5I3YA

Crystal structure of bace1 in complex with aminoquinoline inhibitor 9
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
387
structure length
369
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 369
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3yA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5i3yA02
2FXDA 5OZIA 4YD7A 5P85A 5P1VA 5P6KA 2WEBA 5HD0A 5OZLA 4GJDA 2OHMA 4YD5A 5P80A 3LINA 2VJ6A 3QP0A 1MT9A 1QBTA 1HTGA 2XFKA 5P5NA 2OHKA 3KN0A 3NWXA 1BAIA 4Y45A 4Q1YA 1FQ8A 4Y3DA 5P1XA 5ER2E 2Z4OA 1QRPE 3KFRA 1YG9A 4Q1XA 3GGVA 5KR0A 1OEWA 1K6VA 1LYAA 4Y3NA 5P02A 1Q9PA 2IRZA 5P3LA 1FLHA 1EC0A 1B6MA 5P48A 1HOSA 5IVRA 5PEPA 3U71A 4S1GA 5P3YA 1HEFE 3O9BA 4R91A 2ER6E 5P3HA 5P2MA 5P2UA 5P78A 2PSVA 4AA8A 4EJKA 5P3MA 1E82E 3OOTA 3CKTA 1MRWA 5EZZA 5OZXA 2NMZA 4Y3AA 3UDKA 2BPZA 5P7SA 4J1EA 3TOFA 5DR1A 1ZPKA 3SACA 3EKVA 3OUDA 2I4DA 4JP9A 2P3BB 5P86A 2FDEA 1GKTA 1HIVA 1WBMA 2Q54A 4CMSA 4D88A 1SH9A 3KF0A 1IIQA 2R38A 5P17A 1OHRA 5F00A 5P7OA 1HVJA 3HZCA 3ER5E 4YD3A 3S54A 2NMYA 4DH6A 1TCWA 1TCXA 3I8WA 3UF3A 5P15A 2HC0A 2OHUA 1AJVA 1PSAA 4TRWA 4RVJA 5P54A 1T7IA 3JVYA 2WF2A 5P0ZA 4Y58A 2G94A 4APEA 1HWRA 2JE4A 3R1GB 3UFLA 1FKNA 1YT9A 5P74A 3MSKA 5HVPA 1JLDA 5P2JA 5P3RA 2BKSA 3LIVA 2FDDA 4Y4TA 3OQAA 3PLLA 1SMRA 3O9EA 2AOIA 2XFIA 5P31A 3T7XA 3PB5A 4LHHA 3FIVA 3OOZA 5P7BA 3BC4A 1MSNA 1YTJA 5P28A 1W51A 1FF0C 1GVXA 1D4JA 3PMUA 3FX5A 4HE9A 1F34A 5P5BA 2HB2A 4GB2A 3OQFA 3OUCA 1HSIA 3INEA 5P2BA 1YM2A 5P1EA 5P7KA 3GI4A 2AVSA 2JJJA 3TL9A 5P8SA 5KR8A 3OQKA 1T7JA 5AGZA 3K4VC 3L5DA 3EBZA 5P19A 4Y50A 4Y4ZA 3LZUA 5DR7A 4Y3PA 2AVOA 1HHPA 1FGCC 5CLMA 5P6IA 3S53A 5P2DA 1LS5A 2B60A 5AHBA 1T6GA 3CKPA 5P4SA 4GJBA 3LIZA 2IGXA 1T3RA 2QI1A 4FAFA 5P5SA 5OYTA 4FRIA 2O40A 2R8NA 2PSGA 5OZ7A 