4DPIA

Bace-1 in complex with hea-macrocyclic inhibitor, mv078512
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
387
structure length
373
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Highly potent macrocyclic BACE-1 inhibitors incorporating a hydroxyethylamine core: design, synthesis and X-ray crystal structures of enzyme inhibitor complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 373
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dpiA02
3UDRA 3T3CA 4LL3A 3KDDA 1MUIA 4Y3JA 3G72A 3UQWA 2R38A 5OYVA 2IQGA 3L5BA 2OHUA 2AOIA 4Y4ZA 2WJOA 1HTFA 5JODA 3O9FA 1J71A 5P33A 4Z4XA 4XX3A 5P8CA 4Y47A 2WF1A 2Q15A 4HVPA 4GJ6A 5AH6A 4J1KA 4DPIA 3SKFA 2VJ6A 3EL0A 4L1AB 5P8IA 4Y58A 4Y3GA 3EL5A 5HU1A 2NR6A 5P09A 1F7AA 5DR0A 5HU0A 4F76A 1LZQA 1SMEA 5P0KA 5P2NA 4I0ZA 4IVSA 3HVGA 5DQ5A 4EPJA 1WKRA 4H3JA 4YD4A 2IGXA 4RGHA 5P35A 3OXCA 2FNTA 4Y3EA 3SQFA 3TL9A 1D4KA 1MTBA 1KJFA 5P4AA 5P20A 5P82A 5P4XA 5P1CA 3APRE 3GI4A 3IXJA 3ST5A 1RL8A 5P4JA 5P3JA 1AIDA 3QRMA 4DJVA 3PJ6A 5P6UA 4NKKA 2O4KA 3DUYA 3ZPSA 4Y41A 1FQ8A 3UDQA 1M4HA 3EMYA 5P0HA 3VF5A 2H6TA 4Y38A 1DPJA 1U8GA 1BDRA 4E43A 4WY1A 5P7DA 1E80E 3L3AA 1YM4A 4LC7A 1Z8CA 1KJHA 5P7UA 4B05A 5P3NA 1KJ4A 1W50A 1ZJ7A 3KF0A 5BRYA 4B78A 1T7IA 2HAHA 2Q11A 1B11A 3BUFA 3MXDA 3QI1A 3ZLQA 4A4QA 4AUCA 5P1SA 3S54A 5IS4A 2HS2A 4JPCA 1LS5A 4RRNA 4OBKA 3LITA 2BB9A 4BFBA 2BKSA 3EKYA 5SY3A 2BPWA 3NUOA 3OOZA 1Z1HA 4PYVA 1ZSRA 2ZJKA 3PGIA 2IDWA 4DUSA 3URLA 5P28A 2V11C 1FQXA 2WECA 5OZCA 3I6OA 5I3YA 5P2DA 5P0QA 5P8UA 1HPSA 2G26A 1B5FA 3IVIA 4RYCA 3UDKA 5AGZA 3OXXA 3OUDA 3O9CA 1RNEA 5P0FA 5P0DA 4HZTA 1LYAB 4YBFA 5P81A 1APUE 1HTGA 3R1GB 3DM6A 3S45A 1SGZA 5P77A 3VLBA 4COEA 4X7IA 4I0FA 5P1IA 5P4HA 5P8FA 1GVXA 4J1EA 1HSIA 5P3AA 4GJAA 3KN0A 2V13A 5P75A 2ZJHA 1EBWA 4OC6A 