4DJWA

Structure of bace bound to 2-imino-3-methyl-5-phenyl-5-(3-(pyridin-3-yl)phenyl)imidazolidin-4-one
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djwA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djwA02
2B8LA 1QBUA 2AOHA 5OZYA 4EXHA 3GI4A 5OZSA 2ZHRA 5P81A 5OZ7A 4DJVA 4YCYA 4AUCA 5P7DA 4CP7A 3BRAA 4YD5A 1MESA 5P3AA 5P8QA 5OYQA 3R1GB 5P5LA 1M43A 3INHA 5OZZA 2PC0A 3HD8A 4HA5A 5P6VA 5P77A 3IAWA 1KJFA 4Y6MA 3NDTA 4Y39A 3ER5E 1TZSA 1KJ4A 5P1LA 2I4WA 2BPYA 5AH8A 2FLEA 1FQ5A 1AAQA 2FGUA 5J25A 1T7JA 3CKTA 2JXRA 5DGWA 5P3TA 5OZ6A 7UPJA 4EHCA 2B7ZA 3DCKA 4ZSMA 1FMUA 4OD9A 5P79A 1BDRA 4RYGA 5E5KA 4GMIA 4DJWA 5P3UA 2OHRA 1PPKE 4Q1YA 2BPZA 3S7LA 3EKYA 5P7BA 3IVIA 1HVCA 4DQEA 4LAPA 3VFBA 1YG9A 2QI6A 2HC0A 3SKGA 1EC0A 5P7JA 1FEJC 4DQGA 5P64A 4YD6A 3H0BA 1W5XA 3UDMA 1FQ4A 2Q5KA 3QRVA 1EPNE 1IBQA 4RVJA 3LIQA 5ENMA 5P4LA 1XN2A 1TSQA 2IL2A 4MC9A 4Y4JA 4Y5KA 4OBJA 4J0VA 2B42A 5OYWA 2P3AA 2ZGAA 4L7HA 3LZUA 3ZKXA 3UQRA 2I4UA 3OUCA 1HSHA 5OZBA 5P8IA 5P88A 4Y45A 2IDWA 3O9HA 4CPXA 5P4JA 4Q1XA 3HVPA 5P60A 2G21A 5P72A 2VIZA 5KQZA 4LXAA 4HDPA 4H3JA 5KQYA 2AOFA 2XFIA 3FNSA 4DJXA 4GJAA 1YTJA 5P57A 5P0RA 3UF3A 3INEA 5DQ5A 5OYYA 1LYBA 3LNKA 4I0IA 4EQJA 5P6DA 5P2CA 2XFKA 1SDUA 5P0PA 1MUIA 2ZJNA 4QLHA 4ZPFA 5P6NA 1FIVA 5AHBA 5P8MA 1MT8A 1HVJA 3UHLA 4HE9A 5P3PA 4GJCA 3VYFA 4FS4A 5P18A 3I8WA 4APRE 1HTFA 1HSIA 1XE5A 3UDPA 4I0GA 4CPWA 2Q3KA 1LYWA 1KJ7A 4ZSPA 3BGBA 1T3RA 1AVFA 1DMPA 5P4NA 1IZIA 5OZNA 5P44A 3QVCA 3WZ6A 2AZ9A 3UPJA 5P0BA 2IENA 3TKWA 2VKMA 2AVSA 5P3ZA 1FG8C 4Y51A 1K6VA 3OUDB 2PK6A 3SA8A 5P2LA 2WF1A 3DUYA 5P59A 5P7XA 2JE4A 1RV7A 1HEGE 1W6IA 3HZCA 4AMTA 4DJQA 3O99A 4Y4AA 2FIVA 5P2UA 5OZPA 2OHLA 5P3DA 3SO9A 1MTRA 5F00A 3SLZA 5P7HA 4A6CA 1RL8A 5P5KA 4XXSA 3IXKA 3OU1A 1GNOA 5P7SA 3SKFA 3VV7A 2G1OA 1KJHA 1HVKA 5P76A 3NUOA 2R5PA 5P8TA 1PSAA 5P5XA 2IRZA 1K2CA 1EPOE 5P23A 2AVOA 5P5CA 3O9GA 2BKTA 1FQ7A 1HPSA 1B6KA 3PSUA 1C6ZA 4FL8A 3PMYA 2NNKA 4Y44A 5P7NA 1QBSA 4RCFA 