3RMYA

Crystal structure of hcr/d w1238a mutant
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
415
structure length
401
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNIAIYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium botulinum
total genus 97
structure length 401
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmyA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmyA02
3OGFA 3MALA 4GWMA 1FNZA 1KNMA 1W6PA 2DS0A 3PVEA 5G00A 5GLUA 1Z4SA 2AREA 1D0HA 3O4CA 1DFQA 4QC4A 1KDMA 2ZMNA 3D6EA 2K4AB 4SLIA 5DZGA 3BTAA 3SH4A 5L73A 3R4UA 5H9SA 2JD4A 3KMVA 5GZEA 2XG3A 1LULA 1G8WA 2LIQA 4YM0A 4PBPA 5FZZA 3ZYRA 1O4ZA 1IKPA 4XIOA 2ZKNA 4YOLA 1DQGA 1GSLA 3POSA 5IT6A 2PHUA 3VKFC 1FGAA 2OUJA 1HWOB 3IM7A 3WDWA 2Q3NB 2ZGQA 2GMPA 2VXTI 1P63A 3ZXFA 1YXWA 4GAFA 2KI4A 1AVXB 2AGSA 1AVWB 1II4A 4Z8BA 2MLLB 3POWA 3WHTA 1G9DA 2PHWA 1EPWA 2OVUA 1YI7A 3FLPA 3WINC 1F5FA 1HWPB 3NBNA 2YXSA 2UWBA 4AYUA 3FJBA 2GZBA 5GZDA 2VH9A 2D43A 3AK0A 4Q9GA 4YG6A 4H04A 3WDXA 1WBCA 5BXPA 2HWAA 3LLPA 3AJYA 4FGFA 1JHNA 3ZX7A 1HKDA 3RMXA 2WT1A 2NYYA 3HN1A 3OJ2A 1LECA 3ZXKA 1FYUA 1G9AA 1DYKA 3PUBA 1V6WA 4Q91A 1LODA 3N3HA 1N1VA 3IPVA 3SLIA 1N1TA 1KJLA 4YM1A 1V6UA 3VKMA 4U36A 2FGFA 3CU1B 1OQ1A 1WCSA 3H6RB 4G6JA 1GBGA 1G9CA 2DYCA 1KDKA 1G7YA 4PBOA 2JDZA 1W6NB 2GDFA 2Z49A 5HCBA 3AH4A 2ZR1B 3BRGC 1ULGA 2CWSA 1DHKB 4I4VA 3WDUA 3FJEA 1S1AA 4FPKA 2FO1A 1B09A 3MEPA 1FX5A 2FFUA 4JKXB 3A0KA 1RITA 2D6PA 4HANA 4LBNA 1CPNA 2HW9A 2EXJA 2AXMA 1JOJA 4I4SA 1ONAA 3NBDA 4I8MA 1GYKA 1JXNA 3VKNA 4Q8KA 3LCPA 4FPEA 1AJKA 1IOAA 1TOOA 4AGGA 1CESA 4LO8B 3UD7A 3AZXA 4XTMA 4EFPA 3VT1A 3N7LA 4OW4A 2MC2A 1Q8QA 1MS8A 1LEDA 2A70A 2NTDA 1HWMB 3AP7A 4EB2B 3QCWA 3HR9A 1ULFA 3K1XA 4DS0A 1CE7B 1MVQA 3WZ1A 5JOZA 2ZGPA 2OW4A 1N1SA 1GV9A 3OYWA 1LESA 5KXBA 6I1BA 3H0OA 3NV1A 4IQPA 5IK7A 1R8OA 1J0SA 5IK8A 3P6IA 4RL7A 4FPGA 2RG9B 1G86A 3DGTA 3KQRA 4Z8SB 2RSTA 4YG3A 4FPYA 4XJ9A 2D3SA 2BEBA 5BQUA 1O4YA 2YMZA 2FDBM 3NWKA 5BXTA 2LALA 5T52A 