9HVPA

Design, activity and 2.8 angstroms crystal structure of a c2 symmetric inhibitor complexed to hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Design, activity, and 2.8 A crystal structure of a C2 symmetric inhibitor complexed to HIV-1 protease.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1990-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 9hvpA00
5P2YA 3K5GA 1PPME 5P1CA 6APRE 5IE1A 4MC2A 5P7PA 4DPIA 3ZKMA 5P5XA 2UXZA 5OYWA 2PH6A 5P1GA 1HVCA 5P7HA 4KB9A 5P7BA 5P7YA 3URLA 5P5OA 2OHUA 3UDKA 4KE0A 4NPTA 5P1PA 4J0PA 1APVE 5P38A 4LXAA 3BUFA 5P63A 4Y5AA 3EL0A 5HU0A 5P4HA 4LL3A 1GNOA 3ZKGA 2FNSA 4Y5KA 3GGUA 1HBVA 4Y4TA 4J1FA 5P66A 2RKFA 4J0ZA 4H3JA 4TRWA 4Y4GA 4Z2ZA 1BILA 5OYRA 1EC3A 1ZP8A 4RYCA 5P1SA 3KN0A 5P3PA 5OZYA 2WF0A 1U8GA 2JE4A 4K4PA 2VIEA 3TNEA 1GKTA 1M4HA 2AODA 1KZKA 2A4FA 4KUPA 4GIDA 3TKGA 2O40A 5I3XA 4CPTA 5HCOA 1GNNA 3K5FA 1SDVA 5P5KA 1NH0A 3UQPA 5P49A 1W5YA 2OHLA 3VF5A 1MT8A 3VYFA 2I4QA 3SABA 5P0JA 3QAAA 4Y5MA 2NPHA 1B11A 1RV7A 3LZVA 1NSOA 3NU9A 5P8PA 5P6KA 2OHMA 1XDHA 5DGWA 1BXQA 3QROA 5HE5A 3KYRA 3MSKA 3I2LA 4YE3A 2AQUA 3NDTA 5P2UA 5P34A 4PPHA 4YD4A 5P60A 1FLHA 4HDPA 3NR6A 3O9AA 5C9FA 3OUDA 4Y5EA 1ZAPA 2WF4A 2VKMA 4Y3EA 5P3OA 2VJ6A 3CKRA 3SA3A 4J0TA 4FM6A 5P3SA 5P6CA 1VIJA 4RCEA 3PRSA 3S7LA 5FIVA 1B6MA 4I8ZA 1T3RA 2VS2A 1G2KA 4FL8A 1IZDA 3N4LA 1RL8A 2OHKA 4EHCA 4TVHA 4HZTA 3OU1B 1ODXA 2WJOA 4B77A 5SY2A 1HTGA 1MUIA 3BUHA 3MSLA 2AOJA 4Y3SA 3SA7A 3UCBA 3K5CA 4QJ8A 5P4EA 2VIZA 1J71A 1UH7A 3O9GA 1K6TA 4Y37A 3D20A 1IDAA 5OZFA 2AVVA 4L6BA 5P0HA 2ZJIA 3PCZA 4I0FA 1HTRB 4I0JA 4K9HA 3U6AA 4ZPGA 5P13A 1GVVA 1BXOA 3UDPA 2IRZA 5DQ2A 4AUCA 1FQ7A 2G1YA 5P0SA 5HDZA 2BB9A 1TW7A 5P62A 5KQZA 3ST5A 5P86A 1FFIC 4LBTA 1BIMA 4RVXA 4YOAA 2R9BA 1B6KA 5P3NA 2QNQA 2AVQA 3ZKSA 3PM4A 5KQYA 4I12A 3OTYA 2HB2A 3SKFA 3DJKA 5DQ4A 5P8OA 1AM5A 1YTGA 3CYWA 2AZCA 4DFGA 3BC4A 3TLHA 3O9LA 5P1ZA 3S43B 3S56A 3KDBA 3OWNA 2FLEA 4OBDA 1KJ7A 1HIIA 5P37A 2QHCA 5OZVA 5OZRA 3OQDA 