5IE1A

Crystal structure of bace1 in complex with 3-(2-amino-6-(o-tolyl)quinolin-3-yl)-n-(3,3-dimethylbutyl)propanamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
361
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 361
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A02
3OADA 2PSGA 2QCIA 1QBRA 3OXVA 2VIZA 4HZTA 1SIVA 2WF1A 2B7ZA 5P06A 1B5FB 1DIFA 2WEDA 4LXKA 1FIVA 2WEZA 2BKTA 5P2DA 5P11A 5P8JA 3SFCA 3SA6A 1LF2A 1EAGA 2ER0E 4X2LA 3LIVA 5P7EA 4Y5AA 5OYXA 4B0QA 3CIBA 5P77A 4AA9A 5P8NA 5SZ9A 3EL4A 5P8AA 3U7SA 1IIQA 4BELA 4Y3QA 3SQFA 4LAPA 5P42A 2NMZA 5P7TA 4Y5KA 5IS4A 2VKMA 4Y4DA 2BB9A 4YCKA 3NU5A 3GI0A 4ZPFA 4H3FA 4PPHA 5HTZA 3SLZA 2IGXA 1BDRA 1D4YA 5OZHA 2HAHA 4AA8A 4B78A 2JJJA 4GIDA 4Z4XA 3D91A 1YT9A 5P7HA 4FRSA 5P2SA 2OHMA 5P34A 4J1FA 1T3RA 5C9FA 1HTRB 3NSHA 5P6CA 4RRSA 5P4YA 4LXMA 5P37A 1NSOA 1TCWA 4K4QA 1W50A 2ZHVA 2QMPA 4Y3ZA 2FLEA 3EKPA 4ER1E 4Y3DA 5P7KA 4FRKA 5P6DA 2BBBA 5P50A 3GI5A 4KB9A 2I4QA 2PC0A 5P5KA 3PWRA 2UY0A 1GVXA 2G1YA 3WZ6A 1RL8A 2WF4A 2OHPA 4XX4A 5P3YA 1NPVA 5I3YA 4I0IA 4CPUA 4Y3JA 5P3RA 4AMTA 5ISJA 1YM2A 5P4XA 5P3AA 1HIIA 4K9HA 5P6ZA 3T7QA 2QAKA 5OYQA 4Y41A 5OZ1A 5OZTA 5OZCA 1TW7A 5P86A 5P6MA 1K2CA 5P0YA 5P4KA 4J17A 5OYWA 1QDMA 5P2NA 4HLAA 3WZ7A 3OGPA 3OXWA 1RV7A 1HHPA 1FEJC 2F3FA 3OQKA 4TVHA 5P43A 4I0FA 5P3QA 4U7QA 2F8GA 3QRSA 5JFUA 5J25A 2V0ZC 3TOHA 4ZPEA 3TPLA 5P12A 4EJDA 4GJDA 3PJ6A 4B1EA 5P6PA 3HAUA 3UDMA 3UF3A 3UTLA 3CIDA 5P0EA 4Y58A 5P75A 5HE4A 1AVFA 5P7YA 4NJSA 4DV9A 2FS4A 2B7FA 5P0WA 5OZJA 4AZYA 1D4IA 1W5XA 3OXXA 3N4LA 2PK6A 1E81E 3ZKNA 1K1TA 2AZBA 5OZEA 4H3GA 5P3OA 2QNPA 1MT8A 4J1HA 4D83A 1FQ6A 5P36A 5P2CA 4Y4EA 2ER6E 5DGWA 2QZLA 4Y57A 1ZP8A 5C9BA 1GVUA 1IVQA 3HD8A 4MC9A 5OZ2A 1D4HA 4GYEA 2AIDA 5P8LA 2BPZA 2G24A 3IXJA 3I6OA 3D20A 3EKTA 2V11C 5P1QA 3L5EA 5HCOA 1ZBGA 2QI6A 5JG1A 3VEUA 4B1DA 2QI3A 5P4HA 4TRWA 3T3CA 4Y3PA 4YD6A 2I4XA 5OZVA 2OHTA 2AZ9A 5P8CA 5IVSA 3UQPA 3BUFA 3RU1A 3PSYA 2WECA 3APRE 1GVWA 4KE0A 5P39A 2ZHUA 