5KQFA

(4~{s},6~{s})-4-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-4-methyl-6-pyrimidin-5-yl-5,6-dihydro-1,3-thiazin-2-amine (compound 12) bound to bace1
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
358
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of S3-Truncated, C-6 Heteroaryl Substituted Aminothiazine beta-Site APP Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 358
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqfA02
3JW2A 3UFLA 2P3BB 2ZJNA 3GGAA 5P4OA 2P3DA 5P5IA 5KR8A 2XFIA 5P1BA 3OU4B 1ZP8A 5DQCA 1SIVA 3UFNA 1BVEA 4I0HA 1MRXA 1GNOA 3OUDA 2I4DA 4I0ZA 4BELA 5P54A 4YD5A 5P3NA 3I7EA 4K4PA 5P8IA 1CMSA 4Y38A 2BPYA 3PRSA 3TLHA 4Y5EA 2Q63A 3L58A 2ZJJA 3ZKNA 3QS1A 3RVIA 4D8CA 4Q1NA 3OOTA 3SPKA 1T3RA 5OZEA 2F81A 4A4QA 4FL8A 3TOFA 5P6AA 3NUJA 1SP5A 1RL8A 3L5EA 3IVHA 1YTHA 1EBKC 1G35A 3D3TA 4Z2ZA 4B0QA 5ISKA 5P8LA 5P1QA 5P14A 3SFCA 5AH9A 2F3EA 4CPSA 1SGZA 5AHCA 3GI4A 3KF0A 5P16A 2QP8A 5OZKA 3SQFA 2ER7E 2OHTA 5JFPA 5P2NA 2I4WA 5P5TA 3EKPA 2OHSA 2VJ9A 2FDEA 4QGIA 1FMBA 5P2GA 5P03A 1BBSA 5P6DA 4CKUA 2QD6A 3NU5A 5P82A 4B72A 4H3JA 5P2MA 2P83A 1ZSRA 4F75A 1WBMA 5P51A 3ZPUA 1EC3A 4H3GA 5P0YA 4MC9A 5OZRA 5P4HA 3IVIA 2G1NA 5P41A 1SGUA 4Y5AA 4Q1XA 4X2LA 4GJ6A 1LZQA 3RSXA 3SABA 2HB3A 4OBDA 4ER2E 1C6ZA 5OYZA 1OEWA 4FSEA 1EPQE 3O9EA 2QAKA 3KYRA 5P1HA 2Q3KA 2Z4OA 3DV5A 3TOGA 2OHKA 2IGYA 5IVQA 1W5YA 5P5GA 4DJRA 2QI3A 4JECA 5P4FA 3VYEA 5P37A 4EQJA 3T6IA 5P2KA 2AOJA 1MVPA 4Y5MA 1EPME 5KQFA 5P43A 2ER9E 3D1XA 1A30A 3ZMGA 2G24A 4Y3MA 4UPJA 5IVRA 2O4KA 3OOZA 2QHYA 3L5DA 1LEEA 5P4ZA 5HTZA 1D4SA 5P7BA 5KQYA 3OU3A 3KN0A 3PMYA 5P4IA 4Y58A 5P0JA 3UQXA 3L5FA 3A2OA 2F3KA 4Y51A 5P80A 3QRSA 2B7ZA 3K5GA 3LPIA 4D85A 5P1NA 4PZXA 5P27A 4LXMA 4Y3DA 5P3AA 1SDUA 3RSVA 3IA9A 3UDHA 4XX4A 4LXKA 