4EXGA

Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
386
structure length
377
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors carrying prime side 4,5,6,7-tetrahydrobenzazole and 4,5,6,7-tetrahydropyridinoazole templates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA02
2I4UA 3N3IA 3QROA 2QI5A 4I0EA 3L5BA 4Z22A 4GJ5A 2HIZA 1RQ9A 4OBHA 3LITA 5ISKA 2ER0E 1EEDP 9HVPA 4GYEA 5P31A 3LPJA 1K1UA 1HXWA 3KFPA 3VLAA 3BXSA 2PK5A 5P76A 1FGCC 4F73A 2Q11A 5OZBA 3VV8A 5P6CA 3TOGA 3IAWA 3MSKA 5AHCA 5P24A 3TL9A 2PC0A 3UDRA 2P83A 4ZSRA 3T6IA 3EKXA 2AOHA 5P1AA 2G21A 6FIVA 5P4MA 4ZIPA 4H1EA 3UDKA 1QBUA 3KMXA 3GI4A 3U6AA 1GNMA 5OZSA 4NPTA 1GVVA 2RENA 1FEJC 2VNNA 4Y5GA 4YCKA 3TPPA 3DV1A 5P1WA 1BVEA 4FSLA 4Y3GA 1HPSA 3DOXA 5P27A 4OBGA 5P5LA 4D85A 3IN4A 3UFNA 1K6VA 5P8SA 1BDLA 2I4QA 1ZLFA 1EBWA 5DR3A 2B42A 2BPXA 3R0WA 5P4LA 5P3RA 3NDTA 3WZ8A 4EYRA 1T7KA 2RSPA 2V00A 4GJDA 5P3QA 3WB4A 2ZHSA 3S85A 5P7NA 4FM6A 2WF0A 5P1EA 4Y54A 5P3YA 2QHZA 3DK1A 3VYDA 5P08A 2PH6A 1ODYA 5P4WA 5P5HA 4Y6MA 4YDFA 4QJAA 3TPRA 4Y5EA 1KJHA 5P74A 2HAHA 5P8KA 5P1FA 3ZKGA 8HVPA 5P46A 4GJ9A 3KM4A 5P13A 5P0CA 5P6WA 3O9LA 4TRWA 4B72A 5P5ZA 4TRZA 1W5VA 2AOCA 4CPRA 2ASIA 3QN8A 4GJAA 5P7RA 4CP7A 3D1XA 3PBZA 4DJUA 3Q5HA 3ZLQA 2WF2A 5P86A 1FF0C 3UDHA 3EKVA 1META 2ZJNA 1LV1A 2R3WA 5P5UA 1UPJA 2O4KA 5P65A 1QS8A 4N00A 5P5RA 5P57A 4HDFA 4ER1E 5P6TA 3OU3A 1FMBA 3OADA 4PPHA 5P3AA 1E80E 4FCOA 4ZEAA 4DJPA 1F34A 4Q1YA 5P4GA 4I11A 5P2FA 5P0DA 1A9MA 1FFFC 4NJUA 4FRKA 5P26A 1HVCA 2FDEA 5P0JA 3ER5E 5P50A 5P1VA 3HAUA 1EBKC 5P5EA 3NU9A 3M9FA 2AZ9A 2UPJA 4OC6B 3EKQA 1TSQA 5P2AA 5P79A 7HVPA 3PSGA 1BV9A 3K5GA 3OQKA 4Y5NA 3QI1A 1F7AA 3GGAA 4FAFA 4NJSA 1AJVA 4RRNA 5OZRA 3D91A 1FMXA 5IS4A 1FKNA 3MWSA 4WY6A 4TVHA 5P47A 4BELA 4CPWA 2ZGAA 5P1UA 2AVVA 4Y3HA 5P80A 3OWNA 2I4DA 1HOSA 3NU3A 5BWYA 2PQZA 5P2JA 3WSJA 2OHQA 4I10A 2J9JA 2F80A 2EWYA 4J54A 3TOHA 5OZYA 5KR8A 4ZPEA 1IZHA 5P39A 4FIVA 5OZ9A 3TTPA 3G72A 5BRYA 1NH0A 2ZHRA 