4XJAA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 5-acetamido-2,3-difluoro-3-hydroxy-6-[1,2,3-trihydroxypropyl]oxane-2-carboxylic acid
Total Genus 196
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
196
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title `The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae tigr4
total genus 196
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xjaA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xjaA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xjaA02
3A71A 2ENRA 2A5ZA 4XDQA 1INHA 1WW6A 5T52A 4B7JA 2ERFA 4K1ZA 4GZWA 2ZGQA 3MW2A 3NSSA 1WW4A 4MJVA 4FPCA 1MS1A 2GALA 5GLVA 4YM2A 3KQRA 4YZ5A 3SITA 1BZWA 5CB7A 3O9JA 3SILA 6NN9A 2AUYA 2DVGA 3WDWA 1SLBA 3OJBA 4ATEA 4PQ9A 2ZZJA 1A8DA 5IK4A 4YZ3A 3OY8A 4CRQA 4U2AA 3WDTA 1EUTA 2BZDA 4R9CA 1WW7A 2YY1A 4CTEA 3I4IA 3JU9A 3FLRA 1LOBA 1W20A 3TIBA 1VLNA 1GSLA 4R9BA 2PHUA 3V65A 1EUSA 4GZTA 1A4QA 2HTQA 2QWCA 2ZA9A 2ES3A 2WSUA 5DZGA 1NN2A 4HZYA 4DQAA 1ULGA 2DU1A 3W59A 4WA5A 2ZMNA 2CL2A 1QDOA 5JMCA 3A0KA 2VUAA 2TEPA 1ULEA 4WVVA 2ARBA 3SANA 5E89A 4H53A 1V6IA 3M3QA 1W6NB 2XG3A 1OQ1A 3IMNA 5JLVA 3VKLA 1INVA 3KM5A 1INGA 2XB6C 4C1WA 1NNCA 2ZACA 3BEQA 3IN9A 2VH9A 1DQ2A 1FATA 1SCSA 1KJRA 4BM8A 4YW1A 3MW4A 2I2SA 3WG3A 3RMXA 1KDKA 1SBDA 2B8HA 4YFZA 3AJZA 4Y20B 2E7QA 1UKGA 1C1FA 2NMOA 1H9WA 3JU4A 2ZGLA 2P37A 1Z0HA 4M3CF 3VKMA 2DWRA 2W20A 1INFA 4XILA 1GZCA 4QN7A 4XHBA 3ZXEA 2OUHA 4FVKA 3HMYA 2ZGRA 1MZ6A 3OBTA 2VK5A 1VAVA 1HLCA 1Q8QA 1E8UA 1NMBN 4AWDA 4XE9A 4FPFA 1Z78A 4XJUA 2HYKA 1MS3A 3APBA 1O4YA 2V5YA 3AP5A 2VK6A 1J1TA 1LJ7A 5KXBA 4LBQD 2C5DA 3ZPYA 4XJRA 1IKPA 1V6MA 3N7LA 1DQ5A 1AX1A 3AX4A 2VU9A 3FFZA 2QWGA 2DTWA 3O5SA 2W08A 3NWKA 2YDPA 1DGLA 4FP2A 3PMEA 4XTPA 1I1EA 5F5QA 1GNZA 1XQNA 1XOEA 2XZJA 2WNEA 3N35A 1LOEA 4BMBA 2BERA 2GDFA 4ZKTB 4H55A 4K21A 4Y22A 4NCSA 2OUJA 4XJAA 3A4UA 3M2MA 2XZKA 3L2YA 3M3CA 3WZ1A 5T55A 3ZXLA 1AJKA 2CWSA 1JYCA 1CR7A 4CZSA 4CPZA 3FUOA 4LBJA 2ZHKA 3IPVA 3OPZA 1NCBN 4Q6KA 1RINA 5GZGA 2NN8A 3SISA 2VXRA 1V6KA 1BJQA 4ISRA 1QOSA 2C9AA 2HTVA 3V0AB 1DYKA 2EXIA 3RG0A 1LEMA 1SLCA 1IVCA 1KITA 1A4GA 4GJTA 1LGNA 