6FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIVPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords RETROPEPSIN
publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 29
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 6fivA00
1C70A 5P8MA 3N3IA 4EPJA 1FKNA 1SBGA 4Y53A 5F00A 3DK1A 2QMDA 2Q63A 5P3VA 1OHRA 2V16C 5P09A 2ZE1A 4I12A 2XFJA 5OYQA 4Y3JA 4Z22A 4EJDA 3D1YA 2F81A 4FM6A 5P20A 3ZLQA 5P4QA 2WHHA 3NU4A 1XN2A 2VJ7A 3OTYA 5P7HA 1APUE 5P0LA 5P4RA 3EKWA 4GYEA 4J0VA 2ZHRA 4EQ0A 5TOLA 4OBDA 4DFGA 3TOHA 1M43A 2QI1A 1LYWA 5P05A 4ACUA 5P6TA 3QRVA 4HZTA 1HXWA 4Y4JA 2BPZA 2WECA 3HVPA 5P3UA 5DR7A 3EM4A 4EJKA 4HDBA 2NMYA 2QZXA 3BHEA 3DCKA 2PSGA 1K6PA 3EL4A 3BGCA 3L38A 1IDAA 5OZ0A 5CONA 3OU4B 4I0IA 3UDHA 1HPXA 1A30A 2NNKA 3R0YA 4QJ8A 2IRZA 2P3DA 4MC1A 4B1CA 4Q1YA 4B0QA 3IGBA 5P4CA 3PSYA 3H5BA 5P7RA 3O9BA 4LL3A 5P6BA 5P5MA 2UY0A 4X2LA 1NSOA 4Y43A 2IKOA 3FNSA 2QI6A 3UFLA 4JPEA 3K4VC 1HVSA 5P4OA 1AJVA 5P5NA 2ZJNA 3QS1A 1MSNA 4D85A 3U6AA 2OHKA 5P89A 2AVOA 4D83A 4M8YA 4MC6A 3VF5A 2QHCA 4J1KA 3NDWA 4Y3GA 1AIDA 3FNUA 5P39A 2P3CA 5OZ6A 4Y4DA 1FLHA 1SDUA 3TOGA 5P2OA 1SDVA 5E5JA 5P6RA 5OZOA 1MRXA 5P6ZA 3EL0A 2ER9E 1B5FA 4Y5KA 1LYAB 2V12C 1MSMA 2WJOA 4WY6A 1HVHA 3NDTA 1LYBA 5P3QA 3LITA 2BJUA 4Y3EA 3S2OA 5P7ZA 4J1HA 1GVWA 5P8IA 4EYRA 3WZ8A 1RL8A 4QJ2A 5P1ZA 5IVSA 4YDFA 2VIYA 4FGXA 1LF3A 5P2NA 5P8BA 5P2IA 3ZOVA 4Y3LA 1IZIA 3PI5A 2IGYA 5P19A 3K5FA 1B6JA 4COEA 5OYRA 1AJXA 5P0AA 4R8YA 4U8WA 4R5NA 3VF3A 5P17A 5OZVA 4GJ5A 5AH8A 1EAGA 4LHHA 5P70A 1SGUA 2WEZA 2FDDA 3WB5A 5P3LA 5DPZA 5P4SA 1YTHA 3OAGA 4CPUA 5P63A 3OOTA 4TRZA 4L7GA 4Y4TA 1GNNA 3GGVA 4H3IA 5OZ1A 2WF2A 3UCBA 5P3GA 5P2XA 4Y5EA 4U7VA 3GI6A 5HD0A 5P85A 2QD8A 1LS5A 1YTIA 1HRNA 2ZJMA 3WB4A 1HTRB 