4BEKA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Bace1 Inhibitors: A Head Group Scan on a Series of Amides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 371
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bekA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bekA02
5OZPA 3ER3E 3N4LA 1OHRA 3D1YA 4Y9WA 2VIYA 3UDYA 5P0ZA 3IN3A 3I25A 1HEGE 4APRE 1T6GA 5P26A 4GJ5A 5P0XA 3LNKA 5P8DA 4GJ6A 3PI0A 5P3WA 5P72A 3LINA 3INFA 2NMYA 1MESA 4YD4A 5P55A 4LC7A 5P6RA 1SBGA 4B00A 1HIVA 3PJ6A 5P42A 3QN8A 4U7QA 1K6VA 4GIDA 4Y3YA 3BHEA 2P3AA 4GMIA 2AOFA 5P1GA 5C9DA 1J71A 3NDTA 2OF0A 4GJCA 4EXGA 4GJ7A 4QJAA 1C6XA 1HVCA 1HXWA 3BGCA 3LHGA 2FNSA 2BBBA 1YG9A 4F76A 5P1HA 5P8UA 1D4YA 1KJ4A 3NU6A 4YBIA 5P2OA 3QROA 5OYYA 4NJVA 3PCWA 4FE6A 5KOSA 5P70A 5P00A 3VG1A 4ER4E 3BXSA 5P3GA 5DQCA 5P0JA 1EEDP 2FXDA 4Y35A 5OZNA 5P13A 1K6PA 5OYSA 3WB5A 3I7EA 5P1UA 4CKUA 5P7KA 1M0BA 5P4SA 1SH9A 5P8VA 2B7FA 3TOFA 4BFDA 1ZTZA 3PI5A 3BRAA 2F3KA 4Y3HA 2QNNA 4ZSQA 1W6HA 1PSOE 1AAQA 3G70A 2AIDA 4EJDA 5P2KA 4Y3XA 7UPJA 2AVOA 3NU9A 3I6OA 5P60A 3CKTA 4RZ1A 4OBJA 3K5CA 3KT2A 5OZ2A 4B78A 5P2WA 3JVWA 2QHYA 4KUPA 4HDFA 1IZIA 1QS8A 5P3KA 4Q5MA 1FG6C 5P57A 5P7RA 2R38A 2FLEA 4B70A 1DMPA 5I3YA 4J55A 1T7IA 5P3IA 3SM1A 3EL1A 2WEAA 1APTE 2IEOA 5P5XA 2VIZA 2F3FA 3PSYA 4Y53A 5OYUA 1HTFA 1SDUA 1ZSRA 5P7JA 5P8JA 2R5QA 5P8KA 2QU2A 5P2VA 5SY3A 1YM4A 3PLDA 3UDKA 4QJ2A 5P29A 3VUCA 5P4NA 3T7XA 3VFBA 2QNPA 3GW5A 5IS4A 3HVPA 4EQ0A 5OYTA 3OU1A 5P2QA 5P5JA 5P81A 2NNPA 3O9IA 2I4XA 1EBKC 5P1XA 2QI7A 5EZXA 3TPJA 3OTYA 3T6IA 4D88A 1DIFA 1PPKE 4DFGA 5DR0A 3B7VA 4R92A 4Y3FA 3GI5A 2ZJHA 3G72A 1D4SA 5P1ZA 4PZXA 1A8KA 5P2TA 4DJVA 4PEPA 5FIVA 5P3AA 3DUYA 3HZCA 5P10A 4OBKA 2J9JA 1FG8C 3BUGA 1Z1RA 3D91A 4AZYA 4M8YA 3T7QA 3CIDA 1Q9PA 2OHNA 3EKYA 7HVPA 2J9KA 5F01A 6FIVA 5OZSA 5T4SA 5P3FA 1IIQA 5P8HA 3PWRA 5P6NA 3I2LA 5HDVA 3HBOA 1IVQA 3QP0A 2HS2A 1A94A 4OBZA 5P41A 3OUDA 5DQ4A 5P1MA 5KOQA 2XYEA 2B60A 5P38A 5P3EA 2QI1A 1EBZA 