4YZ1A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, apo structure.
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords Putative neuraminidase
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4
total genus 190
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz1A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz1A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz1A02
1U0AA 3K36A 4GZTA 2DTYA 2H0BA 2A3YA 3N7MA 1ULFA 4XJWA 1LHWA 1MWEA 4WEFA 1D2SA 1AF9A 4M3MA 1S0EA 4AVSA 5EWSA 5GZGA 1F8CA 2F27A 5HUNA 4Y1UA 2ZGQA 1GZWB 5JVVA 4XJAA 3KQRA 4Y1VA 4FQ4A 2ZGLA 3SH3A 3TIBA 1LGNA 1R1ZA 1WW5A 1V3EA 1G8WA 5KXCA 2GMMA 2RKCA 4HZVA 2PHRA 5JOYA 3V0BA 1AJOA 3GVJA 4Y20B 2DYCA 1W6PB 1ULGA 1VAVA 2F24A 5GZCA 1JHNA 4Q8LA 4XXPA 1HDKA 5IK7A 2PHWA 4J9TA 1V2IA 1W6OA 3OY8B 3KM5A 4QN3A 1NXD1 1MS5A 3D4KA 2SLIA 2QWGA 4XDQA 4WA3A 1SNTA 2R0FA 1W8OA 2PHXA 3CNAA 5GZFA 4Y24A 1DHKB 2UWBA 5GZDA 1USRA 1LOAA 2ZGNA 1Z4VA 3WDYA 3VKNA 2DURA 3SALA 4NOTA 4WVVA 4Q6KA 1N1TA 1PZ9A 2W5NA 2HU0A 2D6KA 3OGGA 1QOTA 4PQ9A 1QNYA 2GALA 4K1YA 2HTYA 1SBDA 4KS2A 1YI7A 4RA0A 1F5FA 3LSDA 4FPJA 2YROA 4BLJA 1OFSA 3M2MA 1CN1A 1LOFA 1ONAA 4GB1A 1E8TA 2DWRA 3DUIA 3INBA 1JOJA 4M3CE 1NCDN 4YM0A 2EXIA 3OYWB 2HT8A 3O9JA 3K37A 3ENRA 4LBQA 2D44A 4BLIA 3JU9A 3AP9A 5JMCA 4ZKTB 3MEPA 3O12A 1AJKA 2V73A 2EXHA 4Q1RA 2PHUA 3SANA 3W09A 3JUUA 1WCQA 4YZ1A 5HCFA 4XJ8A 4HANA 3UK9A 2LTNA 1A3KA 3K39A 2D6LX 1APNA 3A0NA 1BZWA 3IPVA 3CKZA 2DUPA 3H0OA 1DBNA 2A7AA 2LALA 3TICA 2DV9A 2UWCA 1QMJA 1B9TA 3ALWA 2OUHA 2D6PA 1G9AA 4MWVA 3UL2A 2AYHA 4HZWA 3D6EA 5DZEA 2ZGPA 2D3SA 5HUGA 3CL0A 3AZZA 4Q2FA 1UZYA 1UPSA 3N7KA 4BOWA 3A71A 1NSBA 4YW2A 4FVVA 1H9WA 1DQ6A 5JOWA 3FFZA 4BM8A 4FOWA 1LHNA 4AVTA 3H73A 3IMNA 4JCKA 5IT6A 1ENRA 5DUXA 5T5OA 4Z8BA 3R4UA 5JLVA 4YGEA 2ZABA 1O4YA 2ZGKA 1BJQA 1NSDA 3OBTA 4WEGA 1MZ5A 2JJ6A 4XJQA 3IN9A 5KXDA 4ASMB 2VXRA 4KS1A 1H9PA 3A72A 2QWHA 1S0BA 