5P1LA 3H0BA 5P05A 1KZKA 2NPHA 3QRSA 4CKUA 1YTGA 3PSYA 3ZKSA 5P5XA 3UQRA 2BBBA 4Y36A 2ZJIA 2G1SA 1APTE 4Y3WA 1MT8A 4L7JA 4FSLA 1NPAA 3A2OA 3HLOA 4YOAA 1W5WA 5JFPA 5P8IA 3ZKXA 4H3IA 4YE3A 1BIMA 1ZTZA 5P49A 5P0FA 5P7JA 1G2KA 5OZRA 3N3IA 5P1MA 5P0WA 5I3WA 1M4HA 4QLHA 3DM6A 2G1OA 1ZLFA 2AVVA 3NDWA 5HCOA 5OZNA 3H5BA 4DJQA 3NXEA 3PWRA 2Q64A 2FGVA 4RCEA 4LC7A 3JW2A 5P3IA 1TW7A 1UH9A 4Y5KA 4DI2A 5OZ1A 3INFA 5P70A 4L6BA 5P3CA 3APPA 4Y5NA 4NPTA 3PSUA 3NR6A 2P3BA 4NJSA 4D89A 3WB5A 5P3VA 1MT7A 1EPLE 3OU1B 2BPXA 5P7FA 1XL5A 4EJ8A 5P2NA 1ZBGA 3OXWA 1D4SA 1WBKA 6UPJA 5ENMA 1C70A 3DV5A 3EL0A 5P56A 2MIPA 4OBKA 1MESA 2RSPA 1QBSA 5P75A 5P0TA 1IBQA 3SA5A 3EL4A 2QHZA 4QJ9A 5P3ZA 3I6OA 2QD7A 5P58A 1K6TA 2UPJA 5OZJA 1LZQA 2OHSA 4RGHA 1HIHA 3ZPTA 4FRSA 1GNMA 1NSOA 5OYSA 4PEPA 3ZKMA 2R3WA 4Y56A 5P38A 1EPRE 5P4FA 5OYWA 2J9JB 4B77A 2V13A 1ZJ7A 3FV3A 3NDXA 5P8VA 3INHA 5P7RA 5P0KA 3MXEA 4ZLSA 4EHCA 1SDTA 1HEGE 5HCTA 2I4WA 5P7AA 3QROA 2QNNA 4GJ7A 5P5CA 1FG8C 4Y4XA 2QZXA 2R43A 2G69A 5P00A 1META 3PJ6A 4ZPFA 2P83A 2JJIA 5P1GA 3LZYA 4EQ0A 1ME6A 3SA7A 1HVCA 1YX9A 3F9QA 3PCWA 5P6GA 4DPIA 1ZAPA 4I8WA 1VIKA 8HVPA 4BEKA 3R0WA 3JVWA 2HPFA 5P3QA 3O9IA 3MSLA 5P8TA 3OUBA 2ER0E 5P4KA 4AZYA 2ZGAA 1IZHA 1EPOE 2IDWA 5IS4A 5P6YA 3CYWA 4U8WA 1HVKA 5P06A 3VF3A 2B8VA 2FNSA 2PYNA 5P83A 5P61A 1IZDA 9HVPA 2J9KA 3HBOA 2VNMA 5DR4A 5P2TA 4DJUA 3OTSA 4CPUA 1HVLA 1LF2A 5P7GA 5P2IA 4Y5EA 2VKMA 5P8MA 2CEJA 4Y4UA 5HE7A 2HM1A 3VFBA 4HDFA 2OHNA 4Q5MA 4B1EA 5OYZA 2FDPA 3RTMA 1TSUA 3TOGA 5P1OA 2PQZA 5HTZA 5P52A 1QDMA 5P1PA 1FIVA 4GJAA 5OZOA 5SY2A 3O9GA 2O4LA 1MUIA 3OTYA 4Y5LA 5P0UA 1RPIA 4L7HA 4M8XA 3GI6A 3BVAA 1MTRA 2AOJA 4Y5AA 4FE6A 3NU9A 4Y51A 4B1DA 1K2CA 4XXSA 4Y47A 3DCKA 3O9DA 1BWBA 2WF3A 4I0HA 5P6WA 4QJ6A 1SBGA 5OZ9A 5P8OA 