4XJZA 3M3EA 2HTYA 2DTYA 3H0OA 2DUOA 2ZGKA 2QWEA 2F29A 3LSEA 4FOWA 4QN4A 2WKKA 1LOAA 4ASMB 1USXA 4UW6A 1Q8SA 1F5FA 2UU8A 1L7GA 1ULDA 5HCAA 1JW6A 1LODA 1CQ9A 3WUDA 3UJQA 2YZ4A 4Q27A 1DILA 5DZFA 1F8DA 1G9CA 3MEPA 3OY8B 5FREA 3TI5A 3SH3A 3TAYA 3H72A 4BOWA 2YMZA 1B9TA 3B69A 3U4XA 2HTWA 1OFSA 1I3HA 4MWLA 3ZYPA 1SLAA 1AZDA 5B2DA 2F12A 4XJ8A 3GVLA 2PHWA 1UZZA 3D12A 4WEGA 4Z8BA 2D3RA 4GZOA 3H71A 5DXDA 5JOXA 1TEIA 2A3WA 5CBLA 4QN6A 2GN3A 1IS5A 4MC7A 1ENSA 3B00A 4K1JA 1KRIA 1LENA 3B7EA 4Q8KA 2JECA 4AVSA 1JXNA 3QLQA 4LBKA 4QNPA 4GWMA 2W5OA 1G7YA 3USUA 1GYKA 4CPOA 1NCAN 3BOPA 2A6ZA 2ZMLA 2QWKA 1WUVA 3A72A 4R9AA 1Z4WA 1YI7A 4DPNA 2C4LA 1Z50A 4BLIA 4ITCA 1V00A 1ULFA 1B9SA 1PZ7A 2QWFA 4KS4A 4YW4A 4FPGA 4NO4A 4YW5A 4GALA 1URXA 1GICA 1IS4A 3VKOA 5GZDA 3AXDA 3ZXKA 3INBA 2VW1A 1F9KA 1GLHA 2WT0A 1AX2A 1SBEA 3ASIA 3OGGA 4DGRA 4Y26A 1GANA 5FRAA 4KS2A 2CYFA 3HR9A 1QOOA 2HTRA 1L7FA 3IM0A 3AFKA 2WT2A 4JC1A 1BQPA 2W38A 4Y1UA 1HQLA 2A3YA 4M3CA 4FPOB 1VCUA 1NCDN 3MW3A 3NV1A 2HTUA 3PVNA 2D6OX 5T54A 4DRRA 1Q8PA 1Z4VA 2E51A 1H9PA 2SBAA 4Y22B 5GJ6A 1LCLA 4NN9A 4YM3A 4B7NA 2ZBJA 1G9DA 1CESA 4LBQA 3AJYA 2Q5TA 4P9WA 4GKXA 3ALWA 1Q56A 3W58A 1S0EA 1BXHA 4M00A 3WVJA 1RIRA 3SNMA 2DVAA 3IPVB 2VW0A 2A7AA 1UX6A 4GA9A 3WDYA 1YXWA 2YV8A 2GNDA 5EYXA 1S0IA 5DG1A 4I30A 4K1YA 4MZEA 1W21A 1UAIA 2A6YA 4GWNA 4FVVA 1VCJA 3ZVXA 2RHPA 5L73A 3TIAA 1X50A 4X6KA 4D8SA 2NZ9A 3H6JA 2W39A 4YW3A 1NNBA 2AH2A 2AR6A 1MVEA 1JBCA 4K1IA 2JE9A 4WV8A 2JDZA 1ZA4A 2AEQA 1MWEA 4YFWA 2EXHA 1LHNA 1PZ8A 1V0FA 5HUMA 2PHFA 1WBFA 3K39A 3GNEA 5E8AA 1MS9A 3N7MA 1JHNA 3ZXJA 2P3KA 4GXLA 2F13A 1WW5A 3CKZA 2JE7A 3AXEA 4Y1ZA 4FPHA 3CL2A 1DBNA 1V6JA 3SLIA 1FV2A 3N7JA 2F25A 3T1EA 1WBLA 4K3YA 3WDVA 3WHUA 2VK7A 3INAA 4B7RA 1SO7A 2A6XA 2P34A 2ZGPA 5BYNA 3BIWE 1KDMA 1R1ZA 2EXJA 4XJQA 2ZGNA 1WCQA 3VUOA 1SCRA 1W8OA 1SLLA 1IKQA 5T50A 4UF7A 4XXAA 1FX5A 3NN9A 3V64A 1LESA 4YLZA 1AXYA 2YDTA 1W6OA 2F10A 3K37A 4YGBA 4DS0A 2BATA 1GZWA 2WJSA 1F8BA 3WCRA 3AP7A 1QMJA 2F26A 2ZHNA 2D44A 1DQ4A 2NM1A 4JF7A 4XIOA 4YZ2A 1C57A 4XIKA 1LOFA 3SALA 4Y1XA 1IOAA 1N3OA 3AP4A 3WOGA 3USUB 1F31A 4LBLA 1E8TA 1FV3A 3ILFA 3AZVA 1A14N 1EURA 2A3XA 1Z4ZA 