5HU1A

Bace1 in complex with (r)-n-(3-(3-amino-2,5-dimethyl-1,1-dioxido-5,6-dihydro-2h-1,2,4-thiadiazin-5-yl)-4-fluorophenyl)-5-fluoropicolinamide
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
391
structure length
388
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of the 3-Imino-1,2,4-thiadiazinane 1,1-Dioxide Derivative Verubecestat (MK-8931)-A beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor for the Treatment of Alzheimer's Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 388
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hu1A02
3RTHA 3S8IA 3TLHA 5P1KA 3VV8A 1G0VA 2WF0A 5P50A 5P47A 1IZDA 3FNSA 3D91A 3S7MA 5JFUA 1LF2A 5P74A 4DH6A 1HVKA 4OBJA 2QCIA 5P2XA 3K5CA 3VFBA 1ODXA 5OZ5A 4EXHA 4FSEA 2HAHA 1QBRA 1B5FA 5HE4A 5AHCA 1BXQA 4Y3JA 1KJGA 1AIDA 5OZXA 2P83A 3WB4A 5IS4A 4YCKA 3KT2A 3KMXA 3CKTA 1TCXA 5DR3A 1FQ5A 3NDTA 5P8FA 4B1CA 3BVAA 2Q15A 3TNEA 4Y51A 1LYAA 5P1ZA 5I70A 2WEBA 2WF3A 5OZRA 2AVSA 5DPZA 4Z2ZA 5P8LA 3QPJA 5P59A 5P68A 5P5AA 3PSYA 1FEJC 5P3KA 2PC0A 5P86A 2R43A 3IN3A 4A6BA 3NXNA 1MUIA 4J1IA 1D4KA 3VV7A 1GVWA 3PCZA 3RSVA 3OY4A 2APRA 3K5FA 1TZSA 3L5DA 2EWYA 3LIYA 4D88A 1GVVA 2QI7A 1HPOA 4RYCA 5P51A 3EL9A 5P4NA 4Y53A 5DQCA 1IBQA 4OD9B 3CYXA 4Y5GA 1HVSA 3ZL7A 5P83A 3R0YA 5P3NA 1M4HA 5HDZA 5P0JA 5P7SA 2Q3KA 1Z8CA 5P1AA 3OU3A 1ER8E 4DFGA 5AH9A 1WBMA 3HD8A 3DV1A 5OZOA 5P63A 4D85A 7HVPA 1EC1A 3SA7A 2WJOA 5OZVA 2XFJA 1K6PA 4WTUA 2P4JA 3TH9A 8HVPA 2HB2A 3NUJA 1AAQA 5P8GA 2B42A 3S53A 3N4LA 4YCTA 5P85A 2H6SA 5P3DA 1XL2A 2O4SA 1W50A 2OHKA 2NNPA 5HDVA 5OZ3A 5P28A 4CPUA 1HBVA 1BILA 3SA9A 5COKA 1T7JA 4J0YA 5P2BA 3VF3A 3UDHA 1HEFE 4I0EA 4IVSA 2B8VA 5P3FA 4LAPA 5P7UA 4LL3A 2OHUA 3K4VC 3PM4A 3NUOA 2MIPA 3HVGA 3DK1A 5APRE 3OOZA 2O40A 2QMGA 1WBKA 1ME6A 3DCRA 3I2LA 1ZPKA 5P7DA 1HTEA 5DQ2A 5P17A 1MRWA 4TRZA 1FFFC 4QJ2A 5P71A 3BC4A 5P1WA 5P8IA 5P0QA 5T4SA 5I3YA 4OBKA 2AOCA 5P7BA 5IVTA 5OYUA 4FL8A 4RVXA 1AJXA 5OYTA 3WZ8A 3L38A 2I4QA 3Q5HA 2AQUA 3BGBA 4DQEA 5P7QA 1DAZC 1RL8A 2ER6E 3PHVA 5P0IA 3GGAA 1HPSA 