4DUSA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with n-((2s,3r)-1-(4-fluorophenyl)-3-hydroxy-4-((6'-neopentyl-3',4'-dihydrospiro[cyclobutane-1,2'-pyrano[2,3-b]pyridin]-4'-yl)amino)butan-2-yl)acetamide
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
365
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Potent and Orally Efficacious, Hydroxyethylamine-Based Inhibitor of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 365
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dusA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dusA02
4WY6A 4OD9A 2QI4A 3NU9A 5P7JA 1BDRA 4EJKA 4RCEA 2CENA 4Y58A 5OZ6A 5P0XA 3OXVA 4N00A 5P2RA 5P14A 5P5SA 3SA4A 1EC3A 4RLDA 4OC6A 5OYWA 2HPFA 5OZPA 5HVPA 5P8AA 5P6PA 3K5CA 1YTIA 1ZBGA 6APRE 5P7AA 2QMDA 3ZKGA 5P2XA 4Y38A 4BFBA 2ZE1A 5P6XA 1SMRA 2Q63A 5AHCA 2J9JA 2Q55A 3HVPA 2FGVA 5P10A 2IGYA 2WEDA 4GMIA 5P71A 2HM1A 4D83A 1K6CA 2QNQA 3S7LA 5P7HA 5DR1A 4KUPA 4OBDA 5OZLA 5EZXA 1IZIA 5AH9A 5IVSA 3BC4A 5SXNA 3AIDA 2AVQA 5P3OA 5P3EA 1U8GA 2P3AA 3INHA 5P51A 5P23A 1BIMA 2ZJLA 2OHTA 4M8YA 2WL0A 2VNNA 5UPJA 5OZTA 3ZPTA 2QZXA 4Y3RA 4Y5KA 2HB2A 3OOZA 2OHKA 3VEUA 5P4HA 3ZKSA 3LPJA 2IQGA 2A4FA 3NDTA 2NXMA 1HVHA 1BV9A 4BFDA 2IKOA 2F3KA 5P0AA 4J1IA 5P3KA 2RMPA 3UQXA 5DPZA 2ASIA 3O9IA 3D1ZA 5ENMA 2B8LA 4LC7A 3LIXA 3SA7A 3NXNA 1ODWA 2IDWA 2B8VA 3WB5A 4GJ9A 5KQFA 5P0EA 1KJGA 5P65A 4B78A 5P5QA 4EXGA 3SKGA 3FIVA 1KJFA 2Q15A 2NXDA 5P56A 4GIDA 5P2UA 5P5MA 5P86A 2BQVA 2PC0A 2ZGAA 1MESA 4DFGA 5P3AA 4ZSQA 5P43A 1HTFA 4JPCA 5P5YA 3TL9A 1NPVA 4Y39A 4Y3JA 4L6BA 3DM6A 3PCZA 3EM3A 3PJ6A 5P46A 3NDXA 3VUCA 5CONA 3KMYA 2ZHVA 1HIVA 1HVCA 5P2KA 3EL5A 5P37A 4K4RA 1F34A 3FSMA 2FIVA 4KE0A 5P8PA 4FCOA 5HE5A 1NH0A 1SDVA 5OZ2A 3SA9A 5P16A 3R0WA 5P0PA 4J1HA 3DOXA 2VKMA 4YDGA 4FL8A 1C70A 4QLHA 3O9CA 5SY2A 