The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
157
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structure length |
139
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Chain Sequence |
SMIDDDGYRPNVGIVICNRQGQVMWARRFGQHSWQFPQGGINPGESAEQAMYRELFEEVGLSRKDVRILASTRNWLRYKLPKRLVRWDTKPVCIGQKQKWFLLQLVWRWVSYWYPVRQVVSFKRDVYRRVMKEFASVVM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of RNA Complexes with the Escherichia coli RNA Pyrophosphohydrolase RppH Unveil the Basis for Specific 5'-End-dependent mRNA Decay.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
RNA pyrophosphohydrolase
|
| total genus |
38
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| structure length |
139
|
| sequence length |
157
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| ec nomenclature |
ec
3.6.1.-: |
| pdb deposition date | 2015-01-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DSD A; 2A8P A; 2QKM B; 3X0Q A; 2B2K A; 1SJY A; 2B0V A; 3F13 A; 3FCM A; 4KG3 A; 5C8L A; 2A8T A; 1IRY A; 3ID9 A; 3EEU A; 1I9A A; 3BHO A; 3P6Y A; 3U53 A; 4YOQ A; 4KG4 A; 5GHJ A; 1V8U A; 2AZW A; 1V8I A; 5FSL A; 3EXQ A; 4YPH A; 3Q91 A; 3DKU A; 3KVH A; 1V8Y A; 3QSJ A; 1X83 A; 1X51 A; 3X0N A; 1VHZ A; 1K26 A; 2J8Q A; 2A8Q A; 2CL3 A; 2RRK A; 3I9X A; 2PQV A; 4S2X A; 1MP2 A; 1JRK A; 3SHD A; 2G74 A; 3FK9 A; 3HYQ A; 1XSC A; 4YPR A; 3X0M A; 1V8L A; 2O1C A; 5GHP A; 5GHI A; 1HX3 A; 2DSB A; 5FSM A; 2R5W A; 1V8W A; 3Q1P A; 4KYX A; 3X0I A; 1VK6 A; 3G0Q A; 3MDG A; 2JVB A; 5ANT A; 1NFS A; 1VCD A; 3GWY A; 3A6V A; 1VRL A; 1G0S A; 4DYW A; 5C7Q A; 3R03 A; 1JKN A; 2VNP A; 4KTB A; 5DD4 A; 3A6U A; 2QJT A; 3SMD A; 4HVY A; 1SU2 A; 5FSI A; 1SOI A; 2YVM A; 1OW2 A; 1NQY A; 5DEQ A; 1V8S A; 2DSC A; 3O8S A; 2I8U A; 1Q33 A; 3EES A; 2ICK A; 3Q2S A; 5ANW A; 3AC9 A; 1SZ3 A; 3Q93 A; 3DUP A; 2XSQ A; 4N1T A; 2VNQ A; 3ZR0 A; 2PNY A; 1GA7 A; 4JZT A; 5ISY A; 2KDW A; 1VC8 A; 4S2W A; 1MQW A; 1KT9 A; 1NFZ A; 2Q9P A; 3COU A; 3L85 A; 1PPV A; 3O52 A; 1G9Q