7UPJA

Hiv-1 protease/u101935 complex
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structure-based design of nonpeptidic HIV protease inhibitors: the sulfonamide-substituted cyclooctylpyramones.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 7upjA00
2OHTA 2ZJNA 1FB7A 2OHSA 5P3CA 4DJVA 1K6VA 5I70A 4Y38A 2ZJIA 2MIPA 2WEZA 3SABA 3LIZA 5P8BA 3OQ7A 4GJBA 5P82A 3MXEA 2G20A 4QJ9A 5OZAA 2G1YA 1QDMA 1IVQA 1HVRA 2V11C 4Y53A 4X7IA 4J1CA 5KR1A 5OZDA 1T7IA 3QN8A 4JP9A 3SKGA 3T7XA 3QVCA 4Y41A 2WF3A 4D8CA 1FMBA 1FQXA 1K6TA 3VV6A 4YCTA 5KOQA 5P06A 5P6GA 1A8KA 4BFBA 5P4CA 5SZ9A 5DGUA 3Q6YA 1ZSFA 5P8HA 4GJ9A 3NSHA 4Y3TA 4LHHA 3GW5A 2B8VA 4AA8A 1MEUA 5P1AA 4Y4GA 3KF0A 4ZIPA 3L5EA 5P51A 2G21A 3VFAA 2APRA 4YD4A 1A8GA 2VIYA 5P2YA 3SFCA 1D4KA 1META 3GGUA 3S45A 4H3IA 3O9HA 3QI1A 4KUPA 1NPAA 4PZWA 2AZCA 5CLMA 4GJDA 3SPKA 3WB4A 2I0AA 1Z1HA 5P5NA 1BAIA 4YA8A 3NUJA 4NKKA 4Y4WA 4LXMA 3DM6A 5P6CA 5P6BA 4CPUA 4Y5KA 7UPJA 2NXMA 4RZ1A 1G35A 3JVWA 2JE4A 2G26A 4I10A 4RVJA 5OZOA 2NPHA 1GNOA 2P8HA 5P0HA 2FNTA 3R2FA 5P47A 3L5FA 4FAEA 4RVIA 5OYZA 4Y4AA 5P6WA 1HIVA 5E5KA 3UQUA 2RKGA 5HE7A 3HLOA 2ER0E 5P5MA 5IVSA 5P40A 5P8LA 2OHQA 2XYFA 4Z50A 4Y57A 5P66A 3WZ8A 3TOFA 3R0WA 4I1CA 3VYDA 1YTGA 1B6LA 3I6OA 4R91A 3UQWA 2PYNA 2J9JA 3OQKA 4Y9WA 5OYRA 2F8GA 4Y5NA 1HTRB 4R93A 4Y3QA 5P0FA 2BQVA 5P2KA 3OAGA 4NPUA 3QS1A 3LIXA 1SGUA 5DQ4A 5P45A 2G1OA 2QMFA 3ZKMA 3OXCA 5P0IA 3L3AA 2Q55A 4NJSA 1MRWA 4FSLA 2AZ8A 3KDBA 4A6CA 4YD7A 3SA9A 3QBFA 4Y4EA 1BXOA 2JJIA 3OXWA 4D83A 5P7TA 4Y4UA 1G6LA 1K2BA 4QLHA 5P71A 1K6CA 2ZE1A 5ER2E 3CKRA 3ZKNA 3HW1A 3PBZA 4L6BA 1XDHA 4TRWA 4Y4BA 3SA7A 2ER7E 4OBZA 4J0PA 1M4HA 3GGXA 4Y3WA 4YD5A 5P1KA 3PHVA 4EP3A 4J54A 4QJAA 4Y3ZA 5P7XA 1SP5A 2G1SA 1T6EX 1LV1A 1M0BA 3OY4A 