5HU0A

Bace1 in complex with 4-(3-(furan-2-carboxamido)phenyl)-1-methyl-5-oxo-4-phenylimidazolidin-2-iminium
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu0A02
5AHBA 1T7IA 3EL5A 4B77A 2VJ9A 1W51A 3O9HA 5P8TA 2V13A 4Y44A 3N3IA 1G2KA 5P8KA 1TZSA 5OYTA 1M4HA 5P7ZA 5P40A 2F81A 1FEJC 1FMXA 1KJGA 1QDMA 4U8WA 3IN3A 3MSKA 5P1BA 1APVE 4Z50A 4HDBA 1E5OE 5P86A 4EJDA 4ER1E 2ER0E 3DOXA 4RLDA 5P19A 5P3WA 3FNSA 5HU1A 4BFBA 1E80E 3S85A 5P3PA 3OWNA 1FQ4A 2NNPA 3MSJA 1ODWA 5P6VA 5OYYA 5P3QA 5P75A 3UDNA 3WSJA 2OHNA 4DJUA 1E82E 5I3XA 5P4WA 2VIEA 3NLSA 2O4KA 4F76A 5P1JA 5P2LA 5P7WA 3I7EA 5P2EA 2G1NA 2G94A 5P0KA 3K5FA 3L38A 2PWRA 2I4VA 1Q9PA 1QBTA 5OZ0A 1K1UA 1ZBGA 4ZPGA 5JFPA 4N00A 2NMYA 5BRYA 2XFKA 1C6ZA 4J0TA 4MC1A 3SA3A 2AZCA 4HZTA 1D4JA 2FXEA 3I8WA 3HW1A 5OZTA 1UPJA 1HPOA 3ZMGA 2WF3A 1BIMA 5P3AA 4FRSA 5P1AA 3SKGA 2PWCA 3VF5A 3QRMA 5P3CA 2OHMA 5P4JA 3CKTA 4OBGA 2QMPA 3FSMA 1APWE 2BPVA 5P14A 4Y9WA 1FFIC 4QGIA 3Q5HA 2XFIA 4KUPA 5P4FA 5SZ9A 4DJPA 2ZJIA 5P30A 3SA4A 4Y3WA 4I8WA 5P08A 5P7FA 5P87A 4FE6A 3SQFA 2ASIA 2P3CA 5ER1E 1Z1HA 4L1AB 4Y39A 5P7HA 3ZLQA 2Z54A 3DK1A 5P1GA 5P71A 5BS4A 2QHZA 3SLZA 3LZSA 4Y41A 4D89A 4Y5AA 3DV5A 1W50A 4CPRA 3L5BA 5P25A 5DPZA 5P5YA 3T11A 5OZ3A 3GGUA 4QJ9A 4DI2A 2HC0A 3K5GA 1PPLE 2G1YA 5P49A 4DJYA 3HAWA 2IRZA 3OU1A 5P4YA 5P1VA 4I0ZA 5UPJA 1SMEA 3SFCA 3A2OA 4DJQA 3TTPA 4FL8A 1W6IA 2O4LA 1HVLA 3BVBA 1FKNA 4I10A 3OQ7A 1PPKE 4FAEA 5P4EA 4K8SA 5P82A 3TLHA 1SDTA 4R92A 5OZIA 5KR2A 3N4LA 4YA8A 3UPJA 3D20A 4J1CA 5P8EA 3OU3A 4Q1WA 1A8KA 1FLHA 2BJUA 2O4PA 5P2GA 3PB5A 2HPEA 5P6AA 4EQJA 4J17A 3OUCA 3NU9A 2Q64A 5P45A 3FKTA 5P4CA 3KFRA 2WEAA 5OZ9A 4Y3FA 5P7QA 1MERA 1NPAA 3ZL7A 4ACUA 1ER8E 5HDZA 4CP7A 5P6SA 2ZJLA 2AOJA 5P1HA 5P26A 4AA9A 