4DI2A

Crystal structure of bace1 in complex with hydroxyethylamine inhibitor 37
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
391
structure length
375
Chain Sequence
KKGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of potent, orally efficacious hydroxyethylamine derived beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 375
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4di2A02
2IGXA 5P2VA 3HZCA 5P6BA 2I4VA 5P7EA 4Y4JA 2QU3A 4FGXA 5P6TA 3UTLA 5OZSA 3OTSA 2BJUA 3OU4B 4Y45A 2IKOA 4Y53A 5OYYA 5P4QA 5P16A 4Y36A 1MPPA 5OZ0A 2R3TA 3KFRA 1DPJA 4OBHA 4Y35A 5P70A 4EYRA 1HVLA 3WZ8A 4GMIA 2ZJIA 2FXDA 4GJ5A 2AZ8A 3ZKNA 5OYQA 2RSPA 4YOAA 5C9BA 5OZIA 4IVSA 3ZKSA 3FX5A 3HVPA 3D1ZA 4BELA 3H5BA 5AGZA 5P4GA 3ZOVA 5P3UA 4L7JA 3SLZA 4I12A 4DQFA 1QBSA 2AOEA 5P7TA 2BB9A 3QVIA 5P2BA 4RCDA 2AZBA 3EKVA 1W6IA 5P8FA 3SA5A 5P53A 3OAGA 3EXOA 5P17A 1C6ZA 4Y3ZA 1XS7D 1MRXA 1ME6A 2OHQA 4Y4ZA 1PSAA 3BGBA 3NU4A 5P5IA 1D4KA 5P1HA 5IVSA 3SA9A 2RENA 5P0WA 2FDPA 5P42A 2ZE1A 4OBFA 3LZYA 2APRA 5KOSA 5KOQA 2RKFA 4HA5A 3UQRA 2V0ZC 3FNUA 3QROA 5DQ1A 4B72A 4RRSA 3DOXA 5P3RA 1YM2A 1SBGA 3B80A 4EJKA 5DQCA 1AJXA 3R2FA 4YA8A 3UQXA 1GVTA 3PWWA 3S56A 5COOA 4Z22A 2BPVA 1MT7A 3I2LA 3TKWA 1MVPA 5P5WA 4CPRA 5P8MA 4Z2ZA 5P7LA 2F3FA 1ZPKA 1HPVA 3RSVA 2G69A 4GB2A 1ZLFA 4I0JA 5DR3A 4LXKA 3L59A 2Q11A 1MTRA 1ZPAA 2UY0A 3IVIA 3BVBA 5P3CA 4YD7A 5JG1A 3ZPTA 3UQWA 5P75A 1HIIA 2QCIA 3FKTA 3MXDA 1AM5A 5P50A 2H6SA 5COPA 4Y37A 3Q70A 5P56A 1QBTA 1BDLA 2HB4A 2VJ7A 3T7XA 4OD9B 2QK5A 3LIVA 2G22A 4B77A 4ZE6A 2PC0A 4CPUA 5APRE 3GW5A 5P10A 5P4CA 5SY2A 4Y5AA 1T6GA 5EZXA 5P4BA 3LIZA 2QZKA 5P0MA 3PLDA 2P8HA 1D4HA 1OD1A 5P2QA 4TVGA 2R3WA 3QVCA 4F74A 5P61A 5P4KA 1AVFA 4FRIA 1BILA 1W51A 4OC6A 4XX3A 3PEPA 3IGBA 3LPKA 4EHCA 2FLEA 4DQHA 