4B72A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 376
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b72A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b72A02
2RSPA 4BEKA 5P5GA 1HVJA 3I25A 2AZ9A 5P4OA 5DQCA 3APPA 5P4JA 7HVPA 4I0JA 4FRKA 5P5PA 4R8YA 4GJDA 5P6GA 1KZKA 3LIVA 2OHQA 5JFUA 1HSIA 3L5CA 4YD3A 1FLHA 3L58A 5P0QA 5P3UA 1CPIA 1HPVA 2R38A 4Y3EA 3L5EA 2WEZA 2WKZA 2B7FA 5DR0A 5P5HA 5P11A 5P7CA 3PRSA 4B70A 4Y4AA 2HS1A 1C6YA 3TPPA 1XS7D 1XDHA 2OHSA 4J55A 4Y37A 1HHPA 2FS4A 3SA7A 5P1UA 1LF3A 5P6QA 5P1ZA 3VFBA 1BVEA 4J54A 3VF5A 3IN4A 2ZJIA 5P0VA 1C6XA 3LHGA 3EM4A 3OQ7A 4Z50A 1ODXA 1OD1A 3SKGA 5P04A 2VA5A 5ER2E 4Q1NA 3D20A 4OBDA 5P46A 1MT9A 4YBFA 4Y3SA 4DUSA 4Z2ZA 5P6DA 5P57A 5P6MA 5P8TA 5P1KA 3LPJA 1N49A 5EZXA 2B60A 2OHUA 2XFKA 2CEJA 4WY1A 5HCTA 2ZGAA 5P6RA 1GVVA 3CKTA 3AUPA 1ME6A 5HVPA 2FXDA 5P7JA 5P1NA 3KN0A 2VKMA 1HIVA 6FIVA 3EKYA 5P8KA 3RSXA 5P0FA 4OBZB 5P7NA 1FQ5A 2BPXA 4QJAA 2VA6A 2QAKA 4RLDA 5P0JA 4YOBA 4Z4XA 2IKOA 5P4TA 5OZEA 2IQGA 2I4VA 5P47A 5UPJA 4AZYA 1SIVA 2QI0A 3CYWA 3OAGA 5I3YA 1EPQE 5HDUA 3LPKA 1HVRA 5P3SA 5J25A 4GYEA 4GJ8A 1YX9A 5P7GA 4GJAA 1EPPE 1K1UA 5P7WA 5P4DA 1WBMA 4I0HA 2G1OA 2I4XA 5P50A 2ZJMA 5KR0A 5JG1A 3KDCA 2J9JA 1IZDA 3NYGA 5P30A 4OBFA 4E43A 5OZMA 1IVQA 4XXSA 3TLHA 4JP9A 4JECA 5P2YA 2G24A 5HDVA 5COPA 5P6NA 3O99A 4N00A 2I0AA 3VV6A 1MSNA 2RMPA 1HWRA 2J9KA 1BXQA 3BRAA 1DAZC 1TQFA 4EXHA 4KE1A 1K1TA 2G1SA 4J1FA 5BRYA 2BKSA 3UFNA 5P26A 1BVGA 3PBDA 3OTYA 1HIHA 5F01A 2FDPA 3KYRA 4YCTA 2WF4A 1B11A 3OUDB 4FIVA 5P3BA 2BQVA 5P55A 5P4PA 5P8BA 5P6BA 1J71A 2I0DA 3OADA 1OHRA 2QK5A 2V16C 3QBHA 4DQGA 4U8WA 1A94A 1ZSFA 4A4QA 5OZ6A 4ZPEA 3UF3A 5P43A 5P32A 1MEUA 2UXZA 1IIQA 5P3PA 3IVIA 4H3IA 2HM1A 3DK1A 5P2EA 5P0KA 1AIDA 5P7MA 5P7IA 6APRE 5T4SA 2Z54A 5P8IA 1RPIA 1KJHA 1BWAA 5P6XA 1D4SA 3MSKA 2PSVA 5P1CA 5P62A 3S7MA 2F3KA 5P3GA 3IN3A 3SA3A 3N4LA 4J5JA 5AHBA 5OZ9A 3RSVA 5P8AA 4FM7A 4Y3DA 5P60A 4A6BA 1JLDA 2ZDZA 