The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
176
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structure length |
176
|
Chain Sequence |
EHVILLNAQGVPTGTLEKYAAHTADTRLHLAFSSWLFNAKGQLLVTRRALSKKAWPGVWTNSVCGHPQLGESNEDAVIRRCRYELGVEITPPESIYPDFRYRATDPSGIVENEVCPVFAARTTSALQINDDEVMDYQWCDLADVLHGIDATPWAFSPWMVMQATNREARKRLSAFT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Catalytic Mechanism of Escherichia coli Isopentenyl Diphosphate Isomerase Involves
Cys-67, Glu-116, and Tyr-104 as Suggested by Crystal Structures of Complexes with
Transition State Analogues and Irreversible Inhibitors
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
ISOPENTENYL-DIPHOSPHATE DELTA-ISOMERASE
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| total genus |
49
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| structure length |
176
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| sequence length |
176
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase. |
| pdb deposition date | 2002-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ID9 A; 3GZ8 A; 2O1C A; 3X0R A; 1KT9 A; 3F6A A; 3H95 A; 5FSO A; 5DDG A; 1RYA A; 5FSL A; 3EF5 A; 2A8R A; 4YOQ A; 1V8T A; 2Q9P A; 3BM4 A; 1X51 A; 4C9X A; 4S2Y A; 4S2X A; 4HFQ A; 3X0P A; 4IJX A; 3DKU A; 4JZU A; 3GG6 A; 3X0S A; 4KG3 A; 5FSK A; 1XSB A; 4YPR A; 1VIU A; 1Q33 A; 1NFS A; 4JZV A; 1SZ3 A; 5FSI A; 2GB5 A; 1MK1 A; 3GZ5 A; 3X0M A; 5CFJ A; 3R03 A; 4ICK A; 1G0S A; 5DD4 A; 5HZX A; 2GT4 A; 1F3Y A; 2CL3 A; 3Q2S A; 5ISY A; 3Q1P A; 3N77 A; 1XSA A; 4S2W A; 1IRY A; 3SMD A; 5GHJ A; 1VHZ A; 5C7T A; 1NQZ A; 1NQY A; 5FSN A; 2GT2 A; 2YVP A; 1G9Q A; 3CNG A; 3I7U A; 3L85 A; 1K2E A; 3N9U A; 3O69 A; 1MQW A; 3BAP A; 4JZT A; 3X0K A; 2YVO A; 2DHO A; 3OGA A; 3P6Y A; 3HYQ A; 2I6K A; 3EES A; 1V8M A; 2ICK A; 3O61 A; 1RRS A; 1NFZ A; 2B0V A; 3MCF A; 3O52 A; 2PQV A; 1XSC A; 4N1T A; 5ANV A; 5I8U A; 1RRQ A; 1PPX A; 5C8L A; 5IW5 A; 3MDG A; 3FCM A; 3FJY A; 2YVN A; 5BON A; 2QKM B; 5DPK A; 1KHZ A; 4K6E A; 4V14 A; 3FFU