1LYWB 3VSWA 3MSKA 5P4IA 5P4MA 1DP5A 1W6HA 4EP3A 1MT9A 3DUYA 4I0GA 4QJ9A 4M8YA 1FQ4A 3WZ6A 1ZAPA 1HTGA 4DJUA 2G24A 3NR6A 4XX4A 2AVVA 2AOCA 4CPWA 5OZ9A 1SDUA 2G27A 5DR7A 1Z1RA 3URIA 2VS2A 2Z4OA 4GJ8A 4FRSA 1G35A 2O4NA 2AODA 4D83A 3I7EA 5P5UA 4RZ1A 4DQEA 4RVIA 1ZP8A 5P7QA 2OHKA 3BUFA 1EEDP 3SM1A 4FRKA 3L38A 4ZPEA 2OHUA 1HPSA 1RQ9A 3O9IA 4Y58A 2F3EA 1B6PA 5P00A 3IVHA 2QD8A 5KR2A 3KT2A 3QIHA 5P2CA 1GKTA 4K9HA 1NSOA 2HB2A 4Y3PA 3EKTA 5P3DA 5HE4A 5HDVA 1BWBA 5P7DA 4FIVA 1MT8A 5P0HA 5P3NA 5I70A 3O9LB 2FGVA 1VIJA 4PZXA 4L6BA 1FG8C 3BXSA 3OGPA 1BV9A 4ZIPA 5FIVA 1ODYA 1FMXA 2F8GA 5P5PA 3PB5A 4A6CA 2Q15A 2JXRA 4Y3NA 3KYRA 1MEUA 1LYAB 3KM4A 5P1EA 2QHZA 4QJ8A 3APPA 2NNPA 3GGVA 3ZLQA 3ZKQA 1U8GA 5P59A 5P6QA 3VG1A 2FDDA 4AZYA 3HAUA 3RTHA 3HBOA 1FF0C 1MERA 5P5SA 4I8WA 5OZRA 2AVMA 4FAFA 4FRJA 4DJOA 5P73A 4CKUA 1NH0A 2OHLA 5P41A 1BVEA 2NTRA 2PK6A 4FM7A 1K1UA 2VIZA 4LXAA 3HLOA 5ENMA 1HVCA 2Q63A 2UXZA 5P2HA 5P5KA 5OZFA 5I3WA 5P8DA 5OZ5A 2R9BA 2NPHA 1ZSFA 1HEFE 5I3VA 2O4KA 2JE4A 5OZQA 1W5YA 5P8JA 3H0BA 4Y5EA 1GNMA 4NJUA 1APUE 2PK5A 2AZCA 2P3BB 3OHFA 1EC0A 2ER6E 3OQKA 2ZJLA 5P87A 3D3TA 1ENTE 1HXBA 3OK9A 5C9FA 1QDMA 5P86A 1IIQA 4YBIA 4YCKA 4DQBA 5P5TA 4M8XA 1APVE 3PHVA 2IQGA 2AZ9A 2FMBA 5P8LA 2F80A 5P2ZA 5P3EA 5AHAA 5P2DA 8HVPA 5P27A 5DQ2A 1HIVA 4GJ7A 4Y3QA 3T3CA 3VUCA 3KT5A 4J0VA 2NR6A 5P0GA 1M43A 3HD8A 2QU2A 3DJKA 1D4LA 3LZSA 1OEXA 4YOBA 5P7HA 4ZSQA 5P6VA 3SABA 4FS4A 4OBZB 5P4UA 4BFDA 4OBJA 3HDKA 3OY4A 3S43B 1C6XA 4Y3RA 3PJ6A 3L5BA 4Q1YA 4DJRA 3SO9A 5P5NA 4LC7A 2HPEA 4XKXA 5P2EA 5P6UA 3S85A 5P7KA 5P03A 3UDHA 4HE9A 1T3RA 3CMSA 3T7QA 1SIVA 5DR4A 4GJAA 5P5QA 1T7JA 5P63A 5P1NA 3UDPA 5P30A 1HVRA 4LXMA 2ZGAA 5P81A 3NXNA 2QI6A 2AVOA 5P3ZA 3TPRA 5P4EA 3I6OA 1G0VA 3Q4BA 4J0PA 3BUHA 3TL9A 5P8UA 3QN8A 1W50A 