3OBRA

Crystal structure of botulinum neurotoxin serotype d binding domain
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
420
structure length
418
Chain Sequence
SAMASINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYATQECSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVEPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
publication title Botulinum neurotoxin serotype D attacks neurons via two carbohydrate-binding sites in a ganglioside-dependent manner.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium botulinum
total genus 112
structure length 418
sequence length 420
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3obrA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3obrA02
1ULGA 3NBEA 3CU1B 3ZC9A 2SBAA 4AN7B 1RIRA 2SLIA 4LO3A 2P37A 4YM2A 3D5OA 1XHBA 5BVPI 4Q1PA 4LBQA 1IOBA 4Y22A 3AP9A 1LEMA 3NJ5A 2R0FA 4FOYA 3MALA 4BQ1A 4IYBA 4FOQA 4GWNA 4FP2A 4YFWA 1EYLA 3T2TA 5JOZA 3VT2A 4A7YA 3BAUA 3ZXGA 1DQ6A 1IOAA 5LK5A 3POYA 4XBNA 1AJKA 2BFHA 2XB6C 1IKPA 1UMZA 4I3NA 4QD2B 5GJ6A 1DQ2A 3OJVA 3N7MA 4YW3A 4I4VA 1TFMB 2D7IA 2A7AA 2YROA 4ZA3B 1OQ1A 2RQ9A 4HL0A 2WKKA 1N3QA 3VKNA 2Z42A 4Q1RA 3APBA 3JUTA 4M3CF 1YYNA 1BA7A 1LOFA 3GNEA 3V0AB 3TAYA 3HN1A 5DUXA 1KRIA 3FLRA 2E7QA 1JT4A 2ESUA 3OJ2A 3WO4A 2J3PA 1T4QA 2W39A 1N1YA 5DG2A 2ZHNA 3AZYA 1LEDA 1GICA 3O49A 1P63A 2EXKA 2GO2A 2EXJA 1JN2P 1HCDA 4KC3A 5DZEA 1MS8A 4Y1XA 4UW6A 1FWVA 4AGGA 1E0OA 3FJKA 4AVSA 5CB7A 2E6VA 2MIBA 4TYSA 1JT5A 1SBFA 5T5LA 1LHVA 2AFGA 2V73A 3A0KA 4QC4A 1S0DA 3USUA 4JQ0A 1S0BA 1WUVA 3O44A 1V6IA 2P23A 2A6WA 4I4QA 3I2XA 1V00A 1JLXA 2W52A 1KJLA 3H6RA 4R6UB 4F34A 4LO3C 3UJ0A 1D0HA 1S0EA 4FGFA 1AVBA 1YI7A 1CVNA 1FX5A 5IK4A 3N7KA 4Q9PA 1QQLA 1ISYA 2ZAAA 3NV2A 3T1LA 1HWNB 2C5DA 2C9AA 4I2SA 3ZX7A 3NV4A 2DVAA 4FPCA 1O4YA 1RY7A 3FJ9A 3PMEA 5JDBA 3SNMA 4FPGA 3WOGA 3FLPA 2WQZC 2DVGA 4XFTA 1MZ5A 4L8QA 4G6MA 41BIA 4ISQA 2D3SA 2D1ZA 4I30A 3UJ4A 3NWKA 2CYFA 2QYIB 2VXTI 3OGGA 2ZMLA 5EYYA 4ZGRB 4L4HA 1DGLA 4ZFYB 2NM1A 4J2KA 2A6VA 3UD8A 3L2YA 1GV9A 1W6MB 