5EZXA

Crystal structure of bace-1 in complex with {(1r,2r)-2-[(r)-2-amino-4-(4-difluoromethoxy-phenyl)-4,5-dihydro-oxazol-4-yl]-cyclopropyl}-(5-chloro-pyridin-3-yl)-methanone
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA02
5P3TA 2ZJHA 5OZ3A 5OZ9A 1TZSA 2P83A 1F34A 1EBZA 3BXSA 1EPQE 3LPJA 4Y39A 5OZNA 4U7VA 1BDRA 4YE3A 3APPA 1BILA 1YTIA 3PM4A 4I0GA 1QBRA 3OXVA 3ER5E 5P0RA 4I0JA 5P6LA 3OOTA 4CPSA 2HB3A 3KM4A 4Y57A 2QHZA 1VIKA 3PSUA 1IVPA 1EPLE 5OZAA 3OY4A 1C6XA 5ENKA 2IKOA 5P7CA 1T7KA 5P0YA 1AM5A 5DR4A 5P70A 3UHLA 4ZSMA 5P38A 5P1EA 4Y3AA 3UQUA 4BELA 5P36A 3SO9A 3D1XA 2WEDA 5P8CA 2Q5KA 2ZJLA 1MRXA 4Z4XA 5AGZA 2G24A 2FNSA 3D1YA 3JW2A 1LYBA 4Y5BA 5P6VA 1HPXA 3OAGA 5P0CA 3SKFA 3LZSA 2OHUA 4F73A 1C6ZA 3H0BA 4KE0A 4Y9WA 1FGCC 4OBFA 1KJGA 5P4DA 5P5DA 3S54A 1YG9A 3GGAA 1G2KA 2FDPA 4JP9A 5BRYA 5P73A 5OZOA 3OADB 2Q55A 2QI0A 3EKWA 5P51A 3CKPA 4WY1A 3D1ZA 1ZJ7A 4Y5CA 3VYDA 5P1FA 2QCIA 3INEA 5HU0A 5P19A 1EAGA 1XE6A 3UQPA 5DQCA 5DR3A 5P5YA 4COEA 4FLGA 4RCEA 3OQFA 5FIVA 4ACUA 5IE1A 1BV7A 3IGBA 5P2DA 2AIDA 3INDA 3SQFA 2QZXA 3GGXA 1FKNA 1HVLA 2IL2A 3HBOA 3LIVA 1MRWA 1KJ4A 5DQ4A 5P0JA 4EXHA 5OZRA 4OBGA 1YTJA 2V10C 5P4BA 2O4SA 5P0GA 4DFGA 5P47A 4M8XA 1FMXA 4EQ0A 4I0HA 1C70A 5P71A 3MXEA 3L5CA 5P8RA 3DOXA 4YA8A 2VIYA 3FSMA 3Q4BA 5HD0A 5HE4A 4B1EA 5IVTA 4UPJA 5OYTA 2P3BB 3AUPA 2H6SA 2AVQA 4GJ9A 5ER1E 1B11A 1HHPA 3G70A 4EJLA 5P68A 1A94A 5OYVA 2Q54A 4B70A 3UDRA 1SMRA 3VSWA 1APWE 5OZCA 3EL5A 3VYFA 4J1KA 1XL5A 4KUPA 2VS2A 3TPPA 1HVHA 2ZJKA 2QK5A 4HEGA 3K5DA 2RENA 1BDQA 4FSEA 2I4VA 4GJ8A 1FG6C 4RVJA 2QI1A 3QIHA 3I7EA 3LPIA 4J1HA 3SM2A 1SDTA 2OHSA 5KR1A 3NXEA 5P5LA 3RSXA 5IVRA 3IXOA 4GMIA 3KFNA 1BWBA 3NR6A 3WSJA 4M8YA 5P5ZA 4GJ5A 2IGYA 4Y4GA 2HS1A 3KF0A 4E43A 4YDGA 