4DJVA

Structure of bace bound to 2-imino-5-(3'-methoxy-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methyl-5-phenylimidazolidin-4-one
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djvA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djvA02
2WJOA 3I8WA 1BILA 5P37A 4EP3A 2FDDA 5P1HA 2HIZA 4RRNA 5COOA 3OHFA 4XX3A 1DW6C 3WZ8A 5P5OA 4OBGA 5P09A 5I3VA 4YCTA 1Z1HA 3LINA 3T11A 4F75A 2WF4A 5FIVA 1ZPKA 4ZPFA 3L5FA 1GNOA 5OYVA 1BVGA 1TCWA 5P0XA 3O9HA 4YCYA 2OHNA 5P54A 5P4PA 4YD3A 5P6OA 1BDQA 4Y5BA 3O9CA 5P5BA 3HAUA 2QAKA 5OYZA 4AMTA 4NJTA 3KA2A 5P0FA 5OZQA 5P47A 2XYFA 4WY6A 2ZJLA 3KM4A 5P7UA 1MUIA 4ZSQA 5P1JA 3S85A 1D4HA 4DJVA 4Y3GA 4EXHA 4A4QA 5P07A 2HAHA 1EC0A 5OZHA 1FQ5A 3DUYA 4PPHA 1M0BA 1BWBA 3K4VC 3PWWA 4KE0A 5OZ7A 2NXMA 5P8PA 1BDRA 1FQ7A 1KJ4A 3FNUA 4YOBA 3QBFA 5AGZA 2QK5A 4J0ZA 5OZBA 1YTGA 3G72A 5OZXA 1ZBGA 5P3WA 4S1GA 1WBMA 3D1XA 5P73A 2O40A 1GVTA 2P83A 5P84A 5P6FA 2WECA 1ODYA 1A8KA 2I4VA 5P66A 5IVRA 4YD7A 1FIVA 3SA8A 5P33A 1QS8A 4LHHA 4DQHA 3QBHA 1DAZC 1KJFA 4GJ5A 4J1FA 4CMSA 1SDUA 1IDAA 4D88A 4Y5MA 2QI3A 4Y5PA 5P5WA 2G94A 3BVBA 2O4SA 4Y4GA 4Y3RA 5P6SA 4J1KA 2RKGA 3BXRA 3UPJA 3DOXA 1LZQA 5P0NA 3ER3E 5OZZA 4GYEA 1EBKC 5P05A 5P3CA 2BPYA 3PSYA 5HTZA 4Y44A 4R95A 1LF4A 4DQBA 4RYCA 2Q15A 1OD1A 5HDZA 1RL8A 2QI5A 1PSAA 3TPJA 1HVJA 4FAFA 4RCEA 2FNTA 5P6AA 4OC6A 4HDFA 4J0YA 4ZLSA 5DR7A 2JXRA 1HVIA 5P1ZA 5P32A 5KOSA 2G24A 5P1IA 5P7NA 9HVPA 4Y47A 4FM6A 4XKXA 5P89A 5P5TA 4FL8A 3EBZA 3CKTA 3BGBA 3S2OA 5AH7A 5P5CA 3UDKA 5PEPA 3B7VA 4PHVA 4Y5AA 5P64A 2QZXA 3U6AA 2ANLA 1EEDP 2F3EA 5P13A 4YDGA 7HVPA 3NWQA 2I4XA 5P27A 1AJXA 2VJ6A 5P7LA 5OYTA 2QI6A 5OZ6A 3S43B 4I0HA 3SM1A 3IXKA 4ZPEA 4YOAA 3QRSA 5P5NA 5P7ZA 3SA4A 4B77A 4L7GA 1KJ7A 1BBSA 1SDVA 1FGCC 