1LYAB 2NMYA 3K5FA 5P7WA 4YD5A 4RVXA 3RTHA 3KFRA 3EMYA 5AHAA 5P1TA 4HA5A 2Q3KA 4YCTA 3LIYA 3OU4B 3SA5A 5P5IA 3OGQA 5P0XA 3TKWA 4EJ8A 6APRE 3NDXA 3VYFA 5P0ZA 2BPVA 3L59A 4QJ7A 1LYAA 3LINA 4FAEA 5P5AA 4DJXA 2BPXA 6UPJA 4Z22A 4MC6A 5P6OA 3IVIA 3L5DA 3G72A 3UPJA 4ZSRA 5P8GA 2ASIA 2Z54A 3VFAA 5OYVA 3OU4A 1W6IA 3INHA 5HU0A 2G21A 2V00A 3OY4A 5AHCA 3N3IA 5P7DA 4EXGA 4DVFA 2PQZA 1KJ7A 5OZWA 3LIXA 4K8SA 2IS0A 5P2HA 6FIVA 1EPLE 3PM4A 1YTJA 5P31A 1MESA 5P8KA 3VF3A 5DQ1A 4DI2A 5P5WA 5P7QA 4EP2A 3BXSA 5P59A 1BVGA 3IAWA 4Y39A 4E43A 5BRYA 1KJFA 2NTRA 2R5QA 5P71A 4N00A 3INFA 1IDBA 4Z2ZA 4NJTA 1EC0A 1C70A 4OBJA 4J54A 5P8BA 1A8GA 5CONA 3IN4A 1W5VA 4H3IA 4GJ5A 3O9AA 3I2LA 4Y38A 2VA5A 5P7FA 3MSKA 3VCMA 5P27A 3G70A 2ER7E 2RKFA 1HTEA 2HB2A 1N49A 5P1CA 3SA8A 1E80E 2OHNA 4LXAA 3RSXA 3S43B 3EM6A 2AVQA 5ER1E 5P2JA 4R92A 1SIPA 2WEAA 3DV1A 2QI7A 4RYCA 4CPXA 4YBFA 2NNPA 1HVSA 5P6QA 5P2GA 5P7MA 3QVIA 3NR6A 5DQCA 5P79A 2P3DA 5P8TA 2QMDA 3TNEA 1LYBB 1LEEA 5P1MA 4Y5EA 4FRIA 3O9HA 3QN8A 5P8UA 3LZVA 2R8NA 2QMFA 4I0ZA 4H1EA 3JVYA 5P23A 5DR1A 1AM5A 3EXOA 5P6NA 5OZKA 2OHKA 4D88A 1W5WA 3IN3A 5I70A 5HVPA 2NXLA 1AJXA 3QRMA 4ER4E 5HDUA 3TKGA 5OZFA 4Y3AA 4B1CA 1ZLFA 1B11A 1PROA 2AVVA 4JPEA 1HVKA 3VSXA 5P2YA 3PWMA 4EPJA 5P46A 1FLHA 1WKRA 5P08A 1TCXA 3K1WA 3WB4A 4WY1A 2PSUA 5P07A 4GJ9A 3EL1A 5HU1A 3NU3A 4Y5NA 3URJA 1FMBA 3R4BA 3T6IA 4HE9A 1K6PA 5P3EA 4FCOA 3ZKXA 4Y5BA 1IZHA 5P61A 3HLOA 3O9IA 4Y4UA 5P16A 4J0VA 5P5NA 3KM4A 1PSNA 3B7VA 5P0JA 4DQEA 3R1GB 4JECA 5P56A 4ACXA 5OZ8A 1VIJA 2I4UA 4OBZA 1FMXA 2G27A 3IVHA 4I0JA 3OHHA 5AH7A 1APUE 3DCRA 2G1NA 3O9EA 3SM1A 1EPPE 4Y3WA 3EKVA 1MEUA 1T7IA 5OZBA 1ER8E 4FM7A 2HB3A 3UDPA 1FF0C 1LV1A 4XXSA 5P5FA 5P1KA 3IGBA 4XX3A 2O40A 3OQ7A 1JLDA 2QMGA 2IKUA 1QBSA 5P7PA 2ZJHA 5P8PA 3D1YA 4F73A 2BPYA 2QK5A 5KQYA 2O4LA 5P4NA 5P88A 2VJ9A 1PSAA 3EM3A 5P19A 5P8OA 1C6ZA 4Y44A 3PGIA 1KZKA 3LNKA 3WZ8A 1ENTE 1IDAA 3MSJA 3PVKA 1HIVA 2B8LA 4Z50A 3FX5A 5OYSA 5P0RA 4K4RA 2V10C 4S1GA 5P3PA 4ZSMA 