4DJUA

Structure of bace bound to 2-imino-3-methyl-5,5-diphenylimidazolidin-4-one
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djuA02
3WB5A 5P5OA 4JP9A 5AGZA 1T3RA 5P2YA 1D4SA 5P3GA 2B7FA 3PB5A 5P1MA 5SY3A 2PMAA 3QIHA 5J25A 1MT7A 1F7AA 5P2FA 4KE1A 1Z1RA 2AODA 3MSLA 3INHA 1XN2A 1XN3A 2RSPA 2APRA 5P4IA 4HLAA 2EWYA 4U8WA 5UPJA 4R95A 1HIHA 1UH7A 5P1XA 3T6IA 1YM4A 1IBQA 5OZKA 3NYGA 5HE5A 5P6OA 2ER7E 2O40A 4OD9B 1DAZC 5P86A 1FQ7A 5P5HA 1MSMA 4B72A 3TH9A 1PSAA 5P81A 1M43A 3EL4A 2FIVA 4QJ9A 3D91A 1BV7A 5DQ4A 4OBKA 4Y4XA 3LPIA 3QP0A 5P5DA 4FL8A 5CLMA 5P11A 5OZVA 1FF0C 4UPJA 3KFPA 4YD7A 5B18A 3NUOA 5P0JA 1B5FA 1HTRB 1ZTZA 2WF2A 3PWMA 3O9LB 3S43A 3F9QA 3OUDA 2AOFA 4YD5A 5P38A 1MERA 3Q3TA 3IVHA 1HVRA 2OHLA 1T6EX 1HVKA 5P2DA 5P3QA 3DV5A 2IKOA 5P4YA 3MXDA 3EL0A 2VIEA 5P1VA 4AZYA 5P24A 5P6MA 3IXJA 1B6LA 3OTSA 5P8BA 3OTYA 4HEGA 2P3DA 4COEA 2HS2A 3OQFA 1EC2A 5P8LA 4DQEA 4PPHA 4DUSA 5P0NA 2ZJMA 2F3FA 5P78A 5P4VA 3UDQA 4GZFA 5OZGA 4NJVA 4EJ8A 2ZDZA 4Y3GA 4Y6MA 4DJPA 1HXBA 4U7VA 2ZHSA 3TPJA 3ZLQA 5P0AA 5AH9A 4DJQA 1T7IA 1FQ5A 4RRSA 1QDMA 1PSOE 3UDKA 4Y4EA 2FDEA 2QHZA 4Y3AA 1YM2A 3ZPSA 5AH6A 3BGBA 3TPRA 4F75A 2BKTA 5AHAA 4ER2E 5P4HA 5P1OA 5P4PA 1ZPAA 4FM7A 4LC7A 5P1PA 5P8JA 5HDZA 4Y39A 2HPEA 5P6SA 1EEDP 4X2LA 3SA9A 4Z4XA 5OZ4A 3PM4A 3VV6A 5P2LA 4A6CA 3ER3E 4S1GA 4Z2ZA 1K6CA 1GNOA 3I2LA 5F00A 5P5EA 1HIVA 4Y3RA 1T7JA 2XFIA 3R0WA 3KFSA 3T11A 4HDPA 4K8SA 5P7HA 2IL2A 3OOZA 4Y38A 1AZ5A 1HEFE 5P64A 5P8RA 1KJ7A 3AUPA 2XFJA 5DGWA 3SPKA 5P3BA 4Y5CA 1K6VA 3EM3A 5HVPA 5OZ3A 7HVPA 4GJAA 5OZZA 5P8NA 5P12A 1K1TA 2HB3A 2ZYEA 2WKZA 1BWAA 5P30A 5P3RA 5P2UA 1LYWB 1Q9PA 2HC0A 1E81E 5P0EA 1IDAA 1IDBA 3PI5A 5P44A 1TSQA 4D88A 1A94A 3IN4A 3PHVA 1T6GA 4Y3YA 1RV7A 