4D88A

Crystal structure of human beta secretase in complex with nvp-bxq490
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of cyclic sulfone hydroxyethylamines as potent and selective beta-site APP-cleaving enzyme 1 (BACE1) inhibitors: structure based design and in vivo reduction of amyloid beta-peptides
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d88A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4d88A02
5P3GA 4LHHA 4NKKA 2V00A 3A2OA 1SMEA 2Q55A 4R95A 5P3CA 1MTBA 3EKTA 2IENA 3O9LA 2AVVA 5AH9A 5P8TA 4PZXA 3MWSA 2FDEA 5OZBA 5P2FA 3FX5A 2RMPA 4BELA 5P4BA 4L7HA 3O9LB 5P3QA 1U8GA 4Q5MA 1VIJA 5P6IA 5P17A 3O9HA 3QIHA 1A30A 2R38A 5SY3A 5P2AA 3UFNA 4GJ7A 3ZKIA 3CKTA 3NLSA 5P4WA 3KM4A 1APUE 1MPPA 5AHAA 1SDVA 5P5GA 5SY2A 1B6MA 4Y4TA 5P4PA 1EBYA 1KJ7A 1Z1RA 1K1TA 1A8GA 1NH0A 2NXMA 3FNUA 5P0OA 5P1GA 4Y5GA 4DPFA 5P4KA 5HDVA 1GVXA 2PSVA 1E80E 1EPLE 2QU2A 4DFGA 4K8SA 3ZKQA 5UPJA 5OZCA 1AAQA 1YTJA 4RLDA 2QI7A 3I6OA 3BHEA 4XXSA 5P29A 3L5FA 3PMUA 3CMSA 3BXRA 4YBFA 5BWYA 3NU6A 3T3CA 3EKWA 2B42A 4RCEA 2BPYA 5P1FA 1F34A 2ZJHA 5P0VA 5P4QA 1MERA 4I8WA 2QD6A 4H3FA 3EM3A 5P3YA 1B11A 2I0AA 1DP5A 1FMXA 5P3BA 2OF0A 5P8JA 3JVWA 4Y4EA 5P1KA 5P6VA 3LIQA 2G22A 5P23A 4B70A 1PSNA 2G24A 3LIVA 3K5GA 5P8EA 1AM5A 4EJKA 4WY1A 3SKFA 1D4IA 1YTHA 2HM1A 1EPPE 1T3RA 5P39A 3URJA 2BB9A 5OZ6A 5I70A 2JXRA 1K6CA 2FXEA 3S45A 4OBJA 2ZE1A 3K5FA 5P0GA 1PPLE 4ZEAA 3ZPTA 2VA7A 2OHKA 1IZHA 3GGAA 5P4LA 4RVXA 1K2CA 2V16C 3UQRA 4ZSMA 5P7KA 3OHFA 4KUPA 3EM4A 3T7XA 1EBZA 3KYRA 4DI2A 4B1DA 2BPVA 4K4PA 5P1QA 5P32A 4ZSPA 2P3DA 3HW1A 4DV9A 4DQGA 4Y53A 1K6VA 5P51A 3RVIA 4IVTA 1YM2A 1D4KA 5CONA 2ZJNA 3I25A 4QJ2A 4B78A 5P3IA 1LV1A 3BUGA 4Y3AA 2JE4A 1HWRA 3IN4A 5P8IA 5P1CA 2VKMA 4Y3QA 3SA9A 4B72A 2HS2A 1BV9A 3BUFA 4K9HA 4HDBA 2HS1A 