2ZGOA 1ONAA 3WG4A 4YG6A 2D3PA 4MJUA 3QCWA 2HU0A 1SLIA 2W52A 1VIWB 4P14A 4HZZA 4XYXA 2GNTA 1N1TA 1ULCA 3D4KA 3AYEA 1N47A 2E7TA 1HDKA 2A6VA 1WLDA 5HX0A 2D6MA 4NOTA 1IVDA 1DIWA 3NV3A 1NSBA 1W1XA 3BODA 2QWIA 3PVOA 4H52A 2YXSA 4RL7A 3LSDA 4FJ6A 1QGLA 4Y1YA 4WEFA 1YO8A 3BTAA 1G86A 5EYYA 5IK5A 1V0EA 3ZSKA 2ZGTA 1L7HA 2F11A 1S0GA 3AYCA 1GKBA 4BLJA 1LOCA 4CPYA 2DUPA 4MX0A 2YA6A 4MWYA 1DQ6A 1N1VA 3POWA 4Q2FA 1IVBA 1PZ9A 3R4UA 5GZCA 2HT8A 3MPPG 5T5LA 4M3CB 5IT6A 1CPNA 1AXZA 3WHTA 3B9CA 1W8NA 4XJ9A 3K38A 1W0PA 1BKZA 2R49A 4XBQA 1SLTA 3RRDA 3SH4A 1GV9A 2PELA 2P2KA 2PHRA 2ZGMA 5E88A 5GLWA 4M4NA 1QNYA 5DUXA 3TICA 4FPEA 3CNAA 3T2TA 2JJ6A 3WLUA 1W6NA 4LBQB 1NSDA 3OBRA 4HL0A 4MWUA 2DU0A 3RMYA 4AGRA 2D43A 3W09A 2WQZC 1LGCA 4L8QA 4YW2A 4XHXA 4TYSA 3WCSA 3TB0A 1CIWA 4Y1VA 4CPMA 5DUUA 2EXKA 1UZYA 1WLCA 4Q1PA 3TI3A 4M3MA 1LHOA 5DUVA 1YYNA 4TZDA 1USRA 4MWVA 2E6VA 1SNTA 1MR5A 3ATGA 1YIFA 2AEPA 2ARXA 3O0VA 1LECA 5IK7A 3D5OA 2CTVA 1XOGA 3DGTA 2EIGA 3CL0A 4WA4A 4UW5A 4Q8LA 4ZXKA 3OYWA 5HCBA 1FNYA 3TI4A 3WUCA 2C4AA 1A78A 1CONA 1QDCA 3ALXA 4MWRA 1ZM1A 5GZEA 1UN1A 1WCSA 1DZQA 1DHKB 4NC5A 5EWSA 1S1AA 1W6QA 1IS3A 3N7KA 3WNXA 4D69A 2NYYA 4M4VA 4K1HA 2YA4A 4GDIA 3I8TA 2CNAA 1CJPA 1MS0A 1QU0A 2ZABA 3POSA 1JN2P 2DVFA 3HN1A 2X9MA 4HZVA 3AZWA 4F83A 4X47A 2EALA 3AZYA 5HUGA 4YM0A 5JYYA 1FNZA 3TI6A 4BBWA 5GZFA 3WG2A 1HKDA 3D6EA 3VV1A 5NN9A 3T1LA 1JYIA 1F8EA 2D6KA 5KXDA 4M01A 2SLIA 2P3JA 2OVUA 3GVKA 1W6PA 3GALA 2ZKNA 4KS3A 1CPMA 1BJIA 2AGSA 2ZHLA 4DRVA 1W6OB 1Z4YA 2QWBA 1GZWB 1B9VA 1D0HA 1V2IA 2ZAAA 1V3CA 1LTEA 1HQWA 3WDXA 4PCRA 4GZPA 2R1BA 5H9SA 2BQPA 4FQ4A 1MVQA 2A75A 4FOQA 2D7FA 4X49A 5GLTA 1GBGA 2D6LX 2ZGSA 3ZSJA 1NLSA 3DUIA 2VY0A 1QNWA 4PBOA 3N36A 2GNMA 3H73A 1LHUA 4XOGA 2HU4A 4AYUA 4XMAA 1N1SA 1QKQA 4JRAA 2F28A 4FPJA 2D6PA 4I00A 2R0FA 2YA7A 3V0BA 3RQ0A 1NXD1 1Y7BA 3A0NA 5HUKA 1FAYA 3UK9A 4GDJA 4FP3A 5HUNA 4K20A 1S0JA 1S0CA 2YA5A 3GVJA 2UURA 2R0HA 3AZZA 2B7YA 4MWJA 1V0ZA 2VVZA 4GKYA 3FUQA 2GMMA 4MZAA 3WDUA 4P9XA 4BPZA 2EF6A 3NV2A 3PJQA 2WT1A 1Q8VA 5H9RA 2DVBA 4GEZA 2OW4A 2GN7A 3AYAA 4WVWA 3FLTA 5T5JA 2CY6A 1AVBA 1VAMA 4M3CE 1IVFA 4GZXA 5CNAA 1G9FA 1FYUA 3AZXA 