2I4VA 3UTLA 3UQRA 1C6YA 3TLHA 1CZIE 5P4FA 1YT9A 3D1YA 5OZFA 5P5IA 3L59A 1HTGA 1OEWA 5OZBA 3IA9A 2G69A 2IRZA 5P1DA 2QI7A 1ZAPA 2A1EA 5P5PA 1WBMA 1BV9A 3A2OA 1W5YA 5JODA 2PSGA 5P5RA 3LITA 5HE4A 5P8GA 1K2CA 4EP3A 2FXDA 5CONA 3JVWA 5P36A 3HVPA 4FS4A 4Y47A 2WEZA 4Y4TA 2WL0A 5P2BA 3G6ZA 1LV1A 2PK5A 4LXKA 3UDHA 1XE6A 4Y44A 5P7CA 1SGUA 3SLZA 9HVPA 1MUIA 4KB9A 4QJ6A 1LYBA 3QROA 3RSXA 4Y3PA 1FQ8A 1ENTE 4Y54A 5DR1A 1EBKC 3FNUA 2VKMA 4Y5MA 2WJOA 1HSGA 2I0DA 1W5XA 1EBYA 1SDUA 5P0IA 5P6EA 4J0VA 1HRNA 4M8YA 3EL9A 2Z54A 1UH9A 5P7ZA 2AQUA 1MEUA 1BVEA 4L1AA 1D4KA 4L7GA 5HDVA 2V11C 2XYEA 2NXLA 5P0YA 5P5MA 4DJVA 4EPJA 5AHBA 3NU4A 4XX4A 4RRNA 3HVGA 4DI2A 1TCWA 5P3DA 2BPYA 1B11A 3O9IA 4Y3EA 2WF1A 4E43A 1B6KA 5P2IA 2QCIA 2HB2A 1RL8A 4HE9A 3NDXA 4Y56A 5P5BA 3GGVA 1BDQA 1EPPE 5P6WA 3SFCA 3UDRA 4Y3XA 4GJCA 4OBDA 1A30A 4FAFA 2I0AA 4Y4JA 1QBSA 4GJDA 3OXVA 4Y3NA 5F01A 3ZPUA 5OZNA 5P8SA 1SBGA 3I25A 5P3UA 3K4VC 2OAHA 2QNNA 5P1WA 5P8IA 4MC2A 5P0XA 3S45A 5P4QA 1IZDA 2RMPA 3HZCA 3CKTA 4TRZA 1D4YA 3U6AA 5P84A 5P80A 4EJDA 2VNMA 5JFUA 5P3WA 3UQUA 4EYRA 5P7PA 2AIDA 5P0ZA 5P0FA 5P7EA 3QBHA 3SA4A 5P7NA 5ER2E 2R38A 5OYWA 3PI0A 5P7OA 1OHRA 3KM4A 3HW1A 4DQFA 4K9HA 4OBZB 3NDWA 4N00A 5P63A 5P07A 4XKXA 5P4TA 3ZKQA 3EXOA 5P8TA 4YDFA 4A4QA 1GNMA 5P2CA 1U8GA 3K5CA 1E5OE 2R9BA 2QU2A 3T7XA 4YBFA 5P4MA 4OC6A 3DCRA 3VYFA 3BVBA 3LZUA 2OHMA 1BILA 2OHSA 2R43A 1EAGA 5OZRA 6APRE 3QVCA 4J1HA 5OZMA 2AOCA 4Y4AA 3KFNA 3WZ8A 4Y57A 3PJ6A 2QP8A 2P3BA 1AJXA 3IVIA 2IS0A 1YTJA 5P1ZA 2I4XA 3HAWA 5OYQA 4Y9WA 5P77A 4Y3ZA 1KZKA 3CYXA 1DW6C 1GVXA 2QNPA 3O9HA 2Q15A 3OHHA 4DQHA 5KOQA 2UPJA 4FE6A 4JECA 2HPFA 4ZPEA 1FG8C 2QMDA 5KOSA 1MT8A 5P67A 5P5UA 4ZIPA 5ENKA 1W50A 2QHYA 3OU1B 5P35A 4JPEA 5P6BA 2FLEA 