The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
81
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sequence length |
215
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structure length |
215
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Chain Sequence |
QVQLLAEMCILIDENDNKIGAETKKNCHLNENIEKGLLHRAFSVFLFNTENKLLLQQRSDAKITFPGCFTNTCCSHPLSNPAELEESDALGVRRAAQRRLKAELGIPLEEVPPEEINYLTRIHYKAQSDGIWGEHEIDYILLVRMNVTLNPDPNEIKSYCYVSKEELKELLKKAASGEIKITPWFKIIAATFLFKWWDNLNHLNQFVDHEKIYRM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of human IPP isomerase: new insights into the catalytic mechanism
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase 1
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| total genus |
81
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| structure length |
215
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| sequence length |
215
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| ec nomenclature |
ec
5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase. |
| pdb deposition date | 2006-03-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1R67 A; 2XSQ A; 3N9U A; 3R03 A; 4ICK A; 5GHP A; 2G74 A; 3O8S A; 4KG3 A; 1SU2 A; 4K6E A; 4KG4 A; 1SJY A; 5ANW A; 2VNQ A; 1Q33 A; 2YVM A; 3I9X A; 3O61 A; 3SON A; 3F13 A; 5FSK A; 3GRN A; 2W4E A; 3I7V A; 3F6A A; 4JZU A; 1HZT A; 1VHZ A; 3Q4I A; 4IJX A; 1VK6 A; 3X0M A; 3N77 A; 3CNG A; 3FCM A; 3H95 A; 5ANU A; 3MDI A; 2A8P A; 2YVO A; 3Q93 A; 1VRL A; 2A8Q A; 2YYH A; 5DPK A; 1MUT A; 1PPW A; 2FVV A; 1MR2 A; 5ANT A; 5GHQ A; 5CFI A; 1RRS A; 2FKB A; 3I7U A; 5DEQ A; 4YPR A; 2DSD A; 3FSP A; 2GB5 A; 4HFQ A; 2A8T A; 1V8R A; 2DSC A; 2A6T A; 1KHZ A; 3X0O A; 2B06 A; 4HVY A; 3SHD A; 2QKM B; 5IW4 A; 2J8Q A; 2I6K A; 5ISY A; 2KDW A; 2JVB A; 2B2K A; 3ACA A; 4ILQ A; 4S2Y A; 3FFU A; 3MGM A; 5ANS A; 2KDV A; 3X0N A; 1JRK A; 1HX3 A; 1V8I A; 2AZW A; 4KTB A; 5GHI A; 5BS6 A; 3A6U A; 3KVH A; 5FSM A; 1MK1 A; 1X83 A; 3Q2T A; 4S2X A; 2VNP A; 5FSO A; 5GHO A; 3BM4 A; 1KT9 A; 3X0S A; 