1ZPAA 3PEPA 5P7EA 5OZCA 1KJFA 4YE3A 1LZQA 2I0DA 2BKTA 1HTFA 1SDTA 1BDRA 5P87A 1C6XA 4LBTA 2F81A 3H5BA 1BBSA 1HVLA 4JOOA 3RSVA 2HM1A 2FDDA 5E5KA 2A1EA 3CMSA 4FM7A 1GNNA 4B0QA 1PSAA 2FNTA 5P8JA 5OZHA 5P1YA 2WEAA 4H3FA 5P5QA 1GKTA 5P70A 1XL5A 5P8QA 1EC2A 3CKRA 5P63A 5HU1A 2QU3A 1BVGA 4OD9B 1HSGA 5P2WA 3OUDA 3DCKA 2AZ8A 1B5FA 3FV3A 5P6LA 5OZMA 5P29A 4DPFA 4NPUA 5P8MA 1N49A 3UDPA 5OZQA 5OZVA 3O99A 2AIDA 4Y3FA 6APRE 4Y4ZA 5P3JA 2WEBA 5P2HA 3QPJA 5P7ZA 2ZYEA 1D4LA 3R2FA 2F3EA 2Q54A 3SO9A 3MXDA 2HB3A 2B8VA 4DJVA 4Y3NA 5P7KA 3FKTA 3PLLA 4QJ7A 3OU4A 3KDDA 5P7XA 5P1JA 2O4SA 3GGXA 2R3TA 1A94A 3K5DA 5P7QA 4DJQA 1OEXA 3NUOA 3UDYA 4BEKA 4GMIA 4WTUA 2J9KA 5P73A 5P5DA 4ZLSA 7UPJA 5F01A 1BWBA 1IVPA 1NPVA 4Y57A 1T6GA 2AVOA 2UY0A 5P6YA 4DPIA 4XX4A 2OHUA 3O9DA 1HVJA 4Y37A 3TLHA 3PSYA 5P0YA 1AVFA 5OZNA 2QP8A 3TPLA 3ZPSA 5P5OA 2XYFA 4Y5BA 4FLGA 3KFNA 3BVAA 5P17A 3NUJA 5OZJA 5P6BA 3DUYA 5P28A 4Y36A 5P69A 4Y3QA 2CENA 1KJ7A 2WKZA 4Y4AA 5P0VA 2R38A 5JODA 1APTE 5KR0A 3APPA 3ZKIA 5P5AA 2V13A 2ZDZA 5P7SA 4H3JA 1TCWA 1EAGA 1HVIA 5P71A 1T7JA 3S7LA 4DQEA 4CPTA 2Q55A 2VIYA 4Y4TA 4B00A 4YOAA 1BDQA 4DJOA 2NNPA 5OZXA 5P1KA 5ER1E 3SA5A 5C9DA 5P7UA 1XN2A 5P02A 4HEGA 4Y3LA 1TQFA 1MTRA 3NR6A 5P5KA 5P78A 4EWOA 4Y4BA 3F9QA 1HWRA 3D1YA 5AGZA 1LF3A 5P37A 2WECA 5SZ9A 5HDXA 3UFLA 4R8YA 3SM1A 2IS0A 1PPME 4Z2ZA 2FS4A 2BBBA 3BGCA 3EL0A 3RVIA 4YDGA 4K9HA 2BQVA 5P6XA 4EHCA 1RL8A 3EBZA 1EPLE 1MSMA 4QLHA 4DQGA 5P8TA 4BFBA 5OYWA 1EC3A 2G1OA 2ZHUA 3QRMA 5P5TA 2FNSA 4CMSA 2F8GA 3HBOA 3B7VA 5KR2A 1IZIA 2G1SA 5T4SA 5P6EA 2O4PA 4RCFA 1OHRA 3DM6A 5P4FA 1M0BA 1MRWA 5P58A 2G1YA 5DR7A 3NU5A 5P4QA 3O9FA 3UDQA 4ZPFA 3INDA 5P3CA 3SABA 4Y3ZA 1HIIA 3IVIA 4EJ8A 5IE1A 2P3BA 1TCXA 3IXOA 3JVWA 3EKTA 5P36A 4Y3XA 1HSIA 5P8RA 2APRA 3S53A 3T7QA 5P15A 3BUFA 5P7AA 3OXCA 2P3CA 1W5XA 5P0TA 5P3EA 2HPFA 5P14A 4L1AA 2V16C 3NXNA 5P7VA 3QVCA 4Y39A 4FAEA 2ZHVA 2F3KA 4QJ2A 5HU0A 3OAGB 2PYMA 5DR4A 4QJ6A 3QRSA 2AOIA 5DQCA 5OZGA 3ER3E 3OADB 