The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
182
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structure length |
182
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Chain Sequence |
MKHLEEKTLSTRQIFKGRYLKIEQDQVQAPDGRTYTREYILHPGAAMMIPLLPNGNVVMIHQYRHAVKKVFLEFPAGKRDHNEETLLTAKRELLEETGYEAKDWKFLTTIHPVIGYSNEHIDLYLARDLTHLEQRLDQGQFIEVVEVKPADLMQLVLEGKVSDVKTQIGAFWLDKFLRGEWN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Enzymatic Characterization of a Nucleoside Diphosphate Sugar Hydrolase from Bdellovibrio bacteriovorus.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Bdellovibrio bacteriovorus
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| molecule keywords |
NudF protein
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| total genus |
48
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| structure length |
182
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| sequence length |
182
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.6.1.13: ADP-ribose diphosphatase. |
| pdb deposition date | 2015-06-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00293 | NUDIX | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K26 A; 1V8S A; 1V8N A; 3O52 A; 4S2V A; 1X83 A; 2DSD A; 2I8U A; 1Q33 A; 3DKU A; 3MGM A; 3EF5 A; 5IW4 A; 1PVF A; 2DSC A; 2KDV A; 3CNG A; 4JZU A; 5ANS A; 2YVO A; 3U53 A; 1V8Y A; 5BS6 A; 3Q1P A; 3N77 A; 1HX3 A; 3QSJ A; 5ANW A; 3FSP A; 1X84 A; 2PQV A; 3L85 A; 3X0P A; 5CFJ A; 3FCM A; 4ZG0 A; 3Q93 A; 5GHQ A; 4C9W A; 2JVB A; 5GHO A; 3A6S A; 3X0N A; 3BHO A; 1NQY A; 3SHD A; 3BM4 A; 3X0J A; 2ICJ A; 2A8S A; 5DEQ A; 3X0O A; 3F6A A; 1PPX A; 4KG4 A; 4MPO A; 1VRL A; 1GA7 A; 5FSN A; 2R5W A; 3GRN A; 4NFW A; 3MDI A; 1V8M A; 3GWY A; 2QJO A; 4N1T A; 2DUK A; 5FSK A; 2GB5 A; 3X0S A; 1PUQ A; 2I6K A; 2QKM B; 2YVN A; 3X0K A; 2O5F A; 1V8T A; 2KDW A; 3O61 A; 4JZV A; 3SMD A; 1JKN A; 1V8U A; 2A8T A; 4HFQ A; 3FK9 A; 3KVH A; 2YYH A; 1MK1 A; 4KTB A; 2B0V A; 2J8Q A; 5GHM A; 4HVY A; 1KT9 A; 1NFS A; 1SU2 A; 2FVV A; 3H95 A; 3ZR0 A; 3ZR1 A; 3HYQ A; 1PUS A; 2B06 A; 3O69 A; 4N1U A; 2A8Q A; 3X0I A; 4ILQ A; 2G73 A; 2I8T A; 5FSO A; 3I9X A; 5DPK A; 3AC9 A; 3O8S A; 2QJT A; 2A8P A; 3COU A; 1VK6 A; 3GZ6 A; 5LPG A; 3N9U A; 2Q9P A; 1SOI A; 3Q2S A; 5C7Q A; 5GHI A; 1V8R A; 1VCD A; 3GZ8 A; 3Q4I A; 5FSM A; 1V8L A; 1PUN A; 1TUM A; 1VIU A; 1X51 A; 5ANU A; 5FSL A; 3FFU A; 2YVP A; 1KTG A; 3O6Z A; 