4DH6A

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with (2r)-n-((2s,3r)-1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-yl)-3-hydroxy-4-((s)-6'-neopentyl-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridine]-4'-ylamino)butan-2-yl)-2-methoxypropanamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
367
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQATPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and preparation of a potent series of hydroxyethylamine containing beta-secretase inhibitors that demonstrate robust reduction of central beta-amyloid.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 367
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dh6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dh6A02
2WF4A 1DMPA 3UDHA 4Y4ZA 5OZ4A 3NU5A 3NU6A 1QBUA 3LIZA 3L5BA 1HPOA 5P1SA 3O9HA 4QJ2A 4DQCA 1PPME 1HEGE 3VCMA 3NUJA 3IGBA 5OZBA 3TOFA 4R91A 1EEDP 3OHHA 3OU4A 1SP5A 4D8CA 3OK9A 5P0LA 2QK5A 5P56A 1FF0C 5P2ZA 5ENMA 4J1KA 5P0VA 4B0QA 1B6KA 5P2EA 2PQZA 1W5YA 1B6JA 3CMSA 3UDKA 2H6SA 2HPFA 3EKXA 1IVQA 4PPHA 4Y43A 2MIPA 3NDUA 4H3FA 4Z4XA 5P1BA 2RENA 2AZ8A 1AVFA 3IA9A 3VF3A 4CPTA 1D4HA 1G2KA 5P0QA 2JJIA 3PEPA 5P4YA 5HE7A 4S1GA 5P8EA 2CEJA 1BDRA 3NDTA 7UPJA 2QAKA 3WZ8A 5KR1A 5KOQA 1W5WA 5P7VA 4Y4EA 1TSUA 5P4PA 5P7UA 5HCOA 4XX3A 3OXWA 5AH9A 2ER7E 5P3WA 2I4XA 1KJ4A 2R9BA 1LYAA 2JXRA 2O4PA 1T6EX 5OZQA 4U7VA 4ZPFA 1SIVA 5P4EA 4HDPA 1SDVA 4Y3LA 5P0CA 1B6LA 1TCXA 2WEAA 2B7ZA 1Z8CA 4KUPA 3URJA 7HVPA 5P25A 4RVJA 5P62A 5HD0A 3MSKA 1C70A 3OWNA 2P3DA 5UPJA 5OZ2A 3O9DA 3VUCA 1AJVA 5DGWA 5P2LA 3U71A 5P82A 1MRWA 3BRAA 2QD7A 2FGUA 2WF2A 3QVCA 3L5CA 5OZCA 4ACUA 3ZKQA 3IXJA 2ZJIA 1ME6A 1YTIA 3QP0A 1IZDA 5P8BA 4DJXA 3INHA 4QJ7A 2AVMA 3LNKA 4I0HA 1HPXA 1W50A 3NXNA 4CPQA 3DCKA 3RVIA 5P7JA 4NJVA 4APRE 1AZ5A 2JE4A 4FS4A 1IVPA 4GJCA 