A; 3Q4I A; 5FSK A; 1X84 A; 3F6A A; 5IW4 A; 2YVP A; 3OGA A; 3X0S A; 2O5W A; 3O69 A; 3SON A; 3Q2T A; 2G73 A; 3E57 A; 5GHM A; 3H95 A; 1VC9 A; 3N9U A; 1RRS A; 1QVJ A; 3FSP A; 1K2E A; 5BON A; 1NQZ A; 5I8U A; 1VIQ A; 3J7Y e; 5ANS A; 2O5F A; 1RRQ A; 1MK1 A; 2FVV A; 3GZ6 A; 2YVO A; 3X0R A; 1KHZ A; 1V8V A; 1F3Y A; 3X0K A; 1PPX A; 3GG6 A; 4NFW A; 5DDG A; 4IJX A; 3GZ8 A; 2GT2 A; 3A6T A; 4JZU A; 3CNG A; 3GRN A; 3O6Z A; 5FSN A; 5FSO A; 2DUK A; 5GHN A; 5LPG A; 3ZR1 A; 3P5T A; 3X0L A; 1R67 A; 1VHG A; 2GT4 A; 1Q27 A; 2ICJ A; 1V8M A; 1V8T A; 3BM4 A; 3FJY A; 2I6K A; 5DPK A; 3MDI A; 2B06 A; 5IW5 A; 4N1U A; 3EF5 A; 1MR2 A; 1XSB A; 4ZG0 A; 1V8R A; 2FKB A; 3HHJ A; 3A6S A; 2DHO A; 3MCF A; 4JZS A; 1Q54 A; 2A8S A; 1MUT A; 2KDV A; 5BS6 A; 3RH7 A; 3ACA A; 1PUS A; 3FFU A; 1KTG A; 4S2V A; 2GB5 A; 5CFJ A; 2I8T A; 1PVF A; 1RYA A; 5GHQ A; 4HFQ A; 1HZT A; 4C9X A; 1MQE A; 5CFI A; 5GHO A; 1V8N A; 1PUQ A; 4C9W A; 1XSA A; 3N77 A; 4V14 A; 2A8R A; 1PUN A; 3X0O A; 5C7T A; 1VIU A; 4NFX A; 5ANU A; 4S2Y A; 3X0J A; 4JZV A; 2W4E A; 2YVN A; 3MGM A; 1TUM A; 2QJO A; 3GZ5 A; 3I7U A; 5ANV A; 2FML A; 3O61 A; 2A6T A; 3WHW A; 2YYH A; 3X0P A; 4K6E A; 1PPW A; 4ILQ A; 4ICK A; 4MPO A; 5HZX A; 1U20 A; 3I7V A; 3BAP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DSD A; 2A8P A; 2QKM B; 3X0Q A; 2B2K A; 1SJY A; 2B0V A; 3F13 A; 3FCM A; 4KG3 A; 5C8L A; 2A8T A; 1IRY A; 3ID9 A; 3EEU A; 1I9A A; 3BHO A; 3P6Y A; 3U53 A; 4YOQ A; 4KG4 A; 5GHJ A; 1V8U A; 2AZW A; 1V8I A; 5FSL A; 3EXQ A; 4YPH A; 3Q91 A; 3DKU A; 3KVH A; 1V8Y A; 3QSJ A; 1X83 A; 1X51 A; 3X0N A; 1VHZ A; 1K26 A; 2J8Q A; 2A8Q A; 2CL3 A; 2RRK A; 3I9X A; 2PQV A; 4S2X A; 1MP2 A; 1JRK A; 3SHD A; 2G74 A; 3FK9 A; 3HYQ A; 1XSC A; 4YPR A; 3X0M A; 1V8L A; 2O1C A; 5GHP A; 5GHI A; 1HX3 A; 2DSB A; 5FSM A; 2R5W A; 1V8W A; 3Q1P A; 4KYX A; 3X0I A; 1VK6 A; 3G0Q A; 3MDG A; 2JVB A; 5ANT A; 1NFS A; 1VCD A; 3GWY A; 3A6V A; 1VRL A; 1G0S A; 4DYW A; 5C7Q A; 3R03 A; 1JKN A; 2VNP A; 4KTB A; 5DD4 A; 3A6U A; 2QJT A; 3SMD A; 