The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
445
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sequence length |
1316
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structure length |
1291
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Chain Sequence |
ADELVFFVNGKKVVEKNADPETTLLVYLRRKLGLCGTKLGCGEGGCGACTVMISKYDRLQNKIVHFSVNACLAPICSLHHVAVTTVEGIGNTQKLHPVQERIARSHGSQCGFCTPGIVMSMYTLLRNQPEPTVEEIENAFQGNLCRCTGYRPILQGFRTFAKDSPSLFNPEDFKPLDPTQEPIFPPELLRLKDTPQKKLRFEGERVTWIQASTMEELLDLKAQHPDAKLVVGNTEIGIEMKFKNMLFPLIVCPAWIPELNSVVHGPEGISFGASCPLSLVESVLAEEIAKLPEQKTEVFRGVMEQLRALAGKQVKSVASIGGNIITASPISDLNPVFMASGAKLTLVSRGTRRTVRMDHTFFPGYRKTLLRPEEILLSIEIPYSKEGEFFSAFKQASRREDDIAKVTSGMRVLFKPGTIEVQELSLCFGGMADRTISALKTTPKQLSKSWNEELLQSVCAGLAEELQLAPDAPGGMVEFRRTLTLSFFFKFYLTVLQKLGRADLEDMCGKLDPTFASATLLFQKDPPANVQLFQEVPKDQSEEDMVGRPLPHLAANMQASGEAVYCDDIPRYENELSLRLVTSTRAHAKITSIDTSEAKKVPGFVCFLTAEDVPNSNATGLFNDETVFAKDEVTCVGHIIGAVVADTPEHAQRAARGVKITYEDLPAIITIQDAINNNSFYGSEIKIEKGDLKKGFSEADNVVSGELYIGGQEHFYLETNCTIAVPKGEAGEMELFVSTQNTMKTQSFVAKMLGVPDNRIVVRVKRMGGGFGGKETRSTVVSTALALAAHKTGRPVRCMLDRDEDMLITGGRHPFLAKYKVGFMKTGTVVALEVAHFSNGGNTEDLSRSIMERALFHMDNAYKIPNIRGTGRICKTNLPSNTAFRGFGGPQGMLIAEYWMSEVAITCGLPAEEVRRKNMYKEGDLTHFNQKLEGFTLPRCWDECIASSQYLARKREVEKFNRENCWKKRGLCIIPTKFGISFTLPFLNQGGALVHVYTDGSVLLTHGGTEMGQGLHTKMVQVASRALKIPTSKIHISETSTNTVPNTSPTAASASADLNGQGVYEACQTILKRLEPFKKKKPTGPWEAWVMDAYTSAVSLSATGFYKTPNLGYSFETNSGNPFHYFSYGVACSEVEIDCLTGDHKNLRTDIVMDVGSSLNPAIDIGQVEGAFVQGLGLFTMEELHYSPEGSLHTRGPSTYKIPAFGSIPIEFRVSLLRDCPNKRAIYASKAVGEPPLFLASSIFFAIKDAIRAARAQHGDNAKQLFQLDSPATPEKIRNACVDQFTTLCVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Two mutations convert mammalian xanthine oxidoreductase to highly superoxide-productive xanthine oxidase
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Xanthine dehydrogenase/oxidase
|
molecule tags |
Oxidoreductase
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source organism |
Rattus norvegicus
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total genus |