A; 2B06 A; 4JZS A; 5IW4 A; 2A8T A; 1PUQ A; 1TUM A; 1X83 A; 1PUN A; 5CFI A; 1SJY A; 1V8V A; 3WHW A; 2O5W A; 3X0N A; 3G0Q A; 1JKN A; 4HVY A; 1GA7 A; 2PNY A; 3SHD A; 3A6V A; 3EEU A; 2DSC A; 2RRK A; 4YPH A; 1V8N A; 2QJT A; 3X0L A; 1SOI A; 5ANW A; 3X0J A; 1VK6 A; 1V8U A; 1HX3 A; 1V8I A; 3Q4I A; 3U53 A; 1JRK A; 1VC9 A; 1Q54 A; 1QVJ A; 2A8P A; 1PVF A; 1V8Y A; 1MUT A; 1SU2 A; 5ANU A; 2A6T A; 3X0O A; 5GHM A; 3Q2T A; 5GHO A; 1VCD A; 3ZR0 A; 5GHP A; 5GHQ A; 2G74 A; 4C9W A; 5LPG A; 3EXQ A; 3MGM A; 1I9A A; 1R67 A; 2B2K A; 3COU A; 1X84 A; 1PPV A; 5BS6 A; 3DUP A; 3BHO A; 3I7V A; 5C7Q A; 3A6T A; 1VRL A; 3FK9 A; 1V8S A; 1Q27 A; 3A6S A; 2VNQ A; 2YYH A; 3AC9 A; 5FSM A; 2I8U A; 3FSP A; 2FVV A; 4ILQ A; 3MDI A; 2I8T A; 2KDV A; 4MPO A; 4KG4 A; 3ZR1 A; 4N1U A; 1OW2 A; 2AZW A; 3GZ6 A; 3GWY A; 1MQE A; 3HHJ A; 2R5W A; 2YVM A; 4NFX A; 3X0Q A; 2J8Q A; 3QSJ A; 2DSD A; 5GHN A; 1K26 A; 3RH7 A; 4ZG0 A; 5ANS A; 2FML A; 1MR2 A; 2G73 A; 3Q93 A; 4KTB A; 4DYW A; 1U20 A; 2W4E A; 2FKB A; 5ANT A; 3X0I A; 1V8W A; 1PUS A; 1VIQ A; 3ACA A; 3Q91 A; 3GRN A; 5DEQ A; 3I9X A; 1KTG A; 5GHI A; 4NFW A; 3P5T A; 3E57 A; 3SON A; 1MP2 A; 2XSQ A; 2DUK A; 1PPW A; 2DSB A; 1V8R A; 2A8Q A; 2KDW A; 2A8S A; 3F13 A; 3A6U A; 1VC8 A; 1VHG A; 2ICJ A; 3O8S A; 3KVH A; 4S2V A; 3J7Y e; 2O5F A; 2QJO A; 1HZT A; 2VNP A; 3O6Z A; 1V8L A; 4KYX A; 2JVB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ID9 A; 3GZ8 A; 2O1C A; 3X0R A; 1KT9 A; 3F6A A; 3H95 A; 5FSO A; 5DDG A; 1RYA A; 5FSL A; 2CZR A; 3EF5 A; 2A8R A; 4YOQ A; 1V8T A; 2Q9P A; 3BM4 A; 1X51 A; 4C9X A; 4S2Y A; 4S2X A; 4HFQ A; 3X0P A; 4IJX A; 3DKU A; 4JZU A; 3GG6 A; 3X0S A; 4KG3 A; 5FSK A; 1XSB A; 4YPR A; 1VIU A; 1Q33 A; 1NFS A; 4JZV A; 1SZ3 A; 5FSI A; 2GB5 A; 1MK1 A; 4J7H A; 3GZ5 A; 4J7G A; 3X0M A; 3R03 A; 4ICK A; 1G0S A; 5DD4 A; 5CFJ A; 2GT4 A; 5HZX A; 2CL3 A; 3Q2S A; 5ISY A; 3Q1P A; 3N77 A; 1XSA A; 4S2W A; 1IRY A; 3SMD A; 5GHJ A; 1VHZ A; 5C7T A; 1NQZ A; 1NQY A; 5FSN A; 2GT2 A; 2YVP A; 1G9Q A; 3CNG A; 3I7U A; 3L85 A; 1K2E A; 3N9U A; 3O69 A; 1MQW A; 