4D85A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bvi151
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d85A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d85A02
1BXQA 3NDWA 5P1YA 1FQ4A 2O4PA 5HCTA 5B18A 3D1XA 5P62A 3UQRA 2ZJIA 1HVCA 3QVIA 1ODWA 5P83A 4I8WA 2WJOA 1JLDA 4DJOA 3DK1A 4COEA 4NJTA 5P22A 2CENA 5P38A 1OD1A 5P64A 5P75A 1EEDP 1EBWA 4LBTA 3TPLA 3PCZA 1A30A 3T11A 5P5ZA 3SKFA 5PEPA 3GW5A 5P6KA 4LC7A 4RLDA 5P2VA 4J1IA 1LF3A 4MC1A 1YTGA 2IGYA 1FG8C 3IXOA 3O9FA 2QD8A 4HDFA 1MSNA 4NJVA 2B60A 5P3RA 2ZGAA 4GJAA 4N00A 3FNSA 5P0ZA 4YE3A 1Q9PA 4K4QA 1UH9A 3GGXA 3S56A 4H3GA 1ZPKA 3WZ8A 3I25A 4BFBA 1NSOA 5DR1A 4CPUA 1B11A 4Y4ZA 1C70A 5OZ8A 2ZJLA 2HS2A 3EL4A 4Y5KA 5P7NA 5P2GA 4GJBA 5P30A 4FLGA 3SA5A 2OHPA 3TL9A 5P2YA 2IENA 1MT9A 2PC0A 5AGZA 2ER9E 3TLHA 5P4TA 5C9FA 1UH8A 5AHAA 2XFJA 4FRSA 5P0OA 2G24A 3NYGA 4Y3YA 4JPEA 4Y3RA 4DUSA 1SIPA 1W5WA 3OXVA 5C9BA 4I8ZA 1APVE 4FE6A 3L5DA 3QIHA 1SGZA 5OZ1A 3SPKA 4GJCA 3O9CA 4PHVA 1CMSA 2PYNA 1B5FB 3N4LA 5HE4A 4E43A 1KJGA 1APUE 5OYRA 4LHHA 5OZUA 4Y48A 5P8LA 5P6RA 5EZZA 5P28A 3VV8A 4Y3PA 1MEUA 3ZKQA 1HTRB 5OYWA 3NU6A 3D3TA 4YCTA 3PJ6A 4PZWA 5P5NA 3BXRA 2V11C 1HSIA 7HVPA 5P3YA 3ER3E 2QMGA 3WB4A 2WHHA 5P0RA 4RVIA 4FSLA 5P6QA 3U71A 2XYEA 5P4AA 3Q5HA 5E5JA 1T6EX 4WY6A 2P3BA 4YOAA 4J5JA 5P2DA 3UDQA 2QMDA 3BC4A 4EQJA 5I3XA 5OZVA 2F3FA 2J9JB 5COKA 2BB9A 5P3BA 1B6JA 5IS4A 4J54A 3B80A 2O4NA 4Q5MA 1BWBA 1QBRA 2NPHA 5P57A 3ZKGA 4FS4A 2I4WA 2V13A 1HVJA 2VA5A 2WEDA 2H6SA 2OHRA 1EPQE 1EC3A 3SLZA 4H3IA 4Y4EA 2ASIA 3EL5A 1YTIA 3PLDA 4D83A 1DW6C 3HVGA 4KE1A 5BRYA 3QAAA 4OBDA 5P8AA 4DPFA 4NPUA 4JECA 1LYAB 3O9LB 1SP5A 5TOLA 3ZKXA 1Z1RA 4RVJA 4R5NA 4TRZA 4FM7A 1D4IA 2QD7A 5P8UA 3UDJA 5P5GA 5P3ZA 5P6LA 5P79A 3ZL7A 5P48A 4FIVA 4ZPEA 4YOBA 5P5SA 4KB9A 4CKUA 5P6PA 4K4RA 4QGIA 4A6CA 1HVKA 3KFPA 2I0AA 4Z2ZA 2OHSA 1FMXA 4RRSA 1K6TA 5P2CA 5P67A 4Y51A 4CPWA 3HAWA 4TVHA 4HDPA 5OZKA 3PGIA 1BWAA 1VIKA 4Y3TA 3MSJA 