1YTOA 1DZQA 3O5WB 3VWCA 4FQZA 3B3QE 5H9RA 2ZQNA 2D6LX 4XYXA 2F2FC 4PQ9A 2NN8A 4GAIA 4MYEA 31BIA 1QNYA 1X50A 4LBQB 1ISVA 3MW4A 3Q7YA 1DZDA 1WD3A 1L2HA 2E7QA 4R9AA 5FRAA 3ZC8A 3AFKA 3HALA 4OEEA 2KLLA 5F90A 1BJQA 5GLWA 2C9AA 2A3XA 3ATGA 3S8KA 4IZXA 4D8HA 2A6VA 1PZ8A 2ARXA 1VALA 5JOXA 4YM2A 5E89A 1S0IA 3OBTA 4QALA 3V0AB 5JLVA 1C1FA 2D6OX 2GN3A 4ISRA 4KEKA 3SH5A 4I2SA 2VU9A 5IK4A 4G6MA 3USUB 2D22A 3RQ0A 1PUUB 2ZGMA 3I8TA 1Z78A 5CAZA 4R9BA 3AZVA 4JC1A 4Y1VA 4XDQA 1LTEA 4I4OA 1WLDA 3BX1C 3A07A 1YBIA 2DURA 5GALA 3AKGA 1XYFA 3O0WA 5D62A 1GKBA 4Z9WB 5BQUC 3I2XA 2D6NA 5FZUA 3WMUA 1S0GA 4YZ5A 3RG0A 2R1BA 1KRIA 5I1BA 1WW6A 4RA0A 5H9QA 3HSMA 3UD8A 2WKKA 3JRRA 1V6LA 1OQLB 2Y9FA 3FJKA 3WDVA 3CAHA 1YO8A 2K8RA 4P9YA 2V73A 4ZFYB 4LBOA 2Q9XA 4DENA 1Q8PA 3O0VA 4X37A 3UJOA 1NUNA 3H6RA 4I96A 3F1RA 2GNMA 1W3FA 3LTQA 4YFZA 4TZDA 4XBLA 2EF6A 2SLIA 1W6NA 3SH3A 4FVVA 4DCKC 1JT7A 3BRDA 1IS3A 1FNYA 4PC4A 4C1WA 3ASIA 1AVBA 1V00A 1QF3A 1LHWA 3I4IA 4I1EA 1Q03A 5DUYA 4XJZA 1D2SA 1ULEA 1WW5A 1VCLA 1APNA 1G9FA 5DG1A 5GAQA 5GZGA 1QQLA 2EXIA 2WJSA 3IN9A 1C4RA 1ULCA 1TEIA 4QBCA 1UPSA 2BQPA 4ISQA 2DTYA 3FGMA 3CRHA 3NBEA 4PF5A 2ZMLA 1BA7A 4ATEA 3FLTA 4USOA 1DGLA 2ZACA 2A6YA 5DUUA 4EEEB 2ZGSA 3BA5A 1Q8VA 4PCRA 2AFGA 1LCLA 4H55A 3BODA 4L4IA 3M2MA 1V6MA 3BADA 4HR6C 2C5DA 4XXAA 3N0KA 1SFYA 2DVAA 4I4PA 1DIWA 1A8DA 4U2AA 3ZPYA 4IYBA 2KI6B 3LSDA 4AVSA 1AXMA 3WA1A 3HBWA 3AH2A 4FQ4A 1RIRA 2P23A 1PZ7A 1N3OA 1DQ1A 4ZFWB 2P3KA 3AJZA 3AH1A 4Y20B 2ZMKA 1DFCA 1KJRA 3ZSLA 3AYAA 4LBQA 1HDKA 3JU9A 4XBNA 5CBLA 2D7RA 5BXRA 2KKIA 4KC3A 3GALA 1N3QA 3ZXLA 3KM5A 2UUSA 2QYIB 4HA2A 4I6IA 1QQKA 4ZKTB 4OZXA 4A7ZA 1GLHA 1N47A 3CA4A 5B2HA 3VKLA 3GNEA 4Q27A 4BLJA 3V0AA 1AVUA 4OWLA 3VT0A 4XILA 4FOVA 1HWNB 3MW2A 3VKOA 2I1BA 4XIKA 2VXRA 4ATFA 4P0LA 3IM0A 3V79C 1UN1A 1N3PA 2E51A 4CJMA 2D3PA 4YGCA 4GWNA 3FJAA 2DRYA 1FV2A 4UW6A 4K1ZA 1Q56A 2IWTB 4ENDA 3ILNA 1A78A 1TP0A 3V0BB 2JKBA 2UWCA 3BAGA 4YZ2A 1DZCA 2R16A 2W39A 1FAYA 1DQ4A 3CA0A 