1ZP8A 1AJXA 3HVGA 5P7LA 3OTSA 4JECA 1HVRA 4EQJA 3EMYA 5P88A 3S8IA 5JFUA 5P8AA 3GGXA 1NPVA 4Y3FA 2F3EA 4TRZA 4GZFA 2P3AA 2QI1A 2O4LA 3S2OA 3H0BA 2Q63A 3T11A 4J55A 1D4LA 4YD4A 3IA9A 5DPZA 3HBOA 5P62A 4Y5CA 4DJOA 4XX3A 5OZOA 2IKOA 3OTYA 3GI5A 4GJ8A 5P75A 3PJ6A 4Y43A 4Y3WA 3UQUA 1BWBA 5P7UA 4J0PA 5P83A 2HB4A 5P28A 3Q70A 4Y4JA 4B1EA 1XN2A 2Q54A 5OYWA 1B6JA 2UY0A 1FFFC 4B00A 4Y41A 4Y4UA 5P7YA 1CPIA 2XFIA 5P27A 3OXVA 5P26A 1TZSA 3PHVA 5OZ3A 3QI1A 1LF2A 1GNOA 1DW6C 2QNPA 5P4OA 5P7XA 3U6AA 1HPXA 3LPJA 1HEGE 2I0DA 1EAGA 5P6LA 2Z54A 3IXOA 1N49A 3LIYA 5P4DA 4Y6MA 1FQ8A 3PWMA 3Q4BA 5P1ZA 2OHNA 2Q5KA 5P71A 1D4SA 1HIIA 2PK5A 5P6CA 2AODA 3SA3A 4RCDA 4DJUA 5IVTA 1SGUA 5APRE 2PYMA 4D8CA 2NPHA 3QVCA 5P2JA 3ZL7A 3BC4A 5P3ZA 5P00A 5OYRA 4EQ0A 1Z8CA 1WKRA 1HVCA 5ISJA 4DQCA 4FLGA 5P2WA 3UDPA 1MRXA 2ZHSA 5P2GA 5P67A 1ZJ7A 5P2BA 2G1NA 1MSNA 2RKFA 3C9XA 3GGVA 3GI4A 5P0SA 1RV7A 4FIVA 4I0EA 5P8FA 2R8NA 2V10C 3HVPA 4J1HA 4CPUA 4QJ6A 1OEXA 5P5YA 2G27A 3SM2A 5P6WA 3EKYA 3NDXA 4K4QA 3ER3E 2IGYA 1IIQA 5P8HA 3DV1A 4DJWA 3L5DA 3QRVA 2QMGA 1Q9PA 5P8OA 3DV5A 4R93A 3CKRA 3EC0A 1YX9A 4ER4E 5E5KA 5P1RA 2VJ6A 4JOOA 2I4XA 3TKWA 5I3XA 4FM8A 5B18A 2QAKA 1HVSA 3OXWA 3NDUA 5HDXA 4X2LA 2HB2A 4JP9A 1EPNE 2VNMA 3EL5A 2VIYA 4Y3DA 4I11A 4KE1A 1HPSA 5OZNA 1G0VA 1IDBA 2V13A 4EP2A 5P44A 5P70A 3HAUA 2Q64A 5P4FA 1AZ5A 1DAZC 1TCWA 3DCKA 3TPJA 3KF0A 5P0BA 1BVGA 4I0HA 4PEPA 4GJ9A 1HTRB 9HVPA 5COOA 4Y5AA 4GIDA 1FG8C 3UCBA 4KE0A 3M9FA 1PROA 4L1AA 5P0UA 2IDWA 5P18A 4Y3SA 5P1SA 5AGZA 5P1TA 2B60A 4RVJA 2FNSA 2RKGA 2QP8A 5P42A 5P6KA 2AVOA 4L1AB 3ZMGA 5P3LA 4QLHA 2WF3A 5P2DA 4ACUA 2AOIA 5P41A 5P8GA 3O9DA 3SA4A 1UH9A 3NSHA 3FSMA 4RCFA 4J17A 2FNTA 5P1EA 1TSQA 2AOCA 5P8MA 1MUIA 3UDQA 1LF4A 4NJSA 4OBZA 5AH8A 3GGUA 1OHRA 5P7CA 4YCKA 4EXGA 5P5XA 3MSJA 