1JXNA 1WCSA 8I1BA 2DTWA 1LOFC 1II4A 2M49A 3N7JA 5FRAA 2RG9B 2R1BA 1LECA 1WLDA 2UWCA 3WV6A 1CJPA 2Q3NB 5IUQA 3FGMA 5BQUA 4BLIA 2ARXA 5T50A 4I96A 4JPZA 9ILBA 1CONA 1ENSA 4PBOA 2DRYA 4LO7C 1V6VA 2AENA 4IY9A 4JCKA 2D24A 1GZ9A 2WSVA 2KKIA 3M3EA 3IKWA 4XJUA 3FUQA 1MZ6A 3N3HA 1FMMS 1L2HA 1BFBA 3AP7A 1MVEA 3UDAA 2XG3A 3AYCA 3ZXJA 4U36A 5HCFA 2GNBA 1V6LA 4GKYA 4CZSA 3NV1A 1G9CA 1MS9A 5IK5A 3B9CA 1WD4A 1WW7A 2DV9A 2PHRA 4LO1A 4HANA 3PJQA 1YTOA 4X39A 2D6KA 5KXBA 5GZDA 1PZ9A 1QOOA 2P39A 4WZFA 3BAGA 2UU8A 4ISRA 5DZFA 1BARA 4D8HA 3T8SA 1JUIA 4OUJA 1ONAA 2HYKA 1ISXA 2CNAA 5CNAA 2ZGKA 4GOVA 3N0KA 4H9WA 3FLTA 2R0HA 5DG1A 4XJ8A 3R4UA 2V5YA 3OBTA 5IK8A 4R9BA 1C4RA 4OWJA 4PQ9A 5DVHA 1M2TB 2IWTB 3I2AA 3AK0A 1G9DA 2HWAA 1RG8A 3KMVA 3I8TA 3TB0A 1HWPB 1AXMA 1W0OA 3AJ6A 1S0IA 4DS0A 1VIWB 4XMIA 1BLDA 1ABRB 4IQPA 4W65A 2Q9XA 2I1BA 4I4XA 1OFSA 4P9WA 1Z0HA 5JOXA 5JOWA 1FN0A 1HKNA 4P0JA 2AR6A 3BTAA 4EEEB 4I1BA 3A4UA 2PHWA 1BASA 5DUWA 5E88A 1GGPB 2DUQA 1R1ZA 3O12A 1FQ9A 2WT0A 5GLWA 3OBRA 2E7TA 3M2MA 1YIFA 5F8YA 2D43A 3WG4A 4G6JA 4GAIA 3AZWA 4I6IA 1LHNA 2GDFA 5T5JA 5BQUC 3Q7WA 4P9XA 1PC8B 1LOCA 3WCRA 1LGNA 3AKHA 2DS0A 1DQ5A 3UK9A 1LOGA 2VUAA 1ILR1 2AYHA 1QNYA 2D7RA 1A3KA 5DUUA 5JOYA 1URXA 1JBCA 1IJTA 2D3RA 4QO3A 4XOGA 3O5SA 4I4OA 1N3OA 4LO2A 4I7IA 4Y20B 3V0AA 3IMNA 3PVOA 3AP6A 2DVFA 2NP0A 2G4IA 3O0XA 1SR4A 4PCRA 2ZGRA 1Q03A 3A22A 3WMVA 4I4SA 3V64A 4DEPA 1PUMB 1MC9A 2A75A 2A3YA 4AVTA 4LO1C 2DURA 4Y1UA 2UURA 2HWMA 2QN4A 5IK7A 1HWOB 4ZBVB 3H6QA 5GLUA 1CQ9A 2OW4A 1I1BA 1QDCA 3ASIA 3WVJA 4DRVA 3H6SE 2ZHMA 1C1LA 2ET2A 1ULFA 3BRFA 3AX4A 2WNEA 1LHOA 5KXEA 3WHUA 5D63A 2MC2A 4C1WA 1A8DA 4UW3A 4ZLBB 3RMYA 3SITA 3QR5A 4IY8A 3OJMA 4LBMA 2VSEA 1TIEA 3T1MA 3ZPYA 1QQKA 4IHZA 3D6EA 1AVXB 1BXHA 3WO2A 2PHXA 4Q9GA 4XE9A 5T52A 2BQPA 1TP0A 2HW9A 3IM7A 3WG1A 1M16A 2CTVA 3B3QE 2E4MA 1G9FA 1SCSA 4TZDA 5CAZA 2Z48A 2ZGOA 3ZSJA 1LHUA 3F1RA 2ZGTA 5BP5A 1HDKA 5KXDA 1W6PB 5CA6A 3K1XA 2X2TA 4OEFA 1JY0A 2LIEA 1FV3A 1DQGA 1PZZA 2BEAA 1WW6A 3C9ZA 4XILA 2ERFA 4HA2A 3INAA 2H0BA 3FJJA 1GZCA 