4I8ZA 1E81E 1LF3A 5P20A 2HC0A 3S43A 2ZJHA 5P6EA 5HU1A 5P4SA 2ZHTA 2OHRA 1FGCC 5HVPA 5P4WA 4F74A 5P6AA 4RCFA 3KYRA 4FRJA 5P5ZA 5DQ2A 5P19A 4PEPA 1DP5A 1APUE 3SO9A 4QJ8A 2NXLA 1IDBA 5P5PA 1BWBA 2QHCA 5IE1A 4ER2E 5P6QA 5P3UA 4ER4E 2QD7A 3PBDA 4HA5A 1HVIA 4Y3RA 5P8EA 1HBVA 5P62A 2F3KA 4D85A 4F75A 5P3IA 4HDFA 4Y3MA 1G0VA 1AZ5A 3VCMA 5P57A 2OAHA 2AZBA 1HIHA 3MSLA 5P12A 1HPOA 5P2FA 4GMIA 5P4IA 3OU1B 3FV3A 5OZ8A 4RLDA 1C6YA 5P18A 5DQCA 5P7HA 2AQUA 1K1UA 4RROA 4I0ZA 1SDVA 1A9MA 3K5DA 2VIZA 5IVRA 5P8TA 2AVOA 4Y3HA 5KR2A 5P44A 4YD3A 1B5FA 5P77A 3T6IA 1IIQA 4DQGA 4B72A 1UH9A 1BXQA 1ODXA 3URJA 1T6GA 5P3GA 3SQFA 1EEDP 2PK5A 1BWAA 4B1CA 4CPTA 3CYWA 1YTJA 1IDAA 5HCOA 5P8MA 3L58A 5DPZA 4J1KA 3T3CA 4Y5LA 5OZ9A 3QVIA 3L59A 2Q54A 4FL8A 5SY3A 2QZWA 5KQFA 2OHNA 1BDRA 5FIVA 2HAHA 3DUYA 2FDDA 2Q11A 1JLDA 4Y43A 3S85A 4WY1A 3R4BA 2FS4A 3PI5A 5P46A 1TCWA 3PLLA 4Y5BA 4Y5MA 4R5NA 5P87A 4AZYA 2FXEA 3ZPTA 3D1YA 5P5QA 1QBRA 5P0AA 3EL0A 2BKSA 5AH9A 1FF0C 3G6ZA 5P3HA 3LIQA 2QU3A 3BUFA 3K4VC 5P3XA 3RVIA 5P5YA 4B78A 3CYXA 3PRSA 3H0BA 4FAFA 1QBTA 5P5LA 3PSGA 5F01A 5P4FA 3PWMA 5P8QA 5P8IA 5OZNA 4DJWA 1FQ5A 3OTYA 5P4VA 5C9FA 3PSYA 5P79A 2WEBA 5P0DA 3L5CA 4ZPFA 3T7PA 1FMXA 5P7RA 4X2LA 5C9BA 5P3BA 2ZHSA 3WZ6A 3ZKXA 1RQ9A 3DK1A 5P08A 3PM4A 4QGIA 3QPJA 3PJ6A 2IS0A 3UCBA 5P14A 5P2HA 1LYAA 5P0VA 1PPLE 5P17A 1SGZA 3VYFA 4M8YA 4NJTA 4Q5MA 5P1ZA 3RU1A 3RTHA 2QHZA 3K5FA 3SA4A 3LZSA 4Z4XA 2PYMA 3EC0A 5COKA 5OZTA 3PWRA 1BIMA 1IZIA 5P0SA 3BXSA 1HEGE 5P4AA 4DH6A 5P7GA 3PSUA 4Q1NA 3BHEA 3NU4A 5P7BA 4NJUA 1GVXA 2VA6A 5BRYA 4RRNA 5P2WA 2AVVA 4Y3DA 5P4NA 4TVHA 2QAKA 6UPJA 1FFIC 1LS5A 2AOFA 1FG8C 2R5PA 1GVTA 4EP2A 4ZE6A 5P7ZA 3BXRA 5P1BA 3IAWA 2AVQA 3QIHA 4LXAA 1AVFA 3K4VA 3EXOA 2QCIA 3EKTA 1EPNE 4JPCA 4EJ8A 