4DPFA

Bace-1 in complex with a hea-macrocyclic type inhibitor
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
387
structure length
375
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Highly potent macrocyclic BACE-1 inhibitors incorporating a hydroxyethylamine core: design, synthesis and X-ray crystal structures of enzyme inhibitor complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 375
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpfA02
1Q9PA 1A8KA 3MXEA 5P3DA 3Q6YA 3PCWA 5P4VA 2H6SA 4S1GA 2I0DA 2WKZA 2F81A 3GI6A 4DQHA 1B6KA 3OU1B 5P5FA 4HVPA 4Y3PA 5P11A 5P34A 3DUYA 5CLMA 3DV1A 1DIFA 2PWCA 5P1HA 3NDUA 5P7WA 3PI5A 4Y3AA 4ZIPA 3INFA 1ZSRA 3BGBA 3O9GA 1HVCA 2OF0A 2WF2A 5P40A 4XKXA 2QMPA 3KYRA 1OEWA 4DJVA 3KDCA 1LYWA 4NJVA 3QIHA 4F73A 1APUE 5P7MA 2NXLA 4RYGA 5AHAA 1JLDA 5P57A 4B00A 3HLOA 5P1UA 3KFPA 4J1HA 1BIMA 3UPJA 1HIHA 2G1NA 2QD6A 5P6OA 2ZJHA 4GJ9A 4GJ8A 5P2TA 1B6MA 2P3BA 1TSUA 4HA5A 2IGYA 4EWOA 1LYWB 5OZIA 5P6KA 2A1EA 1ZBGA 1BDLA 4R92A 5P03A 3VF7A 3KM4A 4I8WA 1SDVA 5P23A 4ER1E 3OOZA 5P85A 5HDZA 1B11A 3D3TA 4FM8A 2MIPA 4RVIA 5AH8A 2Q11A 5P6PA 4OBFA 4J0TA 3UDYA 1ME6A 3EL4A 5HVPA 3L5CA 4MC2A 5DR7A 5P3TA 3UDMA 3UDPA 3JW2A 3OQDA 5P8NA 5P7AA 3CIBA 2HS1A 4OD9A 4Y3LA 3NYGA 4Y38A 3K5FA 4ZSMA 5P1CA 3LPIA 9HVPA 5P31A 4B1EA 2ZHSA 3H5BA 4DV9A 3SA9A 5P4LA 3DV5A 4Q1XA 3SA6A 4L7JA 5P3NA 3N4LA 2O4SA 5OZ6A 5HE5A 5SY3A 5P7KA 3OQ7A 4TVHA 1ODYA 2I4VA 1M0BA 4J0ZA 4J1KA 1EBKC 2I0AA 5KQFA 1ODXA 3CKPA 2Q5KA 3Q4BA 2G1SA 2WECA 1J71A 4YD7A 1W6IA 4KB9A 3R0WA 5I70A 2OHSA 3Q70A 4KUPA 2ZJNA 1HVLA 1APWE 3CYXA 3OTYA 3UQUA 5OZYA 3VV7A 2VIYA 5OYUA 3PEPA 5TOLA 5P4YA 4PYVA 2FNTA 4GZFA 4RRSA 5P2NA 3OGPA 5P8UA 1HIVA 5J25A 1ZLFA 3QN8A 5PEPA 3PWRA 5P6IA 1RQ9A 1UH8A 4ZPGA 4ZSQA 3SLZA 2ZGAA 5P1WA 5P5VA 1WBMA 5P20A 4EQJA 4NPTA 1XL2A 1ZPAA 2AOEA 1EPOE 5P77A 5P36A 4EXHA 1EBYA 1YX9A 2O4PA 2QI3A 3OADB 1EPQE 1EPNE 2WF0A 1A94A 4TRWA 5P7TA 3EM4A 5P6EA 3OQKA 1MVPA 2QNPA 5P2HA 1EPPE 5E5KA 4R8YA 4CPXA 1QDMA 3R1GB 