445
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structure length |
1291
|
sequence length |
1316
|
chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature |
ec
1.17.1.4: Xanthine dehydrogenase. |
pdb deposition date | 2006-11-28 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00111 | Fer2 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
A | PF00941 | FAD_binding_5 | FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase |
A | PF01315 | Ald_Xan_dh_C | Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain |
A | PF01799 | Fer2_2 | [2Fe-2S] binding domain |
A | PF02738 | Ald_Xan_dh_C2 | Molybdopterin-binding domain of aldehyde dehydrogenase |
A | PF03450 | CO_deh_flav_C | CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | [2Fe-2S]-binding domain | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Enolase-like; domain 1 | CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FM0 D; 3CIR B; 5FXD A; 5C3J B; 2WU2 B; 1N63 B; 1YJJ A; 1RM6 B; 2Q5W D; 3P1M A; 1SB3 B; 1NYR A; 4YSX B; 3W9C B; 2N0S B; 1HSK A; 4MLA A; 3DWM A; 5H92 C; 3D2J A; 3BII D; 3PM9 A; 2QJL A; 5G5G A; 5G5H A; 2WDQ B; 4YSY B; 4PWC A; 1YQ3 B; 3NVY C; 2PLI A; 4C80 A; 3VRB B; 3HVZ A; 1E10 A; 3NVZ B; 3HUI A; 2O3G A; 2WP9 B; 2OHF A; 3W8X A; 3AE3 B; 1MBB A; 1OQR A; 1RFK A; 3P63 A; 4ZOH C; 4BC9 A; 1AHV A; 3AE6 B; 4FXC A; 2BS4 B; 2CJO A; 2WDV B; 1X2G A; 1T3Q A; 3HRD A; 3AEC B; 4US8 A; 3FW8 A; 3AE4 B; 4DNS A; 1NEK B; 1OFF A; 2JQR B; 1N5W B; 1JAL A; 1UWM A; 2BVF A; 1W1O A; 4O95 A; 3NS1 B; 3AEE B; 3KJM A; 4XLO A; 3TSH A; 2W55 A; 1DII A; 3W5U B; 3FWA A; 1E7P B; 4EC3 A; 1N62 B; 3NRZ B; 1FXI A; 1N61 B; 2AX5 A; 3NVW A; 4PZF A; 1FIQ B; 1QLT A; 1L0V B; 1JW9 D; 1ZUD 2; 1N60 C; 5HQX A; 1MBT A; 3AE8 B; 2I0K A; 4US9 A; 3AEB B; 1WVF A; 3FC4 A; 3B9J B; 5H8Y E; 4BCA A; 1FRR A; 2W3R A; 4KX6 B; 4HRO A; 1QOF A; 1E8H A; 3NVV A; 3TSJ A; 3L4P A; 2WS3 B; 5FXP A; 3AH7 A; 3RPF C; 1GPX A; 3AB5 A; 4ZOH A; 3P4S B; 1E8G A; 3AN1 A; 1ROE A; 1N63 C; 2R8D A; 4BC7 A; 2E5A A; 2RK5 A; 4N59 A; 1WVE A; 5G5G