5KQXA

Protease e35d-sqv
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hudrolase inhibitor
molecule keywords Protease E35D-SQV
publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqxA00
3I25A 1B5FA 5P6FA 4EJ8A 2RSPA 1A9MA 3FSMA 4DJXA 4Y3TA 4Y3HA 3VLBA 3K5CA 3TOGA 2G1YA 5P5HA 2ANLA 1MRWA 3LHGA 4XXSA 2NMZA 1AJVA 5P5IA 5OYSA 2FLEA 5P3WA 4CPQA 2XYFA 2ZE1A 4Y3GA 2AVSA 5P0PA 2O4SA 4TRYA 5P7RA 4WY1A 1PSAA 5P2LA 3INDA 1HIVA 2HPEA 1QBUA 3CMSA 2O40A 3VF7A 1HVRA 3CYXA 2CENA 2HB4A 2IL2A 4DJQA 3VF3A 3BGBA 5P37A 3UFLA 2QZWA 3PI0A 3EXOA 3PLLA 3O9GA 1AM5A 1LYAA 2QMGA 5P2UA 5P1CA 2F3KA 2QI5A 3ST5A 2HS1A 5OZ2A 5P2HA 3RTNA 5DR4A 4E43A 4ZSQA 2G27A 5KR0A 4GJ7A 4OBDA 3OU1B 5HDVA 3UDMA 4EJKA 5P3VA 4YDGA 1MEUA 5P15A 5HD0A 1GNMA 2QI3A 3L58A 2FNTA 5P1TA 5P2FA 2FDDA 2IDWA 2I4WA 4J55A 3PJ6A 2PWRA 2QI0A 1GVTA 4I8WA 5P38A 4X2LA 5P70A 2OHKA 2PH8A 5P6XA 3T11A 4B00A 5P2AA 1EPOE 4FSLA 2IQGA 2FXEA 4AA9A 4FM6A 2OHNA 2AOCA 4Z2ZA 4Y38A 3QS1A 3SM1A 4Y56A 2IENA 3DV5A 1YM2A 4GJ5A 5P6MA 1TW7A 2ZJJA 5P87A 5P08A 1HVSA 5P86A 5P4TA 1MVPA 3H5BA 4OBZB 1IDAA 4TRZA 4GJDA 5P3RA 5P1MA 2V12C 3IGBA 4PYVA 2IRZA 2ZHRA 4Y4ZA 1EPNE 3KM4A 3SA9A 5P3XA 5P79A 5P46A 3LIYA 3S45A 3OU1A 2OHSA 4I0GA 2WHHA 5P0CA 5P8BA 1D4LA 5P7BA 2B8LA 2IGXA 2AZ9A 4DJRA 1KJ7A 1HPXA 1MUIA 5AH9A 5P5MA 3SLZA 3SA8A 4FAEA 2OHRA 5P6RA 4CKUA 5P2GA 4Q1WA 3NXEA 4LHHA 2FNSA 3PWWA 3QROA 5P7PA 3FNTA 4Y37A 4OBFA 2P3CA 1K1TA 5P24A 5I3YA 5P1SA 5P6GA 5COOA 4KB9A 5COKA 3PBZA 5P4PA 1HXBA 4Y51A 3DCRA 4JPCA 1QBRA 5P62A 5P1KA 1HXWA 1LF4A 4D8CA 3ZKSA 3R2FA 3S85A 1XN2A 5P8TA 1EEDP 2RENA 4OBZA 3TOFA 1A30A 4YD6A 4Y3SA 5P8AA 3OUBA 5OZKA 5P61A 5P57A 4Y4JA 5P1OA 3U7SA 4J1CA 2R38A 5DR0A 1FQXA 4EQJA 5P3PA 1LF3A 1HVIA 4R95A 3SA5A 4APRE 4B05A 