The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
143
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sequence length |
386
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structure length |
382
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Chain Sequence |
SEFLKNPYSFYDTLRAVHPIYKGSFLKYPGWYVTGYEETAAILKDARFKVRTPLPESSTKYQDLSHVQNQMMLFQNQPDHRRLRTLASGAFTPRTTESYQPYIIETVHHLLDQVQGKKKMEVISDFAFPLASFVIANIIGVPEEDREQLKEWAASLIQTIDFTRSRKALTEGNIMAVQAMAYFKELIQKRKRHPQQDMISMLLKGDKLTEEEAASTCILLAIAGHETTVNLISNSVLCLLQHPEQLLKLRENPDLIGTAVEECLRYESPTQMTARVASEDIDICGVTIRQGEQVYLLLGAANRDPSIFTNPDVFDITRSPNPHLSFGHGHHVCLGSSLARLEAQIAINTLLQRMPSLNLADEWRYRPLFGFRALEELPVTFE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights from a P450 Carrier Protein complex reveal how specificity is achieved in the P450(BioI) ACP complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Acyl carrier protein
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| molecule tags |
Oxidoreductase/lipid transport
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
143
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| structure length |
382
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| sequence length |
386
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| chains with identical sequence |
D, F, H
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| ec nomenclature |
ec
1.14.14.46: Pimeloyl-[acyl-carrier protein] synthase. |
| pdb deposition date | 2008-09-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00067 | p450 | Cytochrome P450 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cytochrome p450 | Cytochrome p450 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EJE B; 3EJB B; 3EJD B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D0E A; 3KJM A; 3WRM A; 3G5H A; 1BU7 A; 1Z10 A; 4Z5Q A; 5A5I A; 4J6C A; 3NA1 A; 4GL5 A; 2VAO A; 5B2Y A; 5M0O A; 4D7D A; 3C0P A; 4BMM A; 2ZUI A; 5B2X A; 3QI8 A; 4WPZ A; 1Z8Q A; 2H7Q A; 2NNB A; 4XLO A; 4ZOH B; 1F24 A; 1SE6 A; 1OG2 A; 1LWL A; 3HF2 A; 4DUC A; 1AHU A; 3P6T A; 3AN1 A; 4WNV A; 3E5K A; 4TT5 A; 2VN0 A; 2W54 A; 1T86 A; 3E5L A; 3MDT A; 4BJK A; 1E8G A; 4L49 A; 4WNU