1SBGA 4GZFA 5P62A 1HTFA 5AH7A 3TPJA 3EMYA 2AVOA 4J55A 1HPVA 3LIQA 4AZYA 1W6HA 5P4ZA 3OU1B 3D20A 1MT9A 4COEA 3KFSA 2BPWA 2Q11A 1APVE 5P5YA 5P02A 2B8LA 3UDYA 1LV1A 1APUE 4J17A 5P3WA 4Y3GA 1ZLFA 5P0PA 4BEKA 4OBDA 4F75A 2P3AA 1MPPA 4R91A 4K9HA 3RVIA 2RENA 3OK9A 5P70A 3VUCA 3ZLQA 4I12A 4CPTA 5ER1E 1QS8A 5P6MA 4CKUA 4IVTA 2AOEA 2XFKA 1MIQA 5P2VA 5P6KA 3OQAA 5P2AA 5P7WA 1B6LA 3PI5A 3VEUA 4R92A 3PSGA 4OBFA 2B7ZA 3FKTA 4Z50A 2WEZA 5P6GA 2V13A 4HLAA 3VSXA 1C6YA 4NJUA 5P15A 1B5FB 5P87A 4I0ZA 5P0XA 4J0VA 4NPTA 3OQKA 4RVJA 4J1KA 2FMBA 4U8WA 3GI0A 5P05A 4Y4JA 5P7GA 1XE6A 1BXOA 4AA9A 2QI6A 4Y4UA 1HSHA 5P7MA 3MSLA 2R3WA 3BUHA 5P3LA 4DJYA 3KT5A 1LYAB 2A1EA 3IVHA 3TOHA 5P82A 1GNNA 3L5FA 2FLEA 3APPA 5P48A 1XN2A 4HDPA 2VIJA 5P2IA 1A94A 3T7QA 5P14A 3TPPA 2B60A 4ZSPA 2RMPA 5P8JA 3EC0A 5B18A 3BVBA 5P72A 4OBGA 4BFBA 4YOBA 2PYNA 5P8VA 5P64A 4Y3WA 1NSOA 3L5CA 1NPAA 2HPFA 4J1CA 5P6WA 5AH8A 1HXWA 2QMPA 5P6DA 3PMYA 3QBHA 3IVIA 6UPJA 3UQRA 2WF4A 1HTRB 2JYSA 1PSNA 2VIEA 2F81A 2BJUA 2HC0A 2PH6A 5P1CA 5P7LA 2JXRA 5P1GA 5P81A 4Q1NA 5I3VA 1OHRA 5P57A 5P5TA 5F00A 5P8DA 1K2CA 5P3RA 2AVMA 2O4LA 3INHA 3DUYA 3O9AA 4EHCA 1FKNA 5P5FA 1MT7A 1MSNA 5SY2A 4L7JA 3VV6A 2QNQA 5P16A 5CLMA 4FM6A 4EJLA 5P00A 5EZZA 3BUFA 1GVTA 5P4AA 4H3JA 1EBYA 3PB5A 5P2LA 5P4CA 3QRSA 4YDFA 3H5BA 1SDTA 3IGBA 1FG8C 3EKWA 3MXEA 2G69A 2ZHVA 4I8WA 4I0FA 5OZCA 4Y4BA 5C9FA 5OZPA 2P3BA 5P1XA 3SA5A 2AZ9A 4GJ5A 3VYEA 5P4XA 3IXKA 1BV7A 3LIXA 4B1DA 2IEOA 4DJWA 4DVFA 2OHLA 1OEWA 2P3DA 4WY1A 3T6IA 2AOHA 2HPEA 3IXOA 1T6GA 3NDUA 5AGZA 2V11C 2PWRA 3WSJA 4RGHA 3Q4BA 3GI4A 3OOTA 1BVGA 3PSUA 5P1RA 5P8TA 4L6BA 3VYDA 2PSUA 1LF3A 5P2DA 1EAGA 3D1XA 5DR8A 2Q64A 3VCMA 1D4HA 2NXMA 2FGVA 5P24A 4H3IA 4Y5NA 5P2NA 3SPKA 4Y57A 2AIDA 4XXSA 4HDFA 3OGQA 3PRSA 4I10A 3KFNA 3LNKA 4ZSRA 2BPYA 2AZ8A 3VYFA 4R93A 4Y5AA 5P7EA 2AVQA 4CPSA 2V00A 3O9GA 5OZNA 4J0ZA 5OZ6A 1J71A 2ZDZA 5HCOA 4B72A 1ENTE 1SMRA 2F3EA 3KMYA 4GJ9A 3EKPA 5P52A 2ZJIA 5P73A 5P1TA 1D4YA 3NWQA 4QGIA 2V10C 3QBFA 1HEGE 5P1MA 1G6LA 3DJKA 3RTMA 2J9JA 3LZVA 1A30A 