1Q9PA 4AA8A 5DPZA 3O9GA 2APRA 5P8GA 4FAFA 3BRAA 5P3AA 4U8WA 5P2OA 5P3DA 3O9LB 4J0PA 3INHA 1EC0A 3EC0A 5P7MA 5I3YA 1GKTA 1PSNA 5P4RA 4RRNA 5CLMA 3SA9A 3L5BA 4K4PA 3QI1A 3CIBA 4I0IA 1APTE 4J0TA 2PSGA 2ZHTA 2BPVA 2PWCA 3NDTA 5JG1A 4L1AA 4ZPGA 3RSVA 4J55A 4YD6A 1TQFA 3VV8A 3O9IA 4HDBA 5PEPA 2FIVA 5P1CA 2P3DA 4Y3HA 2CEMA 3OUBA 2UXZA 3CKTA 5P7KA 2QAKA 3IA9A 3D91A 2QD8A 3OUCA 2QD6A 4S1GA 5P57A 4EJKA 1DW6C 1BV9A 5P0IA 5P4KA 1HTRB 3PGIA 4J1CA 2RKGA 4HVPA 5P0OA 1ODWA 5P6OA 2NNPA 4NJTA 2QNQA 2ZHSA 4Y36A 4EJDA 2A4FA 2ZHVA 4NKKA 3ZKSA 2AODA 1ZSFA 1HWRA 1LV1A 4DI2A 1MSNA 3WB5A 4EWOA 4PEPA 5P76A 1AZ5A 3ZOVA 2I0DA 4D8CA 2AVOA 4QJ7A 2O40A 1EBYA 4Y3SA 5P2WA 4Q1YA 3HAUA 4CPWA 5P3KA 4QLHA 5P0BA 5KR0A 3PWRA 2NNKA 2G1YA 2R3TA 5IVQA 5P79A 1D4YA 1FFFC 4PPHA 1B6KA 1SIVA 5P29A 4CPXA 2R38A 5P3BA 5P6PA 3RTNA 5EZZA 5P4OA 3OU3A 3KT5A 3GI4A 3EM3A 4FIVA 5P5BA 2IS0A 3KMXA 2AOFA 3SA4A 5DR0A 2PYNA 1HXBA 4WY6A 2AZCA 5OYZA 4B77A 1LYWA 1QDMA 1IZHA 4OBHA 4OD9B 2ZHUA 4CKUA 4I11A 3DK1A 5P6GA 5P3GA 4ER4E 1G0VA 1GVVA 4I10A 5JFPA 3TKGA 3UFLA 5P27A 1FLHA 4B1CA 3S56A 5DQ2A 4ZLSA 4LBTA 5P2JA 1W5XA 1DIFA 1HVRA 1K2BA 1BBSA 5KQFA 4CMSA 5P6CA 1C6YA 5P7VA 1PPME 3ZKQA 3S43A 5P2CA 1HBVA 2NXDA 3FKTA 3BVAA 5DR8A 5P5HA 2QZLA 1BIMA 4GJAA 4R5NA 5P59A 1D4HA 3VF5A 1AAQA 5JODA 4CPUA 2EWYA 5P45A 1W5YA 3FIVA 4GIDA 1SGUA 4RVXA 3UDHA 5P4LA 2V12C 4Y4TA 5P4AA 2WF0A 3ZKGA 5COOA 1SDUA 3BXRA 1W6IA 1CMSA 1D4KA 4DJQA 5P0TA 1K6TA 1FG8C 5P2MA 5P5WA 2I4XA 3O9FA 6UPJA 4Y3MA 5P1WA 3TPJA 4YOAA 2PQZA 4J1EA 1N49A 1HSIA 5P8KA 4Y3DA 2IENA 5P4GA 3LHGA 1PSAA 5P6EA 4EQJA 4Y4BA 4Y3ZA 2XFJA 2RKFA 2QMDA 5P22A 4Y5KA 3UTLA 4Y58A 4YOBA 1FQ5A 3PRSA 1FMUA 5P2HA 4RVIA 1IVQA 1XE5A 2VIZA 3VG1A 5P12A 5P04A 3B80A 3O9CA 3OU1B 5P5UA 5P0SA 4HDFA 