A; 3A1L A; 3UA5 A; 4NKV A; 4EGP A; 3SWZ A; 4MGJ A; 5AE1 A; 3KSW A; 4MLA A; 2PG6 A; 3CBD A; 3AWP A; 2FR7 A; 4HGJ A; 1N5W C; 3AWQ A; 4B7D A; 2QPM A; 2XFH A; 3FW8 A; 3DSI A; 2WIO A; 1FIQ B; 1X8V A; 1EHG A; 2CA0 A; 2X2N A; 2Z3T A; 1F25 A; 2A1M A; 1EUP A; 3QOA A; 2X5L A; 2QKN A; 2UWH A; 3A51 A; 4KEW A; 2ZUH A; 4C9K A; 4NKW A; 4JWS A; 4G46 A; 3CP4 A; 5E9Z A; 3P6U A; 5AE2 A; 4L4D A; 3P6V A; 4UMZ A; 3L62 A; 4RM4 A; 3VNO A; 1GWI A; 1J51 A; 4KF0 A; 1T93 A; 1IWK A; 3NC6 A; 4L4C A; 3VRM A; 1SMI A; 2Z36 A; 4C9N A; 3NVW B; 1T88 A; 2IJ2 A; 2MBR A; 5FXE A; 3FWF A; 1W1O A; 2XN8 A; 3OIA A; 3G5F A; 5FOI A; 3P99 A; 2ROM A; 2RCM A; 4EJH A; 1PHE A; 4R21 A; 3W8Z A; 3G1Q A; 1JME A; 4TUV A; 4DUB A; 1LFK A; 2BVG A; 2BMH A; 1R9O A; 2FER A; 4R20 A; 3M4V A; 1FFV C; 2IJ5 A; 2RCH A; 4APY A; 4JAY A; 3DAX A; 3P3Z A; 1W1R A; 4E2P A; 1GJM A; 1UE8 A; 3OO3 A; 3TKT A; 2BDM A; 4C28 A; 1TQN A; 3K1O A; 2JJN A; 1DII A; 4K9X A; 4C0C A; 2X9P A; 3KOH A; 3BEN A; 3CY0 A; 4PVJ A; 5A1P A; 4OQS A; 4K9U A; 3S1D A; 4TX3 A; 1PHG A; 1P7R A; 5L1S A; 5AE3 A; 5HQX A; 2YJN B; 3RUK A; 4COH A; 2CPP A; 1JPZ A; 2VFV A; 2RFC A; 1JIP A; 1VAO A; 5ADZ A; 4CP4 A; 4I3Q A; 2NZ5 A; 3NC5 A; 4NKY A; 4PXH A; 1CMN A; 3A4Z A; 1N6B A; 3P6W A; 1CP4 A; 4TVF A; 4L0F A; 5HH3 A; 3KX3 A; 3DSK A; 1UXY A; 1W1M A; 3TX1 A; 1SMJ A; 3NA0 A; 4G3J A; 3TIK A; 5L1T A; 4RSN A; 1IWI A; 1DZ8 A; 2FDU A; 1ROM A; 4DUD A; 2VFR A; 4O4P A; 2FDV A; 4XRY A; 4BCA A; 2XBK A; 4I8V A; 3W9C A; 3E4E A; 5HIW A; 1N4G A; 5TE8 A; 3TSJ A; 1LG9 A; 5A5J A; 2QBO A; 5JQ2 A; 1NR6 A; 2WM4 A; 2F9Q A; 3IVY A; 4UQH A; 3TK3 A; 4L4F A; 4L4A A; 3NVV B; 3ABA A; 5IUZ A; 3VOO A; 4ZGX A; 1P0W A; 1BVY A; 3EBS A; 5IBJ A; 2EXR A; 2FDY A; 3IBD A; 3IW2 A; 3C6G A; 5LIV A; 5JQU A; 4RRT A; 4KTK A; 4DU2 A; 5E78 A; 5L91 A; 3S79 A; 3TJS A; 4ZF8 A; 5L94 A; 3FWA A; 2YCA A; 4EGN A; 3P3X A; 5IBG A; 4KPB A; 1I19 A; 3D2H A; 2C7X A; 4L0E A; 3V8D A; 5HDI A; 4JWU A; 4DUF A; 2XKR A; 3FWI A; 5M0N A; 1EHE A; 1WVE A; 3B6H A; 4CK8 A; 3E5J A; 3P6O A; 5E58 A; 2Y46 A; 5JKW A; 2D09 A; 3R9B A; 1ZOA A; 3EL3 A; 4I91 A; 2HPD A; 2X80 A; 1ZO4 A; 3CZH A; 3UA1 A; 1HSK A; 3ZG2 A; 2VFU A; 3EQM A; 3EJB B; 4WQJ A; 1QLU A; 3MDR A; 3QU8 A; 4KEY A; 1N5X A; 1T2B A; 1DIQ A; 