5I3WA

Crystal structure of bace1 in complex with 2-aminooxazoline-3-azaxanthene inhibitor 2
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 377
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3wA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3wA02
3S45A 3QBFA 3PSGA 1YM4A 1HPXA 3OUBA 2AOEA 4GJ7A 1IZDA 5OZDA 3ST5A 5P1VA 3L5BA 5P6RA 4IVSA 5OYXA 5AHCA 4PZWA 3EL4A 2WF4A 4J17A 1FFFC 5P8FA 2ZJMA 5P8MA 3UDNA 1BIMA 3URLA 3JW2A 3NWQA 5P85A 3JVYA 5P80A 2AZ9A 5P5IA 5P62A 2AOFA 2SAMA 4EP3A 5P6HA 5P7RA 5P5QA 4F74A 5P3WA 3B7VA 3OK9A 4Z22A 1ZJ7A 3S85A 5P4DA 3OU1A 3NYGA 3MXDA 5HCOA 4R5NA 2VNMA 2ZJKA 4DJOA 4Q1NA 5P2VA 5P3YA 5OYYA 5P4TA 3IAWA 3CICA 5P7MA 3O9HA 5JFPA 4YDGA 4D83A 3EXOA 5HDZA 1NSOA 2BPXA 4AZYA 4APEA 5P1SA 3OU4A 5P3ZA 4PHVA 2WF2A 1W5XA 4I0DA 1B6LA 1C6XA 3UDJA 2P3CA 1TSQA 5P07A 5KR2A 5P0OA 1IIQA 2ASIA 5OZ8A 2FLEA 5P7CA 1LYAB 2JJJA 3KF0A 2NMZA 3HLOA 5CLMA 3PBZA 5P09A 4BFBA 1HWRA 5BRYA 1IZIA 3K1WA 3OGQA 5P4XA 1M0BA 2PQZA 3L5DA 3VCMA 4U8WA 2AVVA 5DQ4A 4LL3A 5P6FA 4OBZB 3UPJA 3BXSA 2HB3A 5P39A 4XKXA 3TPLA 1BAIA 1LYWB 1ZAPA 5P49A 3SABA 4FAEA 4DQCA 1B5FB 3I7EA 1WKRA 2R3WA 4Y4AA 1PSNA 3SA7A 2JYSA 5P3AA 2AOGA 1E81E 5P4CA 4CPTA 4WTUA 4Y48A 1META 5P3DA 5P5NA 1YM2A 5P7JA 4Z50A 5P2GA 1BV9A 1IDAA 5P1AA 4HDBA 3TNEA 5P22A 1HVCA 3UDHA 5TOLA 1E80E 5P2IA 5I3XA 4L7HA 5P3IA 3D1ZA 3SLZA 3TPJA 2HM1A 5P6ZA 3UDRA 2WL0A 3R4BA 3UQWA 3K5DA 1SDVA 2QMDA 2OHSA 3QRSA 2NMYA 5P2DA 3HZCA 4Y44A 3S7MA 3UQXA 2BKTA 3T7QA 5IVSA 5P3GA 5P1RA 1FMXA 1BWBA 5FIVA 2IQGA 5P2LA 1LF2A 4Y4DA 2G69A 3O9AA 3QS1A 4EHCA 2CENA 1EPPE 2BPYA 5P4SA 4YD5A 1YTGA 4Y57A 1XL5A 3INDA 4S1GA 5P5OA 4Y5EA 4JECA 5P4MA 2QZXA 3OY4A 3ZKXA 4YDFA 4D8CA 2VJ7A 4I0EA 4OBFA 5P7YA 4I0FA 1HVHA 1D4IA 2BBBA 4I8WA 4JP9A 2FNTA 