B; 5G5H B; 1DIQ A; 2VFU A; 4ITK A; 3SFD B; 4JB1 A; 3B2G A; 3FAH A; 2P4P A; 5EE3 A; 3PO0 A; 2NQW A; 3LAE A; 1JRO A; 3KWL A; 1XLP A; 2PKO A; 1UXY A; 1QOA A; 3A7A A; 1PFD A; 1FFV A; 1QF6 A; 1FMA D; 2ACZ B; 2YVS A; 4PYT A; 2QPM A; 1JWA D; 3HRD B; 1F0Z A; 2MJD A; 1PDX A; 1AYF A; 1DOY A; 2K9X A; 3A7U A; 1XLQ A; 1VQZ A; 2P13 A; 2M56 B; 2R2Z A; 1QLU A; 2BT6 A; 3EUB 2; 2W55 B; 1VAO A; 2EKI A; 1N5X A; 3NS1 C; 4WWM A; 2BS3 B; 2BVG A; 1W1S A; 2GQT A; 2CU3 A; 3VTE A; 3NVW B; 1N62 C; 3NRZ C; 3AMZ A; 1N61 C; 2JX5 A; 1W1Q A; 1W1M A; 3AE1 B; 1NI3 A; 3AEF B; 1W1K A; 1L5P A; 2BS2 B; 1VDV A; 3P4P B; 3ABV B; 3AED B; 1J7A A; 4YXD B; 1TKE A; 2W3R B; 3BW7 A; 2W3S A; 4PVE A; 3NVV B; 2WDR B; 4BBY A; 1WXQ A; 3AM9 A; 2W54 A; 1ZXI A; 1EWY C; 2MJ3 A; 1ZP0 B; 1DZN A; 1RYJ A; 3WCQ A; 4IDI A; 5D79 A; 4ZOH B; 1JQ4 A; 1V8C A; 2PVO D; 3LLB A; 1DOI A; 3P4Q B; 3AE2 B; 1QOG A; 3ETR C; 3AE9 B; 2WQY B; 3SR6 C; 3A7R A; 4WQM A; 5AE3 A; 2K5P A; 3NVY A; 5EE9 A; 3CWI A; 1DOX A; 1SF0 A; 2PVG C; 5EE1 A; 2FBW B; 2Y5C A; 3LXF A; 1TYG B; 2VFS A; 4JWS C; 4YTN B; 1A70 A; 1FFU C; 1NEN B; 1IUE A; 2H88 B; 2G1E A; 1JRO B; 5EE0 A; 3S1D A; 3HRD D; 5AUI A; 2EXR A; 1E0Y A; 1FFV B; 2L83 A; 4A9A A; 1RM6 C; 2BVH A; 5AE2 A; 1SB3 C; 4YSZ B; 3W8W A; 2QIE B; 1L6U A; 1JWB D; 2WU5 B; 3AV8 A; 4JWU C; 3W8Z A; 1VJK A; 4YTM B; 1WGK A; 1L6V A; 2LEK A; 2WLB A; 3NVZ C; 1J7C A; 3S1F A; 2Q4W A; 3VR8 B; 3VRA B; 3DWG C; 1XLN A; 5FXE A; 1W1R A; 1N60 A; 3FW9 A; 1TKY A; 2B76 B; 3AEG B; 1V97 A; 1WRI A; 1XLO A; 3ETR A; 1KFY B; 2E3T A; 4JAY A; 1CZP A; 2DBY A; 3I99 A; 3SR6 A; 2MJE A; 3SFE B; 4N6E B; 1N5W C; 2QKN A; 4UD8 A; 2W3S B; 1GAQ B; 3D2H A; 1I7H A; 4HG0 A; 2W54 B; 1ZXI B; 1JRP A; 1XO3 A; 1FFU A; 1DGJ A; 1NVI D; 1R7S A; 2HTM E; 3AE7 B; 1ZR6 A; 3NVV C; 3DED A; 4PVJ A; 5AE1 A; 2VFV A; 1KF6 B; 2PIA A; 4C7Y A; 1FIQ C; 1TJE A; 1KRH A; 1E6E B; 4ZHP A; 2K22 A; 4ML8 A; 1B9R A; 1E0Z A; 1RWS A; 1N63 A; 4YTP B; 1E8F A; 1W1J A; 1RM6 A; 1SB3 A; 3B9J C; 1NYQ A; 3JS8 A; 1F0X A; 4C7Z A; 3NVY B; 1AWD A; 3S1C A; 2H89 B; 4PVK A; 2VAO A; 1QLB B; 2AXR A; 1AHU