4EWOA

Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
386
structure length
377
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors carrying prime side 4,5,6,7-tetrahydrobenzazole and 4,5,6,7-tetrahydropyridinoazole templates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ewoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ewoA02
1BILA 5BRYA 2ZJKA 2Q11A 3QRVA 2B8LA 3VG1A 2OHLA 4Y5AA 5JFUA 3PLDA 1DMPA 2HB3A 2QI6A 4X7IA 3SLZA 4ZE6A 2NMYA 4JOOA 1FF0C 5P3BA 5OZAA 4MC2A 5P8UA 4IVTA 5P1ZA 4ER4E 3HAUA 2B7ZA 3R1GB 5OYTA 5P8OA 2QZKA 3OHHA 3VV7A 2HC0A 5DQ1A 5P4YA 5OZ7A 1LYWB 3UDPA 3OU1B 4Y3JA 5P6TA 6FIVA 3PWRA 2G24A 5P0WA 3RVIA 4EJDA 4FL8A 4Y3LA 3EKQA 5I3VA 1HEGE 2OHQA 3GGVA 2QP8A 4B78A 1IZIA 3LZYA 5P1FA 3EL1A 4HDFA 1MSNA 4L1AB 5FIVA 2JYSA 4Y4XA 5P2VA 1T7JA 3OUBA 5P4CA 3EKYA 4ER1E 3TOHA 5P7OA 2HPEA 1BV7A 5P2UA 2AVOA 2VKMA 1A8GA 1B11A 3LZUA 3L5BA 1APUE 5P7YA 2AOHA 4BEKA 1W51A 5P3PA 5P8GA 4DI2A 3L5DA 4ACUA 1MESA 5P10A 5P7CA 3EBZA 5P39A 4Y3RA 5OZDA 2ZHSA 5P3FA 4GJ9A 4EJKA 2JE4A 4MC1A 5E5KA 1MRXA 4QGIA 4EP2A 2AOEA 2QNPA 5P51A 2WEAA 2QI4A 5P3CA 3NDXA 1C6XA 3L5CA 1D4IA 2WL0A 5JG1A 1AAQA 3DK1A 5KQZA 1IZHA 5P00A 2QI5A 2P3BA 1BV9A 1MVPA 5C9FA 3OUCA 3FNTA 3S54A 1RNEA 1XN3A 2PK6A 1AVFA 2P4JA 5P36A 3S45A 5CLMA 5P41A 1LYAA 1LS5A 3ER5E 3QS1A 4OC6A 1E81E 2JJJA 3GGAA 4FSLA 3LHGA 3RTNA 1W6IA 3QI1A 8HVPA 3I7EA 5P66A 5P70A 5P1OA 3QVIA 3URLA 5P3YA 5ENMA 4NJVA 1APWE 4IVSA 3UQWA 5P4LA 4I0DA 3UDNA 5B18A 4GJ8A 3TOGA 2JJIA 5AHBA 2QI3A 4M8XA 1FB7A 5KR1A 5P5DA 5P07A 4B05A 1J71A 3PSUA 1EPPE 1EBZA 5P2GA 3RTHA 1TSQA 2PQZA 3L59A 3VCMA 3SA3A 5P24A 3R0YA 3D3TA 3OTSA 1G6LA 1HVHA 5P4KA 1K6CA 3INEA 1FQ8A 5P5ZA 3K1WA 3OHFA 1K1TA 2RMPA 5P3SA 2AZ8A 3EKPA 3APRE 5P4SA 5P7BA 1WBMA 5P23A 2VIYA 5P7PA 1IZDA 1YT9A 5P6MA 5P74A 4D88A 5P3QA 3VLAA 4F74A 3PSGA 3CKRA 4DJVA 3NLSA 5P35A 1VIKA 5P6IA 3IXOA 5KAOA 3CIBA 5P8NA 3FIVA 5P2NA 1K2CA 4Y3XA 3KA2A 3GI0A 3K5DA 5HCOA 1W5XA 4JECA 4B1EA 1QS8A 2AODA 4EYRA 5IVQA 5P88A 