4OBZB 1HTFA 4E43A 4EWOA 2WF0A 2ZJJA 3KN0A 4RYCA 5ER1E 5P38A 2AOHA 2ZJIA 3NUOA 2P4JA 5P6QA 3LZUA 5P7HA 3QAAA 4YCTA 5P4MA 1W51A 1EBWA 4CPQA 1K6TA 5OYVA 4Y36A 3KDCA 4R8YA 1TCXA 1EPME 2F8GA 4J5JA 4Y50A 2NXLA 1KJFA 5CLMA 4M8YA 5OZFA 3TOGA 2H6TA 4U7QA 1FLHA 5P69A 1FMUA 1SDTA 4DJVA 5P1HA 4EHCA 2AOFA 4Y9WA 3BRAA 3URLA 2PK6A 4Y3EA 2V11C 1KZKA 1MT8A 4Y51A 3TPLA 5P0TA 3L59A 2WEBA 1BDRA 5P8VA 3INHA 3RTMA 2QZXA 3PVKA 1OEWA 1HTGA 4CPWA 1M43A 1CZIE 6UPJA 3BVBA 4RGHA 4FRSA 4ER2E 2OHLA 3R0WA 5OZJA 1T7KA 3IGBA 1XS7D 1APVE 1LEEA 4ER1E 2QI5A 5P5VA 2R3WA 4J0VA 4PPHA 4YA8A 1FB7A 5P45A 2F3KA 5P2IA 3LHGA 5P3NA 5P55A 5P46A 4YOBA 5P0DA 5OZ9A 2HB3A 2BPZA 3UDRA 4EJ8A 3ZLQA 4FAFA 4CKUA 3LZYA 3VV8A 3MXEA 2QU3A 4I10A 3TH9A 5DQCA 3UHLA 4FSLA 4YDFA 5KR0A 3VV7A 3B7VA 4DQFA 1ER8E 1K2BA 5P76A 2V0ZC 2OHSA 4Y5BA 4Y4DA 4S1GA 5P6JA 4TRWA 3JW2A 5OZ5A 4HEGA 3SA5A 1EC0A 5OZTA 4NPUA 2F3FA 5HCOA 5P1LA 2JJIA 1J71A 3HLOA 4I0JA 4QJ8A 1C6XA 5P0CA 5P0AA 1FGCC 1TW7A 2QNQA 4LL3A 3INEA 4I0DA 3CYWA 4Y3RA 1YTGA 5P7SA 1AIDA 4Y5MA 5P6AA 2CEJA 1AXAA 2HIZA 5P7TA 4Y39A 3BVAA 2I4QA 5P7DA 2Q3KA 3DJKA 3DK1A 3KT2A 3U7SA 5HU1A 7UPJA 5P4VA 5HU0A 5P25A 4YOAA 3VLBA 3KFNA 2IGXA 1ZSFA 4Y44A 2VIJA 5P7NA 3L38A 5DQ5A 5P6OA 3KMYA 5P2ZA 4CPTA 1ODXA 4TVGA 4DJYA 5P60A 3OAGA 5P1MA 3KA2A 4Y5PA 1GNNA 5P05A 1UH8A 3VSWA 4XX4A 3FV3A 1HVLA 1KJ4A 5P3FA 3OAGB 3SQFA 6APRE 3D20A 4U8WA 1GKTA 3CKPA 4BFDA 4OBFA 1ME6A 1HEFE 2J9JA 3LITA 3OOZA 1LZQA 3AIDA 3WZ7A 1XDHA 4L7JA 5COPA 5ISKA 3SA7A 5P2EA 5P7RA 4FS4A 3R1GB 4D88A 2J9JB 5SXNA 4GYEA 5P37A 2HAHA 4BEKA 1HXBA 5P5OA 4GJ5A 5P1IA 5P2TA 4LXMA 3VCMA 2I4UA 1XL5A 5P5PA 5P52A 2R3TA 3WB4A 4Y5KA 2XFKA 5OYUA 5OZHA 5P30A 5P7ZA 5P03A 5P0RA 3FNSA 5AH6A 5P5RA 3AUPA 2AOEA 4YD6A 1G2KA 3O9GA 3OADA 2WF4A 4Y3PA 5KQYA 5P57A 5OYTA 4FCOA 4JPEA 