1N60 C; 1MBB A; 3EJE B; 3KHM A; 1P2Y A; 1Q5E A; 4DNJ A; 4FDH A; 3P6R A; 3T3S A; 1N62 C; 3NC7 A; 3RWL A; 3WEC A; 1IZO A; 2W3R A; 1CPT A; 3DSJ A; 1IO9 A; 2C6H A; 2FE6 A; 5JQV A; 2WGY A; 3P6P A; 2JJO A; 3TYW A; 3DBM A; 3NPL A; 3ZPI A; 4OQR A; 5M0O C; 1N63 C; 4EC3 A; 5HHZ A; 4NZ2 A; 3JUV A; 4IQ7 A; 3A50 A; 5CP4 A; 3VTE A; 5L90 A; 1E8F A; 4H1N A; 1WIY A; 1WVF A; 4PVK A; 4C27 A; 4HGI A; 1JRO A; 1T87 A; 2IJ4 A; 3FWJ A; 3NV5 A; 2J1M A; 1F4T A; 2ZAW A; 2M56 A; 3ZG3 A; 3CY1 A; 5LIE A; 4MM0 A; 5FXF A; 4G47 A; 3PM9 A; 3DGI A; 1JIO A; 2WIV A; 3NC3 A; 5GXG A; 1PHD A; 1PHB A; 4DNS A; 3P6Q A; 3T3Z A; 3K9Y A; 1W1S A; 4DVQ A; 1W0G A; 3O1A A; 5JL7 A; 2Q9G A; 2QBM A; 3WRK A; 4TPN A; 3L61 A; 1VDV A; 3ABB A; 2LQD A; 4J6D A; 2GQT A; 3D2D A; 2ZWU A; 4L36 A; 5IKI A; 3L4D A; 1ULW A; 3WRJ A; 3GW9 A; 5M0P A; 4DXY A; 2VE4 A; 4HGH A; 2PG5 A; 4EGO A; 2WUZ A; 2FDW A; 5B2W A; 2WHF A; 2CD8 A; 3MVR A; 4H6O A; 5CJE A; 1JFC A; 4CKA A; 5L1W A; 3CV8 A; 4G1X A; 1GEK A; 3OFU A; 4D75 A; 1N97 A; 3OFT A; 4L4G A; 3MZS A; 4DUA A; 3AM9 A; 1YQP A; 2ZQX A; 3N9Y A; 1WYG A; 3CXX A; 1Z11 A; 4R1Z A; 2WHW A; 2V0M A; 3BUJ A; 4TRI A; 2BVJ A; 3EJD B; 1XQD A; 5E0E A; 4I4G A; 4KF2 A; 4KTF A; 5LI8 A; 3I99 A; 5D79 A; 1H5Z A; 2YGX A; 2CIB A; 2ZWT A; 1Z8O A; 3CV9 A; 4C9L A; 2NZA A; 1YQO A; 2Y5Z A; 5KYO A; 2ZBY A; 3OL5 A; 5AJR A; 1IO7 A; 1MPW A; 5IBE A; 4G7G A; 3MGX A; 3LXI A; 1AHV A; 4KTL A; 4BC7 A; 2WIY A; 4G48 A; 3T3Q A; 1QMQ A; 5BV5 A; 4L6G A; 1IWJ A; 4WNT A; 2VE3 A; 3LC4 A; 2QBL A; 5A1R A; 5LI7 A; 5IBF A; 1GEM A; 1E8H A; 1DZ4 A; 4C9P A; 2Z97 A; 4UD8 A; 1U13 A; 3NXU A; 2WM5 A; 2WX2 A; 3A4H A; 3A4G A; 1CMJ A; 4B7S A; 1F0X A; 4PWB A; 1C8J A; 3WRL A; 1PHA A; 1Z8P A; 1PHC A; 2W0A A; 3SN5 A; 3WVS A; 2J0D A; 2DKK A; 3G93 A; 4DNZ A; 4ZDZ A; 1LGF A; 1F4U A; 5JL6 A; 4AW3 A; 4C9O A; 1EHF A; 1EGY A; 5E7Y A; 3NVZ B; 2VFT A; 3MDV A; 1PKF A; 1E0Y A; 5FXP A; 3WSP A; 3ZKP A; 3P6S A; 3W8X A; 3R1A A; 4EJG A; 2Q4W A; 3CXY A; 4FB2 A; 4GGV A; 2GQX A; 2VZ7 A; 4J6B A; 2J4S A; 4G45 A; 4L4E A; 3P6M A; 2IJ7 A; 4TPO A; 3TDA A; 5IK1 A; 3FW9 A; 5L1V A; 2XC3 A; 1AKD A; 3QM4 A; 1FFU C; 3S1E A; 2A1O A; 4H23 A; 4DTZ A; 4HGF A; 4Y8W A; 6CPP A; 4YZR A; 3R1B A; 4KKY X; 4PVE A; 4XE3 A; 3DQ0 A; 