4JPCA 3QN8A 1KJGA 3VFAA 5OZEA 1EPNE 6FIVA 2IQGA 4XKXA 3TLHA 4OBDA 2AQUA 5P5IA 5OZMA 5P2EA 3VV7A 3KDDA 3FNTA 3L5EA 5OZFA 2WF1A 5ER1E 1EC1A 4ZEAA 1D4KA 1HTEA 5P5ZA 4RROA 1GNOA 3K5CA 2PSUA 1BXQA 2Z54A 3KA2A 2PWRA 2VIZA 2PK6A 3OU1A 1EEDP 3EKPA 5P7LA 3EKYA 2ZJKA 2VA5A 3UDJA 1HSHA 3DCRA 5P5QA 5P8BA 5P44A 4EP2A 4KE0A 5DQ2A 4H1EA 4FGXA 5P40A 4YCYA 2P4JA 2V00A 3R4BA 3HVPA 1ZSFA 4L7GA 4IVTA 3OADB 2XYFA 3QVCA 2VS2A 3S2OA 4Y41A 3GI5A 3K5DA 4Y5BA 3RSVA 3FSMA 3L59A 5KQZA 5KR2A 3SPKA 3OAGB 2J9JA 4YDGA 4J0VA 5P5YA 1FMBA 5COKA 3SLZA 5P1IA 5P6PA 3S7LA 2OF0A 4D85A 4Y57A 3KMYA 5P27A 5P1BA 1HSGA 4Y6MA 1D4LA 1M0BA 5P5FA 1EBWA 1HVIA 4B00A 3SA3A 3C9XA 5COPA 4F74A 1N49A 1D4HA 3OY4A 4B05A 4EPJA 5P1QA 3D1XA 2V0ZC 1CMSA 2HPEA 4WTUA 3GI0A 5P77A 5P4RA 5P88A 1BDRA 3KYRA 3CIBA 1CZIE 5KAOA 5P79A 4Y5GA 4CPQA 3TOHA 5P2CA 4J1FA 2ASIA 3TPRA 5P6JA 4I10A 1MEUA 3PGIA 4CPTA 3U6AA 4OBHA 5P1HA 2AZCA 5P3TA 5P18A 2UXZA 4PPHA 5HU1A 5KR1A 4ER1E 4RYGA 2AVMA 5HDUA 2UY0A 5I70A 4R92A 2WEZA 4TVGA 3QPJA 4LAPA 3IXJA 2ZHSA 5P2VA 3DK1A 2NXMA 2ZJJA 3QAAA 2B8LA 4FL8A 4Y3JA 1FFFC 2BPWA 5P8EA 2F80A 3B80A 1HVSA 2QU3A 5P64A 3RVIA 5P7QA 3APRE 4YBIA 5P0SA 4MC6A 3ST5A 2FMBA 5OZ6A 1IZIA 5P8LA 5P76A 4A6BA 4Y3GA 3OHHA 1RQ9A 4B0QA 3L5CA 3OWNA 2H6TA 4A4QA 3G6ZA 5B18A 4NJTA 3VF5A 5SY3A 5P2GA 3GGXA 3OK9A 4EYRA 4YCKA 3EKTA 3QS1A 5P4NA 3D1ZA 2QMFA 3NU5A 3D3TA 5P0HA 4JECA 3HAUA 2ZJLA 5P1KA 3U7SA 2B7ZA 5P4OA 4PZWA 4Y4BA 3BXSA 3UPJA 3T6IA 5E5JA 3OHFA 5P67A 5KQFA 4Y4AA 2F81A 4J1IA 2WECA 3KDCA 5P68A 1E80E 1ZPAA 3SA8A 1EBKC 2AZ8A 5P55A 3PLDA 3VF7A 4YA8A 2FGUA 3AIDA 5P22A 3ER3E 1BV7A 1MVPA 3DJKA 3PBZA 5P82A 2ZJNA 5C9FA 4EXGA 4GJ9A 3QBFA 4DQBA 4E43A 3QBHA 2I1AA 3BXRA 3CKRA 4I0DA 5P57A 1BXOA 5P4MA 4DJOA 1HIIA 3SA4A 5P6DA 3TKGA 2ZYEA 2XFJA 3I25A 