1OEXA 1MTRA 5P7QA 4H3FA 5HVPA 4Y5NA 3VYFA 1E82E 1G6LA 3S8IA 4J17A 4X7IA 5P61A 1K6PA 5HD0A 4KB9A 2ER0E 2QZWA 4BFBA 5P26A 3IN4A 1XL2A 5P6KA 5P5RA 2ZDZA 5P3DA 3SQFA 4Y38A 3L38A 3O9DA 2ZE1A 2QHYA 1E81E 3GI4A 1BVEA 1RNEA 2AODA 5ENMA 5P3KA 2Q3KA 3EKVA 5HDVA 4DI2A 2QHZA 3LIXA 1B11A 5OZGA 5OYRA 3OWNA 1FEJC 2AVOA 2I1AA 4JPCA 4B1EA 5P1XA 5HDUA 4Y3LA 3TPPA 3GI6A 3PI5A 1VIKA 3GI5A 3ZKMA 2PC0A 2QCIA 3RTNA 3VSWA 5P6PA 5P82A 2ER9E 2ER6E 5P1DA 1M43A 1TW7A 3Q5HA 5P86A 1B6JA 2ZHTA 5P2XA 2FGVA 2VIJA 3OK9A 5P0IA 1FB7A 5P6DA 5P4DA 3ZMGA 3D1YA 2O4KA 1SDTA 4F74A 3PM4A 4DPFA 5KOQA 5P4LA 1AIDA 4K8SA 5P4YA 3MSLA 3QPJA 5DQ5A 3QIHA 5P3LA 2WKZA 4AA8A 4QJ6A 2VIYA 3U71A 1FMXA 5P29A 2NTRA 3EM3A 3SFCA 5P1FA 2QMGA 3UDJA 4OBZA 3KMYA 4Y3NA 5P36A 5P4JA 2A4FA 3O9IA 4OD9B 3ZKQA 4H3JA 1LYWB 2AVMA 1NPVA 4L1AA 1NSOA 5P0MA 1IZDA 1FG8C 3N3IA 5P3AA 2JE4A 3URJA 4R91A 4J1IA 3CKRA 5UPJA 2IL2A 3O9BA 3I7EA 3KF0A 5HDXA 5P3RA 5P8SA 5P4KA 1SH9A 5DR1A 1MSMA 1AM5A 4TRZA 3OGQA 4FIVA 5P39A 2J9JB 5P6ZA 3LIYA 3S43A 3HDKA 5P5MA 4JECA 5P11A 1IZEA 3VLBA 3AIDA 4GJBA 5KQYA 4YBIA 5P2JA 4CPXA 5P3UA 2AZ9A 2PQZA 3Q6YA 5P6MA 5P7GA 4B1CA 3EKYA 4YA8A 4CPQA 1HPOA 5P00A 5IS4A 4GIDA 5TOLA 2BQVA 2AVQA 4GJDA 5P34A 4RLDA 4GJCA 5P6CA 3TKGA 2I4UA 2JJJA 1HEGE 4QJ9A 4Y6MA 5P8LA 2OHSA 3KMXA 3T7PA 4ER1E 5EZXA 5P17A 2IDWA 4FSLA 5EZZA 5P5SA 2XFKA 5P8MA 5COKA 1IBQA 3PSGA 5P4VA 1T6EX 5P1MA 5KR1A 1XDHA 5OYWA 5P7HA 1D4KA 4RRSA 4I0JA 4YHQA 5OYQA 3SKGA 5APRE 1G2KA 3ZKSA 4YD5A 2P3DA 4FRKA 1HSGA 1RQ9A 4GJ6A 5P7XA 1XS7D 4K9HA 5P2BA 3GI0A 2RENA 3L5DA 3APPA 4HLAA 5DQCA 3MWSA 3HVGA 4M8XA 4RCFA 3QAAA 3CIDA 5T4SA 5OYYA 5IVSA 3Q4BA 5OZMA 4I11A 2B7ZA 1CPIA 3EKWA 5P19A 5OZDA 3GGUA 5P5ZA 2PYNA 3PCWA 3BRAA 3OTYA 5P1CA 4JOOA 1ZP8A 3VUCA 4Y4TA 1APUE 2CEJA 