4PEPA 1XN2A 5P15A 1HPXA 3KT2A 1J71A 4Y6MA 4YD3A 5P6DA 5P4YA 2I4QA 1UPJA 1PPKE 1LYAA 3O9LA 2AVOA 5P6CA 4Y36A 4Y3GA 5F01A 4GJ6A 2PSUA 5P4RA 3KA2A 5P7CA 5P0JA 4HVPA 1IDBA 5P70A 4EP3A 1W5XA 4J55A 1MIQA 2ZJMA 5KQYA 2VIZA 5AHCA 3I8WA 3QBHA 3IGBA 4ACUA 1YM4A 3OK9A 1NH0A 5P68A 2G1YA 2QZKA 1IZEA 5P7JA 2OAHA 4Y39A 2R8NA 5P5MA 5P76A 5OZYA 4RGHA 3S43B 2BPYA 2VS2A 5OZCA 4Y5LA 2ZJKA 5P6SA 4I12A 5P3AA 5OZDA 4B1DA 4ER2E 1YM2A 4ER1E 4LXMA 3RTHA 4YCYA 4H3FA 5OZXA 3SA9A 2WEBA 4FRKA 5HTZA 5P6HA 4Z22A 1IZDA 5P3DA 2P4JA 4IVSA 2VNNA 9HVPA 5P6VA 4ZIPA 4Y37A 1AXAA 3EMYA 4DQHA 1VIJA 2FXDA 2G1RA 4EWOA 1MVPA 5P60A 2IEOA 5P5BA 2XFKA 3IN4A 5P53A 2BJUA 2RKFA 5P2JA 1EC0A 3UHLA 4DJPA 3RSVA 1PPME 3S43A 3SAAA 3URLA 1B6KA 1E82E 5OZGA 5P0FA 5T4SA 3QRSA 1SBGA 4I0ZA 2P3CA 1RV7A 2Q5KA 4Y5CA 3OXXA 3TKWA 2NXDA 1EPNE 3KDCA 1T7JA 4EXGA 3LZUA 2PYMA 4YBIA 4Y4UA 3ZLQA 1WBKA 4J17A 1XL5A 4DJVA 1GVUA 1QBUA 3NLSA 1CPIA 2QAKA 2Q63A 3LINA 1Z1HA 4XKXA 3BVBA 1PROA 3R1GB 3GI5A 5P8BA 1FQ5A 1MERA 1OEWA 5P6XA 2NNKA 3RU1A 3OQDA 2QHYA 1TZSA 3PWRA 2F8GA 2NXMA 3B7VA 5P2AA 2QI4A 5P1UA 5P33A 5P4KA 3BVAA 3TPJA 1TSUA 5CLMA 3UDRA 2Q3KA 4GIDA 1W6HA 1IVPA 3UF3A 2QP8A 3Q70A 4BFDA 2G27A 3CYXA 5SY3A 4Y4DA 1ODXA 2P8HA 3TKGA 4B72A 5DQ2A 4Y45A 4BEKA 5KR8A 3RTMA 4B0QA 3QI1A 5P40A 5P8HA 4FL8A 1NPWA 4EJLA 1XL2A 1M43A 5P3EA 1K1UA 3QPJA 4J0ZA 3S2OA 2G26A 1FQ7A 1FFIC 3I2LA 1HVHA 5P8KA 3ECGA 3OQKA 1LS5A 2G20A 4Y4WA 3GGVA 4GYEA 5P39A 1DIFA 4EHCA 5P4HA 5P02A 1B6LA 5P2HA 2V00A 2WF2A 5JODA 2F3EA 3I7EA 1OEXA 2ER7E 5OZPA 3TTPA 3VYFA 2Q15A 4CPTA 2R3TA 2HPFA 3OUCA 1KZKA 1XE6A 2IDWA 4ER4E 4DVFA 4J1FA 4Y38A 3CKRA 5BWYA 1HVLA 5P6MA 3KFSA 5OYVA 5P5UA 3T6IA 3RTNA 1EAGA 4Y3ZA 1ZSRA 4AA9A 5IVRA 2BKTA 2AOJA 1EPOE 3D1ZA 3MSKA 5AH6A 4QLHA 1ZJ7A 2FDPA 1E81E 3BHEA 5P3QA 3SKGA 5IE1A 4HE9A 5HD0A 5AH8A 2QZXA 5HDUA 4YBFA 2F80A 3ZMGA 5P0LA 4Y3EA 2AZ9A 3ZKNA 4F75A 5P1JA 4CPSA 5P3XA 5ER2E 3EC0A 4Y3JA 1TQFA 2PWRA 1ME6A 3INEA 5P7DA 4Y5MA 2OF0A 