2JDZA 3RMXA 2WLQA 1NNBA 3NV4A 4GWMA 1C57A 2R0HA 3FLRA 1DQ4A 1AX1A 5H9SA 4R9CA 2P37A 3WDXA 2GMPA 3ZVXA 1L7FA 2BZDA 4XYXA 2UWAA 2VK5A 2VK7A 2EXJA 1NLSA 4P9YA 1Z0HA 5GM0A 2YDPA 5IUQA 4H53A 5HCAA 3AK0A 1S0JA 3POYA 3O9KA 3WUCA 3AP5A 4M01A 4Y22B 4HZXA 1DYKA 3LCPA 1ENQA 1XOEA 2QWEA 1I3HA 2VWDA 1FV2A 5F5QA 4NCSA 2ZHNA 4M3CF 2D3PA 5HX0A 3WOGA 4M4NA 1Z4XA 4YG3A 2AH2A 5GALA 3TB0A 1SLTA 1PZ8A 4NO4A 2WT1A 1GZCA 5HUMA 1QOSA 1WD4A 2NP0A 1Z4YA 2A75A 1N3QA 3PVEA 2CY6A 3ASIA 2AENA 4YG6A 1LOFC 4MWUA 2ZB5A 1FAYA 4FPOB 1SCRA 1G9FA 4PF5A 1INVA 4FP3A 2VY0A 4NC5A 1V3BA 3O0VA 3ZYPA 5EXOA 4FPEA 2HTRA 4P9XA 3WG3A 3RRDA 1RITA 2VUAA 3ZSJA 1HQWA 3WDUA 7NN9A 3WG4A 3GVLA 3N3HA 1PZ7A 3MW2A 4YZ5A 4YZ2A 3ZXJA 4GZSA 2D7FA 2F29A 1Z78A 4MZAA 2XB6C 1GNHA 2VVZA 3OPZA 4YZ4A 1ULCA 1LOCA 2HTQA 1UN1A 5FREA 3RG0A 1FNYA 3FBYA 1N47A 2XZKA 1DYPA 4PBPA 2VW1A 2CL2A 5SV8A 2WT2A 2ZMLA 1NMCA 1V3CA 1GZWA 2E7TA 1DIMA 4I00A 3ZSLA 1F8DA 4XMIA 3AXEA 3GALA 1QDOA 1DQ5A 1ZA4A 4Y1XA 2X9MA 4R9BA 4M00A 5IK5A 4UW6A 1FYUA 4GZXA 5GJ6A 4Y20A 1W6PA 2F26A 2WQZC 1DQ2A 4B7RA 3TAYA 1JUIA 1UZZA 4YW3A 2QWFA 2NM1A 4JRAA 1G86A 4K1IA 3ZXFA 2EIGA 5CBLA 1LU2A 3M3EA 1G9CA 3MPPG 2A6VA 1Z4ZA 1V3DA 2NMNA 4YM3A 2B8HA 3OY8A 2A6ZA 1BXHA 1W6MB 4FOQA 3INAA 1INWA 1GSLA 1IVBA 3GVKA 4WA5A 4MX0A 1JXNA 2CNAA 3I4IA 1QDCA 3AZVA 2TEPA 2A3WA 5GZEA 1JYCA 5GLZA 3ZXEA 1BYHA 1BKZA 1JN2P 1Q8QA 3T1MA 1J1TA 2PHTA 4XBQA 4K1KA 1CONA 2UU8A 5T52A 3VUOA 4HIZA 3AZYA 4C1XA 4FZHA 2WSUA 1MS4A 1AXKA 4DQAA 1A4QA 2GNMA 1LCLA 4MZEA 3WHTA 1URXA 1LTEA 3O5SA 1UX6A 3DGTA 2DUOA 4GKYA 3FLPA 5GLWA 2WNEA 3SLIA 4DFSA 1BQPA 1VCUA 4GDIA 2W52A 2AGSA 1X50A 5FRAA 5DUWA 3B9CA 3FUOA 3M1HA 2HTUA 3OYWA 3AJZA 2YA5A 1MACA 3M3CA 4AGRA 4WZFA 2F12A 1DIWA 4MWWA 1MVQA 3VKFC 4YGCA 4BQ1A 2F25A 2ZAAA 1IKPA 4B7NA 1WUVA 2UURA 2YV8A 4CPYA 3IKWA 4UW4A 2PELA 2ZMKA 1OKQA 1NNCA 4XJUA 5HUKA 2BQPA 3N36A 1WCSA 4DGRA 1CVNA 3SNMA 4FJ6A 2R1BA 5HCBA 3A0KA 