5P3PA 3QS1A 1KJGA 3OOTA 5P0ZA 5IE1A 1W6IA 4PZWA 3OADB 5PEPA 3ZKSA 5P5CA 2JJJA 5HE4A 2FMBA 3BGBA 5P78A 4Y4WA 2B8LA 2ZDZA 4DJXA 2APRA 3MXDA 3FKTA 3PEPA 3NU3A 1SH9A 3HD8A 3R0YA 1OD1A 4J1IA 2ZJLA 5P5JA 2AIDA 4FL8A 4Y5NA 5P3EA 1T7JA 3H5BA 3S56A 4Y4ZA 3PGIA 5P8PA 1W6HA 4FM7A 3SA6A 2PYNA 3OQAA 5P2QA 5P15A 1FIVA 2PH8A 1AVFA 5JFPA 1NPAA 4OC6A 2NR6A 3INDA 3O9EA 2AVSA 1G35A 1LS5A 4A6CA 2ZHRA 4Y3GA 3BUHA 1IVPA 1SIPA 2HPFA 4OC6B 5DR0A 3EKVA 5I3YA 5OZ4A 2XYFA 5OZYA 1XE5A 1A94A 3VF3A 5HCTA 2ER0E 5OYQA 5P68A 4EJDA 1C6ZA 5KOSA 1LYBA 5P1DA 3HAWA 5IVQA 4HDPA 5P5AA 5OZGA 2R43A 1HSIA 4A6BA 2QI3A 5P8KA 1HTEA 3HDKA 3NUJA 5HVPA 1LYBB 5OZXA 2AOJA 2WF1A 3PSYA 3OXXA 3NU5A 3EL4A 3OQ7A 1EC2A 3NWXA 3O9CA 3VYEA 1BVEA 3D1ZA 5P5WA 3PRSA 3IN3A 1GVTA 3D91A 4FRIA 3PWRA 2IQGA 5P5EA 2FGVA 4MC2A 1GNMA 4H3IA 4D85A 3UDHA 2O4KA 2QMPA 1Z1HA 3LIXA 1PSOE 4MC9A 2F80A 5OZSA 5P02A 3R4BA 3T6IA 5OZAA 3I2LA 1FG6C 4YDGA 3I7EA 5P0XA 2VJ7A 3PLLA 5P4TA 3APPA 3S43A 4I8ZA 4PYVA 4Y3NA 4EXHA 2VA5A 4TVHA 1IDAA 1MIQA 3S43B 3QROA 3OGPA 5P1VA 3CICA 1BXQA 1DMPA 3QRSA 1F7AA 3IVIA 1PFZA 3G6ZA 1HXWA 3PLDA 5C9FA 3HZCA 5ENMA 5HD0A 1K1UA 5P6PA 4H3JA 1ZAPA 3TPPA 1YT9A 1EPQE 1FQ5A 3UDNA 1D4JA 5OYXA 4Y56A 2I1AA 5P11A 1EC3A 1EPRE 2VA6A 4FE6A 4Y45A 5P14A 1K6PA 5FIVA 3OU4A 1HHPA 8HVPA 1EEDP 4RVIA 3EBZA 4Y5LA 3PB5A 5P3JA 2OHPA 3OQDA 5P4SA 3LPIA 3OU4B 2NXDA 4Y3MA 5P12A 2FS4A 4Z22A 3O9AA 4Y47A 2AZ9A 3S54A 1DPJA 3ECGA 3TPRA 1ODWA 3GI6A 4YE3A 2G20A 2WF2A 4QJ7A 2CENA 2AZBA 3APRE 1MTRA 2QHYA 5P0JA 4RYGA 5P0IA 4YBIA 1NSOA 2G1RA 5P7FA 1TSUA 5P08A 4EYRA 4GMIA 3CIBA 5P0WA 1HPVA 2ANLA 4ZSRA 2BKTA 3UDYA 4YD3A 2OHQA 3L5CA 4EPJA 3BXSA 5P6XA 3UF3A 5HTZA 1HSHA 4GJCA 5P13A 5P4IA 4Y3HA 5P3MA 3G72A 4RRSA 5P73A 2SAMA 5EZZA 5P5SA 3S85A 2NNKA 5OZZA 2WEDA 3UQWA 3MSKA 3VG1A 3TOHA 3KFSA 