5E5JA 3IA9A 4EP2A 4Y3TA 1BVGA 5OZ5A 5P3CA 3QRVA 3S7MA 1FQ5A 2P3BB 5P50A 2IEOA 1QBSA 3I8WA 1RQ9A 2MIPA 3URJA 1G6LA 1NPVA 2QK5A 3EKPA 4Y44A 3GI5A 3LPKA 5P3YA 5P4PA 7HVPA 4PZWA 2IKOA 1E82E 5P06A 5P7GA 1IZEA 2P83A 5P55A 5OZ0A 3PBZA 1YTJA 3K5DA 3DM6A 5P17A 3PGIA 5KR2A 1AVFA 4ZPFA 5P5GA 4EJDA 1W6HA 4EJLA 2OF0A 4ZSMA 1GVWA 4CP7A 3VLAA 3OOTA 2VNNA 2V0ZC 3ZKNA 3K4VA 3KFSA 3EL9A 3RSVA 3M9FA 1EBWA 1IBQA 1Z1HA 3HW1A 3SLZA 3IN4A 2XFJA 2BQVA 4DQFA 4QJAA 3OU4A 4OBHA 5DPZA 2VIJA 3DUYA 3TPLA 1CZIE 1TSUA 5OYVA 5P83A 2G94A 3R4BA 5P5SA 4KE1A 2F8GA 5P5ZA 1TCXA 5P8IA 4UPJA 5OZAA 4B72A 2OHQA 2FXEA 1YM4A 5P8JA 3VCMA 5OZMA 1ZBGA 2APRA 5P26A 5P2RA 5OYQA 4YD3A 5P89A 2R3WA 1FG6C 3DOXA 3R1GB 1BWBA 5DQCA 4YD6A 4ER1E 4EQJA 4RLDA 4RVJA 5AHBA 5P27A 1HPSA 2G1OA 2QU3A 5P4NA 5P2WA 5P81A 5P2NA 1FFFC 3OQAA 3KDDA 2O4SA 3KA2A 5P29A 5P2MA 2PK5A 4PZXA 1LYAA 1EC1A 2P3CA 3EKXA 5P16A 4D88A 1VIKA 4Q1XA 1HSHA 4I0EA 1BDQA 5SXNA 4B05A 1ZJ7A 4Y4XA 5P80A 3OUCA 5P3RA 2HPFA 5P4CA 1B6LA 1ZTZA 3T7PA 3C9XA 3DV1A 4J0YA 4GJBA 1E81E 5P01A 1QBUA 5P2VA 3LIVA 2AIDA 2QD6A 2B60A 2I4VA 2QI1A 1DMPA 3JVWA 5J25A 1PFZA 4XX4A 5P0IA 3WSJA 2AOEA 2OHTA 2Q54A 4Y3XA 4DJXA 5C9BA 5KOQA 5HDUA 4ZSQA 2ZHRA 2NMZA 5P0CA 3KT5A 5P4QA 1FMXA 3HAUA 3LNKA 2ZYEA 3NYGA 3ZOVA 5I3YA 4D85A 4B00A 3BVBA 5P08A 5P1QA 3NLSA 3OQKA 3L5FA 5P1DA 1GNMA 1APWE 5P52A 5OZ4A 2QMPA 5P7TA 3OAGB 2FMBA 2QAKA 3GGXA 5P2SA 5P1NA 2RSPA 3VG1A 1C6XA 4Y5CA 4Y47A 1ZLFA 5OZ3A 5P2CA 4FSEA 1MTRA 1MRXA 2BKTA 4Y56A 3NXNA 5P6PA 2BPVA 1GVUA 5P3QA 1LYWB 1CPIA 2Q15A 2ER6E 5P2HA 3S85A 5P5WA 2QI3A 3QP0A 3QVCA 4OBZA 3NUOA 3LZSA 2G24A 5DR8A 5P24A 5P8NA 3VV6A 5P68A 3O9EA 4MC9A 4Y3FA 2ZJMA 3OK9A 4BEKA 5AH8A 4DQBA 3CKTA 3KMYA 5P5NA 1K2CA 4Y39A 3UFNA 3TPPA 3BGCA 2QHZA 5P0MA 1W51A 3T11A 3ZPTA 4QGIA 1F34A 5DR7A 5P5LA 7UPJA 5P6BA 3APRE 5DQ1A 5P74A 3SA6A 5P61A 4Y6MA 5P7RA 3EKWA 4BFDA 1BDLA 2UY0A 1ER8E 3UTLA 1HEGE 3QBFA 5P6YA 1LF3A 2R3TA 4DJRA 1IZHA 1FEJC 1HSGA 2R5PA 1D4SA 4B1EA 5OZSA 2NXDA 4YDFA 3A2OA 1XN2A 