4B78A

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from de novo design to ab- lowering in brain
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
384
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Core Refinement Toward Permeable Beta-Secretase (Bace-1) Inhibitors with Low Herg Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 384
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b78A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b78A02
2G94A 2ZJHA 3KT5A 5P8FA 5KR0A 2QD6A 3LIZA 4GYEA 3ZKXA 5P5PA 1D4LA 1FQ6A 5IVSA 1YT9A 3WSJA 5SZ9A 2H6TA 4LHHA 3ST5A 3PMUA 4R8YA 3NUOA 5P4PA 4K4QA 4J1IA 4DFGA 1KJ4A 1ZBGA 1A9MA 4I0IA 1HTGA 4ER1E 1TSUA 4DQHA 3KFPA 4QJ8A 3T6IA 5P3UA 2BPWA 1HWRA 4Y4UA 1QBTA 2AOHA 3UQUA 2AOJA 3ECGA 3GW5A 5OZ6A 5ISJA 5P6PA 4FE6A 3GGUA 1EC2A 3TL9A 4Y3MA 1PFZA 1HVRA 3MSJA 3OADA 3OUCA 1M43A 5P2KA 1BVEA 5P1NA 2UPJA 5P5AA 3TOGA 3VYDA 5P2MA 3DCKA 3VF3A 5P8DA 1HVLA 3HBOA 4Y41A 2VIEA 4NPTA 5P13A 5F01A 1FQ8A 5P4CA 5HD0A 5P3LA 3LIXA 2VA5A 1EC0A 3NU5A 1LYAA 2ZHRA 1ZPKA 5I3WA 4DJRA 5DQ5A 2Q11A 2HB2A 5P3ZA 2QI0A 2NTRA 5P86A 5P8NA 1K6TA 5P2LA 4FAFA 1FQ4A 3VUCA 1OHRA 1ER8E 1QBUA 3OHHA 1LYBB 5P6QA 3VYEA 1RL8A 4YD7A 1SBGA 1WBMA 5P2UA 5IE1A 2FGUA 3DK1A 3KYRA 4J1FA 4PPHA 2O4SA 1NSOA 3UDJA 4IVTA 4DJWA 5P4WA 3CYXA 3PJ6A 2WEAA 4H3JA 5P6JA 1FF0C 5P66A 5P4VA 1NPAA 5P8TA 5KAOA 5P2TA 5P5IA 2HB3A 5P2EA 4ZEAA 2FDEA 5P23A 5P4LA 1EBZA 1HTEA 5I3VA 3D1XA 3TNEA 4PHVA 3EMYA 2JJIA 5P01A 5AHBA 4Y9WA 5HDVA 2FLEA 3AUPA 3VFAA 1SGZA 1B5FB 3SA7A 1IVQA 1ODWA 2B8VA 2OHLA 4J0ZA 5P5CA 2G21A 5P75A 3Q4BA 5JFPA 4H3GA 5HDUA 3DJKA 1RNEA 4NPUA 5HCTA 4B1DA 4Y5MA 5P8BA 1EPOE 3LZSA 3CIBA 2ASIA 5P8SA 3EL5A 5P58A 3MWSA 2I4WA 1FG8C 5P6LA 3C9XA 3OOZA 1K6VA 1G2KA 1APVE 2VA6A 5P0WA 3LPJA 1GNMA 3SKFA 4MC1A 4ZSMA 