3BAP A; 4JZT A; 3X0K A; 2YVO A; 2DHO A; 3OGA A; 3P6Y A; 3HYQ A; 2I6K A; 3EES A; 1V8M A; 2ICK A; 3O61 A; 1RRS A; 1NFZ A; 2B0V A; 3MCF A; 3O52 A; 2PQV A; 1XSC A; 4N1T A; 5ANV A; 5I8U A; 1RRQ A; 1F3Y A; 1PPX A; 5C8L A; 5IW5 A; 3MDG A; 3FCM A; 3FJY A; 2YVN A; 5BON A; 2QKM B; 5DPK A; 1KHZ A; 4K6E A; 4V14 A; 3FFU A; 2B06 A; 4JZS A; 5IW4 A; 2A8T A; 1PUQ A; 1TUM A; 1X83 A; 1PUN A; 5CFI A; 1SJY A; 1V8V A; 3WHW A; 2O5W A; 3X0N A; 3G0Q A; 1JKN A; 4HVY A; 1GA7 A; 2PNY A; 3SHD A; 3A6V A; 3EEU A; 2DSC A; 2RRK A; 4YPH A; 1V8N A; 2QJT A; 3X0L A; 1SOI A; 5ANW A; 3X0J A; 1VK6 A; 1V8U A; 1HX3 A; 1V8I A; 3Q4I A; 3U53 A; 1JRK A; 1VC9 A; 1Q54 A; 1QVJ A; 2A8P A; 1PVF A; 1V8Y A; 1MUT A; 1SU2 A; 5ANU A; 2A6T A; 3X0O A; 5GHM A; 3Q2T A; 5GHO A; 1VCD A; 3ZR0 A; 5GHP A; 5GHQ A; 2G74 A; 4C9W A; 5LPG A; 3EXQ A; 3MGM A; 1I9A A; 1R67 A; 2B2K A; 3COU A; 1X84 A; 1PPV A; 5BS6 A; 3DUP A; 3BHO A; 3I7V A; 5C7Q A; 3A6T A; 1VRL A; 3FK9 A; 1V8S A; 1Q27 A; 3A6S A; 2VNQ A; 2YYH A; 3AC9 A; 5FSM A; 2I8U A; 3FSP A; 2FVV A; 4ILQ A; 3MDI A; 2I8T A; 2KDV A; 4MPO A; 4KG4 A; 3ZR1 A; 4N1U A; 1OW2 A; 2AZW A; 3GZ6 A; 3GWY A; 1MQE A; 3HHJ A; 2R5W A; 2YVM A; 4NFX A; 3X0Q A; 2J8Q A; 3QSJ A; 2DSD A; 5GHN A; 1K26 A; 3RH7 A; 4ZG0 A; 5ANS A; 2FML A; 1MR2 A; 2G73 A; 3Q93 A; 4KTB A; 4DYW A; 1U20 A; 2W4E A; 2FKB A; 5ANT A; 3X0I A; 1V8W A; 1PUS A; 1VIQ A; 3ACA A; 3Q91 A; 3GRN A; 5DEQ A; 3I9X A; 1KTG A; 5GHI A; 4NFW A; 3P5T A; 3E57 A; 3SON A; 1MP2 A; 2XSQ A; 2DUK A; 1PPW A; 2DSB A; 1V8R A; 2A8Q A; 2KDW A; 2A8S A; 3F13 A; 3A6U A; 1VC8 A; 1VHG A; 2ICJ A; 3O8S A; 3KVH A; 4S2V A; 3J7Y e; 2O5F A; 2QJO A; 1HZT A; 2VNP A; 3O6Z A; 1V8L A; 4KYX A; 2JVB A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3ID9 A; 3GZ8 A; 2O1C A; 3X0R A; 1KT9 A; 3F6A A; 3H95 A; 5FSO A; 5DDG A; 1RYA A; 5FSL A; 2CZR A; 3EF5 A; 2A8R A; 4YOQ A; 1V8T A; 2Q9P A; 3BM4 A; 1X51 A; 4C9X A; 4S2Y A; 4S2X A; 4HFQ A; 3X0P A; 4IJX A; 3DKU A; 4JZU A; 3GG6 A; 3X0S A; 4KG3 A; 5FSK A; 1XSB A; 4YPR A; 1VIU A; 1Q33 A; 1NFS A; 4JZV A; 1SZ3 A; 5FSI