4FM8A 4DPFA 1HSHA 5ENKA 3D1XA 4GMIA 1IZEA 5P7XA 1DW6C 1ZJ7A 4F75A 3OUAA 4Y4XA 5P7CA 2BQVA 3HVGA 4YOBA 2P8HA 3S45A 1ZSRA 4Y5GA 4BFDA 4ZSPA 4B00A 4Q1YA 5P1GA 3OK9A 4PEPA 4YDFA 4EQJA 2AOEA 3S2OA 4IVSA 5P5YA 1BBSA 4F74A 5P2RA 1A8KA 2HB4A 4OBFA 1IZDA 4RROA 4ACUA 3ER3E 5P4WA 5P1FA 5P1VA 5P1OA 5P5GA 2ZHSA 5P78A 4RCEA 2QD8A 2VIJA 1WBKA 5KQXA 1MIQA 3O9DA 1PFZA 5P5OA 5P40A 5P70A 3RTNA 2ZHTA 4R8YA 5HE5A 5P58A 5KR1A 3R0YA 5P8QA 5P5VA 1AZ5A 2QZKA 4Y3XA 2R5PA 2VNNA 1GNMA 3ZPTA 1ODXA 5KR2A 1NH0A 3U6AA 3EL0A 3S8IA 5APRE 3MSLA 4X7IA 1M4HA 2PWRA 3L38A 4GJ7A 3S53A 1YTGA 1CPIA 1KJHA 3PB5A 4DQGA 2B42A 5P4MA 2I4WA 3TOGA 3JW2A 3DUYA 2FDPA 3HBOA 1XL2A 2ZHRA 3K5GA 3TPRA 2QHCA 4Y43A 3ZKQA 2ZJJA 2I0DA 1DMPA 1Z1RA 1XS7D 1EC2A 3CYWA 3OUBA 5P01A 5P4RA 5P0QA 1HVCA 3VYEA 1UPJA 5TOLA 2AQUA 5P3BA 3UDHA 1MTBA 2CENA 5P6IA 1QBUA 3PMUA 2JE4A 1FQXA 4FRJA 4FSEA 2R9BA 2OHLA 3CYXA 5P2LA 5P1PA 5P84A 5P5SA 5P5PA 3NUJA 3KT5A 2XFKA 2ZJMA 3OHFA 3LZSA 1RPIA 3URIA 4J0TA 3EBZA 2ZJKA 1BVEA 4Y5PA 5P8DA 2AODA 5IE1A 3KFNA 4Y4AA 2R43A 2PK5A 4L7HA 2QI5A 2P3BB 3D3TA 3SA4A 4XKXA 3PCZA 4ZEAA 5P0KA 1BIMA 1UH7A 5P20A 5P0PA 4PZXA 2PSVA 3DV5A 4RYGA 4JPCA 3GGXA 5FIVA 5ER2E 2J9KA 1LZQA 5P5QA 3O9FA 5DQ4A 4COEA 3FNSA 2B8VA 5P7IA 1APWE 2IQGA 1YM4A 4J55A 3FNUA 2P3BA 5OYRA 5COKA 3PLLA 4FLGA 5P22A 5P4IA 4M8XA 1EEDP 5P7SA 3MXEA 3AUPA 3O9BA 4HDPA 5P00A 4GJCA 5P7AA 5P15A 4RRNA 2R3WA 5P10A 5P5LA 1MT9A 2VNMA 1BDLA 4Y47A 3FIVA 1FG6C 3FV3A 5P4ZA 3JVWA 3PI0A 5P1LA 4OBHA 4LP9A 4Y4BA 3BVBA 4Q5MA 1TZSA 4GJBA 3CKRA 3HDKA 1OHRA 2G94A 2QHZA 1SDVA 1XN3A 2JYSA 1ME6A 5P6XA 3F9QA 5HD0A 4DJRA 3PBDA 1T6EX 1LF4A 4Y5CA 2JXRA 4DJVA 4QLHA 5P4DA 3UFLA 1U8GA 2SAMA 2G1SA 3TOFA 4YD4A 3OAGB 1NPAA 3GI6A 1CMSA 3KA2A 1MVPA 4A4QA 1EPOE 2R38A 4L7GA 5P44A 3NXEA 3VG1A 3UQRA 4CPWA 2Q63A 3T7XA 4APEA 2G26A 4I0DA 1ODYA 5P2KA 1EPRE 5UPJA 3LIQA 1XDHA 5P1AA 5HE7A 3OAGA 5DQ5A 5P82A 4OD9B 4J0ZA 3NUOA 3VUCA 4DPIA 5P1WA 4B05A 5P7LA 4QJ8A 3IA9A 3SA3A 1G6LA 4FIVA 3ER5E 4GJ6A 5P55A 