The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
165
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structure length |
165
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Chain Sequence |
GPLGSMDSPPEGYRRNVGICLMNNDKKIFAASRLDIPDAWQMPQGGIDEGEDPRNAAIRELREETGVTSAEVIAEVPYWLTYDFPPKVREKLNIQWGSDWKGQAQKWFLFKFTGQDQEINLLGDGSEKPEFGEWSWVTPEQLIDLTVEFKKPVYKEVLSVFAPHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of Ap(4)A hydrolase complexed with ATP-MgF(x) reveals the basis of substrate binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
diadenosine 5',5'''-P1,P4-tetraphosphate hydrolase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Lupinus angustifolius
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| total genus |
27
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| structure length |
165
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| sequence length |
165
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| ec nomenclature |
ec
3.6.1.17: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical). |
| pdb deposition date | 2001-07-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VK6 A; 3FCM A; 4KG3 A; 5ANU A; 2PQV A; 1VIU A; 2VNP A; 3F13 A; 3GWY A; 3U53 A; 3X0L A; 5ISY A; 3BHO A; 3X0P A; 3MDG A; 1PUQ A; 3A6T A; 4KYX A; 1VC9 A; 2FML A; 4K6E A; 5FSK A; 4S2Y A; 1V8W A; 4JZS A; 3L85 A; 3BAP A; 2J8Q A; 5CFJ A; 5ANT A; 1I9A A; 3I9X A; 2AZW A; 3EXQ A; 1HZT A; 1MP2 A; 2O5F A; 3FJY A; 5FSN A; 5CFI A; 4NFW A; 5FSL A; 2CL3 A; 3HYQ A; 1VHZ A; 3WHW A; 2QJO A; 3FFU A; 4JZV A; 1RYA A; 2YVN A; 3Q91 A; 4ILQ A; 3QSJ A; 4YOQ A; 3J7Y e; 3FK9 A; 3X0I A; 1JRK A; 3GRN A; 3O6Z A; 4S2V A; 4N1U A; 3Q2T A; 1G0S A; 1OW2 A; 5ANS A; 3F6A A; 3GZ5 A; 3ZR1 A; 5C7T A; 2GB5 A; 2O5W A; 2DSD A; 3X0R A; 3R03 A; 1V8U A; 5ANW A; 1SOI A; 3GZ6 A; 1IRY A; 3AC9 A; 3GZ8 A; 1NFZ A; 3O52 A; 2A6T A; 2KDV A; 1MUT A; 3DKU A; 3X0Q A; 4HVY A; 2ICJ A; 1V8M A; 2GT2 A; 2ICK A; 2KDW A; 2YVP A; 3O61 A; 3O69 A; 4N1T A; 4YPH A; 2JVB A; 4ICK A; 5GHJ A; 5FSI A; 2FKB