4YZ2 | Genus

Total Genus 194

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	194
sequence length	657
structure length	655
Chain Sequence	TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFEKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Sialidase NanC
publication title	Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR. pubmed doi rcsb
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	194
structure length	655
sequence length	657
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date	2015-03-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02012	BNR	BNR/Asp-box repeat
A	PF02973	Sialidase	Sialidase, N-terminal domain
A	PF13088	BNR_2	BNR repeat-like domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.220.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Intramolecular trans-sialidase; domain 3	Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3	4yz2A03
2.60.120.200	Mainly Beta	Sandwich	Jelly Rolls	Jelly Rolls	4yz2A01
2.120.10.10	Mainly Beta	6 Propeller	Neuraminidase	Neuraminidase	4yz2A02

5DG2A 2UWBA 4YW2A 1JBCA 2VU9A 4RA0A 4ASMB 3D12A 1Q8SA 1G9AA 1V6OA 1F8BA 1GZ9A 2XZIA 2ZHKA 1V0EA 2ES3A 2HT7A 2A6ZA 3Q9OA 4XJWA 1V6NA 2VY0A 4F83A 3B3QE 3VUOA 4HZYA 5IK4A 1O4ZA 1FNZA 2QWFA 3K36A 3SANA 2P2KA 1MWEA 5JMCA 4K20A 3W09A 4XDQA 4FOQA 3M3QA 1QGLA 2V5YA 2YDTA 1GV9A 4KS2A 1LCLA 2HTRA 3V0AB 3OY8B 1BQPA 4YG3A 2A5ZA 2YZ4A 1W6OB 6NN9A 1ULFA 5JOZA 4XJQA 1GBGA 1UKGA 3T1LA 4Y1ZA 2ZGQA 5JVVA 4NC5A 4UW4A 2VSMA 4D69A 1S0GA 1LEMA 4GZXA 5IK7A 2ZGRA 2FMDA 3MEPA 4FZHA 1V6KA 2NMOA 1S0EA 4XE9A 4LBJA 4XBLA 1BJIA 1NMAN 4YZ1A 1LGCA 4W65A 1WLWA 2C4LA 3VKOA 2CY6A 3WV6A 4Y24A 2TEPA 3ZYRA 1TEIA 5JOWA 4M4UA 1IVDA 1AX0A 3K39A 5H9PA 2HU4A 1HLCA 2P37A 1HKDA 3IKWA 1YIFA 1H30A 1JW6A 1LHVA 1LULA 1W21A 3ASIA 1J1TA 1VCUA 2ZBJA 4YFWA 1JYCA 1N1YA 2HYKA 4WV8A 1DQ1A 1N1SA 1LOEA 4GKYA 1LU1A 2ERFA 3TI5A 1BKZA 1UN1A 2NMNA 7NN9A 2WLQA 5HUKA 1W6PB 3N7JA 1DYKA 1W8OA 4GKXA 5GZGA 2R1DA 1AX1A 1DBNA 5F5QA 1B9VA 4JC1A 1V3BA 2ZGUA 1ENQA 3AZZA 5GZDA 