4YZ5A

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, in complex with 3-sialyllactose
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
657
structure length
656
Chain Sequence
TPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Putative neuraminidase
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 194
structure length 656
sequence length 657
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4yz5A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4yz5A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4yz5A02
2R49A 4BLIA 4FP3A 2AEQA 2VW1A 1QMJA 2SLIA 2HT5A 1GBGA 1NCBN 1V3CA 3TB0A 1BXHA 4PQ9A 1INVA 4MWYA 1USRA 1W8NA 4GKXA 2FHRA 5JDBA 5M1ZA 4AVTA 1ULEA 1C4RA 1V6OA 4LBQD 3JUUA 1V0FA 1U0AA 2YZ4A 1INYA 1MS1A 1SBDA 1Z4WA 1UPSA 3LCPA 2VXRA 2R1DA 5NN9A 5JVVA 2YA5A 1UKGA 3OBRA 1LEMA 5GLVA 1AJOA 1VIWB 5H9SA 2A71A 4BOWA 4GXLA 1AX2A 1WLCA 1RINA 2P37A 2W20A 4PBOA 4CTEA 1GZWA 3N35A 2DTWA 3BTAA 2QWEA 2HTWA 1ENRA 2ZKNA 5GALA 1LECA 5JOYA 2VUAA 1UL9A 2D3SA 2YV8A 3TI5A 4BQ1A 3V64A 3ZVXA 2DVFA 2NP0A 3RG0A 1E8VA 1W6OB 3K39A 1FAYA 3BOPA 4GZPA 4CPLA 4Y24A 1LOFC 1MZ5A 4MWXA 1CIWA 4JF7A 1YRZA 5HUMA 1FV2A 1INWA 1A14N 1SCRA 3M2MA 4AGRA 3OBTA 4YW5A 2KM2A 4WA3A 3WDWA 1DQ6A 1OFSA 6NN9A 3AZXA 1I3HA 3MW2A 2NYYA 3W59A 1O4ZA 2JECA 1WUVA 4MWWA 2GNMA 1W20A 2ZMLA 1N3PA 2F13A 3TAYA 3IPVB 5T55A 3ZYRA 4X49A 2P3KA 1W6PA 2CWMA 5H9RA 1BQPA 3DGTA 3SISA 3LSEA 1INXA 5EYYA 5FREA 5DXDA 5CB7A 3SH3A 1H30A 5GZDA 4QN5A 1WW4A 2NZ9A 2AUYA 3VKNA 4M3CA 3WDYA 1Q8VA 4Q2FA 3AZZA 1PZ9A 2YDPA 4XJQA 2CMLA 1N1VA 1NNCA 1LJ7A 3CL0A 1V6MA 2WKKA 2ZZJA 1IVCA 2ES3A 1V6JA 3D6EA 1W0PA 2W52A 3ZXEA 2F24A 1UZYA 3USUA 1Q8QA 3M3OA 4DRRA 4Q27A 3NN9A 4XYXA 4HZXA 2DUPA 1UMZA 1HDKA 4FPLA 4KS4A 4MX0A 2PHTA 1GZ9A 4TZDA 1OKQA 3T2TA 1GYKA 1Z4VA 3AYDA 2VSMA 4XXPA 1ENQA 2CWSA 4GZOA 4P14A 5JLVA 2D6NA 3A0NA 4RL7A 4Y1UA 4LBKA 1MZ6A 4MWVA 4F83A 3W58A 1BZWA 1W6NB 1S0GA 3VKFC 1G7YA 3V0BB 3RQ0A 