5FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RETROPEPSIN
publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 27
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5fivA00
1E80E 4B70A 5P29A 3OY4A 5P50A 4DPFA 5P1PA 1ZJ7A 5P0VA 5P2IA 5P27A 4K4QA 2AOHA 5KQFA 4JPCA 3NSHA 4L7HA 4QJ8A 5DR7A 3DUYA 1YT9A 5OZCA 5P30A 2BKSA 3R2FA 1B6MA 5P0JA 4ZEAA 4Y4GA 4D89A 3HDKA 3OQDA 4QGIA 3LPIA 1W5VA 4Y4TA 2OHRA 5P3CA 3K5CA 2RSPA 1A8GA 3INHA 3QRMA 5AH8A 5P6VA 5COPA 5P5UA 2AZ9A 1FGCC 3GW5A 5P55A 3PWWA 4TVGA 5P1UA 5PEPA 1SMEA 3CMSA 2EWYA 2PYMA 1MRXA 4CPQA 1EAGA 5P7OA 5P54A 3T7XA 4X7IA 2PQZA 1GVWA 1LV1A 5P4VA 5COOA 1W5WA 3S8IA 2QI1A 2VA5A 1QBSA 2QP8A 3BUFA 3TKWA 4OC6A 4Y36A 4DFGA 5P78A 1HIHA 1KJ7A 2VJ7A 2R5QA 2ANLA 2AIDA 3PSYA 2G94A 1OD1A 1YG9A 2VIYA 3CIDA 3PMYA 3WB5A 2OHUA 1MPPA 5F01A 4FL8A 1W51A 4H3JA 3OADB 3SABA 5P0SA 5P36A 4J0VA 4GJ5A 1EBKC 1K1TA 3MWSA 1UH9A 2R9BA 2NXLA 3LZYA 3RTNA 1PPKE 5P84A 5P6EA 3I2LA 2BPZA 5P2LA 4D83A 3CKTA 1DP5A 5P1CA 5P7EA 3VUCA 5P2OA 2O4KA 1K2BA 1HVHA 4JP9A 5P0AA 5OZUA 3CYWA 4HDBA 1SDUA 5KAOA 5P6UA 2VJ6A 5P87A 5P8SA 1YTHA 3APPA 3PLDA 4Y3NA 4RRNA 4Y4UA 5SXNA 3SM1A 4FAEA 3N4LA 1BXOA 5OYQA 5P47A 3O9HA 4J1CA 5P8EA 3INEA 4CPTA 3VSXA 4E43A 3S45A 5DR1A 3OAGB 5P4DA 1BXQA 1FEJC 4I0EA 4S1GA 4Y58A 5OZEA 2HS1A 1GNOA 5P5IA 4LAPA 4Y38A 4CPSA 4Y54A 5P5OA 3EL5A 5P0IA 3S85A 4Y5PA 3QAAA 2BBBA 3FNTA 5P5ZA 3ZOVA 3VF7A 5P3PA 1A8KA 2V00A 1LF3A 4B77A 4Y3ZA 3VYDA 4J1FA 5OZBA 2B8LA 4CPRA 4NPUA 5P8MA 4LXMA 1QDMA 2I0AA 2I4VA 5P1GA 3SM2A 2BPVA 4YA8A 5P2TA 5P5QA 4B0QA 5P7GA 4GJCA 5P3BA 3INFA 4QLHA 4ZE6A 5IVRA 1DW6C 5P8FA 2QI0A 5P16A 5P5KA 5P6PA 3ZLQA 5OZTA 4GJ9A 5OZWA 1TZSA 5P01A 5P65A 3QBFA 1UPJA 2ER6E 4Y5EA 3ZKQA 2PWCA 1HIIA 5P3RA 2Q54A 4GJAA 