2DUPA 3M3OA 4Y20B 4GWNA 2C5DA 5HUMA 1NCBN 1DQ0A 4BM8A 4GXLA 2Z42A 4DGRA 4FQ4A 1S0BA 4XBNA 2AREA 1JN2P 5DUUA 3NV4A 1KJRA 1XOGA 4CRQA 5B2DA 1U0AA 1MVQA 2Q5TA 1LGNA 3AP4A 3O0WA 4M4NA 1NXD1 2QWJA 4XILA 3OYWA 1INVA 1OFSA 1MS3A 2F12A 1QOSA 1WW7A 2ZKNA 1MR5A 2ZB5A 3AZWA 2HTWA 4Q8KA 2ZHMA 2F28A 5GLTA 3AP9A 1DQ2A 3USUA 2NM1A 4YW4A 3W59A 1CR7A 1HDKA 3NV2A 3POYA 4AVVA 1WLDA 3K37A 4FPEA 3A72A 1QKQA 4LBQD 4HZVA 1W6NB 1ZM1A 2VWDA 2LTNA 2ARXA 3R05A 1B9TA 2ZMKA 3WNXA 2F0ZA 5EWSA 2QWGA 2W20A 2G4IA 2VSKA 1ENRA 1VCJA 3HMYA 3D6EA 3HN1A 1B9SA 4GZPA 3ZPYA 4Q1RA 1BXHA 5IUQA 3OJBA 3B69A 4YM0A 2VK6A 4C1XA 4K1ZA 3BIWE 4ITCA 1Z4ZA 1VAMA 4WEGA 3WG3A 1IS3A 5T52A 1N3OA 1KDMA 4XMAA 1UX6A 2CWMA 1B09A 4WVVA 2XCYA 2CMLA 4YM2A 2A6WA 4M3CF 1L7GA 1G9DA 3AYDA 4FP2A 4FJ6A 3MPPG 3ZXLA 2SLIA 4HL0A 3CKZA 4FPJA 2GMMA 2EXHA 2EAKA 1ULDA 3ALWA 3M3CA 3U4XA 2NN8A 3DUIA 4QN3A 5B2CA 4MJUA 1DHKB 2YA5A 2DWRA 4LBQB 3DGTA 3IMNA 2A3WA 1QDCA 1W0PA 4WZFA 4Q26A 1NMBN 1IS6A 2ZMNA 3MW3A 5L73A 3AXDA 1C1LA 2DUOA 5T50A 1RINA 2RHPA 4XJ8A 3UK9A 1W0OA 3TI8A 3ZSJA 1V6JA 1VAVA 3POWA 4YGEA 3ILRA 3SITA 4FPFA 4LBMA 2DVDA 1S0JA 4FPOB 5EXOA 3ZXEA 3N7KA 2DUQA 2A71A 5E88A 2HU0A 1INHA 4QN7A 3WZ1A 4AVSA 3MW4A 1N1VA 1URXA 1WUVA 3PVEA 2X9MA 4I00A 2B7YA 1MS5A 1GANA 4YW5A 1MS4A 2GNMA 5JDBA 4YFZA 3RS6A 2F26A 4HANA 1RITA 4X47A 4GZSA 1W6QB 1L7HA 3APBA 1N1TA 2D3RA 2C9AA 3O0XA 2DV9A 1LECA 1A14N 1S0FA 2JD4A 2GNBA 4Y26A 4P9YA 3LCPA 3V0AA 5NN9A 3SH4A 4FP3A 2ZHNA 1UPSA 4H53A 2PHWA 4NCSA 1W6OA 3O9JA 4K21A 1WCSA 2BF6A 4X49A 4Y1XA 1EURA 1CIWA 1E8VA 1WW4A 3AFKA 3ZSKA 2A75A 1NMCA 2ZHLA 3RSJA 3SILA 4GZOA 1W6MB 5GALA 4HZXA 1GICA 1GLHA 4M00A 2XZKA 5GLZA 4XIKA 2OW4A 3VKLA 5H9QA 4Y1VA 4XHXA 1R1ZA 2F13A 3IN9A 2JJ6A 4M3CB 1YXWA 4NO4A 1A4GA 4YGBA 4XJRA 4U36A 3GVJA 4XMIA 1LGBA 1NNCA 1Z4XA 3PJQA 2CNAA 3FLRA 3I4IA 2BZDA 1JYIA 2C4AA 2P3JA 1WW6A 4Q2FA 3N36A 2R1BA 2F10A 5E89A 1V2IA 1USXA 2A3YA 4GALA 5AVAA 1CPNA 1IVEA 2YMZA 5EYXA 2GN7A 2FHRA 4XJZA 4HZZA 4XXPA 4FVKA 2DTWA 3BODA 3K38A 1LEDA 1F8CA 1G7YA 5CNAA 1INGA 2BQPA 1LODA 4AYUA 1EUUA 