2R43A 3BVBA 5P6AA 5P5BA 4ZE6A 3MWSA 2O4NA 2QHYA 4K4QA 4MC2A 5AHBA 5P4LA 3VYEA 1WBMA 4KB9A 1OEWA 4Y5PA 3LIXA 3NXNA 5P0UA 2R3WA 4Y4EA 1HOSA 5DR7A 3EKWA 4MC9A 4M8YA 1FMXA 2PH6A 5P5FA 3WZ7A 2R8NA 4Y3LA 3MSJA 3SM2A 1AAQA 5P0WA 3T7XA 3ER3E 4Y39A 3S7MA 1FFIC 1NPAA 2G21A 2G69A 3VSWA 2Q63A 4QJAA 5P2SA 5P5YA 4Y44A 4L7HA 2H6SA 5P6IA 5I3XA 5P11A 2NTRA 3TPRA 3VYDA 2HB3A 5P0GA 3K5FA 3SKGA 5P40A 4B1CA 2EWYA 1FQ4A 5P3GA 2JJJA 3A2OA 3DJKA 3U7SA 3U6AA 4EHCA 2A4FA 4Y3MA 1EAGA 3OU4B 3DV1A 5ER1E 5P3YA 2PK6A 3LINA 1AJXA 2AVSA 4RLDA 1HBVA 4ZSQA 4GIDA 5P3LA 2NMZA 4EQJA 1M43A 1LF3A 2QMDA 4GYEA 1YX9A 1B5FB 2PSUA 2OHNA 4Y56A 4HDBA 3PCWA 3WZ8A 1OHRA 2HB2A 1FGCC 3OUDB 3LZVA 1XN2A 1D4JA 5P60A 1RQ9A 2I4WA 5OZ6A 2B42A 4I0EA 5OYRA 3EKPA 5DQ4A 5P5LA 2ER6E 5P1XA 5P1ZA 1JLDA 2NXLA 2HPEA 3K1WA 4J0TA 3NDXA 4KE0A 5P8KA 4WY6A 5ISKA 4CPWA 4OC6B 2XFJA 1SP5A 1A94A 5P26A 5P3FA 1D4YA 2FXDA 3WSJA 2Z4OA 3DK1A 5C9DA 5F00A 4DQBA 1FEJC 9HVPA 4LXKA 1HVCA 1EC0A 5OZXA 5P5ZA 1K6TA 1ZPKA 2PSVA 3L5FA 5P6MA 3CYXA 4DVFA 2AQUA 1M0BA 5P2HA 3VLAA 1NPVA 2CENA 5P5SA 1E82E 3IN4A 4DJOA 5P65A 1K6CA 5P7RA 1MT7A 3KFRA 3UHLA 4PEPA 4TRWA 3QBHA 5P4DA 4J0YA 5P1QA 3INDA 3OUCA 4Y4JA 1EPME 2G1RA 5P6VA 1ZBGA 3OAGA 2O40A 4I0JA 5P80A 1IBQA 5HCOA 5P7OA 4Y53A 5P7JA 2AVVA 2QI0A 1C6XA 3ZL7A 1SGUA 1QBTA 1EBKC 4GB2A 1FQ5A 5OZ4A 5P6KA 4DJYA 3OGPA 2RKGA 4Q1WA 3VF7A 2P3CA 5P5EA 4NJUA 2QI3A 3OHHA 5P4IA 2RKFA 2FDPA 2WF2A 5P2JA 2MIPA 5P1FA 5P5PA 3KMXA 3TH9A 1HHPA 2F81A 3IN3A 5P7SA 3TPPA 2QI7A 5P3BA 5P6TA 1MVPA 3QROA 5ENMA 4L6BA 4Y4GA 5HTZA 2J9JB 5P7IA 4J0VA 3O9DA 2AOEA 5P44A 4YDFA 1OEXA 5P8DA 1B6LA 2VKMA 3Q6YA 4EYRA 1HVHA 1HIVA 4K4RA 3EM4A 5P5CA 3SACA 4Y4WA 2QNNA 4F74A 2AOGA 4FM8A 2QK5A 5P8BA 1D4HA 1E5OE 1YTJA 1FG6C 1ZPAA 1APVE 1T7JA 5OZSA 5P55A 2AOHA 2NXDA 2NMYA 2A1EA 4R92A 4YOBA 