4HVY A; 1SU2 A; 5FSI A; 1SOI A; 2YVM A; 1OW2 A; 1NQY A; 5DEQ A; 1V8S A; 2DSC A; 3O8S A; 2I8U A; 1Q33 A; 3EES A; 4J7G A; 2ICK A; 3Q2S A; 5ANW A; 3AC9 A; 1SZ3 A; 3Q93 A; 3DUP A; 2XSQ A; 4N1T A; 2VNQ A; 3ZR0 A; 2PNY A; 1GA7 A; 4JZT A; 5ISY A; 2KDW A; 1VC8 A; 4S2W A; 1MQW A; 1KT9 A; 1NFZ A; 2Q9P A; 3COU A; 3L85 A; 1PPV A; 3O52 A; 1G9Q A; 3Q4I A; 5FSK A; 1X84 A; 3F6A A; 5IW4 A; 2YVP A; 3OGA A; 3X0S A; 2O5W A; 3O69 A; 3SON A; 3Q2T A; 2G73 A; 3E57 A; 5GHM A; 3H95 A; 1VC9 A; 3N9U A; 1RRS A; 1QVJ A; 3FSP A; 1K2E A; 5BON A; 1NQZ A; 5I8U A; 1VIQ A; 3J7Y e; 5ANS A; 2O5F A; 1RRQ A; 1MK1 A; 2FVV A; 3GZ6 A; 2YVO A; 3X0R A; 1KHZ A; 1V8V A; 1F3Y A; 3X0K A; 1PPX A; 3GG6 A; 4NFW A; 5DDG A; 4IJX A; 3GZ8 A; 2GT2 A; 3A6T A; 4JZU A; 3CNG A; 3GRN A; 3O6Z A; 5FSN A; 5FSO A; 2DUK A; 5GHN A; 5LPG A; 3ZR1 A; 2CZR A; 3P5T A; 3X0L A; 1R67 A; 1VHG A; 2GT4 A; 1Q27 A; 2ICJ A; 1V8M A; 1V8T A; 3BM4 A; 3FJY A; 2I6K A; 5DPK A; 3MDI A; 2B06 A; 5IW5 A; 4N1U A; 3EF5 A; 1MR2 A; 1XSB A; 4ZG0 A; 1V8R A; 2FKB A; 3HHJ A; 3A6S A; 2DHO A; 3MCF A; 4JZS A; 1Q54 A; 2A8S A; 1MUT A; 2KDV A; 5BS6 A; 3RH7 A; 3ACA A; 1PUS A; 3FFU A; 1KTG A; 4S2V A; 2GB5 A; 5CFJ A; 2I8T A; 1PVF A; 1RYA A; 5GHQ A; 4HFQ A; 1HZT A; 4C9X A; 1MQE A; 5CFI A; 5GHO A; 1V8N A; 1PUQ A; 4C9W A; 1XSA A; 3N77 A; 4V14 A; 4J7H A; 2A8R A; 1PUN A; 3X0O A; 5C7T A; 1VIU A; 4NFX A; 5ANU A; 4S2Y A; 3X0J A; 4JZV A; 2W4E A; 2YVN A; 3MGM A; 1TUM A; 2QJO A; 3GZ5 A; 3I7U A; 5ANV A; 2FML A; 3O61 A; 2A6T A; 3WHW A; 2YYH A; 3X0P A; 4K6E A; 1PPW A; 4ILQ A; 4ICK A; 4MPO A; 5HZX A; 1U20 A; 3I7V A; 3BAP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2DSD A; 2A8P A; 2QKM B; 3X0Q A; 2B2K A; 1SJY A; 2B0V A; 3F13 A; 3FCM A; 4KG3 A; 5C8L A; 2A8T A; 1IRY A; 3ID9 A; 3EEU A; 1I9A A; 3BHO A; 3P6Y A; 3U53 A; 4YOQ A; 4KG4 A; 5GHJ A; 1V8U A; 2AZW A; 1V8I A; 5FSL A; 3EXQ A; 4YPH A; 3Q91 A; 3DKU A; 3KVH A; 1V8Y A; 3QSJ A; 1X83 A; 1X51 A; 3X0N A; 1VHZ A; 1K26 A; 2J8Q A; 2A8Q A; 2CL3 A; 2RRK A; 3I9X A; 2PQV A; 