2QJO A; 4C9X A; 3GZ8 A; 5I8U A; 4ZG0 A; 4S2V A; 4JZT A; 2A8S A; 1NFS A; 5IW5 A; 1RRQ A; 1NFZ A; 1VC8 A; 1XSB A; 2CL3 A; 3EES A; 3HHJ A; 3X0R A; 3GWY A; 3BHO A; 1TUM A; 4N1T A; 1I9A A; 2RRK A; 1PUQ A; 3X0J A; 5CFJ A; 3AC9 A; 5C7Q A; 2DHO A; 2GT2 A; 3GZ5 A; 3G0Q A; 1K26 A; 3MCF A; 1U20 A; 4NFW A; 1V8V A; 2GT4 A; 3O69 A; 2Q9P A; 5DDG A; 3A6S A; 5DD4 A; 5GHJ A; 2A8R A; 1VIQ A; 1XSC A; 4YOQ A; 3OGA A; 3GG6 A; 1VHG A; 2DUK A; 1PPX A; 1PUS A; 1X84 A; 4JZS A; 2R5W A; 1PVF A; 3BAP A; 4S2W A; 3RH7 A; 5C7T A; 1NQZ A; 3A6T A; 3O52 A; 1V8S A; 3EF5 A; 1MP2 A; 3X0P A; 2O5F A; 4JZV A; 3WHW A; 2I8T A; 1QVJ A; 1GA7 A; 2FML A; 4YPH A; 1G0S A; 3FJY A; 1VCD A; 3COU A; 5HZX A; 3GZ6 A; 1IRY A; 5FSI A; 1NQY A; 4N1U A; 5FSN A; 1Q27 A; 5C8L A; 3FK9 A; 3DKU A; 1V8T A; 5GHN A; 2YVN A; 4MPO A; 1V8Y A; 3X0Q A; 2PQV A; 4V14 A; 1SZ3 A; 3ID9 A; 3U53 A; 2YVP A; 3X0L A; 1G9Q A; 3L85 A; 3Q2S A; 3DUP A; 2I8U A; 3X0I A; 5ANV A; 3J7Y e; 3A6V A; 5FSL A; 4KYX A; 3X0K A; 1PPV A; 1VC9 A; 1V8L A; 3EEU A; 2ICJ A; 3E57 A; 3P5T A; 1XSA A; 2PNY A; 2B0V A; 3SMD A; 3ZR0 A; 1V8U A; 1F3Y A; 2QJT A; 5GHM A; 4NFX A; 3ZR1 A; 1KTG A; 1X51 A; 4C9W A; 2DSB A; 1SOI A; 4DYW A; 1OW2 A; 5LPG A; 3MDG A; 2O1C A; 3EXQ A; 3O6Z A; 3Q1P A; 1Q54 A; 1V8W A; 3QSJ A; 2G73 A; 1JKN A; 1V8M A; 1K2E A; 1PUN A; 5BON A; 1MQE A; 1VIU A; 3HYQ A; 1MQW A; 2O5W A; 3Q91 A; 1RYA A; 3P6Y A; 2ICK A; 1V8N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1R67 A; 2XSQ A; 3N9U A; 3R03 A; 4ICK A; 5GHP A; 2G74 A; 3O8S A; 4KG3 A; 1SU2 A; 4K6E A; 4KG4 A; 1SJY A; 5ANW A; 2VNQ A; 1Q33 A; 2YVM A; 3I9X A; 3O61 A; 3SON A; 3F13 A; 5FSK A; 3GRN A; 2W4E A; 3I7V A; 3F6A A; 4JZU A; 1HZT A; 1VHZ A; 3Q4I A; 4IJX A; 1VK6 A; 3X0M A; 3N77 A; 3CNG A; 3FCM A; 3H95 A; 5ANU A; 3MDI A; 2A8P A; 2YVO A; 3Q93 A; 1VRL A; 2A8Q A; 2YYH A; 5DPK A; 1MUT A; 1PPW A; 2FVV A; 1MR2 A; 5ANT A; 5GHQ A; 5CFI A; 1RRS A; 2FKB A; 3I7U A; 5DEQ A; 4YPR A; 2DSD A; 3FSP A; 2GB5 A; 4HFQ A; 2A8T A; 1V8R A; 2DSC A; 2A6T A; 4J7H A; 1KHZ A; 3X0O A; 2B06 A; 4HVY A; 3SHD A; 2QKM B; 5IW4 