5P3RA 3TPLA 4RZ1A 2ER9E 4DQCA 1BVGA 3PWRA 4B70A 3Q4BA 2WF3A 2I0AA 5P45A 2OHQA 5P1TA 3BUHA 3OWNA 3NWXA 3SA6A 4APRE 4YA8A 3VSXA 3SM1A 1EPRE 1F34A 2P83A 5JFUA 5P0RA 2OAHA 3UQPA 3OHFA 4D88A 3FX5A 4ZPFA 3SA3A 5P00A 2OF0A 3OAGB 5P79A 1LV1A 3L5EA 3FV3A 4FGXA 4YCKA 4OBHA 5P76A 4QJ9A 1KZKA 5P8JA 4TVHA 5P7EA 3INHA 5P05A 4YOAA 2AZBA 5P1OA 3ZPTA 2WKZA 3NU3A 2ZJNA 3QRVA 2ZJJA 1HTEA 2VNNA 5P7TA 1IZIA 4DJUA 3EKXA 5P7LA 5DPZA 2WF4A 2I4VA 5P7MA 1PPME 1BIMA 3T11A 3GGAA 2ZHVA 5OZMA 3L58A 5CONA 3HAWA 1XL2A 5P4KA 4J0ZA 5AH9A 5DR4A 3SPKA 5P5GA 4ZSRA 5ENKA 4ZPGA 3QS1A 4CPTA 4HA5A 5P4MA 2FMBA 5P3ZA 2V12C 5P6SA 3SA8A 4B72A 2P3AA 4HLAA 2P4JA 3O9HA 4AA9A 5ER2E 3AUPA 3KFNA 4DI2A 5P51A 2HPFA 4EJ8A 4XKXA 1FF0C 3QRSA 4DJQA 1EPNE 5P8EA 1EBZA 1Q9PA 2ZHSA 5OZ2A 3LZSA 3PBDA 4FSLA 3TOGA 5P2YA 4QJ6A 4OD9B 3GI5A 4R95A 3RTNA 3ZKNA 3B80A 1CPIA 3KYRA 3EM3A 4Y43A 4FM7A 4YD5A 5P5KA 5COPA 1QBRA 5HE4A 2IS0A 5P6HA 5KQXA 3TPJA 2JYSA 5P8VA 1FQ7A 5P6JA 1EC1A 5P5TA 2I4DA 5JG1A 5P3HA 1HVJA 5P3XA 4D83A 4QJ7A 5KQZA 5OZ8A 3LIYA 1ZP8A 5P2IA 5P68A 2FS4A 4YDGA 5P2XA 5P1PA 5HE7A 4FM6A 2RMPA 4B00A 6APRE 3OQKA 1TCXA 5P2LA 1MRXA 5P27A 1EPPE 5OZ5A 5P12A 2IL2A 5P0CA 1QBUA 1XDHA 4Y3RA 3HAUA 5P3EA 2BBBA 4J5JA 4XXSA 2FGUA 1MT8A 5P2QA 5B18A 4FSEA 1W51A 1MERA 4A6BA 2Q5KA 3NU6A 1MESA 5P01A 4ZLSA 3QPJA 3ZKSA 3DOXA 3ER5E 4GJBA 6FIVA 2Z54A 3CIBA 3UDHA 1CZIE 4PHVA 5P69A 3PBZA 2ZYEA 5P13A 4Y9WA 4OBZA 2ZHRA 5P18A 3PWWA 5P1KA 3EL1A 4I0GA 2ANLA 3ZMGA 4RYGA 1MIQA 5P6LA 5P3WA 3OADA 5P5NA 4EP3A 1FKNA 3KDCA 3EKTA 1RV7A 4FL8A 3JVWA 4ER1E 1K2BA 5SZ9A 2QZXA 5E5KA 5P86A 5C9BA 5P22A 4Y3SA 5P3SA 2QMPA 1CMSA 1FMUA 6UPJA 3FIVA 3ZPUA 2VA6A 5KAOA 1C6ZA 5APRE 1YTGA 2F3EA 5P3QA 5P42A 5P7AA 3SA5A 3PI5A 5OZKA 4CKUA 4Y3WA 5P52A 3I7EA 1W5YA 1SIPA 3EL9A 5P41A 3PLDA 3I2LA 1QDMA 5P4FA 