5HTZA

Bace1 in complex with (s)-5-(3-chloro-5-(5-(prop-1-yn-1-yl)pyridin-3-yl)thiophen-2-yl)-2,5-dimethyl-1,2,4-thiadiazinan-3-iminium 1,1-dioxide
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5htzA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5htzA02
5P7SA 4YD5A 4Y35A 5P12A 5P5XA 3O9LB 3S43B 3D91A 1PSNA 5P88A 4Q1YA 2QNPA 4Y3DA 5P1WA 3ZPUA 2JE4A 3ZPTA 4U8WA 2PYMA 2J9JA 5P1AA 5P5TA 1HPSA 1B11A 5P33A 3KDBA 2G94A 5P6RA 5P8GA 5P7RA 3UHLA 4Y43A 3LIYA 4NPUA 4A6BA 5P8LA 4ZPFA 1SIVA 4Y45A 5P4EA 1GVUA 4YA8A 5P6ZA 4B05A 3PB5A 1HSIA 5P3CA 3IVHA 5P0OA 2PWRA 1FQXA 5P1NA 5SZ9A 1ZAPA 5AGZA 1BV7A 5P6LA 5P8AA 1FQ5A 4AZYA 3LPIA 2I1AA 4Y3RA 1K6TA 1BWAA 4J0VA 1Q9PA 4Y4JA 4YCTA 5P72A 1PPME 2BPVA 5HDXA 3T3CA 2PH8A 5P6MA 2FDEA 2Z54A 4DI2A 3OTSA 5P4IA 2G22A 3L38A 4YDGA 4JECA 3DJKA 4HVPA 5P5GA 2BPZA 1LF2A 3K5DA 3H5BA 3K4VC 4BFDA 5P62A 3PMYA 5P7AA 2O4KA 5OZIA 2OHTA 4L6BA 5P0EA 5AHCA 5KQFA 2OHKA 1BV9A 2OHSA 3O9CA 2QI5A 3R0YA 5P16A 2HC0A 2V11C 5IVRA 1RQ9A 4DJWA 5P5ZA 3K5GA 5P4AA 1FLHA 4Y56A 1LYBB 2ER9E 4HEGA 1B5FB 2Q5KA 5JG1A 2F3KA 3BVAA 2OHRA 4OD9A 2G21A 3QIHA 5P1SA 5SY2A 2VA7A 5OYUA 5P0LA 3QS1A 1A9MA 2ZJIA 4CPXA 1BDLA 5OZEA 5I3YA 5P1BA 1AM5A 5OYXA 5P60A 2NMYA 4S1GA 5AH7A 1APUE 1W5YA 3O9HA 2FXEA 5P07A 1D4IA 5CONA 4YE3A 4R91A 3OK9A 1META 2UY0A 1MERA 3BUFA 5P0XA 3UDNA 3I6OA 1IZDA 1UH7A 3NUOA 5P6BA 4DJPA 2R5QA 3QVCA 5P04A 3CIDA 4J1HA 3GGUA 4APEA 5OYZA 5P4MA 2VJ7A 4HDPA 5P65A 3R4BA 4Y57A 2ZHSA 3EKVA 3OUDA 5P1HA 4BEKA 5P53A 4D83A 5DPZA 3OU1A 3HBOA 1HOSA 3NDTA 5P82A 3NSHA 1LYAB 1GVXA 3SQFA 5OZ9A 4CKUA 3BUHA 4RCEA 2IL2A 1TW7A 2AVOA 4RLDA 5OZAA 2ANLA 4EJLA 5P7YA 1CMSA 5P6VA 4Y3AA 3BGCA 5OZHA 5P2CA 4Y51A 5KQYA 2H6TA 3OQFA 2RSPA 4Y4ZA 4Y3MA 3GI0A 4DPIA 1HVIA 4Q5MA 4D88A 