4V14 A; 3FJY A; 1I9A A; 1VC9 A; 3A6T A; 1MR2 A; 5C8L A; 3G0Q A; 3A6V A; 1V8V A; 3X0M A; 4YOQ A; 2VNP A; 5DD4 A; 3MCF A; 4C9X A; 3P6Y A; 3ID9 A; 1R67 A; 1NFZ A; 2W4E A; 4IJX A; 1RYA A; 3EXQ A; 1XSB A; 3GZ5 A; 3I7U A; 4ICK A; 5HZX A; 5ISY A; 3OGA A; 4S2Y A; 2DHO A; 1XSC A; 2A8R A; 2B2K A; 5GHJ A; 3WHW A; 3GG6 A; 4NFX A; 1SJY A; 5ANV A; 4JZT A; 1PPV A; 3DUP A; 3P5T A; 5BON A; 1F3Y A; 1IRY A; 1KHZ A; 1Q54 A; 1VHG A; 3X0Q A; 4JZS A; 4KG3 A; 2O5W A; 1MUT A; 2YVM A; 3J7Y e; 2FML A; 2VNQ A; 1K2E A; 5ANT A; 3ACA A; 4S2W A; 5C7T A; 1G9Q A; 1V8W A; 4DYW A; 5FSI A; 2CL3 A; 2DSB A; 3EES A; 5CFI A; 4YPR A; 3Q91 A; 2PNY A; 3X0L A; 2FKB A; 1MP2 A; 5GHP A; 1VIQ A; 4YPH A; 2O1C A; 3EEU A; 3HHJ A; 1QVJ A; 2A6T A; 1Q27 A; 3F13 A; 1U20 A; 1VC8 A; 2RRK A; 1G0S A; 2GT4 A; 5I8U A; 5IW5 A; 1OW2 A; 1VHZ A; 3Q2T A; 3I7V A; 1JRK A; 3E57 A; 2XSQ A; 1PPW A; 4K6E A; 3R03 A; 3BAP A; 2ICK A; 1RRS A; 3RH7 A; 1V8I A; 2G74 A; 1MQW A; 4KYX A; 5DDG A; 4S2X A; 3MDG A; 1HZT A; 3SON A; 2GT2 A; 1NQZ A; 3X0R A; 5GHN A; 1RRQ A; 1MQE A; 1SZ3 A; 3A6U A; 2AZW A; 1XSA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K26 A; 1V8S A; 1V8N A; 3O52 A; 4S2V A; 1X83 A; 2DSD A; 2I8U A; 1Q33 A; 3DKU A; 3MGM A; 3EF5 A; 5IW4 A; 1PVF A; 2DSC A; 2KDV A; 3CNG A; 4JZU A; 5ANS A; 2YVO A; 3U53 A; 1V8Y A; 5BS6 A; 3Q1P A; 3N77 A; 1HX3 A; 3QSJ A; 5ANW A; 3FSP A; 1X84 A; 2PQV A; 3L85 A; 3X0P A; 5CFJ A; 3FCM A; 4ZG0 A; 3Q93 A; 5GHQ A; 4C9W A; 2JVB A; 5GHO A; 3A6S A; 3X0N A; 3BHO A; 1NQY A; 3SHD A; 3BM4 A; 3X0J A; 2ICJ A; 2A8S A; 5DEQ A; 3X0O A; 3F6A A; 1PPX A; 4KG4 A; 4MPO A; 1VRL A; 1GA7 A; 5FSN A; 2R5W A; 3GRN A; 4NFW A; 3MDI A; 1V8M A; 3GWY A; 2QJO A; 4N1T A; 2DUK A; 5FSK A; 2GB5 A; 3X0S A; 1PUQ A; 2I6K A; 2QKM B; 2YVN A; 3X0K A; 2O5F A; 1V8T A; 2KDW A; 3O61 A; 4JZV A; 3SMD A; 1JKN A; 1V8U A; 2A8T A; 4HFQ A; 3FK9 A; 3KVH A; 2YYH A; 1MK1 A; 4KTB A; 2B0V A; 2J8Q A; 5GHM A; 4HVY A; 1KT9 A; 1NFS A; 1SU2 A; 2FVV A; 3H95 A; 3ZR0 A; 3ZR1 A; 3HYQ A; 1PUS A; 2B06 A; 3O69 A; 4N1U A; 2A8Q A; 3X0I A; 4ILQ A; 2G73 A; 2I8T A; 5FSO A; 3I9X A; 5DPK A; 3AC9 A; 3O8S A; 2QJT A; 2A8P A; 3COU A; 1VK6 A; 3GZ6 A; 2CZR A; 5LPG A; 3N9U A; 2Q9P A; 1SOI A; 3Q2S A; 5C7Q A; 5GHI A; 1V8R A; 1VCD A; 3GZ8 A; 3Q4I A; 5FSM A; 1V8L A; 1PUN A; 1TUM A; 1VIU A; 1X51 A; 5ANU A; 5FSL A; 3FFU A; 2YVP A; 1KTG A; 3O6Z A; 4V14 A; 3FJY A; 1I9A A; 1VC9 A; 3A6T A; 1MR2 A; 5C8L A; 3G0Q A; 3A6V A; 1V8V A; 3X0M A; 