1SDVA 2FIVA 5P2ZA 3UQRA 3KDBA 1B6PA 1Z1RA 3N4LA 5P7VA 3RSVA 3QP0A 4J0PA 3SFCA 5P50A 3FNUA 4BFDA 5P1EA 3PMUA 2APRA 4J1CA 3S8IA 5KR0A 5P4YA 3UCBA 5P0YA 3VV8A 2ZGAA 5SY2A 3S85A 5J25A 5P63A 3B7VA 2NPHA 3EM6A 3PCZA 2R3TA 7UPJA 1T6EX 4Y4BA 4DV9A 4Y3YA 5OZ1A 2V16C 3GI6A 4LAPA 5HE5A 4PZWA 4B77A 1FLHA 4B1EA 4Y37A 5IVRA 3OXVA 5P7WA 5AH7A 5IVSA 4YCYA 1SDTA 4RCFA 5OZZA 2P3BA 3VFBA 1DIFA 5OZ3A 1ENTE 5P1BA 5P85A 4Z50A 2F80A 4GJ7A 4K4PA 1ZLFA 5P16A 5P4TA 3GGUA 4ZSPA 1W6IA 1AVFA 2B7FA 3H5BA 4AMTA 3HD8A 2IKUA 4Y4XA 3KFPA 3IA9A 4JOOA 1TSUA 1IVPA 2BPXA 4YD6A 1XL5A 1MTRA 5UPJA 1ZTZA 4NPTA 3S43A 4J1IA 5P70A 5P3OA 3UPJA 3NU4A 1HVKA 1GVUA 4NPUA 1XE5A 4R5NA 1EPLE 3GW5A 4K9HA 5P57A 5E5JA 7HVPA 1LEEA 3BC4A 4Y57A 5P2FA 4FS4A 3VG1A 1C6YA 3LZYA 4R91A 3ZKGA 5P54A 5P71A 3H0BA 5OZ0A 4IVTA 3PLLA 4DPFA 4EQ0A 4MC6A 2G24A 5P6RA 2SAMA 2QI5A 5P46A 3VF3A 3F9QA 1EPQE 2HC0A 1PSAA 2HM1A 5COKA 5P53A 1HPOA 3BGBA 5P06A 3IAWA 5KR8A 4I11A 4GJ9A 1TSQA 1XS7D 5AHCA 5DGUA 5P49A 5P6YA 2F3FA 5KR1A 3ZKMA 1PPKE 5P32A 1AJVA 4I10A 2G1OA 1PROA 2O4SA 2QMFA 3KT5A 5DGWA 3D1XA 5P4NA 5P2UA 1T7KA 2PK5A 1MSNA 4J54A 2XYFA 5P0JA 5P03A 1D4SA 5P7GA 5OZLA 5P62A 4BELA 1DAZC 1PFZA 2XFIA 5JFPA 5P5VA 1ODWA 1FQ6A 2I1AA 5DR8A 2ZE1A 3Q5HA 4EJDA 5F01A 1AM5A 1HVIA 1IIQA 2PWCA 3RTMA 4EXGA 5P24A 5OZHA 3EKQA 4CP7A 1G35A 5P6EA 4Y48A 1ER8E 1BWBA 1HEFE 3L5DA 1BDLA 1BBSA 2PC0A 4Y3HA 3G70A 4I0HA 4LXAA 5P7XA 2PQZA 4U7QA 5P02A 5HDVA 5P3PA 4YD7A 5OZPA 1EC3A 4S1GA 5P2CA 4NJTA 2QU2A 4ZEAA 1HXBA 4HE9A 1A9MA 3D20A 2QI4A 4UPJA 4DQFA 3K5CA 3S43B 2ZDZA 3K4VA 3Q70A 5OYTA 5P8OA 5DQ2A 4HEGA 3VV6A 2VJ7A 5HDUA 5P5UA 4Y5MA 5I3WA 3VYFA 5P1MA 5P4GA 4F75A 2JJIA 2OHLA 3NSHA 1GVTA 4WTUA 5EZZA 4DJWA 1IZEA 1HPVA 3BXSA 3ECGA 3MXEA 5P78A 4Y4AA 2Q64A 4HDPA 5P0ZA 5P4PA 2ASIA 5P6DA 5P14A 4K8SA 5OZRA 3IXOA 