5P4EA 4APEA 1GNOA 1HVIA 3QVCA 5P88A 4J1KA 3TNEA 4Y4WA 5I3VA 1UPJA 4J1EA 1HVHA 2WF1A 5KQZA 2IKOA 1FFFC 3L58A 3APRE 3VLAA 2FIVA 5P5LA 3G6ZA 5P6KA 5P5EA 4IVTA 4Y3AA 2ZHTA 3SACA 5P1EA 5OYWA 2PK6A 4ZSRA 5P1DA 1XS7D 1K6TA 3UFLA 5P6EA 5P0OA 4DH6A 4YHQA 4D89A 5P3ZA 5AH7A 5P2RA 5P6AA 2BB9A 2HAHA 1HOSA 4YD5A 5P2AA 3D1XA 3OU4A 4CPUA 3VV8A 2OHTA 4GJ8A 2G21A 2PH6A 5P1IA 3QI1A 3HAWA 5P6FA 5DGWA 2ASIA 1ZAPA 2WF0A 5P5DA 1ENTE 2JE4A 3O9EA 4UPJA 3SA5A 5OZRA 3KYRA 3NWQA 1IZDA 3Q4BA 4Z4XA 2ZJMA 1EPRE 1HSIA 3OHFA 3FNTA 1HPSA 2IQGA 3LPJA 1YX9A 5P47A 5DR8A 4Y3TA 3URIA 3NDUA 2HB4A 3DCRA 5EZZA 1EC1A 2HIZA 5P79A 1FQ5A 3MSJA 2AZ8A 5P28A 3VEUA 5P6OA 4K4RA 4Q1WA 5HE5A 1MTBA 5P22A 1G6LA 3LIYA 3TPRA 4Y3LA 5BRYA 3Q5HA 4LXKA 2F8GA 3EKQA 3K5GA 1MTRA 1EPME 3WZ8A 4Y5GA 5P0TA 4A6CA 4Y3QA 4MC6A 3ZLQA 1K1TA 4MC9A 5OZIA 2Q55A 3N3IA 5OZLA 5P4FA 2ZHSA 3NDXA 3UDMA 5IVRA 1D4KA 3GI6A 4Y38A 1FGCC 3EKWA 3S43B 3EKPA 5OZYA 5DPZA 4GJBA 4JPCA 2NXLA 5P0KA 3EL9A 5P4CA 4B77A 5P30A 2WF3A 3VLBA 4OD9A 2QHZA 3OQDA 4FL8A 4CPXA 2P3BB 3OXWA 5P1BA 5P5TA 1BWBA 4Y3ZA 5P56A 5P3OA 1B6LA 4X7IA 2OHPA 2NPHA 2P83A 3NU5A 1FQ7A 4OBGA 4Y44A 5P1TA 5P6BA 5P7AA 3IVIA 2G94A 5P5UA 3KMXA 5HDZA 1FQXA 4I0DA 4DQGA 1EBYA 4I8ZA 4EJLA 2FDEA 4DJOA 3SA4A 3D1ZA 2A4FA 4LL3A 4D83A 5J25A 1RQ9A 1MRWA 3Q70A 4RRNA 5DQ2A 3OGQA 2H6SA 1DPJA 1LZQA 1AVFA 3KN0A 3VV6A 2R3TA 5IVQA 3UPJA 4DQEA 4CMSA 5P8PA 2BPYA 3LIXA 3PHVA 3SA6A 5DR7A 4Y39A 5AHCA 1HIHA 3ZKGA 5DR1A 3PMYA 5HTZA 5P3UA 3SKFA 2AOJA 5P3XA 3L5CA 3IXKA 4R8YA 1HVKA 5IE1A 4L1AA 4FAFA 5P84A 5OZHA 1FB7A 5P75A 4GJDA 1ZSFA 2Q15A 3KM4A 1Z8CA 3H5BA 1XL5A 4L7JA 3UDNA 3MWSA 3OUBA 5P54A 5KQFA 4Z2ZA 4IVSA 3BC4A 3R4BA 4ZEAA 4JOOA 5P73A 4ZPFA 5P5VA 5P50A 1CPIA 2QMFA 4J1FA 2OAHA 3OAGA 5P2ZA 5P67A 4LP9A 3TLHA 3L5BA 5P7OA 3O9HA 3RTMA 1B11A 4OBFA 5P6WA 5P7NA 5AH8A 4AMTA 5P46A 5P6XA 3KFNA 5P1JA 5OZGA 4KE0A 4I10A 4FLGA 5P3VA 5P0DA 4J54A 3VFAA 1BIMA 5P4QA 1WBKA 2JJJA 4GJ9A 3UCBA 5P5RA 3TOHA 6UPJA 4K8SA 4GYEA 3RSVA 