3B01A 1HQLA 1B09A 1LULA 3ZC8A 2UUSA 2WLQA 2UWAA 4FQ4A 1W6OA 3PHZA 4J2XA 1I1EA 4LO2C 3SISA 4EFQA 2F2FA 5E89A 1ISVA 4LBOA 5GZCA 3HSMA 3CNAA 3PG0A 2PHUA 3HMYA 1BKZA 5E8AA 1SR4C 3FJFA 4WVWA 3FJHA 2A71A 3OGFA 5F5QA 3I29B 3I4IA 1IS5A 1YO8A 4QBCA 2DUPA 4NO4A 2AAIB 4DCKC 4WV8A 2X2SA 1N1TA 5CBLA 3AJYA 1SCRA 1G7YA 4Y1VA 2VY0A 4PF5A 2ZACA 3FJCA 3B00A 1DFCA 4R9DA 4AYUA 2R9KB 3VV1A 3BIWE 4HR6C 4QKSA 1AVUA 1Q8QA 1LOEA 2DWRA 3POKA 3NBDA 1AX2A 1SZ6B 5H9RA 3WG2A 2WRYA 1VLNA 3QLQA 4ZOTA 3O5WB 3Q7YA 1BFFA 3LTQA 4YW4A 2GNDA 1S1AA 2L5XA 2GZBA 4KBBA 4M3CB 1DQ1A 3OY8B 3SH5A 1LGCA 1IHKA 4I0YA 4YZ2A 3LSDA 2E4MC 1APNA 3AKIA 3O4BA 4JP0A 3A21A 5BP5C 3VEQA 3CA1A 3UJQA 4IZXA 4EFPA 1Y7BA 1SACA 4FVVA 5GZGA 3OYWB 3WDVA 3MW3A 2YV8A 1SLTA 4A7KA 2VLCA 1MD6A 1VAVA 4YZ1A 3ZSMA 1SBEA 1V6UA 3POSA 4BM8A 1DHKB 1Z2VA 1SLLA 4FPFA 1UL9A 5GLVA 2RHPA 3O0VA 3V0BB 4OWKA 3IAGC 5EG6C 2D20A 3IM6A 4GWMA 1AXYA 3V79C 2F2FC 1WW5A 4OEGA 1JOJA 3AXEA 4FP3A 2EXHA 3WINA 1ULDA 3M3CA 2OUJA 4YG3A 3WDXA 1DYKA 5FNWA 1JT3A 3VKFC 4Z8BA 3ZXKA 1FGAA 4XDQA 1FATA 2OUHA 1CIWA 4EFRA 2PELA 4BMBA 3NBCA 1W6NA 3P6JA 4Y22B 1G9BA 2Y9XE 1XZZA 4XFSA 4XBQA 1MR5A 1Q56A 7I1BA 5DZGA 3ZYPA 4Y24A 5EC5A 1QMJA 4KEKA 3VSFA 4II0A 4OWLA 3WDWA 1F9KA 4Q8KA 2FFUA 3WG3A 1DQ0A 3BAQA 4YZ5A 1ULEA 4FQZA 5GZEA 1LOAA 1G8WA 1UPSA 4AGVA 4USPA 1KNMA 2E53A 3C2UA 1X50A 3WCSA 5T5PA 1FWUA 3EF2A 2CY6A 1W3GA 4QALA 5FZZA 1AX1A 1AXKA 1AVAC 5SV8A 1LHWA 4M01A 2R1DA 4FPKA 1Q8VA 1N3PA 2IHOA 1FNYA 5D62A 1JQZA 4I1EA 2ZA9A 4YZ4A 1W3AA 3JU9A 5EHAA 2F8XC 3O4OA 2BEBA 2ENRA 5BYNA 1ISZA 4GAFA 4OEEA 1IS6A 1G86A 1H9PA 3VT0A 2R16A 1JHNA 3PVEA 3CQAA 3FJAA 2ZGNA 3SNVA 1VAMA 4YFZA 3Q9OA 2AUYA 3W58A 4GALA 4JKQA 1MS4A 1O4ZA 31BIA 4D69A 4YLZA 1BZWA 1YXWA 1HCEA 2DYCA 4HJJA 3ILAA 4ENDA 4UW4A 3QYDA 4ATEA 4I4UA 4Z8SB 3A23A 3U4XA 4FPLA 5GALA 4SLIA 3ZSKA 4XJ9A 1LODA 3QCWA 5H9PA 2B7YA 2ZQNA 4R9CA 1A78A 2PHFA 3DUIA 1EV2A 2CWSA 2ZGMA 1K5VA 2D6OX 2VSAA 3ILRA 3O4CA 1W6PA 3WINC 1YRZA 1ENRA 3ILNA 3FFZA 4GA9A 1HKDA 3RG0A 4Z9WB 1Q8PA 2YMZA 1F5FA 5BOWA 4ZFUB 1AX0A 5D61A 3AFKA 