5P3LA 5AHBA 2CEMA 1SGUA 3SKFA 3OUDA 3LIVA 3R0YA 3SQFA 4HLAA 1IDBA 1WKRA 5IVRA 3OQDA 5P4TA 4A6BA 3NYGA 1Q9PA 1KZKA 2H6TA 1B6PA 3FX5A 1FFIC 1G0VA 5P69A 5ER2E 2I4QA 5P5MA 3RTHA 5AHAA 5P0WA 2BQVA 5P7GA 3PWRA 5P2NA 5P73A 4EWOA 3FNTA 1IZIA 3GI4A 2RMPA 3KA2A 4Y3EA 3GGXA 4YE3A 4D85A 2IEOA 4DFGA 5AH8A 5IVSA 3S53A 3EXOA 2UY0A 2AOFA 5P0GA 4Z50A 4R93A 2B7FA 1MIQA 1HVHA 1HBVA 4Y3JA 1XN2A 4K4PA 4LHHA 4CPRA 1W5VA 4DVFA 5OZPA 3TPJA 5P09A 2RSPA 3QRSA 1FQ8A 5P67A 3QI1A 3R0WA 4UPJA 2JYSA 3HDKA 5P3UA 5OYYA 4RROA 2VJ7A 2ASIA 5P0MA 3VG1A 5P8TA 2G24A 2QI7A 2G21A 3PWMA 3VV8A 3OU3A 1NH0A 4YD5A 2EWYA 5P5BA 4H3IA 3UQUA 2NNPA 3K4VC 3L38A 2Z4OA 5P3EA 3NU9A 3VF5A 1K6VA 2WEZA 3UQPA 1M0BA 1MTRA 5OZ8A 4GJBA 2B60A 2AZCA 5P88A 1FQ6A 5AHCA 5HE4A 1DPJA 5IS4A 3K5GA 4AUCA 3EL5A 1PSNA 3ZPTA 2OHTA 2ZE1A 4H3GA 5EZZA 2ZDZA 2OHMA 3TNEA 3QROA 4X7IA 5OZVA 4EPJA 4Q1WA 3OQAA 5P2IA 2IQGA 5P63A 2IS0A 4Y39A 3UDNA 5B18A 1CZIE 4Y3MA 3ZKIA 3DJKA 2J9JB 3UDPA 1OEXA 1U8GA 1FMBA 1BXOA 2QMGA 2VJ6A 1HVJA 5P71A 4EJKA 5HU1A 5P3JA 1B5FA 2WF3A 4ZE6A 4YD6A 3EL1A 1BIMA 3URIA 2AVOA 5P13A 5DQ2A 3K5DA 4OD9A 1MSNA 5SZ9A 2V12C 2ZJKA 3IXKA 4GJAA 5P0NA 4K4QA 1BWAA 4B00A 2F81A 5OZ0A 1Z1RA 3PBDA 3PRSA 1QS8A 1YTGA 4XKXA 5P68A 2NMZA 3WB4A 2QU3A 3DM6A 5TOLA 4I10A 5P81A 3UDQA 5P8CA 5P6BA 5P61A 2OHQA 1TCWA 2OHUA 2Q3KA 2P3AA 3ZL7A 3URLA 2OHRA 1PPLE 3R4BA 4K9HA 1ZTZA 1XS7D 3SA6A 4Y56A 3UQRA 4J1CA 3TKWA 2AZBA 2V0ZC 2PH8A 1FG6C 2PK5A 4I0DA 1FB7A 5HDZA 2Q54A 5P75A 4YD7A 4L1AA 3SM1A 3S8IA 3SA7A 1BDQA 3APPA 5P54A 5P6UA 3BVAA 3ER3E 2NXMA 3FKTA 2VIEA 5I3XA 5P4CA 5P1IA 2QI5A 3O9LB 2IL2A 4EJ8A 1BILA 1K6PA 4Y37A 4A6CA 5EZXA 2PMAA 5DQ1A 2A1EA 3BXSA 4I0ZA 5SXNA 3KMXA 3JVWA 4DUSA 2G1SA 3Q6YA 5COOA 4DJWA 5P7EA 5P89A 2FDDA 3IN4A 1MRXA 3H0BA 1ZPKA 5P3MA 5P5RA 5OZKA 9HVPA 5P5ZA 5I3YA 1HXWA 3VSWA 3EKWA 5KR2A 3OTYA 2QI6A 1LYBB 4JECA 1C6ZA 2QU2A 5P1VA 