4Y3TA 3N3IA 5P85A 3S54A 5P6JA 4FM6A 4I1CA 5DGWA 4UPJA 5P6UA 4K8SA 3IVHA 1HTRB 3CIDA 4OD9B 2VIEA 3OUDA 3VF5A 1SH9A 1PPKE 5P1MA 1T3RA 5P2SA 2FDPA 1HTEA 1BBSA 1EBYA 3LIVA 4Y51A 5P25A 2OHRA 5P7OA 4OC6B 4DJWA 2BJUA 3KDCA 4HEGA 4NPTA 5P72A 2B7ZA 4CPQA 3HZCA 5P6EA 2BBBA 5P36A 3KT2A 2UXZA 2NR6A 3ZMGA 2NPHA 2FMBA 1D4YA 2PSGA 3PRSA 5P4ZA 3EKTA 1RNEA 4J1CA 5P2OA 1WBKA 3NU6A 5OYZA 2HS1A 5P15A 5P1FA 5AH6A 4ACXA 2JYSA 3S8IA 5P6OA 3MWSA 5P8DA 1MSNA 2QI6A 3SA5A 1AIDA 4ER4E 1EPME 3OY4A 3UFLA 1EPQE 4TVHA 2APRA 5OZYA 4CKUA 4RVJA 4J0PA 2OHQA 3GI6A 3KA2A 2QU2A 3KT5A 1NSOA 2IENA 1KJ4A 2FDDA 3EC0A 5IS4A 4CPTA 2HIZA 5B18A 5P33A 1YTGA 4EYRA 5OZAA 5P30A 2O4NA 5P0OA 5P66A 4TVGA 5P5GA 2OAHA 5DQ1A 4I0ZA 3QS1A 5OZ4A 2IKUA 3NWQA 5P7IA 4Y5LA 4X7IA 5P58A 4LHHA 5P5EA 1MVPA 5P60A 1KJ7A 1OEWA 1FMXA 5P01A 3S43A 3VCMA 1AZ5A 3FNTA 3UCBA 3VLBA 5P1EA 4HDFA 1CMSA 5I3XA 2QK5A 3GGUA 1N49A 2HS2A 4LXMA 2PWRA 4D89A 4ZPGA 4IVSA 5P41A 5OYRA 5P4RA 1FQXA 5OZRA 5P73A 1META 1D4LA 1K6VA 5P5VA 4OBZA 4FE6A 5P3LA 1APVE 3R4BA 3LPIA 5P8IA 5KQXA 1T7JA 5P7QA 1C6ZA 1HPVA 1YX9A 4DQEA 1IVPA 3APPA 5P77A 2I1AA 4EQJA 5P40A 2ANLA 2Z4OA 3EKYA 3ZPSA 5P12A 1D4SA 5HDXA 4Y5BA 3SM2A 2B60A 3QRSA 1WKRA 4FM7A 1APTE 5P1WA 3O9DA 4DPIA 3UQPA 1XE6A 2F81A 2BKSA 1AM5A 5OYYA 5P0VA 5P3IA 4Y4EA 5P4BA 1FQ7A 3AUPA 4GYEA 5P1YA 1DP5A 5P5HA 5P2JA 4Y3FA 3UHLA 2OHNA 3GI0A 4HE9A 3KFNA 2P8HA 5P6CA 4K4PA 1XL5A 4U8WA 4D85A 3B80A 5P8SA 4J0ZA 1FGCC 1T6GA 3A2OA 3GGVA 3UDKA 5P7ZA 1B6PA 1RQ9A 4QJ7A 3G6ZA 5P52A 3JW2A 2BPXA 2R9BA 6FIVA 2NNPA 5ER2E 5P6HA 3EKWA 2VA6A 5P38A 3O9EA 5P4YA 2QI7A 3OUDB 1C6XA 1MSMA 3DUYA 1D4KA 1HRNA 5J25A 1ZSFA 2IRZA 5P2MA 1MERA 4Y4JA 3SM1A 1TSQA 1IVQA 1ZPKA 4J0TA 1YT9A 1ZJ7A 5HCTA 4Q1XA 1MRXA 1PROA 5P6ZA 5AH7A 5P7KA 4J55A 5OYQA 1BVEA 2F3EA 3HDKA 4Y4GA 5P3RA 4B70A 4DJPA 2OHMA 3R1GB 2RKGA 