5P6SA 5P40A 1EC0A 1OHRA 5P4VA 4JOOA 2F3EA 1SP5A 2G21A 3CMSA 1HSIA 2G1SA 1GVTA 1K6VA 4K4RA 4DQCA 2VA5A 3RSXA 4NJVA 5OZGA 5P23A 3H0BA 3S54A 5OZCA 3O9CA 1EC2A 2VA7A 5P3TA 5P10A 3EXOA 1HTEA 5KR1A 4Q1NA 5P0EA 1KJGA 3EKYA 1APUE 4FGXA 3TKWA 5I70A 2H6SA 5P1AA 4B78A 5P8AA 2FIVA 5I3VA 3U71A 4Y3MA 2OHSA 3WB5A 4FAEA 5P8SA 4Q1WA 1HVKA 5P4RA 4LAPA 1HWRA 3I7EA 3S8IA 3RTNA 4OBFA 4Q1YA 4OC6A 4GZFA 2BPWA 3PVKA 1A9MA 1FIVA 5P47A 3NSHA 5HDXA 3UF3A 4X7IA 2I4XA 3LIXA 1EBYA 5P0RA 3HVPA 1EEDP 5P2JA 5P6ZA 3VFBA 5F00A 4Y9WA 3PMYA 5P3FA 2WF2A 3L59A 2QMFA 3PBDA 3GI0A 5P5EA 4DQEA 1F7AA 5P8HA 4H1EA 3PSUA 5P5FA 4A6CA 5P15A 3GW5A 3UDNA 2AZ9A 3INHA 4FRJA 2QNPA 1AAQA 1AXAA 5DR3A 4DV9A 2BKSA 2CEJA 2Q11A 2WEZA 4TVGA 4B0QA 1XE5A 2V16C 3VF3A 3TPJA 1MTBA 1BV7A 2PYNA 1T7JA 3O9FA 4CPQA 5JODA 4U7VA 2FDPA 5P1UA 3BXSA 5P00A 5P6UA 3K4VC 5P36A 4J54A 1QBTA 5P18A 5P7CA 5UPJA 4S1GA 3Q3TA 5P5CA 2OHRA 4LXMA 1AIDA 5ISJA 4WY1A 5B18A 5HD0A 4YHQA 4Y45A 4GJAA 1HPOA 2O4NA 3OU3A 1D4KA 3QS1A 5P4SA 1PPLE 1KJFA 5P39A 2QMGA 1HVHA 1DAZC 3CIBA 2F3KA 1CMSA 2WF1A 5EZXA 5P5BA 5P48A 3ECGA 5P0LA 1FGCC 5P6XA 5P6QA 3OUDB 2HS2A 5P45A 5P6OA 5OZ8A 4AMTA 5P42A 3UDJA 3VV8A 3IXOA 1EAGA 4R93A 3O99A 3ZLQA 2PK6A 3O9DA 1Z1RA 4ZLSA 3QVIA 1LZQA 4RVIA 3B7VA 5KQFA 4DJVA 5P6EA 2ZHVA 2VJ9A 2ASIA 5P1VA 4CMSA 5P3AA 3TOGA 4QLHA 1DW6C 1TQFA 4EWOA 4YCTA 3GGAA 2WL0A 3EM3A 5P7UA 3NWXA 1FB7A 2I4WA 5P1BA 4CKUA 3PSGA 4GMIA 4BELA 3OGPA 3OUAA 4Y36A 5P03A 4CPSA 5COKA 5OZNA 5P35A 3SFCA 3R0YA 2XFIA 3SKGA 3FNSA 4Y4JA 5P82A 4J17A 4N00A 3TOFA 4HE9A 1ODWA 5OYYA 1WBMA 4OBKA 3TPRA 2XFKA 5P7IA 5OZXA 1Z8CA 1C70A 4NJSA 3EL5A 3PB5A 3VYDA 3EKVA 4H3FA 5AH6A 4D83A 1UPJA 5P0XA 3INFA 4Y38A 5P12A 4JPEA 4ER4E 3D3TA 2H6TA 4FE6A 5P5VA 4FRIA 4A6BA 2V12C 1EPME 1MERA 3EL1A 5P2EA 5P41A 3UQUA 4YD5A 4Y35A 1XS7D 2RENA 3INEA 5P8UA 3AUPA 1EPQE 4DJOA 3UDQA 4YA8A 1EPOE 3O9LB 4ZSPA 4L1AA 2O4KA 1D4IA 5OYZA 3WZ7A 2PSVA 3MXEA 4J0VA 5AHAA 4L7HA 2V00A 1Q9PA 3HLOA 3DCKA 3GGVA 2ZJLA 5OYSA 2WKZA 2OAHA 1FQ6A 5P2AA 