1RPIA 4DQHA 5P7DA 3HDKA 5P0MA 2O4NA 5P1WA 5CLMA 5P2WA 1FMUA 5P7IA 5P0HA 4KUPA 2G1RA 4Y5NA 4RLDA 3SA5A 3BHEA 1MSNA 4RCEA 5P0VA 3O9CA 1BDLA 2CENA 3LPJA 4NJVA 1FQXA 3EMYA 5ENMA 5P2XA 3VSWA 4N00A 3APPA 5C9FA 4J0PA 4J0ZA 3IXJA 3T7PA 4I0EA 2I4UA 4WY6A 5P74A 1G6LA 5KQXA 4JPCA 2XYFA 5HU0A 1RQ9A 5P6UA 1HXWA 5HDUA 1ENTE 3NYGA 4Y37A 5DR1A 4GZFA 2OHUA 4GJ5A 5P2JA 5OZVA 5P4WA 1GVTA 2JE4A 4FRIA 1FQ5A 5P05A 4X7IA 1W6HA 2FGVA 4DV9A 3QBFA 5P3VA 5P4DA 4J1HA 3Q3TA 2R9BA 4Y36A 1MT9A 3B7VA 4RYGA 3KFPA 5P3YA 1LF2A 5P63A 4CPRA 3PI5A 1BDQA 4Y5KA 5P5EA 5IS4A 3MSKA 3TPLA 1D4JA 5DQ4A 1PFZA 2P3AA 2R5QA 4DQBA 2WL0A 5P06A 3BC4A 3R1GB 4K9HA 5P0EA 3OADA 3KT5A 5P7AA 2BKTA 1XDHA 3KMXA 2RKFA 2ZJMA 3OGQA 5P6XA 4HEGA 5AH6A 5P7WA 1FQ8A 5P55A 3PI0A 4A6BA 4Y3LA 2QZLA 4Y3HA 3PJ6A 4EJ8A 5OYYA 3EKVA 4ZSRA 5P0PA 2WJOA 3BXSA 1IDBA 2NXMA 3CMSA 3RTNA 2MIPA 2V13A 2PSGA 2OHQA 3EC0A 5P52A 1CZIE 5P6JA 1YT9A 5P65A 5OZLA 5P0FA 5OZ4A 4Y6MA 3FX5A 2OF0A 1EBZA 4H1EA 2QMGA 2XFKA 5P88A 1SIPA 3VF3A 3OHHA 3S43B 3N4LA 3R0YA 1K6PA 5P2RA 5P07A 2PH6A 2VIEA 1ZBGA 5P3DA 5P7RA 3IN3A 4I1CA 4D89A 2IL2A 3BVBA 2BPWA 5P3LA 3SA7A 3LIXA 1W6IA 5P22A 3PSYA 2CEJA 2ZHUA 5UPJA 3ZKMA 2AIDA 1KZKA 5P4AA 2QI4A 4RGHA 4YE3A 2HC0A 2ZJKA 3HD8A 1SDVA 5P8VA 2OHPA 2ZJHA 6APRE 3NU4A 2VIZA 5P5BA 5I3WA 1BVGA 2QZXA 3NU9A 3LHGA 5P7FA 1FQ6A 5HD0A 5P57A 2A4FA 3PWRA 3FV3A 5P5ZA 1UH9A 2IDWA 2V11C 1AAQA 5P7XA 2FXEA 3NXEA 3PSGA 3DCRA 4IVTA 5F01A 5C9DA 4J5JA 3PWWA 1BWAA 1MT8A 5P10A 2VS2A 1K2BA 5OZ8A 2BQVA 3SO9A 4TRWA 1E80E 1K6TA 5P6KA 3DK1A 2IS0A 3VYDA 2V16C 4APRE 1HTFA 1KJ4A 3L59A 2I0AA 2ZHTA 5P61A 5OZPA 3BUHA 4NKKA 2RMPA 3EM6A 5P4SA 4Y4UA 3DJKA 4Q1WA 2VKMA 2V00A 2ANLA 3TKWA 3BVAA 1K1UA 3NXNA 5P1VA 5P11A 3K5FA 4LP9A 2AOHA 4DJYA 1HVJA 4FRKA 2J9JA 9HVPA 3O9AA 3S56A 4JPEA 1SMEA 2VA5A 5P5MA 3K5CA 