2B7ZA 3PVKA 1EBZA 3UDPA 4QJ7A 4JOOA 1BWBA 1PFZA 1ZLFA 4FSLA 4EWOA 4ZEAA 2QHCA 1BVGA 3VUCA 3UHLA 1PPLE 4I0EA 4APRE 4Y5BA 3EM4A 4I0FA 1SGZA 5P3YA 5P68A 2IGYA 5P6YA 1K6PA 5P7MA 5P7YA 7UPJA 3JVYA 4FGXA 2PWRA 3BUHA 5P0GA 5P5WA 4LXMA 2AZBA 4FAEA 4Y4UA 3PRSA 1FEJC 5P3PA 3O9GA 5OZDA 1YTHA 5P8FA 1PPME 4ZLSA 5P00A 5OYYA 5P0TA 2VA5A 5P3HA 3OK9A 3QAAA 2HIZA 2ZJKA 3ZMGA 1BBSA 1SIVA 2ZHTA 5E5KA 2R8NA 5P18A 1M0BA 2ZJLA 3R1GB 4OBHA 2QU3A 2I4WA 1A9MA 4K4PA 5P7GA 1HVHA 5P4XA 1E80E 1D4IA 5P2TA 5P4BA 5P5XA 1ZBGA 4ZE6A 3EKWA 2AVQA 3EL5A 1YG9A 4FM6A 5BRYA 1PROA 1XS7D 5P3CA 4DFGA 5P08A 1SMEA 3SACA 1EPQE 5P8OA 2PQZA 5P1CA 4DH6A 4GJ9A 2FMBA 2AVOA 4CPWA 1IZEA 1HVSA 3ST5A 1EC0A 3PMUA 1MPPA 3EKXA 3LPKA 4EP2A 4B70A 5P2EA 4B77A 5P76A 3QI1A 3NU3A 3EKQA 5P6HA 5E5JA 5P8CA 1MRWA 5P4CA 5P39A 4R8YA 4GJ6A 3HLOA 5P5CA 4Y50A 2WEBA 5P6DA 1BDLA 4FSEA 3QRSA 1ER8E 4J17A 3OUAA 1B5FB 3O9EA 4LAPA 3UCBA 4LBTA 4BEKA 5KR8A 3S43B 3OUDB 1T7KA 2QK5A 5P7QA 5P0DA 5IE1A 1ZSFA 4B1EA 1TW7A 3S54A 5P3SA 3WB4A 1N49A 1PSNA 2NPHA 4B1DA 2ER0E 3GW5A 1NPVA 5EZXA 3ZL7A 5P8PA 5P0QA 3BUFA 3KYRA 4FLGA 5P0VA 4CP7A 4D85A 2NXMA 5C9FA 3QS1A 5P1UA 1TCXA 3ZKXA 1FIVA 1LF4A 5P7IA 4RYCA 3KF0A 4J0TA 3CKPA 5DR3A 2B8VA 2G27A 4ZPGA 5P0CA 1HPVA 4GMIA 3PBZA 2VA6A 1ME6A 5P17A 4J0YA 4NJTA 5P87A 5P71A 3MSJA 3FNSA 3OWNA 3SM1A 1G0VA 3SQFA 5DGUA 3NDUA 3UFNA 3QRVA 5P3OA 3OADA 3ZPTA 5P3JA 6FIVA 1GVUA 4KUPA 2VJ7A 3HBOA 5P0RA 2IENA 3MWSA 4ZSMA 5P6QA 1FQ4A 3L5FA 1TSUA 4L6BA 3LIXA 3INDA 2AVSA 4Y4GA 2QMPA 1AM5A 3TOGA 4BFBA 5P6KA 4J0PA 1UH8A 2OHRA 4YBIA 4I11A 5OYXA 3SA6A 4J1KA 5P54A 3CYWA 3GGXA 5OZ2A 1XE5A 2OHUA 2QMFA 3H5BA 3T3CA 5P2QA 3CIDA 4Q1NA 3ZKSA 5DR7A 3BHEA 3HAUA 3DJKA 5OZPA 5HTZA 5P6AA 5P70A 4DJYA 2QMGA 5KQXA 3PMYA 