1SMEA 4Q1YA 4I10A 3NU6A 4HEGA 4Y3EA 3SM1A 3A2OA 4BFBA 3WB4A 3SA7A 5P53A 4ZE6A 4Y48A 5KAOA 1BVGA 3HD8A 4YCKA 5KQZA 1T3RA 5P4NA 4EJKA 1QS8A 4Y58A 4YDFA 4Y5PA 4L6BA 4H3JA 5P6DA 4FIVA 5P3YA 3TKWA 5OZJA 4YD4A 1FQ4A 2RKFA 5COKA 1SH9A 4OBGA 3NU3A 5P48A 3VFBA 4FRKA 3IVHA 1GNNA 1NSOA 5P4CA 4Z2ZA 5KR1A 1W6HA 3LIZA 1K6TA 1FB7A 3PCZA 4WTUA 5OZDA 3PVKA 5DQ2A 4CPSA 3PWMA 1LYAA 4K8SA 5P2BA 5P13A 3L5BA 4D88A 3L5DA 1LYBB 2PYMA 5APRE 2NR6A 1M43A 5P7VA 3PMYA 5P1AA 1G35A 2FNSA 2R3TA 3MXDA 2P3CA 3QP0A 2I4WA 3NDTA 5P0ZA 4CKUA 5AH9A 4LAPA 1AZ5A 4Y4UA 4YD6A 3URIA 1BV9A 5P0UA 2PWRA 3UQWA 4DJOA 1LYAB 4I8ZA 5P25A 5KQXA 1GVXA 5EZZA 3QVCA 5C9BA 4QJ7A 3QVIA 3K4VC 2HM1A 5P4QA 3VYEA 2VS2A 2FS4A 5OYQA 4Q1WA 2VJ6A 5P2DA 3NSHA 5P56A 3UQRA 3I8WA 5P0AA 4B72A 4DJWA 3I25A 5P4WA 1MESA 4DVFA 1QBRA 2AOFA 1EPME 5OZGA 4Y39A 1GKTA 3Q3TA 5P1JA 5P0RA 4YD5A 5P6SA 5P6WA 3EMYA 4HZTA 4Y5CA 3FX5A 2FXEA 1IDAA 4R91A 5P43A 2G69A 3GI5A 5P49A 1SGZA 3OY4A 3VV8A 4AZYA 3VF5A 1MERA 5OZWA 5P37A 1RL8A 4KE0A 3BVBA 3NR6A 1RNEA 4Q1NA 2AODA 2R3WA 2P4JA 5P5SA 2I4QA 4Y54A 4FSLA 5P32A 5P4ZA 4I0GA 1IVQA 4FRSA 4YOAA 4PHVA 5P7BA 5P07A 3NDXA 5P3UA 3NU5A 4GJCA 3BRAA 2QZKA 3VLBA 2BPZA 1E80E 5EZXA 3PSGA 1HPXA 4LXAA 2HPEA 5E5JA 5P41A 5HU1A 3PBDA 2VNMA 5P5PA 4I0JA 3T11A 1FGCC 5P3VA 4UPJA 4FAFA 5OZHA 1DAZC 1D4KA 2OHTA 5P68A 5OYWA 5P8VA 2IKUA 4OBKA 1K2CA 4Y4DA 4B05A 3GI0A 5SZ9A 1EAGA 3QPJA 5P8RA 1NPVA 4Z4XA 5P1GA 3DOXA 4OC6B 1XN3A 1F34A 4AA9A 4J5JA 5P0XA 1FFFC 4B78A 5P3GA 3OWNA 2HS2A 1HEGE 1VIJA 5KR2A 5OZNA 5P4JA 2QAKA 1EPRE 3PMUA 1N49A 1F7AA 1PSAA 3GI4A 3TOFA 2QZLA 4DJXA 4DPFA 4Y4WA 2PC0A 1ZP8A 3OQAA 4OBDA 1W5WA 4DQCA 1ER8E 5OZKA 5P4SA 5P2ZA 2PSUA 5P3LA 2BKTA 3S54A 5BWYA 2OAHA 5SXNA 4FM7A 4Y3NA 1NPAA 1LF2A 4HLAA 1HTGA 4QJ2A 3VYFA 4A6BA 2O4NA 4TRYA 2BPWA 3NXEA 3D1XA 5P59A 5P3EA 4Z50A 5P28A 5P46A 2CEJA 2ER9E 5ENMA 5P0IA 3RSXA 1D4IA 2NXDA 4ZSPA 2SAMA 4JECA 5P71A 1KJ7A 4MC1A 3SKGA 2WF3A 5OZUA 3SO9A 4B1DA 4I12A 1G0VA 2AVOA 1KJGA 3FSMA 5P1VA 4NJSA 3INEA 5AHBA 4H3IA 5P1ZA 5P76A 