1AM5A 2V16C 5P2ZA 4F73A 1APVE 3QP0A 3LIQA 4YHQA 1BXOA 5P7QA 3NUOA 5P8TA 2VJ6A 2ER6E 1D4YA 4I8WA 4GJ5A 3PMYA 5OYXA 2SAMA 1BDLA 3VF5A 4CPTA 3RSXA 3S56A 3T7QA 3LINA 5P1IA 2PC0A 3ZL7A 1KZKA 2P3CA 5P53A 2G94A 3BUGA 1FQ6A 5OZHA 5P5XA 5P89A 4WTUA 3HZCA 1TZSA 4Y3EA 3OXCA 5P1VA 3EKVA 4DPFA 2ER9E 5IVSA 2F3KA 4Y57A 3T7PA 4OBKA 5KQYA 2V00A 5DR0A 1Z1RA 3KT5A 5P2LA 1ZTZA 3UDQA 3DV5A 1F7AA 4A4QA 1D4JA 5P83A 4GB2A 3IVHA 4PHVA 5P3KA 4OBJA 1YM2A 1FFIC 5P5UA 2FIVA 4B00A 5P6QA 1IDAA 5P5VA 3TPPA 2CENA 4Y4JA 2ER7E 5OZ3A 2IRZA 4EHCA 2IQGA 4GJDA 2ZJHA 5P72A 4Y3YA 2VIJA 2V11C 1HIHA 3PEPA 4A6CA 1XL2A 2OHPA 3O9LA 2QI1A 1TSUA 1N49A 3KFNA 5P6KA 3B80A 2HM1A 2R3WA 3TLHA 5OYRA 1MTBA 4DQFA 3KF0A 4GJAA 2RKFA 5HCTA 5P2YA 3INFA 4J54A 5P6CA 4QJAA 4DQEA 3DCKA 1KJ4A 2J9JA 4Y5EA 1KJGA 1G0VA 5P1KA 3TPRA 5P30A 5P2IA 3VFAA 4Y3PA 5DR3A 2WF3A 2HAHA 4Y38A 5P7SA 2V13A 3LIYA 2G1YA 3NR6A 5P6YA 4RVJA 3L3AA 3O9CA 2QI7A 3OAGB 2Q54A 3KDDA 1D4KA 5I3XA 4YCTA 2F3EA 4Y4ZA 3K5FA 1GVUA 3JW2A 1FEJC 5P87A 3O9BA 1EC2A 3KT2A 5P69A 4RVXA 5P3IA 5P0KA 1FQXA 2G69A 3OU4A 2O4KA 2Q55A 3NDWA 4U7VA 5HE7A 5P7RA 5ENKA 3GI5A 1LF2A 5P5OA 2I4QA 2VA6A 4NJSA 2G1NA 5P11A 4EPJA 3D1YA 2QCIA 4Y53A 1PSOE 1BVEA 1A30A 3OOTA 4I0FA 3EKTA 3TPJA 5P5RA 2B8VA 2ZHUA 3RTMA 1OEXA 5P2BA 5P16A 1W5VA 1ZBGA 4YBFA 1ZPKA 4ZEAA 5P03A 3A2OA 4H3IA 1EPQE 3UDYA 3NYGA 2QHYA 2AZBA 5HE4A 4HDBA 3AIDA 3RSVA 2Q63A 1B6LA 5P82A 2WF0A 5P80A 5P0FA 1FMBA 5P4UA 2HPFA 5P28A 3TH9A 5OYVA 3UCBA 5IVRA 2NTRA 5P7NA 4ZPEA 3PI0A 2PK5A 4DJQA 5P5HA 1IIQA 4YD3A 4QJ9A 5ER1E 5P7DA 3EKXA 1A94A 4E43A 2FMBA 5P26A 3G70A 5P7LA 2VJ7A 4Y48A 5P32A 3GGXA 5UPJA 2ZE1A 4RGHA 4DJUA 1A9MA 5KR8A 1XL5A 2CEJA 5P7WA 5P8KA 1LZQA 4OD9B 4J0ZA 4Y4EA 1FMUA 1Z8CA 3SM2A 4H3FA 3VSWA 2ANLA 4Q1WA 1G35A 5P12A 5DGUA 1MRWA 4J0TA 5P67A 2G27A 4CKUA 5P2EA 4AZYA 5P0UA 2VA5A 3SO9A 3URIA 3NXEA 4D89A 4LXKA 3S43B 3PWWA 5ER2E 3DOXA 1PSNA 5P4EA 1NPAA 1LEEA 2G1SA 5P63A 5C9DA 1EC3A 5P65A 5P7AA 3CKPA 3AUPA 4YE3A 5P59A 2BPWA 5P0YA 1XS7D 4S1GA 4ER2E 4OBZA 