A; 2GB5 A; 1MK1 A; 4J7H A; 3GZ5 A; 4J7G A; 3X0M A; 3R03 A; 4ICK A; 1G0S A; 5DD4 A; 5CFJ A; 2GT4 A; 5HZX A; 2CL3 A; 3Q2S A; 5ISY A; 3Q1P A; 3N77 A; 1XSA A; 4S2W A; 1IRY A; 3SMD A; 5GHJ A; 1VHZ A; 5C7T A; 1NQZ A; 1NQY A; 5FSN A; 2GT2 A; 2YVP A; 1G9Q A; 3CNG A; 3I7U A; 3L85 A; 1K2E A; 3N9U A; 3O69 A; 1MQW A; 3BAP A; 4JZT A; 3X0K A; 2YVO A; 2DHO A; 3OGA A; 3P6Y A; 3HYQ A; 2I6K A; 3EES A; 1V8M A; 2ICK A; 3O61 A; 1RRS A; 1NFZ A; 2B0V A; 3MCF A; 3O52 A; 2PQV A; 1XSC A; 4N1T A; 5ANV A; 5I8U A; 1RRQ A; 1F3Y A; 1PPX A; 5C8L A; 5IW5 A; 3MDG A; 3FCM A; 3FJY A; 2YVN A; 5BON A; 2QKM B; 5DPK A; 1KHZ A; 4K6E A; 4V14 A; 3FFU A; 2B06 A; 4JZS A; 5IW4 A; 2A8T A; 1PUQ A; 1TUM A; 1X83 A; 1PUN A; 5CFI A; 1SJY A; 1V8V A; 3WHW A; 2O5W A; 3X0N A; 3G0Q A; 1JKN A; 4HVY A; 1GA7 A; 2PNY A; 3SHD A; 3A6V A; 3EEU A; 2DSC A; 2RRK A; 4YPH A; 1V8N A; 2QJT A; 3X0L A; 1SOI A; 5ANW A; 3X0J A; 1VK6 A; 1V8U A; 1HX3 A; 1V8I A; 3Q4I A; 3U53 A; 1JRK A; 1VC9 A; 1Q54 A; 1QVJ A; 2A8P A; 1PVF A; 1V8Y A; 1MUT A; 1SU2 A; 5ANU A; 2A6T A; 3X0O A; 5GHM A; 3Q2T A; 5GHO A; 1VCD A; 3ZR0 A; 5GHP A; 5GHQ A; 2G74 A; 4C9W A; 5LPG A; 3EXQ A; 3MGM A; 1I9A A; 1R67 A; 2B2K A; 3COU A; 1X84 A; 1PPV A; 5BS6 A; 3DUP A; 3BHO A; 3I7V A; 5C7Q A; 3A6T A; 1VRL A; 3FK9 A; 1V8S A; 1Q27 A; 3A6S A; 2VNQ A; 2YYH A; 3AC9 A; 5FSM A; 2I8U A; 3FSP A; 2FVV A; 4ILQ A; 3MDI A; 2I8T A; 2KDV A; 4MPO A; 4KG4 A; 3ZR1 A; 4N1U A; 1OW2 A; 2AZW A; 3GZ6 A; 3GWY A; 1MQE A; 3HHJ A; 2R5W A; 2YVM A; 4NFX A; 3X0Q A; 2J8Q A; 3QSJ A; 2DSD A; 5GHN A; 1K26 A; 3RH7 A; 4ZG0 A; 5ANS A; 2FML A; 1MR2 A; 2G73 A; 3Q93 A; 4KTB A; 4DYW A; 1U20 A; 2W4E A; 2FKB A; 5ANT A; 3X0I A; 1V8W A; 1PUS A; 1VIQ A; 3ACA A; 3Q91 A; 3GRN A; 5DEQ A; 3I9X A; 1KTG A; 5GHI A; 4NFW A; 3P5T A; 3E57 A; 3SON A; 1MP2 A; 2XSQ A; 2DUK A; 1PPW A; 2DSB A; 1V8R A; 2A8Q A; 2KDW A; 2A8S A; 3F13 A; 3A6U A; 1VC8 A; 1VHG A; 2ICJ A; 3O8S A; 3KVH A; 4S2V A; 3J7Y e; 2O5F A; 2QJO A; 1HZT A; 2VNP A; 3O6Z A; 1V8L A; 4KYX A; 2JVB A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