5P25A 4J1CA 1NH0A 4J54A 4DQBA 2BQVA 5P56A 5OYVA 2WF0A 3D91A 4AA9A 5P7VA 3BXSA 3WZ7A 2QHCA 4JP9A 1NPWA 4OBZA 5P2SA 5P2GA 2R38A 4OBKA 4EP2A 5P8FA 1ZLFA 1WKRA 3KMYA 1E80E 4FM6A 4A4QA 1E81E 1Z1RA 2AZ8A 5P3HA 4PYVA 4DPFA 5P3KA 4D85A 4Y57A 4ZIPA 1XL5A 5P35A 5P0LA 4HZTA 3UFNA 3PLDA 3QI1A 2HPEA 4L7GA 1D4HA 5P02A 4IVSA 3IXJA 5P0NA 5P6MA 3OWNA 4B1CA 1HVHA 3PSGA 1W5VA 5P8JA 1ZSFA 2F3EA 2FXDA 3BUGA 5P6CA 4MC2A 5OZ3A 2FXEA 4Y5MA 4LC7A 2QI7A 3PM4A 4FAFA 1HVIA 2Q54A 1SGUA 1MRWA 2OAHA 1C6YA 4S1GA 3QBFA 2IS0A 3OXVA 4CPRA 3KA2A 5P7MA 4BEKA 5DQ2A 1YM4A 3LZVA 5P78A 5OZVA 4R5NA 5P6EA 3T3CA 4X7IA 3PBZA 3BVBA 5P6YA 3AUPA 3N3IA 2BB9A 4I12A 5P3JA 5P2NA 5HU0A 2AIDA 2HS2A 5P17A 4F74A 1XDHA 5P6BA 8HVPA 1PROA 1IZDA 2BPWA 3EKVA 1G2KA 5P1QA 4F76A 2NXDA 3LIXA 5P11A 5HDXA 1BWBA 4GYEA 4ER4E 2VNMA 4PPHA 5P1KA 5P70A 2G26A 1IZHA 4EWOA 4DJPA 1FGCC 5P7TA 1SDTA 3GGXA 4BFBA 5I3YA 2IGXA 5P3QA 3LZSA 2J9JB 4YCKA 3FNTA 1EC3A 3TPLA 5P0EA 5C9BA 5P5DA 1G35A 3LINA 5P1JA 1T7IA 1MSNA 4B1DA 2SAMA 4MC1A 3ZL7A 2ZJIA 4J1HA 2QD7A 5P8RA 4KB9A 5P1TA 3FKTA 3GI6A 4FRIA 3S54A 3QBHA 5F01A 3QAAA 5P4YA 4DFGA 5HDUA 1B6MA 3TPRA 3OHFA 3K5DA 5BRYA 2NMZA 4FM8A 5OZJA 3B80A 4JOOA 5ISKA 3ZMGA 3OUAA 3S56A 3MXEA 3PI0A 5P6TA 1ZSRA 5P6AA 3TPJA 4I8ZA 1D4JA 5P4MA 3OADA 1GKTA 5P09A 1AIDA 3GGVA 4RLDA 4GB2A 3NWQA 2QMFA 1FB7A 5P6KA 1G0VA 3EKXA 5P06A 5AH9A 5P2FA 5OZMA 2I4DA 2QP8A 1BAIA 4GJ5A 3PSYA 4DQHA 3O9BA 3TOGA 5OZHA 5P2JA 2O40A 4Y4TA 5SY3A 3OQFA 3PWWA 4Y3JA 5PEPA 4NJTA 4Y47A 5OZOA 4I8WA 1HHPA 3RTNA 1LYAB 1OHRA 3ZKIA 1ODYA 5DQ4A 5DR4A 3IVHA 2PSVA 5P6IA 1RPIA 2V11C 4Y3LA 4R91A 2I0AA 5HD0A 1META 4NKKA 5P8CA 2JJJA 2CENA 2VIJA 3KDBA 4LXKA 4GJ8A 1MT9A 4Y3MA 2QI1A 3OXWA 1IIQA 3PMUA 5P5HA 5COKA 4Y43A 5P51A 4R95A 3T7QA 5P5IA 4U8WA 5P5AA 5P00A 4WY1A 1TCXA 5OZWA 3OHHA 1HPOA 3QRMA 3TH9A 4BELA 5JG1A 4ZEAA 2RKGA 3PEPA 2NR6A 2P83A 1EPPE 3HVGA 3O9AA 5P7QA 2G1SA 5P71A 4Y5PA 5P2KA 5P3MA 3M9FA 2R5QA 3L5CA 2HB2A 5P6OA 5P7GA 5C9DA 3SPKA 1HTGA 