1YM2A 5OZSA 4B05A 3EKWA 3NUOA 2IQGA 1QS8A 3VFAA 3OU4A 1AM5A 3LNKA 1FQXA 3OGPA 5P4IA 4EHCA 3R0WA 5IVSA 1ODYA 2F3EA 2PK5A 2P3AA 2I1AA 5P8PA 1G0VA 5OZYA 1DPJA 5P5AA 4H3FA 1TSQA 4Q5MA 4Y48A 5OZXA 3S2OA 4PPHA 4Y3PA 2FLEA 3OQAA 5BWYA 4Y4EA 5P0BA 4CPUA 5AHBA 4Z4XA 5KOSA 1HTRB 3C9XA 3OQFA 1SIVA 5P2YA 3HVPA 5P4FA 2QI6A 4DJUA 2AVMA 4R8YA 1PROA 2HPFA 4RROA 3MSJA 2IENA 3EBZA 4Y3LA 5P81A 5P4LA 2QMDA 3WZ7A 5P0UA 2PSUA 5ENMA 2OHTA 5P4UA 3TPJA 3ZKSA 2I4QA 2VNMA 3VV7A 4Y3QA 2G1OA 4F74A 5P42A 3OU1B 5P3EA 5P7NA 5P13A 4J55A 5P09A 4L7JA 5P83A 4FAFA 1GVXA 4AA8A 2HB2A 1XL5A 3O9CA 3URIA 5P25A 3VF5A 1C6YA 5P3KA 1YTJA 4CPXA 4M8XA 1HVRA 5P6YA 1ZP8A 3FIVA 3F9QA 5P5HA 5C9DA 3SACA 3EKVA 4Y3HA 5P6SA 5P1AA 3UDPA 2ZJLA 1WBKA 3T7PA 4J0YA 5P7QA 1HIVA 2AOGA 5AH6A 3CYXA 4F76A 1SP5A 1IDAA 3QRVA 5P5JA 3OADA 5P6GA 4Y53A 4I8ZA 1M43A 5HU1A 5P1XA 3WSJA 2WF4A 4RZ1A 2IDWA 5P6WA 2IGYA 5P1EA 3TPRA 4Q1XA 4I10A 5P20A 3VF3A 1B6LA 5BS4A 2Q3KA 1XN2A 5OZJA 3O9EA 4QJ6A 3NDWA 4JECA 3SA7A 2G1NA 3MSKA 4Y3RA 5P22A 2B8VA 4EJDA 3PMUA 2H6TA 3SA4A 4JPEA 4J1EA 2AOEA 1SIPA 1K6VA 5P8RA 2G69A 3SLZA 1GVTA 5OZGA 4D8CA 2NNPA 1OEXA 3IGBA 5P5TA 5P1JA 2ZHTA 5P0QA 4J54A 5AHCA 1EPQE 1LYAB 1D4HA 2RKFA 2VA6A 2PMAA 2F3FA 4EJKA 5P61A 3UDQA 4MC2A 4Y35A 2O4NA 5OZDA 5P1VA 2F8GA 4RLDA 3LPJA 5ENKA 5P2WA 4OBFA 3OAGA 5DR8A 1IDBA 1Z1RA 1M4HA 1XE6A 3K4VA 5P5NA 3GGVA 3TKGA 3KT5A 3ZKMA 4NJTA 3KDBA 3HD8A 4OBHA 3Q3TA 3NLSA 4EPJA 2I4XA 2APRA 3EKQA 5P1RA 5P86A 3U71A 6APRE 3S53A 1EPOE 1W50A 2AVQA 5I3VA 1K6PA 3OQKA 3QPJA 5KR0A 3IXJA 5P2EA 1IBQA 3URLA 5OZ0A 3SA3A 5P5XA 2ZJMA 4Y43A 4Y4DA 3NU9A 5P4YA 4HZTA 3NDUA 2UY0A 3DV5A 2NPHA 5P53A 3N3IA 3BC4A 3LIQA 3VCMA 4MC9A 1D4SA 3SQFA 3VV6A 2V11C 3NU6A 4I12A 1TCWA 4Q1NA 3S54A 4LP9A 3OU3A 