4KB9A 2QCIA 4Y4UA 4Y43A 3OUAA 1PPKE 3RSXA 3OU1A 2MIPA 2PH8A 2ER9E 5P2TA 5P56A 1LYWA 1CZIE 4DQFA 1RNEA 5ER2E 3LZSA 5P5FA 4ZSPA 3PWRA 3TOFA 1IDAA 4BFDA 5JFUA 5P0GA 5OZ1A 5COOA 3UTLA 5P4SA 4M8XA 5P3MA 1SIVA 5P7GA 5IVRA 2BB9A 2XYEA 1MESA 3PWWA 5P2ZA 3BUHA 2BPYA 3IGBA 1PSNA 5KOSA 3TKGA 2QHCA 1K6PA 5DQ5A 2BKSA 3URLA 5P5CA 5P7HA 5OZ6A 3PMYA 4Q1WA 3OQAA 5F00A 4Y3TA 4HA5A 4ZPGA 4DJXA 5UPJA 3KDCA 3FIVA 5P52A 3T7XA 2P4JA 3K4VC 5P1XA 4CPUA 2J9JB 5I3WA 3VCMA 2NPHA 1MERA 1DW6C 5OZ2A 1G6LA 1XE6A 5P2NA 5DQ1A 4J0VA 2FLEA 2OHKA 2IKOA 3QRVA 3R0YA 1QDMA 5P8PA 4Y3AA 3SA6A 3CICA 3UDMA 2HS1A 3OUBA 4Y5CA 1C70A 5P0KA 3VV7A 4IVSA 1AM5A 3GI5A 3ZKXA 4TRYA 3KF0A 5P2BA 4J1EA 5P6DA 5P0ZA 3EXOA 5P0BA 1Z8CA 3APRE 5OYQA 4FRJA 2ER7E 1BV7A 4GZFA 4FS4A 5OZUA 3ZOVA 5I3YA 1MVPA 1XN3A 2QMDA 4Y9WA 4L7HA 1HTGA 4HE9A 4RLDA 5P7FA 1MTBA 3OUDB 1YM2A 4J1KA 3NDXA 1B5FB 5P6GA 2V10C 3GI0A 4FE6A 5P0XA 2FIVA 2AVMA 3H0BA 1MT8A 5P0FA 5OYZA 5P1NA 1PPLE 3EL4A 2ER6E 3I7EA 3JW2A 2R5PA 3LZYA 5P41A 1QBTA 2VNMA 3EC0A 1EBYA 1E82E 3O9GA 3NU4A 4OBZA 4Y4EA 4NJTA 4YOBA 4Y35A 5P4ZA 3NWXA 1M4HA 2P3DA 4Y4DA 5OYUA 3EL1A 4I0JA 3OU4B 3SA7A 5P2DA 2IQGA 2V0ZC 4DJWA 4I1CA 1K1TA 5P0OA 1UH7A 3LNKA 5P38A 3ECGA 4RVJA 3ZL7A 3SM2A 3LIZA 1YG9A 3VG1A 1QBSA 1XL2A 1YTJA 5OZ3A 3HD8A 1DPJA 5P85A 3UHLA 2VIZA 1HVHA 1MUIA 4J17A 1TW7A 1EPQE 2XFJA 4YBIA 5COPA 3KMYA 3K5FA 5HD0A 5P0UA 1K6TA 2IEOA 4FRIA 3ST5A 5P0LA 3L5DA 4Q1NA 4HDBA 5P06A 2AVQA 3OUCA 4EP2A 3K5CA 5P1TA 1SMEA 2I1AA 3O9AA 2QZLA 2HPEA 5SY2A 5J25A 2IRZA 1HTEA 2VA5A 5OZ4A 5AH8A 4HVPA 3GI6A 1KJGA 1UH8A 4ZE6A 1U8GA 3SKFA 5KQYA 3OHFA 5CONA 1HBVA 5P2IA 1D4YA 5P4BA 3JVYA 3AUPA 1SP5A 3LIXA 3MXEA 5P4IA 3O9HA 3KA2A 5P1MA 2PYNA 2AOJA 1B6PA 1D4KA 5AHBA 2OAHA 4E43A 4AA9A 2VJ6A 4DJRA 5P8IA 2NXLA 5P49A 5P89A 5P0WA 3SA3A 5P8BA 5P20A 2AQUA 5P2XA 5P54A 3BRAA 3K4VA 5ENMA 4PZWA 3GW5A 5I3VA 2NMYA 2QI3A 4MC6A 1YTHA 1BILA 2IGXA 5P09A 5IVSA 4FM8A 4RVXA 3PGIA 3S54A 1D4IA 4OBKA 3OQDA 1MPPA 5P16A 3SLZA 5P1IA 