4YOBA 2QZLA 3FX5A 5P49A 3OQDA 2QI4A 5BWYA 5DGUA 5P4GA 2CEJA 5P3BA 4J1KA 3QN8A 5EZXA 1HVLA 4FSLA 4K4QA 4COEA 4Y5LA 3L3AA 3GGAA 5P2BA 5P8LA 3WSJA 4Y3GA 3G6ZA 1B6PA 5P68A 5P4HA 4Y4DA 5P85A 3UDYA 2PK5A 4Y3AA 3QRSA 1GNNA 2WJOA 5OZQA 4PZWA 5P89A 2IQGA 1HIIA 3NDXA 1NPAA 4GZFA 4FM7A 5OZ9A 4I0DA 5P28A 5P2VA 4YD3A 2RMPA 3EM3A 3NXNA 5P0UA 3G72A 4Y38A 1Z1HA 5P48A 3NLSA 5P5RA 5P0ZA 1QS8A 5OZFA 2P3CA 3URLA 2I4XA 5P3GA 1D4LA 5SXNA 5DR1A 2XFJA 3O9IA 5P5TA 2B60A 5P8GA 3OU4B 5P50A 4TRZA 3UQPA 5P46A 1GVVA 5P75A 3UQUA 4ZPGA 4QJ6A 5SY2A 1HXWA 3GGUA 1T7KA 3BC4A 4YBIA 2WEAA 3UQWA 1SGZA 1EEDP 1W5WA 2F81A 4IVTA 3WZ8A 1HTEA 5APRE 4LHHA 3VSXA 3R0WA 5P8HA 5P8EA 4Y3YA 3VF3A 3KT5A 5P1SA 3S43B 4J1IA 4ZPEA 3OQAA 5P6SA 3VLAA 5P5BA 1T6GA 1AJVA 4TRYA 4J0TA 4I0JA 3Q5HA 4ACUA 1SP5A 3ZKSA 3O9LB 5P3NA 4YBFA 5P0SA 2P3BA 3URIA 1YTGA 5OZAA 2ZHTA 5P8VA 1E5OE 1F7AA 4LXMA 4Y5GA 4Y3ZA 2UY0A 4Y4GA 3VF7A 4Y5NA 2ZHSA 1PSNA 2G27A 1MERA 1K2BA 1TSUA 3EC0A 3S2OA 3VYEA 3T11A 4TRWA 5P69A 3T6IA 5OYRA 2J9JA 1ZPKA 5OZTA 5P24A 3TNEA 3TOFA 4J55A 3ZKMA 1KJGA 5P3OA 2OHMA 2R9BA 5P4QA 3DM6A 5P1VA 5OYZA 5P0QA 1EPLE 2QK5A 2PH6A 5P1WA 4YDGA 4E43A 3EKQA 5P20A 5P4PA 5AH7A 2R43A 3OAGA 2F3KA 3JVYA 4H3GA 2BJUA 2QU3A 1Q9PA 2P4JA 4F75A 5P0HA 4Y58A 3SM1A 1PFZA 3WB5A 3KFSA 5P6LA 3PRSA 2FDDA 2AVMA 1G6LA 3VSWA 3BGCA 1VIJA 5P0KA 1GVXA 3RSVA 5P8OA 1HEFE 5P4WA 2Q64A 1N49A 4RGHA 5P1BA 2OHQA 1RNEA 5COPA 2WF3A 2I4QA 1MSMA 1SIPA 4ACXA 1YX9A 2AZBA 2FGVA 3KMXA 3B7VA 3UDRA 1FLHA 5P84A 2VA6A 5P7KA 3L59A 3DCRA 3BUFA 1ENTE 4I0HA 5HDZA 2VJ6A 2PQZA 5P14A 4Y3TA 5I3XA 5P5SA 4Y3SA 4PHVA 3EXOA 4Y4EA 5P27A 4J5JA 2UPJA 3NYGA 5P2QA 4WTUA 2I1AA 3OQ7A 4MC6A 5COOA 4L1AA 5P5JA 3URJA 1JLDA 3VYDA 2HAHA 1B5FA 3INDA 4RZ1A 1AZ5A 5P1OA 5BS4A 4RRSA 1LV1A 1ODWA 4FGXA 2G94A 1PSOE 5P16A 2QNQA 2PWRA 1GNMA 2P8HA 3EM4A 1EBYA 3SACA 3UDQA 2WEBA 1K6PA 2ZHUA 3CIBA 4D89A 1A8GA 4Y4UA 3CKRA 6FIVA 2R8NA 3NUJA 2WF2A 3OXCA 5P86A 5HCOA 2CEMA 2QCIA 4M8XA 1VIKA 3L5DA 3QP0A 5P1ZA 