4B77A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 376
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b77A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b77A02
2QI6A 2PSGA 4ZIPA 4U7QA 1BDRA 2OHPA 3O9LB 5P41A 1OHRA 4Y43A 2QD7A 2WEAA 1SBGA 1ZLFA 5P1BA 5P2QA 3QN8A 5P0HA 1IDAA 3U6AA 5P4ZA 5P0NA 1K6VA 3UCBA 5P3KA 3O9DA 3DCKA 1MVPA 3K5DA 5OZMA 3EKVA 1XDHA 3G6ZA 4B78A 3T7PA 4EJDA 3SA5A 5P5GA 5P2YA 4Y5AA 2PK6A 2OHLA 2F81A 2G21A 4Y9WA 5P4NA 2AZBA 1T7IA 1XL5A 1SGUA 3L3AA 1HSHA 1YTHA 1PSOE 3APPA 5DPZA 5P39A 1Q9PA 5OZ8A 3SAAA 2IRZA 1KJGA 1AXAA 2NTRA 4Y53A 3BVAA 2BKTA 4U8WA 2R43A 3U71A 5OZSA 5IS4A 5P2IA 3ZPSA 5P77A 5DGWA 1FFIC 3VG1A 5P53A 4LXAA 5OZYA 4Y3LA 2Z4OA 1EPPE 4MC9A 4J1KA 3KT2A 4WTUA 4OBJA 1NSOA 2PMAA 3NDTA 5P0IA 3OOZA 5ISKA 5DR8A 4L6BA 1FG8C 4EP2A 5P5EA 5P8MA 3HAUA 1T6EX 4GJ8A 5P7BA 4Y47A 4Y3PA 1D4YA 2Q63A 5P5QA 3ST5A 5BS4A 2HPEA 3EKWA 4Y38A 3HDKA 5P6WA 7UPJA 3G70A 1B5FB 2I0DA 1HVSA 1MSNA 5P7MA 5P18A 3FNUA 5P3ZA 3ECGA 5P0QA 4MC1A 1HVLA 3AUPA 4YBIA 2Q54A 4J1FA 3OQKA 2PYNA 3TH9A 5P5UA 2AVSA 3QRMA 4Y44A 4KUPA 5P61A 5P3NA 5OZEA 1C6ZA 3ZL7A 3PGIA 1HSIA 1BV7A 3D20A 3K4VC 3VV7A 1A8GA 2AVQA 3LITA 5P4UA 4HE9A 2QMFA 1MT9A 1HIVA 1E80E 3L5EA 5P0ZA 5P6SA 4R93A 3TNEA 4D8CA 4LC7A 3QVCA 4J0VA 5OZRA 3CIBA 1MESA 4B0QA 3S7LA 1RL8A 4J1EA 1HXBA 2XFIA 4HZTA 1K2BA 3HVPA 1VIKA 2QZKA 5OZTA 4TVGA 5I70A 2WF0A 3OHHA 5OYYA 1XN2A 4S1GA 5P66A 5P8DA 5HE7A 3JVYA 1GVTA 2VA6A 3CKPA 4B1EA 2P3BA 4BFDA 4J17A 2ZJHA 3OU1B 2Q15A 2QD6A 5P3HA 4D83A 5P2MA 4HEGA 4DJVA 5P5AA 5P5ZA 4E43A 4QJ9A 3TLHA 1FGCC 3SA7A 2HIZA 3OHFA 1AM5A 3BC4A 5I3YA 5T4SA 1ZSFA 4I0DA 4FSLA 2VKMA 4WY6A 2QAKA 5P1XA 3UQXA 1IDBA 3AIDA 3OAGB 3UF3A 2ZHUA 1Z1HA 3IVHA 4QLHA 5P34A 1W5VA 3T7QA 4AZYA 4LBTA 3UFNA 3PCZA 5P86A 1HXWA 5P67A 4Y51A 5E5KA 4EJLA 3SA9A 4FM8A 3OWNA 3R0YA 3UQWA 3KFSA 4RCEA 5P7VA 5P0YA 3Q3TA 2NNKA 3SM2A 5P37A 4FS4A 3PHVA 4Y4WA 2FDEA 4Y37A 3UDNA 5P7NA 2BJUA 3VF5A 4DJWA 3OOTA 2AOCA 