5DR3A 4DQFA 5P3FA 5P85A 3QBFA 3DUYA 5DPZA 1HSGA 3BGBA 2PH6A 4B05A 3S43B 1FQXA 3OOZA 1G35A 4AUCA 2PH8A 3EL9A 2I4UA 2QI3A 5ER1E 4K9HA 3SA9A 2PMAA 5P8FA 5P4ZA 5P19A 4FGXA 5OZIA 3VLBA 4Y3RA 3ZKGA 5HU1A 5OZ3A 4YCKA 2BJUA 4Y4BA 5P3YA 5P83A 4DQCA 4Y5EA 5CONA 2ZHUA 3UQRA 5P59A 5C9DA 4J0VA 2WEDA 5DR7A 4B1CA 4CMSA 1HTRB 1PSOE 2WF0A 5P7SA 3O9FA 3NDXA 4MC1A 5HE4A 3MSLA 1ZSRA 4BFBA 4YCYA 3SA5A 1EC2A 3PMYA 2IL2A 5OYYA 3SKFA 4RRNA 5OZNA 4ZPGA 4I0GA 4Y4DA 3KFRA 3LIZA 4Y5MA 3IAWA 2UY0A 1IDBA 3BXSA 4NJUA 5APRE 3K5GA 4XKXA 4Y58A 5SY2A 4CPXA 2P3CA 3VSWA 1IZIA 5SXNA 4GJ5A 9HVPA 4Y3YA 2ER9E 4Y5LA 4HDFA 5P61A 4DJYA 5P3KA 5P17A 4YD7A 3VEUA 5P1HA 2AODA 3ER5E 3TH9A 1E81E 5OZ5A 5P1AA 2R5PA 5P6VA 5P3MA 5P01A 3IA9A 5P1DA 3INHA 3QRVA 3L5DA 1MERA 3R0YA 5P3AA 2B8LA 1LYAA 5P37A 3KF0A 4ER1E 3EKVA 1SDVA 1FQ6A 4YHQA 5FIVA 3SLZA 1W6IA 1HRNA 1HVSA 4LC7A 4FCOA 2B8VA 3UDNA 4Y4ZA 5P0IA 5P6ZA 5P0BA 3VV7A 2WEAA 5P7UA 5P6LA 1MESA 2AVQA 2AOIA 3QVCA 2QU3A 4D8CA 3GI4A 1F7AA 1T6GA 3PEPA 3OUCA 5HE5A 5P3CA 2OHPA 5C9FA 1SMEA 3S85A 2VS2A 5P7HA 2WEBA 4GJCA 3UDJA 3O9GA 4APRE 5P1WA 4LL3A 1MPPA 3QROA 3O9CA 1QBSA 5OZZA 4EJLA 4LXAA 5P40A 1MRWA 3GGXA 3UDKA 4GMIA 4J0PA 2Q54A 5P0OA 2AQUA 2IKUA 5P1XA 1C70A 3ZL7A 1ODYA 1RL8A 4DQHA 1SH9A 4ER2E 3EM6A 4RCDA 4Y5KA 3TOHA 4CPWA 3DM6A 3KM4A 5PEPA 3DV5A 5I3VA 4EYRA 1HTGA 5P6FA 1AZ5A 2JJIA 3TKWA 2VJ6A 1UH7A 4B0QA 3SM1A 1NPVA 2P3BB 3MSJA 5P5AA 4NPTA 2ZJNA 2VJ9A 4AMTA 5P1FA 2QNQA 1HEFE 3NDTA 1QDMA 3NWXA 5P2DA 4F73A 3JW2A 4R5NA 4YD5A 5P8DA 3LNKA 3OU1B 2QZXA 5P7TA 3BHEA 5AHAA 1HVLA 4UPJA 1META 3OXVA 3CIDA 3D1YA 4YDGA 5OZ7A 3WZ8A 1EPME 3T7QA 3UDQA 2JE4A 3PWMA 5P7VA 4Y4GA 5DGWA 3VYEA 1ZLFA 2G22A 5P0SA 5P2CA 3EKTA 5P5JA 3OXCA 3D3TA 3K5FA 1T7JA 4NJVA 3RTNA 5P7KA 5COOA 3H0BA 3SAAA 5P5SA 3K5DA 5P53A 5JODA 4DJWA 1FB7A 5P6YA 5P7BA 2QHCA 5AHCA 5COKA 1EPLE 5ENMA 4ZSPA 1VIKA 3OGPA 3TL9A 4YOAA 3SA6A 1HPSA 1KJFA 1IVPA 4APEA 3NWQA 4YD6A 4KUPA 2Q11A 3O9LA 3PI5A 1A30A 