5BS4A 2WL0A 1FQ4A 1SMEA 3TKWA 2WKZA 2R3WA 3IVHA 5P8CA 1AJXA 5OYTA 3L5DA 4K8SA 5P0XA 3TKGA 1EC3A 3GI6A 5OZZA 5P0KA 4APEA 4DUSA 1U8GA 5C9DA 2XFKA 5OZKA 2RMPA 5P8KA 3EKWA 2QZXA 3T7QA 3K5CA 1RPIA 2P83A 2H6TA 4JOOA 4XKXA 3ZKQA 1LEEA 4DJQA 2VNNA 5I3YA 3KFNA 4BEKA 2BPWA 2OHKA 5P6IA 4Y5CA 3QROA 2IDWA 5P4LA 5P80A 1SIPA 5P4TA 5HDVA 1FFFC 5KAOA 2QNQA 5COPA 4MC2A 3EM6A 5P3AA 1C6ZA 2FGUA 2HB3A 5P6ZA 3VF7A 4PZXA 3TL9A 3U6AA 1EPLE 4AA9A 4J1FA 2PQZA 4Y36A 4YOBA 2G1NA 3UDJA 4OBHA 5P02A 5P6MA 3RSVA 5OYSA 5HE5A 1HHPA 2I4UA 2O4NA 3O9IA 3O9BA 5P30A 1FQ8A 2O40A 4FIVA 2NXDA 2Z4OA 1XL5A 7HVPA 5P6OA 5P0NA 2G1RA 1ZAPA 5P6YA 1SIVA 1NPVA 1PSAA 4GB2A 5OZQA 2H6SA 4FM8A 1LYWA 3HVPA 4I0DA 3VF3A 4TRZA 5P1VA 5P1CA 1T7KA 2ZDZA 3LIYA 1ME6A 5HDXA 5P8FA 4EPJA 2O4LA 5P6PA 3LHGA 1K1TA 3L38A 2CENA 4YHQA 2QU2A 5P6VA 3ST5A 5P2BA 5P7OA 1B6JA 2Q15A 1D4IA 3PGIA 5P3LA 3KMYA 4QJ6A 5IVQA 4DI2A 3APRE 4LL3A 3R1GB 2B7ZA 4EQ0A 1F7AA 5P74A 3ZLQA 5P7DA 3HD8A 4R8YA 3ZMGA 1MERA 4Y3EA 3NWXA 1TSQA 2R3TA 1EBZA 1ZP8A 5OZXA 4Y4JA 2I4VA 4LXKA 4OBKA 4A4QA 3VSWA 5AHBA 1D4JA 2V12C 5P5TA 5P0YA 2HPEA 3OTSA 5P34A 3GI0A 5P5XA 5P8VA 1VIJA 5J25A 3IXOA 1FMUA 5P13A 4ZEAA 3D1ZA 3FNSA 3HAWA 4Y3PA 4AUCA 4Y3LA 5P0TA 2G22A 3BRAA 4I11A 3KDDA 2SAMA 3UDYA 4YD6A 5P73A 4RCEA 4Y6MA 3M9FA 2VJ9A 1HIIA 3OOZA 4B1DA 5P5CA 4UPJA 5KR8A 1CPIA 5OZEA 3L5BA 5P3SA 3GI4A 1HVLA 5OYVA 5P7NA 1BVGA 3MWSA 3OU4A 2V10C 3D1XA 4XX4A 4YDFA 5HCTA 5P0GA 4EXHA 5P0WA 2F3EA 4PPHA 3UQXA 5P8PA 4ER1E 2PC0A 5P5FA 1OEWA 4ZSRA 5P0PA 5OZYA 5E5JA 1XN3A 1W5WA 5P1NA 3LPKA 5P03A 5P86A 5P0UA 4GYEA 4MC9A 1NSOA 4Q1XA 3MSJA 2IEOA 1HXBA 5P1IA 3LZVA 5EZXA 1HRNA 3KT5A 2UXZA 1ODWA 5OYXA 5SY2A 3WZ7A 3D20A 5AH6A 1EPRE 1LZQA 2WF0A 3DOXA 1VIKA 4B00A 2ZHVA 4GJCA 3BGBA 5P59A 4D88A 