A; 3HHJ A; 1V8R A; 1PUN A; 3N9U A; 1R67 A; 3X0S A; 3X0M A; 4S2W A; 1V8L A; 3X0N A; 5HZX A; 1Q27 A; 1F3Y A; 1V8Y A; 1PPV A; 1NQY A; 5ANV A; 1PPW A; 3P6Y A; 2DUK A; 2B06 A; 3Q93 A; 4ZG0 A; 1V8I A; 1X51 A; 1VC8 A; 1VIQ A; 1X83 A; 5C7Q A; 1X84 A; 5I8U A; 5LPG A; 1KHZ A; 4DYW A; 3EEU A; 2FVV A; 2VNQ A; 3SON A; 3X0O A; 3MCF A; 1MQW A; 2I8T A; 3O8S A; 4MPO A; 4C9X A; 4V14 A; 1V8N A; 4JZU A; 1G9Q A; 4HFQ A; 1PPX A; 1VCD A; 2B0V A; 5IW4 A; 1PVF A; 5FSM A; 2QJT A; 5IW5 A; 2Q9P A; 3Q2S A; 2G73 A; 1XSB A; 1K2E A; 1GA7 A; 2I8U A; 4KG4 A; 5GHN A; 4S2X A; 5DEQ A; 1SU2 A; 1Q33 A; 1HX3 A; 4NFX A; 1SJY A; 2XSQ A; 4C9W A; 1V8S A; 5GHQ A; 3X0J A; 3SHD A; 3GG6 A; 2A8P A; 1MQE A; 1MR2 A; 2GT4 A; 2O1C A; 3MGM A; 4IJX A; 1K26 A; 5DDG A; 3P5T A; 3E57 A; 1PUS A; 3COU A; 2YVM A; 2DSB A; 2A8S A; 3CNG A; 3FSP A; 3A6U A; 3N77 A; 1RRS A; 1Q54 A; 5C8L A; 2DSC A; 2W4E A; 2QKM B; 3RH7 A; 4YPR A; 1RRQ A; 3Q4I A; 3I7U A; 4KTB A; 2G74 A; 1U20 A; 5DPK A; 5DD4 A; 1V8V A; 3EES A; 5BS6 A; 5FSO A; 4JZT A; 1XSA A; 2RRK A; 3I7V A; 5BON A; 5GHM A; 2I6K A; 2A8Q A; 2PNY A; 2B2K A; 3EF5 A; 3KVH A; 3BM4 A; 3ZR0 A; 1QVJ A; 1KTG A; 2A8R A; 1NQZ A; 3ACA A; 3DUP A; 3Q1P A; 1KT9 A; 1TUM A; 2YYH A; 3ID9 A; 2R5W A; 1V8T A; 3OGA A; 3MDI A; 1XSC A; 3H95 A; 1MK1 A; 2DHO A; 5GHI A; 3SMD A; 3A6S A; 1NFS A; 2YVO A; 3A6V A; 1VHG A; 1VRL A; 1JKN A; 2A8T A; 5GHP A; 3X0K A; 3G0Q A; 1SZ3 A; 5GHO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VK6 A; 3FCM A; 4KG3 A; 5ANU A; 2PQV A; 1VIU A; 2VNP A; 3F13 A; 3GWY A; 3U53 A; 3X0L A; 5ISY A; 3BHO A; 3X0P A; 3MDG A; 1PUQ A; 3A6T A; 4KYX A; 4J7H A; 1VC9 A; 2FML A; 4K6E A; 5FSK A; 4S2Y A; 1V8W A; 4JZS A; 3L85 A; 3BAP A; 2J8Q A; 5CFJ A; 5ANT A; 1I9A A; 3I9X A; 2AZW A; 3EXQ A; 1HZT A; 1MP2 A; 2O5F A; 3FJY A; 5FSN A; 5CFI A; 4NFW A; 5FSL A; 2CL3 A; 3HYQ A; 1VHZ A; 3WHW A; 2QJO A; 3FFU A; 4JZV A; 1RYA A; 2YVN A; 3Q91 A; 4ILQ A; 3QSJ A; 4YOQ A; 3J7Y e; 3FK9 A; 3X0I A; 1JRK A; 3GRN A; 3O6Z A; 4S2V A; 4N1U A; 3Q2T A; 1G0S A; 1OW2 A; 5ANS A; 3F6A A; 3GZ5 A; 3ZR1 A; 5C7T A; 2GB5 