2FMDA 3A4UA 4XTPA 3FUQA 4K3YA 4XZPA 1MS9A 3ILRA 3WDTA 5E88A 1A78A 3L2YA 1USXA 5DXDA 3O0WA 4TZDA 2DVBA 1NCCN 1LHVA 4L8QA 4CZSA 5GLVA 2YA8A 2NMOA 4Q26A 4FVKA 3R05A 5LK5A 1CPNA 4MWRA 2P2KA 2VH9A 5DUUA 5CAZA 1O4ZA 2R16A 1GANA 5JOXA 3JU4A 4YFWA 1INFA 3O0XA 3H6JA 1QKQA 5IK4A 3CYEA 1F31A 1SLAA 2ZBJA 2SILA 3TI3A 4FPLA 1CPMA 1HLCA 2SIMA 6NN9A 1Q8OA 4XE9A 1V6IA 4QN4A 1I1EA 1SCSA 1KJRA 1AXYA 1F8BA 1IOAA 3AP6A 4M4VA 1XQNA 2GNBA 1V0EA 2A5ZA 3T2TA 4U36A 1MS1A 2GNTA 2VSKA 3SILA 4Q1PA 4AWDA 3LSEA 4B7QA 4H55A 1KITA 2ZGRA 2A70A 2JD4A 4MWQA 1YRZA 2CTVA 4QN5A 1WW6A 2R1DA 3ZSMA 2ZKNA 3B69A 1F8EA 1B9VA 3ZPYA 3BOPA 2VSMA 4GJTA 3POSA 3BEQA 3K3AA 2A6YA 3AYCA 1Z50A 3POWA 4Y22A 4CPLA 3SH5A 3PVOA 2QWJA 2CWSA 1YIFA 1IKQA 1W0PA 1VCJA 1S0DA 1VIWB 4R9AA 4XOGA 2XG3A 1W20A 2EF6A 3NSSA 3AYEA 5DUVA 1IVGA 3D12A 3WNXA 5CB7A 1N1SA 1CR7A 1WD3A 1V0ZA 5JDBA 4RL7A 1JW6A 2DTWA 2I2SA 3N7LA 3C2UA 4KBBA 4MWJA 2G4IA 3MW3A 3AX4A 3V0AB 2A3XA 2ENRA 1LODA 4D8SA 1DZQA 3WG1A 2BATA 2GN7A 1LHOA 4M4UA 2HTVA 4FOVA 2ERFA 1IVDA 1LECA 1KDMA 4BMBA 1INYA 4GZWA 4TYSA 1FNZA 2P3JA 1V6JA 4YW4A 1S0GA 3T1EA 1VLNA 4GKXA 2OVUA 1EUUA 4XMAA 4U2AA 3V65A 2W68A 1OQ1A 4K20A 1ENSA 4KS4A 2ZGTA 3QLQA 3U4XA 4ISQA 4WV8A 1MVEA 2EAKA 1JYIA 5IK8A 1NNAA 2E7QA 2P34A 2EALA 2P3KA 1W6QB 4MJUA 4M3CB 4XILA 2D6OX 3FLTA 1LEMA 3WVJA 2Q5TA 2QWKA 4FOYA 1A8DA 2ZB6A 1GZ9A 4FQZA 2VU9A 1YO8A 1KDKA 1UAIA 3OBRA 4Y26A 2E6VA 1GV9A 3VKLA 4XTMA 1LJ7A 4R9DA 1CJPA 3ILNA 4ITCA 1SFYA 2KM2A 2YMZA 1Y7BA 5T50A 2QWDA 4DRVA 2GN3A 3AZWA 1GBGA 4BMEA 3TI5A 4P14A 1NMAN 2DUQA 1C4RA 2ZGMA 1N1YA 1EPWA 2F0ZA 4MWYA 1B09A 3TI4A 2C4LA 3ATGA 4GZOA 3W58A 3VKOA 4H52A 1V6KA 2ZA9A 2VW2A 3PVNA 4GDJA 1MS0A 4YGBA 4YW5A 1W21A 1NCBN 1NN2A 1RINA 1WW7A 4JC1A 4K1HA 4YFZA 2JE7A 1W6MA 1LGCA 1WBLA 1NMBN 1MZ6A 1SACA 3WDWA 3WUDA 4FPCA 5EYYA 3USUB 4GALA 1AXZA 3MW4A 1Z4WA 1W0OA 1W6NB 5M1ZA 4W65A 2C5DA 5NN9A 2WSVA 2XCYA 5BYNA 1KQRA 2C4AA 4DPNA 