5PEPA 3O9GA 4OBKA 4EYRA 3G6ZA 3LHGA 3OXCA 1EBYA 3SO9A 9HVPA 5P8VA 4IVTA 4WTUA 3I25A 1QRPE 3BUHA 3DCKA 2FGUA 1FQ8A 4OD9A 3OQFA 2I4DA 5OZ0A 1B6PA 3OTYA 3S54A 3I8WA 3LZYA 3UHLA 4RZ1A 5OZOA 4HVPA 5P3CA 3ZKSA 5P64A 1AJVA 3DOXA 1FB7A 3QBHA 5OZ7A 4Q1NA 3B80A 3LITA 5P7OA 4RCDA 4GB2A 1XE5A 1NPWA 5P3IA 4MC1A 3BRAA 3LPKA 4HDBA 2HPFA 2IENA 4Q1XA 3IXKA 2QI0A 4Y45A 3VF7A 5P1IA 5P2OA 2PH8A 1MSNA 1APTE 1MTRA 4L1AA 2IDWA 5OYZA 3U71A 5P2QA 3S7MA 5P72A 2AOJA 2AVSA 5P5TA 5P6GA 2VJ6A 3SABA 5SXNA 5P5BA 5P8SA 1K1UA 1BAIA 4YA8A 3NWXA 4Y4GA 2G1RA 3PBZA 4BEKA 1EBZA 4YDGA 2Z4OA 5P3XA 5P17A 1HSIA 5P25A 4Y48A 3A2OA 4NPUA 4Q1WA 1A94A 1HVIA 4GJAA 4U8WA 5HDVA 5P2WA 2AOGA 4L7JA 2RKGA 3R2FA 3CMSA 5P1DA 5P0DA 4A6BA 4I11A 1BILA 4FSLA 5P85A 5IVRA 3SA7A 5SY3A 1EBWA 3NDWA 2G1OA 3C9XA 5P1NA 2FNSA 1E82E 5P3DA 1TQFA 5I3WA 4TRZA 3EKQA 1HPVA 1AIDA 5OZ3A 5OZAA 2A1EA 3BGCA 5P5CA 4NJVA 5P41A 1MUIA 3LIZA 2R3TA 2FMBA 4BFBA 1UH8A 5COPA 1SMRA 2FNTA 5P0MA 1GVTA 3VSWA 3SACA 3KYRA 2AZ8A 3PSUA 3T7PA 2OHSA 2HM1A 3HW1A 7HVPA 1XE6A 5P7JA 2AVMA 4FE6A 3EL5A 5P0SA 1BWBA 3K5CA 1EPQE 1E5OE 5P24A 1HVHA 3WB5A 5P4FA 1QS8A 2O4KA 5P5XA 2B60A 1G35A 1SDTA 2F3KA 1HXWA 3NDTA 3PCWA 1FKNA 2JJIA 5OZUA 3SKFA 2I0AA 2BJUA 3UDNA 2FXDA 5P2FA 3L5BA 4MC2A 5P6VA 2ZJNA 3I7EA 5P73A 2F80A 5P2AA 1FMUA 3INEA 5P3LA 2Q55A 5P1ZA 2H6SA 3Q4BA 5P26A 4OBZB 1TSQA 2HPEA 1PPLE 5P1JA 5P74A 4I12A 4J1CA 3T11A 2IRZA 4NKKA 4Y36A 5OZQA 4F76A 3K4VA 2AOHA 2WF3A 3QROA 5DR0A 1HIHA 3GW5A 5OZ6A 3PHVA 4LL3A 5HDXA 3S56A 1ZPKA 4Y9WA 4Y3RA 5P09A 4R95A 3PRSA 1W6HA 3OU3A 3KF0A 5P3VA 2QD6A 5DQ2A 3UDJA 3KDCA 3KT2A 4QJAA 4DQHA 1BDQA 5OZIA 2PMAA 1LS5A 5P3TA 1EC3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OAD A;  2PSG A;  2QCI A;  1QBR A;  3OXV A;  2VIZ A;  4HZT A;  1SIV A;  2WF1 A;  2B7Z A;  5P06 A;  1B5F B;  1DIF A;  2WED A;  4LXK A;  1FIV A;  2WEZ A;  2BKT A;  5P2D A;  5P11 A;  5P8J A;  3SFC A;  3SA6 A;  1LF2 A;  1EAG A;  2ER0 E;  4X2L A;  3LIV A;  5P7E A;  4Y5A A;  5OYX