4YOQ A; 2VNP A; 5DD4 A; 3MCF A; 4C9X A; 3P6Y A; 3ID9 A; 1R67 A; 1NFZ A; 2W4E A; 4IJX A; 1RYA A; 3EXQ A; 1XSB A; 3GZ5 A; 3I7U A; 4ICK A; 4J7G A; 5HZX A; 5ISY A; 3OGA A; 4S2Y A; 2DHO A; 1XSC A; 2A8R A; 2B2K A; 5GHJ A; 3WHW A; 3GG6 A; 4NFX A; 1SJY A; 5ANV A; 4JZT A; 1PPV A; 3DUP A; 3P5T A; 5BON A; 1F3Y A; 1IRY A; 4J7H A; 1KHZ A; 1Q54 A; 1VHG A; 3X0Q A; 4JZS A; 4KG3 A; 2O5W A; 1MUT A; 2YVM A; 3J7Y e; 2FML A; 2VNQ A; 1K2E A; 5ANT A; 3ACA A; 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1PPX A; 4KG4 A; 4MPO A; 1VRL A; 1GA7 A; 5FSN A; 2R5W A; 3GRN A; 4NFW A; 3MDI A; 1V8M A; 3GWY A; 2QJO A; 4N1T A; 2DUK A; 5FSK A; 2GB5 A; 3X0S A; 1PUQ A; 2I6K A; 2QKM B; 2YVN A; 3X0K A; 2O5F A; 1V8T A; 2KDW A; 3O61 A; 4JZV A; 3SMD A; 1JKN A; 1V8U A; 2A8T A; 4HFQ A; 3FK9 A; 3KVH A; 2YYH A; 1MK1 A; 4KTB A; 2B0V A; 2J8Q A; 5GHM A; 4HVY A; 1KT9 A; 1NFS A; 1SU2 A; 2FVV A; 3H95 A; 3ZR0 A; 3ZR1 A; 3HYQ A; 1PUS A; 2B06 A; 3O69 A; 4N1U A; 2A8Q A; 3X0I A; 4ILQ A; 2G73 A; 2I8T A; 5FSO A; 3I9X A; 5DPK A; 3AC9 A; 3O8S A; 2QJT A; 2A8P A; 3COU A; 1VK6 A; 3GZ6 A; 2CZR A; 5LPG A; 3N9U A; 2Q9P A; 1SOI A; 3Q2S A; 5C7Q A; 5GHI A; 1V8R A; 1VCD A; 3GZ8 A; 3Q4I A; 5FSM A; 1V8L A; 1PUN A; 1TUM A; 1VIU A; 1X51 A; 5ANU A; 5FSL A; 3FFU A; 2YVP A; 1KTG A; 3O6Z A; 4V14 A; 3FJY A; 1I9A A; 1VC9 A; 3A6T A; 1MR2 A; 5C8L A; 3G0Q A; 3A6V A; 1V8V A; 3X0M A; 4YOQ A; 2VNP A; 5DD4 A; 3MCF A; 4C9X A; 3P6Y A; 3ID9 A; 1R67 A; 1NFZ A; 2W4E A; 4IJX A; 1RYA A; 3EXQ A; 1XSB A; 3GZ5 A; 3I7U A; 4ICK A; 4J7G A; 5HZX A; 5ISY A; 3OGA A; 4S2Y A; 2DHO A; 1XSC A; 2A8R A; 2B2K A; 5GHJ A; 3WHW A; 3GG6 A; 4NFX A; 1SJY A; 5ANV A; 4JZT A; 1PPV A; 3DUP A; 3P5T A; 5BON A; 1F3Y A; 1IRY A; 4J7H A; 1KHZ A; 1Q54 A; 1VHG A; 3X0Q A; 4JZS A; 4KG3 A; 2O5W A; 1MUT A; 2YVM A; 3J7Y e; 2FML A; 2VNQ A; 1K2E A; 5ANT A; 3ACA A; 4S2W A; 5C7T A; 1G9Q A; 1V8W A; 4DYW A; 5FSI A; 2CL3 A; 2DSB A; 3EES A; 5CFI A; 4YPR A; 3Q91 A; 2PNY A; 3X0L A; 2FKB A; 1MP2 A; 5GHP A; 1VIQ A; 4YPH A; 2O1C A; 3EEU A; 3HHJ A; 1QVJ A; 2A6T A; 1Q27 A; 3F13 A; 1U20 A; 1VC8 A; 2RRK A; 1G0S A; 2GT4 A; 5I8U A; 5IW5 A; 1OW2 A; 1VHZ A; 3Q2T A; 3I7V A; 1JRK A; 3E57 A; 2XSQ A; 1PPW A; 4K6E A; 3R03 A; 3BAP A; 2ICK A; 1RRS A; 3RH7 A; 1V8I A; 2G74 A; 1MQW A; 4KYX A; 5DDG A; 4S2X A; 3MDG A; 1HZT A; 3SON A; 2GT2 A; 1NQZ A; 3X0R A; 5GHN A; 1RRQ A; 1MQE A; 1SZ3 A; 3A6U A; 2AZW A; 1XSA A;
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