1DLLA 2I2SA 4Y20A 1V3DA 1F31A 4PBPA 4FPKA 5JYYA 3PMEA 1V6MA 1IOAA 2QWBA 4WA5A 1UZYA 1I3HA 3SH3A 5F9TA 1LOGA 1V6LA 2EF6A 5GLWA 4JRAA 2ARBA 5GZCA 2HTYA 3AP6A 4XHBA 1FNYA 1JOJA 3V0BB 3O9KA 3H73A 5IT6A 2JE9A 1WCQA 2YA6A 4P9XA 2D3PA 1NN2A 3B9CA 1G9BA 5KXEA 2PELA 4BMBA 1WBLA 4MWQA 3HR9A 3QCWA 2GMEA 3FLPA 3CL2A 4DRRA 5FREA 2WKKA 1W6NA 3BOPA 3TICA 3C2UA 3ZYPA 2AUYA 1KDKA 2HT8A 3SNMA 4OZXA 1LHWA 3O5SA 2E51A 3ILNA 1NNAA 4Y1YA 4FQZA 5DZEA 3VKNA 2QWAA 1G9CA 3LSDA 3I8TA 4B7MA 4B7RA 4FPCA 3KM5A 1DQ6A 2W5NA 1C1FA 1WW5A 3WG1A 2VXRA 2LALA 3FBYA 4MZEA 1YI7A 1LHNA 3TIBA 2CYFA 4AWDA 2ZGTA 3VKMA 1OQ1A 1UAIA 4JCKA 1FYUA 3V65A 1G8WA 1FAYA 4B7NA 3ATGA 4AGRA 3AJYA 2WQZC 2R49A 2OUHA 2F25A 1SO7A 1D0HA 3NV1A 5T55A 5E8AA 3SALA 1APNA 3IPVB 4LBQA 1D2SA 1LU2A 3WCRA 4KS3A 1IS5A 4XYXA 2DTYA 4UW3A 2HTUA 2DYCA 1IVBA 5DUVA 1EUTA 4XOGA 4YZ3A 1AJKA 1NSDA 3WDXA 1INFA 1EPWA 2VW2A 1QOTA 1W20A 4NOTA 3GALA 1SBDA 2CL2A 1SLAA 1GKBA 1WD4A 2AR6A 2D6LX 4XJUA 4AGGA 3WDUA 2D44A 4CTEA 2ZZJA 1LTEA 1F9KA 3ILFA 1LHOA 3H6JA 4BBWA 2ZAAA 1BYHA 2XZJA 4R9CA 3JUUA 1NCDN 1Z50A 3H72A 2H0BA 3RRDA 2AENA 4QN6A 4HIZA 1WBFA 1QNWA 4I30A 2QWHA 2JKBA 3GVLA 3M2MA 4UF7A 1YO8A 2VH9A 1XQNA 4GZQA 1NLSA 3H0OA 1W6QA 5IK5A 4YGDA 2W38A 3VKFC 1GSLA 3B7EA 4BQ1A 4YG0A 5HCBA 4B7QA 4GDIA 4WA4A 2E7QA 2ZMLA 1MVEA 4LBNA 3JU9A 4ATFA 2ENRA 2AYHA 2AH2A 3ALXA 4QN4A 1UL9A 2E6VA 2R16A 3IM0A 1KITA 4AVTA 4R9AA 5GZEA 4P14A 4Y22B 1N3PA 4CZSA 3NN9A 1USRA 1Y7BA 3AZXA 1GYKA 2DVGA 3OYWB 1C4RA 4FOVA 4Q1PA 5HX0A 4U2AA 4HZWA 3ENRA 1W6MA 4PBOA 3WHTA 3RMYA 1ULGA 1KJLA 4ISRA 3M3EA 4DRVA 4FOWA 4KS4A 4YW1A 2WT1A 1INYA 3NSSA 1GNZA 3USUB 1S0IA 2VW0A 1Z4WA 1DQ5A 4BPZA 2WSVA 4GA9A 4CPZA 4DQAA 1VIWB 2VK5A 1MS0A 4J9TA 2YA4A 3UJOA 5FRAA 4YM3A 2RKCA 3GNEA 1BZWA 3D11A 1WD3A 1GZWB 4DPNA 1ULEA 1NCCN 3WCSA 1MS9A 5DXDA 1LOFA 2DVAA 1SBFA 1SFYA 4X4AA 2EXIA 1CPMA 2E7TA 4K1HA 3AZVA 4Z8BA 3BEQA 3B01A 5T54A 3WLUA 3AYCA 1JXNA 1W8NA 4NN9A 3AP7A 1FV3A 1ONAA 2YDPA 5KXDA 4AGVA 1MZ6A 5CA6A 3WOGA 3KQRA 1F5FA 1Z0HA 3OY8A 1DIWA 1CN1A 2AGSA 2UU8A 2JDZA 5T5JA 1AJOA 