4PWC A; 2NNI A; 2UVN A; 5LI6 A; 4ML8 A; 4CPP A; 2ZQJ A; 3R9C A; 3ME6 A; 5CWE A; 1MBT A; 1PHF A; 1GEB A; 4D6Z A; 3NRZ B; 4GQS A; 1DZ9 A; 1W0E A; 4WG2 A; 5DQN A; 4PVH A; 2IAG A; 3AMZ A; 3LXH A; 2ZAX A; 2IJ3 A; 1PO5 A; 4GL7 A; 4L40 A; 3WRH A; 3E6I A; 1ZR6 A; 4EP6 A; 2CI0 A; 1OXA A; 5IUT A; 5IRV A; 3P6N A; 2BVH A; 1V97 A; 2W3S A; 3CPP A; 4EJI A; 1EA1 A; 5DE9 A; 2L8M A; 4IQ9 A; 5DYP A; 1FO4 A; 1E9X A; 4LHT A; 4PZF A; 1F26 A; 1UED A; 5L92 A; 4JX1 A; 4Z5P A; 3PSX A; 4CK9 A; 3B99 A; 2A1N A; 3K9V A; 5D40 A; 2W0B A; 4FYZ A; 4KTJ A; 4L77 A; 3B4X A; 3IW1 A; 3MDM A; 6CP4 A; 1W0F A; 4BY0 A; 3N9Z A; 5FXD A; 1GEI A; 4UAX A; 3NS1 B; 2NNH A; 5IRQ A; 4XRZ A; 1RE9 A; 3P3O A; 5L1U A; 4ICT A; 1AHZ A; 3KW4 A; 1GEJ A; 1DZN A; 4JLT A; 2H7S A; 1QLT A; 2VFS A; 3CLI A; 3P3L A; 4WQ0 A; 4ZFB A; 5EM4 A; 7CPP A; 4ZFA A; 4BBY A; 4H24 A; 5L1O A; 3EUB 3; 4BF4 A; 3GPH A; 1JFB A; 5IBD A; 3CXV A; 5IT1 A; 4K9W A; 3EKB A; 2Q85 A; 3TBG A; 3NV6 A; 1P0X A; 2I0K A; 3EKD A; 1W1L A; 1P0V A; 4D78 A; 4JBT A; 1W1K A; 3BE0 A; 1JIN A; 4I4H A; 3S1F A; 5EDT A; 1SUO A; 4ZF6 A; 4EGM A; 2HI4 A; 4IPW A; 3DL9 A; 3FW7 A; 2AXR A; 5JL9 A; 4L4B A; 5CPP A; 1T3Q C; 2WI9 A; 5JKV A; 2ZBX A; 4G3R A; 2WV2 A; 3S7S A; 2UUQ A; 3TZO A; 1O76 A; 5L1R A; 4UBS A; 4UVR A; 2BVF A; 3KX5 A; 3BW7 A; 2NNJ A; 3KX4 A; 1NOO A; 3D2J A; 2Y5N A; 4PWV A; 4EK1 A; 1FAG A; 3IW0 A; 4DO1 A; 2Z3U A; 2FRZ A; 2Q6N A; 2VZM A; 2Q9F A; 1S1F A; 2P85 A; 1IO8 A; 4FIA A; 4G44 A; 4IPS A; 1FAH A; 3B9J B; 1PQ2 A; 5IBH A; 1ODO A; 4WNW A; 4K9T A; 4PYT A; 4BC9 A; 2JJP A; 3VM4 A; 2VKU A; 2Y98 A; 1W1J A; 5DYZ A; 2RCL A; 4JB1 A; 2QBN A; 1N61 C; 1Q5D A; 1DT6 A; 5JTD A; 3AWM A; 2X7Y A; 2ZBZ A; 4J14 A; 3UAS A; 1UYU A; 3SR6 B; 1ZO9 A; 5L1Q A; 2RFB A; 3GSY A; 3ZBY A; 4ZV8 A; 2BZ9 A; 3VTJ A; 3P6X A; 3G5N A; 4K9V A; 3S1C A; 2PG7 A; 2W09 A; 5HMR A; 1RF9 A; 3TMZ A; 2FEU A; 1CL6 A; 2GR6 A; 2X5W A; 4EJJ A; 3FWG A; 4YT3 A; 3DBG A; 5D3U A; 4FMX A; 4KQ8 A; 4DTY A; 1W1Q A; 4DUE A; 5B2V A; 3WRI A; 3W8W A; 3ETR B; 4O95 A; 4WPD A; 3L63 A; 2ZUJ A; 3ZK5 A; 4ENH A; 8CPP A; 5L1P A; 3EKF A; 1OG5 A; 4NKX A; 1N40 A; 4KPA A; 1YRD A; 2WH8 A; 3B98 A; 3QZ1 A; 3JS8 A; 1YRC A; 4L54 A; 1DZ6 A; 4DTW A; 5B2U A; 4C9M A; 5EX6 A; 3DAN A; 4NKZ A; 2H7R