5P0CA 3MXEA 5P8LA 3TOHA 5HD0A 1BDLA 1LYBB 2I0DA 3UDHA 4DV9A 2H6SA 1D4IA 1W5YA 4Y4JA 4H3GA 4Y5CA 2QZWA 1GVVA 5OZKA 2WF0A 2HAHA 4L7GA 1HPVA 2HM1A 5P3LA 5P7KA 5OZ5A 2ZYEA 4XKXA 3SKFA 5P89A 5P5FA 2FXEA 1APTE 4YD4A 3IN4A 4ZPEA 5P3NA 4DJPA 1EBZA 5P04A 5P7WA 4Y3TA 3EL9A 1CPIA 1KJ4A 5OZZA 4DJRA 1PPME 3PBZA 2FS4A 5P1SA 3KDCA 2WJOA 5HDVA 3BGBA 3PBDA 5P8BA 5P5LA 4F75A 5P73A 4RVIA 5P6AA 5P0LA 5P0WA 1PSOE 1C70A 4HE9A 3TH9A 3L5BA 3IAWA 2OHKA 5OYUA 4Y5KA 5E5KA 3B7VA 4RCEA 3U7SA 1RNEA 3IVIA 1OHRA 3OU1A 1MERA 3EM3A 5IVTA 1T7JA 5AHAA 5OZOA 5P0ZA 1W5XA 1FFIC 1FQ8A 2ASIA 4YBIA 5P03A 2ZE1A 4R93A 3HAUA 3VLBA 4CPWA 1Z1HA 4HLAA 2AOJA 5P2UA 5I3XA 3L3AA 5P7HA 2I4UA 4BFBA 1FMUA 4Y4AA 5OZMA 3ECGA 3VFBA 5DQ5A 4J1KA 5P6TA 5P7YA 4Y47A 4I0ZA 5HDXA 5P4EA 1OEWA 4FCOA 5P8KA 1ZSRA 2I4DA 4J0PA 3BGCA 3OOTA 1T7IA 4FS4A 3APRE 4WY1A 4M8YA 4COEA 3G70A 5P69A 4J0ZA 3OK9A 3HAWA 3NDTA 1MSNA 3UDMA 4KUPA 3I7EA 1LYWB 2WF1A 3TLHA 5P8VA 5P11A 2QAKA 2FNTA 5C9BA 2HB3A 3LIXA 3QVIA 2AODA 2CEJA 5HCOA 1T3RA 5P40A 4PHVA 3ZKIA 1LYAA 2VIEA 3L59A 4DI2A 5P58A 5HTZA 1FB7A 3GI4A 4Y5MA 2FGVA 5P1NA 4FRIA 1C6ZA 1D4KA 4XX3A 2V10C 5P3XA 2O40A 5UPJA 1MT7A 5AGZA 5P3WA 5P43A 2Q64A 1EC3A 3D3TA 1F34A 3SA8A 2BPXA 3O9BA 3O99A 3PVKA 1RQ9A 1ZAPA 1ME6A 5P6OA 5AH9A 5P8HA 1NPVA 5P1LA 1HEFE 5P6QA 4OD9B 1XS7D 4HDFA 5OZ1A 5P4AA 4FM7A 2O4PA 2ZJIA 5P39A 1PFZA 3OXCA 1ODWA 4DJYA 5P0RA 1JLDA 1G2KA 1VIKA 4B72A 3RVIA 3T6IA 1MESA 2P3BB 3PSGA 1ZBGA 1G6LA 5KOQA 1B11A 5P7VA 4ER2E 5P70A 2FDDA 5P23A 2OHMA 4GZFA 1YTIA 2ER7E 1LYBA 5P4ZA 1HSIA 4I8WA 3UDNA 5P7MA 2QHCA 2Z54A 5DQ2A 3HLOA 4ZPGA 2FXDA 1NH0A 3OGQA 3QROA 5P72A 1TW7A 3OUCA 1FFFC 3FV3A 1ZPAA 4LHHA 5P3FA 2VS2A 2VNNA 3S43B 3KMYA 4NJVA 5P77A 2QI5A 3KA2A 5P14A 4Y3WA 3H0BA 4FSEA 