5HVPA

Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-angstroms resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Crystallographic analysis of a complex between human immunodeficiency virus type 1 protease and acetyl-pepstatin at 2.0-A resolution.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hvpA00
3HW1A 4EPJA 3VYEA 5P7QA 5P31A 1YT9A 4NJSA 3OU1A 1HVLA 3EKVA 5P63A 5P7OA 2NXLA 5P68A 1PROA 2BBBA 2MIPA 3VYDA 2JJIA 4Y3GA 5HE4A 2OHTA 5EZZA 3VF5A 4GZFA 3UDMA 5P7HA 2PYNA 5P0LA 2IS0A 1META 1SDTA 5P0BA 2AIDA 1ZSRA 3FNSA 4NPTA 5P4UA 3LIQA 1ME6A 5HD0A 5I70A 5DQ1A 5DR4A 3R4BA 2I4VA 5KR1A 5P3IA 3ZOVA 4HEGA 4B72A 5P57A 4RVXA 1LV1A 4Y3SA 2Q5KA 5P66A 4Y56A 5HDUA 2WF1A 5P4MA 3CICA 7UPJA 1K1TA 3IVHA 1APUE 2HC0A 1YM2A 4YCTA 5SXNA 1FEJC 3GI0A 2AVOA 5ENKA 5I3XA 2B7FA 2VIZA 1W5XA 5KAOA 5P32A 4DJVA 1HXBA 5OZ9A 4Q1WA 5OZ8A 2QZKA 5P56A 1CZIE 1NSOA 2WEDA 1HTGA 2O4NA 5P54A 5P2BA 3KFNA 5P1VA 3I2LA 4Y5AA 4EHCA 4CP7A 4Y3MA 3QIHA 5P15A 2FS4A 1AVFA 4OBZA 1W50A 4Y35A 2PH8A 1U8GA 5P09A 5P4JA 1LF3A 3F9QA 5HCOA 5P4YA 3DM6A 3IXJA 4J1IA 1OEWA 3SABA 1D4JA 2RKFA 1BXOA 4L7GA 3KDBA 5I3WA 3OQ7A 2ZJMA 2G1OA 1SIVA 4Y48A 5P0ZA 2WEZA 3OOZA 5ISJA 2QMDA 2QD6A 5IVRA 1F34A 5P2EA 2HIZA 3ZPTA 4FGXA 4ZSPA 4I0FA 4B1CA 4LXMA 2QNPA 4S1GA 2G1NA 3SA4A 2XFKA 4Y3DA 3SACA 2ZHRA 3GI4A 5JG1A 3S43A 3S85A 3B7VA 4Y39A 1IIQA 1YM4A 4MC1A 1NPVA 5P5NA 5P0PA 1BXQA 4N00A 3UHLA 4AMTA 5P7VA 1EPRE 5P6PA 4B1EA 3WB4A 3OGQA 5DPZA 4F73A 2XYFA 5C9DA 5OYZA 1UH8A 4L6BA 5P33A 2PSGA 5DQ2A 2VA6A 3PMYA 5P20A 4AZYA 4I0EA 5SZ9A 3K5GA 4ZEAA 5P1BA 1C6XA 3OADA 2PWCA 5OYSA 2P3BB 1AZ5A 1FKNA 5CLMA 5BS4A 3UTLA 4GJDA 5P8VA 1Z1HA 4HLAA 4Q1YA 1EBZA 2QZWA 2A1EA 2H6TA 5AHCA 3PSGA 1YTGA 1SDUA 1HRNA 4DJPA 2O40A 2UXZA 1T7IA 5IVQA 3UDRA 4EP2A 5ER1E 1SP5A 3O9EA 1DP5A 5P10A 5P00A 5P4VA 2ZJNA 1NH0A 5P6ZA 2V16C 4M8YA 5OZQA 1B6JA 2O4SA 3S7MA 1BILA 5P3UA 3TPJA 5OYXA 1HHPA 4CMSA 3B80A 3OK9A 3OQDA 4DQHA 5I3YA 5P7RA 4FRKA 5P23A 4EQ0A 5P69A 4GJ8A 5P7IA 3PMUA 1EEDP 