5P27A 2JYSA 1WBKA 1EPRE 5P51A 2B42A 3IXOA 5P50A 2BPVA 2H6SA 5P6NA 4RLDA 1HHPA 5P09A 5KR1A 3CIBA 5P2WA 4TVHA 5I3WA 5P4ZA 4DQBA 5P6LA 3MXEA 3URJA 4YCKA 2QZWA 3OAGA 2G21A 3ZKNA 5P7LA 3K5DA 3U7SA 2O4KA 2WEAA 2XFKA 4F73A 2O4LA 1FB7A 1MT9A 3L58A 5P3LA 2HS1A 5DQ5A 2IEOA 2OHTA 5OZYA 2V10C 4YDGA 5P8MA 1D4JA 5HE7A 4GYEA 5P6JA 3PBDA 4GJBA 5P83A 4J54A 5P6GA 1W6HA 3KT5A 3SO9A 1GVVA 4B1CA 5P5ZA 1MIQA 1GKTA 2NXDA 5P8EA 3VFAA 2VA7A 1FMBA 2WF0A 5OYTA 3D1XA 1BXOA 1AVFA 1A8GA 4HVPA 4Y48A 1KJHA 3KDCA 3DK1A 3VYDA 3BC4A 4I8ZA 1APVE 5HCOA 5KQYA 4CPUA 4J5JA 4PEPA 1WKRA 5P6PA 4I0ZA 1D4HA 4EXGA 5HU1A 1SDVA 1HVCA 5P88A 4Z50A 5P05A 3VF7A 5OZIA 5P34A 3Q4BA 4RVIA 4FIVA 5P22A 1HXWA 2J9KA 5P20A 3ZKGA 4LL3A 1LYBB 1NH0A 2VJ9A 3RTNA 1YX9A 3NSHA 4Y36A 2NNKA 5OZQA 1QBUA 1RNEA 4Y3HA 5IS4A 2G22A 1LYAB 5FIVA 4J1EA 5P4AA 3PLLA 5P2HA 5P8QA 5P66A 5P7VA 5P7AA 4Y3MA 1GVWA 3NUJA 3TPPA 3EBZA 3TKGA 3NWQA 2ER6E 1XDHA 4L7JA 4L1AB 2MIPA 3DV1A 5OZAA 2VJ6A 1ZP8A 3LPJA 5P75A 4Y5NA 2QI6A 2ZHVA 4Q5MA 3UDYA 2V12C 5P5LA 2BPWA 1F34A 3I8WA 1XL2A 2JXRA 5DQ1A 5P10A 2VS2A 4RGHA 5OZEA 2FDDA 1OEXA 2QI4A 5P5JA 3G72A 5P89A 5P82A 5P52A 4EQ0A 3OHFA 4GJ8A 3PCZA 3OU3A 4Y3WA 1M4HA 4I0HA 4RCFA 3SABA 4TRYA 2BPZA 1HPSA 4WY1A 3SKGA 1ZJ7A 5P74A 1FG6C 1LF2A 1TZSA 3KDDA 1B6MA 5KR2A 5P5AA 1DPJA 3N4LA 4R93A 5P15A 5P4DA 4FCOA 1PPKE 3OGPA 5P7KA 4X7IA 5P3VA 3NXEA 2VIZA 1SIPA 4LP9A 2AOIA 5P65A 3NR6A 2QZKA 5P1FA 2I1AA 4RVXA 1BXQA 2NR6A 5P6RA 1G6LA 4K4QA 3OUCA 3APRE 1A8KA 5DPZA 3BVAA 5DQ2A 3VYEA 4DJWA 3PSGA 3EKPA 4Q1YA 4BFDA 4FM8A 4CKUA 4Y51A 5P7SA 1FFFC 1KJFA 3LHGA 3PEPA 4I0GA 5ISJA 5P4NA 3L5EA 3K5GA 1META 5P59A 5P73A 3M9FA 1W5WA 4MC1A 1FKNA 2P3CA 3FV3A 3TNEA 3Q6YA 2FDPA 3VLAA 5P3EA 5P40A 4GIDA 4OC6B 5P0OA 