3D3TA 2QD8A 4U7VA 5P1NA 5P2RA 2FGUA 2Q5KA 2O4LA 3OOTA 1QS8A 5P27A 5P5GA 1FG6C 5P7SA 4LP9A 2WEBA 4PEPA 5I3VA 3L5CA 4E43A 2ZE1A 4HA5A 1QBRA 5OYQA 5P7WA 4Y5NA 5HDUA 5P7BA 1EPNE 4AA9A 2QNNA 3SPKA 2PYNA 1EC1A 1MTBA 5P70A 3G70A 5P5DA 5P5RA 3UDKA 2J9JB 1AIDA 1HXWA 3DOXA 4Y5AA 4B70A 2VIEA 5P3NA 2PSVA 4N00A 2G21A 5P64A 4HVPA 4A4QA 1NPAA 3EKQA 3FV3A 5OZAA 2ZDZA 3ZMGA 4RGHA 3HD8A 2G1NA 3VSWA 2A1EA 4Y4BA 2I1AA 2XFIA 2P3BA 1HBVA 3ZPUA 2VIJA 1HTGA 3QVCA 2PH6A 1A8KA 3SFCA 4NKKA 1ODYA 3LPJA 3OQAA 4QJ8A 5P1LA 3BRAA 5P0YA 3NUOA 2IENA 5P55A 3IXJA 1N49A 5P3LA 2BPVA 3VUCA 5P3KA 3VYFA 5P2JA 2FMBA 2XFJA 2V13A 1ZLFA 1HTRB 4GJBA 5P8IA 1LYBA 3H0BA 2PMAA 5AHBA 1MSMA 4Y3YA 9HVPA 3PHVA 2AVOA 5P50A 2XFKA 5P3HA 3RTMA 5P37A 5DR3A 1OEWA 4FSLA 3S43B 1GKTA 3DV5A 3K5FA 1KZKA 4DV9A 5P2KA 2OAHA 3OHFA 5P7OA 3EKWA 2QCIA 5P34A 5P8UA 4CPWA 3RU1A 5P0JA 1CPIA 2G1YA 3EM3A 1GVWA 1FQ7A 1T7IA 1UPJA 4OBDA 2XYEA 3ZL7A 1W5YA 4I8ZA 4J0PA 4Y3PA 3OADA 1EC0A 3IXKA 5OZKA 3LINA 2HS1A 4RVXA 1SIVA 5P74A 1MRXA 4EXGA 1BBSA 2QI6A 1JLDA 3ZKSA 3EL5A 4QJ6A 5P66A 1M4HA 4GZFA 1HVJA 1Z1HA 4ZLSA 5P1TA 3LITA 5HVPA 1D4HA 2WEDA 2PH8A 5KQXA 1ODWA 3TL9A 2V11C 5P8HA 2OHMA 4EJLA 4RRSA 5P0SA 1OD1A 5P58A 5P6DA 2BPWA 4APRE 3SO9A 3LIVA 4YCKA 3UFNA 5HE4A 3H5BA 4YCTA 1HHPA 4J0YA 4PZXA 5P73A 3OXWA 2FGVA 1T6EX 4ZPFA 5P3CA 5AH8A 5OZ7A 3ZKIA 5P1BA 1OHRA 4A6CA 5P60A 3UDYA 2G20A 3NU4A 1EBZA 5DR8A 2NNPA 3VEUA 5P6IA 2B7ZA 5P5YA 3INEA 3IVHA 1AAQA 2A4FA 5P0IA 3LZSA 3SKFA 2FIVA 2EWYA 5P2FA 2F3FA 2NXMA 5ENKA 3UQPA 1D4LA 4J1KA 5P89A 5IVRA 5P35A 4IVTA 4LXMA 5P7KA 1PSAA 1APUE 1BDRA 5P4YA 1HSGA 1HVLA 5P7DA 1K6VA 2B60A 4RCDA 5P08A 2Z54A 2I4XA 5P1UA 4LHHA 3U7SA 3TOHA 5P41A 5P6AA 4Y43A 5P2OA 5P6GA 3VSXA 2R5PA 2P3AA 3DJKA 2FDPA 4ZSQA 4B77A 2ZHTA 