1QBTA 2B7ZA 5OZFA 1HPSA 5HE7A 3EKWA 5F00A 3SA5A 2BPYA 3VEUA 4I0EA 3HZCA 3OXXA 4FRJA 1MPPA 4GB2A 3FIVA 4AUCA 5P7CA 1AJXA 4PZWA 1HHPA 3PM4A 5OYSA 2Q54A 5IVSA 2HC0A 2AVMA 1BVEA 1C6XA 3K5DA 5P26A 2WHHA 2I4DA 1C6YA 5P4IA 4Y4BA 3BUFA 5I3YA 3LZUA 3D1ZA 5P7YA 4K4QA 5JG1A 5P00A 4Y53A 1UH9A 4L7HA 1T7JA 4I0HA 4MC6A 5P7HA 4Y36A 4CPUA 2QI1A 2VIJA 3NUOA 4GYEA 3ST5A 1HIIA 1EC0A 1IVPA 2ER7E 3KT2A 5F01A 1HVRA 4Y4GA 4IVSA 5HU0A 2WEAA 3IVIA 4TVGA 5P17A 4IVTA 2PK5A 4JPCA 4J1CA 4Y47A 4AA8A 5P2XA 3TNEA 3SKFA 3QRMA 5P0YA 4EJLA 5DR4A 5P7JA 3EKXA 3TPPA 5ISJA 1LS5A 2V0ZC 3KMXA 4Z22A 4GJDA 4D89A 3LIQA 3SPKA 2IENA 1APVE 3VF3A 4Y4ZA 5OZQA 5P5BA 3ZKMA 2O4LA 1B6PA 2ZJJA 4LP9A 2ZJMA 5P39A 1HRNA 5HDVA 1EC3A 2IL2A 5I3VA 5JODA 3IGBA 5ISKA 3G6ZA 5C9DA 5ER2E 5BRYA 2ER0E 3OHHA 1MRXA 1FG6C 3VV6A 5P4MA 1KJFA 1YG9A 5P30A 4J1FA 3SACA 3ZPTA 4ZPEA 5AGZA 1HVHA 5OYZA 2R43A 1K1TA 4DJPA 4I11A 4Y3YA 3ZL7A 4RRNA 2PSVA 1BWBA 3R4BA 4APRE 2G27A 5BS4A 2J9KA 5HCTA 5P0HA 5P6MA 1BWAA 1CZIE 4COEA 5OZ2A 4Y3ZA 5P1FA 4HDPA 3KA2A 5I3WA 3PI0A 1QBSA 5P8HA 5P6FA 5P51A 4B1CA 1ZAPA 1M4HA 2P3BB 3ZKIA 2AZ9A 5P1DA 2ZJKA 5OZ5A 5P8CA 3KFNA 5P3MA 4GJBA 5OZXA 4QLHA 3UFLA 4Y37A 3JVYA 3GGXA 3PB5A 5P4XA 3UQPA 5P0SA 5P4HA 3LIXA 3QRVA 3S7MA 1FQ5A 2ASIA 5P61A 1MTBA 4Y56A 3TOHA 1DMPA 5OYTA 5P5OA 1XE5A 4J0PA 3LHGA 2WEZA 3GGAA 2B42A 4OD9B 4ZEAA 5P09A 1G6LA 4Y5NA 2AOJA 3O9LA 3EKQA 1RV7A 1EPLE 4EPJA 2G1RA 1DP5A 2B8LA 3QAAA 4BFDA 3U71A 4N00A 4LBTA 5P5RA 1EC1A 2AQUA 2XFJA 3CMSA 5P2CA 4A4QA 5P74A 5OZCA 3CKRA 3LINA 3BC4A 2V00A 3K5GA 4FSEA 1PFZA 4K4RA 1D4SA 1CMSA 3CIDA 5P0LA 3EKVA 2HIZA 3O9LB 3NUJA 2HB3A 1PPME 4EJ8A 5P2VA 1EBZA 1BAIA 4DPIA 5P6CA 2WJOA 2AOHA 4K4PA 5FIVA 1YTJA 5DR8A 2PK6A 1SDTA 2F8GA 3KDDA 2VA5A 5P4PA 5P02A 3FV3A 2QMGA 1OD1A 3NU9A 3EL5A 4F75A 4D85A 2CEMA 5P69A 5P0VA 4B0QA 1VIKA 3NWXA 1B5FA 5HD0A 1LV1A 5P2SA 4EJDA 2BB9A 5P06A 2QZXA 2R5PA 1TCXA 1AXAA 4L7GA 4DUSA 1FFIC 3L5FA 4Y3XA 3UTLA 4B77A 2JYSA 4FM6A 3INHA 3S7LA 5OZLA 5HDXA 5B18A 5HTZA 2NNPA 2V10C 2QHZA 4Y51A 