4FRSA 2FDEA 3OXCA 4EXGA 5P0DA 3VLBA 5P83A 2A1EA 3VF3A 4TRYA 5P0LA 3T11A 5IVSA 3OXWA 1B6MA 5P1LA 5P50A 1GNNA 5OZ6A 2V00A 5OZ1A 4YHQA 4LHHA 5P1YA 4DQBA 2FS4A 3KMYA 1LF3A 5P6SA 5I3WA 3L58A 3QVCA 3OQDA 1XDHA 4I1CA 5P8AA 5OZPA 2Q15A 3C9XA 3QBHA 5JFUA 2G1NA 2V13A 4Y5LA 4F76A 3NWXA 4Y5PA 5P6WA 3EBZA 5BWYA 5AHCA 3OU4B 1B5FB 2JYSA 3NXNA 2OHLA 4ZEAA 5P8OA 5P3HA 3ZKXA 4DQGA 5P10A 5AH6A 2G1RA 1ZBGA 1YTGA 1YM2A 1EBKC 5P0EA 4Y4UA 1QRPE 4Y4WA 2OHRA 3GGUA 2G1OA 5P3MA 5P64A 5P7EA 1WBKA 4A6CA 4LP9A 1LYAB 3UDPA 4HE9A 2WEBA 1MT9A 1ZPKA 5P8QA 5P7QA 1W5VA 5E5KA 2FMBA 5P6DA 1UH7A 5P5AA 3GI0A 3L5DA 2I4WA 2NPHA 2R3WA 3B7VA 3QBFA 5P4IA 3S53A 2ZYEA 5P08A 5OZUA 3SA3A 2BPWA 4H3FA 4FM8A 3UDNA 4I8ZA 4XKXA 5C9DA 5P8NA 5P3XA 5P37A 4J0ZA 4DV9A 3BGBA 1GNOA 1FQ7A 1MT7A 4H3IA 3NDXA 3NU9A 5P62A 3NU6A 2G21A 1VIJA 4H3JA 1APUE 5P7XA 1A8KA 5P60A 3SFCA 3PVKA 2WEZA 3SAAA 5COPA 5HDZA 5P2FA 1ENTE 3SKGA 2NMYA 2AVSA 5P13A 5P89A 3L3AA 3SA5A 5P5PA 1MTRA 1LYBB 4I8WA 4PZWA 3UDQA 3OAGB 3TOHA 2R5PA 3SA8A 3TPLA 3I8WA 5P53A 1HTGA 2AOCA 4EYRA 7UPJA 1MTBA 3BGCA 4Q1NA 5OYYA 1HIVA 3S7LA 3K4VC 5P7NA 3DM6A 3OUDA 1RPIA 3PB5A 4FAEA 4YD7A 5OZTA 4Y35A 4Y47A 4Y41A 1DMPA 3EL9A 5DGUA 1TW7A 2QNNA 4Q1XA 1OEWA 3O9DA 1IDAA 3PMYA 2G1SA 3R4BA 2PWRA 2ZJNA 3PLLA 1ZPAA 4X7IA 5P4SA 5P0PA 2QI7A 5P26A 1OHRA 2FXEA 5P7UA 3HVGA 5P1MA 5P3WA 1MVPA 5P7FA 1ME6A 3SABA 4RLDA 4QJAA 2P4JA 1SBGA 4HA5A 3TLHA 1FQ8A 3NDUA 4GJDA 4J0YA 2Z54A 1BXOA 2BKSA 5P1TA 2QI4A 2J9JA 3T7QA 1KZKA 4HZTA 4X2LA 1QBUA 1FFIC 5P0KA 5P5QA 3EL0A 1T6EX 3U71A 1GVWA 5P7HA 3UCBA 3R1GB 2HPFA 4FRKA 2QHYA 2UPJA 5P2BA 5OYXA 3CICA 3QRSA 5P05A 4DH6A 1MSMA 3OGQA 1EC2A 5P0WA 5P3YA 1BXQA 4LXAA 4GJ7A 5KQYA 2BBBA 4YBIA 4PHVA 1E80E 1ZAPA 1B6LA 2QU3A 3KFSA 4Y3TA 1NH0A 2P3BA 