3ZKSA 4J1EA 4YCTA 3LINA 3KFPA 4DJYA 5P7OA 1PSOE 2WF0A 4OBJA 3OUBA 4DPIA 1MT8A 1GVVA 4XXSA 3OXWA 5P1DA 4UPJA 5P0WA 4Y3FA 5P1OA 3BC4A 4DJPA 1EC2A 5SZ9A 4YBIA 5P77A 5HCOA 3SA5A 5B18A 1EC1A 1FG8C 2HC0A 3FSMA 4RVJA 3O9IA 5P1YA 2BKTA 1XE5A 4PHVA 2RKFA 2QZLA 1F7AA 4Y4XA 5P7TA 5P87A 2R43A 3HAUA 3PWWA 3IN3A 5OZLA 3KDCA 4QJ9A 1UH7A 4ZPGA 5P8UA 2QMFA 3BRAA 3UQPA 5P8NA 1HVCA 4YBFA 5P54A 5P0IA 1LV1A 2BPYA 3OTSA 5OZDA 4Y5BA 5P0KA 2I4XA 5KR0A 1T7JA 1WBKA 2VA6A 5SXNA 3D91A 3A2OA 1EPOE 3OGPA 5P5GA 4ZE6A 5HTZA 2PK6A 3PI0A 4OC6B 5P4KA 2NXMA 4Y5CA 2R3TA 3S7LA 3TL9A 5P0DA 1APTE 5P3WA 1FQ4A 3T7PA 4JECA 1QDMA 2FXDA 1D4SA 4Z50A 5P12A 1FGCC 5P0HA 3H0BA 4APRE 3EMYA 5P1PA 4QJAA 3SACA 1HTEA 5KR2A 5P3YA 5P40A 4DVFA 5HDVA 3NR6A 4TRWA 3PWRA 2FLEA 3BUHA 2HIZA 1SH9A 3I25A 3UQRA 1K6TA 2XYFA 3G6ZA 4L1AA 4GB2A 4Y3AA 4Y3PA 1ODYA 3MXDA 3LPJA 3KFRA 5P7GA 5P84A 3ZKNA 1YX9A 2Q3KA 3HW1A 1JLDA 3S85A 5P4NA 5P5YA 3VUCA 1OEXA 1K6CA 4DQHA 4D8CA 4HDFA 1BVEA 5P3XA 1A8KA 3ZPTA 4Y4AA 5BRYA 4APEA 3HD8A 2PWCA 1DAZC 3O9LB 2QNQA 4KB9A 3CKTA 5E5KA 1QBRA 5P0OA 3OWNA 4Y3SA 4B78A 1G6LA 4Y3RA 2VNMA 5P2SA 4FE6A 4U7QA 4AUCA 5P7AA 2VNNA 1IZDA 1BWBA 4OBGA 5P5JA 5P4UA 2WEDA 2Q5KA 2VJ9A 3INEA 5OYXA 4KUPA 3ZKIA 5KQYA 4AA8A 1ZPAA 5ENMA 3S8IA 3OADA 5P8FA 5P5FA 3SA4A 3EKPA 4YD7A 3SA8A 4DJXA 5P44A 4YD5A 4GJBA 2BBBA 3EKXA 5P8TA 3IA9A 5P46A 4FSLA 5P66A 5P2CA 4YCKA 3LZSA 5P0PA 3K5GA 1A8GA 4K8SA 3KFSA 4PZXA 5P22A 1T6GA 2HB4A 1EBYA 4Q1NA 3OOZA 4I8WA 4WTUA 3RSXA 1BVGA 3QN8A 1HXBA 5P1XA 3UDPA 5ISJA 2R9BA 4Y37A 1ZP8A 4Y3WA 5P8DA 2B42A 5P2KA 5SY2A 1HVLA 2OF0A 2G21A 5P5WA 3QBHA 2PWRA 4DJWA 4I0GA 2IKUA 5KQZA 3SKFA 5P38A 5P4JA 3VSWA 1EPRE 2IS0A 4PPHA 2B60A 2B7ZA 2JYSA 5P5UA 5P5CA 5P2GA 2O40A 1FQ8A 5P4WA 3UDMA 5P06A 3VCMA 4R95A 3TNEA 