A; 3NVZ A; 3S1E A; 5ADZ A; 3W5V B; 4LTU A; 4PWB A; 5C2T B; 1ZOY B; 4TVY A; 1FXA A; 3EUB 4; 4TVW A; 1FO4 A; 3VR9 B; 3AEA B; 1FFV C; 3DQ0 A; 5AUK A; 2OAI A; 4P6V F; 4N58 A; 1X2H A; 2L52 A; 1E9M A; 5GXG B; 3AE5 B; 1AHZ A; 2P3H A; 1I19 A; 2GQU A; 1N5W A; 4OAL A; 5HHZ A; 1QOB A; 3NS1 A; 4ZHO A; 2MH7 A; 3D2D A; 4USA A; 1YQ4 B; 3TX1 A; 2KAJ A; 2PLS A; 1N62 A; 2DWQ A; 3NRZ A; 3C0P A; 3B2F A; 2Q85 A; 1N61 A; 5FXF A; 1N60 B; 3GSY A; 1FIQ A; 4PVH A; 1PUT A; 3P4R B; 5HMR A; 2MBR A; 1SIJ A; 3ETR B; 1T3Q C; 3HRD C; 5MPO A; 4JX1 C; 4YT0 B; 3EUB 3; 3ZYY X; 3SR6 B; 3B9J A; 1WWT A; 2KMM A; 2M19 A; 1J7B A; 1TKG A; 3FW7 A; 1VLB A; 1WYG A; 3LB8 C; 1W1L A; 1YJI A; 1OQQ A; 1FRD A; 1QT9 A; 1JRP B; 1FFU B; 3R07 C; 2VFR A; 4HRS A; 1ZXI C; 2VFT A; 1CJE A; 2CJN A; 3NVW C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KX3 A; 1BVS A; 3RT3 B; 5AI5 A; 3PV8 A; 2WU2 B; 4H4U A; 1TAM A; 3VCB A; 5L1M A; 4WFB J; 1RM6 B; 2Q5W D; 2RGF A; 1ZDV A; 4GGQ A; 4EX7 A; 1ZQD A; 3RB0 A; 1F2R I; 1YQB A; 5FK9 C; 4F1S A; 2Y1J A; 5JH5 C; 2GBK A; 4NXZ A; 2N1V A; 4DFP A; 4ED0 A; 1FNU A; 2JU6 X; 4ANU A; 2LM4 A; 5ALG A; 2OJW A; 1EU4 A; 1I4R A; 3DWM A; 4MLA A; 2CPR A; 4JV2 A; 2K0P A; 1T3N A; 1UEL A; 1Z1V A; 2BGW A; 2YLM A; 4YMN A; 2K8C B; 2QJL A; 3BII D; 2WDQ B; 2PLI A; 4HPP A; 3KUM A; 4RQ3 A; 4C80 A; 4KLE A; 4H4R A; 4P4M A; 4DXG A; 3C1Y A; 1P7F A; 4CGZ A; 3SEB A; 5HKH A; 4EQW A; 1S76 D; 1WM3 A; 3VQI A; 2B7Q A; 3HUI A; 2O3G A; 2WP9 B; 1O4U A; 3VH4 B; 4IOC J; 2J42 A; 4P16 A; 3BZK A; 4DF4 A; 4W9C A; 4ZDV A; 4ROP A; 1NK9 A; 1RFK A; 3C0R B; 3SD7 A; 5KFD A; 4BC9 A; 4H4Q A; 1F0M A; 3SN4 A; 5HFY A; 4MEY A; 3MY9 A; 1CI4 A; 3QYP A; 5ALV A; 2W43 A; 1QSL A; 3HIL A; 2N9P C; 2ZUB A; 4DNA A; 4QWA A; 3ZQ4 A; 1GV4 A; 5DM7 J; 1BGX T; 1X2G A; 5ALQ A; 4DWF A; 1NK7 A; 3K9O B; 5D3D A; 5KT7 A; 2V0G A; 1J97 A; 4US8 A; 2Y08 A; 3WKE A; 1SJH D; 1T5X D; 2JQR B; 1N5W B; 2LFI A; 1JAL A; 3J7Z M; 1L7O A; 2XCA A; 2OOB B; 4UAS A; 4P0Q B; 1IM4 A; 2KEY A; 2RHF A; 4Z17 A; 2WK5 A; 2UU7 A; 5FS9 A; 1ED1 A; 4MGY E; 3PRZ A; 1TZ1 A; 3UIN B; 3U4E G; 1Q5W B; 