A; 2J8Q A; 2I6K A; 5ISY A; 2KDW A; 2JVB A; 2B2K A; 3ACA A; 4ILQ A; 4S2Y A; 3FFU A; 3MGM A; 5ANS A; 2KDV A; 3X0N A; 1JRK A; 1HX3 A; 1V8I A; 2AZW A; 4KTB A; 5GHI A; 5BS6 A; 3A6U A; 3KVH A; 5FSM A; 1MK1 A; 1X83 A; 3Q2T A; 4S2X A; 2VNP A; 5FSO A; 5GHO A; 3BM4 A; 1KT9 A; 4J7G A; 3X0S A; 2QJO A; 4C9X A; 3GZ8 A; 5I8U A; 4ZG0 A; 4S2V A; 4JZT A; 2A8S A; 1NFS A; 5IW5 A; 1RRQ A; 1NFZ A; 1VC8 A; 1XSB A; 2CL3 A; 3EES A; 3HHJ A; 3X0R A; 3GWY A; 3BHO A; 1TUM A; 4N1T A; 1I9A A; 2RRK A; 1PUQ A; 3X0J A; 5CFJ A; 3AC9 A; 5C7Q A; 2DHO A; 2GT2 A; 3GZ5 A; 3G0Q A; 1K26 A; 3MCF A; 1U20 A; 4NFW A; 1V8V A; 2GT4 A; 3O69 A; 2Q9P A; 5DDG A; 3A6S A; 5DD4 A; 5GHJ A; 2A8R A; 1VIQ A; 1XSC A; 2CZR A; 4YOQ A; 3OGA A; 3GG6 A; 1VHG A; 2DUK A; 1PPX A; 1PUS A; 1X84 A; 4JZS A; 2R5W A; 1PVF A; 3BAP A; 4S2W A; 3RH7 A; 5C7T A; 1NQZ A; 3A6T A; 3O52 A; 1V8S A; 3EF5 A; 1MP2 A; 3X0P A; 2O5F A; 4JZV A; 3WHW A; 2I8T A; 1QVJ A; 1GA7 A; 2FML A; 4YPH A; 1G0S A; 3FJY A; 1VCD A; 3COU A; 5HZX A; 3GZ6 A; 1IRY A; 5FSI A; 1NQY A; 4N1U A; 5FSN A; 1Q27 A; 5C8L A; 3FK9 A; 3DKU A; 1V8T A; 5GHN A; 2YVN A; 4MPO A; 1V8Y A; 3X0Q A; 2PQV A; 4V14 A; 1SZ3 A; 3ID9 A; 3U53 A; 2YVP A; 3X0L A; 1G9Q A; 3L85 A; 3Q2S A; 3DUP A; 2I8U A; 3X0I A; 5ANV A; 3J7Y e; 3A6V A; 5FSL A; 4KYX A; 3X0K A; 1PPV A; 1VC9 A; 1V8L A; 3EEU A; 2ICJ A; 3E57 A; 3P5T A; 1XSA A; 2PNY A; 2B0V A; 3SMD A; 3ZR0 A; 1V8U A; 1F3Y A; 2QJT A; 5GHM A; 4NFX A; 3ZR1 A; 1KTG A; 1X51 A; 4C9W A; 2DSB A; 1SOI A; 4DYW A; 1OW2 A; 5LPG A; 3MDG A; 2O1C A; 3EXQ A; 3O6Z A; 3Q1P A; 1Q54 A; 1V8W A; 3QSJ A; 2G73 A; 1JKN A; 1V8M A; 1K2E A; 1PUN A; 5BON A; 1MQE A; 1VIU A; 3HYQ A; 1MQW A; 2O5W A; 3Q91 A; 1RYA A; 3P6Y A; 2ICK A; 1V8N A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1R67 A; 2XSQ A; 3N9U A; 3R03 A; 4ICK A; 5GHP A; 2G74 A; 3O8S A; 4KG3 A; 1SU2 A; 4K6E A; 4KG4 A; 1SJY A; 5ANW A; 2VNQ A; 1Q33 A; 2YVM A; 3I9X A; 3O61 A; 3SON A; 3F13 A; 5FSK A; 3GRN A; 2W4E A; 3I7V A; 3F6A A; 4JZU A; 1HZT A; 1VHZ A; 3Q4I A; 4IJX A; 1VK6 A; 3X0M A; 3N77 A; 3CNG A; 3FCM A; 3H95 A; 