2ZJKA 3A2OA 3BUHA 3R0YA 1GVUA 2B60A 4YBIA 3VYEA 5P89A 4TVGA 5P4XA 4R92A 5JG1A 4J5JA 5OZ6A 3UTLA 5SXNA 3OGPA 3OQFA 1GNNA 3TH9A 4B70A 2ZYEA 4TRYA 3O9EA 2QI5A 2PH8A 5P8JA 4XX3A 4DFGA 1XE5A 2HPFA 5P1TA 3KM4A 5P0LA 3RTNA 3NDWA 1D4SA 4XXSA 5P7WA 1MSMA 4M8XA 1YTIA 1D4HA 2PWRA 4DPFA 5OYWA 4DQHA 3O9FA 5OZ7A 5P2VA 3DJKA 3Q3TA 3FNUA 1HPXA 4QJ2A 5P3QA 1HSGA 1ENTE 1HVCA 5P6SA 1EC0A 4FS4A 2QMGA 2I0DA 1GKTA 5P64A 1EBKC 2R38A 1BV7A 2J9JB 1WKRA 1PSOE 1ZSRA 1J71A 4YOAA 4I0HA 2QI3A 3OAGB 5P6FA 3SM2A 3OWNA 1KJFA 2IGXA 3KN0A 5P3NA 2OHUA 3T11A 5P76A 5APRE 3LIVA 5P6LA 3I7EA 1XE6A 5P35A 5P84A 3NDUA 4Y5AA 4FSEA 4Y3XA 3CMSA 1XL2A 5P7CA 1PPKE 4Y47A 5P2IA 5DR4A 4Y50A 2A4FA 3PB5A 2I4XA 1BVEA 4Y3AA 5T4SA 4J17A 2P3AA 3NUOA 1Z8CA 4I0FA 4K9HA 4PHVA 3O9DA 1T7JA 5P61A 4EHCA 1LYBA 3QAAA 1ZLFA 2QI1A 5P3PA 3SAAA 3UDNA 3Q70A 4OBZB 4Y3YA 1BDQA 5CONA 5OZBA 5P33A 3INFA 3Q4BA 3D91A 5COOA 3SACA 4GJ8A 4Q1YA 3O9CA 1T3RA 5P2TA 1FIVA 2ANLA 3WSJA 1UH7A 1HVKA 1RNEA 5P1JA 5P4GA 2WF1A 4J0VA 2ZJJA 3TPJA 5DR0A 2V0ZC 3F9QA 2IKUA 5P7LA 3OQAA 5P8SA 3S43B 4H3FA 2HS2A 4H3GA 5AHAA 1NPWA 4LAPA 3UFNA 5P72A 2P3CA 4Y4ZA 1EPPE 5P3JA 5P38A 5HTZA 4Y3NA 3NLSA 5P5OA 3TPLA 3UDKA 4F76A 3U71A 1IZHA 5P1GA 5PEPA 5OZ5A 1K6PA 5P7YA 2BPVA 5P60A 5DR8A 6FIVA 1HTGA 5P36A 2Q3KA 3EKVA 3I25A 1QS8A 4NPTA 2F80A 1DAZC 4FE6A 1HEFE 2OF0A 4Y5GA 3NU6A 3UFLA 2ZHUA 2QP8A 5P1RA 1LYBB 4Y35A 5P2GA 5HD0A 3WB5A 3OQDA 3GI5A 3OHHA 5P4RA 5P8UA 3TPRA 5P1QA 2AODA 3S53A 4Q1WA 2IL2A 3OADA 3BC4A 2QHYA 2UPJA 1B5FB 3LITA 3EM4A 4Y4DA 5OZ1A 4N00A 2O4PA 3VUCA 4B05A 3I8WA 4OBGA 3IGBA 4OC6A 1PPME 5P85A 3O9AA 1QBUA 1OHRA 2P4JA 3IN4A 4DQFA 5OZUA 5P7QA 3S2OA 5P27A 1E82E 2QMDA 4MC6A 5P39A 5AGZA 2QMPA 4EJLA 3LPIA 3EL4A 5AHCA 5P1DA 2QI7A 5P10A 4J1IA 4L7JA 2ASIA 4DJOA 