3Q6YA 5P1LA 4DPIA 5P4PA 5P7SA 6FIVA 4ZSPA 4EJDA 1K6VA 4J5JA 3JVWA 1FMUA 2V16C 4GYEA 3OXWA 3EKQA 3R0WA 3L58A 3R0YA 1W5WA 3IN3A 4Y4BA 4D85A 3QS1A 3VF3A 5P82A 2WKZA 3ZMGA 4HLAA 3MSJA 1J71A 2P3CA 5P7NA 5P01A 1NPWA 4LAPA 3RTMA 3K4VA 5P33A 5P72A 5P05A 4DJVA 3LIXA 3SA4A 3VEUA 3ST5A 4NPTA 5KR0A 3OADA 5P37A 3KFPA 5OZ3A 3UDNA 2WF2A 1BAIA 2G26A 2ASIA 3L5FA 1HVHA 5P3TA 4D8CA 1IZEA 3QRSA 1DAZC 1AZ5A 2PWRA 4F76A 2V10C 3QRVA 4EP2A 5P7YA 4YDFA 5OZXA 3WB4A 3O9EA 5HD0A 4PZWA 5P36A 4Y5PA 3NDWA 3PLLA 5C9DA 5T4SA 2VNMA 5P5MA 1EPNE 5P8PA 5HE5A 3T7PA 3TH9A 4DH6A 5P35A 1IVPA 2B42A 2ER0E 4H3IA 5P8OA 4NJTA 5I3XA 4MC1A 5P3FA 5P7AA 2B8LA 3UFNA 1NPVA 3QPJA 2QI5A 1M0BA 3KA2A 2VKMA 5DR1A 5P48A 3KDDA 2FS4A 4FM6A 5P25A 5HCTA 4TVHA 5P6DA 5P1BA 5P1VA 3ZKXA 3OXCA 4I0FA 5P4NA 3VV6A 4QGIA 5P23A 2P83A 1BDRA 1KJHA 2ZHRA 3OGQA 1SMRA 1YM4A 7HVPA 2ZHUA 5P5EA 1XL5A 3OQAA 1MESA 5P6YA 1DW6C 1B5FB 5P22A 4ZSRA 3NU6A 3PSGA 5P09A 1UH7A 3EBZA 5AH9A 1TCWA 4NKKA 4B70A 5P6MA 4ZLSA 3UDRA 3VFAA 4EPJA 3LPJA 5ER1E 5P0AA 3QI1A 1HVKA 3UFLA 5P7BA 1ODXA 5P0PA 3S54A 3LHGA 2ZHTA 3DM6A 1YTJA 1HXWA 2A1EA 4QJ6A 4U7QA 5OZ2A 1WKRA 2VJ9A 3L5DA 3UHLA 1B6JA 5OZEA 4FE6A 3N3IA 1Z8CA 1HIHA 4YCTA 5P8GA 4CPQA 5P6JA 4B00A 2QI0A 3OUDA 3LZUA 2UPJA 3LIQA 5OZUA 5P6LA 3T11A 1EPME 3IA9A 3PWMA 2R5QA 1IVQA 4PHVA 5P6ZA 1FG6C 5P18A 1FQ5A 4YD3A 1E80E 5KQFA 2V12C 4B1CA 5OZ7A 4JP9A 5P7OA 1PFZA 3PWRA 5OYUA 3SAAA 4ER1E 3OXVA 4RGHA 5P0YA 4CP7A 5P1QA 2B60A 2XFKA 3NYGA 3CKPA 3T6IA 3NLSA 5P0BA 1RV7A 3BUGA 3NXEA 5P1PA 3EL5A 3ER5E 2P3AA 3ZPUA 3PSYA 5P3SA 5P1IA 5P12A 3U6AA 4Y5BA 1TQFA 2R5PA 1CZIE 4K4RA 1D4YA 5P47A 5PEPA 2VA6A 4Y3LA 4S1GA 4L1AA 4LP9A 1HOSA 4RROA 1PSOE 4I8ZA 3N4LA 1EBKC 1E82E 3FSMA 1YT9A 1E81E 3C9XA 1W5XA 2WHHA 2G1YA 1FQ6A 2QNPA 2PQZA 5OZJA 2J9JA 1YTHA 4L7HA 1AIDA 