1DBNA 4GZWA 3B01A 2ENRA 1GKBA 4XTMA 2SIMA 4Q8LA 2ZGLA 4I00A 3AJYA 1S1AA 4MWQA 1NMCA 5JOXA 2EIGA 2LALA 2ZGMA 1Z4YA 1G9FA 1QOOA 4CRQA 1RIRA 1HQLA 1NNAA 1A4QA 1IVEA 3FUQA 3GVLA 3WG1A 4WEFA 4XMAA 1BYHA 3UJQA 1O4YA 1A3KA 4JRAA 5HCFA 2XB6C 1F8EA 2QWGA 3FLRA 5T52A 4R9CA 2WT2A 1LGNA 2AH2A 1N47A 1UX6A 4FPEA 5F9TA 3HMYA 4MJUA 1Z4ZA 2JD4A 1X50A 3ZXJA 4GEZA 1KDKA 3N36A 2GNDA 3SITA 1DQ1A 1ULGA 2B8HA 2AEPA 3H71A 4XBQA 2W68A 3A4UA 3TI8A 1CESA 3VUOA 4H55A 1LOFA 1OQ1A 2B7YA 2A5ZA 4R9AA 3AK0A 1W6QB 1R1ZA 3ZSKA 4FOWA 3M1HA 5DUXA 5CA6A 3AX4A 2EXKA 1DHKB 3WNXA 2D6KA 4QN4A 1FNZA 1SLAA 5KXDA 4K1JA 4ZXKA 1ZM1A 2GNBA 1EUTA 2W5OA 3FBYA 4BLJA 1F8DA 1SLIA 1LTEA 2DYCA 1S0FA 3O12A 2ARBA 1N1TA 1Q8OA 2ARXA 2QWKA 2ZGKA 1VLNA 4HZYA 2R0HA 1S0EA 1V0EA 5BYNA 5SV8A 2QWHA 4YGBA 1CPNA 4HZWA 1LHNA 1SBFA 2E7QA 1QU0A 2YA4A 2JE9A 2HT8A 4MWUA 2WNEA 1SO7A 1QKQA 4Q1PA 2HU0A 1UAIA 2ZB5A 4YW2A 1V6KA 3K3AA 4CPZA 4B7RA 4UW4A 4CPMA 4WEGA 3BODA 3AZWA 1G8WA 4GJTA 4QN3A 3AXDA 2DURA 3B00A 5HCBA 1GZWB 2DU0A 2ZACA 1Q56A 1DQ4A 2WSVA 2ZHKA 4M01A 1AX1A 1H9PA 2GMEA 1DQ0A 2QWDA 2ZBJA 1LOGA 1DFQA 2ZA9A 2VWDA 4HZZA 1NLSA 1WCQA 3SALA 4D69A 2HTVA 5E89A 5B2CA 3TI6A 1C57A 4JCKA 1JBCA 2ZHLA 3VKLA 1FX5A 4NOTA 3WCSA 4Y1ZA 1AX0A 4OZXA 1V6IA 4RA0A 2EXJA 2QWBA 3FFZA 1IOAA 3ASIA 4LBOA 2E51A 4XIOA 5KXCA 4YG0A 2E6VA 1EPWA 3WDTA 2DWRA 2PELA 2ZGQA 3T1EA 4WA5A 1SNTA 4FQ4A 1GLHA 1A4GA 4GZSA 2BERA 3ZSMA 5HX0A 4KS3A 4XJRA 1QOTA 2VU9A 2CTVA 3ZXKA 4B7MA 4XOGA 2YA6A 1RITA 1HKDA 1WLDA 2XZIA 5GLWA 5HUKA 4FPCA 4B7JA 1MACA 3ZSJA 3WUDA 1DIMA 1QDOA 4YG6A 2A7AA 2C4LA 4FPFA 1V6LA 2SILA 4NCSA 3B9CA 3SANA 3OY8A 3M3QA 2BQPA 3MEPA 4KBBA 4C1WA 1LHVA 1WBLA 3AZVA 1WW6A 3D12A 5IK8A 4M3CB 3H72A 4FPHA 1LULA 2NN8A 3WZ1A 1SACA 4Y20A 1QDCA 4I30A 2D3RA 2HT7A 2ZB6A 4DPNA 2D7FA 3OYWB 2NM1A 1E8TA 1URXA 4XJ9A 3INBA 4YM0A 4MZEA 2AYHA 1Z78A 1ULFA 5DUUA 4QN7A 3PVOA 1JW6A 1VALA 5T5LA 1S0BA 1D2SA 1G9AA 3RS6A 4YW4A 4ISQA 4M4UA 3ZYPA 2W39A 