4D83A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bur436, derived from a co-crystallization experiment
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d83A02
2AIDA 5P8IA 3JVYA 2PSUA 3H5BA 3NDTA 5P5EA 5AH6A 3PBZA 5P7ZA 5P0CA 5P5SA 3S54A 1ZJ7A 1B5FA 5P1MA 2ZJHA 3EKQA 2FS4A 1PSOE 5KOQA 1D4JA 5OYRA 4BEKA 4PYVA 5P36A 2FDPA 3LPIA 5P6CA 3ZPUA 3GW5A 4Y3RA 1UH7A 3L5EA 3EC0A 3TKGA 2BJUA 5P65A 5P8JA 5DR0A 3AIDA 4JP9A 4DVFA 2ASIA 2WECA 2O4KA 5P2KA 4NJSA 5HE4A 5P72A 5P11A 5P3GA 1MESA 5P73A 4CPRA 3G72A 4EP3A 1NPAA 3QP0A 3Q70A 5P7QA 3C9XA 4R93A 4LL3A 1MVPA 2P3BB 3EKPA 5P03A 5P88A 1UH8A 1EC0A 1VIKA 2UPJA 4H3JA 3PEPA 3NWXA 3SA6A 4B0QA 5P0YA 2P4JA 4J1HA 5P1FA 5P2VA 1A9MA 5KR2A 3GI6A 2P3BA 4Y45A 5P5FA 3RTNA 4Y3LA 5P7BA 4OC6A 4Q1WA 2VA6A 5P86A 3PWMA 5P3AA 4HE9A 2FGUA 4ZSQA 2ZJIA 1FQ5A 2QNNA 5P1SA 4HDFA 3PMYA 5CONA 3N3IA 3ST5A 4EPJA 2FMBA 1D4SA 3T6IA 2OHMA 4Y44A 5OZMA 4RVIA 1IIQA 5KAOA 3CKRA 5I3YA 3TH9A 4AUCA 4Y5BA 5P0XA 5P0GA 4EQ0A 3TKWA 5BS4A 5OZLA 3QIHA 1XDHA 3I25A 3S43B 3UDPA 1M4HA 3G6ZA 1ZBGA 3TL9A 1HWRA 5P6BA 1BXOA 1W50A 2IENA 3S43A 5P3QA 4Y47A 2R5QA 4LXMA 3T11A 2UXZA 5OZXA 5P80A 4YBFA 3OXWA 5TOLA 3L5BA 5JG1A 5JODA 3ER5E 2AODA 3ZLQA 4J1KA 2WL0A 4L1AB 2NPHA 1NPVA 5P0MA 1AIDA 1HSIA 4QJ9A 2NMZA 3OQKA 5P2IA 5P7CA 1CPIA 4RYGA 2HB4A 3PM4A 2ER0E 5P0TA 4L1AA 5I3XA 1B6JA 5P10A 4B00A 4EP2A 3VCMA 4N00A 5P2MA 2JYSA 5P5LA 5HD0A 4ZPEA 5C9BA 3NU3A 4B78A 5P59A 5ISKA 4Y4DA 1META 2AZBA 3KA2A 5P79A 4YE3A 3KFSA 5P0NA 4ZSPA 3HLOA 2BKSA 3URLA 5P55A 3VF3A 5P3KA 5HDUA 2G1OA 4GJCA 4MC2A 5P7TA 5P8SA 5P7AA 5OZYA 3QVCA 3EKWA 2J9JB 2IS0A 2AVVA 1OEXA 3R2FA 1W5WA 4LHHA 4Q1YA 2G24A 3LPKA 2J9JA 3OOZA 3K4VC 1C6ZA 2ZJNA 1K1TA 5P4BA 3EBZA 4XX3A 4J0PA 5P0WA 2P3AA 5DGUA 1B6LA 1MT8A 3SKFA 3SFCA 1IZEA 3PGIA 3UCBA 1HIVA 2OHPA 1GVWA 4J55A 5OZAA 3WZ7A 4FLGA 5P8LA 2NXDA 3NXEA 2I4UA 3KM4A 5HDVA 5P5QA 3PMUA 5P14A 1RV7A 1SIVA 3BUHA 5P8TA 5P5PA 3H0BA 2QHCA 2NNKA 5P7RA 1G35A 4HVPA 5P40A 5P81A 