3NDUA 4RROA 3VFAA 1G0VA 2XFKA 1B6JA 5P1VA 4FIVA 5P2WA 4FAEA 2QP8A 2PWRA 5P58A 1HXWA 2AZ8A 2QMGA 2WEDA 5P37A 4NJSA 5P89A 3HLOA 3L59A 1SDUA 3O9LA 2RSPA 5P8AA 5P04A 5P0LA 3OTSA 5P2GA 1APWE 3KMYA 1G6LA 5P29A 2QI6A 4RRSA 5ISJA 2WEZA 2BPYA 5P31A 4MC1A 3OXWA 5P1JA 2I4XA 3M9FA 4DQHA 5P5HA 3UF3A 2G1NA 1QRPE 4EXHA 2G27A 5P1UA 1IVQA 1FB7A 1IDAA 1NPWA 3DCRA 2VIJA 1EBYA 1WBKA 5P0BA 2OHMA 2VIEA 3GGVA 1YTHA 5OZQA 2WF0A 1K6PA 5P5MA 2BQVA 3NYGA 4JECA 4PPHA 3U71A 1SH9A 1SIVA 5P6CA 3FKTA 4EP2A 2QZWA 1KJ7A 3S7LA 1HPXA 3CKTA 2QI1A 5OYUA 2PSGA 5P0AA 5OYYA 5P1YA 3NLSA 3CKRA 2VA7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDR A;  3T3C A;  4LL3 A;  3KDD A;  1MUI A;  4Y3J A;  3G72 A;  3UQW A;  2R38 A;  5OYV A;  2IQG A;  3L5B A;  2OHU A;  2AOI A;  4Y4Z A;  2WJO A;  1HTF A;  5JOD A;  3O9F A;  1J71 A;  5P33 A;  4Z4X A;  4XX3 A;  5P8C A;  4Y47 A;  2WF1 A;  2Q15 A;  4HVP A;  4GJ6 A;  5AH6 A;  4J1K A;  4DPI A;  3SKF A;  2VJ6 A;  3EL0 A;  4L1A B;  5P8I A;  4Y58 A;  4Y3G A;  3EL5 A;  5HU1 A;  2NR6 A;  5P09 A;  1F7A A;  5DR0 A;  5HU0 A;  4F76 A;  1LZQ A;  1SME A;  5P0K A;  5P2N A;  4I0Z A;  4IVS A;  3HVG A;  5DQ5 A;  4EPJ A;  1WKR A;  4H3J A;  4YD4 A;  2IGX A;  4RGH A;  5P35 A;  3OXC A;  2FNT A;  4Y3E A;  3SQF A;  3TL9 A;  1D4K A;  1MTB A;  1KJF A;  5P4A A;  5P20 A;  5P82 A;  5P4X A;  5P1C A;  3APR E;  3GI4 A;  3IXJ A;  3ST5 A;  1RL8 A;  5P4J A;  5P3J A;  1AID A;  3QRM A;  4DJV A;  3PJ6 A;  5P6U A;  4NKK A;  2O4K A;  3DUY A;  3ZPS A;  4Y41 A;  1FQ8 A;  3UDQ A;  1M4H A;  3EMY A;  5P0H A;  3VF5 A;  2H6T A;  4Y38 A;  1DPJ A;  1U8G A;  1BDR A;  4E43 A;  4WY1 A;  5P7D A;  1E80 E;  3L3A A;  1YM4 A;  4LC7 A;  1Z8C A;  1KJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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