2I4WA 3ECGA 5P7YA 3K4VA 2FDDA 4GJCA 5P6WA 5DR0A 2BQVA 3OXXA 3LITA 4A6BA 3OXWA 1IZIA 3S56A 3CIBA 1PPLE 5P2YA 5P2HA 4Y47A 3TNEA 2PC0A 5OYQA 5OZ6A 4EP3A 4I1CA 3OQFA 5P6MA 2G24A 5OZKA 5OZSA 5OZ2A 4Y3FA 1GVVA 4LHHA 4Y5EA 4MC9A 2R8NA 5P43A 3O9IA 1YG9A 5P3FA 3UQPA 3BVBA 3DUYA 5OZIA 3N4LA 3IXOA 5P1XA 4B78A 5KOSA 4GYEA 4EQJA 5P7PA 5P5IA 4EXGA 1AJXA 4Y9WA 3INHA 4RROA 5P2IA 5OZCA 5P42A 5P1SA 4CPWA 1C70A 4CPQA 1K6TA 5P48A 4ZPEA 3S8IA 3ZKNA 4GJAA 4H3IA 4JPCA 5P4AA 2WKZA 5P7TA 5P7FA 1BWAA 2XFJA 2QI5A 5OYTA 5P8CA 1FQ7A 2J9JB 5P3EA 2QI1A 2ER6E 5P59A 3MXDA 3BUGA 1LEEA 5P40A 3R1GB 4J5JA 3ZL7A 5P0SA 1MPPA 1D4LA 2OHSA 2FIVA 2WF3A 2OHMA 4LP9A 3BGBA 3SKGA 3KN0A 6UPJA 5OZ3A 2FGUA 3PSYA 4LXAA 3PRSA 4Y5KA 4R95A 3GGAA 5P2RA 3UDKA 1EC0A 1HPVA 3EM3A 4QJAA 3T3CA 2OHPA 4KE0A 2Z54A 4Y4TA 5P1HA 4EJLA 5P19A 1MT9A 4L1AB 1RQ9A 2BKSA 4ZPGA 1A94A 5OZOA 4PEPA 1QDMA 2V12C 2ZJJA 1APVE 1HPXA 2ZHVA 1GVXA 4R93A 3URJA 4OBDA 5P2MA 3D1ZA 2BPXA 3PM4A 1T6EX 3FX5A 2BPZA 5P3TA 1QS8A 5P1UA 3KDCA 3PWMA 5P82A 3OTSA 3WZ6A 2F8GA 3LIYA 3O9GA 5P7AA 1ZJ7A 4OC6B 1C6ZA 4JOOA 3KF0A 5P58A 1LYWA 5P4RA 2V0ZC 3EL4A 1HSIA 3HBOA 4YE3A 1LYBB 3O9BA 5UPJA 2P3BA 4ER2E 4YHQA 3GGUA 5AGZA 4JPEA 4BEKA 1Z8CA 5OYUA 3R0YA 3OWNA 1IDBA 5P0HA 1E81E 5P7WA 3RSXA 4APRE 4Z50A 3LINA 4D85A 4DH6A 1GNNA 1TCWA 1HVSA 4DPIA 1EC2A 2UY0A 2I4XA 3SA3A 1AJVA 2VJ6A 5HVPA 1XE6A 5P71A 1QBSA 1E5OE 1K1UA 3KFRA 2B7ZA 2AZ9A 1PFZA 1PSAA 1FLHA 1KJ7A 1HTRB 3NXNA 4DQBA 3IN3A 2FNSA 5P16A 2FGVA 3UQXA 4XXSA 3APRE 4QJ6A 3TL9A 3BUHA 1GVTA 4R91A 1B6MA 4WY1A 3HVGA 3D1XA 4RCEA 5P0WA 1G35A 1MVPA 5KQYA 1HVHA 3UF3A 5OYVA 5P8TA 1MIQA 1XDHA 1HOSA 2ZJIA 3KYRA 2NMZA 1PPKE 5P3RA 5P6OA 5P3DA 4YDFA 3OUCA 4Y3JA 3ER3E 4R92A 3NXEA 5OZUA 3INDA 3QS1A 3CKTA 3LZSA 5HDVA 1TZSA 3HAWA 1BVGA 3ZPUA 3PCWA 5P64A 1FMUA 5OZMA 4Y5LA 1UH7A 1ODXA 5DR1A 4Q1XA 5P8AA 4RVJA 3EKXA 3KM4A 5P6JA 2QD7A 4Y38A 5P38A 3SA5A 3RTNA 4EWOA 4XX3A 4FCOA 5P5WA 4F74A 4CPXA 4TVHA 4A6CA 3G72A 2PSVA 3DV1A 5P03A 4DJUA 5J25A 5P7EA 3TOGA 