3R0WA 3A2OA 2I4VA 1U8GA 2BQVA 4F74A 3QBHA 4AA8A 5OYRA 3SLZA 5OYXA 4Q1NA 5F00A 2ZHUA 5E5JA 4RVXA 3BUHA 5P87A 3PBZA 4FRJA 3WB4A 3ZPTA 3NYGA 4TRZA 4TVGA 3FIVA 5P44A 3PB5A 1RL8A 1M4HA 3R0YA 3S7MA 4FSLA 5P1PA 2UXZA 5P36A 4Y3SA 3S54A 4FGXA 1ODWA 5P62A 5P4AA 3OXCA 2JYSA 5P0HA 5P0YA 3LIQA 4GB2A 5ENKA 1PROA 2QMGA 1BXQA 5P68A 4YD6A 5P83A 3APPA 4Q1YA 5PEPA 1E80E 1B6MA 1META 2G27A 1M43A 1B6JA 2QD7A 4J0YA 5P20A 4FM6A 8HVPA 3QAAA 2O4KA 5OZTA 4NPTA 5P1NA 5P19A 5P5SA 1E81E 5P6YA 4HEGA 5P8GA 1E82E 5P6DA 3R1GB 5P03A 1AZ5A 1APUE 2BKTA 3RTHA 1G0VA 2NNKA 2WJOA 5P8AA 2FGUA 2ANLA 2XFKA 5SY2A 2QNQA 5ISJA 4K4QA 3S7LA 5P45A 5P8QA 5P1RA 4CPTA 3OQKA 5P4MA 3VYEA 1IDBA 5P0PA 5COPA 2PMAA 3VF5A 3URLA 1LF2A 2HPFA 4YD7A 4DJXA 4L6BA 1HTRB 5P7YA 2VNMA 3L38A 3MSLA 5P52A 1EC3A 3JW2A 3OU3A 5P33A 5P1KA 3OGPA 1FQ6A 4EJ8A 2FDDA 5BS4A 5P02A 3URJA 5OZVA 4Y41A 1XN3A 1ODXA 3ZOVA 4HE9A 2PC0A 5P3LA 3OU1B 4PYVA 5DR4A 5P48A 4QJ9A 4DJUA 3L5DA 3SFCA 5P6HA 2FNTA 5AHBA 3O9GA 4DUSA 5ER1E 4YBFA 2QD8A 3INEA 3OWNA 3F9QA 3Q3TA 5P7PA 2ZJLA 1A8GA 2RENA 4Y5BA 5P7WA 2R8NA 3NR6A 3EKXA 3GI0A 4Y5CA 3PSGA 2QU3A 3EBZA 5OZ0A 5P07A 1FF0C 2XFIA 5P5FA 3OADB 2IS0A 1BV7A 3LPIA 5P08A 2QI4A 1BBSA 3SPKA 4DPIA 5KR1A 5P7ZA 2J9JB 4F73A 9HVPA 3WZ7A 1UH8A 1GVUA 3ZPUA 5P17A 2WEBA 2XFJA 3TTPA 5P5AA 1LF3A 3ZKXA 3KFPA 3GGUA 1LYWA 2QP8A 1MT7A 5P74A 2NXMA 1FEJC 2B8VA 4Y56A 4EWOA 3Q6YA 2R5PA 3LPKA 1EC0A 4WY1A 5P7DA 4OBZB 3RTNA 5P7VA 1W51A 5P3YA 1K2CA 3OUDB 4K4PA 5P6JA 4DV9A 5KR2A 2O4NA 1KZKA 4NPUA 3KDBA 5P5IA 1TCXA 1HXBA 4YCKA 2JXRA 2RKFA 3SA7A 5P2LA 2I0DA 1MT9A 2FGVA 5HE7A 5OZZA 1JLDA 5OYQA 1FFIC 3RU1A 4X2LA 2PSUA 1GVXA 4Y3RA 4YDFA 4OC6B 2VNNA 1CZIE 2O4PA 2HS1A 5OZJA 3DCKA 3EL4A 3K4VC 5P37A 2P3DA 3D3TA 5SXNA 5P0FA 4Y4GA 5P24A 1HRNA 4LXAA 4Y5PA 3VYFA 5P7EA 1EPPE 4YDGA 5ENMA 2UPJA 1KJHA 3ZMGA 1IVPA 3D20A 3OU4B 2IL2A 3O9LA 3NWXA 2F3EA 4B0QA 3UQPA 2QZKA 2AVQA 1AJVA 4Y3PA 1HWRA 5APRE 4CPSA 3MXDA 2OHRA 1DAZC 5P2IA 2VKMA 5P5KA 5P4XA 3U6AA 1RPIA 2B8LA 