4PBOA 4LBLA 3OJBA 3ZYRA 4YM2A 4CRQA 1GLHA 3HR9A 2NN8A 4XIOA 1QF3A 2E53A 4FPHA 2Z42A 3NWKA 1ULDA 1C1LA 2BF6A 1LU1A 4BPZA 2ZHLA 1WLCA 2ZACA 1B9SA 4UF7A 1G9DA 1LULA 3B7EA 2ARXA 2OW4A 4WVWA 3AYDA 5KXEA 3M3QA 4CPNA 4CTEA 4XXAA 1EUSA 2D43A 3WDVA 1H30A 2GDFA 2W39A 3BODA 4GZPA 4Q8KA 1A4GA 1BJIA 1GYKA 4I30A 3I8TA 5E8AA 4LBJA 4LBNA 3TIAA 4K21A 4MWXA 5DZGA 1DILA 4FPYA 2HT7A 2HT5A 2WKKA 3WG2A 1TEIA 4CPZA 3ILFA 3TI6A 2XZJA 5T54A 3V0BB 1YYNA 1YXWA 4MJVA 1UMZA 4Q27A 2YY1A 1CIWA 2D6MA 3SH4A 1ULEA 2C9AA 2F10A 1AZDA 3VKMA 1VAMA 5CNAA 3AXDA 5GLUA 3ZSKA 3VV1A 3D11A 1W6OB 1W1XA 2VK6A 4K1ZA 1G9BA 2YXSA 2NYYA 1LOEA 3AP7A 1SLCA 2CMLA 4FP2A 4JF7A 3AJYA 4MWLA 2HYKA 4B7JA 1INHA 2JKBA 4IQPA 1FATA 4MYEA 4LBKA 4SLIA 4PCRA 2DVDA 2ZZJA 2RHPA 1QGLA 2A6XA 1SBEA 4YZ3A 4CPMA 5F9TA 1AX2A 1HQLA 5DZFA 3GNEA 4QNPA 2P3IA 1DLLA 4NN9A 4OZXA 2AREA 4GA9A 1EURA 4FPGA 4DS0A 2HTWA 3APBA 1S1AA 2A6WA 1N3PA 4F83A 1DGLA 3AFKA 4XIKA 2DVAA 1RIRA 1F9KA 1D0HA 4UW3A 4DRRA 1SO7A 2F28A 5H9PA 1LOBA 2HU4A 5T5JA 4LBMA 4FPFA 4Y1ZA 2D6NA 4QN6A 4XJ9A 4LBQB 2ZHMA 3WLUA 1V6NA 3B00A 3RMYA 4HZYA 4K1JA 4XJZA 2AEQA 2YA7A 2W5OA 2B7YA 3HN1A 4AYUA 2PHFA 1A14N 2F11A 1WLWA 3BIWE 2AEPA 2ZGOA 5H9QA 1QOOA 1MR5A 3QCWA 4UW5A 2QWCA 1S0IA 2DU0A 3IPVB 1W8NA 1L7HA 4XJRA 3TI8A 3AZXA 5AVAA 3SITA 1WW4A 3B01A 4AVVA 3PMEA 1NSCA 2DVFA 3ZXLA 3H71A 1IS5A 1SLBA 2EXKA 4HZZA 1N3OA 3R4SA 1XOGA 1N1VA 4YLZA 1V6MA 1G7YA 5T5LA 4XBNA 3K38A 4X49A 4X47A 1GICA 1LEDA 1SBFA 1LHUA 4D69A 4ZXKA 5DG2A 2ARBA 3T1LA 2QWBA 5KXBA 5JOZA 2DU1A 3WV6A 1DQ1A 2FHRA 1JBCA 3WZ1A 1FV3A 3UJQA 4X4AA 4X6KA 4KS3A 4AGGA 3V0AA 2W38A 3PJQA 4XHXA 4BBWA 4GXLA 2ZGUA 2AR6A 1WBFA 2E51A 1IVFA 1Q8SA 4C1WA 3WCSA 4P9WA 2SBAA 2QWIA 2CWMA 1LENA 4GEZA 2XZIA 2JE9A 3IM0A 1AVBA 4LBOA 2WJSA 1IVEA 4WA4A 4XBLA 1KRIA 5T55A 5EYXA 1ZM1A 1MS8A 1LGBA 2D3RA 4GWNA 3BTAA 1V0FA 2YDTA 2YA6A 2JECA 1W6QA 4M3CA 1IS3A 1S0CA 5E89A 5T5PA 5B2CA 2GNDA 4ATFA 1CESA 