A; 3PM0 A; 4NY4 A; 3ZSN A; 3JUS A; 4RUI A; 1K2O A; 2YOO A; 3CXZ A; 3NVY B; 1GED A; 4G2G A; 4RQL A; 1ZXI C; 3T3R A; 2E3T A; 3BDZ A; 2CP4 A; 2W55 A; 4HGG A; 1T85 A; 5IBI A; 3TSH A; 3LD6 A; 4FXB A; 2GQU A; 3DAM A; 4OAL A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2D0E A; 3WRM A; 3G5H A; 1BU7 A; 1Z10 A; 4Z5Q A; 5A5I A; 4J6C A; 3NA1 A; 4GL5 A; 5B2Y A; 5M0O A; 4D7D A; 4BMM A; 2ZUI A; 5B2X A; 3QI8 A; 4WPZ A; 1Z8Q A; 2H7Q A; 2NNB A; 1F24 A; 1SE6 A; 1OG2 A; 1LWL A; 3HF2 A; 4DUC A; 3P6T A; 4WNV A; 3E5K A; 4TT5 A; 2VN0 A; 1T86 A; 3E5L A; 3MDT A; 4BJK A; 4L49 A; 4WNU A; 3A1L A; 3UA5 A; 4NKV A; 4EGP A; 3SWZ A; 4MGJ A; 3KSW A; 2PG6 A; 3CBD A; 3AWP A; 2FR7 A; 4HGJ A; 3AWQ A; 4B7D A; 2XFH A; 3DSI A; 2WIO A; 1X8V A; 1EHG A; 2CA0 A; 2X2N A; 2Z3T A; 1F25 A; 2A1M A; 1EUP A; 3QOA A; 2X5L A; 2UWH A; 3A51 A; 4KEW A; 2ZUH A; 4C9K A; 4NKW A; 4JWS A; 4G46 A; 3CP4 A; 5E9Z A; 3P6U A; 4L4D A; 3P6V A; 4UMZ A; 3L62 A; 4RM4 A; 3VNO A; 1GWI A; 1J51 A; 4KF0 A; 1T93 A; 1IWK A; 3NC6 A; 4L4C A; 3VRM A; 1SMI A; 2Z36 A; 4C9N A; 3NVW B; 1T88 A; 2IJ2 A; 3FWF A; 2XN8 A; 3OIA A; 3G5F A; 5FOI A; 3P99 A; 2ROM A; 2RCM A; 4EJH A; 1PHE A; 4R21 A; 3G1Q A; 1JME A; 4TUV A; 4DUB A; 1LFK A; 2BMH A; 1R9O A; 2FER A; 4R20 A; 3M4V A; 2IJ5 A; 2RCH A; 4APY A; 3DAX A; 3P3Z A; 4E2P A; 1GJM A; 1UE8 A; 3OO3 A; 3TKT A; 2BDM A; 4C28 A; 1TQN A; 3K1O A; 2JJN A; 4K9X A; 4C0C A; 2X9P A; 3KOH A; 3BEN A; 3CY0 A; 5A1P A; 4OQS A; 4K9U A; 4TX3 A; 1PHG A; 1P7R A; 5L1S A; 2YJN B; 3RUK A; 4COH A; 2CPP A; 1JPZ A; 2RFC A; 1JIP A; 4CP4 A; 4I3Q A; 2NZ5 A; 3NC5 A; 4NKY A; 4PXH A; 1CMN A; 3A4Z A; 1N6B A; 3P6W A; 1CP4 A; 4TVF A; 4L0F A; 5HH3 A; 3KX3 A; 3DSK A; 1SMJ A; 3NA0 A; 4G3J A; 3TIK A; 5L1T A; 4RSN A; 1IWI A; 1DZ8 A; 2FDU A; 1ROM A; 4DUD A; 4O4P A; 2FDV A; 4XRY A; 2XBK A; 4I8V A; 3W9C A; 3E4E A; 5HIW A; 1N4G A; 5TE8 A; 1LG9 A; 5A5J A; 2QBO A; 5JQ2 A; 1NR6 A; 2WM4 A; 2F9Q A; 3IVY A; 4UQH A; 3TK3 A; 4L4F A; 4L4A A; 3NVV B; 3ABA A; 5IUZ A; 3VOO A; 4ZGX A; 1P0W A; 1BVY A; 3EBS A; 5IBJ A; 2FDY A; 3IBD A; 3IW2 A; 3C6G A; 5LIV A; 5JQU A; 4RRT A; 4KTK A; 4DU2 A; 5E78 A; 5L91 A; 3S79 A; 3TJS A; 4ZF8 A; 5L94 A; 2YCA A; 4EGN A; 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