4TRZA 5OZ3A 5P22A 5P70A 5P19A 4OBHA 1W6IA 1FQ7A 5P7SA 3QRSA 3S7MA 2Q55A 1K6VA 2O4PA 3NU4A 2V10C 1FIVA 4H1EA 1SDVA 5P37A 2IQGA 3K5DA 2QI3A 2ER7E 2R3TA 4OBGA 3PLLA 4Y54A 5P04A 2VJ9A 4J0VA 5P0ZA 4DJOA 1D4LA 5P25A 4RZ1A 5P78A 5P4GA 5IE1A 5P12A 5P4JA 2OHUA 3JW2A 1W51A 4EXGA 1IVQA 1LYBB 4YD4A 5ER1E 3S53A 4ACXA 1EPRE 5P4VA 4F76A 4Y4TA 4Y3DA 5P35A 5P43A 1LYBA 2VJ7A 1RNEA 4EYRA 3OTYA 3DM6A 5KR1A 5P6EA 4FCOA 4Y4EA 4L7JA 2FDEA 5P4XA 3OXCA 2PH6A 3LZYA 4B1CA 5P6KA 3B7VA 4Y3FA 5P3WA 1TZSA 4HEGA 1G2KA 4YOAA 2BKTA 3RU1A 2PSVA 5P6MA 2A4FA 3R0WA 1F34A 2NR6A 3INDA 3OUDB 5AGZA 4ER2E 1WKRA 2AOHA 3MWSA 2AOEA 5HVPA 5OZUA 5P23A 5SY2A 3IVHA 5P8HA 2NXMA 2QI6A 2OAHA 3OUDA 4Y5AA 2I4QA 1RL8A 3GI5A 3VF5A 1SGUA 4X2LA 2XFIA 5P8MA 1IZHA 4AA9A 5P60A 5P8BA 5OZHA 5P26A 4GB2A 2BPZA 3DCRA 4BFBA 1EEDP 3PRSA 5P8DA 4Y38A 1YTJA 1APVE 3FSMA 3OQDA 3PSGA 1HRNA 2ZJKA 3MXEA 3SPKA 1ZAPA 4D89A 3DUYA 5IVQA 5P8NA 3SKGA 5P6AA 3UDKA 2VNNA 1T7KA 3NXNA 1W5VA 5OZ0A 4K9HA 1RQ9A 4Y58A 3SA7A 5OYUA 5OZZA 5P5MA 2PMAA 3L3AA 2ZYEA 5OZ6A 4GYEA 2RSPA 5OZOA 1BWBA 4APEA 2V16C 4RGHA 5ENMA 1T7JA 2WF4A 2B7ZA 4S1GA 1ME6A 1T3RA 2Q64A 3BHEA 2IRZA 4GMIA 1B6PA 1HSGA 5P24A 2MIPA 3NYGA 2FXEA 5P50A 3S56A 5OZNA 1AJXA 3VYFA 4OBJA 3EKXA 4QJ6A 8HVPA 1T6GA 3WSJA 2HS2A 1K6PA 2OHNA 3SO9A 5P2WA 5P49A 4I0JA 4OBZB 4OBDA 3WZ8A 1E82E 2ZHVA 4DJQA 5OZWA 5P4TA 5P3MA 1KJ4A 5P0UA 5P44A 2ZGAA 4HZTA 1TCXA 3FIVA 6FIVA 5IVTA 1DPJA 4OBZA 4MC6A 4Z50A 2G69A 3HAUA 3ZKSA 3LIQA 4D83A 3T3CA 4RCDA 2G20A 5P2RA 4Y5MA 3OTSA 1K2BA 2G26A 5JFUA 1ZPKA 3F9QA 5P6QA 4XKXA 3OU4B 5P0EA 1HVSA 5P5VA 3PBDA 3IXKA 1AVFA 3APRE 5P1JA 3OU4A 3TPLA 3I6OA 5I3VA 5P7HA 9HVPA 5P2SA 5OZIA 3VUCA 3KT2A 2OHLA 5P2CA 4Y3EA 2AOJA 3UDQA 1XS7D 2QU2A 2ZE1A 4I0HA 5P0HA 4Y3MA 5OYQA 3O9GA 3O99A 5P4AA 2JE4A 2QD8A 4BELA 4Y4GA 3VLAA 4Y3SA 2P8HA 3O9FA 3VV6A 3BUFA 5P7XA 2VNMA 4KE0A 1E81E 1PPLE 3QRVA 5P0FA 1HVRA 1FG8C 3L38A 1EPOE 1W5YA 4PEPA 5P3NA 4DQFA 4ER4E 3R0YA 3BGBA 2VA7A 1LYWB 2WHHA 