 4Y36A 3D3TA 3K4VC 2F3EA 4NJUA 4OBJA 4N00A 4X7IA 3DK1A 2QZLA 5C9FA 3K5GA 3BXSA 3ZPTA 5DQ1A 1OEWA 5OZ0A 5P7ZA 3SA5A 1ODYA 1HVSA 5HTZA 5P5AA 2FDPA 2OHLA 4L1AA 3OGQA 1A9MA 1MIQA 2XFKA 5OYWA 5P3SA 3CICA 3PEPA 5P15A 1SGUA 5P8RA 3K5FA 5P22A 5P4FA 2PSVA 5P2MA 1W5WA 3B80A 2IENA 5P36A 4FCOA 5P6GA 1TQFA 3OUDA 3FNSA 1ER8E 5P77A 3LINA 5OZGA 3HVPA 3EL9A 3ST5A 4KUPA 3PM4A 3T7PA 2I4DA 1GVXA 3HLOA 5F00A 4LXAA 4Y4BA 3VF3A 5P7OA 5SZ9A 5P3HA 4LXMA 3SM2A 3TKWA 3BUGA 1LEEA 3D1ZA 1E5OE 2WF3A 4YCTA 5P0MA 1KJGA 5P0GA 3QAAA 5P6QA 2F81A 1Z8CA 1KJ7A 3FKTA 2V00A 5SY3A 3TNEA 5P12A 1ZPKA 5P3CA 3CKRA 5P6RA 3L5FA 5P4AA 3UF3A 3OXVA 5OZFA 5T4SA 1EBYA 3WB5A 3PSGA 3SO9A 1B6LA 5OZOA 5P11A 2R5QA 5P1IA 5P7UA 1PPKE 1XN3A 5P71A 5OZDA 1B6KA 5P37A 3C9XA 5P5VA 2ANLA 2NNPA 2VNMA 5P79A 5P17A 3T11A 5P6UA 4Y56A 1MERA 1MRWA 5IVRA 3IN4A 4J55A 2QP8A 4DQBA 4DFGA 3PRSA 5OZIA 4Y4ZA 5P5QA 4YD4A 4ZPEA 3UDKA 1MT7A 2QU3A 2NMZA 3OQAA 4TRZA 1XL5A 4Y3FA 1K6CA 4Y5LA 3IXOA 1YT9A 2QNQA 5P3UA 4Z4XA 7HVPA 1HRNA 3SA6A 3U6AA 3QN8A 4YDFA 1DMPA 5P7JA 4X2LA 1B5FA 3BC4A 3ZMGA 1T6GA 4R93A 3UDMA 2I4XA 1ODXA 1GNNA 3S45A 3FV3A 5P3DA 5P7TA 1QBRA 4YD3A 1K6PA 1ZPAA 3O9IA 4Y39A 5IVTA 1BWBA 6APRE 5P1DA 5P7YA 4PZXA 2QMDA 3PWMA 2WHHA 5P6IA 5HU0A 3NXNA 3PWWA 3OQ7A 5P75A 5OZ9A 5P8GA 5P3RA 2IKUA 2PSGA 5P0WA 3LITA 2PK6A 1TCWA 2BB9A 5P2DA 2QI3A 5P81A 3CYWA 5P4BA 3UDYA 5OZLA 4QJAA 1LYWB 4Y5CA 4Y5BA 5P8AA 2WEAA 5P7QA 5P3WA 4RROA 5P58A 5BWYA 9HVPA 1BILA 3NU9A 3VYFA 2Z54A 3EM6A 5P16A 3NU4A 2I4WA 4OBGA 3OAGB 3ER3E 4FAFA 5P20A 2OF0A 3JVWA 3NUJA 3ZOVA 5P5PA 5P8KA 2G24A 5P3MA 5P1LA 4DQFA 2QZKA 3R1GB 5P5CA 5P7VA 1FF0C 5P3XA 3EKXA 4GJ9A 5P2QA 2RKFA 5P5KA 5P0DA 1BV9A 3OUBA 5P0CA 1IVPA 3GI0A 2I4UA 3JVYA 3PSYA 1HTRB 1GNOA 2HM1A 5P3IA 3MSJA 1Z1HA 2OHSA 4LHHA 3HW1A 4RCFA 5P7KA 5P0OA 2NMYA 5P8MA 2SAMA 5P4JA 5P05A 4GJAA 2R5PA 4B70A 2ZHVA 5P23A 4Y58A 5P7HA 3PB5A 1FFIC 2NXLA 3O9LB 5P6MA 4Y50A 5P1KA 4PEPA 5P7NA 3K4VA 4ZPGA 1HSIA 4RVXA 4J17A 1MEUA 1XDHA 1K6TA 3APPA 1SP5A 3PMYA 2CEMA 1AJXA 1YG9A 2V10C 2V13A 3EC0A 4CP7A 3T7QA 3WZ8A 4OBZB 5CLMA 3OAGA 5P5FA 4Q5MA 1FEJC 4OBFA 4Y51A 5P1UA 5P7BA 3NU3A 3UQRA 1D4IA 2O4LA 4FM8A 4TRWA 2PH8A 3DCKA 3LPIA 1B11A 5P2SA 3S7MA 4BFDA 3BVAA 5DR7A 4DUSA 2ZE1A 5BS4A 4RVJA 3OU1B 3QP0A 4HLAA 5OZRA 5OZAA 2ZJLA 2QHZA 4NKKA 5JFPA 4I0GA 4ZE6A 2OHUA 5P6KA 5P4CA 3ZKIA 4RCDA 3SA3A 2PWRA 2I0AA 3OXWA 4YDGA 6UPJA 5P0NA 3HDKA 4Y3ZA 4Y5EA 4JECA 3O9EA 5TOLA 3GGVA 3MSKA 1LS5A 4J0YA 5P85A 3VFAA 5P2AA 2G26A 