3FNSA 3OGQA 2BPVA 1OD1A 2G27A 4NJUA 5HE4A 3OADA 5P8FA 3VV8A 3NUOA 1TSQA 4QJ7A 3SO9A 5P8NA 4ZIPA 5P2ZA 3NLSA 5P3UA 4Y3RA 1Z1RA 4RYCA 3BHEA 1A8KA 5OZUA 2O4PA 5P0JA 3EXOA 4CPXA 1EPQE 3OQDA 3OAGA 2G1RA 2AOFA 5P6FA 1ODXA 4TVHA 5P0QA 4J1HA 3VYDA 2R5QA 2Q63A 3ZKNA 2I4UA 5P5AA 3TPJA 3VLBA 2OHLA 1G35A 4RZ1A 4R5NA 5P7NA 5P62A 4ZE6A 4Y4WA 5P7TA 1PPME 1F7AA 5P3OA 5P30A 2RENA 2NXLA 2BKTA 5IVQA 1T7KA 5P1ZA 5OZ8A 5P1FA 2AVQA 3CYXA 3EKQA 3NU6A 3O9AA 1BBSA 4RRNA 3HD8A 5DR8A 5KOQA 4J0TA 1Z8CA 3NU3A 1HPOA 2RMPA 4UPJA 3UHLA 5OZ5A 5P4HA 4A6CA 3EKXA 3QIHA 5P3PA 1APWE 3D20A 1WKRA 5OYYA 1PFZA 1W50A 4FRKA 5P0XA 4YOBA 1ODWA 5P4IA 5HDVA 2G1NA 4EJLA 4Y39A 2RKGA 4GIDA 4K4QA 2V10C 1W6IA 3O9FA 1SIPA 5BS4A 1E81E 3PI5A 5P8GA 3SM1A 3VEUA 3Q6YA 5T4SA 3TH9A 5EZXA 1TQFA 3ZMGA 4YCTA 5P5KA 4EJDA 3Q3TA 2WHHA 3UFNA 4LXAA 2P3AA 3DV1A 4Y44A 5JG1A 1MERA 3MXDA 1W5VA 5P1DA 2QNQA 5P26A 5P6UA 5P0PA 1C6ZA 1D4YA 1W5YA 3QRVA 5P1WA 3DUYA 5P12A 5DR3A 2QI6A 3VUCA 5COOA 3ZPUA 5C9BA 4YDFA 4I0EA 3B7VA 2BJUA 5P1CA 4NJVA 1A8GA 5P6MA 5P0RA 2IL2A 3TPLA 2WKZA 1HPXA 2XYEA 1MTBA 4MC2A 1LF4A 3UQWA 4ZSQA 3OQ7A 4DQCA 2F3EA 4EP3A 4HLAA 3RTNA 5P2QA 3WZ7A 5P6XA 5P0VA 2OHQA 4DJPA 5P3JA 3SKFA 1J71A 3EL9A 3LIYA 5P69A 4Q1WA 2ANLA 4OBGA 5P6CA 3L58A 3T7PA 4I12A 5P4ZA 2BPYA 5KQYA 5IVSA 2NNPA 1HXBA 1ZSRA 2AODA 4CP7A 3L3AA 1K1UA 3N4LA 4Z2ZA 5P09A 4DV9A 7HVPA 3EMYA 3S8IA 4Y54A 5P2SA 1GVVA 3RSXA 4BFBA 3LZSA 2Q55A 1EBYA 1YTHA 1K1TA 2R9BA 5F01A 5P0LA 3QRMA 1B6PA 5P3BA 5P37A 3LIQA 3IN3A 3K5GA 5ISJA 2G24A 4LBTA 5P0GA 5DGUA 4N00A 3TPPA 5P6ZA 4F76A 2ER7E 5P4JA 2VNNA 1AIDA 2NNKA 2G22A 5P16A 3EC0A 3S43B 1KJFA 3IA9A 2VIEA 4RVXA 4GJ5A 4Y3XA 3UCBA 5BWYA 5P8JA 2QMDA 5P03A 5P13A 1B6LA 4L1AB 1EPPE 4R95A 5P3NA 5P81A 5P4AA 5OZTA 4DJXA 2HS2A 5P4TA 5DQ4A 4I0ZA 