The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
155
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structure length |
155
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Chain Sequence |
GSSGSSGPRKASRKPPREESSATCVLEQPGALGAQILLVQRPNSGLLAGLWEFPSVTWEPSEQLQRKALLQELQRWAGPLPATHLRHLGEVVHTFSHIKLTYQVYGLALEGQTPVTTVPPGARWLTQEEFHTAAVSTAMKKVFRVYQGQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the NUDIX domain from human A/G-specific adenine DNA glycosylase alpha-3 splice isoform
rcsb |
| molecule keywords |
A/G-specific adenine DNA glycosylase
|
| molecule tags |
Hydrolase, dna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
21
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| structure length |
155
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| sequence length |
155
|
| ec nomenclature |
ec
3.2.2.31: Adenine glycosylase. |
| pdb deposition date | 2005-05-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14815 | NUDIX_4 | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2I8T A; 5GHP A; 2FML A; 2GB5 A; 2R5W A; 2QKM B; 5FSI A; 3GZ6 A; 3A6V A; 3F6A A; 3O69 A; 3X0N A; 2A8T A; 1K2E A; 2RRK A; 3O8S A; 3X0P A; 2ICK A; 3H95 A; 1JRK A; 2B06 A; 3A6S A; 1KT9 A; 1PPV A; 1Q33 A; 3DUP A; 4C9W A; 1V8T A; 4YPR A; 3MDG A; 3P6Y A; 1PPW A; 3MDI A; 1VIQ A; 3HHJ A; 2ICJ A; 3SMD A; 2GT2 A; 1PPX A; 1V8U A; 4JZU A; 1RYA A; 5ANS A; 4YOQ A; 2A8S A; 2G74 A; 1KTG A; 4S2W A; 5GHN A; 4V14 A; 4N1U A; 3ACA A; 2YVP A; 5BON A; 3FSP A; 3Q93 A; 1X51 A; 3I7V A; 1U20 A; 3I7U A; 4NFX A; 3N9U A; 4KG4 A; 1VK6 A; 3QSJ A; 5DPK A; 1V8Y A; 1VHZ A; 3Q2S A; 2A6T A; 2VNQ A; 4N1T A; 2CL3 A; 3EF5 A; 3COU A; 1HZT A; 1MK1 A; 1GA7 A; 1PUQ A; 3SHD A; 5GHI A; 3X0O A; 5FSN A; 3GZ5 A; 3L85 A; 3WHW A; 4ZG0 A; 3X0Q A; 3X0L A; 4ICK A; 2DSC A; 1V8R A; 1MQW A; 1SOI A; 1SZ3 A; 3GWY A; 5BS6 A; 1XSA A; 3N77 A; 1PUS A; 1G9Q A; 5FSM A; 1V8N A; 2B2K A; 3RH7 A; 3FFU A; 1PUN A; 5DD4 A; 3ZR0 A; 1SU2 A; 3MCF A; 2FKB A; 2DHO A; 2G73 A; 2QJT A; 3OGA A; 2VNP