1VAMA 1W6MB 4YZ1A 2GMEA 5BYNA 3M3OA 1H9WA 1QGLA 2A3WA 2DU1A 3TB0A 3ZXGA 1BFBA 2DTWA 1LGCA 1IRAX 2JE7A 4KEIA 3ENRA 1ZM1A 1LOCA 4Q26A 4D69A 4Y24A 4YFWA 3INAA 3FJJA 4LO0A 2WT0A 3WO3A 5IUQA 1GANA 3AZYA 1AXZA 4XHBA 1EVTA 3PJQA 4IY9A 1H9PA 1SLAA 1SR4A 4FPLA 4ASMB 1A3KA 4Y26A 1Z0HA 2CY6A 2RHPA 4DFSA 4XKIA 3O49A 1MACA 1GNZA 4YZ4A 3QYDA 4X38A 1JYIA 5F9TA 5KXCA 3WLUA 4JP0A 1DBNA 4LBMA 3WG1A 3CNAA 1GNHA 5GZCA 5JOWA 4M3CB 3O12A 3T1LA 5GM0A 4Q2FA 2CL2A 3O4AA 4YG0A 3BAHA 5SV8A 3QR5A 1NLSA 1YF8B 2DVDA 3LSEA 3WG2A 4LO7B 3FFZA 4I4XA 3RS6A 4FP3A 1Q1UA 4JCKA 2E4MA 2HYKA 5DVHA 1Y7BA 4QD2B 1SBEA 4XMIA 1SLLA 2GNDA 4D0ZA 4XOGA 1BQPA 5H9PA 2WLQA 4ZFUB 3RTJB 3WDTA 2BEAA 2A5ZA 3A23A 3AJ5A 2WRYA 2A6XA 2Z48A 2KM2A 3NV3A 3WG3A 1AX2A 1FATA 4BQ1A 4GALA 2UURA 1SR4C 3W59A 1EYLA 3WOGA 2VUAA 2ZA9A 2YZ4A 1QNWA 1MC9A 4TYSA 1YRZA 3M3CA 2YROA 1FN0A 1Q8SA 2VY0A 4DPNA 5EYXA 1K5UA 3AYCA 1LEMA 1AXKA 1BFGA 1LHVA 4Q8LA 4ZLBB 3WO2A 1R8NA 4D0TA 3OGGA 4AN6A 4OEGA 1MZ6A 4G9NA 1S0BA 21BIA 3IIRA 2CWMA 1IILA 3VEQA 1VLNA 3ZXEA 4YW4A 1PZ9A 1JY0A 3W58A 4P14A 5IK5A 1CN1A 3D7WB 1SZ6B 2DV9A 1LU1A 1SBDA 4M3CE 1JN2P 4X39A 4II0A 3T1MA 1IOBA 5EWSA 7I1BA 3U4XA 1ISXA 3FJHA 5GLVA 2E4MC 1LOBA 1ISYA 2NM1A 2H0BA 3B9UA 3UL2A 3AXDA 1WLCA 1HQLA 4GXLA 5F8WA 2QN4A 4DEPA 2FMDA 3AYEA 1G82A 4AGRA 1IT0A 1CIWA 4P0KA 2ESUA 1UMZA 4ZGRB 3IM6A 3V0BA 1QDOA 2DWRA 1ULDA 5T50A 1U0AA 4Q9PA 1W6MA 3PVNA 1VIWB 2AR6A 1C57A 2GN7A 1S0CA 1JT3A 1N1YA 4OWJA 2P3IA 3VSZA 3Q9OA 3AP6A 2ZGTA 4XFSA 1YIFA 1S0LA 2YY1A 4Y1YA 2A3YA 4XTPA 5E88A 5EXOA 3CA1A 2WSVA 3M3QA 5EC5A 4ZOTA 1QOOA 4FOYA 3ZSMA 2P3JA 4J2SA 3WMVA 2D7FA 4XJWA 3TAYA 3FJ8A 4JKQA 4M00A 3IAGC 2HZ9A 4JRAA 2EXHA 1NZKA 5EYYA 4I37A 3UJQA 5KXEA 2YUGA 3SNMA 1UZZA 1JLYA 1TTUA 4G1RA 1FWVA 5FZYA 4AVVA 4Y22B 2NMNA 4M3CA 2PHRA 3RSJA 4J2YA 4NOTA 3L2YA 4BMEA 4AWDA 2D44A 4FP2A 2ES3A 1TWEA 4LO1A 1BLDA 1NXD1 1DQ5A 9ILBA 2DRZA 1BFCA 5EHAA 1GZCA 3AP4A 3D5OA 1WBLA 5KXDA 4BLIA 4YW2A 4GOYA 3NBCA 4FOQA 5BOWA 1WW4A 4FOWA 4XZPA 