3OAGB 4YBFA 2WF0A 1T6GA 4B77A 5P34A 5P1NA 4DQFA 4J5JA 3PLLA 2QI0A 4Y5GA 3KFRA 5OZHA 1EBYA 2BKSA 3BHEA 2XFIA 5C9DA 3SA5A 4KB9A 2HB3A 1QDMA 6UPJA 2BPZA 4CKUA 4FAFA 2OHSA 3PI5A 5P0IA 4A4QA 5P0XA 2R3WA 2APRA 5P48A 5P70A 4Y4UA 1ER8E 2F3KA 1FLHA 3GGUA 5P28A 5P85A 1QBTA 1MT8A 2RKFA 2ZYEA 5P4UA 3LZVA 3I8WA 3NWXA 5P05A 1BV7A 4Y4WA 1CPIA 3QS1A 2O4SA 5P1HA 5P2AA 1ZSRA 5P4QA 5OZAA 2ZJMA 5P37A 5P5EA 2AOIA 5P8NA 5P6PA 3LINA 3SA4A 1TW7A 5PEPA 5I70A 3LPJA 5P6GA 5P6ZA 5P0TA 4L7GA 5P0OA 2QI3A 3KFNA 5P1KA 3OAGA 5P6CA 2XYEA 3HVPA 4Y3YA 1EBWA 1RL8A 2O4LA 5P8MA 3SA9A 5P1TA 4YBIA 2PSGA 2BPVA 2AVVA 2OHNA 4LAPA 5HDVA 5P50A 1RNEA 4ZPGA 3VV7A 4GJDA 4OC6A 2F3FA 3GI6A 5P6LA 4DQGA 3WZ7A 1M43A 1HSHA 5P4SA 1EAGA 5E5JA 2AQUA 4Y4TA 5P35A 5P6KA 4Y3AA 1QRPE 4TVHA 4GJ5A 4DJRA 4I0GA 4FRSA 1E81E 2ZHSA 2J9KA 4RYCA 3PMUA 4ER1E 3EM6A 5P2KA 1XE6A 1HTGA 5DR4A 3SAAA 4Y3FA 5P57A 2V10C 5P5SA 1EC3A 1A8GA 4NJSA 4NJTA 3ECGA 5T4SA 1E82E 3BC4A 4GJ8A 4EXHA 5P0EA 2B42A 3GI0A 3OQ7A 3T11A 3T7PA 5ISJA 1HPSA 1EC1A 4DJQA 2IGXA 4HEGA 5DQCA 3OQFA 5P5AA 3DV5A 1VIJA 3U6AA 1GVWA 4OBDA 4I0FA 1MUIA 5P8IA 5P0FA 4OBGA 3DCRA 3OOTA 1HIIA 3TLHA 5P17A 3GI5A 4FIVA 5P1AA 3KT2A 4Y5NA 4IVSA 1HPVA 4Y3XA 4R92A 1YT9A 4I0EA 3Q70A 3SLZA 5P66A 6FIVA 1HVIA 5P6EA 4B72A 3FNSA 1K1TA 3BVBA 5P7SA 3SM2A 2AOJA 5P6AA 3SPKA 5P1EA 4HDFA 5KQXA 5P7PA 3RSXA 5JG1A 5P1QA 3T7XA 1SMEA 1FMUA 4YDGA 5P3RA 5P3FA 1HTRB 1GKTA 2UPJA 3LZUA 1OD1A 2UXZA 3DUYA 2I4VA 4ZSPA 5OZ9A 1YM2A 5P7XA 1MSMA 3HZCA 3TKGA 2PK6A 2HIZA 2Q5KA 2ZJNA 4M8XA 3KN0A 1ZPAA 1FIVA 3EKYA 5P65A 5P2RA 5P8RA 4TVGA 1C6YA 4Y4XA 4IVTA 5P3BA 5OYRA 5P7FA 4OBHA 3EM3A 5DPZA 3ZPSA 5P1YA 3OHFA 5SY2A 4DJUA 2QZLA 1ZSFA 2WHHA 5P83A 4LC7A 5P52A 4J0PA 2VJ9A 1CMSA 4DV9A 5E5KA 5P0JA 1HXBA 1HIVA 2QMFA 3CKRA 3S7LA 3D1XA 3TTPA 3NU3A 1LYWB 5P2DA 3BUHA 4N00A 5P4XA 5OZXA 4X2LA 5I3VA 3OGPA 3OUBA 2I0AA 4FGXA 