5P5UA 4Y35A 3GI4A 5J25A 1K2BA 3S43A 3WZ8A 1WBKA 2WF4A 5P44A 3PI0A 1HIHA 5ENMA 1F34A 1FFFC 3L3AA 3S2OA 5P8VA 5P06A 5P3LA 2WEDA 4I0JA 1GKTA 2HB2A 1TSUA 4YD4A 1ME6A 2PSVA 1MTBA 3LIQA 5P4MA 3B80A 3GW5A 4A4QA 5OZRA 2VNMA 4B1DA 2J9JB 2F3FA 1BV9A 5P5GA 4QJ7A 3VV7A 1ZPKA 3LIXA 4OD9A 4EXGA 4EQ0A 5DQ2A 1A30A 5P0GA 1XDHA 5P16A 5B18A 3QP0A 2OHRA 3UQPA 4NJTA 5P0NA 2QI6A 2IEOA 3OY4A 2VA7A 1EBYA 3EKQA 3TPJA 4JPCA 3KF0A 1XN3A 5IVRA 5P59A 5P5FA 2OHKA 5ISKA 3LIVA 1DW6C 5P3EA 4A6BA 5CLMA 1HVKA 2BKTA 5P63A 3LZYA 5P0OA 2EWYA 4YCKA 2QNNA 7UPJA 3BUFA 5P64A 5P5PA 2G22A 1T6EX 2F3KA 4FAFA 5P53A 1SGUA 4COEA 3IGBA 5P4VA 5P5TA 2QD6A 5P6IA 4J5JA 1SGZA 4GIDA 4H3FA 2PK6A 1LYWA 3NSHA 5P0DA 3VUCA 3TH9A 1C6XA 1T7JA 1YTGA 1K6VA 3S53A 2V11C 4E43A 2ER6E 2QP8A 2QU3A 3NU6A 2OAHA 5HDVA 5OZEA 4LXKA 5OYSA 3VFBA 1PFZA 4Y4BA 1APUE 5P8OA 4FGXA 3TPRA 4WY6A 1ZSRA 3HBOA 4Y6MA 3SO9A 2IS0A 1AXAA 2FS4A 5P5HA 4DQFA 5P4RA 3ZPSA 5P1PA 4I0GA 2ZJMA 5P2MA 5DQ5A 3SA7A 3CIBA 3JVWA 4R5NA 1MTRA 5P8UA 1EBZA 3RTHA 2F80A 4Y56A 3HLOA 5P7IA 1OEXA 2WHHA 4OBZB 3UQXA 1QBUA 3KT5A 2FMBA 1DPJA 2HB4A 3SA6A 1FQ6A 5DR1A 2IDWA 3KMYA 4GZFA 1U8GA 1TCWA 3IN4A 3OADA 5P0BA 1GVTA 5P2CA 3NR6A 5OYQA 5P1WA 1A94A 3PLLA 5P6OA 3ZKSA 5P8QA 1EPME 5P85A 5P2NA 5P4OA 5P3MA 4LC7A 4RGHA 3HDKA 1RV7A 3G70A 4R91A 2VA6A 2ZYEA 4CPTA 4H3GA 5P4TA 2Z4OA 1BAIA 3JVYA 3T7XA 4JECA 4ZE6A 3KM4A 4LAPA 4RVXA 5P2AA 1FF0C 1HPSA 2ZHTA 3UDKA 5OZKA 1AAQA 5DQ4A 4GJBA 4Y5KA 3OXXA 2IQGA 3DCRA 3OAGB 5F01A 4LBTA 1YG9A 2QD8A 5KQYA 4R95A 5OZ1A 2WEZA 2O4NA 4FM7A 2FDDA 5OYUA 3B7VA 1OHRA 3EKYA 5P4GA 5P7MA 4YCYA 3K5DA 1E81E 4U7VA 4EJ8A 4HLAA 4Y4AA 3TNEA 1B5FB 4D8CA 1HIIA 3NU5A 4WTUA 2I4QA 4OBDA 4Y5PA 5OYVA 3UHLA 4GJ5A 1NSOA 3QVIA 3PCZA 2PYNA 1HHPA 2AODA 