5ISKA 4U7QA 2XFJA 5P4OA 4APRE 3OGPA 1KJFA 4DH6A 5P3VA 4MC6A 3I6OA 1AJVA 5P3LA 3SFCA 3ZPUA 4A6BA 3S53A 2JXRA 1T6EX 1IVPA 1M4HA 4TRYA 4DV9A 4HDPA 1HVJA 5OYWA 2FDDA 3Q3TA 3BVBA 3KN0A 3SAAA 3ST5A 3ZKMA 1ER8E 2WEDA 1B6MA 3SACA 5P1SA 1B5FB 3NU5A 3LIZA 3INHA 2FGVA 3VFBA 1HIVA 4Y3FA 5HD0A 3GI6A 5P04A 5P1RA 1EBKC 2UPJA 5P1AA 3PCWA 5P15A 5KOSA 5P0OA 4CPWA 1SDVA 5OZ6A 4Y5MA 1QRPE 4B72A 2IEOA 4RCDA 3KM4A 3NU6A 1MIQA 3S2OA 4AA8A 4BELA 5P45A 1ZPAA 1EPRE 4KE0A 1HTEA 5C9BA 3APPA 2IKOA 3HDKA 2RENA 3ZKIA 3QBFA 4F76A 3Q4BA 2ZHRA 3IAWA 5P3TA 3OY4A 4DQCA 5HDXA 1EPLE 1SMEA 5P0LA 5P13A 2VIZA 1HRNA 7UPJA 1TCXA 2HS1A 5OZLA 4LXMA 5P0AA 1SBGA 2OHUA 5P22A 1FQ4A 5OZ5A 4TVGA 3OU3A 5I3YA 5P20A 5HVPA 1FGCC 5P1UA 3IXJA 2AVVA 5DR8A 3TKGA 3BXSA 5DQ4A 4WY6A 3L5EA 3NWXA 4Z50A 2IGYA 1EPME 3PCZA 3LNKA 4ZSMA 1W6HA 1EBWA 4FM8A 5P1JA 3O9HA 4BFDA 3C9XA 4Y37A 2WEZA 3QN8A 4EQJA 3GGUA 4R8YA 2QZWA 1BDQA 5AH8A 1NPVA 2QU3A 3CKTA 4PZXA 4L7GA 3PLLA 5P71A 4NKKA 5P6DA 5P2OA 5P1CA 5OZCA 5J25A 4WY1A 3UTLA 4AMTA 4U8WA 4Y51A 5P1DA 1QBRA 1LYWA 5P52A 2OF0A 3OU1A 4Y3MA 5P7ZA 1YM4A 5P6OA 4PYVA 5P50A 2IL2A 1GKTA 3NU3A 5P5IA 2FNSA 4RCEA 1SH9A 4K4RA 4XKXA 5P5FA 4J0YA 1OD1A 5P3WA 3R4BA 4L1AA 5P2JA 5HU1A 5P0EA 2ASIA 1BDRA 3TPLA 3LPKA 3N3IA 3U7SA 1NH0A 3UDHA 3VV8A 2AOJA 1APTE 4EJLA 2UXZA 3QBHA 2F80A 3DCRA 5P49A 4B1DA 3HVPA 5OYZA 4ZSRA 3OADB 2G1RA 4Y36A 2FXDA 1UH8A 4J0PA 1BXQA 2WEBA 5P2AA 5P0IA 1D4SA 2VNNA 5OZRA 3KFPA 2OHMA 5P4WA 2F3FA 3KDBA 3LIVA 3HBOA 2BPZA 3OWNA 3CICA 3SA8A 5P37A 2I4DA 5P57A 2G20A 3QVCA 3VV6A 5P4JA 4I0JA 5P5WA 5P34A 3K4VC 1MT7A 3PVKA 1DAZC 1M43A 2FS4A 2R5QA 2HB4A 2R43A 3BUHA 4Q1XA 5DQ5A 1PPKE 4LL3A 1EC1A 1NPWA 5P6SA 5P47A 2NXLA 4CPXA 5OZKA 1KJHA 5P3HA 3URJA 2WKZA 3LPJA 2IENA 4Y56A 5IE1A 3OQDA 5P0SA 4JP9A 3ZKGA 5P3DA 3DUYA 3VYEA 1MERA 5SXNA 1ZSRA 5OZZA 3L58A 5P3ZA 4MC9A 5OZBA 5P4IA 2J9JB 5AHAA 3IN3A 4Y9WA 4EWOA 3OK9A 4Y39A 4DQHA 3MSKA 3DV1A 5P7EA 4YD5A 1DP5A 3RU1A 3SKGA 1FQ5A 3KFRA 4J1KA 4Y5GA 4YOBA 5P2CA 4Y3AA 4FGXA 2H6SA 