1YTIA 5P5EA 3LZYA 3L5FA 2FS4A 2I4DA 1AVFA 2HB2A 4FGXA 4TVHA 3BGCA 5P53A 5SY3A 2NXLA 5P7PA 5P7XA 5P6MA 1ZPAA 1XL2A 1SGZA 2JJIA 7UPJA 3WZ8A 2IS0A 1DPJA 2R8NA 2VJ6A 2R5QA 3UTLA 2F80A 2Q64A 1F7AA 1W6IA 3DM6A 3ER3E 2QNQA 3UDQA 3KDBA 5UPJA 1QDMA 4DJRA 3HAUA 1B6JA 3OUAA 1AXAA 2QHZA 4OC6A 1SMRA 5DPZA 1J71A 2QZLA 4Y38A 3TOGA 6UPJA 3PGIA 3KT5A 4J1HA 3EM4A 2HAHA 2ZJLA 4I12A 2OF0A 1ZSRA 3QP0A 5P29A 5P8EA 1Q9PA 1ZTZA 5P8SA 3QI1A 1KJ7A 4L1AA 3DK1A 3IN3A 5P63A 3SM2A 2AVSA 3FSMA 3HVGA 1T6GA 4RVJA 5OZCA 4A6BA 4B72A 4Y37A 2ER0E 4X2LA 3QRMA 4Y47A 1TCWA 4B0QA 5P3FA 5P7HA 5P3QA 4EQ0A 1MVPA 1K6CA 5P1IA 5AH9A 5P3OA 5P0ZA 5P01A 2H6SA 3FNTA 5OYTA 3O9DA 3HW1A 5P0XA 4EPJA 2ZHSA 3QRVA 5P69A 5P4EA 4DJVA 1TSUA 5P0CA 5JODA 5P24A 5P6QA 4DQGA 5SY2A 5P5BA 1YTJA 5P7NA 4FM6A 5P87A 1IDBA 4Y35A 3N3IA 5P48A 2QI5A 5DGWA 1APWE 3MSJA 4FSEA 5P65A 5APRE 3O9LA 2B8VA 4B1DA 1HIVA 2VJ9A 1FF0C 1HVRA 1VIKA 3BUFA 2G94A 1FQ5A 1XDHA 5P7EA 4GJ8A 3ZOVA 1GNNA 5OZGA 4Q5MA 4ZIPA 3PMUA 3EM6A 2QZKA 5P6KA 1EBWA 2G26A 3NR6A 4TRWA 5P2HA 3LIYA 2QP8A 6FIVA 5HDVA 4Y41A 2HPEA 3EL0A 4NPTA 4TVGA 5P47A 4NJTA 3AUPA 2G24A 3KDDA 1UH7A 4K4PA 3CIDA 3QN8A 4Y4EA 2BQVA 1A8GA 2B8LA 4DUSA 2PWCA 5P6NA 1SH9A 1ZPKA 3QROA 3FIVA 1FGCC 4Y3ZA 4FE6A 4Y3GA 5P76A 5P7FA 1NPWA 5P15A 3SM1A 1WBKA 2Z4OA 3PCZA 3CMSA 4B1EA 1FQ8A 3BC4A 3O9GA 5P4FA 4EJ8A 5P8CA 4I0GA 2WEZA 4Y3NA 2AVMA 4Y5CA 4NJUA 4Y45A 1FB7A 5P3SA 3LIQA 1EPME 4OD9B 3OUDA 4B78A 5OZYA 5P33A 4F75A 4CPRA 2I0DA 2R38A 2VS2A 4YHQA 4H3FA 1RV7A 1W5WA 1HTEA 1FQ4A 4TRYA 7HVPA 3QVIA 5P36A 5P1WA 1ME6A 4J1FA 4GYEA 5P4PA 1OEXA 1W6HA 3TOFA 2JXRA 2OHQA 4ZSPA 5ER2E 3RTNA 3KM4A 5P00A 2WEAA 1YTHA 4DPFA 4AA8A 2ZJIA 1FEJC 4K4RA 2UPJA 3LIXA 3Q5HA 3LIZA 3MSLA 5P0RA 3TKWA 1D4KA 2PWRA 4H3IA 4FRJA 5P3VA 2CEJA 