2AOGA 3KFSA 4RYCA 4QJ6A 5P3DA 1LYBB 5P7SA 2XFJA 2P8HA 1W5YA 1EPRE 4FLGA 1XL2A 5P1YA 1MEUA 3OUBA 3ZKXA 5OZHA 5I3WA 5OZOA 4Y3TA 5P73A 3OXCA 5P55A 4K9HA 3RU1A 2BKSA 5KR8A 3Q70A 4DPIA 5P6UA 4YDFA 2Q63A 5P5SA 5P7YA 4Y47A 5OYZA 3KN0A 2QZXA 5OZQA 4CPWA 3TOGA 5PEPA 3PEPA 5P7KA 2AZ8A 2NPHA 4NJVA 1PSAA 2QNPA 5P4DA 4WY1A 3VYEA 3DCKA 1HPVA 2QI5A 3DJKA 3EM3A 1MSMA 3IAWA 4AMTA 5P1DA 5P6JA 2IENA 5DQ1A 5TOLA 5P4LA 4Y4UA 3INDA 3NYGA 5P3KA 3OQFA 2V00A 5P11A 4XX3A 4LL3A 4XXSA 1SBGA 5P0FA 4DQHA 1BDLA 1KZKA 1BXQA 5P15A 1IVPA 5P3NA 3EKWA 3QRVA 3L5FA 4RCEA 1B6JA 3APPA 3QI1A 4DJRA 5FIVA 3GGAA 1RNEA 4F74A 5P5DA 1LYAB 1AM5A 5JFUA 3UTLA 2QCIA 5KOQA 3NU3A 5P43A 2G26A 5P0UA 5P57A 4Y5NA 3EC0A 2QI4A 4ZSQA 2Q5KA 4Y3EA 5CONA 4RRNA 5P1TA 4DQEA 5DQCA 5P1CA 1EC3A 4YCTA 1GNOA 5DR8A 4QJ8A 1PSNA 1EPOE 1BILA 1BDRA 4H3JA 5P61A 2OHTA 3EBZA 1CPIA 4K4PA 4J1KA 5OZ5A 1K6CA 3SM2A 2WF1A 2HS1A 4DPFA 4B70A 2QZKA 3NUOA 2RENA 4RZ1A 3OTSA 3BUGA 5P0EA 1HRNA 1MESA 3ER5E 5P7RA 5AH6A 1TCXA 1SDVA 5ENKA 5AHCA 5P1ZA 3FX5A 1ZTZA 3UDHA 4B1CA 2R43A 2J9JA 1KJHA 2P4JA 5P0SA 5P6WA 1GVXA 1FGCC 3KA2A 4GB2A 3QROA 5P2YA 1IDBA 5EZZA 3QRSA 3GI0A 2HPFA 3NXNA 3OXWA 4CPXA 2AVVA 4L7HA 3GGVA 1BVEA 3PRSA 4Y3AA 4GJDA 5OZSA 2NXDA 4TRZA 3EKPA 5AHAA 1FG6C 3D1XA 1NPVA 1FMBA 3O9LB 4K4RA 4RCDA 2H6TA 1MT8A 3O9FA 4ZEAA 3NDWA 1LZQA 1UH9A 4TRWA 4B00A 3OU4A 1LV1A 1HEFE 3EM4A 4I0DA 2FDPA 2AQUA 5P36A 5P46A 3UQUA 5P7OA 3K4VC 1K6TA 1HTRB 2APRA 2V10C 3OQDA 5OZYA 4GYEA 5P31A 1EBKC 2NXMA 1XS7D 5P62A 4R93A 3KDCA 1QRPE 3PWRA 4DH6A 4J1IA 1W5VA 5P6XA 4CPUA 4YBFA 4J0YA 3O9AA 4MC9A 2I4DA 3SPKA 5P7VA 1HTGA 3HD8A 1EPPE 2P83A 5C9BA 4RROA 3ZOVA 1MSNA 4Z2ZA 5P4HA 2AVMA 4Y58A 5HDUA 4Y4EA 5P4AA 5JODA 4TRYA 3QAAA 4GJCA 2BB9A 2ZE1A 3CICA 2ZJJA 