5P1HA 5KR0A 5P2RA 5EZZA 1D4KA 1FMXA 1LZQA 1A30A 5P61A 1ZBGA 3KFNA 4I10A 1ZJ7A 2AQUA 1EBKC 5AGZA 3D1YA 4UPJA 3MSKA 1M0BA 5P6ZA 1PPME 3TTPA 1BXOA 2ZE1A 1ZP8A 5P3EA 3BUHA 3INFA 4TVHA 4Y4WA 5JODA 5KR8A 4FRSA 4M8YA 3KN0A 1AXAA 5OZEA 2VIEA 3SA4A 3QPJA 4QJ2A 4DV9A 5P30A 5P4KA 3MXDA 5P3XA 3ZKGA 1UH8A 2V0ZC 4CPTA 5P0WA 1GVTA 3NSHA 1A8KA 1C70A 4FCOA 5P0AA 1YT9A 2FDPA 4U7QA 5P52A 5P5EA 1AJXA 4R93A 3OK9A 4FRJA 5P6PA 1NSOA 3T7XA 2Z54A 5P4EA 5P4CA 2F3FA 2AOCA 4ER2E 2OF0A 3D3TA 4Y41A 3EBZA 4PZXA 4OD9B 4NPUA 5P7YA 5P6HA 4OBHA 2V13A 4CPQA 5OYUA 3UDNA 3HLOA 5P2TA 5P8SA 1MPPA 3VG1A 5P82A 5P55A 5IVQA 1CZIE 2WEDA 2O4SA 3SM2A 4F73A 2QI0A 4Q1WA 3OOTA 2XYEA 5P45A 2IKUA 1OD1A 2B8VA 1DPJA 3RTMA 2ANLA 1EAGA 4YDFA 5P5VA 4OBDA 2ER9E 5KR2A 3O9LA 3U71A 4J0ZA 3I25A 3S45A 4FIVA 1BVGA 2QHZA 1C6XA 5P12A 5P7CA 5P4VA 3DV5A 3OTYA 1W5YA 5P2YA 4Y35A 9HVPA 1K6TA 1FQXA 4B78A 5P32A 5CLMA 3DK1A 3I2LA 4ZSQA 4EJKA 5HTZA 3KT2A 1EC1A 5T4SA 5P5MA 5DR0A 5OZ2A 5P36A 5P04A 5P4OA 1QDMA 4J0PA 1MIQA 3OGPA 5OZUA 2VJ7A 5P2ZA 5KR1A 4Y4XA 1TCWA 2AOGA 3SA3A 4CKUA 2O4PA 2FNTA 5P13A 3TKGA 1B6JA 1LYBB 5P2XA 4B05A 5OZCA 4X2LA 4J1EA 1LEEA 1FKNA 1A94A 4YD4A 2QNPA 2I4VA 4I0ZA 2VS2A 2FNSA 1TQFA 1EBWA 3SAAA 5HU1A 4D88A 2BBBA 5P4UA 5P1EA 3L5FA 4PEPA 4B0QA 1K1UA 1XE6A 3Q4BA 5P1IA 4LP9A 4Y5AA 4DJRA 4I11A 4JPEA 5P8KA 1HPVA 5P7PA 3UDKA 4H1EA 5P6GA 3OY4A 3RTHA 1KZKA 3O9EA 4DUSA 1LYWB 3GI0A 4YHQA 1APVE 2EWYA 3L58A 4QJ9A 4LL3A 5P62A 1DAZC 5P63A 2HIZA 3FV3A 2WF4A 1J71A 5OZ5A 2JYSA 2PYNA 4FRKA 3SQFA 3ZKNA 3K5CA 4HDFA 5OZXA 1GVWA 4GJDA 5P2DA 3R4BA 4CPSA 5HE5A 3SFCA 2FDEA 2ZJKA 3EL4A 3RU1A 3OUDA 3FNUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B8L A;  1QBU A;  2AOH A;  5OZY A;  4EXH A;  3GI4 A;  5OZS A;  2ZHR A;  5P81 A;  5OZ7 A;  4DJV A;  4YCY A;  4AUC A;  5P7D A;  4CP7 A;  3BRA A;  4YD5 A;  1MES A;  5P3A A;  5P8Q A;  5OYQ A;  3R1G B;  5P5L A;  1M43 A;  3INH A;  5OZZ A;  2PC0 A;  3HD8 A;  4HA5 A;  5P6V A;  5P77 A;  3IAW