2NR6A 3OGPA 4LAPA 4Y5GA 3VYEA 3VG1A 3DUYA 5JG1A 4OC6B 3QBHA 2VA7A 3APPA 5OYRA 4Y3FA 1C6ZA 1MSNA 4RLDA 4EJKA 3KFSA 5OZTA 4KB9A 4RZ1A 1T7JA 1PROA 1PFZA 3OAGB 1HVKA 3OXVA 5P4OA 5P0KA 2AOIA 5P7GA 5OZ9A 1HPOA 5HU0A 5P4WA 1HIHA 5KR1A 5P5UA 4FRIA 3FNSA 4CKUA 2VKMA 5AH6A 5P7IA 3G72A 5ER1E 3S7LA 5P3UA 5HCTA 2G1SA 4I0ZA 1QBSA 3VV6A 2HIZA 5P5PA 4GIDA 4HE9A 4OBJA 3OU3A 1BDLA 1YT9A 4EQJA 4M8XA 2P83A 3CKPA 3PVKA 2WJOA 5KOQA 4L6BA 5P18A 1IBQA 4J0TA 3F9QA 5P0DA 3S53A 3NXEA 2ZHUA 5P6TA 5ISJA 2NXDA 3O9EA 2QMFA 4DJQA 1W51A 5OZSA 5P6OA 2VNNA 1YX9A 5E5JA 1PPKE 5P88A 4FRSA 4WY1A 3BUGA 3M9FA 1HEFE 1QBTA 5P71A 5P1CA 5HE5A 5P0BA 3IVIA 3PI5A 3OU1B 1RNEA 3EKVA 3L59A 5P1OA 5P1PA 1FMBA 3BHEA 3EKPA 4DQFA 4I11A 1HIIA 1AJVA 4Y3MA 5P51A 2AIDA 2V16C 5IVQA 5BS4A 4U7QA 3JVWA 1IVQA 4FM7A 4D89A 3OU4B 4R8YA 5P2CA 2MIPA 4DJXA 5DQ5A 5P81A 1GVXA 2HC0A 3KDCA 4YA8A 5OZVA 4F73A 2O40A 4Y53A 3KN0A 5P5FA 4I10A 2OHNA 2VIYA 5P28A 3GW5A 3ZPTA 2AOJA 2QNPA 5KAOA 5P7LA 3ER5E 1SBGA 3LZVA 5P8RA 4H1EA 4Y4ZA 5P0VA 3GGXA 5P3EA 1TQFA 4DFGA 5P04A 5P1GA 4Y5BA 4GJAA 3NWXA 1HOSA 4GJ9A 4I0IA 5P5VA 5OZOA 3MSKA 1LEEA 4KUPA 5P2QA 2F81A 2F3KA 1IZHA 5P8PA 1EPOE 3VYDA 4Y3XA 5P6PA 3CIBA 5P2ZA 3LZUA 1XS7D 4DJYA 5OYZA 5P3PA 4KE1A 4R92A 3VV8A 4DVFA 4NPUA 3DV1A 4NJSA 5PEPA 1NH0A 5P5AA 4D85A 1HSHA 4Y3LA 4I1CA 3IN4A 4QJ2A 5IE1A 3QPJA 1EBYA 5P8VA 3RTHA 4Z4XA 5P5KA 2AOHA 3U6AA 5P2YA 4Y5PA 2I4UA 3PJ6A 5DR7A 4UPJA 4DQEA 1HSIA 5SXNA 2G1RA 4J1EA 5P0FA 5P6VA 2AVQA 5P4UA 3SA5A 2O4SA 2QHYA 4J5JA 4BEKA 5COKA 3URJA 5ENMA 1UH8A 3TPRA 2QZWA 2JE4A 3GGUA 3PRSA 4JOOA 5F01A 5OZZA 4K9HA 5P2EA 3KFNA 4TRZA 5P0EA 5I70A 4L7JA 1C70A 3KT2A 2UXZA 5P6SA 3OQDA 4Y6MA 3OQ7A 5P4IA 4FL8A 5P1KA 4Y4UA 1CZIE 4Y3AA 3VLBA 5HE7A 4Y39A 5P54A 3G6ZA 2Q11A 5P31A 5KQFA 