5JG1A 4ER1E 2F3EA 4EXHA 1MVPA 2UXZA 1LEEA 5P0WA 2QI0A 1ODWA 3RTMA 2ZJHA 3URLA 3VLBA 2P3BB 5P49A 4CMSA 3WZ6A 5P47A 5AH7A 4MC9A 1CPIA 5P1QA 5P6ZA 1HPXA 4D8CA 4PYVA 5P62A 5P3AA 5P46A 2Q55A 1EPNE 1FMUA 2NTRA 2ZJJA 5OYZA 5P23A 4FRKA 1APUE 3VEUA 5P1KA 5OZSA 1SH9A 4PZXA 2HB4A 1DP5A 2R3WA 4QJ2A 3TOHA 1K6TA 3SAAA 4ZPFA 3G70A 5OZHA 3R2FA 2J9JA 5PEPA 4I0IA 3PSUA 3KMXA 2AOHA 5P3IA 5P4KA 5P1JA 4Y3DA 5OZ0A 1ODXA 1EPLE 3KT2A 2VIJA 2QZLA 4J1CA 4Y5AA 4RVJA 5P3NA 4I8WA 1XL5A 4YOBA 4RZ1A 1HOSA 4PHVA 5TOLA 2PWCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WB5 A;  5P5O A;  4JP9 A;  5AGZ A;  1T3R A;  5P2Y A;  1D4S A;  5P3G A;  2B7F A;  3PB5 A;  5P1M A;  5SY3 A;  2PMA A;  3QIH A;  5J25 A;  1MT7 A;  1F7A A;  5P2F A;  4KE1 A;  1Z1R A;  2AOD A;  3MSL A;  3INH A;  1XN2 A;  1XN3 A;  2RSP A;  2APR A;  5P4I A;  4HLA A;  2EWY A;  4U8W A;  5UPJ A;  4R95 A;  1HIH A;  1UH7 A;  5P1X A;  3T6I A;  1YM4 A;  1IBQ A;  5OZK A;  3NYG A;  5HE5 A;  5P6O A;  2ER7 E;  2O40 A;  4OD9 B;  1DAZ C;  5P86 A;  1FQ7 A;  5P5H A;  1MSM A;  4B72 A;  3TH9 A;  1PSA A;  5P81 A;  1M43 A;  3EL4 A;  2FIV A;  4QJ9 A;  3D91 A;  1BV7 A;  5DQ4 A;  4OBK A;  4Y4X A;  3LPI A;  3QP0 A;  5P5D A;  4FL8 A;  5CLM A;  5P11 A;  5OZV A;  1FF0 C;  4UPJ A;  3KFP A;  4YD7 A;  5B18 A;  3NUO A;  5P0J A;  1B5F A;  1HTR B;  1ZTZ A;  2WF2 A;  3PWM A;  3O9L B;  3S43 A;  3F9Q A;  3OUD A;  2AOF A;  4YD5 A;  5P38 A;  1MER A;  3Q3T A;  3IVH A;  1HVR A;  2OHL A;  1T6E X;  1HVK A;  5P2D A;  5P3Q A;  3DV5 A;  2IKO A;  5P4Y A;  3MXD A;  3EL0 A;  2VIE A;  5P1V A;  4AZY A;  5P24 A;  5P6M A;  3IXJ A;  1B6L A;  3OTS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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