3H6RB 4JRAA 2TEPA 1WBCA 2ZGPA 4G1RA 1GZWB 4ZFWB 3IN9A 4L4IA 4BPZA 1DJSB 1CVSA 3FJBA 2R49A 3BB2A 2WSUA 4M00A 1HIBA 1FNZA 1IRAX 1TOOA 1SFYA 4XIOA 4P14A 1WLWA 1CPNA 2VH9A 1AJOA 1IS4A 4P0LA 2DVBA 1GSLA 2CWMA 1RZOB 2YXSA 2D44A 4ASMB 3A0NA 1GBGA 4YGBA 2EAKA 2FO1A 2AH2A 2D3PA 2JD4A 3O0WA 3HR9A 4Q8LA 1LESA 4ATFA 2D6MA 3WA1A 2JE9A 4YZ3A 3LCPA 5GLZA 4USOA 3BRGC 4XZPA 3CA3A 2A6ZA 4Y1ZA 4IONA 1GKBA 1EPWA 2OVUA 4J23B 2ZMKA 3AZZA 4DPNA 4P9YA 1ZM1A 3RS6A 5H9SA 3MEPA 4LBNA 4GOYA 1V6MA 2A6XA 3AJZA 4I37A 2P2KA 5L73A 1VALA 2WT2A 1AXZA 2NMOA 4ITCA 1JTCA 3AKFA 1S0CA 5JMCA 1DLLA 4PC4A 2UWBA 4AN6A 2KH2A 2Y9WC 4M3CE 2FMDA 2AXMA 3N7LA 5DXDA 3WUDA 4FOVA 2ZGUA 2KI4A 2ZQOA 3UJOA 3PUBA 3S8KA 2GMEA 1BFGA 2VW2A 1C1FA 2ZR1B 3OYWA 2AREA 1ZA4A 4I8MA 2JKBA 1S0FA 1HLCA 2E51A 4TLPA 1N1SA 2WJSA 1WW4A 2GN3A 3CA4A 3AZVA 3FJDA 1W6QB 3CRGA 3V0BA 2CL2A 4C1XA 5EWSA 2WBCA 3CAHA 4OW4A 3UD7A 2ZMNA 4YW2A 4CJMA 1V6XA 4FPHA 2JE7A 4QD2C 3W59A 2EXIA 4XYXA 4BOWA 4J2YA 5BXSA 3ZYRA 4YOLA 4D0ZA 4LO8B 4DENA 2A3WA 2W08A 1DYPA 1Q8OA 5I1BA 4XKIA 3W9TA 1PZ8A 4OZXA 1W6MA 3DGTA 3M1HA 1JYCA 4Q27A 5HCAA 5T5OA 2EIGA 5FREA 1OQLB 4DRRA 1MS0A 1V6OA 1GNZA 4NOTA 2I2SA 4LBLA 2ERMA 3RTJB 3BA4A 5T54A 1LENA 3AH2A 1R8NA 4GP3A 5F8WA 3IM5A 3KM5A 1FV2A 1MVQA 3AYEA 1ISWA 1UZZA 1LOBA 3CRHA 1JYIA 1DQOA 2ZBJA 4RA0A 4FPJA 2DVDA 1ITBA 1Z78A 2NN8A 4LBJA 1C57A 1DBNA 3WDTA 1XQNA 1LU1A 2GMPA 5EXOA 1IRPA 2GNMA 3BOPA 2FDBM 3AYDA 3RTIB 1CR7A 4AVVA 4R9AA 3CRIA 1IS3A 2LIQA 1DIWA 4MYEA 5DSSB 4UW5A 2D23A 4PBPA 4Q26A 2A6YA 4I4YA 1WBAA 2AGSA 2D22A 4CTEA 3WMUA 2KLLA 1S0LA 3VSZA 2FHRA 3IPVB 1QDOA 1DQ4A 4P0KA 3N36A 5GM0A 2P34A 1MS1A 4FPEA 1T9FA 3P6IA 2ZKNA 1BJQA 4QKRA 3VWCA 3ATGA 2GALA 1G82A 3ZXEA 1ONKB 1RMLA 4X3AA 4XXAA 2W68A 2ZHKA 4H55A 3AH4A 5E24E 4Y1YA 1BYHA 4YGEA 1FMZA 3TC2A 1NLSA 3SLIA 2ZABA 3N35A 1IT0A 2YY1A 3UD9A 1V6NA 3MW4A 1N1VA 2P3JA 3MW2A 1GZWA 4Q91A 2VW0A 1DZQA 2GMMA 1QXMA 2Y9FA 2FFVA 1DZCA 1V6JA 1GNHA 1Q1UA 4XHBA 4BMEA 1QGLA 2YZ4A 1MS5A 1CESA 3AKGA 4YW5A 1R8OA 3JRRA 1UX6A 1MS3A 2YUGA 4YGDA 2KM2A 1W0PA 1QU0A 