4ZSQA 4QJ9A 4QLHA 2A4FA 5P4CA 2WL0A 5P4TA 5P6QA 3TOHA 4J0VA 3PB5A 4Y4DA 1APTE 4J17A 4D89A 2J9JA 1T7JA 5OZGA 2JYSA 2IGYA 1VIJA 2V10C 4I0HA 5P0YA 1HIIA 3TPRA 4DJOA 5P8JA 5FIVA 5P2DA 5P0IA 3KFPA 5P5MA 2QAKA 5P25A 4E43A 5TOLA 5P81A 5DGWA 3SKFA 1K6VA 4I0GA 4HZTA 5P0JA 3PLDA 4HE9A 3EXOA 4LBTA 5P8HA 5HE5A 4D83A 4APEA 4H3FA 1HTEA 4Y3NA 1FQ4A 2IKOA 4OD9B 4ZSMA 3ZKIA 3FSMA 4U7QA 5P75A 4L1AA 1Z1RA 3PJ6A 2AVVA 5P50A 4CPSA 5P0VA 5P5TA 2P8HA 5P3QA 3UDNA 1BV7A 5P2WA 3PCZA 1FQ6A 2FMBA 1KJ4A 5OZWA 3L5DA 2Q15A 4BFBA 4Y3RA 1DW6C 5P3HA 4Y4WA 4FM8A 5P2KA 1F7AA 1IBQA 1ODYA 4OBKA 5P0CA 1HIHA 5P7KA 3UDYA 1MT8A 2QHZA 1BVEA 3CKRA 3NR6A 3O9DA 5ENMA 3PI0A 3IN4A 1APWE 1LF2A 2OHUA 1A30A 3Q5HA 1D4YA 4YD6A 5P5DA 4Y43A 1HPSA 4YBFA 3ZKQA 2QI7A 2AOFA 3QVCA 3JVYA 5P4LA 2NTRA 2HAHA 1LYBA 5P1YA 5P6SA 5P1FA 1TSUA 5EZXA 3SPKA 4LAPA 3EM6A 5IVSA 4AA8A 2VJ9A 3CYXA 5P7JA 3CIDA 3QP0A 5P1JA 5P8FA 5P8SA 2F3EA 3K5FA 2EWYA 3PGIA 5P60A 5P5CA 3SA8A 4H3JA 3RU1A 3MSJA 3PWRA 2RENA 3NU9A 1EC1A 4DQGA 3Q4BA 5P70A 1HPOA 5P3ZA 5P85A 2FLEA 1OEXA 3BC4A 2ER7E 4ZE6A 4Y4GA 1ENTE 4J1HA 1G6LA 3IGBA 2NPHA 3RTMA 5I3VA 3K5DA 4DUSA 4COEA 2Q54A 5P1RA 4HDPA 5P14A 3OXVA 5OZDA 5P2TA 3HLOA 1QBTA 5P8NA 3FIVA 5P6KA 1D4HA 2VIJA 2WF2A 2G20A 4I0ZA 3C9XA 5P0DA 1DAZC 2AOGA 3UDHA 5P5FA 3ZMGA 3SM1A 1HEGE 3LIXA 5P1ZA 4QJ2A 3SO9A 2WF0A 5P41A 2I4DA 3I25A 2VIEA 4TRWA 5P01A 5P83A 1HXWA 2RSPA 3ZKMA 4DI2A 2PSUA 5P4NA 5P8MA 1SGZA 4J1KA 5P6HA 5P3BA 3UQWA 2NNKA 8HVPA 4CKUA 3KA2A 5P0EA 3BRAA 2QI3A 5P3PA 2BKTA 1QBUA 7HVPA 3SFCA 5P62A 5P6BA 3VUCA 5P2GA 5AH8A 1MERA 4Y4BA 5JODA 5P4FA 4GJ9A 1BWBA 4HDBA 3IVIA 3WB5A 4Y4ZA 5P12A 1MRWA 1MSMA 3PLLA 5P6LA 3L5CA 5P45A 4YOAA 3OOTA 4DQCA 4Y3EA 5P2OA 3UFNA 1PSOE 5P1MA 4Y45A 3S54A 5OZZA 3TKGA 2H6SA 2P3DA 3QROA 3N3IA 5P5YA 4FL8A 2F80A 4GIDA 5P7LA 5P3NA 2OHNA 5OZRA 4X7IA 2R5PA 3VEUA 3VYFA 5P4BA 3GGVA 2VNMA 4YCYA 5P86A 1XS7D 1SMRA 2B60A 2OF0A 5SY2A 4J0YA 1ZSFA 1M0BA 5OZ1A 4EJDA 3CMSA 3IAWA 5P49A 3S53A 1J71A 4Y44A 1ZP8A 2Q3KA 4OD9A 