2UY0A 4XXSA 5UPJA 5P1HA 5P0AA 5P4OA 4OD9B 4DJWA 4H3IA 4LBTA 3TPPA 4ER1E 4D85A 1HVIA 1LYWA 5DQ4A 2RKFA 4RCEA 2I4WA 1XN3A 3INFA 5P0IA 5HE7A 2O40A 1LF3A 1AAQA 4FGXA 5P4UA 4OD9A 3R1GB 5P0DA 4RVXA 5P2NA 3UDNA 5P6FA 3HW1A 3UQUA 4EJKA 4GJDA 4J1EA 1FMXA 2HM1A 3OK9A 2RENA 4Y43A 4Y5KA 2QZKA 5P89A 4GJ9A 3CICA 3LZSA 4RRNA 3OXXA 5HCTA 3EKVA 1W6HA 3PSUA 4J1FA 5P28A 2JXRA 4ZEAA 5P5GA 2WEDA 3UFNA 5P7FA 3OOTA 1QDMA 4DJVA 5BWYA 5P3CA 4WY6A 1QRPE 3U71A 5P3FA 3VFBA 5ER2E 2AVSA 3EKYA 4QJAA 5OZKA 3BC4A 4I8ZA 3IN4A 3BRAA 3GGVA 3FNUA 3PLDA 5P2GA 4CMSA 5P58A 3QI1A 3QBHA 5OZRA 1NSOA 1EC2A 3T7PA 3UFLA 4ZE6A 5P71A 5P47A 5P4FA 5P5RA 3CIDA 4A6BA 2CEJA 5P39A 5EZXA 4OC6B 2ER6E 2B8VA 3KDCA 5P8EA 4XX4A 1G0VA 5OZ2A 3QBFA 1K6TA 1PSAA 4QJ8A 5OZ7A 5P3RA 5P4CA 5OZEA 5OYVA 1M0BA 4B1EA 1MIQA 4L7HA 1SGZA 1FG6C 2ZHRA 3FKTA 3K4VA 2JJIA 2F3EA 4Y3QA 4RVJA 4Y50A 2OF0A 2PK5A 5P8OA 5P8AA 5P15A 3OQFA 2FIVA 2BPWA 2WEZA 1IZIA 3A2OA 3PVKA 1YTHA 4HDPA 3JVWA 5P6OA 5P77A 1MSMA 5IVSA 3MSJA 4YA8A 4PHVA 5P0OA 1ZP8A 5CLMA 5P06A 2BB9A 5AH9A 4Z2ZA 5P09A 3EM6A 5P6YA 1SIPA 4K4PA 4JECA 5P1UA 1GNNA 3HD8A 5E5JA 4CPSA 2HPEA 4J5JA 3U6AA 4DUSA 5P2DA 3LZVA 4ZPGA 1HXWA 5P5BA 1EBWA 3HAWA 1APWE 3OUAA 5B18A 2FLEA 5OZ4A 3EXOA 3UDHA 1YX9A 1IVPA 2QI1A 1OEWA 4EJDA 5OZFA 3SQFA 3KT5A 2WF1A 5P67A 1AM5A 4YBIA 4Y4BA 2HC0A 4Y3YA 3DK1A 4Y41A 5P1WA 3UPJA 1HHPA 1M43A 4B72A 4Y3TA 1EPQE 3D91A 5KQXA 1BXQA 4APRE 3GI4A 1FFIC 2VIZA 4L7GA 5P30A 3UDRA 5OZ5A 5P5WA 3UF3A 5P5KA 2O4SA 1FQ4A 5P5ZA 4FAEA 5P1NA 4H3GA 5P5TA 2ZHTA 4Y36A 3TTPA 5P0SA 2NNPA 2VA5A 5P1PA 5P3JA 3SABA 4Y57A 3TNEA 5P61A 2XYEA 5P68A 2G22A 5P3BA 4CKUA 5P2JA 5AH8A 5P6WA 5P6VA 3RTHA 4I11A 1NH0A 1HVCA 5P29A 3QN8A 5P3PA 4DQCA 1K6CA 3TPJA 4I0EA 4HA5A 4I12A 1BV7A 4Y4UA 5OYSA 1BVEA 4EXHA 1Z1HA 2XFJA 3DOXA 3I8WA 4NJTA 5EZZA 5P01A 5P5IA 1HPXA 1SDUA 1FQ8A 2J9KA 2BPYA 1HPOA 5HTZA 5IS4A 1EPPE 3S8IA 5P1EA 3LIXA 2VIEA 5P1RA 1HOSA 2IL2A 2APRA 1HVKA 4YD7A 5P2QA 5P7NA 3DCKA 2XYFA 3S7LA 