5KQFA 3NU5A 4JOOA 3KMYA 5AH6A 1YM4A 5I3YA 1FG6C 2P3BA 3PCZA 1ZBGA 5P5PA 4R93A 4YHQA 4I11A 2OHLA 4RCFA 4FCOA 2NNPA 5P7LA 3SLZA 5P6WA 4NJVA 5P3HA 4EQJA 5DR3A 1TZSA 1DPJA 3RTHA 1TCWA 3L58A 2G22A 1FQ6A 5ENKA 5P3ZA 5HCTA 4XX4A 3QIHA 4NKKA 3Q4BA 5OYZA 3L5DA 3QPJA 3VYDA 4GJ9A 1YTJA 2BKSA 3QVCA 4RRSA 4D88A 7UPJA 1B6MA 3VV8A 2O4LA 5OZ9A 1IVPA 1HSGA 5P3SA 8HVPA 5P55A 1EBZA 2PH8A 4DJOA 4ZSRA 5P6PA 2J9KA 2G1YA 3NDXA 5P5EA 4B05A 5P8OA 3OQKA 3I2LA 3S56A 5ISKA 5P6UA 1SP5A 2CENA 2G27A 2G26A 4FM7A 1Q9PA 5OZYA 2QMGA 5P5TA 5P6XA 2IDWA 3UTLA 1KJHA 5EZZA 2Q54A 5P1QA 2ZHVA 5P6KA 2G94A 3K1WA 3NLSA 4L7JA 5P80A 1LYAA 1W6HA 4Y5GA 5COKA 2V13A 6APRE 3Q3TA 4Y9WA 7HVPA 1C6XA 5HU1A 5OZFA 2JJJA 1APVE 3S7MA 3O9FA 3GI5A 5P4ZA 1APWE 2FIVA 1Z1RA 4OD9B 2I0DA 5P7SA 4FIVA 1RNEA 3L5EA 3O9DA 1K1UA 2BPWA 3JVYA 2FGVA 5CLMA 5APRE 1META 3IN4A 4Y5AA 5P8GA 1KJGA 5P0JA 3MXEA 2AOHA 4Y4GA 5OZNA 4OBFA 1BV9A 4QJ6A 3SA6A 5P49A 4R91A 2AOFA 4LXKA 1BXQA 5P0GA 1E5OE 5P3FA 2G69A 5P33A 1PFZA 4J0TA 5OZPA 5P1BA 5OZUA 1ZLFA 4L6BA 4LBTA 2I1AA 5SY3A 1LEEA 3UQUA 3FV3A 4Y3TA 5OYUA 4Y4WA 3EL9A 5P4DA 3PEPA 2R5PA 1BXOA 4ER1E 5P3EA 3BXSA 5P7QA 5P69A 2I4QA 1HIIA 4Y38A 5P2ZA 5P68A 5P1FA 3G70A 4YA8A 5P43A 5P7DA 4J0ZA 5P8PA 3KT2A 1ZSRA 4I0HA 4R92A 4Y4UA 3S54A 1YTGA 3HAWA 2I4VA 3AUPA 3BVBA 3IVIA 4J5JA 3LNKA 2QZWA 1AXAA 5P64A 5IVTA 5HVPA 1K2BA 1HPVA 5P2FA 2IQGA 1XDHA 3T3CA 4HDPA 2ZJJA 4GJ7A 3UHLA 3RTMA 2BPVA 3PCWA 3IXOA 5OZSA 5P4BA 5P5VA 3PBZA 3HDKA 5OYWA 4X7IA 5P71A 3O9GA 1MEUA 1D4HA 3DUYA 3DOXA 2JXRA 5P6JA 1BDQA 5KR8A 3PWMA 5P26A 4EP2A 2WF1A 4RGHA 3R2FA 3URLA 4RZ1A 5IE1A 3N4LA 2WKZA 4GJ6A 4Y3DA 1HVRA 5P07A 4J1FA 3KM4A 1PPKE 5OZXA 2F3EA 5P3AA 3PBDA 2WF3A 3PHVA 5DR1A 4EWOA 5P0ZA 3EKYA 4FAEA 5P7JA 5OZEA 5IVQA 5COOA 1G0VA 