1FQXA 5P82A 3K4VA 5C9BA 5P4VA 4RVIA 5P4RA 5P7QA 1PPME 5P12A 1D4YA 3U71A 2QMGA 3ZKMA 4Q1WA 3UFLA 5P6EA 4R91A 3PLDA 5P2MA 4PPHA 1T3RA 1K6PA 3PLLA 5P19A 5OZJA 3RSXA 5P03A 3A2OA 2O4PA 3R0WA 3O9CA 1KJHA 1LS5A 5P7ZA 4ER2E 2PYMA 4F76A 1SIPA 2G27A 3WZ6A 3DCKA 2QHCA 1LYAA 4OBGA 1BV7A 5P3XA 5P6LA 8HVPA 2QAKA 5P72A 1FQ6A 1FMUA 4GJDA 4Y56A 3VFBA 4HDPA 3HVPA 4KE0A 3SKGA 3VF3A 2IKUA 4JPCA 3WSJA 3INHA 4BFDA 1EC2A 3D1XA 2HB4A 1SDUA 1KJ4A 1K1UA 4XXSA 5OZUA 5P2TA 4Z2ZA 3CKTA 3VLAA 1NPVA 2HPFA 2CEMA 2O4NA 3EKYA 1IVPA 3WB5A 4YCYA 4Y5KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S45 A;  3QBF A;  3PSG A;  1YM4 A;  1HPX A;  3OUB A;  2AOE A;  4GJ7 A;  1IZD A;  5OZD A;  3ST5 A;  5P1V A;  3L5B A;  5P6R A;  4IVS A;  5OYX A;  5AHC A;  4PZW A;  3EL4 A;  2WF4 A;  4J17 A;  1FFF C;  5P8F A;  2ZJM A;  5P8M A;  3UDN A;  1BIM A;  3URL A;  3JW2 A;  3NWQ A;  5P85 A;  3JVY A;  5P80 A;  2AZ9 A;  5P5I A;  5P62 A;  2AOF A;  2SAM A;  4EP3 A;  5P6H A;  5P7R A;  5P5Q A;  4F74 A;  5P3W A;  3B7V A;  3OK9 A;  4Z22 A;  1ZJ7 A;  3S85 A;  5P4D A;  3OU1 A;  3NYG A;  3MXD A;  5HCO A;  4R5N A;  2VNM A;  2ZJK A;  4DJO A;  4Q1N A;  5P2V A;  5P3Y A;  5OYY A;  5P4T A;  3IAW A;  3CIC A;  5P7M A;  3O9H A;  5JFP A;  4YDG A;  4D83 A;  3EXO A;  5HDZ A;  1NSO A;  2BPX A;  4AZY A;  4APE A;  5P1S A;  3OU4 A;  5P3Z A;  4PHV A;  2WF2 A;  1W5X A;  4I0D A;  1B6L A;  1C6X A;  3UDJ A;  2P3C A;  1TSQ A;  5P07 A;  5KR2 A;  5P0O A;  1IIQ A;  2ASI A;  5OZ8 A;  2FLE A;  5P7C A;  1LYA B;  2JJJ A;  3KF0 A;  2NMZ A;  3HLO A;  5CLM A;  3PBZ A;  5P09 A;  4BFB A;  1HWR A;  5BRY A;  1IZI A;  3K1W A;  3OGQ A;  5P4X A;  1M0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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