1Z4YA 2AEQA 5DZGA 5JLVA 2V73A 4ZKTB 1E8UA 2W68A 5DZFA 2XG3A 5HUNA 3WUCA 3T1EA 3R4UA 1F8DA 4YZ5A 2A6YA 2XB6C 2GN3A 4DFSA 5DUWA 1CESA 5KXBA 2F27A 3MW2A 3ZXJA 2BERA 1SLTA 1X50A 2GALA 4M3CE 1A3KA 3CL0A 1YRZA 2JECA 3WDTA 2ZGLA 3H71A 2SIMA 1SCSA 1SBEA 4SLIA 4L8QA 2EXJA 1QOOA 2DVFA 3WDWA 5JOYA 2QWKA 2WT0A 2E53A 2W5OA 5CB7A 3WHUA 4LBOA 3PVOA 2VK7A 2PHXA 2QWCA 4Q6KA 2ZB6A 1W6PA 4Q8LA 3AXEA 5SV8A 3BTAA 3NV3A 3INBA 4BLJA 1NNBA 1Z78A 5T5PA 3WG4A 5LK5A 3T1MA 1DIMA 3N7MA 2YXSA 1OKQA 3AK0A 1VLNA 2A70A 1ENSA 4GJTA 2WJSA 5GLUA 3O12A 1CONA 2EIGA 2UURA 1DILA 1Z4VA 1S0CA 2ZGSA 1IVCA 4YG6A 1A78A 4FPGA 2W52A 2R0HA 2OUJA 2EXKA 4TZDA 3AYEA 4UW5A 1LJ7A 2NZ9A 5M1ZA 1LENA 1HQLA 4P9WA 2D43A 3D5OA 1DGLA 2A7AA 3OBTA 4MC7A 4LBKA 4H55A 1IS4A 3WUDA 2SBAA 3OPZA 1AXYA 4CPOA 3ZXKA 2B8HA 3L2YA 2W08A 4XZPA 3TI3A 2F11A 4FPLA 2P34A 2VUAA 5HCAA 3B00A 4MWXA 3A0NA 2D6MA 3TI4A 2ZGPA 1AVBA 4MJVA 5H9SA 4ZXKA 3M1HA 2PHFA 4YW3A 3IPVA 1LOAA 2F24A 3AYAA 3T2TA 1W1XA 2WT2A 4YM1A 1DZQA 2JE7A 3TAYA 2DU0A 4K3YA 3LSEA 2ZA9A 3SISA 5GM0A 3OBRA 2CTVA 1QF3A 2WNEA 1L7FA 1I1EA 3O0VA 1XOEA 1S0DA 1N3QA 4LBLA 3A4UA 2AEPA 1Q8OA 4MWRA 4YGCA 4K1IA 4XJAA 4XIOA 2GNDA 4GWMA 1IVFA 2ZGMA 2PHTA 1Q8PA 3A0KA 1AXKA 2HTVA 1IVGA 4GZTA 3N7LA 4XTPA 3WDVA 1IKPA 2NYYA 3N35A 2D6KA 5HUGA 5T5OA 1GNHA 4DS0A 4H52A 1AXZA 2D6OX 2PHUA 3A71A 4GDJA 4KS1A 5HCFA 2GNTA 3V64A 4CPMA 1V00A 4M01A 1E8TA 2F29A 1FX5A 5CBLA 2A6XA 4Q27A 3INAA 1NSCA 1V0ZA 2UWAA 1LESA 4FOYA 4Y22A 2GDFA 1N47A 5DG1A 1JHNA 5KXCA 1V3CA 4BLIA 2KM2A 4WEFA 4UW6A 1INWA 5H9RA 2CWSA 1QU0A 3NWKA 4GZWA 1H9PA 5GZFA 1SNTA 3GVKA 2W39A 4FVVA 4M4VA 5BYNA 4GEZA 1BJQA 4QNPA 2P3IA 3RG0A 4WA3A 1O4YA 4MWUA 4XTMA 2HT5A 4PQ9A 1SLIA 2WSUA 1VALA 3TI6A 3CYEA 5EYYA 3R4SA 1CVNA 1G86A 4KS5A 1CJPA 4PF5A 2SILA 1PZ8A 4B7JA 2ZABA 1DQ4A 1GZWA 4JF7A 1QNYA 1IKQA 4YLZA 1HQWA 1S1AA 2VVZA 4X6KA 1G9FA 2PHRA 1WLCA 1PZ7A 3ZVXA 1GZCA 1KQRA 4MWWA 1SACA 4K1YA 4XBQA 2DURA 1LOFC 1ULCA 4YZ2A 2D6PA 1MZ5A 1QMJA 3ZSLA 4IQPA 4QN5A 1NCAN 4CPNA 4R9BA 1MS1A 4MZAA 3FUQA 1SLLA 4MYEA 5GLVA 1FV2A 3FLTA 1KRIA 