5P3ZA 1FQXA 3SPKA 3OQFA 2I4DA 3VF7A 3O9IA 1YTIA 4NKKA 3PSYA 1NPAA 4EXGA 5ENKA 2PQZA 1XN3A 3K1WA 4YCYA 3PHVA 1OEWA 5P0GA 1PSOE 3HDKA 3ZKQA 4RCFA 5AGZA 4ACUA 3D1YA 1SGUA 3NDWA 1HVIA 3RVIA 3NU3A 4QJ9A 5P76A 4Y4WA 5P8TA 2Q55A 3G72A 5P56A 5P4KA 1JLDA 3TL9A 5P1LA 3SA5A 3I25A 1SIVA 3VLBA 4FAFA 5OZEA 4Y3GA 3OU4B 5P6JA 3NWQA 1IIQA 5P07A 5P6NA 1HVRA 2R5QA 4Y3AA 2UPJA 3LPJA 5P58A 1HIHA 1SMEA 4Y4AA 4YD7A 1A94A 5P4BA 1MT7A 5P6LA 4GJCA 2QU2A 5P09A 2ZGAA 5P7QA 3KFNA 3FNTA 4DPFA 5P7SA 5P7KA 4JP9A 3BXRA 5P77A 5P65A 5P8FA 4F73A 1K6PA 3PLDA 4EYRA 2QI0A 1T6GA 2ER0E 3G6ZA 1YX9A 3FSMA 1SDUA 3APPA 4YOBA 1HPXA 4WY6A 1B6PA 1T7IA 5P1RA 5P32A 5KR8A 3EL4A 1HPVA 1FF0C 2PMAA 5P6HA 5P2OA 5P1KA 2G1NA 5P1EA 4Y51A 3IAWA 4K8SA 4B1CA 5P2LA 4J1EA 3OXVA 5P3JA 1RPIA 1LYAB 5P1FA 2R38A 5JFUA 5P78A 1IVPA 1KJ4A 4GJDA 5P79A 1HRNA 3QRSA 2O4PA 4Y4ZA 1B5FA 3KFPA 1FQ4A 2IGXA 2OHPA 4GJ7A 5P64A 2FDDA 3DCRA 3KM4A 4R95A 5P1OA 5APRE 2ZHSA 4RROA 5TOLA 3LZUA 5SZ9A 2NXLA 1B5FB 5P0AA 5P5QA 5P2XA 3Q4BA 3OGQA 3T6IA 1KJHA 2FNTA 1B6JA 5P3UA 5OZ2A 3PI0A 3WB4A 5HE7A 4J1IA 1ZPAA 5OZ6A 4B1DA 2P3DA 4F74A 5CONA 5P53A 4X2LA 3QBHA 9HVPA 3L3AA 4RZ1A 3PMUA 3IN3A 4ACXA 1META 4FM8A 2AOCA 3EM4A 3RU1A 4HEGA 1RNEA 5P8LA 4EJ8A 4GJ5A 5P46A 4FS4A 5P0BA 3PWWA 3VEUA 4DUSA 1SH9A 3D91A 4Y4DA 1XE6A 2JJJA 3NU4A 5P4GA 5COOA 1HVLA 5P3EA 2HAHA 1MSNA 5P0WA 5P72A 3L38A 1LF2A 4HLAA 4NPUA 4OD9A 1SIPA 3D1ZA 1LYBA 2AOHA 5P4XA 4Y5NA 2B7ZA 3JW2A 2IL2A 5P11A 3FIVA 4PHVA 2G27A 2FS4A 5KOSA 4Y4BA 2JYSA 5P2TA 1EBKC 1M43A 4DQGA 2ZDZA 1LYBB 3OADA 3QPJA 3CIDA 4QJ2A 2HC0A 4OBZB 2XYEA 5COPA 2NNKA 2A1EA 4Y5PA 2J9JA 5ENMA 2EWYA 5P7VA 1G35A 2QZLA 3U7SA 2WEDA 3LIYA 1A8GA 1YM2A 5P0TA 5C9DA 5P3BA 2PH8A 3INDA 5P88A 5P0YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2Y A;  3K5G A;  1PPM E;  5P1C A;  6APR E;  5IE1 A;  4MC2 A;  5P7P A;  4DPI A;  3ZKM A;  5P5X A;  2UXZ A;  5OYW A;  2PH6 A;  5P1G A;  1HVC A;  5P7H A;  4KB9 A;  5P7B A;  5P7Y A;  3URL A;  5P5O A;  2OHU A;  3UDK