5P56A 3QP0A 2AODA 2QHZA 5P8GA 3MSLA 1BV7A 4GJDA 4B77A 2QZWA 4Y3QA 5P7QA 4RYGA 4LXAA 4AMTA 5P0SA 3PSUA 3ZPSA 3DJKA 4U7QA 4Y35A 1FG6C 2O40A 4QJ9A 4TVGA 5P1EA 1K1TA 2OHMA 3HDKA 5P5WA 5DR8A 5P4CA 3Q3TA 5SZ9A 2WF4A 3ZKMA 2IQGA 4CPQA 1MSMA 3UCBA 1BAIA 1MRWA 5ISKA 3ER5E 3UQWA 5P7RA 2WF3A 5P71A 3K5DA 3G70A 1LZQA 2FXEA 2HPEA 2IGXA 5P5FA 4Y4XA 5P77A 2ZHVA 5P2TA 2G1OA 5P63A 4WY1A 3WB5A 1W5YA 4A4QA 5P3HA 2BPWA 4B1EA 2QNQA 5P44A 8HVPA 5P6IA 5P6TA 5P8CA 1PPLE 1TSQA 1K6VA 3KF0A 5P2SA 1BDRA 3FSMA 5P5IA 1K2BA 3TNEA 1EBKC 4Y3NA 5P4WA 2Z54A 5P88A 1G2KA 5P7EA 3SA6A 5P0WA 3KDDA 1A94A 5C9DA 5JG1A 5P08A 5P1SA 3ZPUA 4MC6A 1G35A 1BXOA 5KQZA 3L3AA 3NDXA 1WBMA 3UQPA 5P1GA 5P8DA 3GGUA 3SM1A 2VIJA 1XS7D 4YHQA 5P13A 1FEJC 4Y5PA 2FNTA 4QJ7A 1QBSA 3VYEA 4Y3XA 5P25A 1LF4A 1EC2A 3LIYA 4MC2A 3APPA 3OU3A 1C6ZA 2ZE1A 1MRXA 1ZBGA 1NPAA 3UDKA 1Z8CA 3WSJA 2IL2A 3VF3A 1HVRA 3N3IA 1ER8E 4J1EA 1SH9A 3GI4A 5P4VA 5I3WA 3QBFA 5HDZA 1AM5A 4Y5EA 4Y4JA 2G69A 1HSHA 5P7GA 5P09A 2HM1A 1LF2A 1B6PA 1K6PA 5P84A 5P3TA 1MT8A 1PSAA 2QI7A 4Q1NA 2QI6A 5P7ZA 2P3DA 2QU3A 3NR6A 5P72A 5HU0A 2OHLA 3IA9A 5OZBA 3EKYA 3VV6A 2JYSA 3CICA 2FLEA 1A9MA 3R4BA 3DUYA 3OOZA 2OHTA 5P6UA 5KQXA 5DR7A 3L59A 3O9EA 5OYXA 4FM6A 5P1DA 4Y44A 1B5FA 3LITA 3O9BA 3NXNA 4H3JA 4B05A 1FLHA 3NDUA 5P43A 3KN0A 2RKGA 4YDFA 4OBKA 5P7FA 2P3AA 5OZ5A 1EPPE 1ZLFA 3DV5A 3BGBA 5P0IA 5P4QA 5P1ZA 5P8PA 3HBOA 2AVVA 3URJA 3JVWA 4OBGA 4JPCA 2AIDA 5P0QA 1SDVA 5DGUA 5P1RA 2QMFA 2I4VA 5FIVA 1GNMA 4OBZB 5AHBA 1MTBA 2OHNA 2QMPA 1APWE 2WEZA 1C6YA 5P16A 5OYSA 5P1IA 3PRSA 1ZPAA 2VJ7A 2J9JA 2PSGA 3UDHA 1APTE 4I0GA 5P80A 2J9KA 4H1EA 5P4FA 4TRYA 5P2RA 1HEFE 3BXSA 3T7QA 2JXRA 3G72A 2CEMA 3PHVA 4J0YA 1META 5OYZA 4LXKA 4Y3WA 4DPIA 3NU5A 2QI1A 3QRVA 5P2IA 3RSXA 4FAEA 5P26A 4RYCA 3SO9A 4TRWA 3S85A 1QS8A 3UQUA 1SDTA 3O99A 3INDA 4OBZA 2ZYEA 3FNUA 4WTUA 5P46A 5P7BA 3PSYA 1W51A 2RENA 5P11A 4ZLSA 4FRJA 2VJ9A 4EQ0A 3KT5A 4I0JA 5P1FA 3PI0A 1AVFA 2HB2A 1KJHA 3URIA 