3R0WA 3ZPUA 4EP2A 3SAAA 5P11A 3WZ7A 5P1IA 1W5WA 2G27A 2P8HA 3NR6A 4CPWA 2ANLA 1HTGA 5OYSA 3TOGA 5P6PA 5P3PA 4Y4GA 5P5XA 2ZYEA 5HVPA 5DR4A 5P7TA 3PLLA 3UCBA 4DQCA 5P4MA 2QZLA 3O9EA 5P8PA 5IVQA 3RU1A 2ER9E 5PEPA 3PJ6A 3I6OA 1SIVA 2QHCA 5P36A 3DV5A 4TVGA 2VIYA 4E43A 5P20A 2OHRA 4RVIA 1IDAA 4I0DA 1T3RA 1OEXA 1SDVA 2HB3A 1EC0A 2VNMA 4RROA 4Y3PA 1TSQA 2XYEA 5P6FA 2ZJMA 2Q63A 5OYXA 5P0VA 1FQ4A 5P07A 3EKVA 4APEA 1EBWA 3VSWA 2AOJA 4FM8A 5P2UA 2OHTA 4ZLSA 5IVSA 5P7AA 3OGPA 2QHZA 1HVIA 5P8OA 1E5OE 2NXDA 5P4BA 4PYVA 5P3GA 2G1NA 2G20A 5P6YA 2G21A 2CEJA 4Y4DA 3QS1A 4GMIA 4J1HA 3EM3A 3URJA 3UPJA 4Y4AA 5BS4A 1FG6C 5P2WA 3INEA 5P3CA 1AVFA 2QZWA 4Y47A 3SA8A 2ZE1A 5P0BA 2FNTA 3BXSA 4DQHA 3SA6A 5P84A 4Y6MA 5P80A 1EPNE 3APRE 1MTBA 4BFDA 3U71A 2JE4A 4LXAA 2HM1A 4QJ7A 2V16C 5P5UA 5OZ2A 5P6LA 5P5NA 2BB9A 3QP0A 4X2LA 5P22A 2ASIA 1HIVA 5P03A 3S7LA 1Z1HA 4TVHA 5P7JA 4DUSA 4MC2A 5P1BA 5P42A 4Q1WA 4YD5A 5P4KA 3O9DA 3QROA 5P0LA 4LXKA 1LEEA 5P13A 2R5PA 5P32A 3WZ6A 1FMXA 5P5RA 2P3BB 5P3AA 5P4JA 1YTIA 1G2KA 5OZKA 5P5LA 3TTPA 5P38A 3TKGA 4D83A 5P4TA 4UPJA 3AUPA 3CMSA 2QD7A 5P5DA 3EXOA 3S43B 5P30A 5P0WA 2ZHRA 4FAEA 5P3QA 4YD4A 4B1EA 3MWSA 2HS1A 4LXMA 4YBIA 3PMUA 4DQFA 4B0QA 2FXDA 2PQZA 2R3TA 5OZSA 2ZJJA 2OHMA 3TKWA 5C9DA 2QMDA 2QZKA 4JPCA 4Y3XA 1AM5A 5P3YA 5P0CA 2AZCA 3VG1A 4Y48A 1CMSA 5P4SA 5DR7A 3UDQA 2UXZA 5P41A 4I0GA 5E5JA 4ZPGA 4I0IA 1BWAA 2WF1A 5P7YA 2WECA 5P0EA 5P2MA 7UPJA 5OZHA 5P0DA 4HDBA 5P5EA 4Y3LA 3O9BA 4Y4EA 5OZUA 4FAFA 4U7QA 1MSMA 2QD6A 3C9XA 2OAHA 4Y3YA 5P0RA 1FMUA 5AHAA 3UDNA 4MC1A 4EWOA 2NTRA 3OWNA 5OZ4A 1MEUA 4Y3AA 1LYWA 1XDHA 5TOLA 3CIDA 3EBZA 3KDDA 4NKKA 5OZ9A 5P1HA 3QAAA 1G35A 2J9JB 4Y4ZA 4RLDA 5OZYA 5P0NA 1WKRA 1A8GA 3LZSA 1PPLE 1PFZA 4D8CA 3S45A 5F01A 4WY6A 4B70A 1BBSA 3HDKA 5P8SA 5KQYA 3EL0A 2BPZA 4Y5LA 5DR1A 4FRSA 5OZIA 1BWBA 1Z1RA 2H6TA 3I25A 1YM2A 5P23A 3TL9A 3IN4A 1FLHA 2QNPA 2I4XA 3PVKA 3G72A 5I3XA 1GVXA 2NXLA 5P3JA 2AODA 3OUBA 4HE9A 5HD0A 2ZHTA 4ACUA 3VLBA 1B6KA 3S2OA 3LINA 1K1UA 5P3BA 3JVYA 3ZKXA 3NU6A 5P8HA 1GVUA 3SM1A 