4K4RA 4J0ZA 4I8ZA 2V13A 5OZRA 3OADB 2PQZA 3O9AA 5P2UA 5TOLA 1KJ7A 3BGCA 4ACUA 3IXOA 5P54A 5OZTA 5OZYA 3K4VC 4DPFA 2ZHVA 2WJOA 4K4QA 5P4EA 3S53A 2QI5A 2R9BA 3HDKA 2HC0A 5P73A 5OYWA 5P4LA 5OZFA 5P5QA 2NNPA 3TTPA 4FE6A 3I8WA 3GI0A 4GZFA 1T7IA 5P22A 1GNMA 3WB5A 4DJVA 4Q1YA 1FF0C 4DJOA 3VSXA 3EL0A 1FQ7A 3QN8A 3DCRA 4Y4UA 4D89A 2QMGA 5P16A 4Q1WA 5OZPA 5P8SA 3KA2A 2QMPA 3HAWA 5P7RA 5P6CA 2HB2A 4ZSMA 2BPVA 5OZKA 1HVKA 5DQ5A 1LF4A 4RVXA 1UPJA 4Y41A 5P27A 5P0EA 1D4IA 3OHFA 1RV7A 4R95A 3URIA 2OHMA 1AM5A 5P0CA 5P0NA 1XL2A 5P79A 1D4KA 4PHVA 1KJGA 3CKRA 3OTSA 5P7LA 1SDUA 4Y50A 3UHLA 5DR1A 1E80E 1DPJA 3ZOVA 3UQPA 4Y3LA 4YE3A 2OHRA 4Y3JA 2Q55A 1GNOA 3OQKA 5P4YA 1D4LA 5DQ2A 4RVJA 5P5EA 3S8IA 3KMYA 4Y5NA 5P4NA 5P5IA 2ER6E 5P3ZA 1Q9PA 2NXLA 4GJ9A 2RKGA 1T7KA 1MUIA 4OC6A 3ST5A 2P3DA 2Z4OA 1LS5A 5BS4A 3QIHA 5OZ8A 5P5FA 3OQFA 1T6EX 1MTBA 5P6EA 1EPNE 1BIMA 5KQZA 3C9XA 3IGBA 5IVQA 4LP9A 5P6IA 3R2FA 2IDWA 5P05A 3SQFA 2CENA 5P00A 5P3RA 3UDMA 3Q3TA 2FGUA 2WHHA 4OD9A 4Q5MA 5IVRA 3L59A 4Y5AA 1ER8E 2CEMA 4PYVA 3PSYA 5C9BA 3OU4A 5B18A 4GJ6A 4Y3AA 3LIXA 3VFAA 5P1VA 1APTE 4CPSA 3EMYA 3PJ6A 5P6JA 3NU6A 3ECGA 2VIZA 3OUAA 5P8LA 4MC6A 2UPJA 3OQAA 4Y56A 2ER0E 1BWBA 1LYAB 3NLSA 3HVGA 5P1RA 4HDPA 5HDZA 4F74A 5IE1A 2ZE1A 4DQEA 4CPRA 3Q6YA 1SGUA 5F00A 1YTJA 1FEJC 4WTUA 2V00A 5P0RA 3ZKXA 1GVTA 1B5FA 5P0AA 3QI1A 3DOXA 4Y3ZA 4FRJA 5P6TA 2NR6A 5P1MA 5P4UA 3L3AA 5P2WA 1HTFA 4X2LA 3IXKA 4DJQA 1PSNA 4ZEAA 5P2XA 3O9HA 1ZP8A 3LINA 5P75A 4QJ2A 5P2FA 2ZHRA 2PYMA 3S2OA 1BBSA 3OHHA 4Y3FA 5P4VA 5P0UA 5HTZA 3PB5A 5IS4A 5P0GA 4Y48A 5P2MA 4B1EA 1FMXA 2HB3A 3VG1A 4X7IA 4DFGA 1E5OE 2FDEA 5P1SA 3EKWA 4HA5A 1B6LA 5P6HA 3CMSA 5OZHA 3LZSA 3UTLA 1G6LA 5P3TA 2IGXA 1TZSA 1D4JA 1BDLA 5P02A 3CIBA 5P89A 4DJRA 5P15A 2FMBA 2FNTA 2G26A 3Q4BA 3A2OA 2AOFA 1HBVA 3QP0A 3HD8A 1B6MA 2B7ZA 2VJ7A 4EQ0A 3FNUA 2BB9A 3KDBA 4EQJA 1DP5A 5P7OA 1AAQA 5P49A 3ZPTA 4CPUA 4QGIA 5ISKA 4HDBA 3UQUA 3KMXA 4EHCA 1PSAA 3D1XA 5P8NA 