2IGXA 1M0BA 4WY1A 4NPTA 2FNSA 5ER2E 3SQFA 4EJKA 2JYSA 5P1GA 4GJ9A 3LPJA 5P1QA 1GNOA 5P15A 3EL0A 4OC6A 3G72A 4JECA 4QJ7A 5P6JA 2AOGA 5P4AA 5P1CA 5UPJA 3NXEA 5P0BA 4I11A 5OZCA 1E81E 5P30A 3NUJA 1EBZA 3PI5A 2O4KA 3SABA 5SY3A 1W6IA 3L58A 4RVJA 5P80A 1HVHA 3ZOVA 2WL0A 5P6IA 1M4HA 5P6PA 1RQ9A 1NPAA 3NWXA 3PM4A 3IXOA 3O9CA 5P8PA 5OZ1A 5P5MA 3QS1A 3RTMA 1IBQA 2FGUA 3FV3A 1HVCA 5P5BA 5P32A 5P7FA 2OHKA 5AGZA 3S45A 3EL5A 1SIPA 2SAMA 5OZNA 5P4WA 3H0BA 2OHSA 3NYGA 4TVHA 1NPVA 1LYBB 3EKXA 1KJFA 5OZFA 2PWRA 5P38A 9HVPA 5P6HA 4XX4A 4FLGA 5ER1E 4Y6MA 5KAOA 1FEJC 1XL2A 2JE4A 3PJ6A 4B77A 4PEPA 5P4HA 4RVIA 3L5BA 4MC6A 2AOHA 2VJ7A 1ENTE 1G6LA 2IEOA 2WJOA 4ZPFA 3SFCA 2R3TA 3WSJA 3O9AA 4Y5CA 5P6KA 4EHCA 1YTIA 2NMZA 4EQJA 1QBTA 1PPME 5P7EA 3VLAA 5HU1A 4H1EA 2P83A 2I4QA 3BUHA 3K4VA 4X7IA 1FF0C 2QMDA 1ODXA 4EXGA 5P75A 5OZ3A 3DCRA 2IENA 3RTNA 1IZIA 1MSMA 3QROA 5P3UA 5P0EA 1LF4A 5F01A 5P04A 5P27A 3LIYA 4FRSA 4YD4A 2P3CA 2QHCA 3OXXA 5APRE 3UFLA 1TCXA 3UTLA 2QCIA 1BAIA 5I3WA 4DV9A 2CEMA 5P2XA 4DQEA 4JPEA 3PEPA 3RVIA 4EJ8A 4F76A 4GJ5A 5P5PA 3ZPUA 1AAQA 1BDLA 5P0VA 5P73A 5P3VA 4NPUA 5DQ4A 2JJJA 1FKNA 3VYDA 2ZJNA 3UDKA 3OQ7A 1AJXA 4OD9A 4I0HA 3PSGA 3OQFA 1LYWA 3EXOA 4JOOA 4NKKA 5P6CA 3FSMA 3NU6A 2FXEA 4Y35A 1MUIA 2QI7A 3SA6A 3OGPA 1GVXA 2ZHRA 3DV1A 3ZKGA 5OZ2A 3Q4BA 1MT8A 1EEDP 2F3KA 2F3EA 5P4FA 2Q64A 1YG9A 5P0XA 3IVIA 4FRJA 5DR7A 1K6PA 1HWRA 4Q1XA 4R95A 5P2ZA 2OHUA 5CONA 4Y5KA 4UPJA 4J0PA 3KDDA 1SGZA 2B8VA 4Y4GA 3D3TA 3VYEA 4Y3DA 4D89A 4RCFA 5P64A 2G1SA 3OADA 4Y3ZA 2UPJA 1W5YA 4Y57A 1KJ4A 2ER7E 2FNTA 5P8SA 5P3MA 3PBZA 1J71A 3S8IA 3CMSA 5OZZA 3QRSA 1FQ8A 2F3FA 3U7SA 4GYEA 5P5WA 4I0GA 1EBYA 5P4JA 3EKTA 2HC0A 5P5LA 5P7IA 5P69A 3UDJA 1ODYA 5P0GA 2BPXA 4M8YA 3SO9A 1HBVA 1IZDA 1HEGE 1UH7A 3Q5HA 2AZ8A 5P1NA 5P6MA 3BXRA 5HDUA 3A2OA 3ZLQA 3PI0A 3CKTA 4KE0A 2XFJA 5AH7A 4Y36A 2QK5A 5P54A 5P0RA 4GMIA 4FSEA 3KT5A 2IDWA 4PPHA 2R9BA 3GI5A 3RU1A 3DOXA 1T7JA 2G22A 1D4LA 5P1ZA 