4ER4E 1DPJA 3OXCA 3OTSA 1C70A 1LS5A 4J0TA 5OZDA 5HTZA 1GNOA 3KFPA 3SO9A 4F74A 4YOAA 5P76A 1A9MA 4ZPEA 3OAGA 4OC6A 2BKTA 1HSGA 1BV9A 1IDBA 4H3GA 5P3EA 1B6MA 5P3XA 3PI0A 2BPVA 3ZKGA 1FQ7A 4RCFA 1ZBGA 3UFLA 4Y45A 5P2TA 1NPVA 5P0MA 2AOFA 5P6UA 3OQDA 3PWRA 5P3VA 5KR2A 1HWRA 5JODA 3D1YA 5P5CA 5HCTA 5KQFA 2VS2A 5HU1A 1EPLE 5P6ZA 3ER3E 5OZWA 5OZZA 5P2HA 3VF5A 4PHVA 5DQ1A 5P7OA 1M43A 1RQ9A 4Y3NA 3EKQA 5P6VA 3LZYA 4DQBA 1KJHA 3ST5A 3ZPSA 2I4VA 2B7FA 5P5HA 5P6BA 1W51A 3NXEA 5HDUA 1T7IA 5OYZA 3S54A 3RSXA 1NPWA 2OHPA 3R4BA 5OZJA 4H1EA 5P2CA 5P1FA 5P5OA 5J25A 4H3FA 3MSKA 5P19A 2IKOA 3NDXA 4DJQA 5P5KA 3EL1A 4LP9A 2QU3A 2VJ9A 3ZKNA 4KE0A 1IZHA 2I4UA 3ER5E 3SACA 5P5SA 5P56A 2QNNA 2IQGA 5P1UA 5ENMA 1F7AA 3KM4A 4Y35A 3EL4A 3GW5A 5P35A 3OU4A 5P4HA 3GGVA 5P6AA 2FDEA 3NYGA 2F3FA 3ZKMA 5P3IA 2AVVA 5P65A 5P3SA 1K1TA 4GJBA 1ZJ7A 3NU3A 5OZLA 5P0OA 5P4QA 1D4IA 2BBBA 2V0ZC 5P44A 5P5WA 3TPRA 2PYMA 3ECGA 3S85A 5KOQA 3PLDA 5OZBA 3UFNA 1FIVA 3I8WA 2A4FA 2PK6A 5P37A 2FGUA 5P45A 1EPPE 5DQ5A 3QVIA 1QBTA 1A8KA 1SIPA 3URLA 3Q3TA 5P53A 3S56A 4FS4A 4Y3DA 5E5KA 3L59A 1OD1A 5P6EA 2QMFA 5P1DA 5ISKA 4L7GA 5P1QA 3DCKA 4EYRA 5P6JA 1EBKC 3JVWA 2RKFA 4CPRA 3UTLA 3NSHA 2I4DA 3OTYA 1XN3A 5P4RA 1T7KA 5P0AA 1B11A 1W5VA 5P49A 1HIIA 3EL5A 4Y43A 2VJ7A 4DQGA 1RV7A 3O9IA 5P0HA 2FS4A 3OXVA 3O99A 5P7PA 1GKTA 1LYWB 3QRVA 2FXEA 3KA2A 1HXBA 5P8BA 5P8EA 1B6JA 1ODWA 1W5XA 3B80A 1QBUA 5P8RA 1YT9A 9HVPA 3KDBA 3BUGA 3SKGA 4FRIA 3A2OA 5P2JA 4JP9A 3Q70A 1K2BA 1LYBA 5P2QA 5KAOA 5P09A 5P4EA 1IVPA 2IKUA 4ACXA 4D89A 3K5GA 3SKFA 3O9HA 5P2YA 3OADA 4Y38A 2F3KA 4J0PA 5KQXA 5P0TA 3QRMA 4Y4WA 1JLDA 5COOA 5OZAA 5P8QA 3NDWA 3BXRA 1EPQE 3UDMA 5OYRA 3EM4A 5P0GA 5KR1A 1XS7D 4NJTA 4AA8A 1VIKA 5P6QA 4ZE6A 2O4KA 2IS0A 3NU4A 3K1WA 2R8NA 4FCOA 5P4YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTH A;  3S8I A;  3TLH A;  5P1K A;  3VV8 A;  1G0V A;  2WF0 A;  5P50 A;  5P47 A;  1IZD A;  3FNS A;  3D91 A;  3S7M A;  5JFU A;  1LF2 A;  5P74 A;  4DH6 A;  1HVK A;  4OBJ A;  2QCI A;  5P2X A;  3K5C A;  3VFB A;  1ODX