A; 2O5W A; 2DSD A; 3X0R A; 3R03 A; 1V8U A; 5ANW A; 1SOI A; 3GZ6 A; 1IRY A; 3AC9 A; 3GZ8 A; 1NFZ A; 3O52 A; 2A6T A; 2KDV A; 1MUT A; 3DKU A; 3X0Q A; 4HVY A; 2ICJ A; 1V8M A; 2GT2 A; 2ICK A; 2KDW A; 2YVP A; 3O61 A; 3O69 A; 4N1T A; 4YPH A; 2JVB A; 4ICK A; 5GHJ A; 5FSI A; 2FKB A; 3HHJ A; 2CZR A; 1V8R A; 1PUN A; 3N9U A; 1R67 A; 3X0S A; 3X0M A; 4S2W A; 1V8L A; 3X0N A; 5HZX A; 1Q27 A; 1F3Y A; 1V8Y A; 1PPV A; 1NQY A; 5ANV A; 1PPW A; 3P6Y A; 2DUK A; 2B06 A; 3Q93 A; 4ZG0 A; 1V8I A; 1X51 A; 1VC8 A; 1VIQ A; 1X83 A; 5C7Q A; 1X84 A; 5I8U A; 5LPG A; 1KHZ A; 4DYW A; 3EEU A; 2FVV A; 2VNQ A; 3SON A; 3X0O A; 3MCF A; 1MQW A; 2I8T A; 3O8S A; 4MPO A; 4C9X A; 4V14 A; 1V8N A; 4JZU A; 1G9Q A; 4HFQ A; 1PPX A; 1VCD A; 2B0V A; 5IW4 A; 1PVF A; 5FSM A; 2QJT A; 5IW5 A; 2Q9P A; 3Q2S A; 2G73 A; 1XSB A; 1K2E A; 1GA7 A; 2I8U A; 4KG4 A; 5GHN A; 4S2X A; 5DEQ A; 1SU2 A; 1Q33 A; 1HX3 A; 4NFX A; 1SJY A; 2XSQ A; 4C9W A; 1V8S A; 5GHQ A; 3X0J A; 3SHD A; 3GG6 A; 2A8P A; 1MQE A; 1MR2 A; 2GT4 A; 2O1C A; 3MGM A; 4IJX A; 1K26 A; 5DDG A; 3P5T A; 3E57 A; 1PUS A; 3COU A; 2YVM A; 2DSB A; 2A8S A; 3CNG A; 3FSP A; 3A6U A; 3N77 A; 1RRS A; 1Q54 A; 5C8L A; 2DSC A; 2W4E A; 2QKM B; 3RH7 A; 4YPR A; 1RRQ A; 3Q4I A; 3I7U A; 4KTB A; 2G74 A; 1U20 A; 5DPK A; 5DD4 A; 1V8V A; 3EES A; 5BS6 A; 5FSO A; 4JZT A; 4J7G A; 1XSA A; 2RRK A; 3I7V A; 5BON A; 5GHM A; 2I6K A; 2A8Q A; 2PNY A; 2B2K A; 3EF5 A; 3KVH A; 3BM4 A; 3ZR0 A; 1QVJ A; 1KTG A; 2A8R A; 1NQZ A; 3ACA A; 3DUP A; 3Q1P A; 1KT9 A; 1TUM A; 2YYH A; 3ID9 A; 2R5W A; 1V8T A; 3OGA A; 3MDI A; 1XSC A; 3H95 A; 1MK1 A; 2DHO A; 5GHI A; 3SMD A; 3A6S A; 1NFS A; 2YVO A; 3A6V A; 1VHG A; 1VRL A; 1JKN A; 2A8T A; 5GHP A; 3X0K A; 3G0Q A; 1SZ3 A; 5GHO A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1VK6 A; 3FCM A; 4KG3 A; 5ANU A; 2PQV A; 1VIU A; 2VNP A; 3F13 A; 3GWY A; 3U53 A; 3X0L A; 5ISY A; 3BHO A; 3X0P A; 3MDG A; 1PUQ A; 3A6T A; 4KYX A; 4J7H A; 1VC9 A; 2FML A; 4K6E A; 5FSK A; 4S2Y A; 1V8W A; 4JZS A; 3L85 A; 3BAP A; 2J8Q A; 5CFJ A; 5ANT A; 1I9A A; 3I9X A; 2AZW A; 3EXQ A; 1HZT A; 1MP2 