4OC6A 3TPPA 2FXDA 4QJ9A 2IS0A 2VIJA 1GNOA 3ZL7A 5P6OA 1EC3A 4APEA 4Y3SA 4ER2E 1K1TA 1A94A 4F73A 5P10A 3FSMA 3K5FA 3KDDA 4H1EA 4EJ8A 5P22A 1LF3A 3SM2A 2FDPA 4NJTA 3BUFA 4Y4BA 1LYBA 3SACA 3D1YA 3EKXA 5E5JA 3G72A 2J9KA 3VV8A 5P5VA 4RVJA 4CPUA 5P3DA 1KJFA 5OZ9A 1Q9PA 1K2BA 3GGAA 5P5EA 5JG1A 5P0BA 3NDTA 2I4QA 3UQXA 1HEFE 1K2CA 1ZJ7A 5P6TA 4JPEA 2G1SA 1LF2A 1SMEA 1PROA 5P3RA 1BVGA 3G70A 4Y3PA 4B1CA 4J54A 5P78A 5OZDA 3PCWA 3MXDA 5P1GA 3UFLA 3EKWA 4B77A 4Y5EA 1B5FA 3QRSA 4FSLA 4CPQA 4NJUA 1EPLE 2ZHTA 4OBJA 5P3GA 3KA2A 6UPJA 4CPRA 1UH8A 2B60A 2V10C 1BIMA 1QRPE 4L6BA 1ZLFA 3RTMA 1E5OE 1HPSA 4YCYA 5P42A 4I11A 2PSUA 5J25A 4XX4A 5P6HA 4I0HA 1TSQA 2BKSA 2WECA 3TPRA 3OU4B 5P6FA 4D8CA 2BPVA 1XS7D 3UCBA 4J0YA 1IDBA 3UDKA 5FIVA 4PZWA 5KOSA 2APRA 3F9QA 2Q64A 2QHZA 1UH9A 3EBZA 2XFKA 4YBFA 1RV7A 1C6YA 4I0ZA 2CEJA 1FIVA 3CICA 5P3JA 3KDBA 5P2WA 5P7DA 2HIZA 3IGBA 1BDLA 1U8GA 4J1KA 4HEGA 2WKZA 3R4BA 2F3EA 5P1EA 5DQCA 5P5GA 5DQ1A 2QHCA 3SA4A 4Y5CA 5P72A 5P0XA 3GGVA 5P0ZA 1BWBA 5P29A 3RTHA 4CP7A 5P7ZA 5HVPA 3D91A 5KQYA 1YTIA 2AVSA 1J71A 1MT9A 4I12A 3WZ6A 2PK5A 1HIVA 5P5BA 5P4OA 2PYMA 4HA5A 5C9DA 5P56A 5P4GA 2R8NA 4Y4WA 5P5FA 3AIDA 4HDPA 4OBKA 1GVUA 4YDFA 2V16C 3TH9A 2RMPA 3VEUA 3S2OA 2OHKA 5P0VA 4DQEA 5P3HA 4EXGA 5OZPA 5P2AA 1APTE 4AA8A 2HS2A 4YA8A 5C9BA 5BRYA 3QI1A 1MT8A 2QAKA 4K4PA 4CPTA 1HTRB 4GJ9A 3OU4A 4I0DA 2I0DA 3IA9A 3NYGA 1LYWB 1D4SA 5P7AA 3L38A 3L5CA 1UPJA 5OZZA 2WHHA 4M8YA 3O9AA 4CPWA 5P1OA 1EAGA 1MT7A 5P62A 4Y4TA 5IVTA 5P8VA 4YD6A 4EHCA 5CLMA 3LHGA 1BDRA 1IZHA 4U7VA 3S56A 5P1AA 1A30A 5P11A 4AUCA 5ENKA 5OYWA 5P7UA 4H3IA 2V00A 2WF2A 1VIKA 1NH0A 1ZP8A 3LPIA 4BFDA 5P8CA 5P2DA 5P18A 2G20A 3PCZA 2SAMA 3MSLA 3OWNA 5P1BA 4GJBA 3PSGA 4GJ7A 4MC6A 2B42A 3CIDA 2O4KA 4EQ0A 5B18A 5P5KA 3VFBA 4K4RA 2NXDA 2VNNA 5OZXA 3QPJA 