5P7AA 5P7DA 2P3BA 5KQXA 4Q1YA 5P8MA 5P6DA 2QI0A 3O9GA 4BEKA 4I12A 3OQKA 5IVQA 3BVAA 1SIVA 4H3IA 3TOFA 4GJ7A 2AVSA 2PSGA 3NXEA 2R8NA 3IXJA 3MWSA 3KT2A 4EJLA 3UQRA 3O99A 5P13A 1A9MA 5P1EA 5P10A 2RMPA 3SACA 1EBWA 3OHHA 1IZDA 2IGXA 1A8GA 5P2SA 5DR4A 1YTHA 5F00A 5P3GA 5P1LA 5P5LA 3VEUA 4Y4TA 3BC4A 1EPLE 2HS2A 5P74A 3CMSA 5P34A 4FM6A 5P0IA 2PQZA 1FQ8A 1XE6A 4DV9A 1MVPA 5P8LA 5OZBA 3OAGA 4Y3LA 5P0YA 5OZXA 1Z8CA 2Q11A 3T7QA 5P8FA 5P3FA 1TSQA 5P1RA 2CEMA 5HE4A 3U6AA 1M43A 5P8BA 3URIA 2ZHUA 5P39A 4IVTA 3CKRA 4S1GA 1WKRA 3VG1A 1T3RA 2R9BA 4Y3PA 2QZLA 5COKA 5P1UA 5P6HA 2ZHSA 4U7QA 2I4WA 9HVPA 5OZUA 2WF0A 4FSEA 5P58A 3SABA 1W6HA 4I8ZA 1ZP8A 3OGPA 3U71A 2IL2A 4OC6B 5P2TA 1NH0A 5HU0A 5P29A 3NWXA 5P2XA 4Y5BA 5ER2E 4Y4JA 3PWWA 5OZNA 5OYWA 3QPJA 5P0LA 4FSLA 5P2VA 2FLEA 1FQXA 2OHLA 3AUPA 5P5RA 6FIVA 3DV1A 5P65A 2G69A 3M9FA 5P02A 4APRE 2CEJA 4YE3A 2FXDA 5I3VA 5OZ2A 4GJAA 4EXHA 3D1ZA 2HB3A 5KQZA 2B60A 3LHGA 4B1EA 3NDUA 2RKGA 1HXWA 2XYFA 1D4YA 2BQVA 3BUHA 2QAKA 3VV8A 2PMAA 2G1SA 4EHCA 1PPME 4AA8A 5APRE 5P3RA 3LPIA 3PVKA 5P1QA 2ANLA 3S8IA 5KR1A 4KE1A 4ZSPA 2F8GA 3IXKA 1D4HA 1MUIA 5P5WA 4DJVA 1FQ5A 4FM8A 5OZ7A 5OZ6A 4Y4GA 3S45A 2AZBA 2P3AA 1T6GA 4PPHA 4Z22A 3KYRA 1YT9A 3EL4A 4ER4E 2BPZA 2B8LA 1TW7A 2NR6A 5IE1A 1C6YA 1MT9A 5P0PA 4Y3YA 3EL0A 4K4QA 3URLA 5AH7A 5P0VA 5OZDA 5P0RA 4RVIA 5P8HA 1JLDA 5P5JA 3RSVA 2AZ9A 2G21A 3BGBA 1SH9A 3FIVA 3SAAA 3O9BA 4YBIA 3R2FA 4JP9A 5P5VA 6APRE 1FQ7A 2IGYA 1YX9A 1F7AA 2QI3A 1Z1RA 4CMSA 1C70A 2JJIA 4DVFA 1B6MA 1EC2A 3EKVA 3I25A 5P81A 3HZCA 4A6CA 1BVGA 5P7PA 3OUAA 5P3UA 4I0EA 1IZEA 1DMPA 1GNNA 5P2FA 5P3BA 1GVVA 2OHUA 5P6ZA 4RYGA 2F3EA 2WEBA 3EKXA 2R5QA 2G20A 3L58A 3WZ7A 4OBJA 1LF2A 1EPNE 3CIDA 1DP5A 3LZVA 2WL0A 5P4SA 1GVUA 5P6PA 