4K4RA 4YCYA 2Q55A 4FGXA 3G6ZA 4RCDA 4Z22A 4DQBA 5JFPA 1FMBA 5P7FA 4RYGA 2F80A 1ODXA 5P3DA 5P15A 5P6KA 2FNSA 3BUHA 2OHQA 3UCBA 5AH7A 1BIMA 3UTLA 1LEEA 5P2SA 5P57A 1K6CA 4ZIPA 2B42A 3R0YA 5P51A 5P0FA 2CEMA 5P44A 4OBJA 4DQCA 3PCZA 4EWOA 1FQ5A 5TOLA 3KFPA 1HOSA 3SFCA 3S7MA 4AMTA 3KFRA 4YDFA 5OYVA 1HTEA 4Q1WA 4IVSA 4EJ8A 3SA5A 4Y5LA 3UFLA 3Q70A 4DQHA 1T6GA 5P4XA 6FIVA 2O4LA 1APWE 2F81A 3L5EA 4LC7A 3WB4A 2JYSA 5P3QA 1D4LA 2O4SA 2QZKA 4Y57A 4FM6A 5SY3A 2J9KA 3KT2A 4Y50A 5HVPA 5P08A 5DGUA 1MTBA 5P5WA 1AXAA 4HDPA 1BBSA 3I6OA 3GGUA 1DMPA 3PLLA 4YD3A 2Q5KA 2WEZA 5P52A 8HVPA 2NMZA 2VIZA 1EBWA 2QZXA 3L58A 4XXSA 4GJBA 5OYWA 4J0TA 1LYWA 5P0HA 3BRAA 4Q1YA 3RTHA 4GIDA 4D88A 5P5CA 4N00A 1U8GA 4PZWA 3SAAA 2G22A 4ER1E 4FE6A 1MUIA 3UHLA 5FIVA 1PPLE 3NU4A 4QJ2A 5KR8A 2UPJA 3D1ZA 3QI1A 2V16C 4H3IA 2OF0A 4I0GA 2IEOA 1A30A 1FG8C 4L1AB 4YCTA 3EL0A 4I0DA 1LS5A 3R4BA 1KJHA 5P7DA 5P88A 5P1YA 4ER4E 5P3AA 4DPIA 4I1CA 4DUSA 1DIFA 2R8NA 2QD6A 5COKA 5P2QA 3ZKNA 3UPJA 2J9JB 1HVLA 1EC2A 5P2XA 2NTRA 3UF3A 1LF2A 1HHPA 4L6BA 4ZSMA 1HPSA 3FNUA 4WTUA 4FSLA 4OD9A 2V0ZC 4DJVA 5P2BA 3EKPA 4Y56A 2BPWA 5HDUA 3UDYA 4LL3A 4PYVA 3CICA 5JFUA 4DQGA 2R3TA 5HDZA 2HIZA 2P3BA 1ZLFA 5P5EA 1M0BA 3OXWA 4EXHA 3ST5A 4UPJA 4Y3DA 1MVPA 3NXNA 4TRYA 5F00A 5P2JA 3EXOA 4Y5GA 3FX5A 5P60A 3QN8A 5P37A 5P3VA 1IZDA 3GI0A 2WF2A 1EC0A 5P4SA 5P68A 4ZSPA 3OQ7A 4Y3SA 4APEA 1A94A 5P4CA 5OZ3A 3K1WA 5P5GA 4DJOA 2P3DA 1KJFA 5P1HA 4I0FA 3S43A 3M9FA 3PEPA 1AJXA 2NR6A 2AOFA 5OYXA 5P7XA 5OYSA 5SY2A 5P38A 5E5JA 3MXDA 2WF3A 4R91A 4HA5A 3CKRA 1RL8A 4DQEA 2BJUA 3KM4A 1AZ5A 3DK1A 5ISKA 2PH8A 5P4TA 5P2HA 4JOOA 5P5RA 4ZLSA 1BDQA 2HC0A 5OZNA 5P79A 2G26A 3FKTA 1QRPE 3VSWA 1BWAA 3D1YA 2QHZA 3D20A 4LXAA 5P24A 4GJDA 4NJSA 5P19A 3O9GA 