3OXVA 3M9FA 1CMSA 3VFAA 3UQWA 5P4YA 2ZHSA 4OBKA 3INHA 5P1LA 2AOFA 3O9AA 4RRSA 3VLBA 4AZYA 1AXAA 1D4HA 5P87A 1HIIA 2ANLA 2WF2A 3ZKIA 3ZPTA 1FB7A 1GVVA 4GZFA 5DR4A 1OD1A 5OYWA 3IAWA 4KB9A 5P3SA 2QI4A 5P46A 5P4HA 1N49A 3EL9A 4GJBA 5P6UA 4J1IA 2EWYA 3EKTA 2R43A 2QAKA 4FS4A 4YD5A 5P18A 3UQXA 2RMPA 2WEBA 3D20A 2BBBA 3KMYA 1A94A 1FKNA 2ZDZA 2FGVA 3K5FA 7UPJA 1W5XA 3OHHA 1D4IA 4YHQA 5P54A 5P7EA 5P45A 4Y9WA 5P7JA 2QMPA 5P7OA 5P4DA 3OHFA 2QZLA 3GI0A 4DH6A 3D1YA 4QJ2A 3FX5A 3NUOA 5P4MA 3APPA 5HCOA 4FSEA 3TPRA 4ZSMA 5IVRA 4F73A 2AZCA 5P84A 4Y3AA 5DQ5A 5P52A 5DPZA 3L5DA 1YG9A 5P5JA 1YM4A 3SA8A 3WB4A 4DPFA 3URJA 2P3CA 2PK6A 3I7EA 1C6YA 5P7IA 4U7VA 2QNQA 4GIDA 5P1GA 4YOBA 1TSUA 4CPTA 4H3FA 2XFKA 1HPVA 3OADB 3O9DA 4PZXA 1PROA 4Q5MA 5KR0A 2F80A 2OHRA 1BDLA 3VG1A 3PCWA 2OHQA 3OADA 3LPJA 4CPWA 1PPKE 4I0FA 5P1DA 5COOA 3IGBA 1BIMA 3PCZA 2O4LA 1BVGA 1IDBA 3PI5A 3UDMA 4EHCA 2QD6A 1FF0C 5P7MA 2AVOA 2V11C 3OGPA 5DGWA 1MTBA 2B60A 5P4ZA 5DR3A 4Z22A 1XE5A 3ZPSA 3K1WA 4FIVA 1ENTE 4R92A 2F3FA 4TRYA 1HEGE 5P0RA 1BAIA 5KQFA 5P6TA 2IKUA 5P05A 5P6SA 3TOHA 1SMEA 4Y5GA 1ODYA 3EM3A 5APRE 4DJPA 5P7PA 4LXAA 5P33A 5P2BA 1MRWA 2WF3A 3HDKA 5P6XA 4K8SA 2Q15A 5J25A 3NSHA 4DQHA 5OZ8A 1EAGA 3PHVA 2QZWA 2Q11A 5P76A 2RKGA 1LV1A 3CKTA 2HB3A 3SM1A 4Y4ZA 2Z54A 1HVHA 5COKA 2G1NA 2G1YA 2QP8A 5DQCA 5P2UA 4Q1XA 3BXRA 2ER9E 5P7YA 5P1QA 4FL8A 5P34A 1FLHA 3PWRA 1JLDA 5P7GA 5P2HA 5P0BA 1YTGA 2BQVA 4DQGA 1ODWA 5P2XA 1HVJA 5FIVA 4YCTA 2B42A 1MT9A 3GGUA 3U7SA 5P4KA 2AZ9A 4QLHA 5OZ1A 4ZLSA 5AHCA 4NJUA 3GGXA 3L58A 5KOSA 3PB5A 5P4IA 5I70A 1LF4A 5P8PA 5OZJA 4EJLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AID A;  5P8I A;  3JVY A;  2PSU A;  3H5B A;  3NDT A;  5P5E A;  5AH6 A;  3PBZ A;  5P7Z A;  5P0C A;  5P5S A;  3S54 A;  1ZJ7 A;  1B5F A;  5P1M A;  2ZJH A;  3EKQ A;  2FS4 A;  1PSO E;  5KOQ A;  1D4J A;  5OYR A;  4BEK A;  4PYV A;  5P36 A;  2FDP A;  3LPI A;  5P6C A;  3ZPU A;  3GW5 A;  4Y3R A;  1UH7 A;  