1W50A 5P3ZA 1D4KA 1E81E 5OYXA 1KJFA 4WY1A 5P29A 3L38A 1LF3A 4WTUA 5P0OA 3BUFA 2ZGAA 4FLGA 4YD6A 4FM8A 4RVXA 5P6BA 1IVQA 3OQ7A 5OYSA 3NR6A 5P62A 1FG8C 3NU6A 5I70A 2I1AA 1ODWA 1ZLFA 5OZAA 5P28A 5P76A 2PMAA 3TOHA 1NPWA 3INEA 1UH8A 1MEUA 5P1LA 4QJ8A 4TRZA 5P4JA 4B1CA 2PWRA 7HVPA 2HIZA 5P1RA 4JP9A 4NPTA 3VCMA 1PROA 4GJ7A 3WB4A 2PC0A 5P1GA 3UDPA 3N3IA 5P8JA 2NTRA 1T6EX 1RV7A 3EKQA 3INFA 3NWQA 3MXEA 3DV1A 3O9FA 5P1UA 3FNUA 3OXWA 3LZYA 2NPHA 5C9BA 4ZEAA 4ER1E 5P7MA 4PEPA 4HA5A 1D4IA 5P5PA 1ZSFA 2PWCA 3IXKA 5I3VA 2QHCA 2FS4A 1NSOA 5BWYA 1MIQA 4Y3QA 1EBYA 1ZTZA 5P8NA 5P34A 4NJUA 3OADB 5P30A 2G20A 1QBTA 5P4VA 3OGPA 3ZLQA 3FIVA 5P3BA 1TSUA 5P7OA 4DQFA 5P7TA 1YTJA 4Y3XA 5P6LA 1IBQA 5HE7A 5P56A 5HE4A 4EJDA 2QI0A 1YM4A 4S1GA 4Y53A 1XE6A 3HW1A 3FNTA 4FS4A 1META 2A1EA 3U71A 2VJ6A 1BV7A 3D1ZA 4IVSA 4I0FA 3QN8A 5P7CA 4U8WA 5P8RA 3GI0A 2PK5A 3ECGA 2XYEA 5OZOA 3SA3A 3LZSA 2WEZA 3HAUA 2PSVA 3D91A 3CYXA 2QK5A 5P5YA 5P8AA 4Q5MA 2QNNA 4FE6A 5P1JA 5P5VA 1PSAA 5P6TA 4EJKA 1LYBB 5P2HA 3IAWA 3VFAA 2ZDZA 4RCFA 1M43A 5OZNA 1EC0A 3NDXA 5P85A 5OZ2A 4Y4JA 1MESA 4FGXA 5P1TA 4I8WA 1W5VA 4I8ZA 1BILA 4RRNA 4ZPGA 3KM4A 2O4SA 3QVIA 3PCZA 4J0VA 4DH6A 5P6IA 5BS4A 3I2LA 2Q54A 5PEPA 5OYTA 5SY2A 2Q64A 5EZXA 3SM1A 1PPKE 4JOOA 4LHHA 1WBKA 2F3FA 1HVHA 5OYQA 4Y4GA 5P2ZA 1HPXA 3SKGA 4FAFA 2IRZA 4Y3TA 3C9XA 4Y4TA 5E5JA 3ER5E 1F7AA 3QIHA 3WZ8A 1MT7A 3EKTA 4Y9WA 1DW6C 2G26A 4Y44A 4Y5CA 3OWNA 3OU1B 1YTIA 4RVIA 1TQFA 4Y3NA 3UQUA 5P17A 4J55A 1K6CA 2ZJLA 3S43A 4DJOA 2J9JB 3EM4A 4FAEA 2OAHA 4PZWA 4YD3A 1QBSA 4HE9A 4RYCA 4ZSQA 4K4QA 5P64A 4LXAA 3S7LA 1FQ4A 1IZEA 3T11A 5P24A 1Z8CA 3ZKQA 4I10A 5P4YA 2VJ7A 2JJIA 1HPOA 5CONA 4GJCA 2I4VA 3UDYA 5P5RA 4DQCA 5P2VA 4ZSMA 3TTPA 2ZJIA 2ZE1A 5P33A 4RCDA 2QI5A 2I4QA 1EC2A 4L7HA 1LS5A 5OZ5A 1MUIA 1ER8E 3K1WA 