2FGUA 5DQ1A 2WL0A 4RCFA 5OZAA 3DM6A 3S56A 4EJLA 5P64A 1HXBA 2IRZA 5P1QA 4H1EA 1FQ7A 2OHPA 4Y3AA 5P1OA 4Z2ZA 4RVJA 5P1WA 2VA7A 3I25A 2F3KA 3TPPA 5J25A 2R43A 1WKRA 3VG1A 5P6NA 1HXWA 5P7UA 5P2CA 4ACUA 1KJGA 4J1IA 1AJVA 5P8AA 2HS2A 2A1EA 5P3SA 1FG6C 1YTGA 1B5FB 3BXSA 4YHQA 3ZL7A 2QNNA 4OBZB 5P00A 3LHGA 4Y44A 3D1XA 1NPAA 5P0DA 5KR2A 5P49A 5P34A 1MIQA 3NU5A 2PK6A 3UFNA 2B60A 3OUBA 3K5DA 3BVBA 5P45A 3NYGA 2BKTA 5HCTA 4J17A 5P66A 5P80A 4TVHA 4R95A 2QI7A 3UQRA 1BVEA 3LZSA 3QVCA 1HVSA 4Y9WA 4EYRA 2WEDA 3SPKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E80 E;  4B70 A;  5P29 A;  3OY4 A;  5P50 A;  4DPF A;  5P1P A;  1ZJ7 A;  5P0V A;  5P2I A;  5P27 A;  4K4Q A;  2AOH A;  5KQF A;  4JPC A;  3NSH A;  4L7H A;  4QJ8 A;  5DR7 A;  3DUY A;  1YT9 A;  5OZC A;  5P30 A;  2BKS A;  3R2F A;  1B6M A;  5P0J A;  4ZEA A;  4Y4G A;  4D89 A;  3HDK A;  3OQD A;  4QGI A;  3LPI A;  1W5V A;  4Y4T A;  2OHR A;  5P3C A;  3K5C A;  2RSP A;  1A8G A;  3INH A;  3QRM A;  5AH8 A;  5P6V A;  5COP A;  5P5U A;  2AZ9 A;  1FGC C;  3GW5 A;  5P55 A;  3PWW A;  4TVG A;  5P1U A;  5PEP A;  1SME A;  3CMS A;  2EWY A;  2PYM A;  1MRX A;  4CPQ A;  1EAG A;  5P7O A;  5P54 A;  3T7X A;  4X7I A;  2PQZ A;  1GVW A;  1LV1 A;  5P4V A;  5COO A;  1W5W A;  3S8I A;  2QI1 A;  2VA5 A;  1QBS A;  2QP8 A;  3BUF A;  3TKW A;  4OC6 A;  4Y36 A;  4DFG A;  5P78 A;  1HIH A;  1KJ7 A;  2VJ7 A;  2R5Q A;  2ANL A;  2AID A;  3PSY A;  2G94 A;  1OD1 A;  1YG9 A;  2VIY A;  3CID A;  3PMY A;  3WB5 A;  2OHU A;  1MPP A;  5F01 A;  4FL8 A;  1W51 A;  4H3J A;  3OAD B;  3SAB A;  5P0S A;  5P36 A;  4J0V A;  4GJ5 A;  1EBK C;  1K1T A;  3MWS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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