1PPME 2CENA 5KAOA 3IXJA 5OZEA 1F34A 1TSQA 5P76A 4GJAA 1YTJA 2WKZA 1APVE 5OZOA 5P6IA 4XKXA 4Y4TA 4Y3MA 3OHHA 1SGZA 5P5NA 1NPAA 5P8OA 5OZUA 5P78A 1FIVA 2P8HA 3OOTA 3M9FA 3ZKIA 4OBDA 4J1IA 3PVKA 3ST5A 5HU0A 2I1AA 4LXMA 5OZQA 1GVWA 5P7SA 4RYGA 4GZFA 2QMDA 5P16A 1T6EX 1VIJA 5P8MA 1BXOA 3VV7A 4AUCA 3KFSA 4YOBA 5HCOA 4Y5MA 3L5FA 1LYAA 1HEFE 5DQ5A 3SA8A 2O4LA 4Y3GA 2AOEA 5P3MA 2NR6A 3HD8A 4QJ8A 5P1AA 5P61A 1PFZA 2NTRA 4TRWA 2VJ9A 5DGUA 3IXOA 5P8BA 4J1CA 4I0GA 4A6BA 5P2HA 3K4VA 3LZYA 2PQZA 4OD9B 4ZSPA 2BKSA 4Y4XA 2BPZA 2Z4OA 2G1YA 3ER5E 1HPOA 1KJFA 1ZP8A 5P4ZA 3NU4A 1ME6A 5P4WA 5P31A 1LS5A 5P43A 3PMUA 2V13A 4XXSA 5P06A 1EPNE 2G69A 2VJ6A 2FS4A 2XYFA 5IVTA 3S53A 2IKUA 2Q11A 1W50A 3FKTA 5SZ9A 1XDHA 4DJWA 5P6MA 5P27A 2AZCA 1B5FB 5OZ4A 4DJPA 5P0WA 2B42A 5P2JA 1PSAA 5P5PA 2I4QA 4ZE6A 3O9AA 1HSHA 1AM5A 5P04A 5UPJA 3TPLA 5P7TA 5P39A 5P3CA 4QLHA 2AVSA 2BPVA 3IAWA 5P63A 4YA8A 1K2BA 5P1QA 3LIZA 4Y43A 4XX3A 5P6CA 2G1OA 5OZ5A 5P7UA 1FKNA 3EMYA 5P4JA 5KQXA 1E5OE 1BWAA 5HDUA 5P5YA 4MC2A 1DW6C 1G35A 1C6YA 3T11A 3K5FA 4FRIA 2OHMA 5P4DA 4H1EA 3SM2A 4J0VA 3SO9A 5OZ8A 5P2UA 5OZBA 2AOIA 5P3SA 3CYXA 4EP3A 4ZPEA 4I0FA 2IGXA 3S2OA 4HDPA 3NUOA 5P01A 4Y4JA 4WY6A 4RRSA 5P82A 2MIPA 4Y4EA 2F80A 2QZXA 2ZGAA 4HVPA 2VJ7A 3JVYA 2AOCA 4R95A 2BJUA 5P6TA 4NKKA 5P7FA 1TQFA 3PM4A 1ZPAA 4Y47A 5P1SA 2V0ZC 1EBWA 3PEPA 4YOAA 3NU3A 4DQFA 2FMBA 5P6PA 2JJIA 4MC1A 4LBTA 4Y5KA 3TOGA 3UF3A 5P8LA 4ER1E 5JODA 2QMPA 3NUJA 5C9FA 2PYNA 2OHKA 2AOHA 1LYBA 5CONA 5P1YA 4YE3A 3OTSA 1ZBGA 5P8NA 3NXNA 3OY4A 1WBMA 5P2NA 5P69A 4Y54A 1AIDA 1GVTA 3B80A 4U7VA 4FM7A 5P71A 3U7SA 4QGIA 3O99A 4DJRA 3VCMA 3PSUA 3GGXA 1WKRA 1OEWA 3LITA 3S43A 2R3WA 5P89A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZP A;  3ER3 E;  3N4L A;  1OHR A;  3D1Y A;  4Y9W A;  2VIY A;  3UDY A;  5P0Z A;  3IN3 A;  3I25 A;  1HEG E;  4APR E;  1T6G A;  5P26 A;  4GJ5 A;  5P0X A;  3LNK A;  5P8D A;  4GJ6 A;  3PI0 A;  5P3W A;  5P72 A;  3LIN A;  3INF A;  2NMY