5P6NA 5OZXA 1W5XA 4Y50A 2WHHA 1BIMA 5KR1A 4BFBA 3KN0A 5P1UA 5P4OA 4FRKA 3FNUA 4EPJA 5P7DA 5P15A 1D4KA 4J1KA 4QJ7A 3VYDA 5P1VA 3SO9A 5EZXA 5P3GA 3SABA 2PWCA 1FF0C 5DR4A 3SKGA 1B6LA 2NXDA 2MIPA 4GJCA 4U7QA 5P38A 4RVJA 5P7FA 1AXAA 2IGYA 5KAOA 4Y58A 5P80A 5P5OA 3Q70A 1BDQA 5P42A 1XN2A 3FX5A 3NDUA 4FCOA 1TSUA 4RYGA 4F74A 3OU4B 3OXCA 5P6KA 1IBQA 5P4QA 2QD8A 4Q1NA 3PWMA 1HTGA 3LZVA 4I8ZA 5EZZA 3VEUA 5OZKA 1C6ZA 2APRA 2OAHA 1MVPA 4MC2A 4Z4XA 5IVQA 4Y37A 3EKQA 4RVIA 1QBUA 3QBHA 5P17A 5COKA 3MSKA 4LL3A 4NJSA 1K6VA 2RENA 1EPNE 3PEPA 3G72A 2FDPA 3EKWA 3TPJA 3NU6A 2RMPA 4HA5A 1ME6A 2NR6A 5KOSA 2R3TA 5P0JA 4TRZA 4FSLA 5P44A 1HEGE 2CEJA 4Y3JA 3O9FA 3VV7A 4YOBA 5P05A 3OHFA 3OUBA 4GMIA 1MT9A 1HSGA 4JP9A 5DR8A 5P1TA 4CP7A 3MXDA 4XKXA 1MPPA 5P0TA 4Y3XA 3S85A 2O4NA 2QZXA 3B7VA 1D4YA 5OYWA 3L5DA 2CEMA 5ISJA 5SY3A 5P4YA 5P4GA 3TNEA 3CKPA 3DV5A 4Y9WA 1HIVA 3ZKMA 4JOOA 3WZ6A 4Y4BA 1KZKA 4TRYA 5AH6A 5OZFA 2AOCA 2QMGA 5P4HA 5P2NA 1GNNA 1EC2A 1YTHA 4I0HA 3SLZA 3QBFA 4Y47A 4EP3A 1KJHA 5ISKA 4Y4UA 4MC6A 1DPJA 3TPLA 2QI4A 4DQHA 5OZJA 5IE1A 4R92A 3EL9A 3S54A 3O9EA 5P13A 5P6EA 3DUYA 4FE6A 4ZLSA 3S7MA 1IZIA 3T7QA 1HVKA 1YT9A 5P3FA 1MEUA 3PSUA 2IRZA 3VF3A 1W5VA 5P0UA 3EL1A 1QRPE 1MSNA 3EKTA 1B6KA 5P87A 1RPIA 4YCYA 5P4KA 4J0TA 5P2BA 1HPOA 4WY1A 4ER2E 3NXEA 5OYVA 3GI6A 3UF3A 4Y39A 5KOQA 1HIIA 2AZBA 1T6EX 5P0ZA 4WTUA 2V12C 3DCRA 2Q54A 4QJ6A 1W50A 3ST5A 3L3AA 3UQRA 1W6HA 4CPUA 3PGIA 3QRMA 4D89A 1ZLFA 2VKMA 4OC6B 1EPQE 3DOXA 5P8JA 4PZXA 2UXZA 3S2OA 4LP9A 3VYFA 5P3RA 1SMRA 2QI7A 4LXMA 4OBJA 3LIZA 3TPPA 1G2KA 2FLEA 5P50A 5P84A 1LZQA 2B7FA 3HW1A 4RYCA 3CKTA 5P76A 3D1XA 2G24A 2RKFA 4GZFA 4XXSA 1AJVA 1EBKC 3ZKQA 2OHQA 4XX3A 3ZKSA 2A1EA 3R0WA 5P1GA 5C9FA 1G35A 2HAHA 4ZPGA 4Y3TA 1EAGA 1HSHA 4CPWA 