The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
157
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structure length |
157
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Chain Sequence |
MYEFKDYYQNTVQLSFDDQPFSDSPKHVWVICRFGGKWLLTEHEDRGYEFPGGKVEPMECAEEAALREVKEETGARVKSLKYLGQYKVLGKEKVIVKNIYFADIEKLEKQADYFETKGPVLFHELPENLSRNKKFSFIMKDSVLPISLKKLKESGWI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
RNA PYROPHOSPHOHYDROLASE
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| publication title |
Bacillus subtilis RNA deprotection enzyme RppH recognizes guanosine in the second position of its substrates.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Bacillus subtilis subsp. subtilis
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| molecule tags |
Hydrolase/rna
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| total genus |
40
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| structure length |
157
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| sequence length |
157
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.6.1.55: 8-oxo-dGTP diphosphatase. |
| pdb deposition date | 2013-04-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BHO A; 4ICK A; 3E57 A; 3P6Y A; 2JVB A; 3O61 A; 1V8Y A; 5FSL A; 4YOQ A; 3Q2S A; 1I9A A; 1NFS A; 3FSP A; 4KYX A; 1V8T A; 3X0R A; 1VIQ A; 1V8S A; 1KHZ A; 2RRK A; 3I7U A; 3EEU A; 5FSM A; 3X0K A; 1MQW A; 2G73 A; 3O52 A; 5ANU A; 1OW2 A; 2R5W A; 3MGM A; 3Q4I A; 3AC9 A; 3EES A; 2FVV A; 3A6V A; 5DPK A; 3G0Q A; 3X0J A; 3Q1P A; 4NFW A; 1RRS A; 3FK9 A; 3A6S A; 4N1T A; 5DDG A; 3O8S A; 3Q2T A; 1JRK A; 3BAP A; 3X0M A; 1K26 A; 2A6T A; 2QJO A; 4KG3 A; 5FSO A; 3Q93 A; 3I9X A; 4C9X A; 4DYW A; 5CFI A; 1V8N A; 1RYA A; 3F6A A; 1X51 A; 1SZ3 A; 5ANV A; 3A6U A; 2YVP A; 2ICK A; 4MPO A; 2B2K A; 1XSA A; 3MDI A; 2QKM B; 1MK1 A; 5GHM A; 1MUT A; 3GWY A; 3FCM A; 2PQV A; 5CFJ A; 1VC8 A; 2AZW A; 4K6E A; 3DUP A; 3KVH A; 5ANT A; 2FKB A; 2DHO A; 1Q54 A; 3OGA A; 3QSJ A; 3EF5 A; 3U53 A; 3N77 A; 3F13 A; 2A8R A; 1PPV A; 1VHG A; 3X0P A; 1PPX A; 2CL3 A; 3O6Z A; 3HHJ A; 1MQE A; 4JZT A; 3SON A; 3GZ5 A; 3ZR0 A; 1U20 A; 2DSB A; 3A6T A; 4N1U A; 5C7T A; 4YPH A; 1VK6 A; 5GHI A; 2B06 A; 1VC9 A; 2Q9P A; 2W4E A; 2A8P A; 4KTB A; 1GA7 A; 3CNG A; 1PVF A; 4ILQ A; 5ANW A; 4HVY A; 1XSC A; 2VNP A; 1V8I A; 1V8M A; 3I7V A; 2I6K A; 1X83 A; 1HZT A; 3GRN A; 4NFX A; 1HX3 A; 3BM4 A; 1V8R A; 2GT2 A; 5IW4 A; 3O69 A; 1G9Q A; 3N9U A; 5GHO A; 1G0S A; 3HYQ A; 4C9W A; 2ICJ A; 3X0S A; 4JZV A; 3GZ8 A; 4KG4 A; 5DD4 A; 2YVO A; 1PUQ A; 2DUK A; 4V14 A; 3L85 A; 5GHN A; 4S2W A; 5GHQ A; 1XSB A; 3EXQ A; 5C7Q A; 2A8Q A; 5FSN A; 2O1C A; 4JZU A; 2XSQ A; 3P5T