The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
129
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structure length |
129
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Chain Sequence |
MKKLQIAVGIIRNENNEIFITRRAADAHMANKLEFPGGKIEMGETPEQAVVRELQEEVGITPQHFSLFEKLEYEFPDRHITLWFWLVERWEGEPWGKEGQPGEWMSLVGLNADDFPPANEPVIAKLKRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure and NH exchange studies of the MutT pyrophosphohydrolase complexed with Mg(2+) and 8-oxo-dGMP, a tightly bound product.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Mutator mutT protein
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| total genus |
18
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| structure length |
129
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature |
ec
3.6.1.55: 8-oxo-dGTP diphosphatase. |
| pdb deposition date | 2003-06-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1V8N A; 1JKN A; 3F13 A; 3L85 A; 1RRQ A; 2QJO A; 5GHN A; 3X0Q A; 4KYX A; 1SU2 A; 2ICJ A; 5GHI A; 2KDW A; 2GB5 A; 3OGA A; 4NFW A; 3SHD A; 4C9X A; 2GT2 A; 3GRN A; 1V8R A; 5BS6 A; 3GZ6 A; 3MDG A; 5I8U A; 1VIU A; 3X0R A; 3X0I A; 3X0P A; 1X51 A; 4N1T A; 1V8S A; 1OW2 A; 4C9W A; 4KG3 A; 2I6K A; 3A6S A; 3KVH A; 5BON A; 4YPH A; 4JZU A; 5ANV A; 5DD4 A; 4NFX A; 5ANU A; 2CL3 A; 2DSC A; 3P6Y A; 3O52 A; 1MR2 A; 4ILQ A; 3FSP A; 3ID9 A; 3Q1P A; 1VRL A; 2B06 A; 2RRK A; 1GA7 A; 1PUQ A; 3GWY A; 3HYQ A; 1SJY A; 1Q33 A; 1VCD A; 1G9Q A; 3EF5 A; 4YOQ A; 3ACA A; 2A8P A; 3X0L A; 1XSA A; 3G0Q A; 2A8T A; 3N9U A; 5DEQ A; 1PUS A; 5GHM A; 3Q2T A; 4S2V A; 1QVJ A; 2I8U A; 5FSK A; 4HFQ A; 3Q91 A; 2VNQ A; 1VIQ A; 2O5W A; 2XSQ A; 2YVP A; 5CFI A; 5C8L A; 1VHG A; 5FSO A; 2YYH A; 2O1C A; 3SON A; 3O6Z A; 3GZ8 A; 3X0M A; 4ICK A; 3AC9 A; 3O69 A; 2B2K A; 1Q54 A; 4S2Y A; 3Q2S A; 1IRY A; 5DDG A; 4S2X A; 3F6A A; 1VC8 A; 3MGM A; 2FKB A; 1TUM A; 2GT4 A; 2DSB A; 3EEU A; 4S2W A; 3X0N A; 1NQZ A; 1XSB A; 2AZW A; 3DKU A; 1PPW A; 1V8U A; 1X84 A; 1KTG A; 1HX3 A; 5FSN A; 1K26 A; 3SMD A; 3RH7 A; 4JZS A; 3X0S A; 4DYW A; 5IW5 A; 2JVB A; 1JRK A; 1KHZ A; 1V8Y A; 4N1U A; 1F3Y A; 3U53 A; 3QSJ A; 4JZV A; 4ZG0 A; 5HZX A; 1MQE A; 1KT9 A; 4KG4 A; 3GZ5 A; 3ZR0 A; 5ANS A; 5ANT A; 1Q27 A; 5GHP A; 3I7V A; 1V8W A; 3MCF A; 3CNG A; 1V8T A; 4K6E A; 2ICK A; 5IW4 A; 3R03 A; 2I8T A; 3FFU A; 