2R5PA 2NTRA 1LYWB 5P0ZA 1T6EX 3S7LA 3OHFA 1LV1A 3FKTA 2APRA 5P5AA 5P5VA 2G1OA 1B6LA 5P49A 4S1GA 5P88A 3HAUA 4R93A 3WZ8A 3PVKA 3NDWA 3IN4A 4HA5A 4D83A 4HE9A 2V0ZC 5P0OA 5P75A 4CPXA 2RMPA 3VFAA 5P3JA 2IGYA 3KFPA 2ZHVA 4H3JA 5P4RA 5ENMA 5P0FA 4Y39A 3NU6A 4DJYA 1YT9A 5IVTA 2JE4A 4J1FA 1K2BA 3T6IA 5ISKA 2R43A 3LINA 4HLAA 3ZKMA 1MESA 4FRJA 4CPWA 3BGCA 5KAOA 5OYVA 2FS4A 5P65A 3GGXA 2JYSA 2BPVA 3OUDB 1B6MA 4ER2E 5P4UA 2AOHA 2OHLA 1FFIC 2AOJA 5EZXA 5P3LA 5AH8A 5P1ZA 5P0UA 4Y5AA 1AZ5A 5OZ8A 5P6ZA 5P4JA 1LYWA 1ZSRA 4R5NA 3IXJA 5P7NA 5P5CA 1IZHA 2PQZA 2ZJNA 4GZFA 4Y3AA 1MRXA 3OQDA 3JVWA 1GNNA 2A1EA 5P8GA 4GJ8A 4H3FA 3L5FA 4COEA 5P18A 5P5SA 5HVPA 3S8IA 4ZPFA 5P22A 1CZIE 1E82E 5P6LA 2A4FA 1EC0A 4I12A 4YD3A 4RZ1A 2AQUA 4JP9A 1W5XA 3OTYA 3OQKA 2XYEA 1IZIA 5I3VA 3MSLA 1W5VA 4IVSA 3UDNA 3O99A 4J0VA 5ER2E 8HVPA 4A4QA 5P03A 1W6HA 4ZLSA 3IVHA 3OUDA 1FMUA 2PSUA 2ZJMA 5P6BA 5P8JA 3OWNA 3I7EA 1ZLFA 5P16A 1HWRA 5P34A 2OHMA 1EC2A 5P4KA 2AVOA 3EC0A 2HIZA 4B70A 4RRNA 5HCOA 2JJJA 3QRMA 3S54A 5P6IA 1M4HA 5P3ZA 3NU4A 3TPJA 4J0TA 3NYGA 1Z1HA 3SA6A 3U6AA 3SKGA 5P54A 1PPLE 2V13A 5DPZA 5P2SA 4L6BA 3ZLQA 2AOGA 1IVPA 3EL4A 5AHAA 1SIVA 1E81E 1G2KA 2ER7E 1HVJA 4Y3FA 5P7OA 4B0QA 3VLAA 2QZKA 4DPFA 5P1GA 5UPJA 5P19A 5HE4A 1GVVA 3OK9A 5J25A 5P1VA 4PZWA 2G26A 5P6UA 1LEEA 2HPFA 3OQAA 2CEMA 2PH6A 3ZL7A 3Q3TA 4DH6A 5P3TA 3EMYA 4Y47A 2QMPA 5P58A 3KF0A 5HCTA 1APVE 3S2OA 3HVPA 2QI7A 2O4LA 4RVJA 2ZJHA 3TOHA 2I4UA 2BPZA 1DP5A 5P5XA 3EL0A 1FEJC 5P2ZA 1SMRA 2B8VA 3JW2A 3TKWA 5P4WA 5P0GA 4Y9WA 5P5YA 3UDHA 4ER1E 2ZDZA 2P8HA 5CONA 5P1DA 1PPME 1XE6A 4NJUA 5P8UA 3QRSA 3DM6A 2VJ9A 2VS2A 3L38A 5P8VA 4ACXA 2Q54A 3DJKA 1DIFA 4ZPGA 5HDZA 1HSIA 2ZHUA 4R91A 7HVPA 1AAQA 3OUCA 3VG1A 1TZSA 2WF2A 2QAKA 