1CPIA 3NU3A 2HB2A 2ANLA 1TQFA 3PLDA 5P4PA 2UXZA 4LAPA 1TCXA 2QZKA 1LF4A 3U71A 9HVPA 3SM1A 2F8GA 2BPXA 3OHHA 2WEAA 2IEOA 2OHQA 1NPVA 5EZXA 1EBKC 4I0DA 3VFAA 1HBVA 5C9FA 2I4WA 4CP7A 5P67A 3HZCA 4Y4ZA 1FFIC 1IDBA 1MTRA 3OU1B 3URIA 3FKTA 1NPWA 1G35A 1IBQA 1MESA 4Y51A 1PSNA 1KJ7A 3IAWA 3O9LA 4IVSA 4K4QA 2NTRA 3LZUA 4Y5MA 3O9EA 1HVKA 3K5DA 5P1UA 4Y57A 1W5VA 2ZHTA 5DQ5A 5P8LA 1BDLA 4M8XA 1FMXA 1IVQA 5P3OA 4H3FA 5OZ4A 4DQGA 4HVPA 1QBUA 1DIFA 1GNMA 1B6LA 4GJAA 3TOFA 1D4IA 3O9HA 4Y35A 5P1KA 4RVIA 4EXHA 5AGZA 2V0ZC 5C9DA 5P53A 1TSUA 2VS2A 4BELA 3SA3A 2NR6A 5P4TA 1PPLE 4XKXA 3T11A 5P8SA 2CEMA 5P3PA 3UF3A 5KQXA 4DJVA 4H3GA 3ZPUA 4LC7A 1YG9A 3DCRA 4FRJA 4WY1A 5P6NA 3T7XA 3VYFA 4Y3XA 4YD3A 1XN3A 3PB5A 5AH7A 5P1LA 4YD4A 1GVTA 1KJFA 2EWYA 5P2DA 2VA5A 3R1GB 5P42A 1QS8A 1BDRA 3KN0A 3IXKA 4I0FA 3K5CA 3VSXA 4F74A 1W6IA 3NDUA 5OZ3A 5P0SA 5P4AA 2QU3A 3LHGA 2QI3A 2B8LA 4CPSA 1J71A 3B7VA 2B7FA 3GW5A 3KA2A 3RU1A 3DV5A 2I4DA 3RSVA 2QI4A 1ER8E 4Z2ZA 2NMZA 3PM4A 2RSPA 5P30A 5P5LA 2PC0A 4NJTA 2QMPA 5P74A 2QU2A 1DP5A 4GJDA 2ZGAA 5P41A 3MSJA 3ZPSA 2PYNA 3OXVA 1EPQE 3MSLA 1D4YA 3L5FA 4MC9A 4RROA 2G20A 3OXCA 5P60A 4OBKA 5P14A 5P6MA 3EBZA 5P01A 6UPJA 2OHNA 2UPJA 1MERA 2ZJHA 4I8ZA 5P3RA 3LIYA 3VEUA 1C6YA 5P16A 5AHAA 1EBWA 2G24A 5P5ZA 4YDGA 5KR1A 3GGAA 5DQ1A 1HVJA 5P1VA 5P3DA 3OY4A 4AMTA 4YCYA 5P4YA 1IIQA 4JP9A 5P8EA 1MT7A 3PLLA 1QRPE 1HPSA 1ZPKA 5OZHA 5OZRA 2Q55A 3SA9A 4ER4E 1EPNE 1AAQA 2CEJA 2J9JB 5OZJA 5P11A 1FB7A 2P83A 3OU3A 4HA5A 5OZZA 4MC2A 2BQVA 5P73A 3L3AA 4PEPA 5P7WA 1UPJA 4DJUA 3UDJA 1W51A 2O4KA 2ER0E 3APRE 3MWSA 3KYRA 2B8VA 5P51A 5DQ2A 5P1AA 2AIDA 4I0EA 5OZWA 5P7YA 6FIVA 5P1NA 4J55A 2ASIA 2V00A 1N49A 5P0YA 2VIZA 4J17A 5P1SA 3VG1A 3DV1A 3NXNA 5P2JA 2Z54A 4Y3NA 3SQFA 2R5QA 