3QRMA 3QROA 4GJ8A 4GMIA 4RVJA 3HZCA 5P12A 2AVVA 2P3CA 3CKRA 5P8GA 8HVPA 1K6VA 5P86A 5P19A 2P4JA 2G69A 2WF1A 1JLDA 5P20A 2G1YA 4U7QA 3VV8A 3OUCA 5P08A 4Y4WA 3EKXA 4GYEA 5AHAA 4Z4XA 5OZIA 5P7VA 2I0DA 2WEDA 3UDQA 1HIVA 5APRE 2R43A 3PCWA 3Q70A 3UF3A 5JODA 5COOA 1EPPE 5DQ5A 5HVPA 5P0LA 5HE5A 4MC6A 2P8HA 2CEMA 4EWOA 1W5WA 1UPJA 3O9LA 4FRJA 4NJSA 1FIVA 5P3HA 2IKOA 1YG9A 4R91A 5OYVA 2PYMA 1HPVA 5P6MA 4D88A 5OZTA 2WF2A 5DR0A 5HDZA 4AUCA 3QP0A 3INHA 5BRYA 3SM2A 1FFIC 4YCTA 3BRAA 1XL2A 3JVWA 3KT2A 5DR4A 4HDPA 1NH0A 1MTBA 1NPAA 3NDWA 5P84A 5P4CA 2HS2A 3LPKA 5P0AA 5P1EA 4Y43A 5HDVA 5P47A 5P3RA 2G1OA 1AM5A 1APWE 5P6NA 3KA2A 1B6JA 2UXZA 1ZJ7A 3SA4A 5P6FA 5P79A 3Q4BA 5P4UA 3RTMA 4QLHA 1W51A 4B00A 3UQPA 3UPJA 5P26A 4Y3SA 5P8CA 3EKWA 3ST5A 4DJPA 4B77A 1ODXA 1Q9PA 2QD7A 3H0BA 4Y56A 2VNMA 4D83A 4XKXA 5P73A 1TW7A 1A94A 5P39A 5IE1A 3T7QA 3BUGA 5KR1A 4CPTA 5OZQA 5KR0A 2QZKA 4E43A 5P15A 2B60A 2G22A 5P0ZA 2HAHA 2VNNA 2QCIA 5P3XA 4F76A 2APRA 3SKFA 4J0TA 5SY3A 5P0RA 4PPHA 4GJAA 5P8SA 3VG1A 1HSIA 5J25A 1MSMA 5P5AA 2QZWA 2AVOA 3I6OA 3K5DA 4Y4XA 3EL4A 5P48A 3ZKGA 2NMZA 4YD7A 4YOAA 1BWBA 4J1CA 3PBDA 5P3QA 3L5CA 5P2SA 4L6BA 3S53A 5P6OA 5HDXA 5OZ1A 1D4YA 5P5DA 3ZKXA 4YBFA 3OK9A 5P2EA 5P6YA 1QDMA 3EXOA 5P02A 4TVHA 3SLZA 1HSHA 5OYWA 1HHPA 1YM2A 4Y5BA 5P6VA 2VIJA 5P8KA 1E5OE 2BKSA 5OZ7A 1LYAB 5P4XA 2QU3A 3GGXA 5OZ3A 5P4KA 5P4EA 1GNMA 5P3WA 4U7VA 5P8PA 5OZCA 3VYFA 2QNPA 1LYBA 1IVPA 5P7GA 3JVYA 3GI5A 4Y3EA 3T3CA 3OQAA 4Y3WA 4GIDA 4I0DA 3KDCA 2BB9A 5OZZA 1LV1A 4Y5GA 2AZBA 1KJ7A 2H6SA 4K4RA 2AVMA 5OZXA 2AOGA 5P2BA 3UTLA 5P8BA 1HBVA 2ZHSA 5P1KA 3ER3E 5ER1E 2HB4A 3OTYA 3IXOA 5P0SA 2R8NA 2RENA 1VIKA 5P6EA 3EKYA 1W5XA 1AJVA 3INDA 2G27A 4OBFA 5P8EA 1G0VA 3HVPA 4J1FA 2O40A 1HVIA 4QJ7A 3O9DA 1FKNA 5P8FA 5P87A 5P09A 3TPPA 1OHRA 3ZOVA 3OTSA 