2R9BA 2PMAA 4NJSA 5KOSA 2O4LA 2F81A 4L7HA 3EKPA 2Q11A 4Y5AA 4RCFA 2V10C 3CYWA 5P4UA 2HIZA 4DQGA 1G0VA 1LYWB 1SGUA 2UPJA 3AIDA 4L1AB 3PWMA 5KAOA 5P3IA 2ZHUA 1BVEA 5P8RA 4Y58A 3NSHA 1ENTE 1TCWA 5OZNA 1D4SA 1GVXA 3PMUA 4D8CA 5P52A 5P6OA 5IVSA 5F00A 2V0ZC 3LZYA 2NMYA 3OQFA 3PLLA 2AOEA 4GJ9A 3VSWA 3VSXA 3PB5A 3LIVA 3INFA 1FMUA 2ANLA 2WEAA 1BDQA 3H0BA 4A6BA 3S7LA 3KMXA 4Z50A 3G6ZA 5P2EA 4NJUA 1BVGA 1HVSA 4Y5BA 5P8SA 5HVPA 3EM4A 2AOHA 3EKTA 4ZSMA 5P3KA 3PVKA 5OZ3A 3C9XA 2AVSA 5P1PA 5P51A 3SA4A 1LYWA 2HS1A 3OTSA 3EM6A 4L1AA 3QROA 4EJ8A 3OADB 5COPA 3Q6YA 4OD9B 3ZKSA 4DJUA 2QD6A 3R0WA 4QJ2A 5AH9A 1FQ6A 3FKTA 2WECA 2AZ8A 2FDDA 3FNTA 4DV9A 2AOFA 5DQCA 3PSGA 4DJQA 2G22A 5P59A 4Y43A 5P0CA 4CPRA 5P0TA 1IIQA 3LPIA 4Y3SA 5P7AA 4RVXA 5P5QA 3OHFA 5P89A 2R38A 3KFRA 3HLOA 1YTHA 2QI5A 3O9AA 5P35A 3S45A 1FFFC 4YD4A 5P4LA 3D20A 5P5JA 3BUHA 4F76A 4Y4GA 3OGQA 2R5QA 3SFCA 5P4DA 3UDNA 3OADA 2QI3A 3VUCA 1HPSA 5P8EA 4DJXA 3EKWA 4OD9A 1MUIA 4LAPA 3DM6A 3ZKIA 2NR6A 4RROA 2BKSA 3FIVA 5P8JA 3L5BA 5P04A 5JFPA 5DR0A 4Y3AA 5P4MA 5P5DA 4DJYA 5P0MA 3NU3A 1TCXA 4K4PA 3CKTA 3SABA 3S8IA 3WZ6A 4Y3DA 5P6AA 5P07A 6FIVA 5UPJA 1PFZA 1FQXA 5P3FA 2AZCA 3ZPTA 5P2UA 4QJ8A 2HC0A 3FX5A 5P2QA 2G1SA 3SA3A 2G21A 3VLAA 5ISJA 5P6GA 3L38A 1D4JA 2ZDZA 3U6AA 4YA8A 2BPXA 4DJRA 5OZAA 1TW7A 3IXJA 5OZRA 1AJVA 5DR4A 5P8FA 4ZSQA 5OZOA 4EXHA 1HTEA 5P81A 4EP2A 4RCDA 3IAWA 4J0TA 5P47A 4Y3HA 1K6CA 4DFGA 1SMEA 2ZJNA 1YT9A 5P58A 2XFIA 1FQ8A 4XX4A 3GI0A 5P7TA 2PH6A 3UFLA 5P4SA 4OBHA 4MC9A 2UXZA 2V12C 5P2OA 4KE0A 4YDGA 1BIMA 4GJ7A 5P5AA 2FMBA 5P50A 2QU2A 3L58A 4ZSPA 5JFUA 1EPLE 4D88A 3TOHA 2BPVA 4FGXA 5OZIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BXQ A;  3NDW A;  5P1Y A;  1FQ4 A;  2O4P A;  5HCT A;  5B18 A;  3D1X A;  5P62 A;  3UQR A;  2ZJI A;  1HVC A;  3QVI A;  1ODW A;  5P83 A;  4I8W A;  2WJO A;  1JLD A;  4DJO A;  3DK1 A;  4COE A;  4NJT A;  5P22 A;  2CEN A;  5P38 A;  1OD1 A;  5P64 A;  5P75 A;  