5P5KA 5I3XA 1K6VA 4K4RA 3NWQA 1XE5A 2IEOA 2ZYEA 5P72A 5SXNA 4NJTA 3O9BA 2SAMA 4DV9A 5DGUA 1HVHA 4HDFA 5P53A 4QJAA 1RQ9A 4L1AB 4MC2A 2QMDA 1FB7A 2BPWA 5P63A 3URLA 5P78A 5P10A 5P4AA 1SH9A 1FQ4A 2NXDA 5P3FA 1D4JA 4Y5BA 3QAAA 1GKTA 5P04A 5P0AA 5P7QA 5OYXA 5P68A 3UDYA 5OZWA 2QD8A 5P2TA 4LL3A 2HAHA 4Y5MA 5P8EA 4F73A 4I10A 3EKTA 4K8SA 3ZOVA 2H6SA 1HHPA 5OZXA 5P0QA 3D20A 5P0IA 3MSKA 4BEKA 5P27A 1ZTZA 3VUCA 1ZJ7A 4KE0A 1K2CA 5P59A 2AIDA 5P7LA 3DV1A 3UQPA 5P4LA 4Y3NA 5P7SA 3DCKA 4HDBA 3SO9A 4Y3LA 5P6TA 3VV8A 5OZ7A 1FMXA 2VIJA 4GB2A 4EXGA 1FKNA 1XL5A 2WECA 3VFBA 5P1AA 5P7GA 3QBFA 2Q11A 3BHEA 5KOSA 4L1AA 4DQFA 5P25A 4YBFA 4PZXA 5OZLA 4Y5EA 4Y6MA 5P3NA 5I3WA 1HPVA 5PEPA 4Y4AA 2ZGAA 4Y3RA 2F3EA 3BRAA 1XL2A 5P2QA 2VJ7A 1MSNA 1AIDA 5P8CA 5KQXA 5I70A 4MC1A 1HTEA 1IDBA 2OF0A 1YTIA 2VNMA 4J17A 2R5QA 3ZPUA 4BFBA 3INHA 3UDRA 4YE3A 5P4CA 4Y3EA 4M8XA 3GGVA 2BJUA 5P41A 3G6ZA 4CP7A 5BS4A 5EZZA 1HVLA 2OHUA 2QP8A 5OZJA 5P3YA 1FQ6A 3UTLA 1IZEA 2AOIA 2QNPA 5P1LA 5DQ1A 2QNQA 2ZJIA 5OYYA 1KJGA 2ZJKA 2G21A 4QLHA 2WF0A 5P0EA 3I8WA 3PGIA 4Y4TA 4U7VA 1BV9A 1UH8A 5P01A 3PHVA 4K4PA 5P7ZA 4DI2A 5P8NA 5C9DA 4J0PA 5P12A 3L5DA 4I0JA 4Y4EA 3U71A 5P56A 2NXLA 5SY3A 4FS4A 3RTHA 3UQWA 3OQFA 2PSGA 4LAPA 5P77A 4U8WA 4Q1XA 3BC4A 2ER0E 2AZCA 1UPJA 4FGXA 1TSUA 5HE5A 5P2IA 1MERA 3L5BA 4DFGA 4DJUA 4Y48A 5P7TA 3IAWA 5P29A 4DQEA 3FNUA 2UXZA 4ACUA 4RYCA 1C6XA 2PYNA 2PK6A 3OU3A 4Y35A 1ZPKA 5C9BA 5P7UA 2P3DA 1NPWA 1K6CA 4YD4A 5P4OA 1D4YA 2AZBA 1EPQE 4DJWA 3I6OA 4YDFA 5OZ1A 5P5QA 5P5LA 1RV7A 4KUPA 1BAIA 4GMIA 3S53A 5P4QA 2VA7A 5P2MA 3N4LA 2QI6A 1BV7A 1HVCA 3GGAA 3VSXA 5P1QA 1ZPAA 4GIDA 1FG8C 5P26A 5P44A 5P74A 1LYBB 4D85A 1HIIA 1SGZA 4OBJA 5P43A 5KR1A 5P5GA 5P3AA 5AHBA 5P82A 5P0XA 5P8SA 5P42A 3UQXA 