4PEPA 1B6KA 5P3TA 2QD7A 2A4FA 4B78A 2BPZA 2PMAA 3SAAA 3RTNA 2QAKA 4FSEA 2OHSA 4S1GA 4F76A 5COKA 4RZ1A 2WJOA 2OF0A 3CKTA 4CPQA 5P3UA 5OZWA 1FQ4A 2BPVA 5P1QA 3EMYA 4Y38A 4Y4GA 5DQ2A 5P1DA 1BAIA 5AH6A 2G69A 3NDUA 4XX3A 5ISJA 3Q4BA 1HPXA 5P2SA 5HCOA 5P12A 1A30A 2QNQA 5C9BA 5P4PA 5CLMA 5P3LA 4I0DA 3UPJA 5P8EA 2QNPA 5P3BA 3TKWA 4I0FA 4A4QA 5AHAA 4GJBA 3T7PA 2B7FA 4AUCA 3UQRA 3OY4A 4D83A 1B6JA 5P0IA 4YD3A 4Y3PA 1B11A 1HTRB 3ZKSA 1MEUA 1T7IA 5P6KA 4AZYA 2ZE1A 5P4UA 3EL9A 4Y5KA 5P4TA 5OYSA 1IIQA 1HSHA 5EZXA 4KE1A 5P40A 4Y51A 4PYVA 5P6VA 5OZDA 1E81E 4U7VA 5P66A 5P4DA 5P1RA 3CIDA 2BPWA 4H3IA 5P3OA 2I0AA 4Y5MA 2P8HA 3OQ7A 4JPCA 3OU1B 5P68A 5P48A 3LIQA 3EM3A 3WZ6A 4F74A 2QHYA 2H6TA 3VF5A 1ZJ7A 5P0SA 1QRPE 4Y3DA 4CKUA 1EBZA 1B6LA 1FFIC 3NXEA 4Y58A 3T11A 5P35A 4A6CA 4OC6A 2HS2A 1LYAA 1XDHA 1YTGA 3L5CA 3Q3TA 2IDWA 1SH9A 2G1NA 4EQ0A 4APRE 5FIVA 4EPJA 3ZMGA 5P5MA 5P3SA 2R9BA 3SKGA 2OHTA 2G20A 2G27A 4R95A 4B1EA 5P7CA 1AIDA 4FGXA 4QJ9A 5P8VA 5P5JA 5P1OA 4HLAA 3EL5A 3HAWA 3O9IA 1C6YA 3KT5A 4RVIA 3L3AA 3VYFA 5P8DA 3L58A 5HDZA 2Z54A 2I4WA 1FQ6A 3UQPA 3S45A 3UF3A 5P75A 3VUCA 4Y50A 1DIFA 4YD4A 5KOQA 5P6IA 4APEA 2Q63A 3CYXA 4I0GA 1ZPKA 5P45A 5IVQA 2VS2A 4LXKA 2IGYA 1C6ZA 5P88A 2ZJLA 3Q70A 2QZXA 1LS5A 5P7DA 4Q5MA 3S56A 3D20A 2OHNA 1IZDA 3OQFA 1BWAA 1XE5A 5P8CA 1LF4A 2Q64A 5OZIA 1FG6C 3IXKA 3NLSA 5P2YA 5BS4A 5P60A 2OHRA 3SPKA 2FXEA 1LF2A 3TH9A 3EKWA 4UPJA 5OYYA 5P18A 3VF3A 3PRSA 5APRE 5JG1A 1APUE 3T3CA 1WKRA 3I25A 1YTIA 5P3NA 5P5GA 5P6JA 3CKPA 3D1ZA 5P59A 5P7OA 2JXRA 3SQFA 1W5WA 3OHHA 2XFKA 5P8NA 5P0QA 3OTSA 3NU6A 2XFIA 5P3IA 3BUGA 4Y5LA 2I4VA 5P6RA 5AH9A 3LZUA 3PWMA 3O9LB 5P0NA 5P81A 4Y3RA 5P8LA 5P3HA 5IVTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4U A;  3N3I A;  3QRO A;  2QI5 A;  4I0E A;  3L5B A;  4Z22 A;  4GJ5 A;  2HIZ A;  1RQ9 A;  4OBH A;  3LIT A;  5ISK A;  2ER0 E;  1EED P;  9HVP A;  4GYE A;  5P31 A;  3LPJ A;  1K1U A;  1HXW A;  3KFP A;  3VLA A;  3BXS A;  2PK5 A;  5P76 