5P1OA 3TTPA 1GVWA 4F76A 3O9IA 2ER6E 3EL1A 3AIDA 5P6RA 1B5FB 5OZ0A 5P4TA 5P6AA 5P7GA 1ZJ7A 3DCKA 1MT8A 5P0NA 3L38A 1IDBA 1OEXA 3D20A 4Y5KA 2BQVA 1HTRB 2I4UA 2IRZA 1PROA 3CICA 1K6PA 1BXOA 3GW5A 4NPUA 1SP5A 5P2AA 4Y3WA 5DQ4A 4RVJA 5P81A 3S45A 2B7FA 2FDPA 3UDQA 5DQ1A 2I4XA 5P67A 3GGVA 3SM2A 3BXRA 1FLHA 4MC9A 1UH7A 3OOTA 4FCOA 3QRSA 4FS4A 4XXSA 5DGWA 4CPRA 2G1OA 2FDDA 4U7QA 3MSKA 5P2QA 1HXBA 5P8BA 5P8PA 4Y5GA 5P8LA 1FEJC 2NPHA 4X2LA 5P6ZA 2VA7A 3PWWA 4B70A 1HTFA 4FAEA 2QD7A 5P7XA 5P0MA 1D4JA 2F3KA 1PSNA 2BJUA 5OZTA 4FL8A 5P79A 4Q5MA 2ZHTA 2IGXA 2AZBA 3ZPSA 4Y3GA 5OZBA 3UFNA 5P73A 4K9HA 4OBZA 5COPA 3PJ6A 4EYRA 3ZKGA 5P5IA 3S85A 5P5AA 1GNOA 3TL9A 4J17A 1T7KA 3LIYA 5AHCA 4I0FA 4Y5EA 4DJUA 1C6ZA 1SIPA 4H3GA 1A30A 1AM5A 5P0CA 4Y3JA 5P14A 2FDEA 5P3KA 4Y3QA 4Y3TA 3VCMA 3KF0A 5T4SA 1FMXA 5DPZA 3FKTA 1LF3A 5IE1A 2XYEA 5DR1A 5OZOA 4YCTA 2AOGA 2IKOA 1E82E 1T7IA 2F3FA 5P38A 4RZ1A 5DGUA 2O4KA 4TRZA 1DPJA 2NNKA 2QMFA 5P5NA 3K5CA 5P55A 3O9AA 5P6GA 2VIZA 4Y57A 2OHUA 3BXSA 1PPKE 3OUBA 5P0OA 3SA8A 3RTMA 2J9JA 5P5CA 3ZKSA 3NDWA 3LNKA 2PH8A 2RMPA 3APPA 5P5DA 3PHVA 3LPJA 5P6JA 1HSHA 2WEBA 4GMIA 3EL0A 4XX3A 5COOA 1APTE 4Y3MA 5P62A 3TLHA 4RGHA 3DJKA 5P54A 1MTRA 2OHLA 2Q55A 2NXMA 5P5HA 5P6VA 4ER4E 3TPJA 3INDA 1K1UA 3VFAA 1TQFA 1BBSA 5P5YA 2QK5A 5P84A 3OAGA 4Y44A 2XFKA 3S43A 2FIVA 4GJAA 2OHMA 5P4DA 1PSOE 2G21A 4FE6A 5P7PA 3IA9A 1NPWA 3EKTA 1AAQA 2AIDA 4Y43A 5P0TA 4DJRA 3T3CA 1B6LA 3DCRA 4QGIA 2PMAA 3CKTA 4I0IA 1YM4A 3K1WA 4QJ8A 5P3XA 3BHEA 3EKYA 3KMYA 1IZIA 5P1BA 2QI7A 3OAGB 3RSVA 2G26A 2P3AA 5P33A 1QRPE 3R2FA 2AOIA 3NLSA 2VA6A 2P8HA 5IVQA 1MT7A 3LZVA 2BBBA 3OU4A 1MRWA 3O99A 5P1MA 1BILA 5JFUA 5OZSA 3UHLA 5P0PA 4ACXA 5P70A 3OXVA 4LL3A 2R9BA 5OZ4A 5P1PA 5P1TA 2ZHUA 3Q5HA 3WZ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q9P A;  1A8K A;  3MXE A;  5P3D A;  3Q6Y A;  3PCW A;  5P4V A;  2H6S A;  4S1G A;  2I0D A;  2WKZ A;  2F81 A;  3GI6 A;  4DQH A;  1B6K A;  3OU1 B;  5P5F A;  4HVP A;  4Y3P A;  5P11 A;  5P34 A;  3DUY A;  