2H6TA 4EWOA 1HVRA 2Z4OA 4Y3YA 5OZOA 5P79A 5E5KA 2BB9A 1HVHA 3OXCA 4ACXA 3LITA 5OZYA 4OD9A 4ZSMA 2F3KA 2HPFA 1LYWA 3HBOA 5P0LA 5P4BA 3LZYA 1KZKA 2R8NA 4Y48A 4R5NA 1DPJA 2G1OA 5P35A 3PLDA 2VS2A 3MSJA 1HTGA 1CZIE 5P72A 2JJIA 1UPJA 5P3VA 5OYSA 4Y4XA 3TOFA 3OY4A 1B6PA 4J0PA 3GGXA 1ZJ7A 2IENA 1HIVA 5P38A 3EL1A 3BXSA 5P16A 4EYRA 4NJSA 2R3WA 1MIQA 4QJ7A 3IVIA 5P49A 3SLZA 1LYBB 3QROA 4DVFA 3PBZA 5OZJA 4RCDA 5P0DA 3ZLQA 3BUFA 3DK1A 4Y57A 1W6IA 5P81A 3IXJA 5P5JA 1FFIC 1A30A 3ZOVA 1B6LA 3HAWA 3INFA 3VFAA 4H1EA 2JYSA 3BC4A 4GMIA 3UDRA 2IS0A 3ECGA 5P3OA 5OZ4A 2AZ8A 3TOGA 3EL9A 4EJDA 3URIA 5P44A 3EXOA 2V12C 4Y5GA 5OZTA 1GNNA 4XX4A 3SM2A 5COPA 4HZTA 5HCTA 2V10C 2HM1A 5P1UA 4Q1NA 3PWMA 1T7JA 2XFJA 2HB2A 1JLDA 3PCZA 3S53A 3DCRA 4DH6A 5P22A 1HXWA 5KR2A 1SIPA 1QBUA 3ZPUA 4CPWA 3D3TA 5OZ3A 2P4JA 1EPME 4EP2A 1LEEA 2UY0A 4DPIA 1FQ6A 5P58A 5P1RA 1B6MA 5KQXA 1EBWA 2HS1A 5P6YA 2OHPA 3CIBA 2B42A 4Y9WA 4B72A 4Y3AA 5P6EA 5P0KA 4EJ8A 5P5HA 3RTHA 5KAOA 1IIQA 1B5FB 5P12A 5P69A 4OBKA 1J71A 2FIVA 2MIPA 2XFIA 2WEAA 5P4QA 2QMDA 5P3GA 1EBYA 5P40A 1MT7A 1MRXA 3F9QA 3TL9A 5P6GA 1NPAA 2Q63A 1A94A 4ZPGA 1PPKE 4Z22A 4ZSRA 5P5UA 5P0JA 5P7EA 2QZKA 4M8YA 1ME6A 4Q1WA 1FG6C 1HWRA 4GJ9A 4DJQA 5P4FA 4Y3JA 5P3ZA 5OYUA 1EPRE 1OHRA 2UXZA 3R2FA 2HB4A 1WBKA 5P6RA 5CONA 4Y58A 1ODXA 1ZAPA 2PYMA 2ZJHA 5HE4A 2G26A 3EL4A 3K1WA 5P4EA 1U8GA 2QD8A 3BUGA 4D85A 1LYBA 2Q11A 3EMYA 2WEDA 5P53A 3IAWA 4FGXA 1YX9A 5P25A 5P24A 5OZ2A 5OZNA 1CMSA 4DJPA 4D89A 2IEOA 3OUDA 1LYAB 1ZPAA 3A2OA 1BWAA 1E5OE 2AOJA 4I0GA 1PSOE 1HVLA 2B8VA 2OHRA 5P52A 3TOHA 4OBZB 2BPZA 2BKSA 4LAPA 1EPNE 5P28A 4WTUA 3OU4B 2QI7A 4L1AB 3GW5A 1HPVA 1HSHA 1Z8CA 3HW1A 4CKUA 5P1GA 4K4RA 1LF3A 2BBBA 4EPJA 4HVPA 3CMSA 4J0TA 3NYGA 3OU1B 5BRYA 5IVTA 2PK6A 1EBZA 