5P5XA 5BWYA 5P7MA 5P3IA 4CMSA 5IS4A 1A94A 5P0FA 4F75A 1B6KA 5P2RA 2QAKA 2I4XA 4NJVA 1FB7A 2H6TA 2WF0A 3OUCA 5OZWA 3SKGA 3ZKIA 4A6BA 2QI3A 5P2AA 5P2YA 4Y3AA 4F73A 4Y5GA 3GGXA 5UPJA 3OU1B 3OUBA 1BIMA 1LYBA 3D1YA 5KQYA 5P6XA 5P52A 5KR8A 1AJVA 2FXEA 3TPJA 5P2LA 4Y56A 4HDFA 1UH8A 2I0AA 5KR1A 2QI1A 1C70A 4R5NA 5P6FA 4E43A 2O40A 5P2IA 3GI0A 1SGUA 2G1NA 5P1ZA 5AHCA 2AOIA 4NPUA 1HVJA 5P2TA 1HSIA 4OBKA 3CYWA 4L7GA 6APRE 4Y3DA 5P06A 2IGYA 2WEDA 5P0LA 3S8IA 4Y4GA 2A4FA 3VF5A 5P0EA 5OZHA 1GNOA 1EAGA 2QD7A 2FNTA 3OQDA 4YDGA 2AOGA 2R38A 2AQUA 5P51A 5P02A 3F9QA 1B11A 5P8NA 2ZYEA 5P40A 1K2BA 4UPJA 4Y3XA 5P3GA 3VLAA 2Q64A 2ZJHA 3LIYA 2XYEA 4Y9WA 3OU4A 2HB3A 4I0ZA 1W5VA 1YTIA 3KFSA 5P1WA 3TNEA 5P2UA 3SACA 1QRPE 2FIVA 5P6GA 2P4JA 4N00A 4BEKA 4K8SA 3PVKA 4Y38A 5P1DA 2QMDA 5P1AA 4DJPA 3WZ7A 4PEPA 3RSXA 5P58A 3O9DA 4J17A 5P2KA 4ZPGA 5P4OA 5P1GA 4HZTA 3ZL7A 2F3KA 4Y3JA 5P4WA 3UCBA 2B7ZA 2Q54A 3QAAA 3OOTA 3D91A 5OYTA 4A4QA 5BS4A 5P5YA 4Y48A 5OZ6A 5P24A 5ISKA 5P2XA 4R93A 2Z54A 5IVQA 5P3AA 5P2MA 3APRE 4LL3A 4FSLA 1IZDA 3S2OA 5KQZA 5P0XA 4Y4AA 5P5AA 5HU1A 1EPLE 1T7KA 3NDTA 3R1GB 5P7JA 3R4BA 5P1SA 2G21A 2WJOA 1EBZA 1HPXA 4JPEA 2O4LA 5HTZA 2BQVA 1HRNA 4RLDA 3O9BA 3Q5HA 4Y39A 1UPJA 5P1OA 5OYZA 2NMYA 1Z1HA 1RL8A 5P3HA 5P44A 2VIJA 1B6MA 5P3OA 1EC3A 4XXSA 1OEWA 5DGWA 3OAGB 4YD4A 1FIVA 2QNQA 4B05A 2QMGA 4K4PA 5OZ8A 5P4DA 5P6EA 1MTBA 3MSLA 3PMYA 3B7VA 5P65A 1GVXA 4B1DA 1A9MA 3PCWA 5P5JA 2FGUA 4GJ9A 5DPZA 5P8SA 2HM1A 1BXOA 3PCZA 5OZCA 1QBRA 2BPWA 3SFCA 2BKSA 3OXXA 1GVWA 4ER4E 5P85A 3LINA 1N49A 3SPKA 4EQ0A 2F81A 2WEZA 5P7WA 5OZOA 1EPPE 4NJSA 1BBSA 4AMTA 5OZ4A 4OD9A 1BXQA 3FNSA 4JECA 1SP5A 3KMYA 4I0HA 4DJYA 2V00A 4Y3GA 4QLHA 2I4UA 3NWQA 1FMBA 2ANLA 4MC2A 1EC1A 5P20A 5DQ5A 4I11A 5OYSA 5P08A 5P3BA 1D4IA 3TOHA 5P5RA 