A; 5BS6 A; 2A8S A; 4ZG0 A; 1TUM A; 1K2E A; 1PUS A; 1NQY A; 1RRQ A; 1X84 A; 3X0L A; 3MDG A; 1V8U A; 2VNQ A; 3MCF A; 1PPW A; 4IJX A; 3WHW A; 1V8V A; 1VIU A; 3GZ6 A; 5GHJ A; 1F3Y A; 2GT4 A; 5HZX A; 3X0Q A; 3J7Y e; 3ZR1 A; 3ID9 A; 1NQZ A; 5BON A; 5DEQ A; 3ACA A; 2J8Q A; 5GHP A; 3DKU A; 2FML A; 1MP2 A; 2I8U A; 2YVM A; 1Q33 A; 5FSI A; 4S2Y A; 3FJY A; 1V8L A; 1VHZ A; 1NFZ A; 2KDV A; 5I8U A; 5ISY A; 2QJT A; 3COU A; 2YYH A; 5FSK A; 3X0N A; 1MR2 A; 2O5F A; 2B0V A; 1V8W A; 4JZS A; 5LPG A; 2I8T A; 2PNY A; 4S2X A; 3RH7 A; 3X0O A; 4YPR A; 1SOI A; 1QVJ A; 1VCD A; 4HFQ A; 2G74 A; 1Q27 A; 2DSC A; 3FFU A; 5ANS A; 1R67 A; 5C8L A; 3SMD A; 5IW5 A; 1VRL A; 1PUN A; 1SJY A; 1IRY A; 2KDW A; 2DSD A; 3Q91 A; 3GG6 A; 2O5W A; 3X0I A; 1KTG A; 3R03 A; 1JKN A; 2YVN A; 1SU2 A; 2GB5 A; 4S2V A; 3H95 A; 3SHD A; 1KT9 A; 2A8T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BHO A; 4ICK A; 3E57 A; 4J7G A; 3P6Y A; 2JVB A; 3O61 A; 1V8Y A; 5FSL A; 4YOQ A; 3Q2S A; 1I9A A; 1NFS A; 3FSP A; 4KYX A; 1V8T A; 3X0R A; 1VIQ A; 1V8S A; 1KHZ A; 2RRK A; 3I7U A; 3EEU A; 5FSM A; 3X0K A; 1MQW A; 2G73 A; 3O52 A; 5ANU A; 1OW2 A; 2R5W A; 3MGM A; 3Q4I A; 3AC9 A; 3EES A; 2FVV A; 3A6V A; 5DPK A; 3G0Q A; 3X0J A; 3Q1P A; 4NFW A; 1RRS A; 3FK9 A; 3A6S A; 4N1T A; 5DDG A; 3O8S A; 3Q2T A; 1JRK A; 3BAP A; 3X0M A; 1K26 A; 2A6T A; 2QJO A; 4KG3 A; 5FSO A; 3Q93 A; 3I9X A; 4C9X A; 4DYW A; 5CFI A; 1V8N A; 1RYA A; 3F6A A; 1X51 A; 1SZ3 A; 5ANV A; 3A6U A; 2YVP A; 2ICK A; 4MPO A; 2B2K A; 1XSA A; 3MDI A; 2QKM B; 1MK1 A; 5GHM A; 1MUT A; 3GWY A; 3FCM A; 2PQV A; 5CFJ A; 1VC8 A; 2AZW A; 4K6E A; 3DUP A; 3KVH A; 5ANT A; 2FKB A; 2DHO A; 1Q54 A; 3OGA A; 3QSJ A; 3EF5 A; 3U53 A; 3N77 A; 3F13 A; 2A8R A; 1PPV A; 1VHG A; 3X0P A; 1PPX A; 2CL3 A; 3O6Z A; 3HHJ A; 1MQE A; 4JZT A; 3SON A; 3GZ5 A; 3ZR0 A; 1U20 A; 2DSB A; 3A6T A; 4N1U A; 5C7T A; 4YPH A; 1VK6 A; 5GHI A; 2B06 A; 1VC9 A; 2Q9P A; 2W4E A; 2A8P A; 4KTB A; 1GA7 A; 3CNG A; 1PVF A; 4ILQ A; 5ANW A; 4HVY A; 1XSC A; 2VNP A; 1V8I A; 1V8M A; 3I7V A; 2I6K A; 1X83 A; 1HZT A; 3GRN A; 4NFX A; 1HX3 A; 3BM4 A; 1V8R A; 2GT2 A; 5IW4 A; 3O69 A; 1G9Q A; 4J7H A; 3N9U A; 5GHO A; 1G0S A; 3HYQ A; 4C9W A; 2ICJ A; 3X0S A; 4JZV A; 3GZ8 A; 4KG4 A; 5DD4 A; 2YVO A; 1PUQ A; 2DUK A; 4V14 A; 3L85 A; 5GHN A; 4S2W A; 5GHQ A; 1XSB A; 3EXQ A; 5C7Q A; 2A8Q A; 5FSN A; 2O1C A; 4JZU A; 2XSQ A; 3P5T A; 5BS6 A; 2A8S A; 4ZG0 A; 1TUM A; 1K2E A; 1PUS A; 1NQY A; 1RRQ A; 1X84 A; 3X0L A; 3MDG A; 1V8U A; 2VNQ A; 3MCF A; 1PPW A; 4IJX A; 3WHW A; 1V8V A; 1VIU A; 3GZ6 A; 5GHJ A; 1F3Y A; 2GT4 A; 5HZX A; 3X0Q A; 3J7Y e; 3ZR1 A; 3ID9 A; 1NQZ A; 5BON A; 5DEQ A; 3ACA A; 2J8Q A; 5GHP A; 3DKU A; 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