1GNOA 4K4RA 5P77A 5E5JA 2F3EA 2QI6A 1B6MA 2ZGAA 1D4HA 3VV8A 4YD3A 4LXAA 1TQFA 5AH8A 5P2DA 2NNKA 1BVEA 4RRNA 4EHCA 4CPSA 1FQ7A 5OYYA 5P6QA 3QRSA 1ODWA 1WBKA 2G26A 3RTNA 2P3BB 3ZOVA 2AZ9A 5P1ZA 5P5NA 1AJXA 4TVHA 2NPHA 5P4WA 2JJJA 3OGPA 4M8XA 5P11A 4NKKA 4Y5MA 5P3TA 3OXXA 2QP8A 5P85A 2NNPA 4ER1E 2FNSA 5P8CA 5OZ0A 4H3IA 1DW6C 1HVCA 1W51A 5P7GA 4X7IA 8HVPA 3UQPA 2IKOA 1GVVA 3TOGA 4F75A 5P55A 2R3WA 2PK6A 3IN3A 5P83A 5I3XA 3FV3A 5OZTA 2AIDA 1SBGA 2VIZA 5HCTA 3QI1A 3AUPA 2AOEA 2VJ9A 4DJOA 5IS4A 1SDUA 2IENA 4ACUA 2Q63A 5P7KA 5P3DA 1ZPKA 4GYEA 3SA9A 3UTLA 3L59A 2QZWA 1EC0A 1E81E 5DR1A 5P1EA 4H3GA 4GJAA 1FGCC 4H1EA 5P6PA 4EXGA 1FG8C 3GGAA 2FIVA 5P56A 5P46A 3NU3A 3VF7A 2J9JB 3ZL7A 4RCDA 2P3CA 1K1UA 2O40A 5P5RA 5P1KA 5P5PA 4AMTA 3UCBA 5P7EA 3D1YA 1IDAA 4ZIPA 2XYFA 5P2SA 2AVQA 1ODYA 1FEJC 5P5QA 2IEOA 2SAMA 1SDTA 3ZKNA 4K4PA 1AAQA 2I4VA 4B0QA 4Y3FA 1B6PA 5P2JA 3SACA 4GB2A 3LZYA 2WF3A 2P83A 5P5HA 5P86A 5P7XA 5P19A 3O9LA 4B1CA 3UDRA 4R5NA 3DM6A 4L7HA 2B7ZA 5IVSA 4NJVA 2V10C 4Y3GA 5P25A 5P7JA 3INFA 3EL0A 4J0PA 4N00A 3VG1A 5P2KA 1FFFC 3SA7A 5P8NA 4Y3QA 4Y4WA 2ZE1A 2HB2A 2QU2A 1EPRE 1ZSRA 4HLAA 3PLDA 3R2FA 2ZJHA 4DV9A 4Y44A 1W6IA 2XFJA 4QJ9A 5P2IA 1BVGA 2QNNA 1MIQA 3BVBA 2QK5A 4ZSPA 5P0HA 4QJ2A 3EM4A 5P69A 4RZ1A 1A8KA 2VA5A 3LPKA 3SM2A 5P4UA 3PSYA 3K5CA 3OUCA 3MXEA 1SH9A 4Y4TA 1ENTE 5P5VA 4GJDA 4D8CA 4FM6A 3RTHA 1W5WA 1APVE 3EL4A 4DFGA 1YM2A 5P57A 1ZBGA 2QU3A 4FLGA 3UQWA 1PSOE 5JFUA 4JPCA 2WEBA 3TLHA 1M43A 1XE6A 3IN4A 5P2VA 4ZSMA 1PPKE 2G1SA 1A8GA 1C6YA 5AHBA 3ZLQA 3ZKXA 1E5OE 1G6LA 2BKSA 4LAPA 3FKTA 5PEPA 5F00A 1FQ6A 5P4BA 1FFIC 1QBSA 3KDCA 3LITA 1F34A 2XFIA 1NPAA 5OZDA 1HVLA 1XL2A 5KQXA 1LYBA 4J1FA 5P1RA 1C6XA 3KFSA 4Y4DA 5OZGA 5BWYA 2AOFA 3L5EA 4EQJA 5P18A 3S53A 1Z1HA 