3TPPA 1ZSRA 3KDDA 3FX5A 5P1HA 5P0WA 2P83A 2NTRA 5DR0A 1Z8CA 1FG6C 4OBKA 5P50A 3HVGA 3TLHA 1TW7A 4Y35A 1E82E 3CYXA 2WHHA 5P79A 4DI2A 3ER3E 1D4IA 4DUSA 1W6HA 2VIZA 5P2QA 4YBFA 2H6SA 3S53A 3UQWA 5CLMA 5P0LA 4DJQA 2PYMA 3UF3A 3NDWA 5P6SA 2G1SA 1SP5A 2JJIA 3I2LA 5P68A 3VF3A 4L7GA 2ZHUA 5E5JA 5P0CA 3T7PA 2I0DA 4DJXA 3SACA 2G94A 1KJHA 3SO9A 2ZHTA 3BXSA 5P28A 4HLAA 5C9FA 3WZ6A 5KAOA 3EXOA 3CMSA 5P22A 2QI1A 5BWYA 5JFUA 1NPWA 3KFPA 3OGQA 5P5XA 5HU0A 4J5JA 5HDVA 3T3CA 5P2CA 3QBHA 5P05A 3TKWA 4GJ6A 1UH9A 2AOJA 5OZ5A 4R91A 1MTBA 2G1RA 4YD4A 4Y3DA 4HA5A 5P8KA 3OHFA 1PPME 3RTNA 2V00A 5P7SA 4GJAA 5P0KA 5I70A 3UDQA 1IBQA 2PH6A 4EXHA 3OU1A 5P3NA 5P8VA 1SDUA 3EL4A 3CIBA 5IVTA 4OBZB 1YM2A 4R8YA 3QPJA 4H3GA 3S2OA 2G20A 4Y4BA 3VFBA 3BVAA 3VLAA 2CEJA 5KR1A 1SDTA 3OK9A 3PSUA 1QDMA 4Y5NA 2JXRA 4LXKA 3SAAA 2V11C 2XFKA 1BWAA 5P8BA 5P62A 1FQ6A 1IDBA 4YA8A 3OXWA 1GVWA 5P6TA 3UQUA 3NSHA 1XL2A 2QU3A 2V10C 1PSNA 1MT8A 4B1EA 3GI4A 3LZVA 5P8HA 5P7TA 4ER1E 1EEDP 4Y3YA 3BHEA 3WSJA 5P5ZA 4DJUA 3O9AA 1A9MA 1VIJA 5P2YA 4Y3SA 3INEA 5P7UA 5P2FA 4QJ9A 4TRYA 3T11A 2P4JA 3BRAA 3OU3A 4FSLA 5OZEA 5P0HA 5P4XA 4AUCA 3ECGA 2FXDA 5P11A 5HCOA 3SA6A 5P8TA 2O4LA 3N4LA 5P0UA 4XKXA 3C9XA 4F76A 1GVVA 2G27A 1FQ4A 3L3AA 3QVIA 4EP2A 2SAMA 4FIVA 3HBOA 3JVWA 2OHUA 3CYWA 1W5VA 3OQAA 4X2LA 3R2FA 4J17A 4ZPEA 4Y3MA 5P4CA 3MXDA 4RRSA 3L59A 3H0BA 3U71A 5P8CA 5P5BA 1UH8A 1MT7A 4GB2A 5IVQA 5KQYA 3OAGA 3OOTA 4JECA 4RCDA 5HE4A 4H3JA 3PBDA 4B72A 1BXQA 1MEUA 1BVGA 1M0BA 4ZSRA 5P67A 5P0SA 1FEJC 4Y5MA 1SGZA 5OZGA 3EM6A 4FS4A 2WF2A 1MRWA 3JVYA 3S45A 4Y3QA 5P3WA 5P1UA 4MC1A 3NR6A 3F9QA 3KYRA 3MSJA 4NKKA 5OZCA 3L5BA 5P1GA 5P7RA 5P6DA 2P3DA 3EBZA 4Y45A 5P8FA 1BWBA 5P4GA 4I0DA 2ZJJA 5P4VA 4Q1NA 1XN3A 5C9BA 5P53A 4JOOA 5P45A 5P3JA 2XFJA 3FNSA 5P1NA 5OZSA 2H6TA 2G22A 5P5CA 2ER0E 1APUE 