5T54A 3CA6A 4C1XA 2D6MA 5D61A 1SACA 2X2TA 4LBJA 3BB2A 2AYHA 3A22A 5BVPI 2YV8A 2CTVA 1HIBA 1QDCA 3E8LC 1SCSA 1ENSA 4BOWA 3P6JA 4YGBA 5DZUA 1QU0A 1LOGA 5JDBA 1CONA 3WNXA 2PHFA 1EV2A 2FHRA 2VSAA 5E24E 1S0DA 3VSFA 4J23B 2DVBA 3NJ5A 1MD6A 1XZZA 2F8XC 1LU2A 3AZWA 1IS5A 1F31A 4EKXB 1PWAA 1LENA 1R1ZA 1LHNA 5CA6A 3FLRA 2DVGA 3AP9A 3B69A 5T5LA 5DUXA 1RZOB 4UW3A 4FPOB 1ABRB 3ILRA 1I1BA 4I4UA 2JECA 4F34A 1ZA4A 2J3PA 4XHXA 5GJ6A 1LOAA 1WW7A 1BXHA 4I0YA 3UD9A 1FMZA 2I2SA 4OEFA 3CQAA 2ZZJA 5T5PA 4I3NA 4A7YA 4LO7C 1W3GA 4JQ0A 1GZ9A 2WT2A 4WVVA 4P9XA 2AAIB 4EFQA 1CVSA 1M16A 2GO2A 2PELA 3ZC9A 3PG0A 2VLCA 1LGNA 3PMEA 1W0PA 2G4IA 5GZFA 2NP0A 1DJSB 2ZGLA 3RTIB 2Z42A 4ZBVB 4IHZA 1W0OA 2X2SA 3FJCA 4XXPA 1OFSA 3QLQA 2ERMA 4H9WA 3WINA 3O44A 1LOFA 4GKXA 5HPZA 5JVVA 2L5XA 1AZDA 1CPMA 1HCDA 1T9FA 3FBYA 2ZQOA 4XJ8A 3HOMA 2KH2A 2ARBA 5AVAA 1V6NA 4J2KA 1AF9A 2ZGNA 4YW1A 3Q7WA 1CVNA 1TIEA 2A7AA 3USUA 3WHUA 1AFCA 1W6QB 1HQWA 3AZZA 2AH2A 3OJVA 3N7JA 4OWKA 1JBCA 5E8AA 4K21A 2GALA 2VW1A 3NV4A 3O4OA 5F8SA 3OY8B 4USPA 2ZHKA 3N35A 4YGDA 2ZHLA 3AJ6A 1IKQA 1MS5A 1UL9A 2AENA 5JMCA 2ZGUA 2RQ9A 5FNWA 1GZWB 5BP5A 4W65A 4Y22A 5BXSA 4HJJA 2EALA 4WZFA 2AUYA 1JW6A 1E0OA 2Q5TA 3MW3A 1LJ7A 3N36A 2UWAA 1CR7A 2GMMA 5DZEA 2BFHA 1S0EA 4KEJA 1SLTA 1F9KA 1SLBA 1QXMA 3CRIA 4CTEA 5F5QA 3JUTA 4AGVA 2DREA 4GKYA 1LOFC 5JOYA 1V6VA 3FJFA 3AP5A 1FMMS 1LHOA 2D20A 2LTNA 4L8QA 1S0JA 1Q8OA 2P2KA 3C2UA 4XE9A 1AJOA 3WCRA 1URXA 3FJDA 1AX1A 1JQZA 1UX6A 1WD4A 1M2TB 4R9CA 1WBFA 2D24A 2FFVA 4ITCA 3CRGA 2V5YA 2ZGOA 2R49A 1H30A 1V6IA 3BIWE 1CJPA 3R05A 2AQZA 4IY8A 1IHKA 3V65A 2D6KA 2M49A 1JUIA 1BLAA 3RMYA 2SBAA 2A6WA 4KBBA 1WBAA 4GP3A 4LBKA 3H6QA 2W52A 2LIEA 2P39A 5GLZA 4QBVA 4QKRA 1SBFA 4AN7B 4P0JA 3O4DA 5BP5C 1SLCA 4LO0C 4FPJA 4AVTA 3BAOA 5D63A 2F2FA 1RY7A 3ZXJA 3W9TA 3WCSA 5F8YA 2EIGA 4I4QA 2R0FA 2E53A 4GP0A 1YYNA 4IONA 5DUVA 4JPZA 1ILR1 1V6KA 5T5OA 3AKHA 2XOAA 1BFFA 1DLLA 2OUHA 4XJUA 4EFRA 4FPFA 1V6JA 4FPHA 4LBLA 1BKZA 4DQAA 3BOPA 2D7IA 