4DQBA 3VF7A 3LZYA 2QI0A 5P0SA 5COKA 1LZQA 3JVWA 5P7JA 4EWOA 4RZ1A 3INFA 1GNNA 5P51A 5P7DA 3HD8A 3PLDA 5P6GA 2HPFA 2OHQA 3WZ8A 5P71A 3RSVA 4ZSRA 1LYAB 5FIVA 1D4HA 5P4OA 2B60A 1YM4A 4BELA 3VUCA 2I4XA 4OBFA 1APUE 2J9JB 2O40A 5P7UA 2P3DA 3OU3A 4KE1A 3VV6A 4J1HA 4Q5MA 5P25A 1FLHA 5OYXA 1LF2A 2FXDA 3T11A 1JLDA 1GVWA 4FRKA 3FNSA 3PMYA 4DH6A 2WEZA 5P4MA 1T6GA 4J0YA 5OYVA 4Y3SA 3VSXA 2AZCA 5P05A 3S43B 1ZP8A 5P8FA 1IIQA 5KOSA 3EKYA 5B18A 3NDWA 5P0LA 3FNTA 1YTGA 5P6AA 2QU3A 4B1CA 3NU5A 3TL9A 4QJ6A 4QJ2A 1XE5A 4X2LA 2QI3A 2NXLA 5P5RA 4I12A 3L59A 4RRNA 3CIDA 5P5KA 1EPOE 1DW6C 5P2OA 4Y4JA 1CZIE 3OUDA 4YCKA 5P7GA 3OU4A 3S56A 5IE1A 3DK1A 5P1VA 1MRXA 4FRIA 5P44A 5P2KA 2OAHA 5P03A 5SXNA 5P81A 4ER4E 3UQRA 1T3RA 1SDUA 5OZBA 5P6YA 2QNNA 3I6OA 2R8NA 2AOIA 2PSVA 4ER2E 1EPME 1TCWA 5P16A 5IVRA 4COEA 4DJYA 5P33A 1CPIA 5P4QA 3QBFA 5P5JA 1FMUA 1HSGA 3BUFA 5P5TA 1PPLE 4RGHA 4YDGA 4PZXA 3GGXA 1IVPA 3INEA 5COOA 5P26A 2VIEA 4Y3NA 4Y5PA 5OYRA 1N49A 3O9BA 1LF3A 5P79A 3INHA 5P55A 4CKUA 5HDXA 5P68A 3KF0A 1HVKA 3EM4A 2QD8A 3QVIA 5P0MA 5P7XA 5P6NA 1EPRE 3PWMA 5P2WA 2PH8A 2VA5A 2G24A 1Z1RA 2ZJIA 1VIJA 5P8UA 4R91A 2PYMA 3SA3A 3GI0A 2VS2A 5DQ5A 3KDBA 5P8IA 4QGIA 4RYCA 5P6UA 5P6BA 2VIYA 3CYWA 5P6EA 5P4SA 3L5DA 4F74A 5P8LA 3SM1A 5P74A 5P8RA 2G94A 4APEA 2HB3A 3NDXA 5P35A 4ZSPA 3VSWA 1ZTZA 5P2HA 5P0AA 5OZWA 3LNKA 5P3WA 3PSYA 3Q6YA 5P0WA 5ENKA 3IA9A 5P3DA 2ER9E 5AHAA 2WKZA 3KFRA 1W6HA 3KMXA 1AZ5A 3BGBA 5OZAA 5PEPA 1BIMA 5OZ4A 2APRA 4DVFA 2R5PA 5OZOA 3WZ6A 5P4VA 1ZSRA 4HDBA 2AVMA 4Y39A 5P8KA 5P4DA 2ZYEA 1BBSA 5P2DA 3SKFA 5P7HA 5OZXA 2PWCA 6APRE 1FQ5A 2G1NA 4OBHA 5JFPA 1EC1A 2V13A 5P17A 4I0IA 4K4QA 4DFGA 3EM6A 4RYGA 5P4TA 5P6XA 3NXNA 2RSPA 3IXJA 1B6LA 1G35A 1K6TA 2FS4A 2QI1A 5OZ0A 4Y3QA 4YHQA 4YOBA 3UQUA 5P5SA 4DQCA 5OZJA 5P0KA 5C9DA 2ASIA 1K2CA 1EPQE 1HPOA 5TOLA 5P3LA 4YE3A 1MEUA 5DQ1A 1PSNA 1EBWA 2JXRA 4PHVA 1FQ4A 5P36A 3N4LA 5P2CA 2QU2A 2Q11A 2A4FA 3VCMA 3BRAA 1QBUA 1PFZA 5I3XA 