5AHAA 2QAKA 4B1DA 5P1DA 2BPYA 5P14A 4QLHA 3Q3TA 4WY6A 5P4FA 5ENMA 1D4SA 4PHVA 3UDYA 1FKNA 1DAZC 5P32A 1FG6C 2ZJKA 1NH0A 2JJIA 2ASIA 1XS7D 5HVPA 2B60A 2HB3A 2WKZA 5HCOA 3VCMA 1BILA 5JODA 4OBZB 3T11A 5P2ZA 1OD1A 5P1LA 2P3DA 3TOFA 5P28A 1GVWA 4YD6A 4GJ6A 1BDRA 5P2HA 4Y41A 4R8YA 3NR6A 5HDVA 3SA3A 4DJUA 2F8GA 3OGQA 3IAWA 3KFPA 5OZ8A 3UDMA 1ZTZA 3NWQA 1SP5A 2PQZA 4Y6MA 5ENKA 3T7XA 4DPFA 2WF1A 4AA9A 1BAIA 1FMXA 5P8QA 5P3NA 1MTRA 3QROA 2PMAA 3S7LA 2O4LA 4DJQA 1CPIA 3PVKA 2VIJA 5OZPA 2WF0A 1LYAA 5P10A 5HE4A 5P5YA 5P8UA 5P81A 3LNKA 1MESA 1FQ4A 2FXDA 2IKUA 2ZHRA 4FM8A 1G0VA 5P5BA 2ZJMA 1HTEA 5P6HA 5HDUA 3TL9A 2IQGA 3BRAA 5P1YA 2O4PA 5P6AA 1HRNA 1QBTA 3WZ7A 3S45A 1AVFA 5P5MA 4PPHA 1ZP8A 4I0DA 5HU0A 4RCFA 5P1JA 2NMZA 3UQUA 1UH9A 3HAUA 5P0QA 3VLAA 1UH8A 1HXBA 4F76A 1HVJA 5P3MA 5P7TA 1IZHA 3TKWA 5HDZA 4DH6A 2R9BA 2I4DA 3L58A 5J25A 4HZTA 1MUIA 5P71A 4B00A 5P3OA 3LIVA 4KUPA 5DR7A 1HIHA 5APRE 5OZSA 3TKGA 2HIZA 2NXLA 4NPTA 5P2XA 4NJTA 2P3AA 3ER3E 3ZKGA 3S8IA 5P3KA 2RKGA 5P2WA 1T6GA 1YTIA 5P0PA 1EPOE 4ZE6A 3OU4A 3UDJA 3PCWA 1EC3A 3ZKIA 3OHHA 3U7SA 4DQEA 9HVPA 3L5BA 3O9GA 3OUAA 1K2CA 5P73A 5ER1E 3RSVA 3QAAA 5P8OA 5P3HA 4Q1WA 5P2AA 5P6YA 6APRE 4Q1XA 2HB4A 5P8RA 3O9IA 5P7HA 4I0IA 5P7ZA 1IDBA 2ZHTA 5P4RA 1AIDA 2IGXA 3PBDA 3L5CA 5OZRA 4Y3NA 4L1AB 5OZ4A 5P5FA 5P34A 5P3YA 3K4VA 5OZNA 5P8PA 5P6XA 5KR0A 3VSWA 3CYWA 3KFRA 3O99A 5I70A 5P5LA 5OZOA 2G1YA 3ZPSA 1E80E 3PWWA 5P7NA 3KMXA 2QMDA 1PFZA 3TTPA 3MSLA 3Q5HA 2WJOA 2AOIA 4F73A 5P26A 5P3AA 2BJUA 5COOA 3KFNA 1QS8A 5P59A 5P61A 4DQCA 2R43A 3UFNA 3U6AA 4K8SA 4B72A 3OADB 3NUJA 5OYSA 5P6SA 2G1OA 3INDA 4YD4A 3NYGA 3N3IA 2Q55A 1VIKA 5P4ZA 4APRE 5P3VA 5DQ1A 4AUCA 5P8BA 5P2TA 5P6FA 6FIVA 2Z4OA 1EC1A 3RVIA 1M4HA 1EEDP 3UDPA 2PK5A 1ZPAA 3HVGA 