5HE7A 4ZSPA 2BKTA 4Y3ZA 4R93A 3APRE 5P0MA 1AJXA 3L5DA 3QROA 5P84A 1PSAA 1BV7A 5P1JA 1BDQA 1ZPAA 2FS4A 5P76A 4B1DA 2FGUA 1W6IA 4CPRA 4Y37A 4Y47A 1XN2A 1LYBA 2F8GA 2EWYA 2A1EA 4DJRA 4FRSA 3LHGA 5P6AA 2UPJA 3I7EA 1GVTA 4ZLSA 1A8GA 2CEMA 5C9DA 5P35A 4FRIA 1HVLA 3QAAA 5OZVA 4ZE6A 5P3UA 5P4FA 3UDJA 1AJVA 1K1TA 3Q6YA 1LZQA 4CPSA 2B42A 1BAIA 1UH7A 3OADA 2QNPA 3LZSA 1E80E 5P0ZA 3OU1B 5P7EA 1IZEA 3EL9A 3DK1A 3GI5A 5COKA 3NU5A 3I25A 1EPLE 1A8KA 1HEGE 4PYVA 3BGCA 5DR3A 3UDYA 4Y5AA 2AOIA 3VYEA 5P44A 5P09A 4NJUA 3SABA 1SGUA 3I8WA 5P70A 2AOCA 4Y43A 1W51A 4B77A 5P80A 5P3QA 5DQ5A 3EL1A 1EBWA 5KQZA 4Y3LA 5P2VA 3L5EA 3KM4A 3TPLA 4Y41A 3OUBA 5P5PA 5KOSA 5P6YA 2FLEA 4TRWA 2I0AA 1AVFA 3QRMA 5P7PA 3PBZA 3Q4BA 5P5LA 4I0EA 4DQHA 2ZHRA 3LPKA 5P4KA 4I12A 4PZXA 2PYNA 3PLLA 1SMEA 1B6JA 5OZ1A 1EBZA 2G1NA 5P8UA 5DQ2A 3NXEA 5OZUA 5P0BA 3CKPA 4YE3A 2ZJNA 4BELA 1SIPA 5ISJA 5HTZA 5HU1A 4Y4TA 2XFIA 2ER9E 4PHVA 4WTUA 3R0YA 1HEFE 1K2BA 5OZMA 2V13A 5IE1A 3SKFA 5HDUA 4GZFA 5P0FA 5P34A 4YD6A 1IIQA 4DH6A 1HXWA 5AHBA 5DGUA 3OAGB 3LINA 3T7XA 4DJOA 4Y4UA 2G24A 2AOFA 2QAKA 5P6VA 1VIKA 3DV5A 3Q5HA 5P1LA 2QHYA 4Q5MA 4Y36A 3QP0A 3KMXA 3S7MA 5F00A 1HPSA 4IVTA 4J0VA 2R5PA 2G69A 2PH8A 1ENTE 1RV7A 4OBFA 1BDLA 3IGBA 2P3BA 1ER8E 4L7JA 5P5RA 1TZSA 4Y4XA 4LBTA 1HOSA 5OZOA 3VFAA 1T7KA 5JODA 5OZHA 3UPJA 1HVRA 2QHCA 2ZJIA 5P2HA 2VNMA 3TPRA 1QBSA 4FAFA 5P3TA 1ODYA 3D3TA 3NU4A 5P6KA 1T7IA 1LS5A 2WF1A 3EKVA 4CPWA 5P8RA 1BILA 4MC9A 1B5FA 2I4UA 5P3FA 2AOEA 4S1GA 5OZXA 3OXXA 5KOQA 4YD3A 2FDEA 4DQBA 4I0HA 4XX3A 1LYBB 4YCKA 4YCTA 4EJLA 3K1WA 5P26A 4F73A 3H5BA 5P6LA 3HAUA 4AA8A 1HVKA 1W5WA 1FMUA 5ISKA 1CZIE 2WJOA 3GGAA 3KFSA 1RPIA 3ER5E 5P7FA 4R92A 3RU1A 4ZEAA 4APRE 4D88A 5OZDA 5JFPA 4DPFA 4KE1A 2BPZA 2VJ6A 3IA9A 5OZ7A 4OBHA 2Q3KA 5P19A 5P3DA 3PSYA 4HVPA 5P6QA 1GVXA 5P27A 4EP3A 