3UDKA 1W5YA 4DPIA 3KFPA 5P4NA 5P8CA 2BPWA 1FKNA 3EKQA 5P31A 5P6EA 2NMYA 5P04A 2B7ZA 5P4CA 2WKZA 3F9QA 3KT5A 5P5NA 1M0BA 1QBSA 4ZPGA 2ZGAA 3BGCA 1B6KA 3T7PA 3GI0A 2BBBA 3Q5HA 2V12C 4YHQA 3OGQA 1BBSA 5TOLA 2PSUA 5P4YA 4HA5A 5P3AA 3WB5A 3URIA 4F76A 4Q1YA 3OUCA 4YD5A 2FDPA 1ODYA 1WBMA 3L3AA 3O99A 5OZQA 1QS8A 1APTE 5P3HA 4R5NA 2QNNA 5DR7A 2ER7E 1JLDA 5P5MA 5P1PA 3DOXA 3OQFA 1NPWA 5P3XA 2QD8A 1HIHA 1T7IA 5P6FA 5P5BA 3PI5A 5OYYA 3L5BA 2I4VA 5P6YA 3U71A 1HPOA 1BIMA 4KB9A 5P86A 1A8KA 5P10A 2R5PA 4QJAA 5P2OA 2VS2A 1BDQA 4I0FA 4I0GA 3ZPSA 3WZ6A 1B5FA 2P83A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3G A;  4LHH A;  4NKK A;  2V00 A;  3A2O A;  1SME A;  2Q55 A;  4R95 A;  5P3C A;  1MTB A;  3EKT A;  2IEN A;  3O9L A;  2AVV A;  5AH9 A;  5P8T A;  4PZX A;  3MWS A;  2FDE A;  5OZB A;  5P2F A;  3FX5 A;  2RMP A;  4BEL A;  5P4B A;  4L7H A;  3O9L B;  5P3Q A;  1U8G A;  4Q5M A;  1VIJ A;  5P6I A;  5P17 A;  3O9H A;  3QIH A;  1A30 A;  2R38 A;  5SY3 A;  5P2A A;  3UFN A;  4GJ7 A;  3ZKI A;  3CKT A;  3NLS A;  5P4W A;  3KM4 A;  1APU E;  1MPP A;  5AHA A;  1SDV A;  5P5G A;  5SY2 A;  1B6M A;  4Y4T A;  5P4P A;  1EBY A;  1KJ7 A;  1Z1R A;  1K1T A;  1A8G A;  1NH0 A;  2NXM A;  3FNU A;  5P0O A;  5P1G A;  4Y5G A;  4DPF A;  5P4K A;  5HDV A;  1GVX A;  2PSV A;  1E80 E;  1EPL E;  2QU2 A;  4DFG A;  4K8S A;  3ZKQ A;  5UPJ A;  5OZC A;  1AAQ A;  1YTJ A;  4RLD A;  2QI7 A;  3I6O A;  3BHE A;  4XXS A;  5P29 A;  3L5F A;  3PMU A;  3CMS A;  3BXR A;  4YBF A;  5BWY A;  3NU6 A;  3T3C A;  3EKW A;  2B42 A;  4RCE A;  2BPY A;  5P1F A;  1F34 A;  2ZJH A;  5P0V A;  5P4Q A;  1MER A;  4I8W A;  2QD6 A;  4H3F A;  3EM3 A;  5P3Y A;  1B11 A;  2I0A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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