3ZKGA 5AHCA 1CPIA 4B1CA 2HB3A 4JPEA 3TH9A 3O9FA 4NJSA 5OYRA 3EKYA 2AVMA 3QBHA 3G70A 2QU3A 5P40A 4BFDA 1EC1A 5P7DA 1RNEA 3NR6A 4Y5CA 5P2RA 1VIKA 1K1UA 3MXEA 4CPRA 3WSJA 2IKOA 1W50A 4RROA 1FQ8A 5P76A 5P5JA 2AOEA 3LIQA 1LF2A 5P4DA 5P0HA 3KFRA 5P8RA 1Z1RA 5OZ0A 2BQVA 5E5KA 1T3RA 3UDKA 4JOOA 3T3CA 4FM7A 1HVKA 3ECGA 5P4YA 5IVQA 3CKTA 1B6JA 4B1EA 4YOBA 4Y43A 3TL9A 5P81A 4MC6A 5P6OA 3Q70A 2B42A 4I0HA 3PLDA 3WZ6A 5P3QA 5P4GA 1LYBA 4EWOA 3D91A 4AMTA 4J54A 5P31A 5HDXA 1A94A 5OZOA 3KYRA 1ZP8A 3SAAA 5P3CA 3OOTA 3QVCA 1IBQA 1W5YA 3WZ7A 3HAWA 2I0AA 5P66A 3SACA 1FF0C 5P7IA 1EBWA 2P83A 4FRSA 1EPLE 4ZSMA 2OAHA 3KMYA 2Z54A 3LITA 5KQYA 5B18A 2NMYA 5OZGA 3OADB 5OZNA 4RLDA 1IIQA 4ZSPA 3R0WA 5P2VA 3GI0A 3NUOA 2P3AA 1YTHA 4Y3XA 1BXQA 3M9FA 5IVSA 5P02A 3JVYA 9HVPA 3HVGA 4Y3WA 5IS4A 2HS2A 4I0ZA 5P3UA 1QS8A 5DQ5A 2WF1A 3DK1A 3NXNA 1RPIA 4Y58A 4J1KA 4N00A 5OZVA 1A8KA 2WKZA 1GVXA 5P0DA 3B80A 2VNNA 3MXDA 1HTRB 5P5ZA 4DJOA 1OD1A 3CYWA 4I0IA 3PBDA 3FX5A 3A2OA 1HBVA 5P1RA 4HDPA 1E5OE 5OZBA 1C6YA 2ZHTA 1F7AA 1HTGA 1QBTA 1FQ7A 5P7YA 1B11A 1MSMA 2PK5A 1APUE 3RVIA 4I8ZA 3D1ZA 5P1UA 3OQ7A 5P3EA 1AVFA 5ENKA 2RKGA 5P4NA 3EKXA 1FMBA 2FMBA 3CKPA 3LIVA 5P0NA 3EM6A 5P3GA 4F75A 3IN3A 5P4VA 4ZPEA 1BWBA 2F8GA 3BXRA 4Y4WA 1M0BA 1A8GA 3OADA 4EXHA 2WEDA 3PMUA 3CKRA 5P8IA 3HD8A 4Y41A 2ZJLA 3PSYA 5HDUA 2G1RA 5TOLA 1IVQA 4DPIA 4EJLA 3QPJA 3UHLA 5HE7A 3PRSA 1KJ4A 1DW6C 2G20A 2PMAA 3UPJA 5P2CA 4Y3JA 1ENTE 3EM3A 4YA8A 5P17A 3IXOA 5DQCA 1B6PA 3OTSA 2RKFA 5P23A 5P7KA 4H1EA 3OU4A 1D4SA 1E80E 3QI1A 5P47A 4HEGA 1BVEA 5P0WA 5P4EA 4OBGA 3FV3A 3Q5HA 1T7KA 4I0FA 1YTJA 4B1DA 2BBBA 4Y4DA 3T7PA 4YD7A 4FIVA 5P0BA 4GJ9A 1EPRE 4QGIA 5P07A 2I4QA 4DVFA 3BUFA 5P11A 4YCYA 1U8GA 4Y57A 3S56A 1TCXA 3UDPA 1KJFA 1TQFA 