4S2X A; 1MP2 A; 1JRK A; 3SHD A; 2G74 A; 3FK9 A; 3HYQ A; 1XSC A; 4YPR A; 3X0M A; 1V8L A; 2O1C A; 5GHP A; 5GHI A; 1HX3 A; 2DSB A; 5FSM A; 2R5W A; 1V8W A; 3Q1P A; 4KYX A; 3X0I A; 1VK6 A; 3G0Q A; 3MDG A; 2JVB A; 5ANT A; 1NFS A; 1VCD A; 3GWY A; 3A6V A; 1VRL A; 1G0S A; 4DYW A; 5C7Q A; 3R03 A; 1JKN A; 2VNP A; 4KTB A; 5DD4 A; 3A6U A; 2QJT A; 3SMD A; 4HVY A; 1SU2 A; 5FSI A; 1SOI A; 2YVM A; 1OW2 A; 1NQY A; 5DEQ A; 1V8S A; 2DSC A; 3O8S A; 2I8U A; 1Q33 A; 3EES A; 4J7G A; 2ICK A; 3Q2S A; 5ANW A; 3AC9 A; 1SZ3 A; 3Q93 A; 3DUP A; 2XSQ A; 4N1T A; 2VNQ A; 3ZR0 A; 2PNY A; 1GA7 A; 4JZT A; 5ISY A; 2KDW A; 1VC8 A; 4S2W A; 1MQW A; 1KT9 A; 1NFZ A; 2Q9P A; 3COU A; 3L85 A; 1PPV A; 3O52 A; 1G9Q A; 3Q4I A; 5FSK A; 1X84 A; 3F6A A; 5IW4 A; 2YVP A; 3OGA A; 3X0S A; 2O5W A; 3O69 A; 3SON A; 3Q2T A; 2G73 A; 3E57 A; 5GHM A; 3H95 A; 1VC9 A; 3N9U A; 1RRS A; 1QVJ A; 3FSP A; 1K2E A; 5BON A; 1NQZ A; 5I8U A; 1VIQ A; 3J7Y e; 5ANS A; 2O5F A; 1RRQ A; 1MK1 A; 2FVV A; 3GZ6 A; 2YVO A; 3X0R A; 1KHZ A; 1V8V A; 1F3Y A; 3X0K A; 1PPX A; 3GG6 A; 4NFW A; 5DDG A; 4IJX A; 3GZ8 A; 2GT2 A; 3A6T A; 4JZU A; 3CNG A; 3GRN A; 3O6Z A; 5FSN A; 5FSO A; 2DUK A; 5GHN A; 5LPG A; 3ZR1 A; 2CZR A; 3P5T A; 3X0L A; 1R67 A; 1VHG A; 2GT4 A; 1Q27 A; 2ICJ A; 1V8M A; 1V8T A; 3BM4 A; 3FJY A; 2I6K A; 5DPK A; 3MDI A; 2B06 A; 5IW5 A; 4N1U A; 3EF5 A; 1MR2 A; 1XSB A; 4ZG0 A; 1V8R A; 2FKB A; 3HHJ A; 3A6S A; 2DHO A; 3MCF A; 4JZS A; 1Q54 A; 2A8S A; 1MUT A; 2KDV A; 5BS6 A; 3RH7 A; 3ACA A; 1PUS A; 3FFU A; 1KTG A; 4S2V A; 2GB5 A; 5CFJ A; 2I8T A; 1PVF A; 1RYA A; 5GHQ A; 4HFQ A; 1HZT A; 4C9X A; 1MQE A; 5CFI A; 5GHO A; 1V8N A; 1PUQ A; 4C9W A; 1XSA A; 3N77 A; 4V14 A; 4J7H A; 2A8R A; 1PUN A; 3X0O A; 5C7T A; 1VIU A; 4NFX A; 5ANU A; 4S2Y A; 3X0J A; 4JZV A; 2W4E A; 2YVN A; 3MGM A; 1TUM A; 2QJO A; 3GZ5 A; 3I7U A; 5ANV A; 2FML A; 3O61 A; 2A6T A; 3WHW A; 2YYH A; 3X0P A; 4K6E A; 1PPW A; 4ILQ A; 4ICK A; 4MPO A; 5HZX A; 1U20 A; 3I7V A; 3BAP A;
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