3HVPA 4OC6A 2AZ8A 5P1ZA 2QI6A 1BVEA 5P2AA 2QNPA 2MIPA 3M9FA 5OZ7A 2F3EA 5P0NA 5OYRA 5P18A 5P2IA 2PSUA 3I2LA 2G22A 1BWAA 1E81E 4B05A 4I0ZA 3QP0A 2VNMA 5P4WA 3ZKNA 3PI0A 4RYCA 3LPKA 5P1KA 1U8GA 4Y5NA 4Y53A 5P4EA 4EPJA 3IN3A 5P03A 1FQ6A 5AH9A 5P1AA 1D4SA 1FEJC 4DJYA 5P23A 4L1AB 1UPJA 3JVYA 2AZBA 2BPZA 2QZKA 2IRZA 2BPYA 3EKYA 5P7ZA 1BVGA 3S45A 3QRMA 1BDLA 2NTRA 1YX9A 2PSVA 1LF2A 2PH8A 2VIEA 4R93A 5P43A 4DQFA 1AXAA 1JLDA 4DJOA 5P2XA 3RTMA 5P0VA 3VV7A 3PBZA 3VEUA 1D4IA 1HPSA 5I70A 1E5OE 3HAWA 4IVSA 4U7QA 5P7GA 1WKRA 3D3TA 4ZPFA 5OZ4A 4K9HA 5SXNA 5P42A 4Y3YA 3WZ6A 4Y3LA 5P6XA 5SY3A 5OYWA 2O4KA 1SMEA 5P3VA 3EM4A 5OZ0A 5HU1A 5HTZA 5P4ZA 4Y3NA 3O9AA 1OEXA 4ZSRA 5P2NA 3BHEA 1TCWA 1MESA 5OZXA 3OHFA 5P1OA 5P78A 4CP7A 4WTUA 1EPRE 4I0EA 2R43A 4ZSQA 5P17A 2HS2A 3ZMGA 4CPTA 2NXLA 2G27A 1SDVA 1EC3A 5P4XA 3N3IA 5UPJA 2F3FA 3IAWA 3TOGA 2I4UA 1Z1RA 5P0MA 5HE5A 5P5CA 1SP5A 1ZP8A 3ZPUA 5P8SA 3OK9A 1E82E 2WF1A 3ST5A 3QAAA 1HVSA 5OZHA 3CYXA 5P8PA 1LYWB 5P8DA 5P61A 5P2TA 5P32A 5P0AA 5P1SA 4Z2ZA 5P09A 2QI5A 4QJ2A 5HDVA 3U7SA 5P8MA 2IDWA 4H3GA 4CPQA 4RCDA 5P1JA 5P1VA 2ZHRA 5P4NA 1ZSRA 2Q3KA 1HOSA 2NR6A 1Z1HA 4DJXA 5B18A 2VJ7A 2F8GA 1KJFA 5P6KA 5P2LA 2ASIA 3ZPSA 1IBQA 3O99A 2VIJA 4RZ1A 2XFKA 3SPKA 4L6BA 3FNTA 5P6ZA 4J5JA 4D88A 3BVBA 5P1IA 4DJPA 5P0QA 5P46A 5P15A 3DUYA 3ZKMA 1GVXA 4GJ6A 2ER6E 4LXMA 3EKVA 2JJIA 2UY0A 1MPPA 5P3SA 2ZDZA 5P5XA 4I0FA 2BPXA 1HVKA 2SAMA 3RU1A 5P4YA 4FE6A 2V0ZC 3INFA 3T3CA 4Y6MA 2ER7E 1OD1A 3O9BA 1MIQA 5P0XA 4Y4EA 1EPPE 2VA6A 5P7YA 2FLEA 5P3RA 4DQHA 4TVHA 2QU2A 2WHHA 5P8IA 4QGIA 4XX4A 3NUOA 5P7DA 3O9HA 4B0QA 3LIZA 1K1TA 5P6JA 2AVVA 5P4FA 3URIA 3SACA 4Y3GA 3URLA 2ZJIA 3L59A 4A4QA 4LC7A 3OTSA 5COKA 4MC1A 3PI5A 4OBZA 3BUGA 1D4LA 4IVTA 3OQ7A 5P7OA 4ER1E 