A; 2O5F A; 3FJY A; 5FSN A; 5CFI A; 4NFW A; 5FSL A; 2CL3 A; 3HYQ A; 1VHZ A; 3WHW A; 2QJO A; 3FFU A; 4JZV A; 1RYA A; 2YVN A; 3Q91 A; 4ILQ A; 3QSJ A; 4YOQ A; 3J7Y e; 3FK9 A; 3X0I A; 1JRK A; 3GRN A; 3O6Z A; 4S2V A; 4N1U A; 3Q2T A; 1G0S A; 1OW2 A; 5ANS A; 3F6A A; 3GZ5 A; 3ZR1 A; 5C7T A; 2GB5 A; 2O5W A; 2DSD A; 3X0R A; 3R03 A; 1V8U A; 5ANW A; 1SOI A; 3GZ6 A; 1IRY A; 3AC9 A; 3GZ8 A; 1NFZ A; 3O52 A; 2A6T A; 2KDV A; 1MUT A; 3DKU A; 3X0Q A; 4HVY A; 2ICJ A; 1V8M A; 2GT2 A; 2ICK A; 2KDW A; 2YVP A; 3O61 A; 3O69 A; 4N1T A; 4YPH A; 2JVB A; 4ICK A; 5GHJ A; 5FSI A; 2FKB A; 3HHJ A; 2CZR A; 1V8R A; 1PUN A; 3N9U A; 1R67 A; 3X0S A; 3X0M A; 4S2W A; 1V8L A; 3X0N A; 5HZX A; 1Q27 A; 1F3Y A; 1V8Y A; 1PPV A; 1NQY A; 5ANV A; 1PPW A; 3P6Y A; 2DUK A; 2B06 A; 3Q93 A; 4ZG0 A; 1V8I A; 1X51 A; 1VC8 A; 1VIQ A; 1X83 A; 5C7Q A; 1X84 A; 5I8U A; 5LPG A; 1KHZ A; 4DYW A; 3EEU A; 2FVV A; 2VNQ A; 3SON A; 3X0O A; 3MCF A; 1MQW A; 2I8T A; 3O8S A; 4MPO A; 4C9X A; 4V14 A; 1V8N A; 4JZU A; 1G9Q A; 4HFQ A; 1PPX A; 1VCD A; 2B0V A; 5IW4 A; 1PVF A; 5FSM A; 2QJT A; 5IW5 A; 2Q9P A; 3Q2S A; 2G73 A; 1XSB A; 1K2E A; 1GA7 A; 2I8U A; 4KG4 A; 5GHN A; 4S2X A; 5DEQ A; 1SU2 A; 1Q33 A; 1HX3 A; 4NFX A; 1SJY A; 2XSQ A; 4C9W A; 1V8S A; 5GHQ A; 3X0J A; 3SHD A; 3GG6 A; 2A8P A; 1MQE A; 1MR2 A; 2GT4 A; 2O1C A; 3MGM A; 4IJX A; 1K26 A; 5DDG A; 3P5T A; 3E57 A; 1PUS A; 3COU A; 2YVM A; 2DSB A; 2A8S A; 3CNG A; 3FSP A; 3A6U A; 3N77 A; 1RRS A; 1Q54 A; 5C8L A; 2DSC A; 2W4E A; 2QKM B; 3RH7 A; 4YPR A; 1RRQ A; 3Q4I A; 3I7U A; 4KTB A; 2G74 A; 1U20 A; 5DPK A; 5DD4 A; 1V8V A; 3EES A; 5BS6 A; 5FSO A; 4JZT A; 4J7G A; 1XSA A; 2RRK A; 3I7V A; 5BON A; 5GHM A; 2I6K A; 2A8Q A; 2PNY A; 2B2K A; 3EF5 A; 3KVH A; 3BM4 A; 3ZR0 A; 1QVJ A; 1KTG A; 2A8R A; 1NQZ A; 3ACA A; 3DUP A; 3Q1P A; 1KT9 A; 1TUM A; 2YYH A; 3ID9 A; 2R5W A; 1V8T A; 3OGA A; 3MDI A; 1XSC A; 3H95 A; 1MK1 A; 2DHO A; 5GHI A; 3SMD A; 3A6S A; 1NFS A; 2YVO A; 3A6V A; 1VHG A; 1VRL A; 1JKN A; 2A8T A; 5GHP A; 3X0K A; 3G0Q A; 1SZ3 A; 5GHO A;
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