2AOFA 5OZMA 3BXRA 5OZ8A 5P2CA 3NU4A 4RLDA 3IN3A 1Z8CA 1E82E 4EYRA 5P8HA 3T11A 4AZYA 3DV1A 2I1AA 2AVOA 1YTJA 2XYEA 4Y3RA 5P5MA 3OU1B 4EJDA 2ANLA 2ER6E 4YDGA 2QZKA 2PMAA 4RRNA 4GJ6A 2RSPA 4GMIA 4Y5PA 4GJCA 3S85A 5E5KA 1HVCA 5P8OA 1MPPA 2RENA 4D89A 1B11A 2G1YA 5KR8A 2P8HA 1SMRA 3DOXA 1DPJA 1DMPA 3DCRA 3I25A 4Z2ZA 1LYWA 1ENTE 5EZXA 5P30A 4DJOA 4OBFA 2FMBA 2NNKA 5JFUA 5P55A 5P8KA 4PEPA 2WEZA 4EPJA 1AAQA 3JW2A 3R0YA 4D85A 5OZTA 3D20A 3RVIA 4Y57A 2J9JB 1EBKC 3ZKIA 3URLA 1QDMA 3OQDA 5OZQA 5P1KA 4YCTA 5OZ2A 3VLBA 4EP2A 1B6LA 4COEA 1AIDA 3S45A 4YOAA 3KFSA 2PYNA 4FSEA 4NJVA 4Y5NA 3OUBA 3JVYA 5P3CA 3ZMGA 1ME6A 4Y3JA 5HE7A 5P6EA 4EXHA 4H3FA 5P0MA 3CKRA 3QVIA 2PC0A 5P04A 3K4VC 1M0BA 5P6YA 5AHCA 1APUE 5P4TA 5I70A 1BBSA 3ZOVA 5P3YA 3OU1A 5P7RA 3ER3E 3ZPUA 5P0PA 4F74A 3UFNA 5P0KA 1F7AA 1F34A 3LPKA 2F80A 5P1DA 5P17A 5ISKA 3L58A 5P8AA 2QU2A 2NNPA 2EWYA 1T6EX 5IS4A 1HVKA 2XFIA 5P79A 5JODA 2R5PA 5P59A 2ZE1A 5P8RA 3EKTA 5P8IA 3R2FA 2G26A 3TPJA 5OZAA 1EPRE 2BPZA 1WKRA 3TPLA 3EM3A 1EC1A 1W50A 5OZJA 4Y43A 1XDHA 4Y5BA 2V0ZC 5P8PA 4ZSRA 4AA9A 2J9JA 5P76A 4OC6B 3NU6A 5P7WA 3GGXA 4RYGA 5DQ2A 2BQVA 1TW7A 5P0UA 5OZWA 4Y3FA 4ZIPA 3QROA 1WBKA 5P8MA 5C9FA 1MERA 1N49A 2ZJNA 4QJ2A 1LV1A 1GVXA 5P7XA 2PWRA 4K9HA 2BPXA 1APWE 5P8EA 3LZYA 5OYUA 3VG1A 4QGIA 5P03A 1K6PA 2FNTA 5P5UA 4L1AB 4I10A 4YHQA 4YBIA 3EKVA 4JECA 2OHUA 3INDA 4FM8A 5P05A 4FM6A 4E43A 3FKTA 2PWCA 5P4QA 3K4VA 5P1FA 2V11C 4Y53A 5P5XA 1OD1A 4J0PA 4Y3ZA 1C6ZA 2OHNA 3QS1A 4CMSA 5P2XA 4L7GA 3NDUA 4I0EA 5P3AA 3HVGA 5P5TA 3WZ8A 5COOA 5P7OA 4EWOA 4ZLSA 5P1SA 4EP3A 1W51A 5OYQA 4RROA 5P6MA 1SDVA 3LZVA 3IXKA 5OZHA 2FGVA 2G22A 3KDCA 2B7FA 3IVHA 4Y39A 5P7HA 3Q3TA 1MIQA 2VKMA 3O9IA 2UY0A 5OZ1A 5P0RA 3OQFA 4RYCA 1IZIA 3KFRA 5P64A 2HS1A 5P48A 4B05A 5P8QA 4YOBA 5P00A 4Y3HA 5I3XA 3OQ7A 