5JFUA 1GVVA 4YD5A 2WF4A 5P6ZA 3EMYA 4FE6A 2RENA 3KA2A 5P6DA 5P8JA 3F9QA 3T7XA 2H6SA 4I0ZA 2V12C 5P84A 5P8BA 5P0OA 4OBZA 5P5CA 5E5JA 4IVTA 4YOAA 2P3AA 5OZ9A 5JODA 3BGCA 1F34A 1E5OE 2I0AA 3QAAA 2WEBA 5KQFA 5EZXA 2PH6A 2Q55A 3UDQA 4AA8A 1A30A 3ZKQA 5P1SA 5CLMA 5P1HA 4DI2A 4Z22A 3S7MA 4I0JA 8HVPA 1BDQA 2OHTA 2RMPA 4HA5A 3EC0A 2QMGA 5AHBA 4Y5EA 2AQUA 5P70A 5OZIA 3L5CA 2QMPA 2OHRA 5P6QA 2G20A 4I0EA 2FMBA 5P6LA 3GW5A 3TTPA 4L7GA 5P1TA 2P4JA 3D91A 1SMEA 4L1AA 5P7YA 4FL8A 4FAEA 3LZSA 3L5FA 3KFNA 2AVOA 5P5YA 4I0FA 3MSKA 2FDPA 5P2UA 2ER0E 2B42A 1HPVA 1FMBA 3ZKIA 3S85A 2AODA 3GI6A 3K1WA 4DJQA 4K4RA 1KZKA 4Y3XA 2HS2A 1XS7D 5DQCA 3BHEA 3O9LA 3D1ZA 4DUSA 4ZEAA 2ER6E 4CPUA 5P1FA 5P7ZA 5P7WA 1ZBGA 4ZPEA 1K1UA 5P3AA 5P62A 2QHYA 4J0TA 5P7TA 5P02A 5P5DA 3OY4A 2QHZA 1IVQA 5P13A 3OQAA 2BQVA 5OZ6A 1RPIA 3OTYA 5P50A 3O9FA 1KJHA 2PSUA 4CP7A 1FMXA 4FIVA 5HDVA 3UPJA 4CPTA 5P4PA 1SDVA 2O4SA 3VF3A 3HLOA 1META 1U8GA 5OYUA 5OZQA 5P1AA 1SH9A 5P29A 4Y4ZA 5OZ7A 1HTEA 5P12A 2V11C 4ZSMA 4YD6A 1YM2A 2QNQA 3HVGA 4N00A 1MERA 3OQDA 4APRE 5P2LA 1MTRA 4OBDA 2O4PA 2P3BB 4H3FA 4FGXA 2ZJMA 3DUYA 3HBOA 5P20A 5P3OA 3O9IA 4JPCA 5P8GA 5JG1A 2AVVA 1B5FA 5P0FA 1QS8A 5P22A 1QBSA 1HOSA 5KR1A 2IS0A 4XXSA 3PWWA 2I4DA 4Y5LA 5P48A 2WF1A 1TW7A 3OUCA 3PVKA 5P3GA 1EC3A 5P1YA 1UPJA 2BKSA 4RROA 4CPXA 3KMYA 5P3IA 3MWSA 2B8LA 1QDMA 5ISJA 2PC0A 4J5JA 3EKPA 5DR0A 1TSUA 1ZAPA 5P24A 1MT7A 5P2SA 2VA7A 3WZ7A 1SIVA 1B6MA 5HCTA 5P23A 1TSQA 3PRSA 4Y45A 3NU3A 3N3IA 2V10C 4DQFA 5P4XA 4DJOA 3LPKA 4Y48A 3RTHA 5AH9A 4FM7A 5P4BA 4XKXA 3SA4A 2V0ZC 4IVSA 3DV5A 2VJ9A 4LHHA 5P7AA 4Y5MA 4Y54A 4H3GA 4I8ZA 1FQ7A 5P46A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI6 A;  2PSG A;  4ZIP A;  4U7Q A;  1BDR A;  2OHP A;  3O9L B;  5P41 A;  1OHR A;  4Y43 A;  2QD7 A;  2WEA A;  1SBG A;  1ZLF A;  5P1B A;  5P2Q A;  3QN8 A;  5P0H A;  1IDA A;  3U6A A;  5P4Z A;  5P0N A;  1K6V A;  3UCB A;  5P3K A;  3O9D A;  3DCK A;  1MVP A;  