A; 3Q1P A; 1VCD A; 5DEQ A; 5C8L A; 3U53 A; 3Q2T A; 4HVY A; 5FSO A; 2W4E A; 1NQZ A; 1QVJ A; 2O1C A; 2YYH A; 4JZT A; 1MR2 A; 4ILQ A; 2FVV A; 2I6K A; 3GRN A; 4KYX A; 3Q4I A; 5C7T A; 1NQY A; 5ISY A; 2A8Q A; 2PNY A; 1RRS A; 3HYQ A; 3ID9 A; 1TUM A; 3R03 A; 3EXQ A; 3X0I A; 4JZV A; 3CNG A; 2GT4 A; 2A8R A; 5CFJ A; 4HFQ A; 3DKU A; 2O5W A; 3X0M A; 4S2X A; 1MQE A; 1Q27 A; 5GHJ A; 4IJX A; 5ANW A; 5CFI A; 1F3Y A; 2YVM A; 3GG6 A; 3FJY A; 1I9A A; 2A8P A; 5GHM A; 3I9X A; 1K26 A; 4S2V A; 4NFW A; 2DSD A; 2DUK A; 1SJY A; 2YVO A; 5GHO A; 1KHZ A; 5I8U A; 1V8I A; 3F13 A; 3G0Q A; 1NFS A; 1V8V A; 3BHO A; 3EES A; 3FCM A; 3X0J A; 1RRQ A; 3O6Z A; 3MGM A; 2PQV A; 1V8M A; 1V8L A; 1X83 A; 2YVN A; 3Q91 A; 2XSQ A; 3BAP A; 4YPH A; 5FSL A; 5C7Q A; 2QJO A; 2AZW A; 3GZ8 A; 1XSB A; 4S2Y A; 1VRL A; 3J7Y e; 5GHQ A; 2JVB A; 3A6U A; 1IRY A; 1XSC A; 1MUT A; 3KVH A; 4KG3 A; 4C9X A; 1PVF A; 3E57 A; 4JZS A; 3SON A; 2DSB A; 1HX3 A; 4KTB A; 2KDW A; 2J8Q A; 2I8U A; 1OW2 A; 3EEU A; 4DYW A; 1JKN A; 1VC9 A; 5IW4 A; 1VC8 A; 1VIU A; 5DDG A; 1X84 A; 3X0K A; 3X0S A; 3O52 A; 1Q54 A; 4K6E A; 4MPO A; 1NFZ A; 5IW5 A; 5LPG A; 1MP2 A; 1VHG A; 5ANU A; 3ZR1 A; 3A6T A; 5FSK A; 2O5F A; 3AC9 A; 1V8S A; 2KDV A; 1G0S A; 2Q9P A; 3BM4 A; 3FK9 A; 2B0V A; 3O61 A; 5ANV A; 3P5T A; 5ANT A; 5HZX A; 1V8W A; 3X0R A; 1R67 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2I8T A; 5GHP A; 2FML A; 2GB5 A; 2R5W A; 2QKM B; 4J7H A; 5FSI A; 3GZ6 A; 3A6V A; 3F6A A; 3O69 A; 3X0N A; 2A8T A; 1K2E A; 2RRK A; 3O8S A; 3X0P A; 2ICK A; 3H95 A; 1JRK A; 2B06 A; 3A6S A; 1KT9 A; 1PPV A; 1Q33 A; 3DUP A; 4C9W A; 1V8T A; 4YPR A; 3MDG A; 2CZR A; 3P6Y A; 1PPW A; 3MDI A; 1VIQ A; 3HHJ A; 2ICJ A; 3SMD A; 2GT2 A; 1PPX A; 1V8U A; 4JZU A; 1RYA A; 5ANS A; 4YOQ A; 2A8S A; 2G74 A; 1KTG A; 4S2W A; 5GHN A; 4V14 A; 4N1U A; 3ACA A; 2YVP A; 5BON A; 3FSP A; 3Q93 A; 1X51 A; 3I7V A; 1U20 A; 3I7U A; 4NFX A; 3N9U A; 4KG4 A; 1VK6 A; 3QSJ A; 5DPK A; 1V8Y A; 1VHZ A; 3Q2S A; 2A6T A; 2VNQ A; 4N1T A; 2CL3 A; 3EF5 A; 3COU A; 1HZT A; 1MK1 A; 1GA7 