1PPLE 1TCXA 5P4CA 4Y3LA 2OF0A 2I4XA 1DIFA 2R38A 3K5FA 3M9FA 3QPJA 2EWYA 4RGHA 5P52A 1EBYA 1K6CA 2ZDZA 3IVIA 3QVIA 4M8YA 1GVTA 4EXHA 1A30A 1HPXA 4HDFA 5P5AA 1EPLE 4FRSA 5P39A 4I0GA 2H6SA 5P24A 5I3WA 2QI3A 2G69A 5P0DA 3CKRA 4ZSQA 3I25A 5TOLA 4YOAA 4EQ0A 1D4LA 3PWRA 3OY4A 4MC1A 1WBMA 4J1IA 5P7LA 4YD7A 4TRWA 4OC6A 4ZEAA 2P4JA 3WZ8A 4OBKA 1KJFA 3LIQA 5P00A 5OZYA 3URLA 5P5JA 2PSVA 4Y3EA 4H3JA 5COPA 5P22A 3ECGA 3BXRA 5P3WA 1FIVA 3O9BA 5P1OA 3LZSA 4YBFA 5P7IA 5P45A 5P20A 3EC0A 5P5KA 4FAFA 3GGXA 1OEWA 5P43A 1ER8E 1TSQA 4LBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7S A;  4YD5 A;  4Y35 A;  5P12 A;  5P5X A;  3O9L B;  3S43 B;  3D91 A;  1PSN A;  5P88 A;  4Q1Y A;  2QNP A;  4Y3D A;  5P1W A;  3ZPU A;  2JE4 A;  3ZPT A;  4U8W A;  2PYM A;  2J9J A;  5P1A A;  5P5T A;  1HPS A;  1B11 A;  5P33 A;  3KDB A;  2G94 A;  5P6R A;  5P8G A;  5P7R A;  3UHL A;  4Y43 A;  3LIY A;  4NPU A;  4A6B A;  5P8L A;  4ZPF A;  1SIV A;  4Y45 A;  5P4E A;  1GVU A;  4YA8 A;  5P6Z A;  4B05 A;  3PB5 A;  1HSI A;  5P3C A;  3IVH A;  5P0O A;  2PWR A;  1FQX A;  5P1N A;  5SZ9 A;  1ZAP A;  5AGZ A;  1BV7 A;  5P6L A;  5P8A A;  1FQ5 A;  4AZY A;  3LPI A;  2I1A A;  4Y3R A;  1K6T A;  1BWA A;  4J0V A;  1Q9P A;  4Y4J A;  4YCT A;  5P72 A;  1PPM E;  2BPV A;  5HDX A;  3T3C A;  2PH8 A;  5P6M A;  2FDE A;  2Z54 A;  4DI2 A;  3OTS A;  5P4I A;  2G22 A;  3L38 A;  4YDG A;  4JEC A;  3DJK A;  4HVP A;  5P5G A;  2BPZ A;  1LF2 A;  3K5D A;  3H5B A;  3K4V C;  4BFD A;  5P62 A;  3PMY A;  5P7A A;  2O4K A;  5OZI A;  2OHT A;  4L6B A;  5P0E A;  5AHC A;  5KQF A;  2OHK A;  1BV9 A;  2OHS A;  3O9C A;  2QI5 A;  3R0Y A;  5P16 A;  2HC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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