1HIVA 3R0WA 1AIDA 2QD8A 4HDFA 5P04A 5P22A 2V11C 1BDLA 4I11A 4YA8A 3AIDA 3VLAA 4K4RA 2QHYA 4GB2A 3O9LB 4FRJA 5P0NA 5P52A 3EBZA 5P47A 2R43A 5P87A 3NDXA 2BPVA 1LYAB 4U7VA 3JW2A 4Y3QA 1BDRA 5AH7A 4PHVA 3K5CA 3NSHA 5DQ4A 4I0JA 2WECA 5P8UA 5T4SA 3O99A 5P3SA 1PSNA 5KR2A 2HM1A 5P5EA 4FM7A 3NWQA 4GMIA 1XL5A 3EL1A 2PMAA 3LHGA 3KDDA 3R2FA 5P5HA 2P3AA 2AOHA 1RNEA 1K2BA 3QRSA 5HTZA 3UQRA 5P1TA 1HSGA 1AAQA 3PWWA 1HVRA 6APRE 3O9CA 5JFPA 4RZ1A 5ISKA 4Y5GA 6FIVA 4MC6A 1W5YA 1YTJA 4FIVA 3G70A 3GGXA 5E5KA 3UCBA 4F76A 4DPFA 5P6GA 5OYWA 4KE1A 5P0KA 5P0UA 1T6GA 2CEMA 5P0XA 5OZ4A 4WTUA 1ZPAA 1ZLFA 1NPAA 1YX9A 2AOCA 3NDUA 3TTPA 1ZAPA 5P1PA 1FG6C 5B18A 4M8XA 4HVPA 3LIZA 4XX4A 3QN8A 5P7XA 1FGCC 5P1KA 3OGPA 1EPLE 2OHKA 4Y3LA 3EMYA 1HSHA 1MUIA 3UDJA 5P1QA 1LF4A 5P7UA 4K4QA 4RCFA 3LZUA 1SH9A 5P44A 5P0AA 5COOA 5PEPA 3DOXA 4Y50A 3UDPA 2QI4A 2QNQA 1LS5A 5P8PA 1LZQA 4Y3YA 4PPHA 2PYMA 3KT5A 3EKPA 1YTHA 3BUFA 1GNMA 4R5NA 5P53A 5P4WA 5C9FA 1XN2A 4Y3PA 3OAGB 5P6CA 5P26A 5HU1A 1OD1A 3IXKA 5OZVA 4BELA 5P0OA 4NKKA 4Z4XA 5P80A 5DQ5A 1VIKA 2G27A 5P0MA 4DJXA 3OXCA 3QBFA 4Y57A 1SIPA 5P2NA 5P1CA 1ZPKA 3FNUA 5P2LA 2QMPA 5OZYA 4RCDA 3LZYA 2R38A 3HVPA 5KR8A 4Q5MA 2P3CA 3OU4B 3DK1A 5P5QA 5P8EA 4DV9A 1TCXA 5P4GA 1BBSA 1ZBGA 4H1EA 4BFDA 3Q70A 2QZXA 2CEJA 2BPWA 1FIVA 4Q1NA 5P5UA 4DJWA 4FAEA 2R3WA 3G6ZA 2HS1A 2OHQA 2VA5A 3K4VC 2HS2A 2NXMA 1KZKA 3HDKA 3T7XA 1M4HA 1JLDA 1MT7A 4J1FA 4EXHA 3KMYA 4B05A 3PI5A 3EL9A 3EKTA 1EBYA 5P6NA 3VFAA 1FQ8A 3Q3TA 2IRZA 5KOQA 4IVTA 5P5SA 4EJ8A 1FQXA 2QK5A 2NXDA 2QHCA 4PZWA 5HDXA 1A9MA 5P3KA 5P5GA 4Y58A 1PPME 3Q6YA 4F75A 3LPJA 1BV9A 3OQKA 1BDQA 2QI6A 5P1NA 4FLGA 2OHRA 2OHLA 2Q55A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HW1 A;  4EPJ A;  3VYE A;  5P7Q A;  5P31 A;  1YT9 A;  4NJS A;  3OU1 A;  1HVL A;  3EKV A;  5P63 A;  5P7O A;  2NXL A;  5P68 A;  1PRO A;  2BBB A;  2MIP A;  3VYD A;  2JJI A;  4Y3G A;  5HE4 A;  2OHT A;  5EZZ A;  3VF5 A;  4GZF A;  3UDM A;  5P7H A;  2PYN A;  5P0L A;  2IS0 