A;  1KJF A;  4Y6M A;  3NDT A;  4Y39 A;  3ER5 E;  1TZS A;  1KJ4 A;  5P1L A;  2I4W A;  2BPY A;  5AH8 A;  2FLE A;  1FQ5 A;  1AAQ A;  2FGU A;  5J25 A;  1T7J A;  3CKT A;  2JXR A;  5DGW A;  5P3T A;  5OZ6 A;  7UPJ A;  4EHC A;  2B7Z A;  3DCK A;  4ZSM A;  1FMU A;  4OD9 A;  5P79 A;  1BDR A;  4RYG A;  5E5K A;  4GMI A;  4DJW A;  5P3U A;  2OHR A;  1PPK E;  4Q1Y A;  2BPZ A;  3S7L A;  3EKY A;  5P7B A;  3IVI A;  1HVC A;  4DQE A;  4LAP A;  3VFB A;  1YG9 A;  2QI6 A;  2HC0 A;  3SKG A;  1EC0 A;  5P7J A;  1FEJ C;  4DQG A;  5P64 A;  4YD6 A;  3H0B A;  1W5X A;  3UDM A;  1FQ4 A;  2Q5K A;  3QRV A;  1EPN E;  1IBQ A;  4RVJ A;  3LIQ A;  5ENM A;  5P4L A;  1XN2 A;  1TSQ A;  2IL2 A;  4MC9 A;  4Y4J A;  4Y5K A;  4OBJ A;  4J0V A;  2B42 A;  5OYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NPV A;  4Y3R A;  5P5O A;  2PYM A;  2WKZ A;  3OGQ A;  7HVP A;  5OYS A;  4DQC A;  1W50 A;  4OBF A;  4Y50 A;  2REN A;  1HRN A;  2FS4 A;  2ZJJ A;  2ZJL A;  3CYW A;  2Q55 A;  2IGY A;  1ODX A;  3ZKQ A;  1HPX A;  5P53 A;  2O4N A;  4K4P A;  2QAK A;  3OXX A;  3OU4 A;  5DPZ A;  1IZE A;  5P15 A;  3ZPU A;  1B6L A;  5HVP A;  2O4L A;  4DH6 A;  5P5Y A;  2HPF A;  5OZK A;  2Z4O A;  1IVP A;  4HVP A;  3L5E A;  3CIC A;  2VA5 A;  4Y56 A;  3S43 A;  4Y3D A;  5P66 A;  3RSX A;  3LIV A;  3ECG A;  5P05 A;  5OYT A;  1FQ6 A;  2P3B B;  2A1E A;  3DOX A;  4Y3Q A;  4AZY A;  2MIP A;  2NXL A;  3DJK A;  1LF3 A;  3PHV A;  5P5G A;  5P7U A;  5P47 A;  2I0D A;  5E5J A;  1BV9 A;  1D4Y A;  5P0F A;  3ER3 E;  3CID A;  4Y53 A;  3MWS A;  2ER0 E;  2QHY A;  1D4S A;  5P6R A;  5P4Z A;  3EL9 A;  4J0Y A;  2JJI A;  3ST5 A;  4RCE A;  3LIY A;  5OZL A;  3KM4 A;  5P0T A;  4GID A;  5AH6 A;  4EJL A;  1BDQ A;  4DVF A;  4L7J A;  5P3I A;  3VUC A;  2V16 C;  3U6A A;  3DV1 A;  5P19 A;  5P33 A;  1MTB A;  1IDB A;  1YTI A;  4RRN A;  2AOD A;  4FLG A;  4JEC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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