1E8VA 1V00A 5H9RA 4Y1YA 4AGVA 2ZHKA 4GZQA 3WCRA 2R49A 1DQ0A 4CPOA 1LOGA 3W59A 4QN7A 5B2DA 1S0FA 2DVGA 3AYAA 1IVCA 1EUTA 2NZ9A 1INGA 3V64A 1HKDA 2BERA 3Q9OA 1UL9A 1IS4A 3NN9A 4ISRA 2AUYA 1L7GA 3HMYA 2ZMNA 5CA6A 1UKGA 2W08A 2V5YA 3RSJA 3ALXA 1WLDA 4LBQD 4ATEA 4MC7A 2ES3A 4YG0A 4YM1A 3B3QE 4XHBA 1SLLA 2QWAA 5L73A 1Q8PA 4HL0A 1QNWA 2W20A 5DG1A 3AP4A 3M3OA 4YGDA 4YW1A 1VALA 3ZXKA 3RQ0A 1LESA 1V6OA 1Q8VA 1QU0A 1AX0A 1KJLA 3USUA 5JYYA 5GLTA 3CL2A 3UJOA 1C1FA 1W6NA 1MS3A 4B7MA 4KS5A 2VW0A 1CQ9A 2F13A 3H72A 1IS6A 3N35A 3NV1A 4FPKA 1FX5A 3SISA 1GKBA 2ZGSA 3N7JA 1SLIA 1Q56A 1V6LA 1NCAN 2CYFA 2OUJA 2A71A 3NV3A 1E8UA 1INXA 2YZ4A 3WHUA 3RS6A 3NV2A 2GMEA 2WT0A 3D5OA 1GNZA 2YA4A 1DFQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FKCA 1PK6B 1PVC3 4E4DX 1U0AA 5C9AB 5BY5A 3K36A 3WP3A 1RUJ2 4F8AA 4GZTA 3JBG3 2DTYA 3LF7A 1F5JA 2ZAHA 1GOHA 2H0BA 5G04L 1OVSA 2A3YA 2ET1A 3LDBA 5FO9B 4B7KA 5A1AA 2JG8B 1EYBA 3N7MA 3BU7A 1ULFA 4XJWA 1XE8A 3ZKYA 5I8SA 1LHWA 4PDWB 1MWEA 4WEFA 1YHFA 4XF0A 5A7WB 4BQYA 1D2SA 1AF9A 4JRLA 4QHZA 3S7EA 3THDA 2DG0A 4ZY3A 4YRDA 5FMBA 2JDPA 4LUKA 4IV3A 4N8MA 4GN8A 4M3MA 1S0EA 4AVSA 4NIGA 3EBRA 5EWSA 2JENA 4M4RA 1NKGA 4FFFA 3RNSA 3KSCA 4QXHA 5GZGA 4RGKA 1F8CA 1QH7A 4CCDA 4LHNA 2ZGQA 1GZWB 3KHBA 4Y1UA 4XJAA 5JVVA 3WEZA 1OPOA 1JOPA 5F3GA 5HCHA 3KQRA 1VBB3 4Y1VA 4KI5M 4FQ4A 2ZGLA 2A73B 5A3TA 2LROA 2RJLA 5FXXA 4MVTA 3K2OA 1O91A 4R52A 5DAVA 3SH3A 4UI9L 2VVFA 3O1SA 3RYPA 1PMJX 2K9ZA 1LGNA 3TIBA 1R1ZA 3KQ4B 1WW5A 5F5CA 5FZIA 5IVFA 1VBA1 1G8WA 2FDKA 4XUOA 1V3EA 5I0TA 3EYPA 4N53B 3K3OA 1IVFA 1SDWA 2BOJA 3EB7A 2VO5A 1RUC2 5KXCA 2ZX4A 2GMMA 4L99A 5DAXA 2QVSB 2RKCA 3MI8A 3TEWA 3O1RA 4HZVA 3J8F1 2PHRA 3MLJA 5K0UA 4GN7A 4Y33A 5JOYA 4CEYA 3LB9A 3V0BA 1AJOA 3AVSA 1GOFA 3GVJA 4LKFA 4Y20B 4D6RA 2IVJA 4XAEA 2JICA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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