3FJIA 3IMNA 1PUMB 1GICA 1LGBA 1BARA 4Y20A 1J1TA 2A75A 2PHXA 2W68A 4YM3A 3H6SE 3O5SA 1UKGA 2HWMA 2CYFA 1FWUA 2DUQA 4K1YA 2K43A 3WUCA 3JUUA 2E6VA 5DZFA 4LO2A 3SISA 3R4SA 1ITBA 3WVJA 3BAQA 4YGEA 4R6UB 3NV2A 3VV1A 3O3QA 1I1EA 3FUQA 1JYCA 4UW5A 2NVHA 5FNXA 1MS0A 1QOSA 3CA5A 5DG2A 1W6QA 3HMYA 3MPPG 2ZHNA 4M3CF 4XFTA 1UAIA 1DYPA 1HCEA 3B9CA 1HKNA 5CNAA 3S8JA 2P34A 1OKQA 1W6OB 2WNEA 3UJ0A 1N4KA 5FREA 4LO3A 3OY8A 1AVAC 3T2TA 2Y9XE 1FV3A 4Q1RA 4QO3A 4F83A 1K5VA 3D4KA 2ZGRA 2P37A 1FQ9A 4JAWA 4YW5A 2GNBA 3BAUA 1JT5A 2R0HA 5T5JA 3OPZA 1GZWA 3EF2A 1W6PB 3AKIA 2NMOA 3AXEA 1LOEA 4TLPA 1KQRA 1QMJA 1SLIA 5DXDA 1HLCA 3B00A 1WLWA 1WUVA 2Y9WC 2ZBJA 3WV6A 4Y1XA 2ZHMA 2JE9A 1RMLA 3ZSKA 1MS4A 4DRRA 1BZWA 4BPZA 5LK5A 1RG8A 3ILAA 3DUIA 3RRDA 3BA7A 3BAVA 3AX4A 1IRPA 3ZSJA 2NZ9A 3BA4A 1MZ5A 2DUOA 2DUPA 3VUOA 4OUJA 3A4UA 1GGPB 3CA3A 4NO4A 2ERFA 4BM8A 4LO2C 41BIA 4P9WA 4GA9A 4I30A 1QKQA 3FUOA 4ZA3B 3PVOA 2A6ZA 2TEPA 4XBQA 3OBRA 1UZYA 2B7YA 3M1HA 4XJAA 3Q7XA 3N7MA 4WV8A 1I3HA 4WBCA 3BRFA 2VSEA 1BYHA 4LBQD 1QOTA 4GOVA 3V64A 1DQOA 1TWMA 1DQ0A 1PZZA 4XMAA 4I7IA 1ENRA 4K20A 3T8SA 2DU0A 4X3AA 4I1BA 3SITA 1Q04A 3I2AA 4LO3C 3F62B 5DSSB 1MS9A 2A71A 4ZXKA 3ZYPA 2EXKA 1ISZA 4R9DA 2MIBA 3APBA 3C9ZA 1KITA 4YLZA 1IJTA 5HCFA 1XHBA 4I4YA 1MS1A 1PC8B 1C1LA 1JT4A 1SCRA 3IM5A 4Q1PA 4M01A 4UW4A 4Y1UA 3OJBA 2EAKA 2D3RA 3IPVB 3IKWA 3B01A 3POYA 1DQ6A 3WUDA 1VAVA 1TFMB 3WG4A 4J2XA 1RINA 2XB6C 1JTCA 3O4BA 2ZAAA 1AXYA 3A0NA 1IS6A 4BMBA 3A21A 2W08A 5DUWA 2DVFA 2WQZC 2Y9GA 3VT2A 3AYDA 2VW0A 4Y1ZA 1XG6A 1DQ2A 4G9MA 3ZVXA 4IZEA 1CQ9A 3UDAA 1ISWA 1MVEA 3ZXDA 2GNTA 2E7TA 5T55A 2R9KB 1ENQA 1BASA 4HL0A 4YW3A 2ENRA 2D1ZA 1V6XA 2ET2A 2PHTA 3ILFA 4DRVA 1V6OA 1T4QA 4LO1C 2IHOA 1XQNA 1S0FA 4CRQA 1JLXA 2WBCA 2D23A 3O0XA 1IS4A 1MS3A 3UK9A 4FPCA 2ZGKA 8I1BA 1ONKB 3M3EA 3TC2A 5HCAA 4QD2C 1W3AA 4P6AA 3N7KA 3AKFA 2JJ6A 2ZABA 3OJMA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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