3L5E A;  3EC0 A;  3TKG A;  2BJU A;  5P65 A;  5P8J A;  5DR0 A;  3AID A;  4JP9 A;  4DVF A;  2ASI A;  2WEC A;  2O4K A;  5P2K A;  4NJS A;  5HE4 A;  5P72 A;  5P11 A;  5P3G A;  1MES A;  5P73 A;  4CPR A;  3G72 A;  4EP3 A;  1NPA A;  3QP0 A;  3Q70 A;  5P7Q A;  3C9X A;  4R93 A;  4LL3 A;  1MVP A;  2P3B B;  3EKP A;  5P03 A;  5P88 A;  1UH8 A;  1EC0 A;  1VIK A;  2UPJ A;  4H3J A;  3PEP A;  3NWX A;  3SA6 A;  4B0Q A;  5P0Y A;  2P4J A;  4J1H A;  5P1F A;  5P2V A;  1A9M A;  5KR2 A;  3GI6 A;  2P3B A;  4Y45 A;  5P5F A;  3RTN A;  4Y3L A;  5P7B A;  4OC6 A;  4Q1W A;  2VA6 A;  5P86 A;  3PWM A;  5P3A A;  4HE9 A;  2FGU A;  4ZSQ A;  2ZJI A;  1FQ5 A;  2QNN A;  5P1S A;  4HDF A;  3PMY A;  5CON A;  3N3I A;  3ST5 A;  4EPJ A;  2FMB A; 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 5OZ6 A;  4GYE A;  2RSP A;  5OZO A;  1BWB A;  4APE A;  2V16 C;  4RGH A;  5ENM A;  1T7J A;  2WF4 A;  2B7Z A;  4S1G A;  1ME6 A;  1T3R A;  2Q64 A;  3BHE A;  2IRZ A;  4GMI A;  1B6P A;  1HSG A;  5P24 A;  2MIP A;  3NYG A;  2FXE A;  5P50 A;  3S56 A;  5OZN A;  1AJX A;  3VYF A;  4OBJ A;  3EKX A;  4QJ6 A;  8HVP A;  1T6G A;  3WSJ A;  2HS2 A;  1K6P A;  2OHN A;  3SO9 A;  5P2W A;  5P49 A;  4I0J A;  4OBZ B;  4OBD A;  3WZ8 A;  1E82 E;  2ZHV A;  4DJQ A;  5OZW A;  5P4T A;  5P3M A;  1KJ4 A;  5P0U A;  5P44 A;  2ZGA A;  4HZT A;  1TCX A;  3FIV A;  6FIV A;  5IVT A;  1DPJ A;  4OBZ A;  4MC6 A;  4Z50 A;  2G69 A;  3HAU A;  3ZKS A;  3LIQ A;  4D83 A;  3T3C A;  4RCD A;  2G20 A;  5P2R A;  4Y5M A;  3OTS A;  1K2B A;  2G26 A;  5JFU A;  1ZPK A;  3F9Q A;  5P6Q A;  4XKX A;  3OU4 B;  5P0E A;  1HVS A;  5P5V A;  3PBD A;  3IXK A;  1AVF A;  3APR E;  5P1J A;  3OU4 A;  3TPL A;  3I6O A;  5I3V A;  5P7H A;  9HVP A;  5P2S A;  5OZI A;  3VUC A;  3KT2 A;  2OHL A;  5P2C A;  4Y3E A;  2AOJ A;  3UDQ A;  1XS7 D;  2QU2 A;  2ZE1 A;  4I0H A;  5P0H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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