A; 1PUQ A; 3SHD A; 5GHI A; 3X0O A; 5FSN A; 3GZ5 A; 3L85 A; 3WHW A; 4ZG0 A; 3X0Q A; 4J7G A; 3X0L A; 4ICK A; 2DSC A; 1V8R A; 1MQW A; 1SOI A; 1SZ3 A; 3GWY A; 5BS6 A; 1XSA A; 3N77 A; 1PUS A; 1G9Q A; 5FSM A; 1V8N A; 2B2K A; 3RH7 A; 3FFU A; 1PUN A; 5DD4 A; 3ZR0 A; 1SU2 A; 3MCF A; 2FKB A; 2DHO A; 2G73 A; 2QJT A; 3OGA A; 2VNP A; 3Q1P A; 1VCD A; 5DEQ A; 5C8L A; 3U53 A; 3Q2T A; 4HVY A; 5FSO A; 2W4E A; 1NQZ A; 1QVJ A; 2O1C A; 2YYH A; 4JZT A; 1MR2 A; 4ILQ A; 2FVV A; 2I6K A; 3GRN A; 4KYX A; 3Q4I A; 5C7T A; 1NQY A; 5ISY A; 2A8Q A; 2PNY A; 1RRS A; 3HYQ A; 3ID9 A; 1TUM A; 3R03 A; 3EXQ A; 3X0I A; 4JZV A; 3CNG A; 2GT4 A; 2A8R A; 5CFJ A; 4HFQ A; 3DKU A; 2O5W A; 3X0M A; 4S2X A; 1MQE A; 1Q27 A; 5GHJ A; 4IJX A; 5ANW A; 5CFI A; 1F3Y A; 2YVM A; 3GG6 A; 3FJY A; 1I9A A; 2A8P A; 5GHM A; 3I9X A; 1K26 A; 4S2V A; 4NFW A; 2DSD A; 2DUK A; 1SJY A; 2YVO A; 5GHO A; 1KHZ A; 5I8U A; 1V8I A; 3F13 A; 3G0Q A; 1NFS A; 1V8V A; 3BHO A; 3EES A; 3FCM A; 3X0J A; 1RRQ A; 3O6Z A; 3MGM A; 2PQV A; 1V8M A; 1V8L A; 1X83 A; 2YVN A; 3Q91 A; 2XSQ A; 3BAP A; 4YPH A; 5FSL A; 5C7Q A; 2QJO A; 2AZW A; 3GZ8 A; 1XSB A; 4S2Y A; 1VRL A; 3J7Y e; 5GHQ A; 2JVB A; 3A6U A; 1IRY A; 1XSC A; 1MUT A; 3KVH A; 4KG3 A; 4C9X A; 1PVF A; 3E57 A; 4JZS A; 3SON A; 2DSB A; 1HX3 A; 4KTB A; 2KDW A; 2J8Q A; 2I8U A; 1OW2 A; 3EEU A; 4DYW A; 1JKN A; 1VC9 A; 5IW4 A; 1VC8 A; 1VIU A; 5DDG A; 1X84 A; 3X0K A; 3X0S A; 3O52 A; 1Q54 A; 4K6E A; 4MPO A; 1NFZ A; 5IW5 A; 5LPG A; 1MP2 A; 1VHG A; 5ANU A; 3ZR1 A; 3A6T A; 5FSK A; 2O5F A; 3AC9 A; 1V8S A; 2KDV A; 1G0S A; 2Q9P A; 3BM4 A; 3FK9 A; 2B0V A; 3O61 A; 5ANV A; 3P5T A; 5ANT A; 5HZX A; 1V8W A; 3X0R A; 1R67 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2I8T A; 5GHP A; 2FML A; 2GB5 A; 2R5W A; 2QKM B; 4J7H A; 5FSI A; 3GZ6 A; 3A6V A; 3F6A A; 3O69 A; 3X0N A; 2A8T A; 1K2E A; 2RRK A; 3O8S A; 3X0P A; 2ICK A; 3H95 A; 1JRK A; 2B06 A; 3A6S A; 1KT9 A; 1PPV A; 1Q33 A; 3DUP A; 4C9W A; 1V8T A; 4YPR A; 3MDG A; 2CZR A; 3P6Y A; 1PPW A; 3MDI A; 1VIQ A; 3HHJ A; 2ICJ A; 3SMD A; 2GT2 A; 