4Y4TA 1FQ7A 1QRPE 3OXXA 5P6KA 4YDGA 3EM3A 3SA3A 1KZKA 4KE0A 3O9LA 5DQ1A 5KOSA 1TSUA 3S56A 2NR6A 4I0GA 5P1FA 3ZPUA 2J9KA 6APRE 5P28A 1A94A 3S8IA 4LP9A 1W5VA 4EXGA 3C9XA 1DIFA 1DPJA 1RL8A 4DVFA 4Y4XA 2CEJA 5P3KA 2I1AA 1YX9A 3EL1A 4HEGA 4I0IA 1RV7A 2AOCA 3FIVA 5OZ0A 2AOHA 1W5XA 2IGYA 2V00A 4Y44A 4YBFA 3ZKSA 1EBYA 1UH8A 5P05A 3GGVA 3SKFA 4R95A 5P1MA 3ZL7A 5ER1E 4COEA 2WECA 5P1SA 4J55A 5OZGA 1AXAA 4OD9A 1HSHA 4Y39A 4S1GA 3BUGA 5OZCA 4FRKA 4J1EA 4PYVA 4CPRA 5P0RA 4GJ5A 4EQJA 1LYAB 1MTBA 5DR3A 3VV7A 5P5DA 1HPVA 1MSNA 2BBBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHT A;  2ZJN A;  1FB7 A;  2OHS A;  5P3C A;  4DJV A;  1K6V A;  5I70 A;  4Y38 A;  2ZJI A;  2MIP A;  2WEZ A;  3SAB A;  3LIZ A;  5P8B A;  3OQ7 A;  4GJB A;  5P82 A;  3MXE A;  2G20 A;  4QJ9 A;  5OZA A;  2G1Y A;  1QDM A;  1IVQ A;  1HVR A;  2V11 C;  4Y53 A;  4X7I A;  4J1C A;  5KR1 A;  5OZD A;  1T7I A;  3QN8 A;  4JP9 A;  3SKG A;  3T7X A;  3QVC A;  4Y41 A;  2WF3 A;  4D8C A;  1FMB A;  1FQX A;  1K6T A;  3VV6 A;  4YCT A;  5KOQ A;  5P06 A;  5P6G A;  1A8K A;  4BFB A;  5P4C A;  5SZ9 A;  5DGU A;  3Q6Y A;  1ZSF A;  5P8H A;  4GJ9 A;  3NSH A;  4Y3T A;  4LHH A;  3GW5 A;  2B8V A;  4AA8 A;  1MEU A;  5P1A A;  4Y4G A;  3KF0 A;  4ZIP A;  3L5E A;  5P51 A;  2G21 A;  3VFA A;  2APR A;  4YD4 A;  1A8G A;  2VIY A;  5P2Y A;  3SFC A;  1D4K A;  1MET A;  3GGU A;  3S45 A;  4H3I A;  3O9H A;  3QI1 A;  4KUP A;  1NPA A;  4PZW A;  2AZC A;  5CLM A;  4GJD A;  3SPK A;  3WB4 A;  2I0A A;  1Z1H A;  5P5N A;  1BAI A;  4YA8 A;  3NUJ A;  4NKK A;  4Y4W A;  4LXM A;  3DM6 A;  5P6C A;  5P6B A;  4CPU A;  4Y5K A;  7UPJ A;  2NXM A;  4RZ1 A;  1G35 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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