A;  1FGC C;  4F73 A;  2Q11 A;  5OZB A;  3VV8 A;  5P6C A;  3TOG A;  3IAW A;  3MSK A;  5AHC A;  5P24 A;  3TL9 A;  2PC0 A;  3UDR A;  2P83 A;  4ZSR A;  3T6I A;  3EKX A;  2AOH A;  5P1A A;  2G21 A;  6FIV A;  5P4M A;  4ZIP A;  4H1E A;  3UDK A;  1QBU A;  3KMX A;  3GI4 A;  3U6A A;  1GNM A;  5OZS A;  4NPT A;  1GVV A;  2REN A;  1FEJ C;  2VNN A;  4Y5G A;  4YCK A;  3TPP A;  3DV1 A;  5P1W A;  1BVE A;  4FSL A;  4Y3G A;  1HPS A;  3DOX A;  5P27 A;  4OBG A;  5P5L A;  4D85 A;  3IN4 A;  3UFN A;  1K6V A;  5P8S A;  1BDL A;  2I4Q A;  1ZLF A;  1EBW A;  5DR3 A;  2B42 A;  2BPX A;  3R0W A;  5P4L A;  5P3R A;  3NDT A;  3WZ8 A;  4EYR A;  1T7K A;  2RSP A;  2V00 A;  4GJD A;  5P3Q A;  3WB4 A;  2ZHS A;  3S85 A;  5P7N A;  4FM6 A;  2WF0 A;  5P1E A;  4Y54 A;  5P3Y A;  2QHZ A;  3DK1 A;  3VYD A;  5P08 A;  2PH6 A;  1ODY A;  5P4W A;  5P5H A;  4Y6M A;  4YDF A;  4QJA A;  3TPR A;  4Y5E A;  1KJH A;  5P74 A;  2HAH A;  5P8K A;  5P1F A;  3ZKG A;  8HVP A;  5P46 A;  4GJ9 A;  3KM4 A;  5P13 A;  5P0C A;  5P6W A;  3O9L A;  4TRW A;  4B72 A;  5P5Z A;  4TRZ A;  1W5V A;  2AOC A;  4CPR A;  2ASI A;  3QN8 A;  4GJA A;  5P7R A;  4CP7 A;  3D1X A;  3PBZ A;  4DJU A;  3Q5H A;  3ZLQ A;  2WF2 A;  5P86 A;  1FF0 C;  3UDH A;  3EKV A;  1MET A;  2ZJN A;  1LV1 A;  2R3W A;  5P5U A;  1UPJ A;  2O4K A;  5P65 A;  1QS8 A;  4N00 A;  5P5R A;  5P57 A;  4HDF A;  4ER1 E;  5P6T A;  3OU3 A;  1FMB A;  3OAD A;  4PPH A;  5P3A A;  1E80 E;  4FCO A;  4ZEA A;  4DJP A;  1F34 A;  4Q1Y A;  5P4G A;  4I11 A;  5P2F A;  5P0D A;  1A9M A;  1FFF C;  4NJU A;  4FRK A;  5P26 A;  1HVC A;  2FDE A;  5P0J A;  3ER5 E;  5P50 A;  5P1V A;  3HAU A;  1EBK C;  5P5E A;  3NU9 A;  3M9F A;  2AZ9 A;  2UPJ A;  4OC6 B;  3EKQ A;  1TSQ A;  5P2A A;  5P79 A;  7HVP A;  3PSG A;  1BV9 A;  3K5G A;  3OQK A;  4Y5N A;  3QI1 A;  1F7A A;  3GGA A;  4FAF A;  4NJS A;  1AJV A;  4RRN A;  5OZR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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