5CLM A;  3DV1 A;  1DIF A;  2PWC A;  5P1H A;  3NDU A;  5P7W A;  3PI5 A;  4Y3A A;  4ZIP A;  3INF A;  1ZSR A;  3BGB A;  3O9G A;  1HVC A;  2OF0 A;  2WF2 A;  5P40 A;  4XKX A;  2QMP A;  3KYR A;  1OEW A;  4DJV A;  3KDC A;  1LYW A;  4NJV A;  3QIH A;  4F73 A;  1APU E;  5P7M A;  2NXL A;  4RYG A;  5AHA A;  1JLD A;  5P57 A;  4B00 A;  3HLO A;  5P1U A;  3KFP A;  4J1H A;  1BIM A;  3UPJ A;  1HIH A;  2G1N A;  2QD6 A;  5P6O A;  2ZJH A;  4GJ9 A;  4GJ8 A;  5P2T A;  1B6M A;  2P3B A;  1TSU A;  4HA5 A;  2IGY A;  4EWO A;  1LYW B;  5OZI A;  5P6K A;  2A1E A;  1ZBG A;  1BDL A;  4R92 A;  5P03 A;  3VF7 A;  3KM4 A;  4I8W A;  1SDV A;  5P23 A;  4ER1 E;  3OOZ A;  5P85 A;  5HDZ A;  1B11 A;  3D3T A;  4FM8 A;  2MIP A;  4RVI A;  5AH8 A;  2Q11 A;  5P6P A;  4OBF A;  4J0T A;  3UDY A;  1ME6 A;  3EL4 A;  5HVP A;  3L5C A;  4MC2 A;  5DR7 A;  5P3T A;  3UDM A;  3UDP A;  3JW2 A;  3OQD A;  5P8N A;  5P7A A;  3CIB A;  2HS1 A;  4OD9 A;  4Y3L A;  3NYG A;  4Y38 A;  3K5F A;  4ZSM A;  5P1C A;  3LPI A;  9HVP A;  5P31 A;  4B1E A;  2ZHS A;  3H5B A;  4DV9 A;  3SA9 A;  5P4L A;  3DV5 A;  4Q1X A;  3SA6 A;  4L7J A;  5P3N A;  3N4L A;  2O4S A;  5OZ6 A;  5HE5 A;  5SY3 A;  5P7K A;  3OQ7 A;  4TVH A;  1ODY A;  2I4V A;  1M0B A;  4J0Z A;  4J1K A;  1EBK C;  2I0A A;  5KQF A;  1ODX A;  3CKP A;  2Q5K A;  3Q4B A;  2G1S A;  2WEC A;  1J71 A;  4YD7 A;  1W6I A;  4KB9 A;  3R0W A;  5I70 A;  2OHS A;  3Q70 A;  4KUP A;  2ZJN A;  1HVL A;  1APW E;  3CYX A;  3OTY A;  3UQU A;  5OZY A;  3VV7 A;  2VIY A;  5OYU A;  3PEP A;  5TOL A;  5P4Y A;  4PYV A;  2FNT A;  4GZF A;  4RRS A;  5P2N A;  3OGP A;  5P8U A;  1HIV A;  5J25 A;  1ZLF A;  3QN8 A;  5PEP A;  3PWR A;  5P6I A;  1RQ9 A;  1UH8 A;  4ZPG A;  4ZSQ A;  3SLZ A;  2ZGA A;  5P1W A;  5P5V A;  1WBM A;  5P20 A;  4EQJ A;  4NPT A;  1XL2 A;  1ZPA A;  2AOE A;  1EPO E;  5P77 A;  5P36 A;  4EXH A;  1EBY A;  1YX9 A;  2O4P A;  2QI3 A;  3OAD B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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