3LIXA 3S43B 1K6VA 5P87A 2VA7A 1XE6A 5P8LA 4Y6MA 4B72A 5P4QA 4B05A 3CYXA 3LIQA 3TLHA 2QI4A 5UPJA 3NDTA 5I3VA 5P19A 1HVLA 5P0QA 2H6TA 3O9LA 4QGIA 3I2LA 2A4FA 3GGXA 5P1QA 2R8NA 1YTGA 5ISJA 2AQUA 4DJOA 3OQFA 2FDEA 3VV6A 4H3FA 4OBZA 2QK5A 3IVHA 4GJ6A 5OZWA 1HXBA 1MSMA 3OUAA 2Q54A 3GGUA 3ZKMA 5P34A 5P3KA 5P4OA 3UDQA 2B7FA 1APWE 5COKA 3M9FA 1MSNA 3EL0A 1F7AA 4CPQA 2G27A 3NUOA 5OYSA 3OU1A 5OZ4A 4CPTA 4B00A 2G69A 1EC1A 5P2GA 1LZQA 3PWRA 1SDVA 1A8GA 4R92A 4RVIA 1HVKA 5P27A 3MWSA 5P7DA 1W5XA 2IL2A 4CMSA 1UH9A 4DJWA 1XE5A 3WB4A 5P5XA 4DV9A 1FKNA 3GI6A 4Y5AA 5AHAA 3PCZA 1IZEA 3INEA 5P0AA 4DH6A 1BBSA 4RYCA 5ER1E 2NPHA 5P6HA 5P1NA 3IAWA 3S43A 3LHGA 5P46A 1EPQE 3QI1A 3U71A 3S8IA 4BFBA 3PI5A 5ENMA 5P1ZA 3UDNA 5P08A 3G70A 3KN0A 5C9DA 5P5BA 4YD6A 3O9CA 5P10A 1W50A 3LIZA 3INDA 1QRPE 5P7SA 5KAOA 3EKWA 4NJVA 1D4SA 4Y41A 2WEZA 5HCOA 3WSJA 3LIYA 1FMBA 1AJVA 4I0FA 3QRVA 5P6XA 2QNNA 2Q3KA 1E80E 3PLLA 3ZKNA 2V16C 3OOZA 3SA7A 3EXOA 3VYDA 3R0WA 2RSPA 1F34A 3MXDA 4DJQA 2PMAA 1EBKC 3OQDA 5P45A 3LPKA 2V11C 3OTSA 1VIJA 4FAEA 5OZCA 1IZIA 5P6NA 4K4RA 5DR0A 5HDVA 4AMTA 5P70A 5P83A 3OXXA 5HVPA 5P07A 5P6ZA 1SIPA 3FSMA 1D4KA 5P65A 3KT5A 1GVUA 2WF1A 1AIDA 1XN2A 2JJJA 5OYYA 2HB3A 5P2KA 3UTLA 4FSEA 3L3AA 3KA2A 4Y38A 4NPTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KOQ A;  3NR6 A;  5OZU A;  2F3F A;  4RRN A;  4HDB A;  5EZZ A;  2O4P A;  5P6J A;  1KJH A;  5P4V A;  5P66 A;  5P8S A;  5P44 A;  5P5H A;  5P6E A;  1IZD A;  4YOB A;  5P49 A;  4QJ9 A;  1C70 A;  5P5W A;  4Y5G A;  4AZY A;  5P78 A;  1OD1 A;  2J9J B;  1G6L A;  5ER2 E;  2P8H A;  5DR3 A;  1FFF C;  2I4Q A;  5P0H A;  2G21 A;  3S2O A;  4OD9 B;  2G1S A;  1BWA A;  1HPS A;  3KF0 A;  4Y48 A;  1GVV A;  4EP2 A;  5P3F A;  4D85 A;  2QMG A;  5IVS A;  4FRS A;  1OEX A;  2IRZ A;  3ZKS A;  1SIV A;  4RRS A;  3AUP A;  4Y4A A;  5P3Z A;  4S1G A;  1B5F B;  5P7X A;  5P89 A;  3BXR A;  3EKQ A;  5HE4 A;  2XYE A;  4DJU A;  2HS1 A;  3S53 A;  5P00 A;  5P7R A;  5P7M A;  2QD6 A;  2IGX A;  3DV1 A;  5P8I A;  3O9H A;  3APR E;  3BUF A;  5P0L A;  5P31 A;  1T7J A;  3OHF A;  3NLS A;  4GB2 A;  4DQE A;  5KR8 A;  1DIF A;  4LP9 A;  4WY1 A;  1AZ5 A;  1YTJ A;  4FGX A;  4MC9 A;  3OTY A;  1K2C A;  2G1O A;  4DPF A;  4Z50 A;  5P2W A;  2OHM A;  1XS7 D;  3ZKQ A;  4HEG A;  1ZAP A;  2V12 C;  4HVP A;  3VSX A;  4YBF A;  2B8V A;  3QVC A;  5P5J A;  1HVC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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