2HS1A 3MSKA 3RVIA 2P8HA 4GJCA 3LIQA 5P24A 5P6OA 3TH9A 3TPJA 4OD9A 4FRIA 5P37A 4DUSA 4CPRA 5P0NA 5P4IA 5P36A 3EXOA 4Y58A 2FNTA 3TTPA 2QAKA 3APPA 1DMPA 1SIPA 3OGQA 2PYMA 2F3KA 5P65A 2FS4A 3NUOA 4AZYA 2P3AA 4EJ8A 5OZCA 3GI0A 5P29A 1A9MA 3ER3E 1SIVA 3KF0A 1BV7A 5P27A 3KFNA 3OQDA 1EPLE 3OU4A 5P8KA 2O4NA 1ODXA 4Y4BA 5P6LA 5P75A 4Y48A 1UH9A 3OUDB 5HE7A 4Q1XA 5DGUA 5P13A 3PSUA 5P0CA 3SAAA 5P0BA 5P15A 3K4VA 4RRNA 3OXXA 1NH0A 2QHZA 1FIVA 3INHA 4OBHA 2A1EA 3VLBA 5I70A 5I3XA 2QI0A 3VF7A 2R8NA 1GVUA 4GJ8A 5OZAA 5AH9A 3INDA 1HVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C70 A;  5P8M A;  3N3I A;  4EPJ A;  1FKN A;  1SBG A;  4Y53 A;  5F00 A;  3DK1 A;  2QMD A;  2Q63 A;  5P3V A;  1OHR A;  2V16 C;  5P09 A;  2ZE1 A;  4I12 A;  2XFJ A;  5OYQ A;  4Y3J A;  4Z22 A;  4EJD A;  3D1Y A;  2F81 A;  4FM6 A;  5P20 A;  3ZLQ A;  5P4Q A;  2WHH A;  3NU4 A;  1XN2 A;  2VJ7 A;  3OTY A;  5P7H A;  1APU E;  5P0L A;  5P4R A;  3EKW A;  4GYE A;  4J0V A;  2ZHR A;  4EQ0 A;  5TOL A;  4OBD A;  4DFG A;  3TOH A;  1M43 A;  2QI1 A;  1LYW A;  5P05 A;  4ACU A;  5P6T A;  3QRV A;  4HZT A;  1HXW A;  4Y4J A;  2BPZ A;  2WEC A;  3HVP A;  5P3U A;  5DR7 A;  3EM4 A;  4EJK A;  4HDB A;  2NMY A;  2QZX A;  3BHE A;  3DCK A;  2PSG A;  1K6P A;  3EL4 A;  3BGC A;  3L38 A;  1IDA A;  5OZ0 A;  5CON A;  3OU4 B;  4I0I A;  3UDH A;  1HPX A;  1A30 A;  2NNK A;  3R0Y A;  4QJ8 A;  2IRZ A;  2P3D A;  4MC1 A;  4B1C A;  4Q1Y A;  4B0Q A;  3IGB A;  5P4C A;  3PSY A;  3H5B A;  5P7R A;  3O9B A;  4LL3 A;  5P6B A;  5P5M A;  2UY0 A;  4X2L A;  1NSO A;  4Y43 A;  2IKO A;  3FNS A;  2QI6 A;  3UFL A;  4JPE A;  3K4V C;  1HVS A;  5P4O A;  1AJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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