2R8NA 4YD3A 2VS2A 2I4WA 3G6ZA 3LIXA 1EPQE 2IKUA 3O9GA 5OZ5A 4Y6MA 4GJ9A 1YG9A 1MESA 3R2FA 5BS4A 1ZBGA 2A4FA 3L59A 5DR3A 5P2CA 1HVKA 2NR6A 2PC0A 3I6OA 4WY1A 4DJPA 5P3KA 5P1UA 3LZSA 4Y41A 8HVPA 5P6FA 3KYRA 3IN3A 2Q11A 4QJAA 4ZLSA 3WB5A 5P0DA 5OZ7A 5DR1A 2NXLA 3PLDA 1HEFE 1HVCA 2ZJJA 3JW2A 2OHPA 5P10A 1FG8C 4DH6A 3SKGA 5P5FA 5P4AA 4YCTA 1FEJC 1KJGA 3VFAA 4GJ6A 5P5GA 3BGCA 3CICA 3O99A 5OZIA 1FQXA 2WL0A 3QBHA 3D20A 5P7CA 1GVTA 3OY4A 4CPUA 4HDBA 4JPCA 4HA5A 2FDPA 5P6IA 4J0VA 1PFZA 1BDLA 2R38A 1BXQA 5P1OA 4QLHA 1PROA 4OBZB 4JP9A 4Y3NA 3A2OA 4GZFA 1KJ7A 2VIJA 5SY3A 3RTNA 1XDHA 1YTJA 3PCWA 3PMYA 5P04A 3IXOA 3ZKNA 4AA8A 4PYVA 5P6YA 2G20A 5CONA 3PWWA 5P7TA 2VA7A 5P4MA 4GJ7A 3WSJA 4MC9A 1GNNA 1LF2A 5P08A 3KFPA 4ZPEA 4H3JA 1LZQA 5ISKA 5P0ZA 5P60A 1GNMA 4EJLA 4HE9A 5P87A 3I25A 5P5NA 2FS4A 3S43B 1ODXA 2FMBA 5P3CA 4HZTA 4PEPA 5P4DA 3RU1A 5P4RA 3SFCA 5P72A 2Q55A 3VYDA 1JLDA 5OZDA 3OXXA 5OYUA 5P4VA 4GIDA 5P2OA 5P4WA 3OU1B 5P3SA 5OZRA 5BRYA 5P5IA 4Y45A 3N4LA 4FSLA 5P27A 1HIHA 3O9AA 5P7QA 5COKA 4L7JA 1EPOE 3TPPA 2FXDA 3ZOVA 4FRIA 5P4BA 1T7IA 1MT9A 5P1WA 4Y5KA 1W6HA 3HVGA 5P7IA 5P0BA 2B8LA 5HVPA 3EM4A 3NSHA 3PVKA 3NDWA 3JVYA 4COEA 5P0SA 2AOGA 1EBZA 3PM4A 2QD8A 2PYMA 5P4JA 4TRYA 4FL8A 4AZYA 5P0AA 4Q1XA 5P8GA 2I4DA 5P41A 3OADB 5F00A 1BWBA 3NLSA 4DQBA 1EPPE 5P8QA 2IENA 1D4SA 4DPFA 1NPWA 4Y5EA 1RQ9A 3O9CA 3OQKA 5HCTA 3D91A 3L5DA 3ZKGA 1NSOA 4LL3A 3NUOA 2G27A 1RPIA 5OZTA 1MEUA 4Y4GA 2P4JA 5P29A 3BXRA 5P8DA 3BGBA 5OZMA 4DJVA 5P11A 5HTZA 1DP5A 5DQ5A 5P3GA 4PZXA 5P44A 4DQEA 5P1DA 2IRZA 1EC2A 2QP8A 2J9JA 1SDUA 5C9FA 5P0HA 1APTE 4BEKA 4Y57A 5P3QA 1AM5A 2O4KA 1G35A 3ST5A 1T7JA 1GVVA 5OZUA 5P8PA 3EMYA 2VKMA 5P6OA 5DR7A 2QNNA 2G1RA 4CPSA 3O9BA 1HVRA 5P2MA 4E43A 3I2LA 1UH9A 3B7VA 3CKTA 5P46A 1APUE 1AIDA 1FGCC 2OHLA 5P6RA 5P49A 3TPRA 2I1AA 4TRZA 3MWSA 5P77A 1NPVA 2PH6A 5P3ZA 4MC1A 1MVPA 