2TEPA 2OUJA 4YZ4A 3POYA 5H9PA 4YGCA 1AXKA 1MR5A 4XDQA 2VVZA 2A3YA 5T54A 4XJ8A 3HN1A 4XZPA 5JMCA 4FP2A 4XJAA 1BKZA 4FPKA 2HTYA 2PHFA 4XJZA 2LTNA 4HIZA 2PHWA 4WV8A 1G9CA 2A6VA 1NMBN 1KDMA 1KRIA 2SBAA 1GANA 3AYCA 5DG1A 4KS1A 2F27A 5KXEA 1NSCA 1EURA 3N7LA 1LOAA 2PHRA 2YXSA 1VAVA 5DZFA 2XZJA 3POWA 1AXYA 1NSDA 3I8TA 1V3BA 3AP9A 2GMMA 3ZXFA 4SLIA 4AWDA 1I1EA 3NSSA 1W1XA 4KS2A 1LEDA 3KQRA 3UK9A 2VK6A 5T5OA 1CJPA 2OW4A 3RMYA 2WSUA 2WLQA 1IS6A 1C1FA 1CONA 1A8DA 4GWMA 1E8UA 1H9WA 3O0WA 5GZFA 3FLTA 3UJOA 1UN1A 4XJUA 1GNZA 2DTYA 1N3OA 1DZQA 5EYXA 2Q5TA 1W8OA 2ZGRA 2HTUA 4CZSA 4XMIA 3AP4A 4GZQA 4Y1XA 4XXAA 2HTRA 1GV9A 4WVVA 4XHBA 3NWKA 1MS3A 2YMZA 4UW6A 5H9QA 3HR9A 3AP6A 4FPGA 1L7GA 2VY0A 4K1ZA 2D6LX 3O5SA 2VH9A 3SH5A 3T1LA 2A70A 1CN1A 3OGGA 1JUIA 3WHTA 4UF7A 1WCSA 2YA8A 4YM2A 5DG2A 2ZHNA 1Z4XA 4BM8A 5EWSA 4Y1YA 3K37A 4YZ3A 3V0AB 1APNA 1JOJA 1IVDA 4UW5A 4YZ1A 4XTPA 1NCDN 1CR7A 5HCAA 1L7HA 2ZABA 3WG3A 4Y26A 2D6OX 4LBLA 4FZHA 3IPVA 1CQ9A 1DGLA 1YIFA 2VSKA 2ZMKA 1PZ8A 3RSJA 3INAA 1INFA 5IT6A 3CKZA 1ONAA 4Q26A 3O0XA 3MW4A 1W6MA 3N7KA 1DLLA 4ITCA 3WG2A 1ENSA 2ZGUA 1GZCA 3AYAA 1USXA 1LCLA 2W5NA 4M00A 4Q1RA 3GVKA 5F5QA 5JYYA 4Q8KA 5GZGA 3R4UA 2VK7A 3ZPYA 4DS0A 1EUSA 3ALXA 3OPZA 1L7FA 1QGLA 3N7JA 1JN2P 2UU8A 4MJVA 2AGSA 1CVNA 2CYFA 2A6XA 2ZGOA 2JJ6A 1VCUA 1NNBA 1WBFA 1LGCA 2QWJA 4FPJA 4Y22A 4Y1VA 2R0FA 4HL0A 4GWNA 2VK5A 2I2SA 1F31A 4W65A 2ZGSA 1DYPA 4NO4A 4BBWA 1N1SA 3PVNA 1V0ZA 4LBQA 4P9WA 2XCYA 3V0BA 1DYKA 2F12A 2P3JA 4YM3A 2JE7A 2V5YA 1KITA 1AZDA 1DILA 4GB1A 4K1HA 3KM5A 3AZYA 5CNAA 2D43A 1KQRA 3WHUA 2A6ZA 4YW1A 3B69A 1G9DA 2R1BA 1XQNA 1Z0HA 2AENA 3POSA 4FOQA 1GICA 5FRAA 2AR6A 4UW3A 3FLPA 1EUUA 1IS3A 3GVJA 3U4XA 4PF5A 5GZEA 2F11A 2OUHA 4LBNA 2H0BA 5EXOA 4FJ6A 1TEIA 2F28A 5IK4A 3H0OA 4K1IA 1QOSA 2ZGTA 3V65A 2QWFA 3A72A 2GN3A 3RMXA 1F8BA 1SLTA 1MVQA 4R9DA 3CNAA 4GZXA 1A78A 1SLCA 4ASMB 3APBA 4ISRA 1GSLA 3SH4A 4AVSA 2ZHMA 3D11A 4YFZA 1S0JA 1MS8A 4M4VA 