A;  1MET A;  1SDT A;  5P0B A;  2AID A;  1ZSR A;  3FNS A;  4NPT A;  5P4U A;  3LIQ A;  1ME6 A;  5HD0 A;  5I70 A;  5DQ1 A;  5DR4 A;  3R4B A;  2I4V A;  5KR1 A;  5P3I A;  3ZOV A;  4HEG A;  4B72 A;  5P57 A;  4RVX A;  1LV1 A;  4Y3S A;  2Q5K A;  5P66 A;  4Y56 A;  5HDU A;  2WF1 A;  5P4M A;  3CIC A;  7UPJ A;  1K1T A;  3IVH A;  1APU E;  2HC0 A;  1YM2 A;  4YCT A;  5SXN A;  1FEJ C;  3GI0 A;  2AVO A;  5ENK A;  5I3X A;  2B7F A;  2VIZ A;  1W5X A;  5KAO A;  5P32 A;  4DJV A;  1HXB A;  5OZ9 A;  4Q1W A;  5OZ8 A;  2QZK A;  5P56 A;  1CZI E;  1NSO A;  2WED A;  1HTG A;  2O4N A;  5P54 A;  5P2B A;  3KFN A;  5P1V A;  3I2L A;  4Y5A A;  4EHC A;  4CP7 A;  4Y3M A;  3QIH A;  5P15 A;  2FS4 A;  1AVF A;  4OBZ A;  1W50 A;  4Y35 A;  2PH8 A;  1U8G A;  5P09 A;  5P4J A; 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 2P3B A;  4ER2 E;  4YHQ A;  3GGU A;  5AGZ A;  4JPE A;  4BEK A;  1Z8C A;  5OYU A;  3R0Y A;  3OWN A;  1IDB A;  5P0H A;  1E81 E;  5P7W A;  3RSX A;  4APR E;  4Z50 A;  3LIN A;  4D85 A;  4DH6 A;  1GNN A;  1TCW A;  1HVS A;  4DPI A;  1EC2 A;  2UY0 A;  2I4X A;  3SA3 A;  1AJV A;  2VJ6 A;  5HVP A;  1XE6 A;  5P71 A;  1QBS A;  1E5O E;  1K1U A;  3KFR A;  2B7Z A;  2AZ9 A;  1PFZ A;  1PSA A;  1FLH A;  1KJ7 A;  1HTR B;  3NXN A;  4DQB A;  3IN3 A;  2FNS A;  5P16 A;  2FGV A;  3UQX A;  4XXS A;  3APR E;  4QJ6 A;  3TL9 A;  3BUH A;  1GVT A;  4R91 A;  1B6M A;  4WY1 A;  3HVG A;  3D1X A;  4RCE A;  5P0W A;  1G35 A;  1MVP A;  5KQY A;  1HVH A;  3UF3 A;  5OYV A;  5P8T A;  1MIQ A;  1XDH A;  1HOS A;  2ZJI A;  3KYR A;  2NMZ A;  1PPK E;  5P3R A;  5P6O A;  5P3D A;  4YDF A;  3OUC A;  4Y3J A;  3ER3 E;  4R92 A;  3NXE A;  5OZU A;  3IND A;  3QS1 A;  3CKT A;  3LZS A;  5HDV A;  1TZS A;  3HAW A;  1BVG A;  3ZPU A;  3PCW A;  5P64 A;  1FMU A;  5OZM A;  4Y5L A;  1UH7 A;  1ODX A;  5DR1 A;  4Q1X A;  5P8A A;  4RVJ A;  3EKX A;  3KM4 A;  5P6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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