1LYBB 1LEEA 1HTEA 1M43A 2F80A 5P20A 4OBHA 1FQ8A 1GNNA 1SP5A 3LIQA 1WBKA 4RCFA 4J0YA 5P1GA 2G20A 3G72A 5P12A 2PWRA 2P4JA 3M9FA 4LXMA 3INDA 1HIIA 4HZTA 4PEPA 4J1HA 4DPIA 1TSUA 1Z8CA 5P03A 5P5LA 1TSQA 4ZE6A 3L5BA 4M8XA 1EC0A 3H5BA 5P64A 2A1EA 1PPKE 1PPLE 1UH8A 3OUBA 2AZBA 3ZLQA 4JPEA 2OHTA 2G27A 5P51A 2QNNA 2G1YA 2ZJHA 3PWWA 3SFCA 1W6HA 5P44A 1LF2A 3TPJA 5P7EA 5P4SA 5P5TA 1EC3A 4DJXA 4Y4XA 4R92A 5OZGA 4I0ZA 5P4QA 1NH0A 5KQFA 3NDWA 4NPUA 5P7PA 3SO9A 5KQYA 4AA8A 4EP2A 4EWOA 2PSUA 4U7QA 3URJA 1XE6A 2AOEA 1MT8A 2APRA 4TRZA 1YT9A 4DV9A 5E5JA 1EC1A 3QAAA 2AVVA 5BWYA 3OXXA 5KR1A 1A8KA 1HPOA 2BPWA 4H3JA 3I2LA 4BFDA 5P8PA 5P3NA 3OY4A 3LZUA 1K6CA 2QU2A 2QP8A 4Z22A 4Y4WA 4L1AA 4ZPFA 3G70A 1FKNA 3U71A 1BDRA 4WY6A 1ZPAA 2Q3KA 3NU3A 3S56A 2IENA 1FG6C 1BAIA 2P8HA 2XYEA 3PLLA 3APRE 1ZAPA 2HS2A 5OZSA 4DH6A 3PMUA 2WF3A 2O4LA 3GI6A 5P67A 2WECA 5OZ1A 5P56A 4HLAA 3TOFA 2Q15A 4Y54A 5P5ZA 4I0IA 5P13A 5P84A 5CLMA 3INEA 4D88A 4EXGA 3GW5A 4Y45A 5P2BA 1FFFC 5P87A 5P2LA 3FV3A 3NU4A 3OOTA 5P7QA 2XFJA 4RRSA 2VIEA 2ZHSA 3O9IA 3OK9A 5P6PA 1D4HA 1D4YA 2H6TA 5OZ4A 5P1BA 4COEA 5P07A 5P09A 5P4XA 1EPRE 5I3XA 3ZPSA 2P83A 4ACXA 4OC6B 3ER3E 2V12C 3B80A 3K1WA 3FNSA 3OAGB 5P7FA 1YG9A 4TVHA 2ANLA 2QMFA 4FM6A 4HE9A 5P8VA 4Y3XA 5KR8A 1W50A 4A6CA 5P5CA 4R93A 1MVPA 5P72A 5AGZA 4FLGA 3NU5A 2RKFA 4IVTA 3CKPA 2RENA 3EBZA 3Q5HA 5ISJA 2OHLA 4GJ7A 1BV9A 1A9MA 2J9JB 3EC0A 5P4MA 4EJKA 2QHYA 5P2OA 1SIPA 3FNTA 3OU3A 4B00A 4Y3QA 5OZBA 3PHVA 1SBGA 3OU4B 5P5YA 2BPZA 4FSLA 4K4PA 1BV7A 4RYGA 5P71A 1B6JA 3L38A 5OZVA 5P0ZA 5P7AA 5OZQA 2JXRA 2Q64A 1G2KA 2QI4A 5P1LA 4ZSRA 5P8HA 4FAFA 3ZKMA 5OZOA 5DQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2RSP A;  4BEK A;  5P5G A;  1HVJ A;  3I25 A;  2AZ9 A;  5P4O A;  5DQC A;  3APP A;  5P4J A;  7HVP A;  4I0J A;  4FRK A;  5P5P A;  4R8Y A;  4GJD A;  5P6G A;  1KZK A;  3LIV A;  2OHQ A;  5JFU A;  1HSI A;  3L5C A;  4YD3 A;  1FLH A;  3L58 A;  5P0Q A;  5P3U A;  