3DCKA 4LXKA 1FQ4A 5DGUA 2I0AA 5P4MA 1PPME 2WF3A 4PZXA 3OOZA 1HIIA 3SA3A 1YM2A 2WF0A 4K4QA 3APRE 3OQAA 1MERA 4R8YA 4GJ8A 2QHCA 2QI1A 5P57A 5P10A 2G22A 2P3BB 5P56A 3ZKNA 5P8RA 1XE5A 2R5QA 5IE1A 1RV7A 1UH9A 3R1GB 5P6HA 5OZCA 3QI1A 4Y37A 2PK5A 5C9DA 3LPIA 3NXNA 4Y54A 5P7JA 1HIHA 1B5FA 4TVGA 3O99A 2ZHRA 5P3MA 3O9FA 3TPLA 4Z2ZA 5P3QA 1N49A 2G1YA 5DQ2A 5P5VA 5DPZA 4GZFA 3VCMA 3VV7A 3T3CA 1BV7A 4DFGA 5P8VA 5DR3A 2R38A 5P20A 2F3FA 1TQFA 2RKFA 3VYEA 3NDUA 1PROA 4J1EA 2R3TA 5P46A 3UF3A 3UDQA 5P2VA 5P8HA 5P6QA 1META 3N4LA 3CICA 5OZRA 3VF7A 3DV1A 3NLSA 2VA6A 2FMBA 1XN2A 4HE9A 4H3IA 4B70A 5J25A 2UPJA 4DUSA 1DP5A 1IDBA 5P7VA 3OUBA 1SGUA 5P1YA 3PMUA 2Q64A 1OEWA 5IVQA 5P06A 3VV6A 5P30A 5P70A 4APRE 2F8GA 4QJ8A 5P6NA 4Y3ZA 3I25A 4I1CA 1HVCA 1AZ5A 1EC3A 2IGXA 5OZFA 5HU0A 3ZPSA 1A9MA 4DJXA 3NDXA 1EC1A 5P2MA 1Z1RA 1LYAA 3HLOA 4Y5EA 2BPWA 4Y43A 1DIFA 2QD7A 2VJ9A 2IKOA 1LV1A 5P4IA 3FNSA 3PI0A 3T7XA 4LP9A 3OU4A 5P7YA 5P4RA 4COEA 1GVWA 5AHCA 2PH6A 3L3AA 5P6BA 1T7KA 5DR0A 5P1KA 2V00A 4F76A 3UQWA 3LIQA 1MEUA 3OU1A 4L7HA 5P2QA 2B60A 5P2WA 2FS4A 4FM7A 1PSNA 5HE5A 5P5AA 4I0DA 2NR6A 2QNQA 1AAQA 5OZLA 4K4PA 5I3XA 5P0PA 5P1TA 1SMRA 5P63A 5P3SA 3QS1A 5P2RA 2ZHUA 4TVHA 5P2LA 1FQXA 5P1NA 4L7JA 2RMPA 3IA9A 4FAEA 2P3BA 3LIZA 1EPQE 3PLLA 1D4YA 3RTMA 2OHKA 5OZ0A 1EPOE 4ZSPA 3BGCA 1FLHA 5BS4A 2NXLA 3LPKA 4RVJA 2CEMA 3S54A 3SA6A 5P8TA 5DR8A 1SIVA 3OADB 3NDWA 4YDFA 5P48A 3PEPA 5P3YA 5ER1E 1YTIA 3H0BA 3SKFA 2AOGA 2F80A 2VIZA 5P7IA 1UH7A 4Y3TA 5P2OA 5SY3A 4JPEA 3KFSA 1MT8A 4NPTA 4FRSA 5ER2E 4KE1A 4NJVA 4HDPA 3NU4A 4YE3A 5P2FA 4I0FA 4FSEA 3FV3A 4EQJA 5P43A 5P5PA 1K2CA 4Y56A 3FSMA 3HVPA 5I3YA 5E5JA 1D4LA 2EWYA 3FX5A 2FDPA 1G0VA 5DGWA 3UDNA 4B05A 5P15A 1PPLE 5AHBA 3H5BA 5P0HA 2OHUA 4DV9A 1NPWA 