4MWVA 5T5LA 1V6IA 2GMPA 1V0FA 3UL2A 2OVUA 1YYNA 2HTQA 2ZGOA 5DUXA 2QWIA 4K1JA 4M3CA 4Y1UA 2YA7A 4C1WA 3WG2A 2D6NA 1Q8QA 2VW1A 1H9WA 2BATA 1Q56A 2DU1A 3D4KA 2YROA 1INXA 2DVBA 1UMZA 4WVWA 1SLBA 4MWLA 1UZZA 1CQ9A 4TYSA 3W58A 1ZA4A 3RQ0A 2A3XA 3AP5A 3K3AA 1SCRA 3QLQA 3AJZA 3RMXA 4XXAA 1Q8VA 3WDYA 1A4QA 3CNAA 4CPLA 4KBBA 1DFQA 1LOBA 2R0FA 4RL7A 4MWJA 1DYPA 4MX0A 5JOXA 4ISQA 1EUSA 1PZ9A 1LOCA 3WVJA 2ZACA 3JU4A 1SLCA 5IK8A 4PCRA 3UJQA 1FATA 5GJ6A 4BMEA 3ZXFA 2QWEA 3ZSMA 2NP0A 4K1KA 3AZYA 3SLIA 2ZGKA 1JUIA 4ATEA 4YZ4A 1C57A 1AZDA 4FPHA 3SH5A 2YA8A 2EALA 3FFZA 2YY1A 2D7FA 1NSBA 3FUOA 1AF9A 2P3KA 4BOWA 1LHUA 3VV1A 4CPYA 3TB0A 4M3MA 1MS8A 3V0BA 4D8SA 2QWDA 3PVNA 4GB1A 2YV8A 4MWYA 3POSA 3OGGA 4FPYA 1A8DA 1V3EA 2D3SA 4XJ9A 2UWCA 1F8EA 4R9DA 3AX4A 5CAZA 1AX2A 1MACA 2A6VA 3N3HA 3TIAA 2ZGNA 1QDOA 1RIRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5DG2A 1JYTA 2UWBA 4YW2A 2VUJA 2W87A 4D7SA 1JBCA 4IE4A 2YPJA 2VU9A 2PQQA 4RA0A 1CRZA 5DDJ3 4ASMB 2PHLA 4QWNA 2FZ2A 1MEC3 1K32A 3D12A 1IHMA 1Q8SA 1G9AA 1V6OA 4QD2A 3U14A 1F8BA 1R1A1 1PK6C 3ES4A 1WMXA 3T4HB 3GHMA 1GZ9A 2J1TA 2XKPA 2HWE2 3H1MA 5EZWA 1VRH3 4M0HA 5K0UA 3M4FA 2XZIA 1QY4A 1NA1C 4BDVB 3MLKA 2V4AA 3TNQA 2D5HA 4HHQA 1NCQA 2ZHKA 1QWRA 4LKDA 1V0EA 1NOVA 3C7FA 4BQWA 3JBG2 1CAVB 1OD5A 2WS92 3PTRB 1ZBA3 2ES3A 1QQP2 2HT7A 2CSGA 2A6ZA 5IVFA 2BVBA 2CGPA 3Q9OA 5SV5A 4XJWA 1NCRA 1FT9A 1V6NA 2VY0A 4F83A 1W99A 3B3QE 3RJ2X 1H1AA 5C6CA 1JZ6A 3HT1A 1POOA 1Y9MA 2BV4A 3VUOA 4HZYA 2VR4A 4PLMA 5IK4A 2BJSA 1O4ZA 1FNZA 1MQTB 3MV01 4UBHA 4CPBA 3JD73 5C3RA 4AE2A 2QWFA 3K36A 3SANA 5FMOL 4RQPA 1JH5A 4CDQA 1HRV1 2P2KA 3FMGA 4XFGA 4D7YA 4C0HA 1MWEA 5JMCA 4CH9A 4QQ2A 4P9LA 4RYDA 2JENA 4K20A 3KCYA 4XW3A 1I6XA 3LOIA 5JIUA 3W09A 5FUNA 4XDQA 2H2UA 3ACHA 3HNMA 3EJKA 4QQOA 4FOQA 1JU3A 2XMLA 3LPFA 3M3QA 2QCSB 2G1MA 1ZBE3 2WFF1 2VTXA 1QGLA 5JR2A 2V5YA 5EO8A 2YDTA 3TEZA 1GV9A 3R0RA 3USSA 4ARXA 1ZRIA 4KS2A 1LCLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4YZ2A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations