3OGGA

Crystal structure of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin d
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
414
structure length
404
Chain Sequence
SINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNILYSAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTINCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRFSFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
publication title Structural analysis of the receptor binding domain of botulinum neurotoxin serotype D.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium botulinum
total genus 108
structure length 404
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2010-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3oggA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3oggA02
1N3QA 2A6WA 4DCKC 2D7IA 4UW5A 4GP0A 4YGCA 1TFMB 1JLXA 3PVEA 3QCWA 4L4HA 3FJIA 1Z2VA 4DRRA 3H6RA 3CA4A 2E4MA 1URXA 2ZGLA 2NYYA 2Q5TA 2DU1A 3CQAA 2JKBA 1CONA 2FGFA 1S0FA 3IM6A 2Y9FA 1SACA 1P63A 4KEIA 2FO1A 4XIOA 3N7MA 4I4QA 4RA0A 3WCSA 1ONKB 4EFQA 4Q8LA 4LO3C 1FWVA 3DUIA 1FQ9A 2OUHA 5EG6C 3JUUA 1S0IA 3Q9OA 1AXMA 3AP6A 3D5OA 4I30A 3ILFA 4XMAA 4YG0A 1Y7BA 3BAHA 4Y26A 1MS3A 4EB2B 3A22A 2CNAA 3RRDA 2GO2A 5EHAA 2DVDA 4ZGRB 2AENA 4YG6A 3CRGA 5IT6A 3AJ5A 4TZDA 3FJJA 3C9ZA 1I1EA 1SLLA 4DFSA 1RIRA 3HR9A 2UU8A 3ZYPA 1PZ8A 2AR6A 3O4DA 3FUOA 1RZOB 2XG3A 5DZUA 1LHWA 1JTCA 4Q1RA 5BYNA 2GZBA 4I2SA 3N3HA 4M3CF 1BLAA 4YW1A 7I1BA 3FJFA 4R9CA 4K1YA 2EAKA 1CPNA 4LO3A 2JD4A 1G9DA 1HQWA 5JOYA 2FFUA 2JE7A 1WW5A 4AWDA 4HANA 1ISZA 2F8XC 1UL9A 2A7AA 4GOVA 2E7QA 1MVQA 4BPZA 1DQ4A 4AVTA 2W08A 1N1VA 2KKIA 2D6KA 1S0BA 1WLCA 4OEEA 1W6PB 3POWA 5H9QA 3AZWA 2PHXA 3VWCA 2DWRA 2DVFA 5F9TA 4QD2B 1KNMA 4EFRA 4CJMA 2FFVA 4ISRA 4QKSA 2GNDA 3FJBA 4ASMB 3JRRA 2D3RA 2KH2A 3SH4A 1GKBA 2CL2A 3O0VA 4I4OA 1RINA 5DVHA 4P9WA 3WG4A 5GZGA 3AZYA 1RY7A 5T5OA 1DZCA 1Q8SA 3Q7XA 1G86A 2Z49A 4G9NA 1JLYA 4FPEA 3ZSMA 2R0FA 4YGBA 4II0A 4BLJA 2AH2A 3QYDA 31BIA 4KC3A 4I37A 3POSA 4OWJA 1LOCA 1JXNA 3O4OA 5T5PA 4LBLA 1LOEA 3B01A 4WVWA 1YYNA 5H9PA 2ZGSA 1W6NA 3UJQA 5D63A 2ZMKA 2QN4A 4WBCA 2WSUA 4I4UA 1QU0A 1HQLA 1MZ5A 2A6ZA 3WHUA 2Y9GA 4H04A 2EALA 2ZHMA 1JT4A 4JPZA 5KXEA 4R9DA 6I1BA 3ZXFA 4Y1XA 1CJPA 2DVGA 1K5UA 1ABRB 5DG2A 1KJRA 2E51A 3OYWA 3VKNA 4HA2A 4ZA3B 5DSSB 4FP3A 2LIEA 1V6MA 1YF8B 1O4ZA 5GJ6A 2VSAA 3CRIA 4ZFWB 2Q3NB 4BQ1A 4I4YA 1NZKA 5DUVA 3V79C 1D0HA 4FPFA 1ISWA 5BQUC 5HCFA 2BEAA 21BIA 2LTNA 3R4SA 3WO3A 4HJJA 2HWAA 2RQ9A 4XILA 2YV8A 2ERMA 5JOWA 3QLQA 3P53A 1W3AA 1HWOB 1CN1A 4ZFYB 2DS0A 3AP4A 3PHZA 1IOBA 4F34A 5DUWA 1B09A 1FATA 2LALA 2AREA 3FJCA 5IK5A 3ZXJA 3B9UA 5L73A 2PHTA 1ILR1 4IY8A 5IK8A 1HWNB 4LBKA 4GKXA 4FPCA 4I4SA 3PJQA 4YLZA 3T1LA 4M3CA 4J2XA 1SLTA 5BQUA 1AX2A 3OY8A 3WO4A 1LODA 3T2TA 2X2SA 1S0DA 3F62B 4LBJA 5GAQA 3INAA 2CY6A 3WG3A 3EF2A 4D8HA 3B00A 3BA7A 5HCBA 3M3OA 4P0JA 1GZ9A 3A0NA 4FOVA 5T50A 2CYFA 1MC9A 5T52A 1XZZA 3IM5A 4LO0C 3KMVA 1GGPB 2GNBA 1DQ6A 3AH4A 1JOJA 4PCRA 3AFKA 4XZPA 3IKWA 3WA1A 4CTEA 2ZR1B 4XXAA 1LHOA 4Y1VA 3FFZA 3O0WA 4U36A 1DFCA 1AJKA 1LULA 4CRQA 1V6OA 1BFCA 2AXMA 3A07A 1IS6A 4USOA 1IRPA 1AVAC 1QGLA 4OEFA 1G9BA 1W6MA 5FZZA 1BXHA 1PZZA 3V0BA 3AKIA 4AGVA 1XG6A 5FNWA 1SLCA 3I2AA 1AXZA 2GNMA 4LO0A 1ZM1A 5BXSA 1HKNA 1Q56A 3HMYA 3BAOA 3VT2A 4FPGA 3O4BA 1UX6A 3RMXA 4Y24A 1VAMA 2GMPA 1N47A 1M2TB 4FPOB 2B7YA 4JAWA 4AN6A 3JUTA 3I8TA 1RITA 4P0KA 5EC5A 1EVTA 1BASA 2A71A 1O4YA 3RMYA 3ZPYA 1II4A 3BA4A 1DLLA 5IK4A 2AQZA 4G6MA 1N3OA 2ZGRA 3LTQA 3SNMA 3MW3A 4AN7B 1UPSA 1F31A 3HBWA 3OGFA 1VIWB 2YY1A 1EYLA 1HLCA 1UZYA 4YZ5A 3WCRA 2AFGA 4Y1UA 3VKOA 3N7KA 1TWEA 1XQNA 2D6LX 1HWPB 3B3QE 3CA6A 4J23B 3WDYA 2A6YA 1W0OA 3O49A 4WV8A 2XOAA 1OQ1A 3NWKA 3AJZA 3HALA 4UW6A 3ZYRA 1PWAA 1GV9A 5KXBA 4ZFUB 3WMUA 1FAYA 3IIRA 5GZEA 2ZMNA 1Q8VA 1E0OA 4ITCA 1DFQA 3ZXLA 4YM2A 1Q1UA 3FLPA 4Y1YA 3H6SE 4YZ1A 2K8RA 1CE7B 2K43A 3POKA 1HCDA 5GZFA 2NM1A 5DZEA 1YI7A 4AGGA 1DYPA 3FJKA 3BAUA 2A6VA 2P37A 4P14A 1Z78A 1R8NA 2P2KA 3V0AA 1YIFA 1DGLA 3OYWB 1WD3A 4OUJA 4IZEA 3TC2A 3WUDA 5CAZA 1A3KA 3H6QA 4YGEA 1QQKA 2ZACA 3BRFA 4I4XA 2NMOA 5DUYA 5DZFA 2P34A 3IM0A 2RSTA 2OVUA 5JOXA 3USUA 1CVNA 3UD7A 2ZHNA 5E88A 1H9WA 5GLUA 3ILNA 1G7YA 2CWSA 4YM0A 2IWTB 4I7IA 1SLBA 1AF9A 2JJ6A 1CIWA 2P39A 1M16A 1K5VA 3O5SA 4QC4A 2BQPA 3ZSLA 3FLRA 1GBGA 3T1MA 1GSLA 4LBQB 2R1DA 3WO2A 3W9TA 3C2UA 2ET2A 1LHVA 1SBFA 1I3HA 3ASIA 1BZWA 4IZXA 2ZQNA 4P9YA 3AZVA 3BIWE 1D2SA 1QOSA 1IKQA 1C1LA 3OY8B 1HKDA 4GALA 2ZZJA 4JCKA 1FMMS 1J1TA 3CRHA 3BRGC 1W3FA 2JE9A 3O5WB 4Q2FA 1MS5A 3UK9A 2KI6B 1BFGA 2VU9A 3TAYA 4I96A 2ARBA 2KI4A 5AVAA 1G82A 4I1EA 1QXMA 2A3WA 1TEIA 3I2XA 5BXRA 2ZGQA 1WW6A 3UJOA 3M2MA 1BKZA 4XJ8A 1ULCA 3O4AA 4Q9PA 1N1YA 2Q9XA 1LOBA 1W0PA 1TTUA 2FHRA 4IY9A 1FGAA 2R9KB 1DZDA 1KJLA 3OJ2A 1V6XA 1MS8A 3SISA 1BQPA 1Q04A 4YW5A 1ENSA 5F8WA 2ZHKA 1V6WA 4OW4A 3OBRA 1W6MB 4XJUA 2DVBA 3RTJB 1S1AA 2ZGPA 2ZGOA 3FJDA 1QDCA 5DUXA 3DGTA 4I1BA 2WKKA 1AVBA 4DRVA 2DVAA 2GNTA 4I6IA 2C9AA 4R6UB 4PQ9A 4BM8A 1YXWA 1A8DA 2KM2A 2AYHA 3D6EA 4KBBA 1SCSA 1OFSA 1Q8OA 2ARXA 3QR5A 3AP5A 4ZLBB 3ZXDA 5CNAA 3WOGA 2VSEA 1WW7A 3AZXA 4YZ4A 4LO7C 3SNVA 2DREA 1IKPA 4ZOTA 4XFSA 4X39A 5JLVA 4SLIA 3ATGA 1SR4C 3ZVXA 1V6NA 1QNYA 4DS0A 3FJAA 2YROA 1MR5A 1L2HA 4ATEA 3ILAA 4JRAA 4LBNA 3UJ4A 4ENDA 2D3SA 4YG3A 5FZYA 1APNA 4XBLA 1JT3A 4H9WA 2G4IA 5H9RA 3Q7WA 2D7RA 3WMVA 1QKQA 4I4VA 3Q7YA 4XJAA 4EEEB 3WUCA 1LU1A 2EXIA 2M49A 2DU0A 3OJBA 1W6OB 4OWKA 5F8SA 2MIBA 2GALA 4OWLA 2I1BA 4ZKTB 3AH1A 4A7YA 3IPVA 1N1TA 2EIGA 2FDBM 4WVVA 4P0LA 3N7JA 4J2KA 2E6VA 3R05A 3CA5A 3KM5A 5GZCA 1UZZA 3VKLA 2DYCA 3M3EA 1SR4A 3OBTA 4R9AA 2UWBA 4G6JA 4YFWA 2VW2A 4YW2A 1WUVA 1MVEA 4YZ3A 1IOAA 1AZDA 3N36A 4Q1PA 3BAGA 3SH3A 5EYXA 3APBA 3VKFC 1DQ5A 8I1BA 4Y22B 4HL0A 2ESUA 2XB6C 3BAQA 1GNHA 2D6MA 3VUOA 1KRIA 2PHFA 3AP9A 4AYUA 2W68A 1MS0A 2YXSA 2PELA 3B69A 2NZ9A 3VT0A 1GICA 2P3IA 3IM7A 3H6RB 1AFCA 5LK5A 1DQOA 1C4RA 1XHBA 3UD8A 3AKFA 4DEPA 1BYHA 5E8AA 4QD2C 3SH5A 4LBMA 4BMEA 5EYYA 1PUMB 1F9KA 2OUJA 3FJ9A 1DHKB 4JKQA 5T54A 4QO3A 4TLPA 1NLSA 1IHKA 2DRYA 3K1XA 3LSDA 1ENQA 3ZX7A 4ZXKA 5CA6A 5I1BA 1QNWA 1WW4A 3D4KA 1ISYA 1X50A 3S8JA 1FMZA 3WG2A 2VUAA 4OEGA 3NV1A 5BXTA 4Q9GA 1DYKA 2ZMLA 5CB7A 4NOTA 2A3XA 3MALA 1AVXB 4YOLA 1CR7A 3B9CA 3NJ5A 2NTDA 1S0EA 3BB2A 4MYEA 3I4IA 3AYCA 3A0KA 1V6JA 2GMMA 5GLZA 4EFPA 1JYCA 1MD6A 3N0KA 4FQ4A 4G1RA 1WBFA 4FOWA 5BVPI 1LGCA 3OJVA 1YRZA 4XDQA 2HZ9A 1AJOA 5GZDA 3O3QA 1YBIA 3AX4A 2PHUA 4XIKA 2I2SA 3LCPA 3AYEA 5DXDA 1AX0A 4XKIA 5G00A 2D20A 1CPMA 5JOZA 3O0XA 4K20A 2ES3A 3MPPG 5E24E 2R16A 2V73A 4GA9A 1RG8A 4I8MA 1PC8B 4KEKA 2ZGMA 4XBQA 3FLTA 4XBNA 3PMEA 3P6IA 3UL2A 4J2SA 4Y1ZA 3W58A 2R1BA 4IHZA 1GANA 3AH2A 2D6OX 4JP0A 5FRAA 2DTWA 3S8KA 3OGGA 1LOGA 2D3PA 3TB0A 1TWMA 3ZXGA 2SBAA 5DG1A 1Z4SA 1GZCA 2D24A 1MS4A 3WDWA 4FPJA 3VV1A 1MZ6A 1HWMB 4XJ9A 2GN7A 1KDKA 3AYAA 3M1HA 3P6JA 3NV4A 4Z9WB 1IJTA 3BAVA 4PF5A 2R0HA 2WT0A 4ZBVB 4QBCA 3M3CA 5JVVA 1JYIA 1SZ6B 4XFUA 4GP3A 2FMDA 4I3NA 3PVNA 3WDXA 1W6NB 3ENRA 2PHRA 1DIWA 1FV2A 3ZXEA 2E53A 5IUQA 5KXCA 5IK7A 1V6LA 1JHNA 3AKGA 2CTVA 2Y9WC 3WINC 1LCLA 4YZ2A 2NVHA 4Z8BA 5GALA 1HDKA 3WDUA 4IYBA 4FGFA 1OKQA 4AVVA 3NBDA 4FPHA 3N7LA 4AVSA 4I4PA 3LSEA 2SLIA 3IPVB 4PBOA 1W6QA 4FPLA 4GAFA 1AVUA 3UD9A 3VSZA 1EPWA 2D6NA 4LO7B 3RTIB 2GMEA 2CWMA 2MLLB 1LGBA 4XOGA 2D7FA 3NBNA 2C5DA 1NUNA 4J2YA 1N1SA 4LBOA 1W3GA 5HPZA 2V5YA 2ZBJA 3CU1B 4QKRA 4XYXA 3V64A 3POYA 3WINA 2TEPA 2VY0A 2ZGKA 3CAHA 1R8OA 3MW4A 5SV8A 1DQ1A 4M00A 4Y20A 4HR6C 1KDMA 4XXPA 3ZC8A 1UN1A 5KXDA 1WBLA 1QOTA 2D43A 2YMZA 5E89A 2JECA 3VKMA 4M3CB 1U0AA 1Q8PA 3MEPA 4XE9A 1YTOA 1NXD1 1MACA 2KLLA 2R49A 1DBNA 1F5FA 1Q03A 2DUQA 2YZ4A 5H9SA 2EXJA 4QALA 5CBLA 3JU9A 4P9XA 1PZ9A 5GLTA 1BARA 2QYIB 2PHWA 2MC2A 2VH9A 3R4UA 2ZQOA 1G9CA 1IS4A 1J0SA 3M3QA 2UUSA 2D23A 1JY0A 1UAIA 1BLDA 4D0TA 3RQ0A 1HIBA 1MS9A 1QMJA 3OPZA 1CESA 3NBCA 3VEQA 2EXKA 2ZAAA 4L8QA 3WNXA 3KQRA 1AXKA 4BMBA 5BP5C 3ZC9A 1OQLB 1JN2P 3BRDA 3RSJA 5JDBA 4YGDA 2Z48A 4PBPA 3WLUA 2A75A 1S0JA 5GM0A 4K1ZA 3BODA 1VAVA 4OZXA 4GWMA 1SBDA 1HCEA 4JQ0A 2NN8A 1GLHA 4X3AA 2A3YA 3PG0A 1BFBA 4R9BA 2BEBA 3V0BB 41BIA 1LHUA 3V65A 2E7TA 1GZWA 4IQPA 2P3JA 1YO8A 2D6PA 4JC1A 4CZSA 4JKXB 1ULDA 1V00A 3A4UA 1GYKA 2IHOA 5T55A 5F8YA 2A70A 2W52A 4X37A 2EF6A 1ONAA 4LBQD 5GLVA 1G9FA 3O12A 5FREA 3FJHA 2VW0A 1FN0A 4G9MA 4X38A 3RG0A 5BP5A 1LTEA 4XJWA 4WZFA 4PC4A 3FUQA 1WCSA 2VLCA 3U4XA 2EXHA 4LO8B 3SITA 1S0CA 4I4RA 1AVWB 2Y9XE 4FVVA 4EKXB 4IONA 3BADA 2DTYA 3WZ1A 2J3PA 5GLWA 2WBCA 2WRYA 3CA0A 1FNZA 4D69A 2VW1A 2A5ZA 3RS6A 4BLIA 1LECA 1JW6A 1BFFA 3OJMA 2ZGTA 1WLDA 3WDVA 3WV6A 1LJ7A 3CA3A 4M3CE 2YUGA 1JUIA 2OW4A 1CVSA 2UURA 1FWUA 1LHNA 4Q8KA 3UDAA 1IS5A 1FNYA 2DUOA 4XMIA 4TYSA 1XYFA 4UW4A 1ULEA 4A7ZA 2DRZA 2BFHA 3VT1A 3WHTA 2WQZC 4UW3A 4YM1A 2ZKNA 2ZA9A 2ZGUA 1LGNA 2WSVA 3ZSJA 1JT5A 2UWCA 4LO2C 1KITA 4ATFA 1UMZA 1H30A 1VCLA 2HYKA 3SLIA 1FYUA 1VALA 4USPA 3AJYA 1WLWA 3NV3A 2VXTI 2NMNA 3ZSKA 1C1FA 1V6KA 3AZZA 4W65A 3AKHA 5B2HA 1T9FA 2X2TA 2DURA 3V0AB 1I1BA 3IMNA 4LBQA 3N35A 4Q26A 1ULFA 3AXDA 2GDFA 4XHBA 1TP0A 3BOPA 1TOOA 1SCRA 4F83A 4Z8SB 4M01A 3PUBA 1GNZA 1QDOA 1W6QB 4GKYA 3A21A 4GXLA 4GAIA 2D44A 3F1RA 1FV3A 3USUB 1MS1A 4XJZA 4LO2A 4C1WA 3L2YA 5T5JA 3A23A 1QQLA 4GWNA 3WG1A 4XTMA 2H0BA 4DQAA 1SLAA 5F90A 3ZXKA 1BJQA 4GOYA 4Y20B 4FPKA 4K21A 2A6XA 1PZ7A 2WT2A 4YW4A 2GN3A 2DUPA 3FGMA 5FNXA 4BOWA 4QBVA 2NP0A 3HSMA 1ENRA 3AP7A 3BTAA 1SBEA 4XHXA 1N4KA 1N3PA 2LIQA 1SLIA 1W6PA 3H0OA 5D61A 3UJ0A 2JDZA 2WLQA 1Q8QA 2AGSA 1CQ9A 1ISVA 4YM3A 1LENA 3BX1C 3E8LC 3PVOA 3D7WB 3HOMA 1LEMA 3AJ6A 1JBCA 1ULGA 3NV2A 4FOYA 3ILRA 5F5QA 5T5LA 4I0YA 1LOFC 1LU2A 4DENA 5D62A 3WVJA 1LOAA 3CNAA 5DUUA 1PUUB 2RHPA 1DQ2A 1JQZA 1IILA 1WBAA 1QF3A 2VXRA 5JMCA 3IN9A 1AXYA 3HN1A 4Q27A 4YFZA 1IS3A 4FQZA 4U2AA 1ITBA 1FX5A 4RL7A 3LLPA 1DQGA 1Z0HA 2ZHLA 3FJEA 1G8WA 1SFYA 1V6IA 4KEJA 4P6AA 5EXOA 1LEDA 4XFTA 2D22A 3VSFA 4XTPA 4FP2A 2AUYA 2F2FC 1H9PA 4LO1C 3GNEA 1RMLA 2WT1A 3MW2A 3AK0A 9ILBA 2HW9A 4H55A 1S0GA 1QOOA 1LOFA 3CA1A 2UWAA 3O4CA 3IAGC 2DV9A 1ISXA 2WJSA 1UKGA 1IT0A 1C57A 1GZWB 4YW3A 2ZABA 1V6UA 1VLNA 5FZUA 1ZA4A 2W39A 1S0LA 1W6OA 3WDTA 1TIEA 2P3KA 1DZQA 3W59A 2RG9B 1T4QA 4D0ZA 5HCAA 3AXEA 2AAIB 3BA5A 4AGRA 3O44A 4A7KA 4NO4A 1R1ZA 4FOQA 1AX1A 2D1ZA 2F2FA 2ENRA 1DJSB 4L4IA 2ZGNA 4LO1A 2K4AB 1WBCA 1EV2A 4DPNA 2E4MC 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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