5P0UA 5P71A 3L5CA 3O9GA 1BV9A 2NNPA 3S45A 5P2GA 1K1UA 3OTSA 2FDEA 1D4JA 3OXXA 5P7FA 5P31A 4FM8A 1FQ8A 4Y41A 1HTFA 3RVIA 6FIVA 2O4PA 4HDBA 1XE6A 2G1NA 4FRJA 4Y4DA 5P88A 4EJKA 3EKQA 4J5JA 1C6YA 5P4ZA 5P6IA 1TZSA 3KFNA 3INEA 1TCXA 3OQDA 4AA9A 4BFDA 2PSVA 3MSKA 5OZVA 7UPJA 4DJOA 2VIEA 4L6BA 3CYXA 4J1HA 2OHQA 2I4DA 5P8AA 3VG1A 1HOSA 5JG1A 3SAAA 5DR4A 4FS4A 5P4GA 5P65A 3L5EA 1ZTZA 3K5DA 4B1DA 4I0EA 4Y4AA 2ZJKA 1HTEA 4ZEAA 5P1WA 3NUJA 3KFRA 1MTBA 3K5CA 1K6VA 2HS2A 1YM4A 2V11C 5JFUA 5DQ4A 5P14A 3BHEA 4OBHA 5P5DA 3OAGB 4GJAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WJO A;  3I8W A;  1BIL A;  5P37 A;  4EP3 A;  2FDD A;  5P1H A;  2HIZ A;  4RRN A;  5COO A;  3OHF A;  4XX3 A;  1DW6 C;  3WZ8 A;  5P5O A;  4OBG A;  5P09 A;  5I3V A;  4YCT A;  1Z1H A;  3LIN A;  3T11 A;  4F75 A;  2WF4 A;  5FIV A;  1ZPK A;  4ZPF A;  3L5F A;  1GNO A;  5OYV A;  1BVG A;  1TCW A;  5P0X A;  3O9H A;  4YCY A;  2OHN A;  5P54 A;  5P4P A;  4YD3 A;  5P6O A;  1BDQ A;  4Y5B A;  3O9C A;  5P5B A;  3HAU A;  2QAK A;  5OYZ A;  4AMT A;  4NJT A;  3KA2 A;  5P0F A;  5OZQ A;  5P47 A;  2XYF A;  4WY6 A;  2ZJL A;  3KM4 A;  5P7U A;  1MUI A;  4ZSQ A;  5P1J A;  3S85 A;  1D4H A;  4DJV A;  4Y3G A;  4EXH A;  4A4Q A;  5P07 A;  2HAH A;  1EC0 A;  5OZH A;  1FQ5 A;  3DUY A;  4PPH A;  1M0B A;  1BWB A;  3K4V C;  3PWW A;  4KE0 A;  5OZ7 A;  2NXM A;  5P8P A;  1BDR A;  1FQ7 A;  1KJ4 A;  3FNU A;  4YOB A;  3QBF A;  5AGZ A;  2QK5 A;  4J0Z A;  5OZB A;  1YTG A;  3G72 A;  5OZX A;  1ZBG A;  5P3W A;  4S1G A;  1WBM A;  3D1X A;  5P73 A;  2O40 A;  1GVT A;  2P83 A;  5P84 A;  5P6F A;  2WEC A;  1ODY A;  1A8K A;  2I4V A;  5P66 A;  5IVR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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