5ANU A; 3MDI A; 2A8P A; 2YVO A; 3Q93 A; 1VRL A; 2A8Q A; 2YYH A; 5DPK A; 1MUT A; 1PPW A; 2FVV A; 1MR2 A; 5ANT A; 5GHQ A; 5CFI A; 1RRS A; 2FKB A; 3I7U A; 5DEQ A; 4YPR A; 2DSD A; 3FSP A; 2GB5 A; 4HFQ A; 2A8T A; 1V8R A; 2DSC A; 2A6T A; 4J7H A; 1KHZ A; 3X0O A; 2B06 A; 4HVY A; 3SHD A; 2QKM B; 5IW4 A; 2J8Q A; 2I6K A; 5ISY A; 2KDW A; 2JVB A; 2B2K A; 3ACA A; 4ILQ A; 4S2Y A; 3FFU A; 3MGM A; 5ANS A; 2KDV A; 3X0N A; 1JRK A; 1HX3 A; 1V8I A; 2AZW A; 4KTB A; 5GHI A; 5BS6 A; 3A6U A; 3KVH A; 5FSM A; 1MK1 A; 1X83 A; 3Q2T A; 4S2X A; 2VNP A; 5FSO A; 5GHO A; 3BM4 A; 1KT9 A; 4J7G A; 3X0S A; 2QJO A; 4C9X A; 3GZ8 A; 5I8U A; 4ZG0 A; 4S2V A; 4JZT A; 2A8S A; 1NFS A; 5IW5 A; 1RRQ A; 1NFZ A; 1VC8 A; 1XSB A; 2CL3 A; 3EES A; 3HHJ A; 3X0R A; 3GWY A; 3BHO A; 1TUM A; 4N1T A; 1I9A A; 2RRK A; 1PUQ A; 3X0J A; 5CFJ A; 3AC9 A; 5C7Q A; 2DHO A; 2GT2 A; 3GZ5 A; 3G0Q A; 1K26 A; 3MCF A; 1U20 A; 4NFW A; 1V8V A; 2GT4 A; 3O69 A; 2Q9P A; 5DDG A; 3A6S A; 5DD4 A; 5GHJ A; 2A8R A; 1VIQ A; 1XSC A; 2CZR A; 4YOQ A; 3OGA A; 3GG6 A; 1VHG A; 2DUK A; 1PPX A; 1PUS A; 1X84 A; 4JZS A; 2R5W A; 1PVF A; 3BAP A; 4S2W A; 3RH7 A; 5C7T A; 1NQZ A; 3A6T A; 3O52 A; 1V8S A; 3EF5 A; 1MP2 A; 3X0P A; 2O5F A; 4JZV A; 3WHW A; 2I8T A; 1QVJ A; 1GA7 A; 2FML A; 4YPH A; 1G0S A; 3FJY A; 1VCD A; 3COU A; 5HZX A; 3GZ6 A; 1IRY A; 5FSI A; 1NQY A; 4N1U A; 5FSN A; 1Q27 A; 5C8L A; 3FK9 A; 3DKU A; 1V8T A; 5GHN A; 2YVN A; 4MPO A; 1V8Y A; 3X0Q A; 2PQV A; 4V14 A; 1SZ3 A; 3ID9 A; 3U53 A; 2YVP A; 3X0L A; 1G9Q A; 3L85 A; 3Q2S A; 3DUP A; 2I8U A; 3X0I A; 5ANV A; 3J7Y e; 3A6V A; 5FSL A; 4KYX A; 3X0K A; 1PPV A; 1VC9 A; 1V8L A; 3EEU A; 2ICJ A; 3E57 A; 3P5T A; 1XSA A; 2PNY A; 2B0V A; 3SMD A; 3ZR0 A; 1V8U A; 1F3Y A; 2QJT A; 5GHM A; 4NFX A; 3ZR1 A; 1KTG A; 1X51 A; 4C9W A; 2DSB A; 1SOI A; 4DYW A; 1OW2 A; 5LPG A; 3MDG A; 2O1C A; 3EXQ A; 3O6Z A; 3Q1P A; 1Q54 A; 1V8W A; 3QSJ A; 2G73 A; 1JKN A; 1V8M A; 1K2E A; 1PUN A; 5BON A; 1MQE A; 1VIU A; 3HYQ A; 1MQW A; 2O5W A; 3Q91 A; 1RYA A; 3P6Y A; 2ICK A; 1V8N A;
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