3RMXA

Crystal structure of hcr/d f1240a mutant
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
415
structure length
404
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRASFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium botulinum
total genus 89
structure length 404
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmxA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmxA02
3M3CA 3BODA 3H0OA 1BLAA 3UD9A 1VLNA 3T8SA 5BQUA 1KQRA 3CNAA 1FATA 3O0VA 3HSMA 5DZFA 4H04A 1W0OA 4CJMA 1I1EA 3AYAA 2BEAA 4KEIA 1WBAA 1LHOA 3VSZA 1YTOA 2A70A 4GAFA 3WV6A 3NBEA 1G82A 2VLCA 1LU2A 2A75A 3D6EA 2NMNA 4JKXB 5GLTA 4L4IA 3S8JA 3ILFA 1LOAA 5T5LA 1LODA 3O0WA 3HALA 1VIWB 2EIGA 3MPPG 1U0AA 3TB0A 1FWVA 1Z2VA 1ISZA 1V6UA 5E88A 4I0YA 1BJQA 4AVTA 2L5XA 2R0HA 2ET2A 2D6KA 3ZXFA 2D43A 3MW4A 1QU0A 2DS0A 3WG4A 5IK4A 4Y26A 3SISA 4R9AA 4XTPA 1IS4A 4K21A 3AZWA 1FNYA 4I1BA 3AH2A 4WVVA 3RQ0A 4UW5A 3B3QE 3BTAA 4AN7B 1GLHA 3AP4A 3LTQA 5E8AA 1M16A 1TEIA 3M3EA 3BRDA 5DXDA 2JE9A 3Q9OA 1ISVA 2ZHKA 1N1VA 2ZGMA 5GALA 2DV9A 1RITA 3B9CA 4BLJA 4UW3A 4EFPA 1TP0A 2DYCA 1WBCA 1BARA 5H9PA 3POKA 3DGTA 3W58A 1AVUA 4J2YA 4XXAA 4Q2FA 2BQPA 3ZX7A 3IMNA 5BP5C 1JUIA 1SLIA 3T1LA 1SBDA 4HA2A 2P3JA 3BOPA 4C1XA 2GNDA 1BASA 4YG3A 3ZYPA 4I30A 2NVHA 3AJ5A 1DHKB 4Z8SB 2F2FA 3MALA 1SZ6B 5BXSA 5BXPA 1S0JA 1GZWA 4Q9GA 3I2XA 4YGBA 3UD8A 1IOAA 3HR9A 2ENRA 2CL2A 1ONAA 1APNA 4QC4A 4I8MA 1DGLA 1MZ5A 3ZSLA 5D61A 4II0A 1GZWB 3CA1A 3V79C 2GO2A 2OUJA 1QDCA 3WMUA 1UPSA 4FOYA 7I1BA 5JDBA 1HDKA 2UWCA 3O3QA 1YIFA 1S0BA 5GZEA 1C1FA 1YXWA 3KQRA 4G9NA 2GALA 2AUYA 2DUPA 1LENA 1WW7A 1MS0A 1QXMA 9ILBA 3FJEA 3SNMA 4J2SA 1IRAX 1HCEA 4A7YA 2K43A 4YW2A 1URXA 3FJKA 1EYLA 5JMCA 3KMVA 5CNAA 1Q56A 1BFBA 2XB6C 3FLTA 4Q1PA 2PHXA 1N1TA 1IOBA 3DUIA 2KH2A 3UK9A 2JKBA 1MR5A 1K5UA 3SITA 1W3GA 2A6WA 1DQGA 2ERMA 2C5DA 3TAYA 1QMJA 2V5YA 3OJBA 3RS6A 1AJKA 1ULFA 4LO7B 1AFCA 1MS1A 4X39A 1JHNA 3WO2A 4JPZA 1BFCA 1YI7A 1Z0HA 3SLIA 3OJVA 1QOTA 2X2SA 3WHTA 1HLCA 1Q8VA 2A3YA 3D7WB 2CNAA 1Q04A 2OW4A 2D7IA 5DUYA 3OGGA 4X38A 2HZ9A 3OY8A 2WT0A 5BP5A 1TTUA 1LOBA 1ZM1A 3ENRA 2M49A 1AJOA 2NM1A 5CAZA 1ISYA 4Q9PA 3L2YA 1VAMA 3P53A 3WG1A 4GKXA 2FDBM 3OY8B 1AZDA 1W3FA 4YM3A 4LO3C 1YYNA 3IAGC 4X3AA 4YLZA 2ZACA 4DCKC 1AX0A 4LBQD 3BAVA 4AVSA 4BLIA 2DUOA 1WD4A 5FNWA 1CONA 4LBKA 5BYNA 1JXNA 3I29B 4WZFA 1EV2A 2NP0A 3IM6A 3B01A 1LESA 1HWPB 3AKIA 3CAHA 1JW6A 4AGRA 5IUQA 5G00A 5CA6A 2D6OX 4I4QA 3PVNA 1KRIA 4PBOA 1FMMS 2WT1A 2P23A 1ULGA 4M3CB 4PBPA 2YY1A 2BEBA 1LHUA 3VSFA 2AENA 5JOZA 1Q8PA 1WW5A 5GLWA 2CY6A 2D44A 4L4HA 2KKIA 4ZOTA 1SLBA 3BAHA 4FVVA 4IY9A 3POSA 2UWAA 4P9XA 2ZGNA 3UJQA 1BQPA 3IPVA 3N0KA 2SLIA 3FJBA 2DUQA 4IYBA 3BX1C 4XFTA 4CZSA 4KEJA 1L2HA 5T50A 1TWMA 1YO8A 4SLIA 4XMIA 3IPVB 4Z8BA 4P6AA 3POWA 1SACA 3B00A 2ZR1B 1J0SA 1FMZA 1C4RA 2AGSA 4YZ5A 5T5PA 2P34A 4J2XA 3WDWA 2Z48A 4LBLA 4ZFYB 2ZZJA 1ISWA 4XHXA 5GAQA 3ZPYA 2YZ4A 1YRZA 1MZ6A 4ISQA 1E0OA 2CYFA 4R6UB 3USUA 1V6LA 3WCSA 1ABRB 4Q26A 2A5ZA 1GANA 1O4YA 1QKQA 1XG6A 3MW3A 3WUCA 2YV8A 3UL2A 2Y9FA 1QF3A 1MS8A 1AXMA 2LIQA 1KDKA 3A0NA 4IQPA 4M01A 4LO3A 2DU1A 5GLZA 5L73A 3FJJA 1DQ6A 4XBQA 3ZXLA 3BAUA 4I96A 5HCBA 4JCKA 5DVHA 1G9AA 3SH3A 1BFGA 1V6IA 1NZKA 3RMXA 5H9QA 1LOGA 3AYCA 2IWTB 1MS5A 1DYKA 2K8RA 2LALA 3H6QA 4YOLA 2JJ6A 1H9PA 1AVWB 1QOSA 2UURA 4YW5A 2VW2A 3OBRA 3Q7YA 2UWBA 1IILA 4CRQA 5DG1A 4GWNA 4H9WA 4A7KA 4HJJA 5GJ6A 5JOXA 1DYPA 3PVOA 4W65A 2FHRA 2AH2A 3FUQA 4IZXA 1S0DA 4OUJA 3HN1A 3P6JA 4LO2A 2F2FC 4XIKA 4LO1A 1BXHA 1CQ9A 4LBOA 2WLQA 5DUVA 3AP5A 4R9BA 1A78A 2OVUA 4C1WA 2PHTA 2YMZA 2AR6A 4AYUA 4XXPA 4YW4A 2GZBA 4I4UA 1W6NA 4FPFA 3OGFA 4P9WA 1I3HA 3FJ8A 3QYDA 2CTVA 4X37A 2FFVA 4XTMA 2VSEA 3VKFC 3V0AB 1KDMA 5GM0A 3VEQA 1ULDA 2A6YA 3IKWA 4DQAA 4TZDA 5T55A 3CQAA 4XKIA 3JUUA 3BAOA 1W6NB 3AXEA 1PUUB 1IKQA 1LHWA 2ZABA 4JQ0A 1MD6A 3O4OA 3EF2A 3FJFA 4GOVA 2NTDA 4HL0A 1CR7A 5SV8A 3N36A 2PELA 4YW1A 4I4YA 1M2TB 1Z4SA 3AP7A 4LO7C 2ZGSA 1LOFC 3VT1A 4AWDA 5DZUA 3MEPA 2Z49A 2RG9B 4QBCA 1AX1A 4P9YA 3AZXA 1SFYA 3BB2A 4Y20A 1S0IA 4I4PA 3R4UA 2CWSA 5EHAA 4K1ZA 1JOJA 1V6VA 3M3QA 5EYYA 3ZSMA 2QYIB 4FGFA 4XILA 3OJ2A 1DIWA 3SNVA 1MS9A 1A3KA 3AJ6A 4JAWA 4P0LA 4Y1XA 5CB7A 2DWRA 4ENDA 4BQ1A 1HKDA 4ZFWB 4LO0C 4Y20B 4I1EA 3ILNA 4ZKTB 3WINA 2Y9WC 3FJCA 3C9ZA 2DTYA 4GP3A 3CRGA 3FJ9A 1W0PA 4YW3A 3H6RA 1LULA 1N3OA 1GYKA 1JT5A 3QCWA 2I1BA 1UX6A 2ZGPA 2ERFA 2VSAA 5D63A 3MW2A 4M3CE 3A23A 4OZXA 1ONKB 1MS3A 1G9DA 2YUGA 1X50A 1DQ0A 3AYDA 1HIBA 2ZGOA 2K4AB 2DTWA 4YFZA 1FV2A 4Z9WB 3H6RB 4XIOA 4YM2A 3R4SA 1KJRA 2E7QA 3AH1A 3M1HA 3WZ1A 3O5SA 3IM5A 2ZGRA 3RRDA 4FPEA 1OQ1A 1SLTA 2B7YA 4FP2A 5JOWA 1JT4A 4FOWA 4Q8KA 2FFUA 3SH4A 1DZCA 2P2KA 2EXKA 2WT2A 1Q8QA 2MIBA 3WCRA 4GAIA 5DSSB 3UJ4A 2TEPA 1GGPB 3WLUA 4Y1UA 5FRAA 5F8WA 1WD3A 4Y24A 2D1ZA 1O4ZA 5FZUA 4Y22A 2GMPA 3I4IA 3PVEA 1DZQA 1NUNA 3WOGA 4XFUA 3ZVXA 2VY0A 4FPKA 5IK8A 4FPOB 1IS3A 1Q8SA 3HOMA 1PUMB 2HYKA 2Q9XA 3WDUA 3FFZA 2CWMA 4OWJA 3WO4A 1LOFA 5BXTA 2W08A 3ZXKA 4Y22B 4GXLA 4LBMA 2E7TA 2DRZA 5T5JA 3RSJA 3N7KA 3N7MA 5HCAA 4ISRA 2ZMKA 2AFGA 3F1RA 3RTJB 1BLDA 5EXOA 2W39A 4YG0A 4YM1A 4QO3A 3E8LC 4PQ9A 2D24A 2PHWA 1QGLA 5IK5A 4LO0A 2KM2A 1IKPA 1V6MA 3O49A 4Y1VA 1SBEA 4FPCA 1LECA 3O12A 1PC8B 3CU1B 4YZ1A 3IN9A 3AH4A 3BRGC 2W52A 2DVFA 2WNEA 5DZGA 4EB2B 1N47A 1N3PA 1UZYA 2V73A 3WNXA 2A6VA 2A7AA 4GWMA 3JU9A 1LCLA 2ZHNA 1GKBA 3ATGA 3N35A 2SBAA 2JECA 5F9TA 4I3NA 5D62A 4GA9A 2D23A 3WO3A 1JBCA 2D6MA 4EEEB 1T9FA 3FLRA 4QD2C 1WBFA 1Q8OA 3CRHA 2P39A 1AF9A 5JLVA 4XJWA 1CVNA 3WDXA 3WVJA 1HQWA 1KNMA 2FMDA 1UL9A 3B69A 2P3KA 2A3WA 1Y7BA 2E51A 1JQZA 2D3PA 1TOOA 1V6NA 4TLPA 4XBLA 3JRRA 4M3CA 3PG0A 5H9SA 1WBLA 4YZ2A 1AXYA 2Y9XE 4OEFA 2EXIA 2E6VA 3O5WB 2A71A 1S0FA 1ENQA 1G86A 4ZGRB 3ZXJA 3Q7WA 4JRAA 3ZXDA 1AVAC 1IS6A 3O0XA 5FREA 3WDYA 5EC5A 2AQZA 3N7LA 4J23B 2GN7A 1SBFA 4LO2C 2C9AA 3FUOA 1W6MB 4DS0A 4LO1C 4R9CA 4XZPA 1CN1A 1LEDA 3LSEA 3N3HA 1RIRA 2XOAA 1W6PA 1MC9A 1G9FA 1HWOB 3BIWE 2D22A 2RSTA 4AGVA 3UD7A 3VT0A 2FO1A 1YF8B 1QQLA 2YXSA 1CPMA 1Q1UA 1EPWA 3AK0A 4FPJA 4GKYA 1W6PB 1BA7A 1RINA 5DUWA 1WW6A 3I2AA 3POYA 4DENA 3N7JA 4EKXB 2AREA 4U36A 4XJUA 3V64A 1PZ8A 4IY8A 2DVAA 1WUVA 4OW4A 3D5OA 5BVPI 3RTIB 2DVBA 3VKMA 5AVAA 2NMOA 3GALA 1V6KA 3U4XA 1FNZA 4PCRA 1KITA 4P0JA 2AAIB 1HWMB 4LBQA 1XYFA 1IT0A 2WSVA 3VKLA 4IONA 4NO4A 1V6OA 3UJ0A 2JDZA 4LBJA 1JN2P 1ISXA 3WUDA 1QQKA 2PHUA 3CA0A 3UJOA 2ZAAA 5F8SA 3VT2A 1CVSA 3WINC 1DQ1A 4QD2B 3BAGA 2ES3A 4LBQB 2NZ9A 1XQNA 4ZXKA 4ZLBB 4J2KA 3FBYA 3V0BA 4NOTA 3RMYA 1JT3A 4MYEA 5F5QA 1JT7A 5KXCA 4USPA 5JVVA 1GICA 2J3PA 3A22A 4XJZA 4XOGA 1RG8A 4BMEA 4FQZA 1FQ9A 2WRYA 4XYXA 1GZCA 5GZFA 4I2SA 3V0BB 4XMAA 4WBCA 1W3AA 3KM5A 4RL7A 3BADA 4ATFA 5GLVA 1F9KA 1ULCA 1P63A 3O4DA 3TC2A 5KXBA 3AZVA 1QNYA 4D69A 2D6NA 5GZGA 2G4IA 1OQLB 5JOYA 3V0AA 1WLDA 3NV4A 4U2AA 2HWAA 1TIEA 2D7FA 2FGFA 2ZMNA 4IHZA 4FOVA 1JY0A 4I4SA 4Y1ZA 4D0TA 3WHUA 2ZBJA 3AYEA 4YGEA 3QR5A 1II4A 2WKKA 2HW9A 3P6IA 2PHRA 3AJYA 5E89A 1SR4A 2GNMA 1GZ9A 5CBLA 1LGCA 4AGGA 1LU1A 1TFMB 1SCRA 1IJTA 1LOCA 3O4AA 4I7IA 4L8QA 2ZHMA 1FX5A 4JKQA 5T5OA 4OWLA 4Q27A 4WV8A 3CA4A 2AXMA 3PUBA 3AP9A 1RZOB 4TYSA 3B9UA 4P0KA 2D6PA 1QNWA 4FPHA 2GNBA 4YZ4A 2A6ZA 2VW1A 1G8WA 4M00A 4YZ3A 1DFQA 3BAQA 3FGMA 4FP3A 2H0BA 1SLAA 4FPGA 4Y1YA 4G6JA 1HCDA 1A8DA 1WW4A 1FN0A 3WG3A 1DBNA 2ZGTA 1Q03A 4CTEA 2A3XA 2ZGLA 4LBNA 1N1YA 3WDVA 1SLLA 2R9KB 4QKSA 1C57A 4FOQA 3SH5A 3INAA 4WVWA 3H6SE 2Z42A 2DRYA 1DQ5A 1SCSA 4M3CF 4GP0A 3A0KA 4F83A 3FJAA 3O4BA 4A7ZA 2WJSA 2WSUA 3T1MA 4XDQA 2EAKA 2I2SA 1G9BA 1JTCA 5GZDA 3UDAA 1FV3A 1UAIA 4Q1RA 3RG0A 3NBCA 2Q5TA 3OPZA 4G1RA 2ZQOA 4QKRA 3S8KA 4XFSA 3A4UA 1NLSA 3WMVA 4FQ4A 1N3QA 1VAVA 1PZZA 3LSDA 1F5FA 4GALA 1CJPA 4UW4A 4KC3A 3LLPA 2D7RA 2D3RA 3WA1A 1CPNA 4ASMB 1V6JA 3F62B 3AXDA 1H30A 1W6QA 3ZSKA 5DUXA 2GN3A 4G9MA 3PMEA 4BMBA 2ZKNA 4I4RA 1LJ7A 1QOOA 1I1BA 2W68A 5I1BA 1AXZA 2YROA 5DUUA 2ZGKA 1TWEA 3BA5A 2ESUA 2P37A 3AZYA 4DEPA 3NWKA 1R1ZA 1H9WA 2E4MC 3K1XA 1HQLA 1BKZA 1W6QB 1YBIA 1UKGA 1LTEA 1T4QA 1GNZA 2RHPA 4YG6A 4F34A 4OEGA 3Q7XA 2ZQNA 4IZEA 1FWUA 3I8TA 4XJAA 2ZGUA 4ITCA 1IHKA 4PC4A 4I4VA 2GMEA 3A07A 2HWMA 4GOYA 1R8OA 3FJDA 1B09A 1LHVA 1G7YA 4I4OA 1JYCA 2ARBA 2NN8A 4HANA 3ZC9A 5FZZA 5EYXA 2MLLB 4QBVA 1S0LA 4PF5A 3WG2A 2RQ9A 4XJ8A 1W6OA 1WLWA 1UMZA 4USOA 1MACA 1G9CA 3NJ5A 2Y9GA 1CIWA 3IM7A 4DRVA 1WLCA 1LHNA 3A21A 4YFWA 3PJQA 1LGNA 3AJZA 3IM0A 3AX4A 1CE7B 4D8HA 2UUSA 2R49A 3AKFA 2GMMA 3BA4A 1W6OB 1PZ7A 3OBTA 3NBNA 2NYYA 5EG6C 1BYHA 3T2TA 2WBCA 4ZFUB 3D4KA 1D2SA 4FPLA 4EFQA 4H55A 2KLLA 4QALA 2DREA 4YGCA 2Q3NB 1DQ4A 1AXKA 1V6XA 3FJHA 4P14A 1DZDA 2UU8A 2R0FA 5FZYA 1MVEA 4BM8A 2QN4A 1GBGA 1N4KA 2EXHA 3BA7A 2BFHA 5T52A 5IK7A 3CRIA 1XHBA 1MS4A 4ZBVB 5LK5A 2DU0A 4G6MA 3ILRA 4AN6A 4KBBA 2VXTI 3VV1A 4OEEA 4R9DA 1HWNB 2R1DA 1GNHA 1MVQA 1DLLA 2X2TA 21BIA 4Q91A 2JE7A 3AKGA 1OKQA 4OWKA 4K20A 6I1BA 1RY7A 2E53A 4DRRA 3O4CA 2LTNA 1IRPA 2E4MA 4FPYA 1ENRA 4XHBA 1W6MA 4UW6A 5F90A 1JLYA 5HPZA 5IT6A 4JC1A 1OFSA 5EWSA 3IIRA 1J1TA 1PZ9A 2DVDA 3V65A 2DURA 1C1LA 3OJMA 2AYHA 4LO8B 5FNXA 3HBWA 1R8NA 1RMLA 3WDTA 3C2UA 4D0ZA 1KJLA 1BFFA 2R16A 1LEMA 3CA5A 1UN1A 1F31A 1FAYA 1GSLA 41BIA 4YM0A 2A6XA 1CESA 2EALA 5HCFA 4ZA3B 3ZC8A 2ARXA 1Z78A 1JYIA 3HMYA 2VUAA 3VKNA 3OYWA 4AVVA 1UZZA 2ZMLA 3QLQA 3NV3A 5BQUC 5B2HA 3VKOA 2D20A 4RA0A 1AVXB 1FGAA 1ULEA 2VU9A 3ZXEA 3APBA 2DVGA 5H9RA 4XJ9A 3FJIA 5GLUA 4DFSA 1BZWA 1ZA4A 3AP6A 3ZSJA 1S0EA 1SR4C 4YGDA 3OYWB 3NV1A 4I4XA 1LGBA 2KI6B 2IHOA 3R05A 4I37A 1VALA 3LCPA 3O44A 3M2MA 4KEKA 3M3OA 1EVTA 4XE9A 1WCSA 1PWAA 2PHFA 3W59A 5DG2A 3AKHA 5DZEA 1N1SA 2WQZC 3ILAA 1ENSA 1LOEA 3FLPA 3NBDA 3NV2A 3AZZA 1IS5A 1JLXA 5F8YA 1DFCA 1ITBA 2GNTA 2D6LX 3AFKA 2ZA9A 5T54A 2GDFA 1NXD1 1S1AA 3VWCA 2MC2A 2VW0A 1QDOA 5BXRA 2ZGQA 1XZZA 4BPZA 3ASIA 2LIEA 1V6WA 1S0GA 1VCLA 3USUB 5E24E 3JUTA 1FYUA 1V00A 5KXDA 4K1YA 3CA3A 1DQ2A 2JD4A 2XG3A 5GZCA 3CA6A 1S0CA 2VXRA 3GNEA 2OUHA 31BIA 1SLCA 2F8XC 4Q8LA 3BRFA 4DPNA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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