3OADB 3LZYA 4H3FA 1K6PA 3K5FA 2ZDZA 4Y5PA 2AIDA 3LIZA 2AOGA 3NDUA 3RTMA 3INFA 3D1YA 1BXOA 2OHPA 1AXAA 1UPJA 1FMBA 2QD8A 5P6IA 1K2CA 3OGPA 5ENKA 1T6EX 1EPPE 1G2KA 3PEPA 4BEKA 5P82A 3BUGA 3UDHA 4A4QA 4LAPA 4Y3WA 4I11A 2VIYA 1EPNE 4Y48A 8HVPA 2MIPA 3INDA 5P6FA 1GKTA 5P7VA 4XX4A 1GVUA 2HPEA 2R38A 2QHZA 4Q1WA 3D1XA 3LZUA 3CKRA 3L5CA 4QJ8A 4NJSA 2PMAA 3URIA 1ZLFA 2F80A 2HAHA 2QMFA 2V16C 2HB3A 4Y4WA 3VSXA 5P0JA 5JG1A 4Y3XA 5P1BA 5P8QA 4J1FA 3SLZA 3O9FA 4CMSA 1K1UA 4NPUA 2ZYEA 3OU4A 5P5UA 1DW6C 1GNNA 3BUHA 1C6YA 4EHCA 3QRVA 5DR8A 5P39A 5P7GA 4DVFA 1DMPA 1IDAA 4JP9A 4RRNA 4Y3NA 5OZZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WY6 A;  4OD9 A;  2QI4 A;  3NU9 A;  5P7J A;  1BDR A;  4EJK A;  4RCE A;  2CEN A;  4Y58 A;  5OZ6 A;  5P0X A;  3OXV A;  4N00 A;  5P2R A;  5P14 A;  5P5S A;  3SA4 A;  1EC3 A;  4RLD A;  4OC6 A;  5OYW A;  2HPF A;  5OZP A;  5HVP A;  5P8A A;  5P6P A;  3K5C A;  1YTI A;  1ZBG A;  6APR E;  5P7A A;  2QMD A;  3ZKG A;  5P2X A;  4Y38 A;  4BFB A;  2ZE1 A;  5P6X A;  1SMR A;  2Q63 A;  5AHC A;  2J9J A;  2Q55 A;  3HVP A;  2FGV A;  5P10 A;  2IGY A;  2WED A;  4GMI A;  5P71 A;  2HM1 A;  4D83 A;  1K6C A;  2QNQ A;  3S7L A;  5P7H A;  5DR1 A;  4KUP A;  4OBD A;  5OZL A;  5EZX A;  1IZI A;  5AH9 A;  5IVS A;  3BC4 A;  5SXN A;  3AID A;  2AVQ A;  5P3O A;  5P3E A;  1U8G A;  2P3A A;  3INH A;  5P51 A;  5P23 A;  1BIM A;  2ZJL A;  2OHT A;  4M8Y A;  2WL0 A;  2VNN A;  5UPJ A;  5OZT A;  3ZPT A;  2QZX A;  4Y3R A;  4Y5K A;  2HB2 A;  3OOZ A;  2OHK A;  3VEU A;  5P4H A;  3ZKS A;  3LPJ A;  2IQG A;  2A4F A;  3NDT A;  2NXM A;  1HVH A;  1BV9 A;  4BFD A;  2IKO A;  2F3K A;  5P0A A;  4J1I A;  5P3K A;  2RMP A;  3UQX A;  5DPZ A;  2ASI A;  3O9I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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