2G73 A; 1SOI A; 2DUK A; 3HHJ A; 3MDI A; 2VNP A; 2FVV A; 2QJT A; 3FK9 A; 3EXQ A; 1I9A A; 1VHZ A; 1PUN A; 5ISY A; 4V14 A; 5CFJ A; 1X83 A; 3N77 A; 5ANW A; 2A8Q A; 1RYA A; 5C7T A; 2B0V A; 1V8I A; 5FSL A; 1MQW A; 3WHW A; 1MK1 A; 5FSM A; 2PNY A; 3Q93 A; 2A8S A; 3I9X A; 2Q9P A; 5GHQ A; 1V8V A; 3FJY A; 2FML A; 3P5T A; 4MPO A; 1R67 A; 2W4E A; 2G74 A; 2QKM B; 2YVO A; 5FSI A; 3O61 A; 3J7Y e; 1HZT A; 3X0K A; 3O8S A; 3A6U A; 1V8L A; 2A8R A; 2J8Q A; 3GG6 A; 2A6T A; 4YPR A; 1XSC A; 3E57 A; 3H95 A; 3ZR1 A; 1RRS A; 1K2E A; 2YVM A; 2DHO A; 4JZT A; 1NQY A; 3I7U A; 5DPK A; 1NFS A; 1VK6 A; 3BAP A; 2O5F A; 1SZ3 A; 4KTB A; 1MUT A; 2DSD A; 1NFZ A; 1V8M A; 3BM4 A; 3Q4I A; 2R5W A; 5GHO A; 3X0O A; 3A6T A; 3BHO A; 3DUP A; 1U20 A; 1PPV A; 1PPX A; 3FCM A; 3A6V A; 1PVF A; 4HVY A; 5C7Q A; 2KDV A; 3EES A; 2PQV A; 1MP2 A; 2YVN A; 4IJX A; 3X0J A; 1VC9 A; 3COU A; 1G0S A; 5LPG A; 5GHJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V8N A; 1JKN A; 3F13 A; 3L85 A; 4J7G A; 1RRQ A; 2QJO A; 5GHN A; 3X0Q A; 4KYX A; 1SU2 A; 2ICJ A; 5GHI A; 2KDW A; 2GB5 A; 3OGA A; 4NFW A; 3SHD A; 4C9X A; 2GT2 A; 3GRN A; 1V8R A; 5BS6 A; 3GZ6 A; 3MDG A; 5I8U A; 1VIU A; 3X0R A; 3X0I A; 3X0P A; 1X51 A; 4N1T A; 1V8S A; 1OW2 A; 4C9W A; 4KG3 A; 2I6K A; 3A6S A; 3KVH A; 5BON A; 4YPH A; 4JZU A; 5ANV A; 5DD4 A; 4NFX A; 5ANU A; 2CL3 A; 2DSC A; 3P6Y A; 3O52 A; 1MR2 A; 4ILQ A; 3FSP A; 3ID9 A; 3Q1P A; 1VRL A; 2B06 A; 2RRK A; 1GA7 A; 1PUQ A; 3GWY A; 3HYQ A; 1SJY A; 1Q33 A; 1VCD A; 1G9Q A; 3EF5 A; 4J7H A; 4YOQ A; 3ACA A; 2A8P A; 3X0L A; 1XSA A; 3G0Q A; 2A8T A; 3N9U A; 5DEQ A; 1PUS A; 5GHM A; 3Q2T A; 4S2V A; 1QVJ A; 2I8U A; 5FSK A; 4HFQ A; 3Q91 A; 2VNQ A; 1VIQ A; 2O5W A; 2XSQ A; 2YVP A; 5CFI A; 5C8L A; 1VHG A; 5FSO A; 2YYH A; 2O1C A; 3SON A; 3O6Z A; 3GZ8 A; 3X0M A; 4ICK A; 3AC9 A; 3O69 A; 2B2K A; 1Q54 A; 4S2Y A; 3Q2S A; 1IRY A; 5DDG A; 4S2X A; 3F6A A; 1VC8 A; 3MGM A; 2FKB A; 1TUM A; 2GT4 A; 2DSB A; 3EEU A; 4S2W A; 3X0N A; 1NQZ A; 1XSB A; 2AZW A; 3DKU A; 1PPW A; 1V8U A; 1X84 A; 1KTG A; 1HX3 A; 5FSN A; 1K26 A; 3SMD A; 3RH7 A; 4JZS A; 3X0S A; 4DYW A; 5IW5 A; 2JVB A; 1JRK A; 1KHZ A; 1V8Y A; 4N1U A; 1F3Y A; 3U53 A; 3QSJ A; 4JZV A; 2CZR A; 4ZG0 A; 5HZX A; 1MQE A; 1KT9 A; 4KG4 A; 3GZ5 A; 3ZR0 A; 5ANS A; 5ANT A; 1Q27 A; 5GHP A; 3I7V A; 1V8W A; 3MCF A; 3CNG A; 1V8T A; 4K6E A; 2ICK A; 5IW4 A; 3R03 A; 