4MC9A 1D4HA 2R5QA 4HDBA 3PSYA 2AZCA 5P0YA 5P4JA 1KJ7A 3L5DA 4LBTA 2JXRA 4WY6A 3KMXA 5P1RA 1MRWA 1TZSA 3NXEA 5P0FA 3EM6A 5P3NA 5P5HA 1LZQA 4R92A 5DGUA 5OYZA 5P2OA 7HVPA 1B6JA 1QBRA 4QJ7A 3KT2A 5P4BA 5P6IA 3BVBA 5P5ZA 3UPJA 4JPCA 5ER2E 4BFBA 1FGCC 3S8IA 5P3XA 5KQZA 5P7NA 1BV9A 4L1AA 2QI3A 3BGCA 3APPA 3VSWA 3GI5A 2ER7E 3BVAA 4Y3GA 3LNKA 1D4YA 2ZJKA 2FNSA 3CKTA 3PLDA 5OZ3A 4Y3LA 5P7GA 4Y58A 5P1QA 1FG6C 5P0JA 5P4KA 3KN0A 2R43A 1HBVA 4ER4E 5P6BA 4J1HA 3ZPSA 3O9LB 3QVCA 5TOLA 1HOSA 2F3KA 5P1YA 4GB2A 1YM2A 5BS4A 3ZKNA 4Y3EA 5CONA 1OEWA 4KB9A 3T7QA 4Z4XA 3I2LA 4K8SA 5P50A 1GVWA 3QRVA 3NDWA 1TQFA 4DJUA 4DQBA 4TVGA 1HPOA 1XE5A 2HB4A 3SQFA 3QRMA 1DIFA 3OXVA 3I8WA 3WB4A 3B80A 5HE4A 2IQGA 3G6ZA 2VJ6A 5P80A 2OAHA 1W5VA 4Y48A 2WJOA 3TKGA 4BEKA 5P07A 3PGIA 4Y4AA 3OQKA 2AOIA 1LF4A 5P7LA 2ZHVA 4L7JA 3EL1A 5P7SA 3L5FA 1FEJC 1TCXA 4Z22A 4Y47A 1HRNA 1EPPE 5P1UA 5P47A 3VLAA 3KFNA 1D4JA 3OGPA 5P1VA 4Y44A 5P67A 1SDUA 4Y3WA 5P5DA 2F81A 2O4PA 3OGQA 4LP9A 2G1NA 4GIDA 2VIYA 2QCIA 3H5BA 2Z54A 5DPZA 2PSVA 3HDKA 5P5RA 1FLHA 1FMBA 3KM4A 5P3QA 4Y38A 3RU1A 5P3OA 1BDQA 2G27A 2JYSA 4EJLA 4X2LA 5OYVA 2PH6A 5P52A 5P63A 4B72A 4TRWA 2ZHUA 3LIVA 5P6XA 3M9FA 3O9HA 3O9LA 4KE0A 2BKTA 2P3DA 5OYYA 3EM4A 5OYTA 5P39A 5DQ4A 2ZJLA 1BAIA 1YTGA 4OBZB 5OZ7A 5P65A 3KF0A 3TOFA 4ZE6A 5P43A 3LINA 4PZXA 2BJUA 3IXOA 3IXJA 1W6HA 3Q6YA 5P08A 3PVKA 3S7LA 2QI7A 3EL0A 4Q1NA 5P2NA 3NLSA 4WTUA 4FAEA 1HSIA 5P7KA 5P4NA 5P6DA 4DPFA 4YD5A 5P2GA 3HAWA 4ZPEA 1MEUA 3OHFA 5P3BA 3UDPA 2ZHSA 5P0NA 3WZ7A 3L5EA 5P8LA 5P6RA 1UH7A 2HM1A 3SA3A 4Y51A 2IEOA 1KJGA 2R38A 4I0JA 5P53A 1DAZC 4AMTA 4HDFA 4FS4A 1YG9A 3D3TA 3PEPA 4Y5KA 5HCOA 3PSUA 2IL2A 1HVSA 4UPJA 4J1CA 3QAAA 5OZBA 5P3TA 2NPHA 4CKUA 3OXXA 3O99A 6APRE 1G0VA 5P0AA 1D4IA 5P74A 4F75A 1XE6A 2G1RA 4IVSA 3VYFA 4DQCA 