5P2BA 1ODWA 1N49A 3DOXA 4TVHA 5P5FA 1G35A 4XX3A 4Q1NA 5F00A 3EM4A 5OYQA 5BRYA 3QN8A 3VSWA 4EYRA 3O9AA 1D4KA 5P6PA 5P7JA 3O9HA 3PEPA 2R8NA 4CPUA 4JECA 2VIYA 4ZSRA 3KFSA 5AGZA 1MT9A 2FXDA 5P2WA 1FFFC 4QJ8A 3OXWA 5P0RA 2VA5A 2Z4OA 5P7AA 2R3WA 4LXMA 5P5UA 2QHYA 4WY6A 3SKFA 1PPKE 1APTE 5P5PA 1ODYA 1EPME 1EBYA 2P4JA 5OZ5A 1SDVA 5P0YA 5P1BA 4J5JA 2I4VA 5AH7A 3FNSA 4DQCA 2F81A 5P35A 4RVXA 3VYDA 4R8YA 2BKSA 3K4VC 2QD7A 5P0SA 5P5DA 2WF3A 1T7JA 3IVIA 4U7QA 3EL5A 3SA7A 5P6DA 3HLOA 5OZ4A 3UFNA 2F80A 4Y44A 1HTFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I25 A;  1B5F A;  5P6F A;  4EJ8 A;  2RSP A;  1A9M A;  3FSM A;  4DJX A;  4Y3T A;  4Y3H A;  3VLB A;  3K5C A;  3TOG A;  2G1Y A;  5P5H A;  2ANL A;  1MRW A;  3LHG A;  4XXS A;  2NMZ A;  1AJV A;  5P5I A;  5OYS A;  2FLE A;  5P3W A;  4CPQ A;  2XYF A;  2ZE1 A;  4Y3G A;  2AVS A;  5P0P A;  2O4S A;  4TRY A;  5P7R A;  4WY1 A;  1PSA A;  5P2L A;  3IND A;  1HIV A;  2HPE A;  1QBU A;  3CMS A;  2O40 A;  3VF7 A;  1HVR A;  3CYX A;  2CEN A;  2HB4 A;  2IL2 A;  4DJQ A;  3VF3 A;  3BGB A;  5P37 A;  3UFL A;  2QZW A;  3PI0 A;  3EXO A;  3PLL A;  3O9G A;  1AM5 A;  1LYA A;  2QMG A;  5P2U A;  5P1C A;  2F3K A;  2QI5 A;  3ST5 A;  2HS1 A;  5OZ2 A;  5P2H A;  3RTN A;  5DR4 A;  4E43 A;  4ZSQ A;  2G27 A;  5KR0 A;  4GJ7 A;  4OBD A;  3OU1 B;  5HDV A;  3UDM A;  4EJK A;  5P3V A;  4YDG A;  1MEU A;  5P15 A;  5HD0 A;  1GNM A;  2QI3 A;  3L58 A;  2FNT A;  5P1T A;  5P2F A;  2FDD A;  2IDW A;  2I4W A;  4J55 A;  3PJ6 A;  2PWR A;  2QI0 A;  1GVT A;  4I8W A;  5P38 A;  4X2L A;  5P70 A;  2OHK A;  2PH8 A;  5P6X A;  3T11 A;  4B00 A;  5P2A A;  1EPO E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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