1FKNA 4R91A 3D1ZA 5P8IA 2VJ9A 4EXHA 1HPXA 3ZOVA 4Y41A 5OZ1A 5P6AA 5P76A 4Y54A 2Q3KA 1IDBA 5P78A 4GMIA 2OHNA 2Q64A 3IA9A 2FXEA 5P4FA 4FRSA 5P46A 1EAGA 4I12A 1SIPA 4YBIA 3EM6A 1EPNE 4Y3WA 2FDPA 3JVWA 4ZPGA 2J9KA 1MSMA 2CEMA 4OBFA 3S7LA 3T11A 1UPJA 4QLHA 1OHRA 3PI5A 4RRNA 3UQXA 5P4NA 1CMSA 5OYUA 3FKTA 5P6LA 3ZKNA 5P1YA 2QMPA 3Q6YA 2IS0A 2ZDZA 3ZKXA 2V0ZC 5P5KA 4H1EA 4R95A 4ZSPA 4HVPA 5T4SA 3OQ7A 5P1MA 2APRA 5P6BA 1FIVA 5P5TA 3SQFA 4J55A 1GNOA 3PM4A 5P54A 4DFGA 5JODA 5F01A 5E5JA 1ODXA 5HU0A 4FM6A 5P5SA 4FE6A 3LPIA 4YDGA 3NDTA 4JPEA 1UH9A 1XDHA 4EQ0A 4FS4A 5P8SA 5P0PA 1U8GA 4BFBA 5P4ZA 1D4HA 4L7HA 5KQFA 1AXAA 1LYBB 4Z2ZA 1K6VA 5APRE 4FAFA 5P56A 1D4LA 3CMSA 3OQKA 5HDVA 5P0TA 4R92A 2AVMA 3OUDB 3K5CA 5DR4A 5OZXA 4DJPA 1KJ7A 1CPIA 4J1EA 4FLGA 2ZHTA 3EL4A 4RVIA 5P42A 5SY2A 1HPVA 1ZP8A 2HB2A 5P48A 4I1CA 1LF4A 2QD6A 1ZJ7A 1VIJA 1HTRB 3NDUA 5P5AA 1GVTA 3OQFA 2NMZA 5ISJA 1QDMA 4GZFA 5P7HA 5P33A 3TOFA 2QNQA 1MT8A 2WHHA 3I25A 5P2DA 5EZZA 1YTJA 1ZAPA 5P64A 3SA5A 5P2TA 5P0JA 2QD7A 1C6ZA 3I2LA 3VYDA 3WB4A 3EM3A 4K9HA 5P5CA 5DR1A 1NSOA 3LIXA 3BUFA 2QHCA 1PPME 3LZSA 4OBGA 5P05A 2R8NA 3MWSA 5HDZA 2VNMA 3F9QA 4I11A 4YOAA 4RYGA 5P8CA 1XE6A 2QHZA 4Q1YA 5P86A 2B42A 5P7XA 1HVSA 1GNMA 4Y47A 2AVQA 4YCYA 5P62A 4Y3DA 4RROA 1WBKA 3K5GA 4D85A 4R93A 1FLHA 1YTHA 2PSVA 2PWRA 3LITA 1PROA 5P2WA 4PZWA 1IZEA 1WKRA 3WZ8A 2PH6A 3PWMA 5OZYA 4Y5BA 4Y58A 4Y4AA 3UDJA 2OAHA 2I4VA 3HLOA 4DQBA 3OQAA 1META 1K6PA 3PRSA 1TCWA 3OOZA 5HDUA 4HLAA 5P8EA 3GW5A 4HE9A 3UDRA 4RRSA 1Z1HA 3EC0A 5P6JA 5IVTA 5I3WA 3ZPSA 5P85A 1HXWA 4GJ6A 4XX3A 3O99A 2I1AA 4F75A 1LV1A 3MSJA 5P6PA 1UH7A 3OAGA 3BGCA 5P6NA 4DVFA 1AJXA 4YDFA 5P06A 1T3RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIL A;  5BRY A;  2ZJK A;  2Q11 A;  3QRV A;  2B8L A;  3VG1 A;  2OHL A;  4Y5A A;  5JFU A;  3PLD A;  1DMP A;  2HB3 A;  2QI6 A;  4X7I A;  3SLZ A;  4ZE6 A;  2NMY A;  4JOO A;  1FF0 C;  5P3B A;  5OZA A;  4MC2 A;  5P8U A;  4IVT A;  5P1Z A;  4ER4 E;  3HAU A;  2B7Z A;  