2ER9E 4RCDA 2WF4A 3Q5HA 3ZKSA 3L59A 4MC2A 3UQRA 2AVQA 2G69A 3SAAA 4Y4XA 5P19A 5P40A 5OZLA 4ACXA 4Y4DA 3RTNA 1MVPA 1FFFC 5P5WA 4R95A 2QMDA 4LL3A 2V12C 4R5NA 3OTSA 2IKUA 3K5DA 2AZ8A 5P69A 5P4MA 4OBZA 2AZ9A 4Y50A 2OHQA 5AH9A 4TRZA 5P0DA 4XXSA 2QP8A 3INEA 3BC4A 3OUDB 4A6BA 2AVVA 3N4LA 5P8GA 3TLHA 4RCFA 1VIJA 1HHPA 5COPA 5KR2A 3UHLA 5P7YA 4OBHA 3OOTA 1DW6C 4KE1A 4JP9A 3O9CA 2ER0E 5P7MA 5P4RA 1B6KA 4Y4EA 3OK9A 3LZUA 1RQ9A 4Y4JA 5P41A 4FGXA 5P5OA 3NU3A 5P0OA 3FIVA 2QZLA 4U7QA 1ZTZA 5P68A 1HXBA 1AM5A 3O9GA 3ZPTA 3BRAA 5P1CA 1IVPA 3GI0A 5OZRA 4D88A 2I4UA 3UDYA 5P0QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G94 A;  2ZJH A;  3KT5 A;  5P8F A;  5KR0 A;  2QD6 A;  3LIZ A;  4GYE A;  3ZKX A;  5P5P A;  1D4L A;  1FQ6 A;  5IVS A;  1YT9 A;  3WSJ A;  5SZ9 A;  2H6T A;  4LHH A;  3ST5 A;  3PMU A;  4R8Y A;  3NUO A;  5P4P A;  4K4Q A;  4J1I A;  4DFG A;  1KJ4 A;  1ZBG A;  1A9M A;  4I0I A;  1HTG A;  4ER1 E;  1TSU A;  4DQH A;  3KFP A;  4QJ8 A;  3T6I A;  5P3U A;  2BPW A;  1HWR A;  4Y4U A;  1QBT A;  2AOH A;  3UQU A;  2AOJ A;  3ECG A;  3GW5 A;  5OZ6 A;  5ISJ A;  5P6P A;  4FE6 A;  3GGU A;  1EC2 A;  3TL9 A;  4Y3M A;  1PFZ A;  1HVR A;  3MSJ A;  3OAD A;  3OUC A;  1M43 A;  5P2K A;  1BVE A;  5P1N A;  2UPJ A;  5P5A A;  3TOG A;  3VYD A;  5P2M A;  3DCK A;  3VF3 A;  5P8D A;  1HVL A;  3HBO A;  4Y41 A;  2VIE A;  4NPT A;  5P13 A;  5F01 A;  1FQ8 A;  5P4C A;  5HD0 A;  5P3L A;  3LIX A;  2VA5 A;  1EC0 A;  3NU5 A;  1LYA A;  2ZHR A;  1ZPK A;  5I3W A;  4DJR A;  5DQ5 A;  2Q11 A;  2HB2 A;  5P3Z A;  2QI0 A;  2NTR A;  5P86 A;  5P8N A;  1K6T A;  5P2L A;  4FAF A;  1FQ4 A;  3VUC A;  1OHR A;  1ER8 E;  1QBU A;  3OHH A;  1LYB B;  5P6Q A;  3VYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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