5P7UA 5P6IA 4Q1NA 1WBKA 1F7AA 3VYFA 5P71A 5P0ZA 5P7FA 3OQ7A 4KE1A 1FGCC 2WF3A 4WY6A 3SKFA 1LYWA 4DUSA 3I25A 3VCMA 2G94A 5P3WA 4R92A 4JPCA 4Y4DA 4DV9A 1EBWA 3KDCA 4X2LA 3EKXA 5ISJA 3GGUA 5JODA 5P11A 5P28A 5F01A 3UDJA 5P57A 3BVAA 5P0VA 5E5KA 5AH7A 4I0DA 4Y50A 3OTYA 5P4LA 5P39A 4K4QA 3VYDA 3K5GA 2V13A 3O9FA 5P14A 1NPAA 5P43A 5P0SA 1MUIA 2QMPA 5P1YA 9HVPA 4OC6B 2ER7E 2O4SA 4FL8A 1BVGA 5P5CA 5P89A 3MWSA 4Y3TA 5P2OA 5SY3A 4GZFA 3KMXA 3VLBA 1FLHA 5AH8A 3PBZA 5P7PA 2OHRA 4EQJA 2WF4A 5ER2E 4DVFA 4Y44A 5P4SA 3FNTA 4KE0A 3FIVA 2CENA 5TOLA 4RVXA 3VFBA 3KF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IGX A;  5P2V A;  3HZC A;  5P6B A;  2I4V A;  5P7E A;  4Y4J A;  2QU3 A;  4FGX A;  5P6T A;  3UTL A;  5OZS A;  3OTS A;  2BJU A;  3OU4 B;  4Y45 A;  2IKO A;  4Y53 A;  5OYY A;  5P4Q A;  5P16 A;  4Y36 A;  1MPP A;  5OZ0 A;  2R3T A;  3KFR A;  1DPJ A;  4OBH A;  4Y35 A;  5P70 A;  4EYR A;  1HVL A;  3WZ8 A;  4GMI A;  2ZJI A;  2FXD A;  4GJ5 A;  2AZ8 A;  3ZKN A;  5OYQ A;  2RSP A;  4YOA A;  5C9B A;  5OZI A;  4IVS A;  3ZKS A;  3FX5 A;  3HVP A;  3D1Z A;  4BEL A;  3H5B A;  5AGZ A;  5P4G A;  3ZOV A;  5P3U A;  4L7J A;  3SLZ A;  4I12 A;  4DQF A;  1QBS A;  2AOE A;  5P7T A;  2BB9 A;  3QVI A;  5P2B A;  4RCD A;  2AZB A;  3EKV A;  1W6I A;  5P8F A;  3SA5 A;  5P53 A;  3OAG A;  3EXO A;  5P17 A;  1C6Z A;  4Y3Z A;  1XS7 D;  1MRX A;  1ME6 A;  2OHQ A;  4Y4Z A;  1PSA A;  3BGB A;  3NU4 A;  5P5I A;  1D4K A;  5P1H A;  5IVS A;  3SA9 A;  2REN A;  5P0W A;  2FDP A;  5P42 A;  2ZE1 A;  4OBF A;  3LZY A;  2APR A;  5KOS A;  5KOQ A;  2RKF A;  4HA5 A;  3UQR A;  2V0Z C;  3FNU A;  3QRO A;  5DQ1 A;  4B72 A;  4RRS A;  3DOX A;  5P3R A;  1YM2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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