2D6PA 1WBLA 3HBWA 4JC1A 3SH3A 3B69A 1S0JA 4K20A 3CA6A 1TWEA 4BLJA 1YBIA 4LBQB 1MACA 4LO0A 4XJWA 1XYFA 1NUNA 2NZ9A 4YM1A 2Q5TA 3PVNA 3FBYA 2ARBA 1RINA 2GNTA 2ZZJA 5FNXA 5DUYA 4ZKTB 4YGCA 1HQWA 4Y20A 2K43A 3WNXA 1J1TA 2VU9A 3R4SA 1ENQA 1W6OB 1PWAA 4JKXB 4YM3A 2D6NA 4YW1A 4LBKA 3AP5A 1LU2A 3POWA 3WZ1A 2DU0A 3M3QA 4I4PA 2PHTA 2MLLB 4J2SA 3Q7XA 4XMAA 5DZUA 3BA7A 4G9NA 1Q8SA 1YF8B 4DFSA 3VUOA 2D7FA 1S0GA 4D0TA 1KJRA 1V6KA 4X37A 5IT6A 5GAQA 3WO3A 3ZXDA 3O3QA 1VCLA 4K21A 3V65A 2LTNA 1AFCA 1KDMA 1SLAA 2JECA 5FZUA 2NMNA 4I4RA 2JDZA 4XTMA 1NZKA 2JJ6A 4KEJA 1EVTA 3FUOA 1QNWA 2WT1A 3AJ5A 3LLPA 1UZYA 3OPZA 4K1YA 3ZXFA 4P6AA 3VKOA 3AZXA 2A70A 1GYKA 1LGBA 1WBFA 4QBVA 4LO7B 3CA5A 3M3OA 3VKLA 3ZSLA 5F9TA 4XBLA 1SLIA 4WVVA 4LBQD 1DZDA 3VT1A 2ZGLA 5JLVA 3AYAA 4GP0A 1FAYA 3SH4A 1AVWB 4RL7A 2ES3A 3FJIA 1W3FA 4DQAA 4XTPA 3LSEA 1G9AA 1W6QA 3D7WB 4GKXA 3UL2A 1KQRA 3BAHA 3RMXA 2VXRA 3BA5A 3USUB 4YG0A 1JT7A 21BIA 2ZGQA 2KI6B 5B2HA 3WUCA 2NTDA 1LCLA 1GLHA 2P3KA 4FPYA 1CE7B 1CN1A 3R05A 4FPOB 1TTUA 2DUOA 1N4KA 5BXPA 2RSTA 5F8SA 5HPZA 4LO0C 4KEIA 4H04A 2DU1A 1BQPA 3KQRA 5HCBA 4XXPA 1V6WA 1DFQA 4A7ZA 4XJAA 3ZVXA 3ZXLA 1JW6A 3OJBA 4EB2B 4EKXB 1AZDA 3AH1A 1UN1A 3FJEA 1TWMA 3O4DA 1KITA 2ZGSA 1BLAA 5KXCA 5EYXA 3AXDA 2A5ZA 4U2AA 1CPMA 4F83A 2HZ9A 1I3HA 3IIRA 2DREA 4YG6A 1LJ7A 5GZFA 2Z49A 3MPPG 1TEIA 2NYYA 3ENRA 5DUVA 3P53A 3HALA 1W6NB 1H9WA 3B9UA 3BRDA 1SLCA 1KDKA 1Q04A 1QOSA 3BAVA 1J0SA 1UAIA 5BXRA 1U0AA 4WBCA 4XFUA 4Q2FA 2D6LX 1WLCA 1H30A 3D4KA 2K8RA 4XHXA 4XIKA 4JAWA 2DRZA 1K5UA 2ZHLA 4XJZA 1GANA 2EF6A 4Y26A 2GN7A 1XG6A 4AGRA 3JUUA 3BX1C 5FZYA 3GALA 3A07A 1IILA 1N47A 3ILFA 3H0OA 3E8LC 4M3CA 1HWMB 3S8JA 2K4AB 4FOWA 3OY8A 3NBNA 3WLUA 4YM0A 4CRQA 1PZ7A 3IPVA 1QF3A 1Z4SA 1QKQA 5JVVA 6I1BA 3F62B 2DTYA 1F31A 2VW1A 1OKQA 2A3XA 2LALA 3BODA 1IKQA 5F90A 1SLBA 3FJ8A 2EALA 4G9MA 1D2SA 4AWDA 2Y9GA 2FGFA 1WD3A 3WDYA 1JLYA 3AP4A 5G00A 2XOAA 1AF9A 1NXD1 5T55A 3RRDA 1ULCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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