A;  5OZ5 A;  4EXH A;  4FSE A;  2HAH A;  1QBR A;  1B5F A;  5HE4 A;  5AHC A;  1BXQ A;  4Y3J A;  1KJG A;  1AID A;  5OZX A;  2P83 A;  3WB4 A;  5IS4 A;  4YCK A;  3KT2 A;  3KMX A;  3CKT A;  1TCX A;  5DR3 A;  1FQ5 A;  3NDT A;  5P8F A;  4B1C A;  3BVA A;  2Q15 A;  3TNE A;  4Y51 A;  1LYA A;  5P1Z A;  5I70 A;  2WEB A;  2WF3 A;  5OZR A;  2AVS A;  5DPZ A;  4Z2Z A;  5P8L A;  3QPJ A;  5P59 A;  5P68 A;  5P5A A;  3PSY A;  1FEJ C;  5P3K A;  2PC0 A;  5P86 A;  2R43 A;  3IN3 A;  4A6B A;  3NXN A;  1MUI A;  4J1I A;  1D4K A;  3VV7 A;  1GVW A;  3PCZ A;  3RSV A;  3OY4 A;  2APR A;  3K5F A;  1TZS A;  3L5D A;  2EWY A;  3LIY A;  4D88 A;  1GVV A;  2QI7 A;  1HPO A;  4RYC A;  5P51 A;  3EL9 A;  5P4N A;  4Y53 A;  5DQC A;  1IBQ A;  4OD9 B;  3CYX A;  4Y5G A;  1HVS A;  3ZL7 A;  5P83 A;  3R0Y A;  5P3N A;  1M4H A;  5HDZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SGU A;  4J1F A;  4J5J A;  2R5Q A;  2G26 A;  1TQF A;  1ZSR A;  5P5Z A;  4FGX A;  1FQX A;  1U8G A;  3HLO A;  3SLZ A;  1HRN A;  5OYY A;  2PH8 A;  2BQV A;  2J9K A;  5P88 A;  4ER2 E;  2IEN A;  5P4D A;  3PBZ A;  1MES A;  3Q6Y A;  1SDU A;  4ZPF A;  5P2R A;  4ZSM A;  1SGZ A;  4F73 A;  3U7S A;  5P1V A;  1D4L A;  3IXJ A;  1SP5 A;  5P29 A;  4I0H A;  5P0U A;  4U7V A;  5P4O A;  4CMS A;  4RRS A;  2NR6 A;  1EC3 A;  1W5Y A;  5P18 A;  2I1A A;  3UF3 A;  1UH9 A;  1ZSF A;  4Q1Y A;  1FMB A;  2WED A;  1XL5 A;  3DOX A;  5P2G A;  4EQ0 A;  2XFI A;  2QI4 A;  1BDL A;  2UY0 A;  1ZPA A;  4YA8 A;  1BVE A;  1AXA A;  2PWC A;  4Y44 A;  3T7X A;  2IRZ A;  5HE5 A;  5P4F A;  3G70 A;  4I11 A;  4Y5K A;  5DGW A;  1EPR E;  1EC2 A;  4Y3S A;  1MTR A;  4EPJ A;  4GJ7 A;  1ODY A;  3TPL A;  2ZJK A;  5ENK A;  2VIZ A;  3OUD B;  1FFI C;  5OZT A;  4Y3E A;  4FSL A;  3QN8 A;  1MET A;  4QLH A;  3PEP A;  3KYR A;  4OD9 A;  4Y54 A;  3UHL A;  4DPF A;  2QZX A;  4F76 A;  1BAI A;  2Q5K A;  2NMY A;  4EP3 A;  2V12 C;  4YDG A;  5P1N A;  3VLA A;  4S1G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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