1W6QA 2P34A 2D6PA 2QWIA 2DVGA 1LESA 4GA9A 4D8SA 1N3QA 4LBJA 4AGGA 4M3CE 1KJRA 1AVBA 3ILFA 4MWRA 3A71A 2DUOA 3WV6A 1IVFA 1LGBA 2E7TA 2A3XA 4YGDA 1MS5A 3WDXA 3GALA 1YYNA 1IKQA 4Z8BA 1LU1A 2R16A 3WDVA 3WLUA 1LOEA 3AP7A 1QF3A 1W6PB 4X4AA 1B09A 2RHPA 1J1TA 3N7MA 3IN9A 1NSBA 3ATGA 2RKCA 3QCWA 3RRDA 1QNYA 3FUOA 2ZAAA 3UL2A 1LHWA 1LOBA 1NCAN 1LHOA 4YM1A 2ERFA 1B9SA 4M4NA 3WCRA 2UWBA 1IVBA 1F9KA 2JDZA 4M3CF 1JYCA 2C5DA 3ZXLA 1S0CA 2F29A 1ZA4A 3ALWA 1F5FA 1C1LA 5T50A 5GZCA 3VKMA 2ZMNA 1FYUA 4XBNA 4ZKTB 1V3EA 3MPPG 4P9XA 3O9JA 1JXNA 2G4IA 4AGVA 4L8QA 2HTQA 3W09A 4C1XA 3USUB 2GDFA 1MS4A 4YG3A 2A6YA 2NMNA 3LSDA 3TIBA 3SILA 1AJKA 2EF6A 1DIWA 4ATFA 1V00A 2AREA 2DUQA 1D0HA 4GDIA 2GNTA 1S0IA 2W38A 3K36A 1XOGA 4K20A 4FVVA 3BEQA 2VW0A 3PJQA 4QNPA 4NN9A 2WQZC 1SBEA 1IKPA 4GKYA 3ZSLA 1VCJA 1FNYA 2UWAA 5GJ6A 5CBLA 2YDTA 3TI3A 4Q6KA 2A75A 4AYUA 5DZEA 2JKBA 4PCRA 5HUNA 2EXIA 5T5PA 2WT0A 4B7QA 1AF9A 4XBLA 3D4KA 3TICA 4YZ2A 4H53A 4X6KA 2VW2A 1KJLA 4GDJA 2W08A 3H73A 3PVEA 2E53A 1Q8SA 2C9AA 4HZVA 3MW3A 2HYKA 5DUVA 3CL2A 1MS0A 1QNWA 4XE9A 1WLWA 4MC7A 3WVJA 3NV2A 1W6MB 3WOGA 3Q9OA 3SLIA 2YY1A 4BPZA 4YLZA 1NCCN 3IKWA 5DZGA 1MWEA 4CPNA 4DGRA 1BJIA 1MS9A 3T1MA 1B9VA 4B7NA 2ZGPA 4U2AA 3H6JA 1FV3A 3NV4A 3JU9A 4FOYA 3OYWA 3WUCA 5HUGA 3B3QE 2EAKA 3N3HA 2BATA 2EXHA 4ATEA 1W6OA 3QLQA 1B9TA 4DRVA 4MZAA 4BMBA 4YZ5A 1YXWA 2A3WA 2F26A 4Y22B 2F25A 2DV9A 4PBPA 4WA4A 5IK5A 1IS4A 2PHXA 4MYEA 1V3DA 5T5JA 4FVKA 1HQWA 5DUWA 2XZKA 3TIAA 4FOVA 1N1YA 2YA7A 4R9BA 3D5OA 1WD4A 5GLZA 5KXBA 5IUQA 1NN2A 4LBQB 2C4AA 2WJSA 1IVGA 2D44A 4P9YA 4WZFA 5E8AA 2CL2A 4MWLA 2V73A 1W0OA 4AVVA 2DVBA 4JC1A 3AJZA 2WT1A 3VKOA 1GNHA 2A6WA 2ZGNA 3PMEA 1WW7A 1SLBA 3C2UA 2F10A 2D3PA 1Q8PA 4YGEA 3I4IA 1LENA 4K3YA 1G86A 4GZTA 2CY6A 5B2DA 1V2IA 2GN7A 3A0KA 4IQPA 5L73A 3ILNA 3AYEA 4BMEA 1YO8A 2X9MA 4XIKA 2BZDA 4U36A 3TI4A 3NV3A 4DQAA 1XOEA 1BJQA 3ENRA 5JOZA 4HANA 5CAZA 3O9KA 4WVWA 1CPMA 1VAMA 4YW3A 5GM0A 4QN6A 