1PPX A; 1V8U A; 4JZU A; 1RYA A; 5ANS A; 4YOQ A; 2A8S A; 2G74 A; 1KTG A; 4S2W A; 5GHN A; 4V14 A; 4N1U A; 3ACA A; 2YVP A; 5BON A; 3FSP A; 3Q93 A; 1X51 A; 3I7V A; 1U20 A; 3I7U A; 4NFX A; 3N9U A; 4KG4 A; 1VK6 A; 3QSJ A; 5DPK A; 1V8Y A; 1VHZ A; 3Q2S A; 2A6T A; 2VNQ A; 4N1T A; 2CL3 A; 3EF5 A; 3COU A; 1HZT A; 1MK1 A; 1GA7 A; 1PUQ A; 3SHD A; 5GHI A; 3X0O A; 5FSN A; 3GZ5 A; 3L85 A; 3WHW A; 4ZG0 A; 3X0Q A; 4J7G A; 3X0L A; 4ICK A; 2DSC A; 1V8R A; 1MQW A; 1SOI A; 1SZ3 A; 3GWY A; 5BS6 A; 1XSA A; 3N77 A; 1PUS A; 1G9Q A; 5FSM A; 1V8N A; 2B2K A; 3RH7 A; 3FFU A; 1PUN A; 5DD4 A; 3ZR0 A; 1SU2 A; 3MCF A; 2FKB A; 2DHO A; 2G73 A; 2QJT A; 3OGA A; 2VNP A; 3Q1P A; 1VCD A; 5DEQ A; 5C8L A; 3U53 A; 3Q2T A; 4HVY A; 5FSO A; 2W4E A; 1NQZ A; 1QVJ A; 2O1C A; 2YYH A; 4JZT A; 1MR2 A; 4ILQ A; 2FVV A; 2I6K A; 3GRN A; 4KYX A; 3Q4I A; 5C7T A; 1NQY A; 5ISY A; 2A8Q A; 2PNY A; 1RRS A; 3HYQ A; 3ID9 A; 1TUM A; 3R03 A; 3EXQ A; 3X0I A; 4JZV A; 3CNG A; 2GT4 A; 2A8R A; 5CFJ A; 4HFQ A; 3DKU A; 2O5W A; 3X0M A; 4S2X A; 1MQE A; 1Q27 A; 5GHJ A; 4IJX A; 5ANW A; 5CFI A; 1F3Y A; 2YVM A; 3GG6 A; 3FJY A; 1I9A A; 2A8P A; 5GHM A; 3I9X A; 1K26 A; 4S2V A; 4NFW A; 2DSD A; 2DUK A; 1SJY A; 2YVO A; 5GHO A; 1KHZ A; 5I8U A; 1V8I A; 3F13 A; 3G0Q A; 1NFS A; 1V8V A; 3BHO A; 3EES A; 3FCM A; 3X0J A; 1RRQ A; 3O6Z A; 3MGM A; 2PQV A; 1V8M A; 1V8L A; 1X83 A; 2YVN A; 3Q91 A; 2XSQ A; 3BAP A; 4YPH A; 5FSL A; 5C7Q A; 2QJO A; 2AZW A; 3GZ8 A; 1XSB A; 4S2Y A; 1VRL A; 3J7Y e; 5GHQ A; 2JVB A; 3A6U A; 1IRY A; 1XSC A; 1MUT A; 3KVH A; 4KG3 A; 4C9X A; 1PVF A; 3E57 A; 4JZS A; 3SON A; 2DSB A; 1HX3 A; 4KTB A; 2KDW A; 2J8Q A; 2I8U A; 1OW2 A; 3EEU A; 4DYW A; 1JKN A; 1VC9 A; 5IW4 A; 1VC8 A; 1VIU A; 5DDG A; 1X84 A; 3X0K A; 3X0S A; 3O52 A; 1Q54 A; 4K6E A; 4MPO A; 1NFZ A; 5IW5 A; 5LPG A; 1MP2 A; 1VHG A; 5ANU A; 3ZR1 A; 3A6T A; 5FSK A; 2O5F A; 3AC9 A; 1V8S A; 2KDV A; 1G0S A; 2Q9P A; 3BM4 A; 3FK9 A; 2B0V A; 3O61 A; 5ANV A; 3P5T A; 5ANT A; 5HZX A; 1V8W A; 3X0R A; 1R67 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