1DQ1A 3ILRA 4XBNA 1VALA 2JD4A 1LGBA 5H9QA 1NSCA 4B7QA 3ENRA 3Q9OA 2XZIA 3ZSLA 3RS6A 4ATFA 5T5OA 5JOZA 1SACA 5B2CA 1MS5A 3O9KA 4X4AA 4PBPA 5M1ZA 4YGEA 3O0WA 3TI8A 2QWDA 5JOYA 1AJOA 2H0BA 1UPSA 1DFQA 3UJOA 5CAZA 2FHRA 4Q26A 1LU2A 2VWDA 1S0FA 1LULA 1U0AA 1C1LA 4BQ1A 1DLLA 1NNAA 4FQZA 4MWQA 5DZEA 3O0XA 4MWXA 2UWCA 2QWAA 1NMAN 4XTMA 2XCYA 3AYDA 1N3QA 1YRZA 2DYCA 2PHTA 3OYWB 2DVDA 1AF9A 3WV6A 3NV4A 1GNHA 1RITA 2GNBA 2RKCA 3M3OA 3ILNA 4Q1RA 1IS6A 3AK0A 4XZPA 2LTNA 1W6MA 3D11A 1SBFA 3CYEA 1W6QB 3ZYRA 2HT5A 4P9YA 4UW4A 1QF3A 4MYEA 2VW2A 1F8CA 1A3KA 1MACA 5IK8A 2F27A 2BF6A 5H9PA 1V6LA 4YG0A 4QN3A 1Q8OA 1EUUA 1KQRA 2LALA 2DV9A 4U36A 1DQ0A 4RA0A 2G4IA 1JUIA 1APNA 2NP0A 4YG3A 5CA6A 2UWAA 2D3SA 4W65A 1WD4A 4ISQA 4GZSA 4AGGA 2QWHA 2F24A 4YZ1A 4GZQA 1W6PB 1W0OA 5GLUA 4GB1A 3B01A 4XXPA 2ZGUA 1MZ5A 3M1HA 2FMDA 1NCCN 3ZSMA 2HT7A 1IVEA 5DG2A 4CPNA 4YZ4A 1DYPA 3O12A 1N3PA 2PHXA 2A6WA 3AP9A 3C2UA 3RSJA 2ZB5A 2DURA 4UW3A 2WSVA 1B09A 2V73A 4XMIA 1G9BA 2F0ZA 4KS5A 1MS8A 3WG1A 1UMZA 5JOWA 7NN9A 1AX0A 4KS1A 1S0DA 3POYA 1D2SA 4AVVA 5HCFA 4CPLA 1WD3A 1GZ9A 2AYHA 4M4UA 4FPLA 4YM1A 3V0BB 4KBBA 1S0BA 2R1DA 3R4SA 1V3BA 4FOYA 4IQPA 5JVVA 3R05A 1O4ZA 1SFYA 4Y24A 4FPYA 1OKQA 4WZFA 1G8WA 2AENA 2NMNA 2VSKA 4AGVA 3T1MA 4FOVA 1LU1A 1JOJA 3VKNA 5LK5A 2JKBA 1ENQA 1DIMA 3IKWA 4FPKA 5GLZA 2YROA 1NMCA 4J9TA 1ENRA 2Z42A 4Y20A 2GMPA 4YGCA 2CMLA 4YGDA 4B7MA 1N1YA 4XBLA 2D6NA 1V6NA 1INXA 3PVEA 4WA3A 3SH5A 2SIMA 3FLPA 1KJLA 2CWMA 2A70A 2ZMKA 4K1KA 2R16A 3FBYA 3JUUA 4OZXA 1UL9A 2ZHMA 4QN5A 1LOGA 2GMEA 4HANA 1Z4XA 3UL2A 4JCKA 4AVTA 5JDBA 2YA8A 1G9AA 2W68A 1E8VA 1LHVA 2KM2A 1V6OA 1LHWA 4R9DA 5GALA 3K3AA 1AXKA 1BYHA 3B3QE 3N3HA 2VSMA 3AP6A 2EAKA 5DUWA 3VKFC 5KXCA 2W5NA 5SV8A 5T5PA 2ZB6A 4HZWA 4LBOA 3ZXFA 2AREA 3K36A 2DUQA 4PF5A 1INYA 2UWBA 1H30A 2P3IA 1V3EA 2A71A 1IVGA 1C4RA 1V3DA 4FZHA 2E53A 3LCPA 4HIZA 4MWWA 4XJWA 4SLIA 5F9TA 5IUQA 4LBMA 5AVAA 4DFSA 4LBNA 1LOFC 5GM0A 4HZXA 1MS4A 1WLWA 1LEDA 1W6MB 1CN1A 5EXOA 3V0AA 1QOTA 4BMEA 2WLQA 2QWJA 5KXEA 2SILA 1INWA 4C1XA 1CVNA 1EPWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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