3PSUA 2I4XA 2QD8A 2R3TA 3VV7A 1SMRA 5P42A 3QI1A 2ZHVA 4J17A 1XE5A 1APUE 2AQUA 4ZSPA 3ZPTA 5P2YA 1CPIA 1IZIA 1F34A 2AVQA 2IKUA 4H3IA 1AZ5A 4F74A 3PBZA 3PHVA 3OU1A 5P6RA 2HM1A 1XS7D 2R38A 2FIVA 2WEAA 4Y3FA 3NLSA 3G6ZA 1EAGA 1HRNA 1TCWA 3HLOA 2BBBA 3LZVA 3O9LB 4ZIPA 4OC6B 1EC1A 2NXDA 4ZPEA 3EBZA 4B05A 3OXCA 1B6PA 1HTEA 2AVSA 5P0CA 5ER2E 5COPA 4QJ6A 1LF4A 4DQEA 4Z22A 1HVLA 5I3XA 1A8KA 4LAPA 2NNKA 5P7UA 2QI6A 4Y4ZA 2QI7A 5P5LA 1B6MA 3AUPA 3LZUA 3EL9A 5P7EA 1APVE 3LNKA 1GVUA 5P5KA 5DR8A 5P3IA 4RZ1A 3MSJA 5P40A 3UDRA 1T7IA 4YHQA 3EM3A 3G70A 1BDRA 4COEA 3TPRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3JW2 A;  3UFL A;  2P3B B;  2ZJN A;  3GGA A;  5P4O A;  2P3D A;  5P5I A;  5KR8 A;  2XFI A;  5P1B A;  3OU4 B;  1ZP8 A;  5DQC A;  1SIV A;  3UFN A;  1BVE A;  4I0H A;  1MRX A;  1GNO A;  3OUD A;  2I4D A;  4I0Z A;  4BEL A;  5P54 A;  4YD5 A;  5P3N A;  3I7E A;  4K4P A;  5P8I A;  1CMS A;  4Y38 A;  2BPY A;  3PRS A;  3TLH A;  4Y5E A;  2Q63 A;  3L58 A;  2ZJJ A;  3ZKN A;  3QS1 A;  3RVI A;  4D8C A;  4Q1N A;  3OOT A;  3SPK A;  1T3R A;  5OZE A;  2F81 A;  4A4Q A;  4FL8 A;  3TOF A;  5P6A A;  3NUJ A;  1SP5 A;  1RL8 A;  3L5E A;  3IVH A;  1YTH A;  1EBK C;  1G35 A;  3D3T A;  4Z2Z A;  4B0Q A;  5ISK A;  5P8L A;  5P1Q A;  5P14 A;  3SFC A;  5AH9 A;  2F3E A;  4CPS A;  1SGZ A;  5AHC A;  3GI4 A;  3KF0 A;  5P16 A;  2QP8 A;  5OZK A;  3SQF A;  2ER7 E;  2OHT A;  5JFP A;  5P2N A;  2I4W A;  5P5T A;  3EKP A;  2OHS A;  2VJ9 A;  2FDE A;  4QGI A;  1FMB A;  5P2G A;  5P03 A;  1BBS A;  5P6D A;  4CKU A;  2QD6 A;  3NU5 A;  5P82 A;  4B72 A;  4H3J A;  5P2M A;  2P83 A;  1ZSR A;  4F75 A;  1WBM A;  5P51 A;  3ZPU A;  1EC3 A;  4H3G A;  5P0Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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