A;  4B0Q A;  3CIB A;  5P77 A;  4AA9 A;  5P8N A;  5SZ9 A;  3EL4 A;  5P8A A;  3U7S A;  1IIQ A;  4BEL A;  4Y3Q A;  3SQF A;  4LAP A;  5P42 A;  2NMZ A;  5P7T A;  4Y5K A;  5IS4 A;  2VKM A;  4Y4D A;  2BB9 A;  4YCK A;  3NU5 A;  3GI0 A;  4ZPF A;  4H3F A;  4PPH A;  5HTZ A;  3SLZ A;  2IGX A;  1BDR A;  1D4Y A;  5OZH A;  2HAH A;  4AA8 A;  4B78 A;  2JJJ A;  4GID A;  4Z4X A;  3D91 A;  1YT9 A;  5P7H A;  4FRS A;  5P2S A;  2OHM A;  5P34 A;  4J1F A;  1T3R A;  5C9F A;  1HTR B;  3NSH A;  5P6C A;  4RRS A;  5P4Y A;  4LXM A;  5P37 A;  1NSO A;  1TCW A;  4K4Q A;  1W50 A;  2ZHV A;  2QMP A;  4Y3Z A;  2FLE A;  3EKP A;  4ER1 E;  4Y3D A;  5P7K A;  4FRK A;  5P6D A;  2BBB A;  5P50 A;  3GI5 A;  4KB9 A;  2I4Q A;  2PC0 A;  5P5K A;  3PWR A;  2UY0 A;  1GVX A; 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 2PWR A;  3L38 A;  4GJ7 A;  3S53 A;  1YTG A;  1CPI A;  1KJH A;  3PB5 A;  4DQG A;  2B42 A;  5P4M A;  2I4W A;  3TOG A;  3JW2 A;  3DUY A;  2FDP A;  3HBO A;  1XL2 A;  2ZHR A;  3K5G A;  3TPR A;  2QHC A;  4Y43 A;  3ZKQ A;  2ZJJ A;  2I0D A;  1DMP A;  1Z1R A;  1XS7 D;  1EC2 A;  3CYW A;  3OUB A;  5P01 A;  5P4R A;  5P0Q A;  1HVC A;  3VYE A;  1UPJ A;  5TOL A;  2AQU A;  5P3B A;  3UDH A;  1MTB A;  2CEN A;  5P6I A;  1QBU A;  3PMU A;  2JE4 A;  1FQX A;  4FRJ A;  4FSE A;  2R9B A;  2OHL A;  3CYX A;  5P2L A;  5P1P A;  5P84 A;  5P5S A;  5P5P A;  3NUJ A;  3KT5 A;  2XFK A;  2ZJM A;  3OHF A;  3LZS A;  1RPI A;  3URI A;  4J0T A;  3EBZ A;  2ZJK A;  1BVE A;  4Y5P A;  5P8D A;  2AOD A;  5IE1 A;  3KFN A;  4Y4A A;  2R43 A;  2PK5 A;  4L7H A;  2QI5 A;  2P3B B;  3D3T A;  3SA4 A;  4XKX A;  3PCZ A;  4ZEA A;  5P0K A;  1BIM A;  1UH7 A;  5P20 A;  5P0P A;  4PZX A;  2PSV A;  3DV5 A;  4RYG A;  4JPC A;  3GGX A;  5FIV A;  5ER2 E;  2J9K A;  1LZQ A;  5P5Q A;  3O9F A;  5DQ4 A;  4COE A;  3FNS A;  2B8V A;  5P7I A;  1APW E;  2IQG A;  1YM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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