3K5D A;  5OZM A;  3EKV A;  1XDH A;  3G6Z A;  4B78 A;  3T7P A;  4EJD A;  3SA5 A;  5P5G A;  5P2Y A;  4Y5A A;  2PK6 A;  2OHL A;  2F81 A;  2G21 A;  4Y9W A;  5P4N A;  2AZB A;  1T7I A;  1XL5 A;  1SGU A;  3L3A A;  1HSH A;  1YTH A;  1PSO E;  3APP A;  5DPZ A;  5P39 A;  1Q9P A;  5OZ8 A;  3SAA A;  2IRZ A;  1KJG A;  1AXA A;  2NTR A;  4Y53 A;  3BVA A;  2BKT A;  4U8W A;  2R43 A;  3U71 A;  5OZS A;  5IS4 A;  5P2I A;  3ZPS A;  5P77 A;  5DGW A;  1FFI C;  3VG1 A;  5P53 A;  4LXA A;  5OZY A;  4Y3L A;  2Z4O A;  1EPP E;  4MC9 A;  4J1K A;  3KT2 A;  4WTU A;  4OBJ A;  1NSO A;  2PMA A;  3NDT A;  5P0I A;  3OOZ A;  5ISK A;  5DR8 A;  4L6B A;  1FG8 C;  4EP2 A;  5P5E A;  5P8M A;  3HAU A;  1T6E X;  4GJ8 A;  5P7B A;  4Y47 A;  4Y3P A;  1D4Y A;  2Q63 A;  5P5Q A;  3ST5 A;  5BS4 A;  2HPE A;  3EKW A;  4Y38 A;  3HDK A;  5P6W A;  7UPJ A;  3G70 A;  1B5F B;  2I0D A;  1HVS A;  1MSN A;  5P7M A;  5P18 A;  3FNU A;  5P3Z A;  3ECG A;  5P0Q A;  4MC1 A;  1HVL A;  3AUP A;  4YBI A;  2Q54 A;  4J1F A;  3OQK A;  2PYN A;  3TH9 A;  5P5U A;  2AVS A;  3QRM A;  4Y44 A;  4KUP A;  5P61 A;  5P3N A;  5OZE A;  1C6Z A;  3ZL7 A;  3PGI A;  1HSI A;  1BV7 A;  3D20 A;  3K4V C;  3VV7 A;  1A8G A;  2AVQ A;  3LIT A;  5P4U A;  4HE9 A;  2QMF A;  1MT9 A;  1HIV A;  1E80 E;  3L5E A;  5P0Z A;  5P6S A;  4R93 A;  3TNE A;  4D8C A;  4LC7 A;  3QVC A;  4J0V A;  5OZR A;  3CIB A;  1MES A;  4B0Q A;  3S7L A;  1RL8 A;  4J1E A;  1HXB A;  2XFI A;  4HZT A;  1K2B A;  3HVP A;  1VIK A;  2QZK A;  5OZT A;  4TVG A;  5I70 A;  2WF0 A;  3OHH A;  5OYY A;  1XN2 A;  4S1G A;  5P66 A;  5P8D A;  5HE7 A;  3JVY A;  1GVT A;  2VA6 A;  3CKP A;  4B1E A;  2P3B A;  4BFD A;  4J17 A;  2ZJH A;  3OU1 B;  2Q15 A;  2QD6 A;  5P3H A;  4D83 A;  5P2M A;  4HEG A;  4DJV A;  5P5A A;  5P5Z A;  4E43 A;  4QJ9 A;  3TLH A;  1FGC C;  3SA7 A;  2HIZ A;  3OHF A;  1AM5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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