1CPI A;  1HPV A;  2R38 A;  4Y3E A;  3L5E A;  2WEZ A;  2WKZ A;  2B7F A;  5DR0 A;  5P5H A;  5P11 A;  5P7C A;  3PRS A;  4B70 A;  4Y4A A;  2HS1 A;  1C6Y A;  3TPP A;  1XS7 D;  1XDH A;  2OHS A;  4J55 A;  4Y37 A;  1HHP A;  2FS4 A;  3SA7 A;  5P1U A;  1LF3 A;  5P6Q A;  5P1Z A;  3VFB A;  1BVE A;  4J54 A;  3VF5 A;  3IN4 A;  2ZJI A;  5P0V A;  1C6X A;  3LHG A;  3EM4 A;  3OQ7 A;  4Z50 A;  1ODX A;  1OD1 A;  3SKG A;  5P04 A;  2VA5 A;  5ER2 E;  4Q1N A;  3D20 A;  4OBD A;  5P46 A;  1MT9 A;  4YBF A;  4Y3S A;  4DUS A;  4Z2Z A;  5P6D A;  5P57 A;  5P6M A;  5P8T A;  5P1K A;  3LPJ A;  1N49 A;  5EZX A;  2B60 A;  2OHU A;  2XFK A;  2CEJ A;  4WY1 A;  5HCT A;  2ZGA A;  5P6R A;  1GVV A;  3CKT A;  3AUP A;  1ME6 A;  5HVP A;  2FXD A;  5P7J A;  5P1N A;  3KN0 A;  2VKM A;  1HIV A;  6FIV A;  3EKY A;  5P8K A;  3RSX A;  5P0F A;  4OBZ B;  5P7N A;  1FQ5 A;  2BPX A;  4QJA A;  2VA6 A;  2QAK A;  4RLD A;  5P0J A;  4YOB A;  4Z4X A;  2IKO A;  5P4T A;  5OZE A;  2IQG A;  2I4V A;  5P47 A;  5UPJ A;  4AZY A;  1SIV A;  2QI0 A;  3CYW A;  3OAG A;  5I3Y A;  1EPQ E;  5HDU A;  3LPK A;  1HVR A;  5P3S A;  5J25 A;  4GYE A;  4GJ8 A;  1YX9 A;  5P7G A;  4GJA A;  1EPP E;  1K1U A;  5P7W A;  5P4D A;  1WBM A;  4I0H A;  2G1O A;  2I4X A;  5P50 A;  2ZJM A;  5KR0 A;  5JG1 A;  3KDC A;  2J9J A;  1IZD A;  3NYG A;  5P30 A;  4OBF A;  4E43 A;  5OZM A;  1IVQ A;  4XXS A;  3TLH A;  4JP9 A;  4JEC A;  5P2Y A;  2G24 A;  5HDV A;  5COP A;  5P6N A;  3O99 A;  4N00 A;  2I0A A;  3VV6 A;  1MSN A;  2RMP A;  1HWR A;  2J9K A;  1BXQ A;  3BRA A;  1DAZ C;  1TQF A;  4EXH A;  4KE1 A;  1K1T A;  2G1S A;  4J1F A;  5BRY A;  2BKS A;  3UFN A;  5P26 A;  1BVG A;  3PBD A;  3OTY A;  1HIH A;  5F01 A;  2FDP A;  3KYR A;  4YCT A;  2WF4 A;  1B11 A;  3OUD B;  4FIV A;  5P3B A;  2BQV A;  5P55 A;  5P4P A;  5P8B A;  5P6B A;  1J71 A;  2I0D A;  3OAD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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