5OZ2A 3UDNA 3PWWA 5P84A 5UPJA 1EBZA 1FB7A 7UPJA 5OYXA 5OZ3A 5P7VA 5P1NA 4OBJA 3HDKA 4DQHA 4PHVA 3Q70A 2WJOA 4AMTA 3KT5A 3GGAA 3UDHA 2PK5A 3UDYA 1Z1HA 5P7ZA 5P0EA 4J0ZA 4I1CA 5P7UA 3BGCA 3KT2A 4LP9A 1GVUA 5P2WA 5P7PA 3VSXA 5P50A 5OZKA 5P2KA 5KOSA 2HB3A 5P2HA 4EWOA 2PH6A 3SAAA 1FQ5A 2O4NA 2P3DA 5P5UA 5P1JA 2QI5A 5P42A 2R3TA 2AOHA 5P2YA 3LPKA 5P66A 1FG6C 3PCZA 5JODA 2FNTA 3R0YA 4FM8A 1YTIA 4ACUA 3PI0A 2ZHVA 5P32A 4Y43A 2HIZA 4I0FA 4H3JA 4QJ2A 3LHGA 5P4CA 4H3GA 2FIVA 3ZKIA 4XX4A 2VJ9A 3G70A 5P2FA 5P35A 4R8YA 3MSJA 4J17A 3OGPA 5P1SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FXD A;  5OZI A;  4YD7 A;  5P85 A;  5P1V A;  5P6K A;  2WEB A;  5HD0 A;  5OZL A;  4GJD A;  2OHM A;  4YD5 A;  5P80 A;  3LIN A;  2VJ6 A;  3QP0 A;  1MT9 A;  1QBT A;  1HTG A;  2XFK A;  5P5N A;  2OHK A;  3KN0 A;  3NWX A;  1BAI A;  4Y45 A;  4Q1Y A;  1FQ8 A;  4Y3D A;  5P1X A;  5ER2 E;  2Z4O A;  1QRP E;  3KFR A;  1YG9 A;  4Q1X A;  3GGV A;  5KR0 A;  1OEW A;  1K6V A;  1LYA A;  4Y3N A;  5P02 A;  1Q9P A;  2IRZ A;  5P3L A;  1FLH A;  1EC0 A;  1B6M A;  5P48 A;  1HOS A;  5IVR A;  5PEP A;  3U71 A;  4S1G A;  5P3Y A;  1HEF E;  3O9B A;  4R91 A;  2ER6 E;  5P3H A;  5P2M A;  5P2U A;  5P78 A;  2PSV A;  4AA8 A;  4EJK A;  5P3M A;  1E82 E;  3OOT A;  3CKT A;  1MRW A;  5EZZ A;  5OZX A;  2NMZ A;  4Y3A A;  3UDK A;  2BPZ A;  5P7S A;  4J1E A;  3TOF A;  5DR1 A;  1ZPK A;  3SAC A;  3EKV A;  3OUD A;  2I4D A;  4JP9 A;  2P3B B;  5P86 A;  2FDE A;  1GKT A;  1HIV A;  1WBM A;  2Q54 A;  4CMS A;  4D88 A;  1SH9 A;  3KF0 A;  1IIQ A;  2R38 A;  5P17 A;  1OHR A;  5F00 A;  5P7O A;  1HVJ A;  3HZC A;  3ER5 E;  4YD3 A;  3S54 A;  2NMY A;  4DH6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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