3WDUA 2DU1A 3K38A 4MWJA 2DVAA 4K21A 4M3MA 4XHXA 4DFSA 4GALA 2CNAA 1S0DA 2FMDA 3IMNA 2UURA 1INGA 2BF6A 3AP5A 5GLUA 1Z50A 1LU2A 1WD3A 7NN9A 2QWCA 3BIWE 4FPOB 2PHUA 1HLCA 1W21A 3WG4A 3SNMA 1PZ7A 1V6NA 1SFYA 4XILA 3DUIA 1W6NA 3V0AA 4CPYA 1JHNA 4K1KA 3M3CA 3OY8B 3ILRA 3B7EA 1G9BA 1WW5A 4X47A 1LODA 3NV1A 2P2KA 3M3EA 1MVEA 2NMOA 2XG3A 3AFKA 2Z42A 1ULDA 4NC5A 1SCSA 2D6MA 5E88A 3IM0A 4Y20B 3OJBA 3L2YA 1NMAN 3JU4A 1Y7BA 3O0VA 5JOWA 1LHUA 3VV1A 2QWAA 1DQ2A 2HU4A 4K1YA 1UZZA 4TYSA 5GLTA 1DQ5A 1JYIA 2GMPA 3CYEA 2YROA 5IK7A 4CPOA 4FPYA 1AXZA 4FQZA 3GNEA 3R4SA 4H52A 1F8CA 2P3IA 1IS5A 1YI7A 2EALA 2F0ZA 2UWCA 1ULCA 1INHA 5LK5A 2DVDA 3R05A 5AVAA 2OVUA 4XJWA 4LBMA 4YFWA 3AXEA 4J9TA 1LOCA 2GALA 1FATA 1SLLA 4KS5A 1NXD1
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZMNA 1RUNA 1J58A 2HLEA 2BNOA 1RC6A 2R49A 3WF3A 2UY8A 3V1SA 5JR7B 4BLIA 4C90A 4PDWA 4KGQA 4XQWA 3UV9A 4CDXB 2BBVA 4FP3A 3BTYA 2AEQA 2JG9C 1KGYA 2VW1A 4PLNA 1QMJA 2H2NA 4RS5C 2SLIA 4BDVB 4BZ4A 1J3QA 4CUAA 2VPJA 2ZZKA 2WBKA 5A3MA 4RR3A 1UCXA 4A7ZA 2HT5A 4N43B 1GBGA 1NX9A 1QXPA 3ES4A 4JDOA 4A44A 4OQ9A 1NCBN 1V3CA 1EAH3 2ATFA 4QKDA 5J96B 3TB0A 1BXHA 3MLLA 4PLOA 2WNUC 1ZRFA 1XYPA 1Z7S2 4PQ9A 5BNPC 4MWYA 1INVA 2F4LA 1USRA 1W8NA 2Q8OA 3VBOB 3J7HA 3ZYJB 4HPKA 4EV0A 4IE7A 4NHMA 5JI9A 4GKXA 4C1YB 4NVPA 1H4GA 2W0XA 2FHRA 5FPAA 5FYYA 5JZGC 1RGSA 5JDBA 2XN4A 4D6QA 2O8QA 5M1ZA 2C4XA 4AVTA 5KWRA 2VMHA 5JIAA 1VRH1 1ULEA 4QQ2A 1F5JA 5A3NA 4DY5A 4MLOA 3D82A 2IXCA 1C4RA 2P4OA 5FOJB 1V6OA 4AOCA 4IEVA 4LBQD 3JUUA 1V0FA 1U0AA 1TNRA 4GB31 1G6NA 4N7IA 5D9DA 2YZ4A 1INYA 1H8TA 1MS1A 1SBDA 3POIA 1Z4WA 5FWWA 4QKNA 1STMA 1X9TA 3THPA 1P8JA 3WNMA 2VZTA 4IERA 4XF4A 1HW5A 1UPSA 1QJU1 1JZ3A 3LCPA 2IAWA 2VXRA 2R061 2R1DA 4EWDA 2XQXA 4QPGC 5F39A 3ZYFA 3VZNA 2TUNA 5NN9A 5GX2A 1YJKA 3E5UA 2XUMA 1FOD2 4BQ3A 2YA5A 5JVVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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