3NY5 A; 3TAR A; 3ZTC A; 4XLO A; 5JRT A; 1TTN A; 5KFF A; 2OKT A; 3FWA A; 1E7P B; 4PHE A; 3NTU A; 2AL1 A; 3UCC A; 3BQ1 A; 2KTF A; 4WFN J; 1MFW A; 4I2H A; 2NO5 A; 3NRZ B; 2ASL A; 3ZLF A; 2AQ2 B; 2FID A; 1X1M A; 4O3Q A; 4QZA A; 2LVQ A; 3DVG Y; 3DFH A; 1F2R C; 5EDS A; 4KPL A; 2MBQ A; 7ICV A; 2LBO A; 2YB4 A; 3PW0 A; 2W8L A; 1WXM A; 3DER A; 1ZUD 2; 1N60 C; 4P0P B; 4P1B C; 3TEW A; 2OFJ A; 4DL2 A; 2DKZ A; 1J2N A; 2PMZ F; 5J0P A; 2DYM A; 3AEB B; 5AYX A; 5E79 U; 3FCP A; 3B9J B; 2CHR A; 2R8K A; 3UGV A; 5GAH N; 2C60 A; 3RNE C; 2J52 A; 3QZ8 A; 1FRR A; 4CQN A; 2M0A A; 4YWG G; 1ZDL A; 3TQP A; 1IGC A; 3M8R A; 1YJ1 A; 3PFR A; 2OXO A; 3ZJU A; 4CF3 A; 4RNM A; 2XH4 A; 1SE2 A; 3NGD A; 1QSS A; 9ICP A; 1QOF A; 3IJQ A; 1RXV A; 1L4D B; 2ZTD A; 2GRI A; 4TUS A; 4II3 B; 1ZK7 A; 3F5E A; 1ESF A; 3JVZ X; 4FS1 A; 4I2I A; 2JV3 A; 2LAS A; 3W1S A; 5ALZ A; 1ZRN A; 9ICR A; 2KTR B; 2GOW A; 2LGI A; 3IAM 1; 1AOG A; 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4UAY A; 1JWA D; 2QPM A; 1V9P A; 2K4H A; 9ICO A; 3X23 A; 2LVP A; 1WX8 A; 1F0Z A; 4HYR A; 2KQ7 A; 2MJD A; 1M1K J; 4YXJ A; 4DCC A; 1I4G A; 2P8C A; 3U52 E; 3V3X A; 1VQM H; 2FMS A; 2JT4 B; 1VQZ A; 2JEJ A; 4DXF A; 4BVU C; 2R2Z A; 3UM9 A; 4QAY A; 2BT6 A; 1YTE A; 4CF5 A; 3HSU A; 4GXJ A; 1OGW A; 3T8M A; 5D2M B; 4O3M A; 4NM1 A; 2LGX A; 3SJN A; 3TJ4 A; 3CXO A; 1N5X A; 5HHI A; 4M0A A; 2WK6 A; 5ALO A; 4OZB A; 4WWM A; 4KGS A; 1S97 A; 5JCN A; 2BS3 B; 5FR6 A; 2MBO A; 4B9S A; 4RF1 A; 4M9N A; 4OW0 A; 1D3Z A; 2GQT A; 2CU3 A; 1CK1 A; 4NLG A; 4HN8 A; 4LK0 M; 1ZD5 A; 4YYY A; 1N8R J; 4HCD A; 3NRZ C; 2V9H A; 3D2N A; 3RIT A; 2X38 A; 2LHD A; 2Y3R A; 2JX5 A; 3RF9 A; 2HHX A; 4PH5 A; 3GIK A; 5IN7 A; 1W1K A; 1RYR A; 5FR3 A; 3PO4 A; 3UIO B; 4FBU A; 2QB1 A; 2KK0 A; 7ICI A; 3A33 B; 3Q8C A; 1L5P A; 4DBG A; 2ONE A; 2V3A A; 4QZC A; 1KBU A; 3ABV B; 5AKX A; 4YXD B; 1TKE A; 3MHZ A; 2KWD A; 2R8J A; 2WXJ A; 4BJQ A; 4RT3 A; 2DGZ A; 1VR9 A; 5ALP A; 2KX3 A; 1Q8K A; 3V6E B; 3CCJ H; 5DBC A; 2GBM A; 2LI6 A; 2QJN A; 1VQ6 H; 3LWM A; 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