1EED P;  1EBW A;  4LBT A;  3TPL A;  3PCZ A;  1A30 A;  3T11 A;  5P5Z A;  3SKF A;  5PEP A;  3GW5 A;  5P6K A;  4LC7 A;  4RLD A;  5P2V A;  4J1I A;  1LF3 A;  4MC1 A;  1YTG A;  2IGY A;  1FG8 C;  3IXO A;  3O9F A;  2QD8 A;  4HDF A;  1MSN A;  4NJV A;  2B60 A;  5P3R A;  2ZGA A;  4GJA A;  4N00 A;  3FNS A;  5P0Z A;  4YE3 A;  1Q9P A;  4K4Q A;  1UH9 A;  3GGX A;  3S56 A;  4H3G A;  1ZPK A;  3WZ8 A;  3I25 A;  4BFB A;  1NSO A;  5DR1 A;  4CPU A;  1B11 A;  4Y4Z A;  1C70 A;  5OZ8 A;  2ZJL A;  2HS2 A;  3EL4 A;  4Y5K A;  5P7N A;  5P2G A;  4GJB A;  5P30 A;  4FLG A;  3SA5 A;  2OHP A;  3TL9 A;  5P2Y A;  2IEN A;  1MT9 A;  2PC0 A;  5AGZ A;  2ER9 E;  3TLH A;  5P4T A;  5C9F A;  1UH8 A;  5AHA A;  2XFJ A;  4FRS A;  5P0O A;  2G24 A;  3NYG A;  4Y3Y A;  4JPE A;  4Y3R A;  4DUS A;  1SIP A;  1W5W A;  3OXV A;  5C9B A;  4I8Z A;  1APV E;  4FE6 A;  3L5D A;  3QIH A;  1SGZ A;  5OZ1 A;  3SPK A;  4GJC A;  3O9C A;  4PHV A;  1CMS A;  2PYN A;  1B5F B;  3N4L A;  5HE4 A;  4E43 A;  1KJG A;  1APU E;  5OYR A;  4LHH A;  5OZU A;  4Y48 A;  5P8L A;  5P6R A;  5EZZ A;  5P28 A;  3VV8 A;  4Y3P A;  1MEU A;  3ZKQ A;  1HTR B;  5OYW A;  3NU6 A;  3D3T A;  4YCT A;  3PJ6 A;  4PZW A;  5P5N A;  3BXR A;  2V11 C;  1HSI A;  7HVP A;  5P3Y A;  3ER3 E;  2QMG A;  3WB4 A;  2WHH A;  5P0R A;  4RVI A;  4FSL A;  5P6Q A;  3U71 A;  2XYE A;  5P4A A;  3Q5H A;  5E5J A;  1T6E X;  4WY6 A;  2P3B A;  4YOA A;  4J5J A;  5P2D A;  3UDQ A;  2QMD A;  3BC4 A;  4EQJ A;  5I3X A;  5OZV A;  2F3F A;  2J9J B;  5COK A;  2BB9 A;  5P3B A;  1B6J A;  5IS4 A;  4J54 A;  3B80 A;  2O4N A;  4Q5M A;  1BWB A;  1QBR A;  2NPH A;  5P57 A;  3ZKG A;  4FS4 A;  2I4W A;  2V13 A;  1HVJ A;  2VA5 A;  2WED A;  2H6S A;  2OHR A;  1EPQ E;  1EC3 A;  3SLZ A;  4H3I A;  4Y4E A;  2ASI A;  3EL5 A;  1YTI A;  3PLD A;  4D83 A;  1DW6 C;  3HVG A;  4KE1 A;  5BRY A;  3QAA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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