3R1G B;  5OYT A;  5P8O A;  2QZK A;  3OHH A;  3VV7 A;  2HC0 A;  5DQ1 A;  5P4Y A;  5OZ7 A;  1LYW B;  3UDP A;  3OU1 B;  4Y3J A;  5P6T A;  6FIV A;  3PWR A;  2G24 A;  5P0W A;  3RVI A;  4EJD A;  4FL8 A;  4Y3L A;  3EKQ A;  5I3V A;  1HEG E;  2OHQ A;  3GGV A;  2QP8 A;  4B78 A;  1IZI A;  3LZY A;  5P1F A;  3EL1 A;  4HDF A;  1MSN A;  4L1A B;  5FIV A;  2JYS A;  4Y4X A;  5P2V A;  1T7J A;  3OUB A;  5P4C A;  3EKY A;  4ER1 E;  3TOH A;  5P7O A;  2HPE A;  1BV7 A;  5P2U A;  2AVO A;  2VKM A;  1A8G A;  1B11 A;  3LZU A;  3L5B A;  1APU E;  5P7Y A;  2AOH A;  4BEK A;  1W51 A;  5P3P A;  5P8G A;  4DI2 A;  3L5D A;  4ACU A;  1MES A;  5P10 A;  5P7C A;  3EBZ A;  5P39 A;  4Y3R A;  5OZD A;  2ZHS A;  5P3F A;  4GJ9 A;  4EJK A;  2JE4 A;  4MC1 A;  5E5K A;  1MRX A;  4QGI A; 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 1PSO E;  1BVE A;  1A30 A;  3OOT A;  4I0F A;  3EKT A;  3TPJ A;  5P5R A;  2B8V A;  2ZHU A;  3RTM A;  1OEX A;  5P2B A;  5P16 A;  1W5V A;  1ZBG A;  4YBF A;  1ZPK A;  4ZEA A;  5P03 A;  3A2O A;  4H3I A;  1EPQ E;  3UDY A;  3NYG A;  2QHY A;  2AZB A;  5HE4 A;  4HDB A;  3AID A;  3RSV A;  2Q63 A;  1B6L A;  5P82 A;  2WF0 A;  5P80 A;  5P0F A;  1FMB A;  5P4U A;  2HPF A;  5P28 A;  3TH9 A;  5OYV A;  3UCB A;  5IVR A;  2NTR A;  5P7N A;  4ZPE A;  3PI0 A;  2PK5 A;  4DJQ A;  5P5H A;  1IIQ A;  4YD3 A;  4QJ9 A;  5ER1 E;  5P7D A;  3EKX A;  1A94 A;  4E43 A;  2FMB A;  5P26 A;  3G70 A;  5P7L A;  2VJ7 A;  4Y48 A;  5P32 A;  3GGX A;  5UPJ A;  2ZE1 A;  4RGH A;  4DJU A;  1A9M A;  5KR8 A;  1XL5 A;  2CEJ A;  5P7W A;  5P8K A;  1LZQ A;  4OD9 B;  4J0Z A;  4Y4E A;  1FMU A;  1Z8C A;  3SM2 A;  4H3F A;  3VSW A;  2ANL A;  4Q1W A;  1G35 A;  5P12 A;  5DGU A;  1MRW A;  4J0T A;  5P67 A;  2G27 A;  4CKU A;  5P2E A;  4AZY A;  5P0U A;  2VA5 A;  3SO9 A;  3URI A;  3NXE A;  4D89 A;  4LXK A;  3S43 B;  3PWW A;  5ER2 E;  3DOX A;  1PSN A;  5P4E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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