2I8T A; 3FFU A; 2G73 A; 1SOI A; 2DUK A; 3HHJ A; 3MDI A; 2VNP A; 2FVV A; 2QJT A; 3FK9 A; 3EXQ A; 1I9A A; 1VHZ A; 1PUN A; 5ISY A; 4V14 A; 5CFJ A; 1X83 A; 3N77 A; 5ANW A; 2A8Q A; 1RYA A; 5C7T A; 2B0V A; 1V8I A; 5FSL A; 1MQW A; 3WHW A; 1MK1 A; 5FSM A; 2PNY A; 3Q93 A; 2A8S A; 3I9X A; 2Q9P A; 5GHQ A; 1V8V A; 3FJY A; 2FML A; 3P5T A; 4MPO A; 1R67 A; 2W4E A; 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3ID9 A; 3Q1P A; 1VRL A; 2B06 A; 2RRK A; 1GA7 A; 1PUQ A; 3GWY A; 3HYQ A; 1SJY A; 1Q33 A; 1VCD A; 1G9Q A; 3EF5 A; 4J7H A; 4YOQ A; 3ACA A; 2A8P A; 3X0L A; 1XSA A; 3G0Q A; 2A8T A; 3N9U A; 5DEQ A; 1PUS A; 5GHM A; 3Q2T A; 4S2V A; 1QVJ A; 2I8U A; 5FSK A; 4HFQ A; 3Q91 A; 2VNQ A; 1VIQ A; 2O5W A; 2XSQ A; 2YVP A; 5CFI A; 5C8L A; 1VHG A; 5FSO A; 2YYH A; 2O1C A; 3SON A; 3O6Z A; 3GZ8 A; 3X0M A; 4ICK A; 3AC9 A; 3O69 A; 2B2K A; 1Q54 A; 4S2Y A; 3Q2S A; 1IRY A; 5DDG A; 4S2X A; 3F6A A; 1VC8 A; 3MGM A; 2FKB A; 1TUM A; 2GT4 A; 2DSB A; 3EEU A; 4S2W A; 3X0N A; 1NQZ A; 1XSB A; 2AZW A; 3DKU A; 1PPW A; 1V8U A; 1X84 A; 1KTG A; 1HX3 A; 5FSN A; 1K26 A; 3SMD A; 3RH7 A; 4JZS A; 3X0S A; 4DYW A; 5IW5 A; 2JVB A; 1JRK A; 1KHZ A; 1V8Y A; 4N1U A; 1F3Y A; 3U53 A; 3QSJ A; 4JZV A; 2CZR A; 4ZG0 A; 5HZX A; 1MQE A; 1KT9 A; 4KG4 A; 3GZ5 A; 3ZR0 A; 5ANS A; 5ANT A; 1Q27 A; 5GHP A; 3I7V A; 1V8W A; 3MCF A; 3CNG A; 1V8T A; 4K6E A; 2ICK A; 5IW4 A; 3R03 A; 2I8T A; 3FFU A; 2G73 A; 1SOI A; 2DUK A; 3HHJ A; 3MDI A; 2VNP A; 2FVV A; 2QJT A; 3FK9 A; 3EXQ A; 1I9A A; 1VHZ A; 1PUN A; 5ISY A; 4V14 A; 5CFJ A; 1X83 A; 3N77 A; 5ANW A; 2A8Q A; 1RYA A; 5C7T A; 2B0V A; 1V8I A; 5FSL A; 1MQW A; 3WHW A; 1MK1 A; 5FSM A; 2PNY A; 3Q93 A; 2A8S A; 3I9X A; 2Q9P A; 5GHQ A; 1V8V A; 3FJY A; 2FML A; 3P5T A; 4MPO A; 1R67 A; 2W4E A; 2G74 A; 2QKM B; 2YVO A; 5FSI A; 3O61 A; 3J7Y e; 1HZT A; 3X0K A; 3O8S A; 3A6U A; 1V8L A; 2A8R A; 2J8Q A; 3GG6 A; 2A6T A; 4YPR A; 1XSC A; 3E57 A; 3H95 A; 3ZR1 A; 1RRS A; 1K2E A; 2YVM A; 2DHO A; 4JZT A; 1NQY A; 3I7U A; 5DPK A; 1NFS A; 1VK6 A; 3BAP A; 2O5F A; 1SZ3 A; 4KTB A; 1MUT A; 2DSD A; 1NFZ A; 1V8M A; 3BM4 A; 3Q4I A; 2R5W A; 5GHO A; 3X0O A; 3A6T A; 3BHO A; 3DUP A; 1U20 A; 1PPV A; 1PPX A; 3FCM A; 3A6V A; 1PVF A; 4HVY A; 5C7Q A; 2KDV A; 3EES A; 2PQV A; 1MP2 A; 2YVN A; 4IJX A; 3X0J A; 1VC9 A; 3COU A; 1G0S A; 5LPG A; 5GHJ A;
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