A;  4KE0 A;  4NPT A;  5P1P A;  4J0P A;  1APV E;  5P38 A;  4LXA A;  3BUF A;  5P63 A;  4Y5A A;  3EL0 A;  5HU0 A;  5P4H A;  4LL3 A;  1GNO A;  3ZKG A;  2FNS A;  4Y5K A;  3GGU A;  1HBV A;  4Y4T A;  4J1F A;  5P66 A;  2RKF A;  4J0Z A;  4H3J A;  4TRW A;  4Y4G A;  4Z2Z A;  1BIL A;  5OYR A;  1EC3 A;  1ZP8 A;  4RYC A;  5P1S A;  3KN0 A;  5P3P A;  5OZY A;  2WF0 A;  1U8G A;  2JE4 A;  4K4P A;  2VIE A;  3TNE A;  1GKT A;  1M4H A;  2AOD A;  1KZK A;  2A4F A;  4KUP A;  4GID A;  3TKG A;  2O40 A;  5I3X A;  4CPT A;  5HCO A;  1GNN A;  3K5F A;  1SDV A;  5P5K A;  1NH0 A;  3UQP A;  5P49 A;  1W5Y A;  2OHL A;  3VF5 A;  1MT8 A;  3VYF A;  2I4Q A;  3SAB A;  5P0J A;  3QAA A;  4Y5M A;  2NPH A;  1B11 A;  1RV7 A;  3LZV A;  1NSO A;  3NU9 A;  5P8P A;  5P6K A;  2OHM A;  1XDH A;  5DGW A;  1BXQ A;  3QRO A;  5HE5 A;  3KYR A;  3MSK A;  3I2L A;  4YE3 A;  2AQU A;  3NDT A;  5P2U A;  5P34 A;  4PPH A;  4YD4 A;  5P60 A;  1FLH A;  4HDP A;  3NR6 A;  3O9A A;  5C9F A;  3OUD A;  4Y5E A;  1ZAP A;  2WF4 A;  2VKM A;  4Y3E A;  5P3O A;  2VJ6 A;  3CKR A;  3SA3 A;  4J0T A;  4FM6 A;  5P3S A;  5P6C A;  1VIJ A;  4RCE A;  3PRS A;  3S7L A;  5FIV A;  1B6M A;  4I8Z A;  1T3R A;  2VS2 A;  1G2K A;  4FL8 A;  1IZD A;  3N4L A;  1RL8 A;  2OHK A;  4EHC A;  4TVH A;  4HZT A;  3OU1 B;  1ODX A;  2WJO A;  4B77 A;  5SY2 A;  1HTG A;  1MUI A;  3BUH A;  3MSL A;  2AOJ A;  4Y3S A;  3SA7 A;  3UCB A;  3K5C A;  4QJ8 A;  5P4E A;  2VIZ A;  1J71 A;  1UH7 A;  3O9G A;  1K6T A;  4Y37 A;  3D20 A;  1IDA A;  5OZF A;  2AVV A;  4L6B A;  5P0H A;  2ZJI A;  3PCZ A;  4I0F A;  1HTR B;  4I0J A;  4K9H A;  3U6A A;  4ZPG A;  5P13 A;  1GVV A;  1BXO A;  3UDP A;  2IRZ A;  5DQ2 A;  4AUC A;  1FQ7 A;  2G1Y A;  5P0S A;  5HDZ A;  2BB9 A;  1TW7 A;  5P62 A;  5KQZ A;  3ST5 A;  5P86 A;  1FFI C;  4LBT A;  1BIM A;  4RVX A;  4YOA A;  2R9B A;  1B6K A;  5P3N A;  2QNQ A;  2AVQ A;  3ZKS A;  3PM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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