1ODXA 1BAIA 1T7JA 5P5SA 3PCZA 5ISKA 4OBKA 5P3FA 4MC9A 2BJUA 2OHMA 1GNMA 2IGXA 5P66A 4J1IA 3PBDA 3DCKA 2JE4A 2OHTA 3TTPA 5P8FA 4EHCA 2BKTA 7HVPA 5J25A 4ZIPA 5P6HA 4Y3RA 3GI5A 4YD4A 3L5FA 3SA6A 3O9EA 5P20A 2O4NA 3TOFA 3HZCA 3OQAA 5P54A 5P6UA 3LIXA 1NPWA 2WECA 4FGXA 2ZGAA 2AOJA 2XYEA 5P87A 5P5OA 4DJRA 5P2YA 3QRVA 4Y5EA 2BQVA 5KAOA 2Z4OA 4Y5AA 5P07A 5P4QA 4DJVA 3EL1A 1T3RA 5P48A 4R92A 1YTHA 4RGHA 3NU3A 1QBTA 4GJCA 5APRE 3MSLA 3UQRA 3SLZA 4PYVA 1TCXA 3R0YA 4AMTA 1D4JA 4YD5A 2HB2A 3S7MA 3I6OA 1HPVA 2F81A 3EXOA 1HRNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3T A;  2ZJH A;  5OZ3 A;  5OZ9 A;  1TZS A;  2P83 A;  1F34 A;  1EBZ A;  3BXS A;  1EPQ E;  3LPJ A;  4Y39 A;  5OZN A;  4U7V A;  1BDR A;  4YE3 A;  3APP A;  1BIL A;  1YTI A;  3PM4 A;  4I0G A;  1QBR A;  3OXV A;  3ER5 E;  5P0R A;  4I0J A;  5P6L A;  3OOT A;  4CPS A;  2HB3 A;  3KM4 A;  4Y57 A;  2QHZ A;  1VIK A;  3PSU A;  1IVP A;  1EPL E;  5OZA A;  3OY4 A;  1C6X A;  5ENK A;  2IKO A;  5P7C A;  1T7K A;  5P0Y A;  1AM5 A;  5DR4 A;  5P70 A;  3UHL A;  4ZSM A;  5P38 A;  5P1E A;  4Y3A A;  3UQU A;  4BEL A;  5P36 A;  3SO9 A;  3D1X A;  2WED A;  5P8C A;  2Q5K A;  2ZJL A;  1MRX A;  4Z4X A;  5AGZ A;  2G24 A;  2FNS A;  3D1Y A;  3JW2 A;  1LYB A;  4Y5B A;  5P6V A;  1HPX A;  3OAG A;  5P0C A;  3SKF A;  3LZS A;  2OHU A;  4F73 A;  1C6Z A;  3H0B A;  4KE0 A;  4Y9W A;  1FGC C;  4OBF A;  1KJG A;  5P4D A;  5P5D A;  3S54 A;  1YG9 A;  3GGA A;  1G2K A;  2FDP A;  4JP9 A;  5BRY A;  5P73 A;  5OZO A;  3OAD B;  2Q55 A;  2QI0 A;  3EKW A;  5P51 A;  3CKP A;  4WY1 A;  3D1Z A;  1ZJ7 A;  4Y5C A;  3VYD A;  5P1F A;  2QCI A;  3INE A;  5HU0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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