A;  1MES A;  4YD4 A;  5P55 A;  4LC7 A;  5P6R A;  1SBG A;  4B00 A;  1HIV A;  3PJ6 A;  5P42 A;  3QN8 A;  4U7Q A;  1K6V A;  4GID A;  4Y3Y A;  3BHE A;  2P3A A;  4GMI A;  2AOF A;  5P1G A;  5C9D A;  1J71 A;  3NDT A;  2OF0 A;  4GJC A;  4EXG A;  4GJ7 A;  4QJA A;  1C6X A;  1HVC A;  1HXW A;  3BGC A;  3LHG A;  2FNS A;  2BBB A;  1YG9 A;  4F76 A;  5P1H A;  5P8U A;  1D4Y A;  1KJ4 A;  3NU6 A;  4YBI A;  5P2O A;  3QRO A;  5OYY A;  4NJV A;  3PCW A;  4FE6 A;  5KOS A;  5P70 A;  5P00 A;  3VG1 A;  4ER4 E;  3BXS A;  5P3G A;  5DQC A;  5P0J A;  1EED P;  2FXD A;  4Y35 A;  5OZN A;  5P13 A;  1K6P A;  5OYS A;  3WB5 A;  3I7E A;  5P1U A;  4CKU A;  5P7K A;  1M0B A;  5P4S A;  1SH9 A;  5P8V A;  2B7F A;  3TOF A;  4BFD A;  1ZTZ A;  3PI5 A;  3BRA A;  2F3K A;  4Y3H A;  2QNN A;  4ZSQ A;  1W6H A;  1PSO E;  1AAQ A;  3G70 A;  2AID A;  4EJD A;  5P2K A;  4Y3X A;  7UPJ A;  2AVO A;  3NU9 A;  3I6O A;  5P60 A;  3CKT A;  4RZ1 A;  4OBJ A;  3K5C A;  3KT2 A;  5OZ2 A;  4B78 A;  5P2W A;  3JVW A;  2QHY A;  4KUP A;  4HDF A;  1IZI A;  1QS8 A;  5P3K A;  4Q5M A;  1FG6 C;  5P57 A;  5P7R A;  2R38 A;  2FLE A;  4B70 A;  1DMP A;  5I3Y A;  4J55 A;  1T7I A;  5P3I A;  3SM1 A;  3EL1 A;  2WEA A;  1APT E;  2IEO A;  5P5X A;  2VIZ A;  2F3F A;  3PSY A;  4Y53 A;  5OYU A;  1HTF A;  1SDU A;  1ZSR A;  5P7J A;  5P8J A;  2R5Q A;  5P8K A;  2QU2 A;  5P2V A;  5SY3 A;  1YM4 A;  3PLD A;  3UDK A;  4QJ2 A;  5P29 A;  3VUC A;  5P4N A;  3T7X A;  3VFB A;  2QNP A;  3GW5 A;  5IS4 A;  3HVP A;  4EQ0 A;  5OYT A;  3OU1 A;  5P2Q A;  5P5J A;  5P81 A;  2NNP A;  3O9I A;  2I4X A;  1EBK C;  5P1X A;  2QI7 A;  5EZX A;  3TPJ A;  3OTY A;  3T6I A;  4D88 A;  1DIF A;  1PPK E;  4DFG A;  5DR0 A;  3B7V A;  4R92 A;  4Y3F A;  3GI5 A;  2ZJH A;  3G72 A;  1D4S A;  5P1Z A;  4PZX A;  1A8K A;  5P2T A;  4DJV A;  4PEP A;  5FIV A;  5P3A A;  3DUY A;  3HZC A;  5P10 A;  4OBK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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