3UFLA 5P32A 3L3AA 5APRE 5OZ1A 1A94A 1IZHA 4MC2A 3FIVA 1K2BA 4AA9A 4M8YA 2HB2A 4GB2A 4Y3DA 3N3IA 1K2CA 4RYGA 4Y5BA 3UFNA 1F7AA 1N49A 3KMYA 4FCOA 3MSJA 2VA5A 3QRVA 2G69A 3S2OA 4TRWA 5P5DA 1HTEA 5P0YA 4YDFA 5OZFA 3KDCA 3QPJA 1BBSA 2I0DA 4APEA 2ZHUA 4ZIPA 4FLGA 4OBFA 4FAEA 4D83A 4J1EA 4PHVA 5P33A 3CKPA 5P8HA 4ZSMA 3TOGA 5P5QA 1FQ5A 5P7AA 3O9LA 4RVIA 3NR6A 2WEDA 2WECA 4KE1A 1SIPA 1HSIA 3TPLA 4YD4A 5P2VA 1FMXA 3IVHA 4NPUA 1OEWA 5P6JA 1FQ7A 4RCFA 2FLEA 1LV1A 3PCZA 1D4IA 1TQFA 3HLOA 4QJ9A 4ZEAA 3LHGA 2AZ9A 1RV7A 4NJUA 4FM6A 3KF0A 2P3BB 3UDRA 5P4LA 2QMPA 4J55A 3EL0A 1K6CA 1WBMA 5AH6A 2QHCA 1G6LA 4Y5AA 5P6MA 1MERA 5P5XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF4 A;  1DMP A;  3UDH A;  4Y4Z A;  5OZ4 A;  3NU5 A;  3NU6 A;  1QBU A;  3LIZ A;  3L5B A;  1HPO A;  5P1S A;  3O9H A;  4QJ2 A;  4DQC A;  1PPM E;  1HEG E;  3VCM A;  3NUJ A;  3IGB A;  5OZB A;  3TOF A;  4R91 A;  1EED P;  3OHH A;  3OU4 A;  1SP5 A;  4D8C A;  3OK9 A;  5P0L A;  2QK5 A;  5P56 A;  1FF0 C;  5P2Z A;  5ENM A;  4J1K A;  5P0V A;  4B0Q A;  1B6K A;  5P2E A;  2PQZ A;  1W5Y A;  1B6J A;  3CMS A;  3UDK A;  2H6S A;  2HPF A;  3EKX A;  1IVQ A;  4PPH A;  4Y43 A;  2MIP A;  3NDU A;  4H3F A;  4Z4X A;  5P1B A;  2REN A;  2AZ8 A;  1AVF A;  3IA9 A;  3VF3 A;  4CPT A;  1D4H A;  1G2K A;  5P0Q A;  2JJI A;  3PEP A;  5P4Y A;  5HE7 A;  4S1G A;  5P8E A;  2CEJ A;  1BDR A;  3NDT A;  7UPJ A;  2QAK A;  3WZ8 A;  5KR1 A;  5KOQ A;  1W5W A;  5P7V A;  4Y4E A;  1TSU A;  5P4P A;  5P7U A;  5HCO A;  4XX3 A;  3OXW A;  5AH9 A;  2ER7 E;  5P3W A;  2I4X A;  1KJ4 A;  2R9B A;  1LYA A;  2JXR A;  2O4P A;  1T6E X;  5OZQ A;  4U7V A;  4ZPF A;  1SIV A;  5P4E A;  4HDP A;  1SDV A;  4Y3L A;  5P0C A;  1B6L A;  1TCX A;  2WEA A;  2B7Z A;  1Z8C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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