5P84A 2R5PA 1IBQA 2B7FA 1BDQA 1FMUA 3AIDA 4J55A 5P2DA 4D85A 4FCOA 2ZHVA 1ZPAA 3Q6YA 5E5JA 1HSHA 1IZHA 2AOCA 4PYVA 3UFNA 3CYXA 3O9LA 3TKWA 3BXRA 5P8NA 3VSXA 5P0ZA 5P17A 5P6LA 4Y3RA 3URJA 2PSUA 2WF2A 5SY3A 3OOZA 5P1NA 5P5QA 3QBHA 4Y3HA 3UF3A 3L5EA 3UFLA 5T4SA 5P69A 4Y50A 4I0FA 3RTNA 2I4XA 4EP3A 4J0ZA 4Y4ZA 3S43B 4Q1NA 5COPA 5OZMA 5P51A 5P2HA 4GJ8A 5P3HA 1MRXA 5P7NA 1BV7A 3O9DA 2AOIA 4ZSMA 1HPXA 4B05A 3WB5A 3OTYA 1YM2A 3BGCA 4QJAA 1AJVA 4CPSA 5P54A 2JE4A 1BXOA 5P3TA 3ZKMA 4OD9B 4Y37A 5P07A 4JPEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AHB A;  1T7I A;  3EL5 A;  4B77 A;  2VJ9 A;  1W51 A;  3O9H A;  5P8T A;  2V13 A;  4Y44 A;  3N3I A;  1G2K A;  5P8K A;  1TZS A;  5OYT A;  1M4H A;  5P7Z A;  5P40 A;  2F81 A;  1FEJ C;  1FMX A;  1KJG A;  1QDM A;  4U8W A;  3IN3 A;  3MSK A;  5P1B A;  1APV E;  4Z50 A;  4HDB A;  1E5O E;  5P86 A;  4EJD A;  4ER1 E;  2ER0 E;  3DOX A;  4RLD A;  5P19 A;  5P3W A;  3FNS A;  5HU1 A;  4BFB A;  1E80 E;  3S85 A;  5P3P A;  3OWN A;  1FQ4 A;  2NNP A;  3MSJ A;  1ODW A;  5P6V A;  5OYY A;  5P3Q A;  5P75 A;  3UDN A;  3WSJ A;  2OHN A;  4DJU A;  1E82 E;  5I3X A;  5P4W A;  2VIE A;  3NLS A;  2O4K A;  4F76 A;  5P1J A;  5P2L A;  5P7W A;  3I7E A;  5P2E A;  2G1N A;  2G94 A;  5P0K A;  3K5F A;  3L38 A;  2PWR A;  2I4V A;  1Q9P A;  1QBT A;  5OZ0 A;  1K1U A;  1ZBG A;  4ZPG A;  5JFP A;  4N00 A;  2NMY A;  5BRY A;  2XFK A;  1C6Z A;  4J0T A;  4MC1 A;  3SA3 A;  2AZC A;  4HZT A;  1D4J A;  2FXE A;  3I8W A;  3HW1 A;  5OZT A;  1UPJ A;  1HPO A;  3ZMG A;  2WF3 A;  1BIM A;  5P3A A;  4FRS A;  5P1A A;  3SKG A;  2PWC A;  3VF5 A;  3QRM A;  5P3C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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